4BRIA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with mg umppnp
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 117
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4briA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4briA02
3R9PA 4PL7A 2Q97A 1GLLO 3W0LA 3KHYA 4FWNA 3SLCA 4CBXA 5KPTA 4B1ZA 4BREA 4BC5A 1Q18A 1ATSA 4ISGA 3VESA 1S3XA 5AFUA 4I6MA 2P9UA 4BC4A 2AP1A 4FWKA 1NGAA 1QZ6A 5BPNA 5JICA 4K25A 2CGKA 3FFKB 4O5FA 4BRFA 1QQOA 3EZWA 3QICA 1NGDA 1TYQB 2YI1A 3VGKA 1HJOA 2OANA 5FPMA 1XQSC 4YDUC 3GOIA 4QS9A 1HKCA 1BUPA 3TPQA 3H1VX 4CBUA 1V4TA 4CZMA 3SMPA 3SJHA 3MN9A 3AAQA 4JD2A 2QW9A 2D0PA 2E2OA 5AQPA 3FZLA 3UKRA 1NGIA 3HSCA 3RSEA 4BGBA 4K42A 2YHYA 3GL1A 2E1ZA 2YHXA 3FZHA 3EN9A 4B1XB 5LY3A 4CD3A 3HTVA 2PBDA 2P9NB 3FZFA 5AQQA 3D2EB 5AZIA 3VF2A 4LC9B 5KPZA 5ADXA 4DHYA 3GDQA 3HM8A 2P9LA 5AQFA 4FPAA 3VPZA 4JAXA 1EQYA 5AFUH 3O8MA 5LJWA 1DGKN 3CQYA 4GY2B 3O1BA 4HWIA 5JLFA 2GWJA 4K41A 4CZEA 2A3ZA 4RCHA 3VENA 2Q0UA 3VGLA 3R6MA 2I7PA 3AAPA 4IZ9A 3LL3A 5EY4A 2HMPA 3ENOA 1K8KA 2EWSA 5BPMA 4FL9A 1LOTB 1HKGA 3UKUA 4BQLA 5I9EB 1RGIA 3A5NC 5JLHA 3EKSA 3CQXA 3O08A 2Q36A 2A42A 5BR9A 4CZKA 2Q31A 4BRKA 4F9OA 4XH1A 4B9QA 3C7NB 4O8KA 4MO4A 1TUYA 2QWOA 2VCPA 1MDUB 4A61A 2FLOA 4BRHA 5AQZA 3UE5A 3ZX3A 1NWKA 4JHDA 2A6AA 3FLCO 1IJJA 4FWQA 5ADXH 4BVPA 5AQOA 4FWOA 1KAZA 4H5NA 3WQUA 3DXMA 2YCHA 3RSEB 4BRPA 2ZGYA 1NGEA 2KHOA 5F0XA 3H1QA 3UB5A 4BRGA 3A8YA 3CJ9A 3ENHA 1JCGA 2E1YA 1DKGD 4IJNA 2IIRA 2FSNA 4PKIA 4BC3A 2P9PA 5EX5A 3WQTA 1BOTO 1YAGA 4BR7A 3LDPA 2I7NA 3VEZA 1GLCG 2YJFA 1NGJA 2GELA 3ATUA 3ZETA 5FPDA 3LDLA 3I33A 5ELZA 5AQHA 4M63C 3MK6A 2QWMA 3L4IA 3VEXA 3VERA 2FF3B 4DCHA 3EO3A 4A62A 2V7ZA 2W41A 1BDGA 5BREA 5AQVA 2PAVA 4CZGA 3FZKA 5EXWA 1IG8A 4BR4A 1BA1A 1SAZA 4FWLA 1ZXOA 1HLUA 4PKGA 2AA4A 2HF4A 5BRDA 3ZEUA 4FWMA 1NGGA 3GE1A 4M7YA 3ULEB 5EOYA 2HF3A 5EVZA 1YVNA 4H5VA 2V52B 4B1UB 3F9MA 3IDHA 4CJ7A 3J8AA 1YUWA 3O80A 3VEVA 3M1FA 2P9KA 3WEEB 1MA9B 1G99A 1T6CA 2NRHA 3LM9A 4MLEA 1MWMA 3MN6A 1MWKA 2QWLA 4MO5A 2E2NA 2QWRA 3CETA 4BRCA 1X3NA 2BUPA 3TU5A 1X3MA 2FXUA 3BP8A 2HOEA 3CHWA 5AQXA 3H46O 4RWTA 3CJBA 4BRNA 3DAWA 4B1VA 2QWNA 4DQ8A 2IVOA 5BN9A 3DXKA 3O6WA 3WXLA 4MLHA 4NO7A 3CERA 5AQRA 2GUPA 4PKHA 2QWPA 5AQLA 4A2BA 3ID8A 4GNIA 4BGAA 2D0OA 3WXKA 2UYTA 2P9IA 3R8EA 4CZLA 3HBTA 3D2FA 3VEOA 4AM7A 4BRMA 3U9DA 3GBTA 2P9SA 1SQKA 3QB0A 4EAHD 3JXUA 4CZHA 1GLBG 4EHUA 2A5XA 2CH6A 3AARA 3WXJA 4XH5A 1NGBA 3QMLA 2CH5A 2DPNA 1Z6RA 4I6MB 4EIAA 2P9UB 1WUAA 4H0OA 4YDUA 2A40A 2FSJA 3QFUA 4H0TB 3BEXA 5AQNA 2ZWHA 1XUPO 4FSVA 3MN7A 3HI0A 2CGLA 3A0IX 1D4XA 3BF1A 2Q1NA 2Q0RA 3I8BA 1NGCA 3QBWA 4HTLA 2ZF5O 2E8AA 3VETA 4XEIA 4Z94A 1GLEG 4H03B 4JD2B 4WQ4A 5BRHA 1CZAN 3M6GA 3UKRB 4BG8A 3DWLA 5AZJA 1JCFA 2FSKA 2ITMA 3VF6A 4H0PA 2GWKA 5B8HA 1ZC6A 4BR5A 3CIPA 5AZIB 4M7XA 1ZBSA 5AR0A 3ZX2A 4L3QA 4FO0A 4BR0A 3O5BA 2J4RA 4C23A 3IFRA 2P9LB 4ISFA 2F9TA 4NB4A 1DEJA 4QS7A 2P9IB 2F9WA 3A5OC 2W40A 2ASMA 3ZX0A 3MMVA 1GLFO 3OHRA 3L0QA 2P9SB 1E4GT 3DJCA 3EL2A 1KAXA 4XH4A 4AM6A 1BO5O 1XC3A 3H45C 1OKJA 3U8XA 3H6EA 4Y0WA 1K8KB 1ATNA 2D1KA 3CI5A 3VF4A 2VWBA 4BC2A 4DB3A 1X9JA 3UKUB 3H3OB 1H1VA 2D4WA 3WT0A 4BRQA 5FPEA 5E26A 4BRAA 3M3ZA 5F2RA 3MCPA 3FZMA 2QXLA 1P8ZA 2E2PA 4H5WA 3KVGA 2NLXA 1YXQA 4FWPA 5AQMA 2WUSA 3WUHA 4BRLA 5KQ8A 1HKBA 1NGFA 5BN8A 1E4FT 4BQZA 4CI6A 3CJAA 4B1WB 4PL8A 1ATRA 1QQMA 4IWVA 4JHDB 2H3GX 3LDNA 3IMXA 4FPBA 1GLJO 4BG9A 2E88A 3IUCA 2ZGZA 5AQSA 1S22A 3DXMB 5AZJB 1J6ZA 3FGUA 1RDWX 5AQGA 3C7NA 2ASPA 1LCUA 1Z05A 3HZ6A 4BVOA 3WXIA 3P4IA 4FWSA 1R59O 3O1WA 3SMSA 1KAYA 1BA0A 5TKYA 2P9PB 4H5TA 3CJ1A 2GTDA 4WQ5A 2E2QA 3A5LC 5AQKA 3ZETB 4FOIA 1BU6O 2CGJA 1NMDA 1U2VA 4H0XB 1RFQA 1QZ5A 5JMVA 4FWRA 3L6QA 2YHWA 4RTFD 4EFHA 4BRIA 5BRFA 3AY9A 4WQ4C 3H3NO 5E84A 2FF6A 3FR0A 4IO8A 4EHTA 5AQYA 4WYBA 3VEWA 4CZIA 4BROA 2A41A 2Q2RA 4QS8A 2ASOA 1ESVA 4FOEA 4KBOA 1GLAG 3ZEUB 1JCEA 1NM1A 4J8FA 5AQJA 3VOVA 1C0FA 3VGMA 4JN4A 5KQDA 5F1XA 3FE1A 2YJEA 3SK3A 1HX1A 4CBWA 1WOQA 1GLDG 4B1YB 2NZTA 2QWQA 1HUXA 2P9KB 3C0BA 1NBWA 3CJ7A 1HPMA 4CD1A 5FPNA 4JNEA 4CZFA 3A5MC 3O4WA 5KPRA 1C0GA 4BRDA 1TYQA 4CZJA 3ULEA 1NGHA 3VEYA 4BR2A 2V51B 3MDQA 3B8AX 3QFPA 1T44A 1KXPA 2IVPA 5BPLA 1BWFO 2VYPA 2V7YA 3W3DA 3WEEA 4ISEA 4H0YB 1SZ2A 3LM2A 5AQIA 4A2AA 3DXKB 4H0VB 3U9ZA 3LDOA 2GEMA 2BTFA 4WQ5C 2IVNA 5AQWA 1BG3A 1U2VB 3LDQA 3D7EO 3BF3A 3D2FB 1T6DA 3S41A 5LJVA 2E20A 3CJCA 4IJAA 2P9NA 3U4LA 1TUUA 3G25A 3QDKA 4H5RA 4BR9A 2QM1A 3JS6A 5AQTA 4E1JA 3D2EA 3QBXA 1NLVA 4K43A 5AQUA 1Y64A 3EKUA 5CE3A 1QQNA 3BUZB 3KZBA 3MN5A 1V4SA 1QHAA 3GG4A 4IXCA 3ATVA 1U6ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLLO 1UA1A 4FWNA 5FRMA 3V4IA 4E7KA 1YIJN 3DLEA 3LZJA 3P83D 4N56A 1RT6A 2G8VA 3VESA 1S3XA 1VQ7N 5AFUA 1C0MA 1FJGK 3L2UA 2AP1A 1DT9A 5BPNA 3AA4A 4O5FA 1KRPA 3QICA 1L3UA 5GADP 1HJOA 4DSFA 1WSIA 1NK7A 2W6LA 4QS9A 3TAGA 1BL3A 3TAPA 4JI7K 1OH8A 3BDPA 1TV6A 1NK0A 1V4TA 3SMPA 3SJHA 1RDDA 5GIPA 3VQQA 5I3UA 3MN9A 3MCAB 3OVNA 2QW9A 3HL8A 4PY5A 4B8AB 3HSCA 1WSGA 3NF8A 4K42A 1W0HA 2E1ZA 1EXQA 3FZHA 4B1XB 4B9NA 5C2DA 1DTTA 4KI6A 3D2EB 3ZT4A 3O3FA 4LC9B 5SZTA 4JYAK 5KPZA 3ISNC 1I94K 1EQYA 4CJEA 5AFUH 4CW7B 1KCFA 4LY7A 3KKSA 4IOAL 1HQEA 3M5RA 2A3ZA 3JSMA 1WSEA 3R6MA 1RTIA 3AAPA 3V1OA 3J7YP 3LL3A 1BQNA 3V9WA 3ENOA 3D45A 4O0JA 1LOTB 1HKGA 3UKUA 3A5NC 4LF4K 1OH7A 1KQSM 4CZKA 1F21A 1HR0K 2D0CA 4CK3A 3AVMA 4M3RA 3SAHA 3CCLN 1TUYA 2QWOA 1RBVA 2VCPA 3C6TA 1Q82O 1MDUB 2FLOA 4AHRA 3UE5A 1RDUA 3QIPA 3ZX3A 1NWKA 4CVNE 1B9FA 1XHXA 2BDPA 2A6AA 4CJLA 4FWQA 4NCAA 3NE6A 1BCOA 4NCBA 2YCHA 4KH6A 1VQ6N 2ZGYA 2AJQA 1XI1A 3CXCM 3UB5A 3T7ZA 2OTJN 4BRGA 3CJ9A 3VTIA 3ENHA 3HP6A 1S72N 1JCGA 3THWA 4KHPK 3OS2A 2E1YA 4LH4A 1DKGD 1VSJA 3WQTA 5EX5A 1BOTO 1NKCA 4FM2A 4BR7A 4JV5K 3LWLA 1GLCG 2YJFA 4Z4IA 2ATQA 4OVLA 3L4IA 3OYKA 3VEXA 5JS1A 4B3TK 2OZMA 3CYMA 4E89A 4YOVA 3OJUA 2V7ZA 1BDGA 2EX3A 5BREA 2PAVA 1NMNA 1JLGA 3ZT0A 4ZTJA 1BA1A 1HLUA 3KLEA 3DRPA 3V1RA 1L3TA 4B9UA 4FWMA 2P51A 1TGOA 5EOYA 3HPOA 1VAZA 3VQ6A 5EVZA 4H5VA 3IDHA 4CFCA 3O80A 3HXMA 2P1JA 3AO2A 1T6CA 4FJ8A 2FBVA 3RMCA 3HYFA 4MLEA 3CC7N 2QWLA 3AVCA 4EP5A 1QHTA 1UA0A 3CETA 3O4NA 4DS4A 1NOYA 3R3LA 2KZMA 4Q5VA 1X3MA 2WBNA 5AQXA 3H46O 4RWTA 3KK2A 3CJBA 2O4GA 4M3TA 3THWB 1ZBIA 2QWNA 2IVOA 3MXMA 5T7BA 3OYCA 1TK0A 2UUBK 4MLHA 4FVUA 3CERA 4PKHA 4A2BA 2YHBA 4GNIA 5GAGP 2D0OA 3TSPA 3KLHA 2P9IA 1RBRA 2W6KA 3BZKA 3S3MA 4DQQA 2P9SA 3AVGA 2RN2A 1L5UA 4FLYA 4ZHRA 2A5XA 3AO5A 4JKEA 4DLGA 3DMJA 4XH5A 3QMLA 4I6MB 3CMAN 2VQEK 2P9UB 4FM0A 4FLXA 2OPSA 2OPRA 1WSHA 2FSJA 4JKAA 3KK1A 4YORA 4BE0A 2RKIA 2ZWHA 3MN7A 2CGLA 4Z4EA 2DFHA 1ASUA 3VETA 4W5QA 4WQ4A 3SUNA 4FZYA 1W9HA 4JKGB 3UKRB 1JCFA 2ITMA 4E3SA 3PY8A 1CXQA 2X78A 3AA5X 2VGMA 5B8HA 2QKBA 1ZBFA 2VWKA 1ZC6A 1J54A 3DYAA 4BR5A 5AZIB 1U4BA 4O4GA 1ZBSA 3ZSVA 3ZX2A 4L3QA 4C23A 3IFRA 2P9LB 4F3OA 1ZBHA 1YVUA 1NJXA 2YV0X 4OO1J 4NB4A 4AHSA 1DEJA 1YJ9N 4QS7A 4FJKA 2P9IB 5HRRA 1R0AA 3OHRA 2P9SB 4OKEA 4E7IA 5KI6A 5HRPA 4DTJA 4A57A 3E9LA 3DLGA 4J2AA 2HHXA 3U8XA 2ZD1A 3PLAA 4BACA 1K8KB 1ATNA 3CI5A 4DFKA 3VF4A 3TTDA 4BC2A 1VQNN 3SUQA 3L2RA 3TTFA 5E26A 4TSXA 2QI2A 1C1CA 3O3GA 3JYTA 2E2PA 4FWPA 4DUZK 1NKEA 1IKVA 4FLZA 1HKBA 1NJIO 3ASMA 4BQZA 4CI6A 3CJAA 1S1WA 4JHDB 1RT5A 3LDNA 1QSYA 4CJWA 5AQSA 4NYNA 4B3OA 3TI0A 5KTQA 4M3YA 2O8DA 4LF5K 4DUYK 2ASPA 3HOSA 1Z05A 3K2PA 3O9RA 4JKDA 4CJUA 1ZYQA 2R7YA 4FWSA 1BA0A 4DFPA 1KFSA 4UY8O 1O13A 3JAMO 3E1YA 1KC8O 3C6UA 1Q9XA 2ZJQL 3TAMA 1QZ5A 4AF1A 2A1RA 4FWRA 3L6QA 3WNGA 4BRIA 5BRFA 2KLAA 5FRNA 5E84A 4YFUA 4FZXC 2HNYA 2XY5A 1VK0A 3FR0A 4EHTA 1XNQK 1WAFA 2HVHA 1HQUA 5C12A 1YITN 3KD5E 3RR8A 4X65K 1W2BM 2PFUA 3S9HA 4FXDA 2B5JA 4B9LA 4J8FA 2YNIA 1C0FA 1GOCA 3VGMA 3SK3A 1HX1A 3V9XA 4B1YB 3SQ0A 2NZTA 4K8ZA 3CJ7A 3SUPA 3HPHA 1VSKA 5J2QA 4RW4A 4FJXA 2ZE2A 3O4WA 5KPRA 1C0UA 3ZSXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3AVJ A;  4DTR A;  4CGF A;  2D0B A;  5F1X A;  1HJR A;  3FE1 A;  4DSE A;  2NRR A;  1C1B A;  1A5V A;  3TAR A;  1VQP N;  4E7L A;  4GVM A;  1HUX A;  2P9K B;  3CG7 A;  1LWE A;  4JRQ A;  2OTL N;  2RE2 A;  4O5B A;  3I56 N;  4HUF A;  3R1X A;  4CCH A;  3HJF A;  3O3H A;  4DQI A;  4CZJ A;  3ULE A;  4A59 A;  3VEY A;  2HND A;  3CPE A;  3MDQ A;  5BPL A;  3AO4 A;  1BWF O;  1U45 A;  2Z1G A;  5M1O A;  3W3D A;  4YOX A;  5AQI A;  4JI0 K;  3QNN A;  4DV5 K;  2ZM6 K;  4IFY A;  1X9M A;  4B9S A;  3U9Z A;  2GEM A;  4Z4C A;  2O8E B;  2IVN A;  4H4O A;  2BGG A;  4AHC A;  3L3U A;  3PO4 A;  1IO2 A;  4J2E A;  3D7E O;  4DQP A;  3BF3 A;  3N4Q A;  3ZSR A;  4X66 K;  2WC9 A;  5FDL A;  4F3T A;  4ELU A;  4H5R A;  2NRT A;  2HBM A;  3JS6 A;  3D2E A;  1IH7 A;  1NLV A;  2ZJR L;  4RG8 A;  3S3N A;  5CE3 A;  3PV8 A;  2HHU A;  4FZZ A;  2QXF A;  1A5X A;  1BCM A;  1UWB A;  3K58 A;  2VG7 A;  1U6Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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