4BRHA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with mg and thiamine phosphovanadate
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic snapshots along the reaction pathway of nucleoside triphosphate diphosphohydrolases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 121
structure length 361
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brhA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brhA02
3OHRA 1HX1A 4BRDA 1X3NA 3FZFA 3WUHA 1X3MA 4BRMA 3GBTA 3RSEB 2YJEA 4F9OA 4HTLA 4Y0WA 3GE1A 4H5VA 4IWVA 1DKGD 2J4RA 2D0PA 5AFUH 1U2VA 2P9NA 3DAWA 3LDNA 4BR4A 2QW9A 2A5XA 3D2FB 2YJFA 5AR0A 3A8YA 3P4IA 4RWTA 4BRAA 2A42A 4H5NA 5BR9A 3VEVA 5AQKA 3ZX3A 5CE3A 3IDHA 2AP1A 1ZC6A 1NGDA 4FPBA 4CBXA 3FZHA 3W3DA 4BRIA 3SMSA 5JLFA 1V4SA 5AQVA 3H46O 5ADXA 3ULEA 4CZMA 1KXPA 4L3QA 1DEJA 4EIAA 2V7YA 1ATRA 1D4XA 3LDPA 2NRHA 4PL8A 3AAPA 2QWMA 4PKGA 2FLOA 4WQ4C 5AQWA 2UYTA 1JCGA 2YI1A 3G25A 1BA1A 4FWPA 4M63C 3H45C 4PKHA 4CI6A 3D2FA 5KPTA 2E2NA 3BP8A 1SAZA 3CJBA 3R6MA 3GL1A 1OKJA 1QHAA 5AQIA 3GG4A 3KHYA 1NGGA 2VYPA 4BVOA 5BPLA 3ZEUA 2V7ZA 4M7YA 3UB5A 3A0IX 3HTVA 3QICA 2KHOA 4O5FA 1ZBSA 2QWNA 1TUUA 2Q0UA 4K25A 5TKYA 2HF3A 4IJNA 2NLXA 4FWQA 4BRNA 3VERA 4FWLA 4K42A 3H6EA 3HI0A 3HZ6A 4BR2A 3VGKA 1NGCA 2V52B 2CH6A 4H03B 2P9LB 4K43A 5JMVA 4FOIA 1R59O 3WQUA 3KVGA 2OANA 3C7NA 4XH1A 1GLJO 2P9SB 2P9UB 1MDUB 4B1ZA 3LM9A 1RFQA 2YHYA 3VEOA 5LJWA 1E4FT 1ESVA 2ASOA 4BG8A 4BRFA 1U6ZA 2CH5A 1Z05A 4FWMA 3WXJA 1NM1A 4Z94A 4BREA 3BF3A 5AQYA 4BC2A 2P9IB 1S3XA 5AQOA 5BREA 2QWRA 3QMLA 4H5WA 4WQ5C 4BVPA 4BC5A 1V4TA 3VEXA 4CZFA 1BUPA 3HSCA 1U2VB 5ELZA 5BRDA 3O08A 5AQSA 4CZGA 3FR0A 1TYQB 3O6WA 4CD1A 1NGHA 3O1WA 4B1YB 5AQHA 4DB3A 3O5BA 3WEEA 4BC4A 1XUPO 4FO0A 2QWQA 3WT0A 4FWOA 5ADXH 4FL9A 1IG8A 2Q1NA 3HBTA 5FPMA 3FGUA 4BR5A 1MWKA 2I7NA 1G99A 1KAYA 2FSKA 2P9SA 2Q0RA 3S41A 2CGLA 1NGIA 4CZKA 4GNIA 5KQ8A 3IUCA 1KAZA 3U4LA 4C23A 4B1VA 4J8FA 3D2EA 3SJHA 1ATNA 2E2QA 3I8BA 1TUYA 3CJ7A 3FLCO 2BUPA 3ULEB 3VPZA 3DXMA 4BRGA 2P9IA 3CJ9A 1MA9B 3B8AX 1LCUA 2QWPA 5AZIB 5KQDA 1BU6O 4H5RA 3VF4A 3UKRA 3AY9A 4NO7A 3I33A 3DXKB 4PL7A 1TYQA 2DPNA 4QS8A 2IVPA 2E2PA 3QB0A 3AAQA 4IO8A 5AQGA 4H0YB 3LDQA 4FOEA 4H0OA 3ENOA 3GOIA 1BO5O 3ZEUB 3FE1A 4FWKA 3SK3A 1GLCG 1EQYA 4A62A 3MK6A 1HLUA 2E8AA 2GUPA 1ATSA 3DJCA 5EOYA 4XH5A 1X9JA 1ZXOA 2FF6A 5EY4A 4I6MA 4JD2B 2ZWHA 2E2OA 1QZ6A 2A41A 1NWKA 2HMPA 3IMXA 5AQZA 2BTFA 3MCPA 2F9WA 3U9ZA 3VEYA 5AZIA 5I9EB 3FZKA 3C7NB 5AZJB 2W41A 3A5NC 1GLLO 3DXKA 3ENHA 4CJ7A 3QFUA 1KAXA 2QWLA 3EO3A 3CJCA 4DCHA 1Q18A 4FSVA 3U8XA 3HM8A 4BRHA 3MN5A 4BR7A 1T6DA 3O8MA 1MWMA 1NGEA 4XH4A 5AQMA 5BPMA 4XEIA 5AQUA 4BRQA 4EAHD 4QS7A 4B9QA 1GLBG 3H3NO 3M1FA 2NZTA 1NGJA 4ISEA 4BQZA 3LDLA 4PKIA 3ZX2A 1QZ5A 1HUXA 3CI5A 2FF3B 3FZLA 4YDUC 3R8EA 3CJ1A 3WEEB 2Q97A 4JD2A 4CZEA 3J8AA 1Y64A 2A40A 4HWIA 3KZBA 5FPEA 5AQRA 5AZJA 1H1VA 1HKCA 4H5TA 3M3ZA 3EN9A 3MMVA 4MLEA 1C0GA 4A2BA 3D2EB 1WOQA 1K8KA 1GLAG 5BRFA 5AQFA 3DXMB 1GLDG 2QM1A 3CQYA 1RGIA 1IJJA 1YVNA 3ATVA 1HJOA 3O80A 4BGBA 3A5LC 1LOTB 1HKGA 1WUAA 3QBXA 5FPDA 5F0XA 3UKRB 1NLVA 2Q36A 3EKUA 3EKSA 4CZJA 4WQ4A 4MO4A 1RDWX 5EX5A 4EHUA 2GELA 4CBWA 4BRPA 4JHDB 3CHWA 2ZGZA 2YCHA 3EL2A 3ZX0A 4A61A 2CGJA 5AQTA 3A5OC 5B8HA 3QFPA 4M7XA 4B1UB 2GWKA 4BR9A 5BPNA 5AQNA 4GY2B 5AQJA 4FWNA 4LC9B 2GEMA 4CZHA 1BA0A 2VWBA 3VGLA 4MLHA 1NBWA 4AM7A 1QQNA 1NGFA 3VENA 1Z6RA 3MN9A 4BRKA 4I6MB 3VEZA 2E1YA 2D1KA 4FWSA 5LY3A 3O4WA 4BRCA 4BG9A 1YXQA 4A2AA 1BOTO 2E1ZA 1BG3A 5KPZA 2P9KA 1JCEA 3FZMA 3L0QA 4JHDA 3L6QA 3BUZB 2FSNA 5AQPA 4BGAA 3AARA 2IVOA 2YHXA 4NB4A 2FSJA 3D7EO 3U9DA 2GWJA 3UKUA 4E1JA 4H0XB 3VGMA 4CBUA 5JICA 4WQ5A 1DGKN 3DWLA 3F9MA 3WXLA 4DQ8A 3ID8A 4FWRA 4RCHA 2AA4A 3VF2A 2F9TA 1T44A 4CD3A 4CZIA 4H0VB 5JLHA 3WQTA 4MO5A 4H0TB 3EZWA 4DHYA 2D4WA 4O8KA 4EHTA 3M6GA 3JXUA 5E26A 3BEXA 2PBDA 1YUWA 3TPQA 2P9PA 3ZETB 4ISFA 2YHWA 2ASPA 2Q2RA 3CIPA 1JCFA 1K8KB 4IJAA 4JN4A 4AM6A 3RSEA 3CQXA 3JS6A 4CZLA 3TU5A 2QWOA 3C0BA 4FPAA 3LL3A 1BDGA 3L4IA 1QQMA 1BWFO 5E84A 3VESA 5AQXA 2ZGYA 5AQLA 2VCPA 2D0OA 3BF1A 3LM2A 2IVNA 4ISGA 2E88A 2E20A 1HKBA 3A5MC 1P8ZA 4BQLA 1T6CA 2ASMA 5BRHA 3ATUA 2V51B 3MDQA 3VETA 4QS9A 5F2RA 4BC3A 1GLFO 2W40A 4IXCA 5BN9A 5AFUA 2Q31A 1S22A 3ZETA 1NGBA 4B1XB 3QBWA 3UE5A 1HPMA 4K41A 4RTFD 4JAXA 5LJVA 3VOVA 2IIRA 4JNEA 3WXKA 2WUSA 4H0PA 3VEWA 3GDQA 4WYBA 2A6AA 1C0FA 3QDKA 4IZ9A 3VF6A 3W0LA 5AQQA 3SLCA 2P9KB 2HOEA 3IFRA 2PAVA 3WXIA 2QXLA 2A3ZA 1J6ZA 4BROA 2ITMA 2H3GX 2EWSA 3CERA 2HF4A 2ZF5O 3R9PA 1CZAN 1YAGA 3O1BA 5FPNA 1E4GT 3SMPA 3LDOA 3UKUB 5EVZA 2P9NB 4B1WB 4EFHA 5BN8A 3H1QA 3H3OB 4BRLA 3CETA 2I7PA 5EXWA 1SZ2A 1XC3A 3FFKB 4YDUA 4BR0A 1NMDA 2GTDA 3CJAA 3MN6A 1SQKA 4KBOA 2P9LA 5F1XA 1QQOA 2CGKA 3H1VX 1XQSC 2P9UA 3MN7A 1GLEG 2P9PB 1NGAA 2FXUA 5KPRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JYAK 2HVIA 1X3NA 4DU4A 3GBTA 2YJEA 4HTLA 1Q8IA 1VSLA 3SUNA 4FVUA 4H5VA 1UOCA 1ILYA 2J4RA 3NF8A 1BQNA 3LDNA 1K6YA 1HR0K 2QW9A 4IG3A 2A5XA 3G4SN 1EWQA 1SKSA 2HBKA 1XHXA 2ATQA 3HRGA 4H5NA 5BR9A 1BI4A 4M42A 3CM6A 4KHQA 2QKKA 1JLGA 5GADP 3LWLA 5I3UA 2AP1A 1NGDA 4YY3K 3WNGA 4H8KA 1WAFA 3KKRA 1IBMK 1D9FA 1YTUA 1V4SA 4DTUA 5ADXA 4CZMA 1KXPA 2PYLA 1D4XA 3LDPA 4KHNA 3Q7BA 4NLBA 4PKGA 3PX6A 4B9TA 2FLOA 5JVHL 5AQWA 4KTQA 2YI1A 1L3TA 2OPRA 3LANA 4CI6A 4A5AA 3D2FA 1KSPA 4FZZA 1SAZA 1EO1A 3KIOA 3O3GA 3GL1A 4OKEA 2HHVA 4BDPA 3TANA 5BPLA 3SAGA 4K8XA 1HNWK 1U4BA 4LSLA 3O4QA 4YOWA 3QICA 1IKWA 2FC0A 3LAKA 4O5FA 2QWNA 1TUUA 1TKTA 5C42A 1OVYA 4CVNE 2NLXA 3CC4N 3K5MA 4CJUA 4FWLA 3H6EA 3HZ6A 4CEAA 1T3VA 2IGIA 2V52B 5GAGP 3WQUA 3MXIA 2G8IA 3C7NA 3M8PA 3LM9A 4E7IA 5JS1A 3RWUA 1JXEA 1E4FT 4DMNA 1RTJA 2ASOA 1N34K 3KD5E 3BF3A 5AQYA 1NK7A 3QMLA 4H5WA 4BC5A 1ITGA 2B5JA 3V81A 2A1RA 2OYQA 5C0YA 3FR0A 1LW0A 4E0DA 3AO3A 1NGHA 3O1WA 4CJWA 2HBMA 5C24A 5ADXH 1B9DA 3VQAA 1BISA 1VSHA 4FW2A 3SBGA 1MWKA 4E89A 3HPGA 2CGLA 4DV0K 4DTPA 4PQUA 3QEVA 1K9MO 4J8FA 1TUYA 2DFEA 3VPZA 3VQ6A 4ELUA 3R3LA 1TAUA 1FJGK 4ILGB 3AY9A 3ENBA 4PL7A 1YVUA 4BE0A 3OBYA 2D0BA 4IO8A 4DFPA 1HYVA 4FOEA 3THYA 5M1QA 5D3GA 1YHQN 1HPZA 4IO9L 1EQYA 1YF5L 1QHTA 1Z26A 1HLUA 4KH4A 1NJZA 4DUZK 1QE1A 3VN5A 2OCEA 3G6EN 1TKDA 2HNZA 4DTRA 4XH5A 1JLAA 3VQ4A 2ZWHA 3T1YK 3IMXA 3MCPA 3PX4A 4F3TA 1C0UA 5AZJB 3DXKA 1YTAA 1NU0A 3ENHA 4ILHA 3QFUA 1KAXA 4E1MA 4IFYA 4BACA 4PY5A 4U67L 4AHUA 3HM8A 4DR5K 5AQMA 1J5EK 1NGEA 2HHXA 1NJXA 1TKZA 3HK2A 4JRPA 4AILC 3TABA 3KK7A 3M1FA 3AVNA 4BQZA 4FK0A 3ZX2A 4PHTX 3CI5A 3SPYA 4YDUC 4B9LA 3SV3A 4CZEA 1Y64A 3SAHA 4FJNA 4AQYK 2KZZA 3O9RA 4BWMA 2ZJPL 1ZBHA 2O8EB 3SPZA 2VGNA 4DQRA 3KLFA 3ZSVA 3MMVA 5M1NA 3J7YP 1C0GA 1N32K 1K8KA 3AVAA 3OYFA 4E7JA 3DXMB 1GLDG 2O8BA 1S1TA 3HVRA 3CQYA 1RGIA 1J5OA 3PLAA 1HJOA 3O80A 3ZCMA 3HJFA 4BGBA 2O8DB 3THXB 4MFBA 3E1YA 5F0XA 3F5TA 5FRNA 1NK0A 4L8RB 4FLUA 1IH7A 4MO4A 2GELA 2QI2A 3LP3A 4OO1J 3HM9A 2W6KA 1RBVA 3F73A 3ZX0A 3A5OC 3EY1A 5B8HA 2D5RA 1CXQA 1JLCA 4FWNA 4JKDA 3OW2M 4Z0UA 3OYAA 3NH2A 4AM7A 1QQNA 3MN9A 4PUOA 1X9MA 4DS4A 4FJHA 2D1KA 4ID1A 3VMFB 4ELVA 4BRCA 1J54A 2ZQBA 4B08A 4BWJA 1U48A 5C2FA 1BG3A 5KPZA 1JCEA 2HHHK 4LFCK 3L0QA 1W0HA 3VTHA 1VQ9N 1NMNA 3L6QA 3BUZB 5A2QO 1NJYA 2FSNA 4CK1A 4B3TK 1TKXA 2IVOA 2YHXA 1YJNN 1WBBA 4JV5K 2FSJA 3ZSWA 3PIPL 1DGKN 1HNXK 4DQ8A 3CQ8A 2AJQA 5JLHA 1YJ9N 2FBYA 1LWEA 4EP4A 3NE6A 3TAQA 3EZWA 2HHUA 2VG5A 4O8KA 1O13A 4Z4HA 5KRSA 4CERA 3DRPA 3TSPA 3ZT2A 4DFKA 4I7FA 2P9PA 4CJFA 4B3MK 3T69A 4DSJA 1OVQA 4ISFA 3QIPA 4CFBA 3CIPA 4IJAA 4JN4A 4AHSA 3NAEA 3RSEA 3CQXA 2HW3A 3V6DA 3L4IA 5E84A 3VESA 4CEOA 5AQXA 2VCPA 4LF7K 3MX2A 3QO9A 4FM2A 1HKBA 3A5MC 3CPWM 1J53A 4E7KA 3ATUA 4CGGA 3VETA 5F2RA 3O4NA 1L3UA 4FK4A 3OS0A 1S72N 4IXCA 5AFUA 2W6LA 3U3YA 1IKVA 4YOTA 1X9WA 5C25A 2XHBA 3VOVA 2KZMA 3TTFA 3VEWA 4Z4FA 3GDQA 1UWBA 1C0FA 1DLOA 4CECA 4B9VA 3W0LA 3AVLA 4JEPA 2P9KB 2HOEA 3IFRA 4FLWA 3CCLN 4CEEA 1IO2A 4OVLA 2OTLN 3WXIA 3C6TA 3NVKA 4W5OA 2H3GX 2EWSA 3CERA 4JKBA 2WTUA 5FPNA 1E4GT 1LAVA 3VA3A 1M90O 3AA5X 4E7HA 4CGDA 4C8MA 5IT9O 3DM2A 4CW7B 5EVZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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