4BRMA

Sulfur sad phasing of the legionella pneumophila ntpdase1 - crystal form iii (closed) in complex with sulfate
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 115
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brmA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brmA02
1JCGA 1TYQB 3WEEB 4CBUA 5AQLA 4K25A 4JD2B 3FLCO 1NMDA 3CJCA 4MLEA 4BR4A 3CQXA 1T44A 3HBTA 2F9WA 1X9JA 4YDUA 3HTVA 1R59O 4BRPA 4WQ4C 5FPDA 3CJ7A 2P9KA 3ULEA 5AZJA 1C0FA 4CZKA 1BU6O 3IUCA 1ATNA 4I6MB 2A5XA 2I7NA 3FZLA 4WQ4A 1GLCG 3HM8A 1IG8A 2ITMA 3U9DA 4BRCA 3LM2A 1H1VA 4EHTA 1K8KA 3SK3A 5AQNA 2YHYA 3BUZB 3WXKA 2Q1NA 3U9ZA 3C7NA 3RSEA 5AQJA 2HF3A 2P9LA 4BRDA 2PAVA 2FLOA 4FWKA 5KQDA 2OANA 3ZETA 1ZC6A 4BGBA 4H0OA 3O6WA 4JN4A 2Q2RA 3I8BA 5AQVA 1HKCA 4JAXA 4EFHA 5EOYA 1RFQA 4BR0A 5KPZA 2P9KB 3ULEB 3L4IA 2DPNA 2D0PA 4EIAA 3U4LA 2NRHA 1HKBA 5JLHA 1Z05A 5BPNA 3A5LC 5EX5A 4DCHA 4JNEA 4FWSA 1LOTB 3BEXA 3ENHA 4C23A 4BVPA 3C7NB 3RSEB 2P9LB 3EKUA 1GLFO 4IXCA 3O8MA 3IMXA 1ZXOA 4RTFD 2ZWHA 3VENA 3W0LA 3AAQA 3IFRA 1XQSC 3GOIA 5F0XA 1GLLO 3DXMA 4J8FA 1HJOA 3R6MA 2YI1A 2WUSA 2P9PA 3JXUA 4QS8A 4PKIA 4IO8A 4CZEA 3QBWA 3GE1A 1BA0A 1MWMA 4FWPA 4IWVA 2A3ZA 1NGFA 2HF4A 3CJ1A 1GLEG 2AA4A 1NLVA 3O4WA 4M63C 1P8ZA 3VPZA 1U2VB 2A6AA 1BWFO 3MDQA 2V7YA 2H3GX 4FWNA 1LCUA 3MN7A 1V4SA 4H5WA 1MDUB 5LY3A 1HUXA 1YUWA 3VEVA 2GWKA 3VF4A 5BPMA 4BRIA 3R9PA 4XH5A 5AQFA 5JICA 4AM6A 1ESVA 3DXMB 4WYBA 2P9SA 4XEIA 3D2FB 3UKUA 4CZGA 2YHWA 1QQMA 4KBOA 4EAHD 3VETA 2QWNA 3CI5A 2P9PB 5ELZA 3DXKA 1NGGA 4BC4A 2BUPA 4BG8A 2QWOA 1NGIA 2GUPA 3VERA 3A5NC 3SJHA 2QWQA 4JHDA 3QBXA 1G99A 3MN9A 3F9MA 4ISFA 2W40A 3VEWA 2I7PA 5BPLA 2ZGZA 4BRNA 1SZ2A 4BR9A 4FWRA 4DQ8A 1WUAA 1HLUA 1TUYA 3CHWA 1KAZA 3KHYA 3MK6A 3S41A 3TPQA 3VOVA 3LDOA 3AARA 2P9SB 4FOEA 4BRMA 3U8XA 3QFUA 3UKUB 3QFPA 1Q18A 2E2NA 3DXKB 5BRDA 4L3QA 3M6GA 1DEJA 3SMSA 5AQTA 4IZ9A 4WQ5C 3H1QA 4CD1A 2P9UA 4JHDB 3EZWA 3VEYA 1SAZA 4MO4A 4O8KA 5AFUA 4QS7A 1J6ZA 4E1JA 5BRHA 3AY9A 2VWBA 4H0YB 4H5NA 4FWMA 4WQ5A 4FO0A 3H46O 2E20A 5E26A 1BOTO 3FFKB 1QHAA 5AQZA 4B1UB 1BDGA 3MN5A 1Z6RA 2Q36A 5TKYA 2GWJA 1NGAA 3HZ6A 1NGHA 4XH4A 1ZBSA 3WQTA 3LM9A 3QICA 1RDWX 4GY2B 4F9OA 5AQMA 3LL3A 2A41A 2NLXA 4FPBA 4BGAA 5AZJB 2Q97A 2ASOA 4FOIA 3VF6A 1ATRA 2E88A 3WXLA 2FSJA 5AQXA 3QMLA 4MLHA 3VEZA 5AQKA 4BC5A 2FXUA 1K8KB 5FPNA 3CERA 2QWRA 2A42A 3J8AA 4H0XB 1EQYA 4O5FA 4BC3A 3BP8A 1NM1A 2Q31A 3L6QA 4H0VB 3ATUA 4PL7A 3ZETB 4CZFA 3CETA 3EL2A 5F2RA 1NGBA 1BO5O 1ATSA 2BTFA 2EWSA 4BQZA 4BR2A 4BRLA 1NGDA 3KVGA 3ZX2A 4PKHA 3JS6A 3H3NO 3FZFA 2E1YA 2V7ZA 2CH5A 3ZX3A 3H45C 2P9NA 2FF3B 3OHRA 5AQQA 3O5BA 4BRFA 3ZEUA 4XH1A 1MA9B 2FF6A 4BR7A 2E8AA 5BREA 1HX1A 3AAPA 4A2BA 5FPEA 5LJWA 5AFUH 2UYTA 1OKJA 3FR0A 3LDNA 3R8EA 1HPMA 2F9TA 1BA1A 2E2PA 4CZHA 4B1ZA 2D0OA 5B8HA 1MWKA 3H6EA 3WXJA 3CJBA 4DHYA 4B1YB 4QS9A 1NBWA 4BROA 3FZMA 1RGIA 4BR5A 4CZIA 4Y0WA 2YCHA 5AZIA 4A61A 2P9NB 3WXIA 3A5MC 4AM7A 3H1VX 4A62A 3WEEA 5F1XA 3VGKA 3GG4A 3UB5A 3ZEUB 4BRGA 2ZGYA 5AQUA 3P4IA 2NZTA 3L0QA 4CD3A 3HSCA 3DJCA 2D4WA 2QWPA 4DB3A 2QXLA 4IJAA 4H0TB 1T6DA 1QQOA 1S22A 3GL1A 4H5VA 1KXPA 2IVOA 4BRHA 3A8YA 3D7EO 5KPTA 4CBXA 1QQNA 1NGCA 3WUHA 5AQGA 5AQHA 3ID8A 5AZIB 3A0IX 5AQRA 5CE3A 4H0PA 5LJVA 3G25A 2IIRA 3MN6A 2D1KA 3CQYA 4FL9A 4YDUC 4ISEA 4CBWA 3GDQA 4BRAA 4LC9B 4BRQA 2ASPA 1E4GT 2FSNA 5KQ8A 4CZJA 3I33A 5JMVA 3DAWA 4NB4A 1JCEA 3O1WA 1NWKA 4BVOA 2VCPA 1GLJO 4H03B 1Y64A 5BRFA 3VEXA 3QB0A 3TU5A 2CGKA 2W41A 3UKRA 1YAGA 3UE5A 4MO5A 3A5OC 2P9UB 4CJ7A 2QM1A 1SQKA 4HWIA 3SLCA 2AP1A 3D2EA 4BC2A 3FZHA 2P9IA 3FGUA 2PBDA 3EO3A 1D4XA 2ZF5O 4RCHA 3FE1A 1BUPA 4FWQA 5BR9A 1GLBG 1E4FT 3VF2A 3MMVA 3WT0A 4B9QA 1HKGA 2GEMA 5EVZA 5E84A 5JLFA 2IVNA 4B1WB 2IVPA 1XUPO 2V51B 1C0GA 2J4RA 4BRKA 5AR0A 3H3OB 5AQYA 4FSVA 5BN9A 4FWOA 2V52B 2QW9A 4FWLA 3UKRB 4BQLA 3QDKA 4BREA 2E2QA 3CIPA 2CGJA 3ENOA 3LDLA 3O1BA 1U2VA 3D2EB 5AQWA 5ADXH 1QZ5A 3O80A 2P9IB 4CI6A 2HOEA 3C0BA 1IJJA 4PKGA 3CJ9A 3KZBA 1CZAN 2Q0RA 3EKSA 3GBTA 5KPRA 3D2FA 2CGLA 5AQOA 1BG3A 3M1FA 4M7YA 4NO7A 2VYPA 4EHUA 1KAYA 3ZX0A 4FPAA 5EY4A 4BG9A 5AQIA 4CZMA 1TUUA 4K41A 3VGMA 1X3NA 2CH6A 4B1VA 4ISGA 1YXQA 5EXWA 5BN8A 1QZ6A 2GTDA 1JCFA 4RWTA 3LDPA 1GLDG 2YHXA 4B1XB 5I9EB 2A40A 4M7XA 2GELA 2FSKA 3CJAA 1T6CA 2E2OA 1DGKN 2Q0UA 5FPMA 4GNIA 1NGJA 1KAXA 3FZKA 1TYQA 3BF1A 3WQUA 3VESA 3VEOA 1DKGD 3B8AX 3IDHA 4JD2A 3MCPA 3EN9A 4PL8A 1GLAG 5AQPA 3BF3A 5ADXA 4K43A 1XC3A 4H5TA 3HI0A 1X3MA 2YJEA 4K42A 4A2AA 4IJNA 4CZLA 1U6ZA 4Z94A 3DWLA 1V4TA 2ASMA 3O08A 3W3DA 4H5RA 5AQSA 2HMPA 2QWMA 4I6MA 3LDQA 1WOQA 2QWLA 3ATVA 1S3XA 3SMPA 1NGEA 2KHOA 3M3ZA 2YJFA 4HTLA 2E1ZA 3VGLA 1YVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JCGA 3WEEB 4FJLA 4B9UA 4K25A 4DTPA 4JD2B 3UIQA 3FLCO 1NMDA 1KVBA 3CJCA 2OTLN 4BE1A 1T44A 4CHPA 2F9WA 3IKMA 1X9JA 4KI6A 1R59O 1YTUA 2VGMA 4CJ4A 2QXFA 4LF6K 1ATNA 1BQMA 4I6MB 3L2WA 2A5XA 2I7NA 1WNSA 3PLAA 4LD0A 3LM2A 1VQLN 3R3LA 3P83D 1K8KA 4EHTA 3NBPA 3CCQN 3SK3A 2E5LK 3AVLA 3F73A 3R1XA 4JI0K 3SCXA 3AVGA 4FWKA 2YV0X 2G8KA 1KSPA 4FK4A 2Q2RA 3L4QA 3I8BA 4AHUA 3K59A 1K8AO 5CZ1A 1RFQA 2HMIA 2KQ2A 2G8FA 2NRHA 3ZSYA 1VQ9N 2RKIA 3O9SA 3I56N 3A5LC 5HOOA 1XWLA 1WLJA 4JNEA 3VQDA 4FWSA 4CK3A 4L8RB 4A5BA 2G8UA 4JKHA 1Q82O 4BVPA 4B08A 5J2QA 3SPZA 3S3NA 4CGHA 2QK9A 1WSHA 2OCEA 3AAQA 3P38A 5DMRA 1S6PA 2XRIA 2VWJA 3RMBA 1SV5A 4QS8A 1XHZA 1KCFA 1MWMA 4FWPA 4IOCL 3M8PA 1KFSA 3ID6A 3VQAA 3HL8A 3MDQA 2WBNA 2NNWA 5M1QA 4NXNK 1LCUA 2KW4A 5GIOA 3MN7A 2UXBK 1V4SA 3RVCA 1YUWA 3VF4A 1OH8A 1Q9XA 3DM2A 4DV5K 3R9PA 4ID5A 1HNXK 4CEEA 1ESVA 3WNFA 4CZGA 1QQMA 3SJJA 4EAHD 1T3VA 3CI5A 4JYAK 1NK7A 3DXKA 1W97L 1T7PA 3AO2A 5J1EA 3SJHA 2HHVA 3NGYA 1G99A 4AHTA 1LWCA 4E89A 5LMNK 2Z1IA 4Y1CA 3J81O 3NH2A 3LAKA 4BRNA 4GW6A 4KPYA 2BDPA 1HNIA 3DI6A 3Q7BA 5JVHL 4IO9L 3OS2A 3VQPA 1NJYA 1C1CA 1VSIA 1L3SA 3N4PA 3QFUA 5CHIA 3VQ6A 3DXKB 3BY5A 4L3QA 4CW7B 5BRDA 5AQTA 5MLCQ 5CR4A 3EZWA 1SAZA 2OZMA 2HNYA 2VWBA 4H0YB 4B9SA 3WNGA 4KH4A 1BHLA 1VSLA 3ZT4A 3HM9A 3H46O 4DQRA 3AO5A 3FFKB 2QI2A 1HNWK 1N5YA 4F2RA 1BDGA 3MN5A 3S3OA 1NGAA 1BGXT 4XH4A 4C8NA 1NOZA 3QICA 4DS4A 5AQMA 2NLXA 4BE2A 1KLMA 4JI8K 3NF7A 2ASOA 4FOIA 4M41A 5HL7L 3DMJA 2E88A 4FJMA 2DFHA 4BDYA 3DYAA 5AQXA 3DRSA 3HP6A 4MLHA 1J54A 3VEZA 4DKWA 1XI1A 2PY5A 1Z25A 4CJKA 1JLCA 3J8AA 4H0XB 4O5FA 4CJWA 3TARA 4DV2K 1NM1A 4BDPA 2Q31A 4K0KK 4CVNE 2E4LA 2ITGA 4PL7A 3V9ZA 3ZETB 3CETA 3EL2A 1NGBA 4HUEA 1NMNA 3C6TA 3O3HA 3KK3A 3K58A 3RRGA 4W5TA 4QCLA 3KVGA 4O0JA 2FC0A 3RWUA 3EEQA 2UU9K 3FZFA 3BZCA 3OYBA 2E1YA 4DTOA 2CH5A 3ZX3A 2JGUA 4FZZA 4GVEA 1NK6A 2E8AA 3AAPA 3D6RA 1L5UA 2UYTA 1S1TA 3RR8A 3MWPA 3S9HA 3OYFA 4Z0UA 2E2PA 4CZHA 2D0OA 5B8HA 3G71N 2FBYA 1VQ5N 4JKGA 1QVFM 2HHSA 4C1NI 1JLFA 4JRQA 1NBWA 3FZMA 4A61A 2YCHA 5AZIA 3B6PA 5IWAK 3LP2A 4A62A 5C2DA 3V81A 4CFCA 4GV3A 3LWLA 4CGJA 2HBJA 3SUNA 2GX9A 3P4IA 4ELUA 4NYNA 2NZTA 4IG0A 3LDSA 4DV3K 1RBRA 2D4WA 4FJ7A 1RBTA 4DSKA 1QQOA 4UQGA 4H5VA 4JK7A 1O13A 3D7EO 4FVMA 4FLXA 3CC4N 3C94A 1CZBA 5AQGA 5AQHA 4CGFA 5AZIB 3A0IX 3KLHA 3CCJN 5LJVA 1LWEA 1HMVA 4NXMK 3NMUA 4CBWA 4BRAA 4YORA 4OX9K 3NH0A 4DTUA 2FSNA 2Y1JA 5JMVA 3O1WA 1EP4A 3TTFA 4GKKK 1S1VA 3EE9A 4PUOA 1GLJO 4KHPK 1Y64A 1TV6A 4JI4K 1JL1A 1BQNA 4IOAL 3HSTB 4MO5A 4M3XA 2P9UB 3NCIA 1DTTA 3FZHA 4FLYA 2P9IA 3FGUA 5A2QO 1JXEA 4DU4A 3I0SA 1BUPA 4FWQA 2NRVA 5BR9A 4B9QA 2QKBA 1J53A 4M3ZA 4W5NA 1I39A 4DSIA 5FRNA 2YHAA 4B1WB 4KHWA 4KKOA 4E1NA 3L2RA 1IKXA 3NH1A 2IVPA 3CYMA 3BGRA 3OJSA 4FSVA 1D9FA 2V52B 3T19A 1UA0A 4N76A 3T1HK 4BQLA 4BREA 3MXIA 3CIPA 1P90A 2CGJA 4PQUA 4GVMA 4KI4A 1OVQA 5HRRA 3K9KA 1C1BA 1QZ5A 3HVTA 2P9IB 3AGRA 3K5NA 3VA3A 3C0BA 4KREA 2OYQA 4KFBA 3F5TA 4PKGA 1EWQA 4J2DA 3V1RA 3OBYA 4GMJB 3ZSWA 1EO1A 1CXUA 4OJRA 1CZAN 4B9MA 4B3TK 3D2FA 1RNHA 4B9TA 3TAPA 4EHUA 4IFVA 3HPGA 1WN7A 4OKEA 4IBNA 4AILC 3SAGA 4X65K 1HYZA 1YXQA 5EXWA 2GTDA 1JCFA 4JV5K 1IG9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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