4BRLA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iii (closed) in complex with transition state mimic guanosine 5'-phosphovanadate
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 120
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brlA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brlA02
1XQSC 1T6CA 2P9NA 2Q31A 3D2EA 2GELA 5KPTA 3FZMA 3MN7A 1P8ZA 3HM8A 2NRHA 5ADXA 2V7ZA 4BC3A 1HPMA 2AA4A 1Z05A 1J6ZA 4YDUA 5AQYA 4DQ8A 5AQHA 1NGCA 5F1XA 2QWQA 3MN9A 4HWIA 3ULEB 2AP1A 4JD2B 4BC4A 5KPRA 3FZHA 3GOIA 4Z94A 2V7YA 3GE1A 2GWJA 1NGEA 2ZWHA 3ATVA 5B8HA 2E1YA 4AM6A 4BC5A 1HUXA 4BQLA 3H1VX 5JLHA 1RFQA 5ELZA 3QDKA 3VF4A 4CZKA 1IJJA 2P9NB 5FPNA 5F0XA 4JNEA 1HKCA 4BRPA 2W40A 3R6MA 2Q2RA 4PKHA 2A42A 3L6QA 2D0OA 3SJHA 5KQ8A 2Q1NA 4RCHA 2HOEA 3VPZA 4A2AA 1TYQB 3CJBA 4E1JA 3CJ7A 3CERA 4RTFD 2IIRA 1BUPA 4FWOA 4JN4A 2P9KB 5ADXH 2QWMA 4XH4A 4FWNA 2ZGYA 3ZX2A 4B9QA 4BROA 3M1FA 1U6ZA 4FO0A 4K43A 4CBUA 4CD3A 3H3NO 4H03B 3CQXA 1QQOA 2QWRA 1CZAN 3U9ZA 3AARA 4CBWA 1QZ6A 4NO7A 4EHTA 3CI5A 5AFUA 3QMLA 5AQTA 5BR9A 4PKIA 3C7NA 3I33A 4F9OA 3FR0A 3H6EA 4XEIA 5AQLA 3VEZA 5AZJB 5FPEA 1JCFA 3WUHA 1LOTB 4B1ZA 4QS7A 3GDQA 2GEMA 3DXKB 3KVGA 4H0OA 2FF6A 2P9SA 2I7PA 2IVPA 3FFKB 2Q36A 3IUCA 5AR0A 1NGBA 1X3MA 2H3GX 5BRHA 3WXKA 4BGAA 4CZIA 3D7EO 1GLEG 1SZ2A 4GNIA 1YUWA 2E1ZA 5AZIB 1Y64A 3A5MC 1GLCG 1HLUA 3R8EA 3SMSA 2YHXA 3O5BA 4WQ4C 3LM2A 1DGKN 2NZTA 4BR7A 1JCEA 1QZ5A 1JCGA 3KZBA 4FWKA 3RSEB 1Z6RA 2EWSA 1YVNA 1BO5O 3ATUA 1C0GA 4BGBA 2A40A 1KXPA 3VEXA 4FWQA 5AQOA 1G99A 2KHOA 3CIPA 3ENOA 3O1BA 5FPDA 2IVOA 3LDQA 1KAXA 3G25A 1MWMA 3BF3A 3EN9A 1GLBG 3WEEA 4FWPA 4A61A 4HTLA 5EXWA 3R9PA 3QFPA 1ZXOA 3W3DA 5KPZA 3IMXA 3ZEUA 3ZETB 2ZGZA 3VGKA 4ISFA 3QFUA 3VEVA 2E2PA 3EL2A 3F9MA 3EKUA 4CZGA 3UKUB 4BRFA 4EIAA 3LL3A 4FSVA 1U2VA 3VEOA 2D4WA 4CZJA 1E4GT 1ATSA 4H0XB 3BF1A 5AQKA 2WUSA 3VERA 4QS8A 3VETA 5AQZA 4B1UB 1BDGA 4H5WA 1K8KA 2HF3A 2P9LA 3CJ9A 1HX1A 4B1WB 1WUAA 4BC2A 3D2EB 1DKGD 2Q0UA 4CD1A 3DXMA 1T6DA 4BVPA 2GWKA 2ASOA 2PBDA 2QM1A 2QWLA 5BREA 3M3ZA 1YXQA 4CBXA 4H0YB 3EO3A 4XH1A 4H5TA 3VF2A 3VENA 2HF4A 3LDNA 4EAHD 3U9DA 5AQNA 2P9PA 2E2QA 2DPNA 5AQIA 4H5VA 3LDLA 3UKRA 4A62A 4XH5A 2W41A 3LDPA 5AQUA 3HTVA 3TU5A 2E2NA 1MA9B 5AQGA 3O08A 3O6WA 4O5FA 3WXLA 2FF3B 1ATRA 2Q0RA 3VEYA 3HI0A 3H1QA 3BUZB 5AQMA 3UE5A 1BA0A 4JHDA 2E8AA 2A5XA 2P9IA 4BRDA 1GLAG 3FGUA 3D2FA 2D1KA 2YHWA 4CZMA 1HKBA 2P9UA 4Y0WA 4EHUA 4RWTA 2I7NA 4CZEA 4ISGA 5AQWA 4BRCA 2BTFA 4K42A 4WQ5C 1YAGA 4DHYA 4H5RA 2YJEA 2ITMA 4B1XB 3IDHA 5E84A 5TKYA 4H0VB 3UKRB 4ISEA 1NLVA 4H0PA 3O80A 4CZLA 2YI1A 1TUUA 2Q97A 5AQSA 4BR4A 3MK6A 1NMDA 2YHYA 4BRNA 4BG8A 1QHAA 5JLFA 1S22A 4WQ5A 1BU6O 5LJVA 1BG3A 3H45C 3S41A 4BRGA 2P9IB 5AQJA 4PKGA 4B1YB 3LDOA 4I6MA 2A41A 1NGIA 3C7NB 2FSNA 3SK3A 1SAZA 4FWRA 5LY3A 1H1VA 1QQMA 3VGLA 1X3NA 3WT0A 4M7XA 5KQDA 5JICA 1IG8A 2OANA 4BRHA 1QQNA 5EVZA 2P9SB 4WQ4A 1NGGA 5EOYA 4O8KA 5BPMA 3H46O 5EY4A 5EX5A 3VEWA 4LC9B 2E20A 1ZBSA 4BR2A 5AFUH 2FLOA 4FWMA 3ULEA 5AQFA 4JD2A 4BR0A 4CZFA 1EQYA 2QW9A 4NB4A 5AQQA 2YJFA 3QB0A 3HBTA 3TPQA 4FWLA 4BRQA 2CGKA 3W0LA 4BRLA 1BWFO 2ASMA 3FLCO 3O1WA 4YDUC 3VGMA 3C0BA 4A2BA 4MO4A 5BRDA 2QXLA 4BR5A 3HZ6A 3CJCA 3AAPA 2ZF5O 2E88A 3DWLA 4IZ9A 3GL1A 4H0TB 2E2OA 5I9EB 3HSCA 1XC3A 1DEJA 3MN5A 1KAZA 2BUPA 2CH6A 3OHRA 4FL9A 1Q18A 2GTDA 4IJAA 3AY9A 1GLJO 3ID8A 3VESA 2PAVA 2QWOA 1MWKA 3JS6A 3WXJA 1SQKA 1WOQA 3DJCA 5E26A 2VWBA 1TYQA 4IWVA 3ZX0A 5BRFA 3L4IA 4BRIA 4C23A 3WEEB 4CJ7A 4M7YA 3KHYA 1LCUA 3MDQA 4KBOA 3U4LA 4BRAA 5FPMA 3CJAA 3QBWA 4BG9A 4FPAA 4IXCA 4L3QA 1ESVA 2QWPA 2YCHA 2FXUA 3ZEUB 4AM7A 2P9KA 4CI6A 5BPNA 3CETA 3A5LC 1R59O 3O4WA 1U2VB 4BREA 1NGAA 5AQPA 2QWNA 1E4FT 4BRKA 1NGJA 1KAYA 1BA1A 4PL7A 1NBWA 3QBXA 4BRMA 1BOTO 1HJOA 1K8KB 2P9LB 3A0IX 1C0FA 5AZJA 2IVNA 3L0QA 4MLEA 1GLDG 3DAWA 3DXMB 3DXKA 5AQRA 4DB3A 3GBTA 5JMVA 4CZHA 1GLLO 1V4SA 3VF6A 2VYPA 3AAQA 3WXIA 3M6GA 3VOVA 2P9PB 3EZWA 5AZIA 3FZKA 2F9TA 5BPLA 1HKGA 3GG4A 4FOIA 3IFRA 4FPBA 3B8AX 2VCPA 5AQXA 1OKJA 3CQYA 3P4IA 3ENHA 5BN9A 1NWKA 2F9WA 5F2RA 4BVOA 2CGJA 4DCHA 4GY2B 3MCPA 3FZFA 1GLFO 2HMPA 5AQVA 4K41A 3WQTA 4PL8A 3RSEA 3H3OB 1NGFA 3O8MA 4IJNA 4FWSA 1RGIA 2NLXA 2A6AA 1RDWX 4J8FA 1NM1A 2GUPA 4JHDB 2UYTA 3D2FB 3WQUA 2V52B 1ZC6A 4FOEA 5CE3A 2P9UB 4IO8A 1NGHA 4B1VA 3SMPA 3FE1A 1T44A 2V51B 3I8BA 3A8YA 2A3ZA 3MMVA 3A5OC 2J4RA 3CHWA 4JAXA 4MO5A 4H5NA 4K25A 2CGLA 1X9JA 3EKSA 3BEXA 1XUPO 3FZLA 1TUYA 3LM9A 4BQZA 2CH5A 3ZX3A 5BN8A 3BP8A 3SLCA 3ZETA 1S3XA 3CJ1A 3UB5A 4WYBA 3J8AA 1MDUB 4BR9A 3UKUA 3U8XA 3QICA 5LJWA 4M63C 4QS9A 3A5NC 2FSJA 1D4XA 2ASPA 4EFHA 3JXUA 1NGDA 4I6MB 2D0PA 4MLHA 2FSKA 3MN6A 1V4TA 1ATNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GVMA 1LAWA 4Y1DA 1Q9YA 3CCLN 2FBVA 3CFOA 1T6CA 2P9NA 2W42A 2Q31A 2ZE2A 5J2PA 4F4KA 2FC0A 3OYLA 3FZMA 3ZSOA 2NRHA 2V7ZA 1HPMA 4AF1A 1Z05A 5M1FA 4JKGB 5AQYA 5T7BA 3TAMA 4E19A 4Z4FA 2F8SA 3SJJA 4JD2B 4BC4A 4X64K 3GOIA 2YHBA 4DQSA 2OA8A 2V7YA 4WF9L 2GWJA 1K6YA 1NGEA 4TSXA 4ZHRA 2E1YA 4JLHA 2NRTA 1W9HA 3H1VX 5JLHA 1DTQA 3VF4A 3OS2A 2KZZA 3J7AP 2BANA 5FPNA 3DLHA 1HKCA 3BY5A 4DV4K 5J2NA 1REVA 2D0OA 1WN7A 4HCCA 4FJ5A 2XY5A 4KHWA 4Z0UA 1U45A 5LMNK 4ILJA 3SNNA 1UOCA 1N34K 3PV8A 4M3ZA 3CERA 4RTFD 2IIRA 1BUPA 4JN4A 2YNFA 5I42A 3L8BA 2P9KB 4WFAL 2HB5A 4FWNA 2KW4A 3ZX2A 4B9QA 4FW1A 3M1FA 4K0KK 4DR2K 3U3YA 3F9KA 3CQXA 4DKWA 4DTMA 2F96A 2NRXA 4C8NA 3AARA 4FVMA 4RW9A 4X65K 1L3UA 1KVCA 4EHTA 5AQTA 5BR9A 3THXA 4CK1A 1DTTA 3I33A 3H6EA 4LFAK 3K59A 2F4VK 5AQLA 5AZJB 4OKEA 5FPEA 1LOTB 5CHIA 1BCOA 2OCEA 2GEMA 3DXKB 2DFFA 3KVGA 5HOOA 4DTNA 3TWHA 5GADP 2Q36A 4CJWA 4JI6K 2P51A 4DU1A 4CJUA 2OZMA 4JS5A 4CESA 1VSJA 3CCEN 1IO2A 2O8BB 4A57A 1DGKN 1QZ5A 3AA3A 2LSNA 5C15A 4CERA 3C6TA 1RTIA 4FJIA 1JLGA 3RSEB 1YVNA 4Q5VA 4FW2A 3ATUA 1C0GA 3QIOA 1X9SA 4FWQA 3E9LA 1G99A 3L2UA 3CIPA 4OPAA 1SKSA 2VG5A 4FVUA 2O8EA 3IKMA 3IRXA 3CCUN 1N33K 4AHRA 1GLBG 4FWPA 4A61A 4M45A 4HTLA 4C8MA 3R9PA 2UUCK 1WNSA 1QS4A 4ELVA 3THVA 5KPZA 1N32K 1YTUA 2G8HA 3ZEUA 2ZGZA 3VEVA 1JLBA 3EL2A 2EHGA 3EKUA 3F9MA 4CZGA 3EY1A 2YKMA 4EIAA 5LL6Z 1VQ9N 4CJVA 4CZJA 2DFEA 4I7FA 3ZSZA 5AQKA 1LW2A 4DTJA 1YJNN 2HHUA 3SPYA 2GX9A 3K9JA 1K8KA 2P9LA 3JAMO 4ID5A 1HX1A 4I2PA 4B1WB 4YOVA 1T7PA 3D2EB 3OYDA 3PX0A 2Q0UA 4CD1A 4BVPA 5C2DA 2ASOA 4DTOA 3AA5X 3LDSA 4H0YB 4XH1A 1B92A 1SV5A 4MDAA 5CZ1A 5DM6L 3DLLL 2P9PA 2E2QA 4O5BA 5AQIA 4B9LA 4H5VA 1KFSA 1RCHA 4A62A 4RW7A 3CF5L 4O0IA 2W41A 1VQNN 5AQUA 2DTUA 5CR4A 3T1HK 3TU5A 3TSPA 2VGNA 1NK5A 4JI8K 3O6WA 2D0AA 3WXLA 3QERA 1Q82O 5KTQA 3OYCA 2E8AA 3FGUA 2D1KA 3OYEA 2I7NA 4G1QA 4AHVA 3VA0A 1YAGA 2P5OA 4C8KA 4H5RA 1ZBIA 1EXQA 3IDHA 2G8UA 4IEIA 3UKRB 1X1PA 1NG9A 2YI1A 2E6LA 3L2RA 4KI4A 3MK6A 3T1AA 2WTUA 1S22A 3HT3A 1E3MA 4LFCK 4DR6K 1S1WA 4JI7K 1BG3A 1XHXA 4CIEA 1RT2A 4CIGA 4PKGA 3S3MA 3NCIA 4CEOA 3V1OA 3SK3A 3MWPA 3VQ8A 1H1VA 2VQFK 4F8RA 1HR0K 3MECA 3WNGA 5KQDA 5JICA 3CMAN 2PYJA 2P9SB 2NRZA 3Q7BA 4WQ4A 4I9QA 4N41A 3LPTA 4IG3A 5BPMA 5EY4A 2NUBA 2O4GA 2VWJA 3KIOA 3VN5A 4FWMA 1VSIA 1VSLA 3DLRA 5KI6A 4CZFA 2X6NA 1NK9A 3IG1A 3RWUA 4JS4A 4DTSA 3QB0A 3HBTA 3TPQA 1BIZA 1S1UA 2X74A 1VSMA 1BWFO 3FLCO 4A2BA 4MO4A 5D3GA 4BR5A 2B4JA 5DM7L 4Z4EA 3ZSQA 3SZ2A 2ZJPL 1XC3A 3VA3A 1DEJA 4FL9A 1Q18A 2GTDA 4LD0A 1QHTA 2HVHA 3I8DA 3AY9A 4JRQA 5J2MA 2X78A 3JS6A 4B9VA 5E26A 3AVFA 3ZX0A 4CFDA 5GAHP 3L4IA 5GIOA 1NKEA 4KB0A 4CJ7A 3KLFA 1XWLA 4BG9A 4DUZK 3SV3A 1ESVA 4FJMA 4DUYK 2YCHA 4WE1A 4AM7A 1D8YA 1IKVA 4CI6A 4F3OA 4MQ3A 4CW7B 3G4SN 3AVAA 4HTUA 3O4WA 1Z26A 4DU3A 4C1NI 1U2VB 4BREA 3G71N 4J2DA 2WC9A 3CCQN 1RDDA 1KAYA 4DR4K 1BA1A 3RMCA 1NBWA 3QBXA 4IOCL 1TL3A 4CEAA 1YIJN 1KLNA 3L0QA 5DMRA 3KWIA 3TTFA 4MLEA 4W5RA 4K8XA 1GLDG 3DAWA 3HM9A 3GBTA 4CJ3A 2HNYA 1ZYQA 4YOTA 5JMVA 1C0MA 3SUPA 3SBTA 3THWB 3M6GA 3ZSXA 4HUGA 4KAZA 1BCMA 1HKGA 4FOIA 3IFRA 4R5PA 2UUAK 4DSLA 1OKJA 1VSEA 3ENHA 3P4IA 4NCBA 4GY2B 1YF5L 3ID6A 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2HMIA 2O8FB 2Z1HA 1VQ4N 3C7NA 4F9OA 1XMQK 2Z1IA 3M8SA 2X6SA 1JCFA 4JKBA 3GDQA 1CZBA 2I7PA 3QEXA 3IUCA 1VHXA 1NGBA 1FW6A 4DR3K 3WXKA 4B9UA 2BE2A 3MCAB 3D7EO 2F7TA 4GNIA 1UA1A 5AZIB 1D5AA 1U4BA 4JK8A 4DQRA 4V19S 3P39A 1BGXT 4WQ4C 3EE8A 4GMJB 2NZTA 1JCEA 4CEFA 3PIPL 4FZXC 4YORA 4KV8A 2IS3A 2A1RA 1CXQA 1Z6RA 3OYFA 4DFMA 3VEXA 5FROA 3QINA 2KHOA 4CK3A 3NGZA 1Z25A 2ITGA 3ENOA 3AO3A 4OLAA 1NK6A 1D9FA 1U47A 3WEEA 3C6AA 5EXWA 4JKFA 3QFPA 3DLBA 5JS2A 3BDPA 4Y1CA 1WSEA 1BISA 4M3WA 3AVMA 4F2SA 4BE2A 1TKXA 3AGRA 4CEBA 3LL3A 3TAGA 1BI4B 3BF1A 2WUSA 3VERA 1M1KO 1VRTA 4H5WA 1EWQA 2O8EB 3LP0A 2UXDK 4CHOA 3SAFA 1DKGD 3KTQA 1T6DA 2GWKA 2QM1A 2P1JA 1YXQA 4CF8A 2D0BA 2XY8A 4H5TA 3VF2A 1JLCA 1NKBA 4R79A 1RBRA 2XHBA 5GINA 3RRHA 3U9DA 5JS1A 4FLUA 3T69A 3LDLA 3VQ6A 1RDAA 4GW6A 3F73A 5IT9O 3O9TA 2E2NA 3RMDA 1JXEA 3O08A 3QEVA 3EZ5A 2OZSA 4OKJA 3BUZB 5AQMA 3V9WA 4JHDA 4LF5K 1HNIA 5HRNA 2UXBK 4CZMA 3VQDA 1JLFA 4ISGA 1SL2A 4K42A 2O8DB 2YJEA 4B1XB 5E84A 5TKYA 3RR8A 2WONA 3G10A 1NLVA 4H0PA 4CZLA 4BY9C 4DG1A 4BR4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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