4BRMA

Sulfur sad phasing of the legionella pneumophila ntpdase1 - crystal form iii (closed) in complex with sulfate
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 115
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brmA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brmA02
2P9LB 4H5NA 3DAWA 3UE5A 2Q31A 3CQXA 1S3XA 3H1QA 4GY2B 3FZFA 5AQIA 3QFUA 2P9SB 4IWVA 4XH1A 1Q18A 3A5NC 2D4WA 4PL8A 1GLFO 4BQLA 4BR4A 1BU6O 3RSEB 5AQFA 4HTLA 3SMPA 3MN9A 1GLEG 5B8HA 1T6DA 1JCGA 3H3NO 1OKJA 3UKRA 5CE3A 2P9IA 1C0FA 3IMXA 3U4LA 1NMDA 1XUPO 1H1VA 5AQUA 3WT0A 2QWLA 4B9QA 3VEZA 2YJFA 3MN7A 4C23A 3IUCA 5KQDA 3MK6A 1X9JA 5AQLA 2E1ZA 4KBOA 2E2OA 1TUUA 4BRNA 3DJCA 3O08A 5AQQA 3JS6A 4MO5A 1S22A 1TUYA 4BREA 2I7NA 3JXUA 1NLVA 3LDOA 3O5BA 3UKRB 2HOEA 3VETA 2A42A 2F9WA 3H46O 2DPNA 2P9IB 4WQ5A 1KAYA 1HKGA 2CGLA 3TPQA 3G25A 1KAZA 2E8AA 3FGUA 3LL3A 3SJHA 2YI1A 1NGAA 2V7YA 3FZLA 4K42A 3VERA 4H0XB 3IFRA 2UYTA 4EAHD 4K43A 2I7PA 4WYBA 1WUAA 3BUZB 1NGDA 1MA9B 3C7NA 5JMVA 5KPTA 1E4GT 2YHWA 3VEVA 5AR0A 2Q2RA 4O8KA 2GEMA 1HLUA 3ZEUA 4I6MA 3AY9A 4XH5A 1SZ2A 3FFKB 2PAVA 4B1YB 1U6ZA 2ZGZA 3R6MA 2FXUA 5E84A 5AZJA 3U8XA 1GLLO 3C7NB 3VEXA 5AFUA 5F2RA 2E1YA 1KAXA 4BRPA 4MLHA 2YHXA 3B8AX 4BR7A 4BRHA 5LY3A 3ID8A 4FWLA 2GUPA 3LDNA 1MDUB 3ZEUB 3QMLA 4I6MB 4PKIA 5BRHA 5AQJA 3ENOA 5KQ8A 3EO3A 2AP1A 5FPMA 5AZJB 2P9UA 1YXQA 2W40A 3CIPA 4JHDA 4LC9B 4Y0WA 2A5XA 4IZ9A 1HKCA 3WXKA 3GE1A 3QBXA 1V4TA 4BQZA 4CZEA 4F9OA 3MN5A 2GELA 5JLHA 4IO8A 5ADXA 4RTFD 4ISGA 4FWNA 3HM8A 4K41A 3SK3A 2QW9A 4EHUA 2HF4A 2QWOA 3ZETA 2OANA 3SMSA 3QBWA 5AQRA 3CJ1A 1BWFO 4CBWA 3ATUA 3I8BA 3VGMA 2P9UB 4CBUA 4JHDB 2VWBA 3FR0A 4B1ZA 4A2AA 3CJCA 3O1WA 4FOIA 3O80A 4WQ4C 1QZ6A 1BA0A 1GLAG 3DXMA 3LM2A 4FWKA 4CI6A 2V7ZA 3VEWA 2A41A 3C0BA 3VEYA 3F9MA 5AQPA 3ZETB 2QWQA 3AARA 5LJWA 1RGIA 5AZIA 3GDQA 2H3GX 2ASOA 3CQYA 2CH6A 3UKUA 3VF2A 4JN4A 1J6ZA 3P4IA 3VF6A 1SAZA 4EHTA 4QS9A 2E2NA 5AQGA 4DB3A 5LJVA 3R9PA 1LOTB 1DGKN 4IJNA 2P9NA 1Y64A 3CI5A 4FWOA 3DXMB 2Q0UA 4AM7A 5AQOA 3EN9A 3S41A 5FPDA 2QXLA 3FE1A 3MN6A 5AQSA 4FPAA 5AQZA 3EKSA 3AAPA 1BG3A 2FLOA 3SLCA 3W0LA 4CZLA 1JCEA 3L0QA 2VCPA 5AZIB 1HJOA 1JCFA 1ESVA 2ASPA 3LDPA 4FWRA 3UKUB 4B1UB 3O4WA 1GLJO 4H0PA 5AQXA 2A3ZA 3A5LC 4H5TA 4QS8A 3VENA 3BF3A 4DQ8A 1P8ZA 2P9NB 2V52B 4MO4A 1NGGA 1X3MA 4L3QA 4H5RA 5ELZA 4CZIA 4CZFA 1NGEA 4WQ4A 3ULEA 1Z6RA 3CETA 3M6GA 3WXIA 2Q0RA 4A2BA 2BUPA 2VYPA 3M3ZA 4BC2A 2IVOA 2GWJA 3EKUA 4A61A 2CH5A 3ZX3A 3LDLA 4B1WB 4BR5A 5BN8A 5BRFA 2YCHA 2ZF5O 1ATNA 2QWPA 4FWSA 5TKYA 4XH4A 1GLBG 1QHAA 3D2EA 2FF3B 2IVPA 3H3OB 3L4IA 5E26A 2AA4A 4H0TB 3J8AA 3KHYA 1NGJA 2ZWHA 3TU5A 4FWMA 1NGCA 2ZGYA 4CZMA 2A6AA 3HBTA 1QQNA 2GWKA 4FPBA 2NLXA 3ULEB 3O6WA 1R59O 3WQUA 2IVNA 3ENHA 4BRDA 4DCHA 4BRAA 3CJBA 5AQTA 1DEJA 3O8MA 4BRKA 4JAXA 3VEOA 5BRDA 4PKGA 1NGIA 4IJAA 1QZ5A 3D2EB 3DXKA 2GTDA 3WUHA 4ISEA 3MCPA 3EL2A 3KVGA 1YAGA 2WUSA 3VGLA 3HI0A 3GG4A 4J8FA 4BRCA 4CZGA 5KPZA 4JNEA 2CGJA 3MMVA 4JD2A 5EVZA 1T6CA 1BO5O 2EWSA 4H5VA 1D4XA 2P9KA 1SQKA 5EY4A 1XC3A 2P9PA 1X3NA 2D0OA 2QWMA 3CJ7A 3R8EA 5AQKA 3DXKB 3HSCA 4BG8A 5AFUH 1U2VA 1TYQA 4ISFA 3A8YA 3QB0A 4O5FA 1BUPA 3D7EO 2HMPA 4NB4A 5AQYA 4JD2B 1BOTO 1WOQA 4B1VA 1KXPA 3MDQA 4BVOA 3BP8A 2P9KB 3VOVA 2Q97A 2P9PB 3WQTA 4GNIA 4E1JA 2A40A 2E20A 3KZBA 1QQOA 2BTFA 4BVPA 3QICA 4Z94A 4IXCA 1IJJA 3BF1A 2D0PA 4BG9A 1U2VB 3LM9A 5BPLA 4CD1A 2PBDA 1HKBA 1TYQB 5ADXH 5AQVA 1IG8A 3QDKA 3H6EA 3U9DA 3VPZA 1RDWX 3FZKA 1NM1A 1BA1A 5BPNA 3VGKA 5AQMA 2E88A 2FSNA 1GLCG 4H0YB 2FSJA 3H45C 4BRIA 1XQSC 1G99A 3CJAA 4BROA 4BGBA 1CZAN 3VF4A 5EX5A 4PL7A 3ATVA 2CGKA 1V4SA 2W41A 1ZC6A 2NRHA 1ZBSA 3QFPA 5AQHA 4CZJA 2YJEA 3HTVA 4FSVA 4HWIA 4PKHA 5KPRA 4K25A 3FZMA 2Q36A 3CHWA 4H0OA 3OHRA 1MWKA 4H03B 4BRQA 2QWNA 4XEIA 1C0GA 3A5MC 4FOEA 3VESA 4YDUC 2E2QA 3A5OC 5BPMA 4CD3A 2ASMA 3DWLA 2J4RA 2QM1A 1T44A 4H0VB 3L6QA 1E4FT 1HUXA 4CBXA 1RFQA 4RWTA 5I9EB 3FLCO 2IIRA 4BRMA 4BRLA 1ATRA 3FZHA 3HZ6A 4AM6A 4BGAA 2NZTA 3W3DA 3ZX2A 5F0XA 3D2FA 5JICA 5JLFA 1HX1A 3M1FA 1NGHA 5AQNA 3U9ZA 3WXJA 3EZWA 4RCHA 2E2PA 3GL1A 4CZHA 2FSKA 4MLEA 4BC4A 4H5WA 4BR0A 4CJ7A 4CZKA 3UB5A 4M7YA 3I33A 4BC3A 1DKGD 5EXWA 1ZXOA 5BN9A 1NWKA 3AAQA 2ITMA 2YHYA 3CJ9A 3A0IX 3D2FB 1K8KA 3GBTA 4BC5A 4BRFA 2D1KA 5FPEA 1LCUA 4M7XA 4NO7A 3WEEA 5FPNA 4FWQA 2KHOA 1EQYA 2HF3A 2P9LA 2Q1NA 4FL9A 3GOIA 5BR9A 4B1XB 2V51B 3O1BA 3ZX0A 4M63C 4YDUA 2P9SA 3H1VX 2FF6A 1BDGA 1MWMA 1HPMA 1GLDG 5AQWA 4BR2A 4WQ5C 1NGBA 1YVNA 3RSEA 3LDQA 3WXLA 2QWRA 4FWPA 4EFHA 1K8KB 1YUWA 4QS7A 5BREA 4FO0A 2F9TA 1NGFA 4BR9A 3IDHA 1QQMA 4DHYA 3BEXA 3CERA 4A62A 5EOYA 1NBWA 5F1XA 1ATSA 3WEEB 4EIAA 4BRGA 1Z05A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KRFA 3DAWA 5M1NA 2FBVA 3BGRA 2Z1HA 3J7YP 1UWBA 3VQ9A 3ZT1A 3BZKA 3L2UA 2OA8A 1VSLA 5HOOA 4HTUA 4PL8A 1WLJA 1BU6O 3MWTA 2D0CA 5AQFA 1EWQA 3SMPA 3DLLL 1ZBLA 4PUOA 3AA4A 3CFPA 2X78A 3CC2N 4YOXA 3LAMA 1VSDA 3IMXA 2RE2A 4KI4A 3HPHA 2IS3A 4FK4A 1RTDA 3OBWA 2YJFA 3IUCA 3ZSRA 5HRPA 4JI2K 4CF9A 1S9EA 3QINA 1BHLA 1TUUA 3L2RA 3DJCA 3O08A 3JS6A 4M42A 3LDOA 1NLVA 3OJSA 3O3HA 2HOEA 3C95A 1EP4A 3VETA 5LMNK 2HSTA 3MX5A 2DPNA 2P9IB 4WQ5A 3FFIA 1HKGA 4WF9L 1ZBFA 3LL3A 3KK3A 4H0XB 4KTQA 2EX3A 3TABA 4LF8K 1OVQA 2I7PA 4DG1A 2BANA 1NGDA 1FK9A 4ZTFA 3LWMA 2VG6A 4NCGA 2F4VK 3LAKA 4AILC 1E4GT 2YHWA 3SZ2A 5AR0A 4FZYA 5C15A 2Q2RA 3WNFA 4ILGB 4CFAA 2UXCK 1Q9YA 4I6MA 3O9TA 2G8UA 4G9ZA 4LH5A 4KV8A 1U6ZA 1IKWA 5E84A 2PZSA 4MDAA 3KLHA 4DR2K 3C7NB 5AFUA 1KAXA 3G71N 3LDNA 3V9ZA 4CJTA 1MDUB 3ZEUB 3QMLA 4M45A 4PKIA 5TKWA 4AHUA 4JKBA 3EO3A 2KLAA 1WAFA 1YJWN 1KSPA 1LAWA 5IWAK 1YXQA 2W40A 4JHDA 4YORA 4HHTA 2A5XA 1N34K 1NJWA 1HKCA 1S1VA 4F9OA 3HRGA 4BQZA 3ID6A 4IO8A 5ADXA 3SBGA 3SAGA 1RCHA 4NCAA 3DLHA 4FWNA 4K41A 1WB9A 3L3UA 2HF4A 3CJ1A 3ATUA 4DV6K 3SUQA 4O4GA 4CBUA 4AF1A 2RPIA 3CJCA 3J7ZO 1QSLA 1VQ8N 3LP2A 3TR8A 2HBJA 3DXMA 4J2AA 4CI6A 1WBBA 1YVUA 3C0BA 4DQSA 4CHZA 5AQPA 3ZETB 3AARA 3E01A 4Z4FA 4N5SA 4DSIA 3ULDA 2CH6A 1NKCA 3I56N 1QSSA 3P4IA 1S5JA 4EHTA 2ETJA 3AO5A 3THYA 1S6QA 5LJVA 1DTTA 3T7ZA 2P1JA 3SCXA 2Q0UA 1NJYA 5AQOA 3S41A 3QIPA 3FE1A 5AQSA 2WBNA 4B3OA 4FPAA 3V1QA 1C1BA 3SUOA 3EKSA 3MXMA 1XNQK 4WCEL 3W0LA 3CCJN 4NLCA 3SQ1A 2ASPA 1NMNA 4FWRA 1YJNN 4LFBK 4H0PA 4OPAA 1IG9A 3TSQA 3NH0A 4QS8A 3VENA 5HROA 1YI2N 1P8ZA 2NRVA 1SL2A 2V52B 4IOCL 1EKEA 4L3QA 4H5RA 1RTJA 4RW9A 1C1AA 4BY9C 3WXIA 3OVNA 2O8CB 2BUPA 2VYPA 2YNHA 3EKUA 1L3UA 2CH5A 5BN8A 2ZF5O 1KVCA 2QI2A 2ZE2A 4PQUA 4ILJA 3DLRA 3OYLA 3M5RA 3TI0A 1GLBG 3Q7BA 5E26A 1RILA 5HLFA 4H0TB 3KHYA 4ZTJA 4E7HA 2QTDA 1RBUA 1XMQK 4CEQA 2IGIA 3ULEB 1R59O 2IVNA 3CCSN 4M3UA 3O8MA 4YOTA 4FW1A 3S9HA 4BRKA 1JXEA 5BRDA 4PKGA 4W5TA 1KFSA 4ELTA 4DR7K 5HP1A 5JS1A 3CCUN 4ISEA 1BCOA 1TKDA 4FVUA 1YAGA 3CMEN 1VRUA 3KWGA 3VQEA 2ITGA 2CGJA 5EVZA 3LPTA 1Q81O 1LW2A 1BO5O 2EWSA 2P9KA 4X65K 1HMVA 1XC3A 2P9PA 1RDCA 1XNRK 3OTOK 3HSCA 1U2VA 1R0AA 2A1SA 1NK6A 3A8YA 4O5FA 3RMAA 2HHUA 3G6EN 4DKWA 3QERA 1KXPA 1UA0A 4BVOA 4GNIA 4E1JA 1QQOA 4IXCA 3EY1A 3ZLJA 2LSNA 3DI6A 1U45A 4KB1A 1RT1A 3K5MA 3FZKA 3I8DA 4RW4A 3HYFA 1BA1A 3SUPA 4FLYA 4O8UA 2HHWA 3MWPA 3AVLA 2VWKA 3A2FA 4DV2K 4BRIA 1T05A 2P5OA 1G99A 3U6FA 4BGBA 4PL7A 1CZ9A 2CGKA 2RN2A 3OYNA 4JI0K 3HTVA 4I9QA 4DFKA 3PX0A 3RRGA 2RKIA 4JKHA 3G10A 4FVMA 1OH8A 4CEDA 5C2DA 3CHWA 3ZT2A 4CK3A 4XIUA 3B6PA 4FOEA 3LZJA 3M8QA 3KJVA 1YT3A 2ZJPL 4CD3A 2YHAA 3DWLA 3QNOA 4OKJA 2OZMA 1T44A 4H0VB 4DTRA 3CM6A 4CJEA 3QIOA 3ISNC 5KGWA 3LZIA 5C0YA 3FLCO 4JRPA 2VQFK 3KLGA 3PO5A 4IKFA 3W3DA 3ZX2A 1FXXA 1VAZA 1KRPA 3VQ6A 3T1AA 4W5QA 4KAZA 5HL7L 1EO1A 1XWLA 3HT3A 2G8HA 4F2RA 2E2PA 3GL1A 4CZHA 3NGZA 3R3LA 2IAJA 4M7YA 5D3GA 3I33A 1ASWA 4LFCK 1ZXOA 3AAQA 3C6HA 4NXMK 3K57A 3OYEA 3A0IX 4U7BA 5FPEA 1LCUA 3PO4A 2O8EA 4CFDA 4NO7A 5KI6A 1ASUA 5CYQA 1EQYA 1VSEA 2P9LA 3THVA 3O1BA 4FM1A 4NYNA 2Z1IA 1HJRA 4DQQA 3O3FA 3EE9A 2QWRA 1NU0A 4EFHA 3D0PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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