4BRMA

Sulfur sad phasing of the legionella pneumophila ntpdase1 - crystal form iii (closed) in complex with sulfate
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 115
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brmA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brmA02
4FWSA 5AQRA 5F0XA 4JNEA 4RWTA 3RSEA 4BRKA 2Q0UA 2IIRA 2ZGZA 3D7EO 4RCHA 3MN9A 2QWMA 1KXPA 1D4XA 2IVNA 4NB4A 4WQ4A 2P9NB 2GWJA 2BTFA 3I8BA 2FXUA 3CJBA 3I33A 3GG4A 4IWVA 2FSKA 3EL2A 4H5VA 3U8XA 2IVPA 2AA4A 4BR4A 4CBUA 3FLCO 3SMPA 3ZEUA 3U4LA 4CJ7A 4ISEA 5AQJA 3CJCA 4H0VB 1TYQB 1BWFO 4BROA 5BN8A 1SQKA 4CZKA 3CJ7A 4EFHA 4C23A 3QB0A 5AQUA 1E4FT 1QQNA 4B1WB 2P9NA 1BDGA 3DXKA 3M3ZA 4B1YB 3IFRA 4E1JA 5LJVA 2PAVA 1BU6O 3CJ9A 3H1QA 2YHYA 3QDKA 5FPNA 2HF4A 5AZIA 2VWBA 1J6ZA 1C0FA 4CZMA 3ENHA 5KPTA 4GNIA 1JCEA 3TU5A 3JXUA 4CZJA 5EVZA 3H46O 3EN9A 1HKGA 3GL1A 5AQYA 1Z6RA 3EKUA 2WUSA 5BREA 3IUCA 4BRDA 3FR0A 4WQ4C 3VEVA 5BPLA 2NLXA 2W41A 1NGBA 1BA0A 2V7ZA 3D2FA 2CH5A 3MN7A 3MDQA 2HOEA 2NRHA 3O08A 3LDLA 3WEEB 4JAXA 2CGLA 3HM8A 1HUXA 2V7YA 4ISGA 3WT0A 4A2AA 4H0XB 5EY4A 1U6ZA 4BGBA 5KPRA 3OHRA 2Q2RA 4DCHA 3ZETB 4FO0A 2NZTA 4LC9B 3UB5A 3L4IA 3LL3A 1X3NA 1RGIA 1K8KB 2ASPA 3CJAA 4A2BA 4QS7A 5AR0A 3LM2A 4QS8A 3QFUA 1NGCA 3VF4A 3MN5A 1R59O 3L6QA 3H3NO 3BF3A 3CHWA 2W40A 4O5FA 2V51B 2HF3A 1QZ5A 4ISFA 3RSEB 1NGHA 1H1VA 3CI5A 3WEEA 2D4WA 4O8KA 4FPBA 4B9QA 5E84A 1T6DA 1QZ6A 5BRHA 1ZXOA 3S41A 2QWLA 2FSNA 3AY9A 4XH4A 4BC5A 4GY2B 4PKHA 3AARA 5CE3A 3FZLA 1NM1A 4H5RA 5AQFA 3U9ZA 4NO7A 4BRPA 4WQ5A 1WOQA 3SJHA 2F9TA 3DXMB 4EHUA 2OANA 4H0OA 3H45C 2GTDA 4IJAA 3CERA 2AP1A 1DKGD 1SZ2A 3WQUA 4CZEA 5AQSA 2FF3B 2QWQA 4XH1A 3DXKB 5AQZA 5ADXH 2E2NA 3VENA 3J8AA 1MWMA 1QHAA 3VEYA 2Q1NA 3EZWA 4B1ZA 5TKYA 3QBXA 4YDUA 1HKBA 2CGKA 1DEJA 3WXJA 1KAZA 2QWRA 3H3OB 5FPDA 4BR5A 5AZIB 2ITMA 4CBWA 4F9OA 3BEXA 1Z05A 3ATVA 4BVOA 1KAYA 1X3MA 3VETA 4CZGA 4K41A 2YHWA 3DXMA 2J4RA 2P9PA 3R6MA 4I6MB 4PKGA 4H0PA 1GLDG 1P8ZA 3O8MA 1CZAN 3FZKA 3HZ6A 4KBOA 5F2RA 4FOEA 1NGIA 4BC2A 4H5NA 4FL9A 4CI6A 2ZWHA 4A61A 3HI0A 2A40A 3D2FB 2Q31A 3FZMA 3GOIA 3SLCA 1IG8A 3IDHA 3QBWA 4K43A 4M7XA 4K25A 3IMXA 4BC3A 1JCFA 2E2QA 3WQTA 5BPNA 3A5NC 2A3ZA 3VESA 5AQNA 3VEOA 2FLOA 4FPAA 3HBTA 3UKRA 2H3GX 3KHYA 4I6MA 1YVNA 2QWOA 3MN6A 1ESVA 1TUYA 1MWKA 2P9UB 1BUPA 4H03B 5AZJA 3MK6A 4H0TB 3UKUA 3C7NA 5JICA 5LJWA 1NGGA 1GLEG 4K42A 4H5WA 3P4IA 3A5MC 4FWMA 5LY3A 2P9SB 1S22A 2D1KA 5AFUA 1ZBSA 3FZFA 3W0LA 2YHXA 4A62A 4IXCA 3ATUA 1LOTB 1LCUA 1HLUA 2FF6A 5AQHA 4CD3A 3WXKA 3H1VX 2E1YA 1C0GA 2Q36A 2VYPA 1GLAG 1Y64A 3BP8A 3VGLA 1X9JA 2D0OA 3ULEB 4BREA 3VEZA 2P9KB 2P9UA 2IVOA 5AQKA 4AM7A 2A6AA 4BRQA 4CZFA 2E88A 3M1FA 1HX1A 3VERA 3DWLA 1U2VA 3QMLA 2P9SA 1NGEA 1ZC6A 4BRGA 2EWSA 2Q0RA 4BRHA 3A5OC 3HSCA 3EKSA 4IO8A 1RDWX 2ASOA 4BRIA 1HPMA 5JLFA 4CBXA 4BR0A 1DGKN 2E8AA 1HJOA 3GE1A 4JHDA 3A0IX 1HKCA 2P9IB 3ULEA 5AQXA 3CETA 3H6EA 2P9KA 2HMPA 3CJ1A 4MO4A 5BR9A 4JN4A 3SMSA 4B1UB 1MA9B 1BG3A 3CQXA 5AQIA 4QS9A 1EQYA 4JD2A 4BRLA 1V4TA 4CZIA 5AQOA 2E1ZA 3AAPA 3LDPA 4FWOA 3O80A 3TPQA 1XC3A 2P9PB 3VGKA 4FWRA 4XH5A 4BR7A 1NBWA 5AQVA 1S3XA 4FOIA 2E2OA 2ASMA 1KAXA 2P9LA 5AQTA 4PKIA 1NLVA 2QW9A 4H5TA 4RTFD 3VF6A 3KVGA 5AQGA 2YI1A 4FWLA 3AAQA 3CQYA 2P9IA 2I7NA 4WYBA 4BQLA 3VF2A 4CD1A 1GLCG 4EIAA 5JLHA 3FZHA 4J8FA 5AQPA 5KQ8A 5ADXA 4FWPA 2UYTA 1QQMA 1BOTO 2Q97A 3SK3A 1IJJA 3DAWA 5AQWA 3UKRB 1ATRA 5AQLA 2GEMA 5FPEA 4AM6A 2QWNA 4XEIA 5AZJB 4MO5A 2A41A 3B8AX 3C7NB 3QFPA 4FWQA 4M63C 3UKUB 3WXIA 3FGUA 1YUWA 3A5LC 3W3DA 3WUHA 2QXLA 1E4GT 5KPZA 1Q18A 4PL8A 3VPZA 4H0YB 4FWKA 4BR9A 1MDUB 2VCPA 2GUPA 3LM9A 4HTLA 3JS6A 3CIPA 1NGDA 4WQ5C 4BG8A 2A42A 4BRCA 4M7YA 5BRDA 4HWIA 2FSJA 4BR2A 5EXWA 3R9PA 4BG9A 2YCHA 1OKJA 3O6WA 1SAZA 3GBTA 3LDNA 1JCGA 3GDQA 4DHYA 2ZF5O 1T6CA 1NGAA 1U2VB 5E26A 3BUZB 3VGMA 4B1XB 1YXQA 4BVPA 4YDUC 3KZBA 3MCPA 2QWPA 3O1BA 2F9WA 1YAGA 4MLHA 4L3QA 3L0QA 1GLLO 1TYQA 2QM1A 3O5BA 4EAHD 1XQSC 5AFUH 1GLFO 3MMVA 3F9MA 3O4WA 4JHDB 3BF1A 3O1WA 1QQOA 1TUUA 1GLJO 1ATNA 1NMDA 2PBDA 4BGAA 3A8YA 1BO5O 4Y0WA 3ZX0A 4BRAA 4JD2B 2ZGYA 3VOVA 5KQDA 2BUPA 1WUAA 3UE5A 2KHOA 2YJFA 3M6GA 5F1XA 1GLBG 3FFKB 2I7PA 5I9EB 4CZLA 1T44A 3WXLA 4FWNA 3R8EA 3VEXA 1NGJA 3U9DA 2P9LB 3ZX2A 3C0BA 4BRFA 4B1VA 1V4SA 1RFQA 5EOYA 3LDOA 2E2PA 4IJNA 4MLEA 4PL7A 2GELA 4CZHA 4DQ8A 4BQZA 5FPMA 1G99A 5BN9A 2A5XA 3ID8A 1NGFA 3ZX3A 3D2EB 5BRFA 5EX5A 2V52B 3G25A 5AQQA 5JMVA 2D0PA 2YJEA 3EO3A 5B8HA 4BRNA 1BA1A 5ELZA 3QICA 1XUPO 3ZETA 2E20A 3ENOA 5AQMA 4IZ9A 3DJCA 3FE1A 4BC4A 2CH6A 2DPNA 4FSVA 3VEWA 4EHTA 1K8KA 5BPMA 1ATSA 4Z94A 2GWKA 4DB3A 3ZEUB 1NWKA 4BRMA 3LDQA 2CGJA 3HTVA 3D2EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RWTA 4JKBA 3RSEA 3OA9A 4E1MA 4NLCA 3MN9A 3HPHA 4JI8K 1BIZA 1D4XA 1QTMA 5LL6Z 2P9NB 4F3OA 3KKRA 3QEIA 4DFMA 1VK0A 3SUOA 5KRTA 2Z1GA 1REVA 1M1KO 2O8BA 4CGFA 2ZJRL 2IVPA 4BR4A 3O3GA 2IC3A 2G8UA 4CJ7A 4JYAK 1BL3A 3CJCA 4H0VB 3SBGA 1XNRK 1UA1A 4B3MK 4BROA 1C1AA 4B1YB 3NCIA 3V1OA 5AZIA 3DLHA 4PA1A 3ZT4A 1XHZA 4FYDA 4JKDA 2IAJA 3U3YA 5C12A 3PLAA 1RBRA 4FJNA 3ZYYX 4DV2K 3ZSVA 4FLZA 1Z6RA 3EKUA 2WUSA 5CZ2A 4K8XA 4CEAA 2HHWA 3CCMN 4KREA 4LF6K 4DTJA 1C1BA 3VEVA 2W41A 4WF9L 4DG1A 3AVKA 3CPEA 5EU7A 2CH5A 2G8VA 1EWRA 2FBVA 1HUXA 3WT0A 4KHSA 1VSKA 1HRHA 3QO9A 3OHRA 3ZCMA 4ZHRA 2NZTA 4KH5A 1J5EK 3AVNA 5HROA 3VQ7A 3LL3A 1S9EA 4JEPA 3H08A 4JK9A 4HHTA 3DLGA 3QFUA 3O3HA 2NRWA 3EEQA 4CK1A 1JL2A 5AJ3K 3K5LA 3BF3A 3B6PA 4DV0K 5CHIA 4ISFA 3RSEB 3LWLA 3N4PA 4FPBA 1TL1A 3E66A 1BGXT 3HYFA 1TKXA 5CZ1A 3K5OA 4O44A 3TAQA 2QKBA 3S41A 4AQYK 2O8BB 3KK3A 2QA4N 1ZBHA 3EE9A 4GY2B 2D0BA 4PKHA 1L3SA 1KFSA 3TAMA 5K14A 1NM1A 3U9ZA 4ZTJA 4NO7A 2GV9A 3ID6A 1L3TA 3DXMB 2OANA 4CK3A 4H0OA 3CERA 3T3FA 1DKGD 3Q7BA 4JS4A 1VHXA 3E1YA 1MWMA 4WFNL 4PHTX 5TKYA 1XNQK 2RE2A 3OS2A 4MDBA 2LSNA 3QERA 1YJWN 1VQNN 2CGKA 1DEJA 3KLEA 3WXJA 3K5NA 1XHXA 5FPDA 3PX4A 1YJ9N 5AZIB 1WNSA 4M3TA 3MXJA 4F9OA 1T8EA 3RRGA 2F96A 1KAYA 4X66K 3VETA 4CZGA 2YHWA 2J4RA 2P9PA 1NJXA 3NF7A 4PKGA 3L2RA 4H0PA 3O8MA 4DSFA 1QVFM 3MWPA 3VQAA 4KBOA 3OYHA 4FOEA 2HHUA 3J7AP 4CI6A 2A40A 3DLBA 4GV3A 3GOIA 1VRTA 4AH9A 1KFDA 3TARA 1E3MA 1JCFA 3OS0A 4CW7B 3A5NC 3DYAA 3LANA 3EE8A 2UUAK 4I6MA 1RTJA 2KKZA 1BCOA 1MWKA 2P9UB 4H03B 3KD5E 3C7NA 1JLAA 1WAJA 4RW9A 5CR4A 3G71N 4FWMA 5KGWA 1BI4A 3PX6A 1EO1A 3THWB 3SUPA 2YHXA 4Z4HA 4KI4A 3LALA 5AQHA 4DF4A 3QLHA 3QEWA 3WXKA 1TKTA 3H1VX 2E1YA 4JKAA 4FJHA 2FBTA 2VYPA 4DR2K 3VGLA 2HHTA 4JKEA 1P90A 3VEZA 2IVOA 1HJRA 4AM7A 2A6AA 4BRQA 4DSJA 3ZSXA 4FJMA 1HX1A 4YOWA 3DWLA 1IBMK 4CESA 1TK0A 4OKEA 5C42A 4W5QA 1ZC6A 3JSMA 2EWSA 4IO9L 2KZZA 3HSCA 4CHZA 2D0CA 2ASOA 3V6DA 3E9PA 3CM5A 1U45A 2WONA 4BR0A 2E8AA 4CF1A 1HJOA 1IH7A 3GE1A 4BDYA 1I3AA 3SNNA 3PIOL 3O4NA 3CETA 2OZSA 2P9KA 4KI6A 2HMPA 3CJ1A 3R3LA 2DTUA 4JN4A 1MA9B 5AQIA 4JD2A 3S3OA 1VQMN 1V4TA 3FFIA 1LW0A 2Z1IA 4Y1DA 1S6QA 4FWOA 4BDPA 3WNFA 2P9PB 2HVIA 2YNFA 1NBWA 5IT9O 1S3XA 1TAQA 1QVGM 5HRNA 2P9LA 5AQTA 4PKIA 3HP6A 3O9RA 3CMEN 1K73O 4NYNA 2G8WA 2I7NA 3D45A 4BQLA 4CD1A 2JWKA 3FZHA 1YVUA 2HNDA 1QQMA 3QNNA 1HNZK 5CYQA 4DTXA 4N41A 1KTQA 1CXQA 3F9KA 4FJKA 2O8DB 4AM6A 4CJVA 1Z26A 4XEIA 4MO5A 3C7NB 4FWQA 3WXIA 3FGUA 3OYLA 3WUHA 1N5YA 1BI4B 1Q18A 4CEEA 3VPZA 1SL1A 3V81A 4BR9A 1KVAA 2VCPA 2GUPA 3M8SA 4YOTA 4CGGA 3CIPA 3WNEA 1NGDA 4E0DA 4BG8A 3TI0A 5BRDA 4M7YA 4HWIA 2FSJA 4JI0K 2X6NA 4BR2A 4W5OA 5EXWA 2X6SA 2YCHA 2I5JA 1VQ8N 1RTIA 4FM0A 3L3UA 5DK5A 3EY1A 3LDNA 3LZIA 5BR8K 3KLHA 1NGAA 3PIPL 4KHYA 1N33K 3BUZB 4B8CA 4J2AA 1A5VA 3DRPA 4KFBA 4B1XB 3J7ZO 4BVPA 2HMIA 1SUQA 3QINA 4TSXA 2QWPA 2UXDK 4MLHA 2QM1A 4LD0A 1XQSC 4FM1A 3DRRA 3NAEA 2VQFK 4DS5A 4GW6A 1GLJO 4CIEA 3VQ8A 5D3GA 3MWTA 4JD2B 1NJIO 5FLXO 1ASUA 4PY5A 1MU2A 1O1WA 3OTOK 5F1XA 3FFKB 4QAGA 3F73A 3KLIA 3VEXA 4FWNA 3TABA 1NGJA 2DFEA 1S5JA 2P9LB 1NK5A 1TVRA 3L3VA 1ITGA 3ZSYA 3TAPA 3G0ZA 4BRFA 4OGCA 1JLGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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