4BRLA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iii (closed) in complex with transition state mimic guanosine 5'-phosphovanadate
Total Genus 120
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (54-64)3H5 (347-349)3H1 (38-40)AH3 (126-142)S1 (43-51)TI10 (344-347)TI2 (65-68)S3 (70-81)TIV7 (311-314)AH1 (92-104)TI1 (51-54)AH11 (350-362)3H2 (85-87)O1 (89-91)AH2 (119-123)AH4 (156-171)S5 (147-153)S11 (256-257)S7 (191-197)TIV2 (172-175)TIV3 (188-191)S6 (182-187)TI3 (173-176)AH9 (318-329)TI4 (201-204)3H3 (206-208)AH5 (231-236)TII1 (226-229)S13 (315-317)S8 (209-214)AH8 (299-305)S9 (217-227)S12 (293-298)TIV5 (227-230)TIV6 (236-239)3H4 (242-244)TI5 (238-241)TII2 (246-249)S10 (249-250)TI6 (251-254)AH10 (334-340)AH6 (261-275)TI7 (306-309)S4 (112-117)TIV4 (213-216)TI9 (341-344)TI8 (329-332)TVIII1 (106-109)AH7 (278-288)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 120
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brlA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brlA02
3WXIA 2W40A 3JXUA 3L4IA 5FPMA 1X3NA 1HUXA 3SK3A 2IVPA 2P9UB 4PKHA 2YCHA 5EVZA 5BRDA 2P9LB 3FZKA 3EL2A 4CZKA 2P9NA 1BA0A 1DGKN 1NMDA 1SZ2A 4A62A 4EAHD 1DKGD 3GE1A 4JN4A 5AQFA 3WXKA 5AQOA 4BRAA 3HM8A 2Q1NA 2A42A 1SQKA 2F9WA 1JCFA 3BUZB 5AQHA 3ZX0A 1GLLO 1ZBSA 2FSNA 1NBWA 5AQRA 5AQLA 5BRFA 4CZJA 3GBTA 2Q2RA 2GWJA 4MO5A 3ENHA 5AFUA 3L0QA 3QFPA 1QZ6A 4ISFA 4BVPA 4HTLA 4FWLA 2FSJA 3A8YA 3U4LA 3QB0A 4H0XB 3IDHA 1K8KA 5BPMA 3J8AA 4WQ4A 3UE5A 2D4WA 4JAXA 3AAQA 3HSCA 3WUHA 1CZAN 3FLCO 2DPNA 1NGDA 4IJNA 3LDLA 2P9PA 4CBUA 3H45C 4M7XA 2ASPA 3CJ1A 3VENA 3H3NO 1WOQA 4FWNA 3QICA 3CI5A 5AQNA 4MLEA 1RFQA 3LL3A 2KHOA 4BRKA 1RGIA 2NZTA 4PL7A 1ATRA 2P9IA 3EKUA 4CI6A 3HZ6A 4FOIA 2E2PA 2P9UA 4AM7A 4BR4A 2IVNA 5LJVA 1HKBA 1T6CA 4H0TB 4WQ5A 3MCPA 1XUPO 5JMVA 4MO4A 5AQIA 3FZFA 4BC3A 4PL8A 2QWLA 1V4SA 2FF6A 1LOTB 3MK6A 3BP8A 5AZJA 4CZLA 4JD2B 3FGUA 2A40A 4B1ZA 4BROA 4CBXA 2Q97A 3S41A 3DXMB 1MWKA 3MN7A 3D7EO 5BN9A 3C0BA 3KVGA 3LDPA 4ISGA 4FWPA 4BRFA 1YVNA 3LDNA 4IZ9A 3I8BA 2Q0UA 3JS6A 4CZFA 3ZX2A 5BREA 3H3OB 4BRCA 5AQMA 4M63C 4MLHA 1TUUA 3GDQA 5AQSA 3HTVA 2E88A 2GWKA 4BR0A 4CD3A 3WXLA 2BTFA 1JCEA 3LDOA 3TPQA 4CZIA 1J6ZA 5EX5A 3O6WA 4BRGA 3CHWA 2P9KB 5AQWA 1H1VA 4IWVA 3A5MC 2GUPA 4FSVA 3RSEB 1HKGA 2HF3A 2NLXA 2YJFA 5KPTA 2D0PA 2YHYA 3H1VX 3EO3A 3UKRB 3F9MA 4QS7A 1JCGA 4H03B 1QQMA 3GG4A 1E4GT 2F9TA 4K43A 3UKUA 3MN9A 3VEVA 4BRIA 1V4TA 3IUCA 2HF4A 3CQYA 1T44A 3DXMA 4CJ7A 3CJAA 3D2EB 3BEXA 3VEOA 1U6ZA 5LY3A 1C0GA 3H1QA 5BRHA 5KQ8A 3ZETB 3FZLA 4PKIA 4O5FA 5AQVA 5AQUA 2CGJA 4FWRA 2W41A 3BF1A 4BR5A 3VGMA 2YI1A 1BWFO 1NGFA 1Z6RA 5FPEA 3KZBA 1BA1A 5AQZA 2AA4A 4H0VB 2A3ZA 5LJWA 4IJAA 3B8AX 4B1VA 4H5RA 2E2QA 5AZIB 2A5XA 3ULEA 1QQOA 2Q0RA 4B1WB 3H6EA 3M1FA 4J8FA 4ISEA 4XH4A 2QWQA 3FFKB 4L3QA 1EQYA 3CJBA 3A5NC 4Y0WA 1TUYA 5ADXH 2QM1A 3QFUA 2HMPA 4JNEA 2YHXA 3QBWA 4NB4A 1BG3A 3RSEA 1P8ZA 1X9JA 3ID8A 4RWTA 2GELA 3VEWA 3M6GA 4DB3A 2VYPA 3TU5A 5KPRA 5EXWA 1GLCG 3P4IA 3HI0A 1ZXOA 5JLFA 3OHRA 1Y64A 4GY2B 3C7NB 1KAYA 1ZC6A 3O80A 1LCUA 1NGIA 1NGGA 1X3MA 1ATSA 5AQJA 4JHDB 4FWOA 5F0XA 3HBTA 2P9LA 3SLCA 2ZGZA 1NM1A 4FWQA 1Q18A 5ELZA 1NLVA 3FR0A 4A2BA 2NRHA 3CQXA 3O5BA 4IXCA 4B1XB 4GNIA 3CJ7A 1BO5O 4BGBA 4DQ8A 2ZGYA 3MN6A 5BR9A 5BN8A 3WQUA 3CETA 3WEEB 1GLJO 1YAGA 4CZEA 1KAXA 3AARA 3VF6A 4HWIA 2ASOA 4BRPA 4E1JA 1R59O 2QWRA 4H0YB 3VEXA 1QHAA 1GLBG 4KBOA 2YJEA 4LC9B 2E1ZA 3H46O 4H5VA 1WUAA 1S3XA 1KXPA 2FF3B 4EHTA 2I7PA 4WQ5C 2P9SB 3DWLA 1TYQB 3EZWA 2E2NA 1G99A 2WUSA 2ASMA 3FE1A 2PBDA 2D1KA 2V52B 2P9NB 3CJCA 4BVOA 4CBWA 5CE3A 5F2RA 3ATVA 3U9DA 4A61A 2E2OA 1RDWX 4EIAA 3VERA 5JICA 3C7NA 1NGJA 2CGLA 4BQZA 5FPNA 2E8AA 3LM2A 4IO8A 5KQDA 4FPAA 4XH5A 1NWKA 3WXJA 4EFHA 4CZGA 2J4RA 3VOVA 4BC5A 3R6MA 2QWNA 3ATUA 1NGAA 3MDQA 2FSKA 1GLAG 1BUPA 5AQYA 1NGBA 3WT0A 4Z94A 5BPNA 4H5WA 1HPMA 2A6AA 3U8XA 3D2FB 1HJOA 2GEMA 4JD2A 2FXUA 5AQKA 4FO0A 4CD1A 4YDUC 4BRNA 4BRMA 4NO7A 1HKCA 3DXKB 4FL9A 1D4XA 3KHYA 1IJJA 3VF2A 3GOIA 4CZMA 1T6DA 4BRLA 4DCHA 4H0PA 5I9EB 2IVOA 2P9SA 2E1YA 3SJHA 1TYQA 2P9IB 3VPZA 4BRDA 1HX1A 4H0OA 3R8EA 3O1BA 1Z05A 4K42A 5AQQA 1QQNA 3O1WA 3MMVA 3UB5A 3CERA 3O4WA 2P9KA 4O8KA 5ADXA 4BQLA 1NGCA 3SMPA 5B8HA 5AZJB 2A41A 3QMLA 3W3DA 2CH6A 5AR0A 4AM6A 4I6MB 1QZ5A 3FZHA 5AFUH 4BRHA 2IIRA 3UKRA 3O08A 2YHWA 4FPBA 4C23A 3CJ9A 4XEIA 1S22A 1MDUB 5AQTA 2ZWHA 3D2FA 1SAZA 1BU6O 4BR2A 3ENOA 3ZEUB 4K25A 3O8MA 3SMSA 1ATNA 3FZMA 5JLHA 5AQXA 3IMXA 3D2EA 3GL1A 4M7YA 4WQ4C 3DXKA 3VESA 3VEYA 3ZETA 3R9PA 1GLEG 4FWMA 1BOTO 5AQGA 1IG8A 1MA9B 2PAVA 2HOEA 1C0FA 5E26A 3QDKA 4H5TA 2CH5A 4RTFD 5KPZA 3A5LC 2ITMA 3I33A 3A5OC 3EN9A 3W0LA 4FWSA 2QWPA 4QS9A 3VETA 3AAPA 3DAWA 2QWOA 1GLDG 5EY4A 3G25A 1ESVA 1DEJA 5AZIA 3VGLA 1U2VB 2V7ZA 2OANA 4F9OA 2FLOA 4DHYA 4H5NA 1NGEA 2Q31A 3BF3A 1YUWA 3UKUB 4RCHA 3WQTA 4I6MA 3ZX3A 3LM9A 3M3ZA 2Q36A 4B9QA 5E84A 3EKSA 3L6QA 4FWKA 2GTDA 3CIPA 3DJCA 4PKGA 2ZF5O 2EWSA 5EOYA 2I7NA 3ZEUA 5AQPA 2QXLA 4JHDA 4WYBA 1E4FT 4BGAA 3VF4A 1YXQA 3VEZA 1BDGA 2VCPA 3VGKA 4A2AA 5TKYA 2QWMA 4YDUA 5FPDA 1K8KB 4FOEA 4BC2A 4EHUA 1NGHA 3U9ZA 3ULEB 4BRQA 3A0IX 3QBXA 4XH1A 4B1UB 1GLFO 3MN5A 2UYTA 1HLUA 3WEEA 2E20A 1XC3A 4BG8A 2CGKA 2V7YA 4CZHA 2P9PB 5F1XA 1KAZA 2V51B 3IFRA 2H3GX 2VWBA 2BUPA 4B1YB 2AP1A 4BR7A 1OKJA 4BR9A 4QS8A 5BPLA 4BG9A 1MWMA 1U2VA 2QW9A 4BREA 3LDQA 4K41A 1XQSC 3AY9A 2D0OA 4BC4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSVA 3WXIA 1X9MA 1N33K 1C1AA 4FM0A 2DTUA 3ZCMA 2IVPA 2P9UB 3CC7N 4DUZK 3E1YA 2YCHA 4FYDA 5EVZA 3V9UA 4Z4EA 3FZKA 3M8SA 3I55N 4RG8A 1BA0A 1VQMN 1DKGD 3CPWM 5AQOA 3HJFA 2Q1NA 3O9SA 4AHSA 4B8CA 4CEBA 2YNHA 1JCFA 4C8NA 3SQ4A 3RRHA 4YOYA 2UUAK 3CPEA 3QNOA 5AQLA 2GWJA 3ENHA 5AFUA 3F5TA 4HTLA 2KZZA 3MEGA 4FWLA 4NLCA 4LF6K 4FLUA 3CM6A 3A8YA 4H0XB 2WFBA 3IDHA 1YITN 5KRTA 3TSUA 3AAQA 1IV0A 3WUHA 3QEXA 3FLCO 3IRXA 4ELTA 3O9TA 4CBUA 3H45C 1TAUA 4CGJA 3VENA 1WSIA 1BQMA 1U45A 3CCVN 4DMNA 5AQNA 2QKKA 4PUOA 4KKOA 2G8VA 3ZSOA 3EKUA 4FOIA 2P9UA 3L8BA 1C1CA 2WOMA 2HNYA 4FJGA 1S5JA 1SS6A 3MCPA 4IOXA 1XUPO 1TKZA 2UXDK 4LF7K 3FZFA 4BC3A 4QOZB 4IKFA 1J9AA 2BE2A 2B6AA 5A2QO 1LWFA 4JD2B 3FGUA 1YHQN 2B5JA 3VQCA 1MWKA 3WNFA 3MN7A 4JI2K 1TL1A 2YV0X 1XNQK 5BN9A 3TTCA 1WSJA 3C0BA 5C42A 3AO5A 4ISGA 4FWPA 1NJZA 4CK2A 1QQCA 4IZ9A 1W97L 3TABA 3ZX2A 5BREA 3H3OB 4OVLA 4M63C 1Q8IA 5AQSA 3HTVA 1ASWA 4BR0A 2IDOA 4CD3A 1W9HA 4HCBA 1JCEA 3LDOA 1D5AA 3TPQA 1XMOK 2O4IA 3PX6A 1J6ZA 3HO1A 3CHWA 5AQWA 1Z26A 2G8UA 4IWVA 2G8FA 3CCEN 4W5NA 3A5MC 2GUPA 3RSEB 2E5LK 3PO4A 2HF3A 3EO3A 1BCMA 4FZXC 4QS7A 4ID1A 1KVBA 4DV1K 4DSLA 4K43A 3S3NA 3HOTA 4N5SA 3IUCA 2GV9A 3LPUA 1U6ZA 3V9ZA 1TV6A 3ZETB 1Z25A 4O5FA 5AQVA 4GVEA 2FBTA 3VQ7A 4W5OA 4FLTA 1QVGM 2F4VK 2W41A 1KRPA 2ETJA 3CYMA 1NGFA 1BI4A 3THXB 3VQDA 1RDCA 1VSFA 4O55A 4YHHK 5LJWA 4CJWA 4OPJA 1JLFA 5AZIB 3ULEA 4B1WB 3NHGA 4ISEA 4DV3K 5KRSA 3QEWA 3FFKB 3A5NC 3AVKA 4PHTX 3RWUA 4NB4A 3RSEA 4DU4A 4RWTA 4DTOA 3TI0A 3M6GA 5KPRA 5EXWA 4KHWA 3ZSWA 4CIGA 2OTJN 3OYGA 4DTMA 1KLNA 3LWLA 3O80A 1NGIA 1X3MA 1ATSA 1J5EK 4FWOA 3SJJA 5ELZA 4A2BA 3O5BA 1KVAA 1X9WA 4KHUA 2ZGYA 3DI6A 4IOCL 3ZSXA 1ZBFA 5GAHP 3CETA 1QSSA 4ILGB 4ID5A 1NJXA 3BDPA 3OYEA 3PUFA 3O9QA 4HWIA 3VF6A 1R59O 3THXA 3VEXA 3ASMA 4DF4A 4KBOA 3O3FA 4LY7A 1BQNA 2YJEA 3LAMA 1RTDA 5FRMA 4IG3A 4LC9B 2E1ZA 3OW2M 3ID6A 5FLXO 3LPTA 2IAJA 4Z4HA 4Q5VA 2E2NA 4DR4K 1G99A 2ASMA 4F2SA 2PBDA 2D1KA 2W42A 2V52B 3PV8A 2X6NA 4F4KA 3CJCA 1Q82O 1JLEA 5F2RA 3ATVA 2A1RA 2HNZA 4A61A 1I94K 4DV4K 3VERA 5JICA 2E8AA 3C6HA 4JKCA 3LAKA 4FPAA 3D45A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3ZSV A;  3WXI A;  1X9M A;  1N33 K;  1C1A A;  4FM0 A;  2DTU A;  3ZCM A;  2IVP A;  2P9U B;  3CC7 N;  4DUZ K;  3E1Y A;  2YCH A;  4FYD A;  5EVZ A;  3V9U A;  4Z4E A;  3FZK A;  3M8S A;  3I55 N;  4RG8 A;  1BA0 A;  1VQM N;  1DKG D;  3CPW M;  5AQO A;  3HJF A;  2Q1N A;  3O9S A;  4AHS A;  4B8C A;  4CEB A;  2YNH A;  1JCF A;  4C8N A;  3SQ4 A;  3RRH A;  4YOY A;  2UUA K;  3CPE A;  3QNO A;  5AQL A;  2GWJ A;  3ENH A;  5AFU A;  3F5T A;  4HTL A;  2KZZ A;  3MEG A;  4FWL A;  4NLC A;  4LF6 K;  4FLU A;  3CM6 A;  3A8Y A;  4H0X B;  2WFB A;  3IDH A;  1YIT N;  5KRT A;  3TSU A;  3AAQ A;  1IV0 A;  3WUH A;  3QEX A;  3FLC O;  3IRX A;  4ELT A;  3O9T A;  4CBU A;  3H45 C;  1TAU A;  4CGJ A;  3VEN A;  1WSI A;  1BQM A;  1U45 A;  3CCV N;  4DMN A;  5AQN A;  2QKK A;  4PUO A;  4KKO A;  2G8V A;  3ZSO A;  3EKU A;  4FOI A;  2P9U A;  3L8B A;  1C1C A;  2WOM A;  2HNY A;  4FJG A;  1S5J A;  1SS6 A;  3MCP A;  4IOX A;  1XUP O;  1TKZ A;  2UXD K;  4LF7 K;  3FZF A;  4BC3 A;  4QOZ B;  4IKF A;  1J9A A;  2BE2 A;  2B6A A;  5A2Q O;  1LWF A;  4JD2 B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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