4BRIA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with mg umppnp
Total Genus 117
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (54-65)S6 (182-187)TIV1 (35-38)3H1 (38-40)AH3 (126-142)S1 (43-51)TI2 (65-68)S3 (69-81)TI1 (51-54)AH1 (92-104)TVIII1 (106-109)AH11 (350-362)O1 (109-111)AH2 (119-123)S4 (112-117)TIV3 (172-175)AH4 (156-171)S5 (147-153)S11 (256-257)TI3 (188-191)TIV4 (173-176)S7 (191-197)AH9 (318-329)TI4 (201-204)3H3 (206-208)S9 (217-227)S8 (209-214)AH5 (231-236)TIV5 (213-216)S12 (293-298)TII1 (226-229)TI5 (238-241)TIV6 (236-239)3H4 (242-244)TII2 (246-249)TI8 (329-332)S10 (249-250)AH6 (261-275)TIV7 (311-314)TVIII2 (291-294)AH7 (278-288)TI9 (341-344)TI7 (306-309)AH10 (334-340)3H5 (347-349)TI10 (344-347)TI6 (251-254)AH8 (299-305)S13 (315-317)3H2 (85-87)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 117
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4briA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4briA02
3W0LA 3SLCA 5AQVA 3L6QA 3GDQA 3QFPA 4NB4A 2CH6A 2D0PA 5FPMA 1V4SA 3UKRB 2A42A 3ZETA 3CHWA 3H3OB 1NGCA 2V7YA 3L4IA 4FWOA 3BUZB 4E1JA 1RDWX 1SAZA 4CBWA 1NLVA 3A5MC 2E2QA 2Q31A 3CJAA 4BROA 3A5OC 2E1ZA 2Q0RA 3O5BA 1J6ZA 5KPTA 3DJCA 1HPMA 3JS6A 2QWOA 2I7NA 3UB5A 1NM1A 4GNIA 3HSCA 3HTVA 4K41A 4MLHA 1NGJA 1BA0A 1TUYA 2CH5A 3FR0A 5AFUH 3RSEB 3VESA 3EL2A 4BRGA 4CZMA 2Q0UA 5KPZA 1ATNA 3M6GA 3AARA 4BRCA 1CZAN 4EHUA 2GELA 1RGIA 5AQJA 3WXIA 4B1YB 1QQOA 3FLCO 1RFQA 1ZC6A 1SZ2A 4BRHA 3H45C 3QBWA 4JD2B 2V51B 4BRLA 4FWLA 1GLEG 3ZEUB 3FGUA 4BG8A 1QZ6A 4CI6A 3DXMB 4ISEA 4BRDA 1IG8A 5JLFA 3O1BA 1T6DA 2YI1A 1U2VB 3QB0A 5AQOA 5AZIB 3VF4A 2GTDA 2V7ZA 3CERA 4BRPA 2FLOA 3B8AX 1ATRA 4M7XA 5BRHA 3WEEA 4H0YB 3C7NB 3IMXA 4EHTA 2A6AA 2P9LA 2HOEA 5LY3A 3MN9A 2P9IA 4CZEA 4FO0A 3A5LC 3F9MA 3L0QA 3ZETB 5F0XA 5BRDA 4PKHA 3M3ZA 3GOIA 2YJFA 2QWMA 3W3DA 1ATSA 4NO7A 2Q1NA 3O8MA 1BA1A 5BPNA 3BF3A 5BRFA 3VEOA 2PBDA 2QWNA 1T44A 3D2FA 3O4WA 3FZKA 2YHYA 2P9PA 4BGBA 4DB3A 5E26A 4BRMA 2KHOA 3CETA 1HUXA 5AQTA 2YHWA 4GY2B 2P9KA 1NGHA 3GL1A 4FOIA 1XUPO 1NGBA 4PL8A 4XH1A 1GLJO 3KHYA 2FXUA 5BN8A 4ISFA 3R8EA 4XH5A 4CZLA 3WT0A 3VEZA 3O1WA 1YUWA 3CJ9A 1HJOA 1E4GT 2ZWHA 1DKGD 2VYPA 3LM2A 4FWSA 5JICA 1IJJA 3D7EO 1HLUA 3FFKB 5BPLA 4RTFD 4WYBA 4MO4A 2QWLA 2QWQA 1NGGA 2PAVA 3U9DA 4BC5A 1QQNA 1LOTB 3H46O 2P9SA 4YDUC 4CBUA 3ATUA 4EFHA 3IFRA 4Z94A 1YAGA 4WQ5A 3D2EA 2QW9A 4A2AA 4BR2A 1TUUA 4BR9A 3EN9A 4L3QA 1OKJA 2VWBA 2IVNA 4BR5A 2FF3B 5KQDA 3WEEB 3AAPA 2P9UB 3UKUA 4F9OA 1NGIA 1BUPA 4RCHA 1QQMA 2P9LB 1NGEA 3SMSA 1QHAA 4BREA 1X3NA 4H03B 2P9NA 1GLBG 2HMPA 3VGMA 3VEYA 4DQ8A 5AQXA 5AQZA 1KAXA 3CJ7A 3QFUA 3VETA 3HM8A 3IDHA 1YVNA 1E4FT 4FOEA 2CGLA 1BG3A 3WQUA 1C0FA 1BO5O 4MO5A 4CD1A 5BREA 3D2FB 1KAZA 2ZF5O 2Q2RA 2ASPA 2IVPA 2VCPA 2P9PB 5EXWA 3MK6A 4BVPA 3ULEB 2P9KB 2E20A 4H5NA 2A41A 1HKCA 1P8ZA 5LJVA 3MN6A 4FWPA 3VF6A 3ENHA 3AAQA 3HZ6A 5AZJA 5I9EB 3DWLA 3VERA 3G25A 1NWKA 3A0IX 4LC9B 1Y64A 5TKYA 1G99A 5FPNA 4JHDA 1JCEA 4PL7A 2J4RA 4BG9A 5AQWA 2GEMA 2QWPA 2E8AA 3CJBA 5JMVA 2ASMA 2FSNA 4A2BA 2P9SB 2E2OA 3D2EB 5BR9A 1HKGA 5F2RA 1X3MA 1NGDA 4K25A 4IXCA 4BC3A 5AQNA 3DXKA 1MA9B 2GWKA 5EOYA 3UKUB 2QM1A 3S41A 3O6WA 1R59O 1NGAA 3VEWA 3WQTA 3BF1A 4BQLA 3I8BA 4B1UB 4M63C 5ADXA 3HBTA 3CI5A 4FWQA 4FPAA 2P9NB 3UE5A 3A8YA 4H0OA 2BTFA 3WXLA 3J8AA 4BRKA 2W40A 3EZWA 5JLHA 3LDNA 5AQKA 3VOVA 3EKUA 5FPDA 2NLXA 1D4XA 3O80A 2HF3A 4XEIA 4CBXA 3MDQA 4H0VB 2D4WA 4RWTA 4B1XB 3BP8A 3U4LA 4IJAA 1T6CA 1GLLO 1WUAA 1YXQA 2I7PA 4CZGA 4FWMA 2E2PA 5CE3A 5ELZA 5AZJB 5KQ8A 2ITMA 4DCHA 4M7YA 4K42A 2DPNA 1BU6O 4JHDB 2H3GX 1MWMA 2IVOA 1JCGA 5AQRA 3WUHA 5ADXH 5AQSA 5AQHA 3MCPA 1H1VA 5AQUA 3ZEUA 1K8KA 1XQSC 5AQMA 4FWRA 5AR0A 4BRIA 4MLEA 4BR0A 2V52B 2A5XA 4B1VA 1ZXOA 3A5NC 1MDUB 1GLFO 3VGKA 4BRQA 2F9WA 5AZIA 1SQKA 4CD3A 4QS9A 2ASOA 2P9IB 3GG4A 1GLCG 3DXKB 1NGFA 2OANA 4H5RA 4HTLA 5AQYA 5EY4A 4O5FA 2FF6A 4DHYA 5FPEA 4BC2A 1U6ZA 5EX5A 2WUSA 4I6MA 4K43A 2AP1A 5KPRA 2HF4A 3QDKA 4BRNA 2F9TA 1MWKA 3WXJA 3FZHA 2A3ZA 4A61A 3U8XA 3H1QA 5BN9A 2FSJA 4IJNA 3QICA 2CGJA 1NMDA 5AQLA 3ZX2A 2YJEA 1LCUA 3ID8A 3M1FA 4IZ9A 3CIPA 3KZBA 5B8HA 4H0PA 3LDOA 4AM7A 3OHRA 4CZIA 4ISGA 4O8KA 3VGLA 1TYQA 4JNEA 4BC4A 3CJCA 4HWIA 4BGAA 4B1ZA 4BR7A 1Z05A 3QMLA 1BDGA 4IO8A 3FZMA 3LDLA 4CJ7A 3O08A 4PKIA 3GBTA 2Q97A 3AY9A 5EVZA 4WQ4C 4B1WB 3C0BA 4FL9A 3CJ1A 3FE1A 3SK3A 4A62A 3JXUA 4YDUA 1QZ5A 1C0GA 1NBWA 4CZHA 2D1KA 4KBOA 3FZLA 1K8KB 4WQ5C 4Y0WA 5BPMA 4QS8A 4EIAA 3MN5A 3LL3A 3SJHA 1V4TA 3MN7A 4QS7A 4CZFA 1HX1A 1BOTO 1HKBA 1ZBSA 4JAXA 5AQPA 4CZJA 2E2NA 2QXLA 3HI0A 5AQQA 2W41A 2ZGYA 2D0OA 3UKRA 3R9PA 4H0TB 4B9QA 1BWFO 4JN4A 1Q18A 1Z6RA 2P9UA 4H0XB 1DGKN 3LDPA 5LJWA 3I33A 4EAHD 4I6MB 5AQIA 4IWVA 3VENA 2YCHA 1GLDG 3DAWA 5E84A 4PKGA 4FWNA 1KAYA 4BVOA 2A40A 1DEJA 3LDQA 4BRAA 3BEXA 2EWSA 3P4IA 2CGKA 3RSEA 2GWJA 3EO3A 1JCFA 2YHXA 2NZTA 2AA4A 4J8FA 3QBXA 2NRHA 5AQFA 3H6EA 1TYQB 2E88A 1S3XA 3ATVA 3LM9A 3ULEA 2GUPA 4FPBA 3VEXA 1EQYA 1ESVA 3VPZA 3WXKA 2ZGZA 1GLAG 3ENOA 3SMPA 2UYTA 3GE1A 5AQGA 3H1VX 3MMVA 4JD2A 1X9JA 2QWRA 4CZKA 1S22A 3VF2A 4BRFA 3IUCA 3DXMA 4WQ4A 3U9ZA 3ZX0A 2Q36A 4XH4A 1WOQA 2FSKA 2IIRA 3VEVA 5AFUA 4H5TA 4C23A 2E1YA 4H5VA 1U2VA 3CQYA 4H5WA 4FWKA 3FZFA 3R6MA 3ZX3A 4BR4A 1XC3A 3TU5A 3KVGA 3H3NO 2BUPA 3EKSA 4AM6A 5F1XA 3CQXA 4FSVA 4BQZA 3TPQA 1KXPA 3C7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S1VA 3W0LA 4H4MA 2KLAA 4DQIA 2W42A 2XHBA 1YHQN 4NB4A 2CH6A 4O0JA 3UKRB 1V4SA 3ZETA 4DQQA 2I5JA 1SAZA 2DY4A 3P39A 3VQEA 4BROA 4CEAA 3A5OC 4PQUA 2Z1GA 3DI6A 4ICLA 1EO1A 3I8DA 3VQ8A 3JS6A 4NLBA 3U6FA 4Z4FA 2I7NA 1TGOA 3UB5A 3QERA 4CW7B 3OYNA 1NGJA 4OVLA 1TUYA 1T7PA 4K8XA 4KH6A 2XY7A 4BRGA 5IT9O 2Q0UA 4CF8A 1HQEA 3AVKA 4FJJA 4Z4EA 4BRCA 3M6GA 3OYLA 4EHUA 2GELA 2NRXA 1RCHA 4DR5K 4B1YB 4LF9K 4LH5A 4O55A 5HRPA 5M1PA 3LANA 2V51B 3LP3A 4FWLA 1BQMA 3E01A 3T19A 3FGUA 1SKSA 4CK3A 3KD5E 1WBBA 4J2DA 1VQ6N 2XY6A 4CHQA 1NKCA 3O1BA 5JVGL 4W5OA 3G4SN 1YTUA 4F3TA 3PSFA 2GTDA 2V7ZA 3EYZA 4B8CA 1ATRA 1SV5A 4NCGA 1BCOA 3CPEA 2P9LA 1XHZA 3NF8A 1JL1A 5LY3A 4OPHA 4DSFA 4FLTA 1NKEA 2P5GA 4JI3K 4DKWA 4F8RA 3C65A 4A57A 2ZJQL 1ASVA 2QWMA 4LF6K 2Q1NA 4YHHK 3RRHA 3TARA 4HVJA 3VEOA 3AO5A 1VQPN 1YJ9N 1HRHA 1T44A 3DRPA 3HPHA 3QNNA 4BGBA 5E26A 2O8DB 1WB9A 3CETA 5AQTA 1ASWA 2HNDA 4GY2B 3GL1A 1KFSA 2XRIA 3PIOL 4PL8A 5GIPA 2ZD1A 3B6OA 3KHYA 3ZT3A 3NH2A 3AVFA 1U4BA 5KTQA 1BIUA 1JLCA 3AVBA 1N34K 4CZLA 2P1JA 4XH5A 1ILYA 1HPZA 3I0RA 4QOZB 2DFEA 4OGCA 1E4GT 4KAZA 2VYPA 4YORA 1IKWA 1IJJA 3SBTA 1SL2A 4B3TK 5BPLA 4WYBA 2LSNA 4MO4A 1ZBHA 4BC5A 3KLEA 3M8PA 4Z94A 4WQ5A 4LSNA 2DFHA 4E7IA 3AV9A 3T1AA 4L3QA 4R79A 5FRMA 3ZSQA 2OA8A 4QAGA 3TAFA 3CFPA 3AAPA 3UKUA 3QEWA 4JI5K 4CFBA 2ATQA 4B9UA 4BDYA 3TAMA 3L3UA 1VQ9N 2YKMA 1VQ8N 1K73O 3NVKA 1QHAA 4CERA 4JV5K 2NUBA 3DLEA 1W7AA 5AQXA 5AQZA 1HNXK 3VQQA 3HM8A 3IDHA 1IBLK 4FOEA 3NFAA 1BG3A 1C0FA 5KGXA 3L8BA 1BO5O 3HYFA 4CESA 5BREA 4AQYK 3WNHA 3D2FB 1KAZA 4KHUA 2ASPA 1NJYA 1TAQA 3MK6A 2RF2A 4HTUA 2O4GA 4KI6A 3SAHA 1GOAA 4KO0A 2A41A 1HKCA 4B9LA 1IBMK 4E1MA 3KLHA 5AZJA 3DWLA 3RMDA 3PIPL 3TAPA 4LC9B 4FZYA 3MXMA 1NK5A 1VSEA 5TKYA 5FPNA 1X9SA 3TSUA 1DT9A 4CCHA 4MDBA 4CHZA 2BH1A 3SAFA 5HBMA 3OYFA 3B6PA 3OYHA 4NXNK 4FJ7A 2P9SB 1KSPA 1EETA 4O5BA 2R7YA 4X62K 3LALA 1HKGA 5HRRA 3MXIA 1G15A 3PO5A 4CJFA 3DM2A 3QO9A 4ELTA 4E3SA 2GWKA 1VQNN 2QM1A 3S41A 4ILHA 3WQTA 3O4QA 4B1UB 2D5RA 2GX9A 5GAEP 3HBTA 2ZJPL 1S6QA 3PSIA 2P9NB 1OH8A 1XMOK 3HRGA 4H0OA 1ZYQA 3J8AA 4BRKA 2G8WA 3QEXA 2IOCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1S1V A;  3W0L A;  4H4M A;  2KLA A;  4DQI A;  2W42 A;  2XHB A;  1YHQ N;  4NB4 A;  2CH6 A;  4O0J A;  3UKR B;  1V4S A;  3ZET A;  4DQQ A;  2I5J A;  1SAZ A;  2DY4 A;  3P39 A;  3VQE A;  4BRO A;  4CEA A;  3A5O C;  4PQU A;  2Z1G A;  3DI6 A;  4ICL A;  1EO1 A;  3I8D A;  3VQ8 A;  3JS6 A;  4NLB A;  3U6F A;  4Z4F A;  2I7N A;  1TGO A;  3UB5 A;  3QER A;  4CW7 B;  3OYN A;  1NGJ A;  4OVL A;  1TUY A;  1T7P A;  4K8X A;  4KH6 A;  2XY7 A;  4BRG A;  5IT9 O;  2Q0U A;  4CF8 A;  1HQE A;  3AVK A;  4FJJ A;  4Z4E A;  4BRC A;  3M6G A;  3OYL A;  4EHU A;  2GEL A;  2NRX A;  1RCH A;  4DR5 K;  4B1Y B;  4LF9 K;  4LH5 A;  4O55 A;  5HRP A;  5M1P A;  3LAN A;  2V51 B;  3LP3 A;  4FWL A;  1BQM A;  3E01 A;  3T19 A;  3FGU A;  1SKS A;  4CK3 A;  3KD5 E;  1WBB A;  4J2D A;  1VQ6 N;  2XY6 A;  4CHQ A;  1NKC A;  3O1B A;  5JVG L;  4W5O A;  3G4S N;  1YTU A;  4F3T A;  3PSF A;  2GTD A;  2V7Z A;  3EYZ A;  4B8C A;  1ATR A;  1SV5 A;  4NCG A;  1BCO A;  3CPE A;  2P9L A;  1XHZ A;  3NF8 A;  1JL1 A;  5LY3 A;  4OPH A;  4DSF A;  4FLT A;  1NKE A;  2P5G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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