4BRNA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iii (closed) in complex with mg amp
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
356
structure length
356
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 118
structure length 356
sequence length 356
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brnA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brnA02
3UKUA 2OANA 2GTDA 1K8KB 3CERA 3D2FB 4JD2B 1BWFO 4MLHA 2AA4A 5TKYA 5AQTA 5AZJA 5JLHA 3H46O 4FWOA 3GBTA 3GE1A 1X9JA 4BR4A 2Q36A 2KHOA 4O8KA 4RWTA 3GDQA 4EFHA 4I6MA 4BGBA 3OHRA 2P9KA 3EKUA 3VEZA 1WOQA 4BRPA 2YHWA 2NRHA 4ISEA 1SZ2A 4BRIA 4XEIA 2E88A 4F9OA 2GELA 4FPBA 4CD1A 3CI5A 1BO5O 3O08A 2V7YA 4PKIA 3CQYA 5AQQA 3U9DA 3FZHA 1HLUA 3DJCA 1QQMA 2CGKA 5LJVA 2ZGZA 1BUPA 3VEVA 4K43A 1KAZA 1BA1A 4IJNA 3UB5A 5F1XA 3VESA 3P4IA 3ULEA 3VGKA 3WT0A 1R59O 4FWKA 5BPMA 5BN9A 4DHYA 1GLDG 3DAWA 4DCHA 3HM8A 2YHXA 4CZKA 4H0OA 3FZFA 4H5WA 1GLAG 3VEWA 2FF3B 3LDLA 2QWMA 4A61A 5E84A 5KQ8A 5AQPA 1HKBA 2I7PA 3W3DA 1NGEA 1BDGA 2ASMA 1X3MA 3HBTA 3L4IA 3IDHA 3O4WA 1Z05A 3QMLA 3ZETB 1LCUA 2P9PB 4B9QA 1DEJA 4H0TB 1KXPA 5AQNA 1NGFA 1GLJO 3FFKB 4RTFD 1ATNA 1J6ZA 4RCHA 3FE1A 1YUWA 3O8MA 3U9ZA 2Q31A 2P9LB 1RGIA 1P8ZA 5AQHA 4IXCA 1RDWX 1Y64A 3A5NC 3O6WA 5F2RA 3W0LA 5EOYA 3HSCA 2ITMA 1G99A 2YJEA 4XH5A 4CJ7A 3H1VX 2YI1A 2NZTA 3HZ6A 2GUPA 4YDUC 3ID8A 5AQRA 2E1YA 1JCGA 1NGGA 2Q1NA 3CETA 1QQOA 5I9EB 1BOTO 2GWKA 4FWMA 3ZX0A 4FPAA 3HTVA 2IVOA 5BPNA 4CZFA 5BRHA 4H0PA 5AZIB 2P9SB 1IJJA 1NGJA 3R9PA 3QBXA 3D2EA 3SMSA 4MO5A 3ATVA 3H6EA 1XQSC 4FOIA 4BRCA 5FPMA 1YVNA 3EL2A 4FWLA 4JHDB 2A40A 3FLCO 4ISFA 3BP8A 1TUYA 4FWPA 3LDOA 3A0IX 4K41A 1K8KA 4XH4A 4BR9A 3D2FA 4JD2A 4PL8A 1LOTB 3VEYA 5AQSA 1CZAN 3S41A 3R6MA 4CBXA 2QWNA 1NM1A 3VEXA 2CGLA 3MN7A 5AQKA 1HX1A 4BG9A 3J8AA 3I33A 1GLCG 1S22A 3H3OB 4IO8A 3GG4A 1NMDA 3CIPA 1WUAA 4B1UB 2W40A 3AAPA 3MMVA 3QFPA 4M63C 2P9IB 5EX5A 4H0XB 1T6CA 2IVPA 4B1YB 1U2VB 1ZC6A 4QS7A 1E4FT 2A3ZA 4WYBA 2F9WA 3VOVA 5B8HA 4BREA 4CZJA 4H03B 3VENA 3BF1A 5AQWA 5ADXH 3LL3A 3UKRA 1ZBSA 3VF2A 4CZLA 1TYQB 4BR0A 2E8AA 2FF6A 3WQTA 3F9MA 3U4LA 3O5BA 2GWJA 1KAYA 2DPNA 4BC5A 1H1VA 3LDNA 1X3NA 3CJAA 4WQ4C 1SQKA 3TPQA 4XH1A 4PL7A 2QWQA 5AQXA 3WEEA 2CGJA 3L6QA 1EQYA 4EIAA 3BEXA 4H0VB 3L0QA 4BR7A 4CZIA 4JN4A 2D0PA 2QWLA 2BUPA 3DXKB 1ATSA 4DB3A 2IIRA 2Q0UA 2J4RA 4BC2A 5AQZA 5ADXA 2HF3A 3MDQA 3IFRA 4BR2A 5EY4A 2P9KB 3M6GA 1E4GT 3VEOA 4EHTA 4CD3A 2Q0RA 3WUHA 3QDKA 4PKHA 3CJ1A 4BRLA 4NO7A 3ZETA 2ASPA 3IMXA 3EZWA 3VERA 3SK3A 3H1QA 2P9LA 4CZEA 1KAXA 2P9UA 3CJ7A 4BRFA 5BPLA 4MO4A 5AQMA 4BGAA 1C0FA 5LJWA 1HJOA 4C23A 5EVZA 5LY3A 4CZMA 3C7NB 2AP1A 3FR0A 3ULEB 5CE3A 1MWKA 5BR9A 5AQGA 4NB4A 4CZGA 4BROA 5KPTA 5KPZA 3D7EO 5AR0A 2E2QA 3ZEUA 4YDUA 2VWBA 1V4SA 4GNIA 1GLLO 1Q18A 4BVOA 5JLFA 3CJ9A 4BC3A 4IWVA 4H0YB 4BRDA 3MN6A 1IG8A 5AZIA 1V4TA 2P9SA 3A5LC 4LC9B 2E1ZA 4J8FA 2P9NB 5FPNA 1SAZA 4HTLA 4FSVA 4GY2B 3EO3A 1S3XA 4M7YA 3EN9A 4K42A 4JHDA 2FLOA 1HKGA 3M1FA 1XUPO 3QBWA 3DXMB 4M7XA 2HF4A 1DGKN 3ZX2A 4BC4A 4BR5A 1JCFA 3MCPA 3C0BA 3GL1A 1GLBG 3A5OC 2IVNA 2ZGYA 5AFUA 3M3ZA 2CH6A 2Q2RA 4H5RA 2QWOA 4PKGA 3VGMA 4AM6A 5F0XA 2QWPA 3RSEB 3O1BA 5FPDA 2NLXA 4BRQA 4QS8A 5E26A 2A5XA 5FPEA 2V52B 1MDUB 1JCEA 1MA9B 4WQ5C 4DQ8A 1TYQA 2F9TA 1NWKA 1NBWA 4Z94A 4BRHA 2A41A 5AQIA 3A8YA 1BG3A 3BUZB 3GOIA 2GEMA 3LDPA 3R8EA 3KVGA 3O80A 1HKCA 3VF4A 4BVPA 4HWIA 4CBWA 4IJAA 3WXKA 1GLEG 2FSNA 4BRKA 2H3GX 3DXKA 1YXQA 3FZLA 3LM9A 4WQ4A 3UE5A 3LDQA 4ISGA 3VF6A 4A2AA 1NLVA 3UKUB 1DKGD 3QFUA 2FSJA 4Y0WA 4BRGA 2WUSA 4BG8A 4B1XB 5AZJB 2ZF5O 3FZMA 4K25A 5AQVA 4JAXA 1XC3A 2E20A 3KZBA 3SJHA 3ENHA 1ESVA 5BREA 1TUUA 4I6MB 2Q97A 3H45C 3I8BA 1Z6RA 3UKRB 4FWRA 5ELZA 2PAVA 3ENOA 1NGDA 2QXLA 5JICA 5KPRA 1HPMA 2P9PA 2ZWHA 1NGAA 3CHWA 3LM2A 4BRNA 3O1WA 2QW9A 2CH5A 3C7NA 3FZKA 4BRAA 2D0OA 2PBDA 3WEEB 3AY9A 3VGLA 2VYPA 1T44A 1RFQA 2YJFA 3EKSA 5AQOA 5AQUA 2YCHA 2YHYA 1QZ5A 2A6AA 3MK6A 2HOEA 3JXUA 4A2BA 3VPZA 4BRMA 5AQFA 3H3NO 4JNEA 2QM1A 4EHUA 4FL9A 3MN9A 3U8XA 4CI6A 3B8AX 1ZXOA 2BTFA 2E2OA 4FWNA 5JMVA 2D4WA 2V7ZA 4A62A 3WQUA 2P9NA 2W41A 4O5FA 4BQZA 4KBOA 2A42A 1QHAA 4BQLA 1ATRA 2HMPA 2EWSA 5EXWA 1YAGA 2FXUA 3ZX3A 4B1WB 3CQXA 3KHYA 2QWRA 4H5VA 5AQJA 5KQDA 4FO0A 3BF3A 4CBUA 5AQYA 3WXJA 5AFUH 1NGBA 4L3QA 3CJCA 3IUCA 3DXMA 2P9UB 1NGIA 3AARA 4MLEA 1MWMA 3SMPA 3TU5A 5BRFA 2ASOA 1BA0A 4B1ZA 1HUXA 3AAQA 4H5TA 5AQLA 3QICA 1BU6O 5BN8A 4AM7A 1NGCA 3ATUA 3RSEA 1D4XA 1QQNA 3DWLA 1T6DA 2FSKA 4QS9A 3JS6A 3WXIA 4E1JA 2V51B 3ZEUB 2P9IA 2VCPA 4H5NA 4FWQA 1U2VA 3FGUA 1NGHA 3MN5A 4FOEA 4CZHA 4B1VA 4EAHD 2E2NA 3HI0A 4WQ5A 3WXLA 2D1KA 5BRDA 2I7NA 3QB0A 1U6ZA 1C0GA 3G25A 3D2EB 2E2PA 2UYTA 4IZ9A 3SLCA 3CJBA 3VETA 3A5MC 1OKJA 4FWSA 1GLFO 1QZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E3SA 3CERA 4JD2B 1BWFO 5AQTA 4E7JA 1T7PA 3H46O 4FWOA 1NJZA 2KHOA 4M3YA 4FXDA 1VRUA 3E01A 3MX2A 4DTUA 4BRPA 2NRHA 2HNDA 1IBKK 3DRPA 2X78A 4GKKK 2G8IA 2E88A 5C12A 1C0TA 3L2QA 1X9MA 1LAVA 3HJFA 3RVCA 3PX0A 1BO5O 3ZSOA 3SAHA 1FKPA 4DQSA 1HLUA 3KLGA 1BUPA 2RHKA 3LANA 3VEVA 4CHOA 3K59A 4DTOA 3F9KA 2QKKA 1WLJA 3UB5A 3AO4A 3P4IA 3ULEA 1XNQK 3QINA 5BN9A 4B9TA 4FJXA 3DAWA 3O9QA 1CXQA 1I39A 1IKXA 4Z4EA 2RN2A 4DSFA 4OLAA 1HKBA 2I7PA 3DLGA 3W3DA 1EWQA 4JEPA 2BGGA 3HBTA 3L4IA 3O4WA 3QMLA 1LCUA 2P9PB 4BE0A 3PIPL 4B9QA 1DEJA 1SKWA 2GV9A 1KXPA 4YOXA 1LV5A 1NGFA 1GLJO 3FFKB 4BE2A 1QSSA 4FYDA 3WXMB 3FE1A 1Y97A 3JAMO 2XY7A 3O8MA 4I7FA 1P8ZA 4DSLA 1LWCA 5EOYA 1U48A 1YVUA 4XH5A 4CHZA 1RT4A 4X66K 3AVBA 3H1VX 3ID8A 5AQRA 4CJ4A 3AGKA 2RKIA 2KZZA 1T05A 2FBVA 2HB5A 4KV8A 1EETA 4PUOA 4FWMA 4FPAA 1EKEA 4ZTFA 2E6MA 4NCBA 4DV6K 4B9UA 5BRHA 1UAXA 4H0PA 1CZ9A 1HJRA 1IJJA 2P9SB 1NGJA 3G0ZA 3IKMA 4BWMA 3D2EA 3SMSA 3H6EA 4FOIA 4BRCA 1XMQK 2A1RA 3TANA 4ISFA 3BP8A 3SPYA 3A0IX 4K41A 1K8KA 1JKHA 3I0SA 3SV3A 3VEYA 3QIOA 4KTZA 1CZAN 3QEIA 4NXNK 1WAFA 3R6MA 3NMUA 1QS4A 4DMNA 4FLTA 4F8RA 1S22A 3AVGA 2W40A 4JKFA 4CGGA 2HMIA 4ELTA 4M63C 2P9IB 4C8LA 1N5YA 1GOAA 2YNFA 1ZC6A 1E4FT 3L2WA 2G8WA 4LSNA 3MX5A 5GAEP 2D0CA 1W2BM 4K8ZA 3LP1A 1ITGA 2NRRA 3UKRA 5ADXH 1ZBSA 1K8AO 3I8DA 2E8AA 2BH1A 3U4LA 1WSJA 4MQ3A 3K2PA 1TAQA 4CW7B 1C0MA 4CJVA 1WSIA 3AVMA 5KGXA 3CCEN 1BCMA 2F4VK 3VMFB 2D0BA 4CJSA 1VSLA 3ID6A 3L0QA 3OS1A 1ILYA 1RT1A 4M3UA 3K58A 2IIRA 1TK5A 5ADXA 4JRPA 2QEXN 3MDQA 4W5TA 3CG7A 4BR2A 3EZ5A 3CFPA 3M6GA 3OYJA 4JI1K 4CIGA 3VEOA 2Q0RA 4FK4A 3CFOA 5M1OA 1IH7A 4BRLA 4YHHK 3EZWA 3D45A 3T19A 1KVAA 3VQ7A 3OYGA 3G71N 2P9LA 4CZEA 1K73O 3L3VA 4CF8A 2E5LK 4BGAA 1JLAA 4CIFA 4C23A 4EP5A 2AP1A 3FR0A 4FJLA 4YOWA 2FBYA 4LF6K 2VQEK 1JLEA 3ULEB 3DLLL 1MWKA 3IRXA 5AQGA 4E7HA 3CMAN 3BZCA 4KHNA 1N33K 3O4NA 4M3RA 3E9LA 1ZYQA 1YJNN 2VWBA 2QKBA 1Q18A 3NH2A 4CF2A 3RMAA 3HXMA 3EO3A 3MWPA 3I55N 3NCIA 4K42A 4B3TK 3LAKA 4ZTJA 4FLVA 1HKGA 3M1FA 3KTQA 1XUPO 4PY5A 3AO5A 4ICLA 3DXMB 4M7XA 1GOCA 4DTMA 1DGKN 2ATQA 4BC4A 5FLXO 4BR5A 3DRRA 3C0BA 3GL1A 1NJWA 2PFUA 3DOKA 4M41A 4N41A 3F5TA 3VQ9A 3M3ZA 1IKWA 2NRTA 4ID5A 4DR2K 3VGMA 3RSEB 5C10A 4JKAA 4DQIA 2FC0A 3SBGA 4DQQA 4JI7K 3KWIA 5E26A 1RT6A 2A5XA 4O55A 1JCEA 1MU2A 1YT3A 1J5OA 4DQ8A 1TYQA 1EO1A 1NWKA 4YOVA 4CK2A 3AVFA 2PYJA 3HP6A 1BG3A 1ZBHA 2NRZA 2GEMA 4O0JA 3R8EA 3O80A 1RT7A 1JLBA 4HWIA 4FJMA 1N6QA 4OPJA 3TTDA 4M45A 4JI5K 4OGEA 1HQEA 1C6VA 2O8CA 3UE5A 3VF6A 4U67L 4BRGA 5CZ1A 4FZYA 1IG9A 5HROA 1YHQN 3FZMA 2BE2A 5AQVA 4FM0A 4HTUA 1VQPN 2GX9A 1ESVA 5BREA 3IG1A 3O3FA 1TV6A 4KFBA 3UKRB 4DR1K 4FWRA 3L2VA 3CC2N 3ENOA 1HPMA 3TI0A 5IWAK 2F96A 4DSJA 2IS3A 1SKRA 3CM6A 1NGAA 2OTJN 4HCCA 2JLEA 3C7NA 5LMUK 1RBVA 5DK5A 1VQON 5DM7L 1KVBA 1RBUA 2YJFA 3EKSA 4CHPA 3DLBA 4DQRA 1IO2A 2YHYA 3U6FA 3UIQA 2A6AA 3JXUA 4A2BA 4B9NA 3HSTB 3PX6A 4BRMA 4UY8O 4JNEA 1RCHA 2QM1A 3H08A 3CD6N 4RW7A 3J7ZO 3V9ZA 4C1NI 4CI6A 4ILGB 4JS4A 1ASUA 4IG0A 4A62A 3WQUA 4WFAL 4O5FA 3TAQA 2NRVA 3ZX3A 4B1WB 2OPQA 3CQXA 5KQDA 3OJUA 3PUFA 3WXJA 5AFUH 3HYFA 3QLHA 1N32K 3OY9A 5IT9O 1RDCA 3NAEA 2RE2A 1EWRA 4CESA 2HBKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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