4BROA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iv (part-open)
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
358
structure length
351
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 110
structure length 351
sequence length 358
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4broA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4broA02
5JMVA 4M63C 4K42A 2HF3A 3FE1A 3CIPA 3VEXA 3A5LC 1YXQA 4JD2A 1HJOA 3WUHA 4DB3A 4CBXA 4K25A 1QQMA 3CQYA 3SLCA 1HPMA 3O4WA 3VOVA 3D2EA 5KPZA 5BR9A 1HUXA 2YJEA 3AAQA 3O1BA 1WOQA 3UKUB 4BG8A 3KHYA 3HZ6A 1NGFA 4PKHA 4CZJA 5LJWA 3QFPA 3C7NB 3W3DA 3U4LA 1HKBA 2ASOA 1EQYA 3DJCA 4PKIA 5E84A 1TYQA 1NWKA 5F2RA 4BRGA 5B8HA 2YHWA 4A61A 4FL9A 4C23A 3QB0A 5AQYA 1YUWA 2DPNA 4NB4A 2D0OA 4I6MB 3U9DA 2D4WA 3ZX2A 4BQLA 5BRFA 3MN7A 2FF3B 3DXMA 4BR9A 4MLEA 4CZKA 5AZJA 3DWLA 4B9QA 4IWVA 3KVGA 4WQ4A 4RTFD 1NGJA 2IVOA 4O8KA 1GLAG 1NMDA 3C0BA 3ATVA 3CJCA 3H3NO 4LC9B 1LOTB 3O08A 2GWJA 4HWIA 4JHDB 5AZIA 3VGKA 2F9TA 4EAHD 1GLDG 1K8KA 5EXWA 3OHRA 3RSEA 3FFKB 4CBWA 1NGEA 2BTFA 3GG4A 2QWLA 3HTVA 4FWSA 5BREA 5JLHA 1G99A 3R9PA 4BRHA 1LCUA 3D7EO 2ASPA 3WQTA 3S41A 3I33A 1KAZA 2CGLA 4ISGA 1BUPA 3CQXA 2QWQA 2CH6A 4EFHA 1ATRA 2IVPA 3VF4A 2YCHA 2VCPA 3AY9A 4QS7A 3H46O 3VF2A 4AM6A 2YI1A 1GLEG 4BRNA 2W41A 1NGDA 4B1ZA 3L6QA 1R59O 3UKUA 4BR5A 3ID8A 1BG3A 1NGCA 1DEJA 2CGJA 3FZMA 4BRIA 2AA4A 3M3ZA 4QS9A 3U8XA 4CZEA 3WXKA 2CGKA 4F9OA 3LDLA 3O80A 1BDGA 4FWPA 4FWLA 2H3GX 3QFUA 3SMPA 2AP1A 3A5OC 1GLCG 2QM1A 4H5RA 2GELA 2ZF5O 1WUAA 4M7YA 2EWSA 5AQTA 4IJAA 2P9KA 5AQMA 1KAYA 4BC3A 1T6DA 1HX1A 3FZKA 1T6CA 5AQQA 2Q0RA 4BVOA 5BRDA 2D0PA 1ZC6A 3HBTA 2FXUA 2ZGZA 1MWMA 3WEEB 1U2VA 2F9WA 4CD3A 4CZHA 1NGHA 4A2AA 3ENHA 4B1VA 3UKRA 4JHDA 4GNIA 3VENA 3BP8A 4BRAA 1CZAN 1ESVA 3LM2A 4WYBA 4XH4A 3VETA 4BROA 5BPMA 2V51B 1YAGA 3M6GA 3JS6A 3H3OB 5AQSA 5AQZA 5AQGA 3G25A 3O5BA 2Q2RA 3GE1A 3A5MC 2Q97A 2E2PA 2HOEA 3ENOA 4XEIA 3J8AA 5BN9A 1GLLO 2KHOA 2QWRA 4H0YB 5EVZA 1D4XA 2NZTA 4K41A 5CE3A 2YHXA 2BUPA 2QWOA 5AR0A 3WXIA 3UE5A 1C0GA 4H03B 1Z6RA 2P9IB 4YDUA 4FWKA 3VEOA 4BC5A 1OKJA 3I8BA 4XH1A 1V4SA 3A5NC 3ZX3A 2W40A 2FF6A 2J4RA 3IDHA 2ITMA 1BO5O 3JXUA 3CETA 5AFUA 2E1ZA 1SAZA 3AARA 3BUZB 3WQUA 4PKGA 3R8EA 4GY2B 3D2FA 3VEVA 2P9SB 2D1KA 3TPQA 4BGBA 1SZ2A 4CZGA 5JLFA 4O5FA 2E2OA 4BVPA 4E1JA 2A40A 3SK3A 4Z94A 2P9UA 2Q36A 4H0OA 2CH5A 4IXCA 3H6EA 4M7XA 1KAXA 4JN4A 3GBTA 4XH5A 5BRHA 3FZLA 1J6ZA 3MN5A 2E8AA 4BRMA 5EX5A 3L0QA 3O8MA 4QS8A 4H0TB 4L3QA 3MN9A 4BC4A 4WQ5C 5FPMA 3LDNA 4K43A 3R6MA 5ADXA 2A41A 3ZETB 3EL2A 1HKCA 1BA0A 3EO3A 5AQLA 4CZFA 3ATUA 3C7NA 4CBUA 4H0PA 3EZWA 4FOEA 5KPRA 3CJBA 1T44A 1JCGA 3D2EB 5EY4A 4MO4A 3A0IX 4H5NA 2P9NB 3BF1A 3ULEB 3CJ7A 1KXPA 4IZ9A 1BU6O 4H5VA 2P9IA 4EHUA 2HMPA 3FGUA 4I6MA 3WT0A 3LM9A 3QMLA 4BRCA 1RGIA 1C0FA 1XUPO 5AQHA 4CJ7A 1NM1A 2GEMA 2QWNA 4BRKA 1RFQA 4BR7A 3ZEUB 2E2NA 3DXMB 1Q18A 1NGGA 1ATNA 4YDUC 5AQIA 1BWFO 2NRHA 1GLFO 4FOIA 2OANA 3P4IA 3MDQA 4ISEA 1QZ5A 3HM8A 3H1VX 4FWMA 4FWRA 5E26A 5F0XA 3DAWA 1NGBA 3QBWA 1DKGD 4B1YB 2FLOA 4WQ4C 3VGLA 1Z05A 3CJAA 2E88A 2QXLA 2V7ZA 3AAPA 3TU5A 4DCHA 3IFRA 2Q0UA 4CZMA 2QWMA 3RSEB 4BRPA 4Y0WA 1NBWA 1TUUA 2A5XA 3CJ9A 1QQOA 3M1FA 2A42A 4FWOA 1GLBG 3ZETA 5KQDA 1H1VA 2A6AA 2NLXA 4PL8A 4RCHA 4EIAA 5ADXH 5FPDA 5JICA 2YJFA 4CZLA 5BN8A 3GOIA 3WXLA 2I7PA 1P8ZA 1BA1A 1SQKA 3VESA 2P9NA 4FPAA 5AQWA 4HTLA 1XQSC 3ULEA 1IG8A 3IUCA 3CJ1A 2ASMA 2P9LB 3L4IA 1S22A 5TKYA 3LDPA 2IVNA 4BRFA 1ZXOA 4BRQA 1MWKA 2VYPA 4FWNA 2P9PB 5AQUA 4B1UB 2GWKA 4JAXA 3B8AX 1QHAA 1TUYA 3HI0A 4EHTA 1NGIA 5FPNA 1NGAA 4RWTA 1QQNA 3GL1A 2E2QA 3WXJA 4CD1A 2P9KB 1XC3A 3ZEUA 1JCFA 1HLUA 1GLJO 3H1QA 2ZGYA 2Q1NA 3WEEA 1HKGA 3F9MA 4BREA 2HF4A 4H0VB 3O6WA 3DXKB 2PBDA 1ZBSA 1X3NA 5BPNA 3BF3A 3MMVA 5KQ8A 4H0XB 1YVNA 1U2VB 3HSCA 4B1XB 3MK6A 3LDQA 2A3ZA 5KPTA 1MA9B 4PL7A 3UKRB 3O1WA 1ATSA 4FSVA 3CHWA 4IJNA 2I7NA 4JD2B 3VEZA 2GUPA 1X3MA 5F1XA 2YHYA 4CZIA 2E1YA 3BEXA 3VGMA 3A8YA 3SJHA 4A62A 5LY3A 3QDKA 4FPBA 1NLVA 3VPZA 4BC2A 1E4FT 5FPEA 1MDUB 4H5WA 3MN6A 3FZHA 3FZFA 4BR0A 3UB5A 5AQRA 2V52B 5EOYA 3LDOA 3ZX0A 2QW9A 4MLHA 3CI5A 1E4GT 4DHYA 2QWPA 1TYQB 3EN9A 1X9JA 2VWBA 4AM7A 5AQPA 1U6ZA 4BR2A 4BRLA 5BPLA 5AQVA 4BG9A 4CI6A 1IJJA 3W0LA 3VEWA 4IO8A 2P9LA 4B1WB 2IIRA 2PAVA 3QBXA 3CERA 2P9PA 5AQOA 4FWQA 5AFUH 4BRDA 1DGKN 2FSJA 4MO5A 2P9SA 4A2BA 2ZWHA 4H5TA 4J8FA 2V7YA 4NO7A 5AQFA 1RDWX 3VEYA 3QICA 5AZJB 1Y64A 3SMSA 1V4TA 4ISFA 1JCEA 5ELZA 3D2FB 4BR4A 3FR0A 3FLCO 3MCPA 5AQJA 3KZBA 2GTDA 5LJVA 3IMXA 3H45C 3VERA 4DQ8A 4FO0A 2E20A 2UYTA 2WUSA 4JNEA 5AQXA 3EKSA 3EKUA 4BQZA 3GDQA 3DXKA 4KBOA 5I9EB 2P9UB 5AZIB 2FSKA 1S3XA 1QZ6A 3VF6A 1K8KB 3U9ZA 5AQKA 4WQ5A 3LL3A 4BGAA 5AQNA 1BOTO 2Q31A 2FSNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QVFM 1HYZA 4FZYA 3DLKA 3CIPA 3VEXA 4M3TA 4JD2A 3V9ZA 4DB3A 1OH7A 2HHQA 1QQMA 3QEIA 1SKWA 3LAKA 3ZT2A 4B9NA 3U6FA 2IGIA 2NRWA 2VG5A 5KPZA 1JLBA 4U67L 1HUXA 5BR9A 3MAQA 4BDZA 3KIOA 4BG8A 2W6KA 3SNNA 1J5OA 2NRZA 4CHQA 1TKTA 4CZJA 5LJWA 3EE9A 3IG1A 1RDDA 1KTQA 3A2FA 4JKEA 1EQYA 3DJCA 3VMFB 4PKIA 4N41A 3OYCA 4GV3A 3HOSA 1BI4B 1GOAA 2YHWA 4A61A 4FJMA 3ZT3A 4YOWA 3CYMA 1HNWK 5GAGP 4DV6K 3QB0A 4LF8K 4CF2A 1N32K 3HM9A 4MLEA 1LWFA 2O8EA 4B9QA 4DSJA 3PIPL 5KGXA 2NNWA 5LMNK 3ZLJA 4RTFD 3OYNA 2D5RA 1NGJA 4KKOA 3CCSN 2GBZA 4KI4A 1S1UA 3CJCA 1NK9A 3VGKA 5K14A 1VQ9N 3V6DA 5EXWA 3L3UA 1ZBHA 1X9MA 4H4MA 4F8RA 3FFKB 1N5YA 4DUZK 1T03A 3GG4A 4FWSA 5BREA 1RDAA 3R9PA 1KAZA 3SQ4A 3KLGA 4EFHA 4CGJA 3VF4A 3O9TA 4BWJA 1D5AA 2YI1A 3MECA 5H1SQ 1SL1A 4BRNA 4Z4EA 3UKUA 1R59O 4BR5A 3ID8A 4CGHA 1SKSA 1W0HA 4I7FA 1DEJA 1Q9YA 2BE2A 4DTRA 4QS9A 3M3ZA 3S9HA 4LFBK 4KB0A 4CZEA 4F9OA 2NRXA 3O80A 4B9UA 4KH4A 2OCEA 3THXA 2IOCA 2H3GX 3SMPA 1C1BA 2X74A 2P1JA 3P38A 1FXXA 5J1EA 4R79A 3OY9A 2GELA 2ZF5O 2WBNA 4CHZA 1FKOA 2P9KA 5AQMA 1OH5A 4BC3A 3P5JA 1T6DA 2KW4A 4M3UA 5M1QA 4IFEA 3FZKA 3TTCA 4DU4A 5BRDA 2D0PA 3HBTA 3OYEA 1UA1A 4WFNL 3EYZA 4CJKA 3NGYA 1JXBA 1DTQA 4RW6A 3BP8A 3CM5A 1ESVA 4WYBA 4FJKA 5BPMA 4DSKA 5DM6L 1YAGA 3KLFA 5AQSA 3JS6A 3H3OB 4IDKA 4CJEA 4E7IA 4PY5A 4M3RA 1NMNA 1SL0A 2E2PA 3HYFA 3ENOA 1HNVA 2HBJA 4KTWA 5J2MA 3KK1A 4ZTFA 2QWRA 1ILYA 5HBMA 4NXMK 1K73O 2NZTA 4K41A 3HSTB 5AR0A 4FJ8A 5DMRA 4W5OA 4LF6K 3AVCA 1I3AA 2P9IB 3DLEA 4YFUA 3I8BA 4XH1A 3DYAA 2ITMA 1KLNA 1BO5O 3JXUA 3CETA 4JKBA 4I2QA 3TR8A 1N33K 3AARA 1N36K 3WQUA 4PKGA 4X64K 4FJLA 4GY2B 3AVMA 3VEVA 4C1NI 4BGBA 4NLBA 1U04A 3VQBA 2RHKA 3SK3A 5HRNA 4E0DA 3DMJA 3THWB 2Q36A 4JS5A 3SBGA 2CH5A 2YKNA 4Z4GA 4IXCA 4FJ9A 1L3TA 2YX6A 4B9SA 4PUOA 2FBVA 4B9LA 3ZT1A 3DLHA 4M7XA 1KAXA 5BRHA 3GBTA 1NJWA 1S5JA 4FLZA 3K58A 4FJ5A 4OPHA 3EY1A 2KFNA 3O8MA 3SUOA 3M8PA 4H0TB 4WQ5C 1SV5A 2R7YA 2A41A 4BACA 4X65K 2D0BA 2OZSA 4CBUA 5KPRA 1T44A 3D2EB 3L2WA 1WLJA 5MLCQ 3A0IX 3EEQA 3AGKA 4R5PA 1U45A 1T3VA 3THYB 4IZ9A 1BU6O 1UOCA 2ITGA 1JLFA 4CF9A 2OPPA 4EHUA 2HMPA 3LM9A 1XUPO 5J2NA 1IH7A 2QWNA 3ZSVA 4CK1A 1RDUA 2E2NA 5M1FA 2YV0X 1TV6A 3DXMB 1NGGA 4YDUC 5KI6A 3CCJN 4GV9A 1GLFO 1VQ8N 3DLRA 3P4IA 3KLHA 3QLHA 4DSFA 1BQNA 4PWDA 4NCBA 1IKXA 4FK0A 4FWRA 3DAWA 4C8KA 3QBWA 1S6PA 3HPOA 2UXBK 2F4VK 3AAPA 3TU5A 4DCHA 3ENBA 4Y1CA 4CHNA 4C8MA 4Q0BA 3NMUA 4KHUA 3LALA 2OPRA 3CPWM 1I94K 1DLOA 3CJ9A 1QQOA 1GLBG 3ZETA 3CCEN 1S1VA 4BY9C 2NLXA 4PL8A 3ZSQA 5FPDA 3C6HA 2YNHA 4CZLA 3TAPA 3BDPA 1TAUA 1BA1A 2QKKA 4QOZB 4RG8A 4HTLA 3ULEA 1IG8A 4ILJA 2ASMA 2P9LB 1NOYA 2DTUA 3L4IA 1S22A 4DKWA 5TKYA 3OW2M 3MEDA 4B08A 5AQUA 4DLEA 2QK9A 4K0KK 4DV2K 4CF1A 4DSIA 1G15A 1C0UA 4IEEA 2XY8A 4CCHA 1NGAA 1YTAA 5E41A 3V1OA 1ASUA 5JVHL 4NCGA 2ZJRL 1XC3A 1HLUA 3H1QA 1ASWA 2ZJPL 4ILHA 3O6WA 3DXKB 1Q9XA 1X3NA 4UQGA 4NXNK 1YVNA 1QVGM 1VQON 4AHUA 1B92A 2A3ZA 1BIZA 5KPTA 3OBYA 3PY8A 3PO4A 3O1WA 1ATSA 3L2QA 4JD2B 3VQEA 4IOXA 4O8UA 4E7LA 1KCFA 4DQIA 3E9OA 4A62A 5LY3A 4FPBA 1Q81O 3OYFA 4F3OA 2VGNA 2G8VA 1WB9A 5KGWA 4BWMA 1WSHA 2G8HA 3SYZA 1Q8IA 4AH9A 5AQRA 2P5GA 5EOYA 3L4QA 2QW9A 4MLHA 5IT9O 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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