4BRPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form v (part-open)
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
355
structure length
355
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 109
structure length 355
sequence length 355
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brpA02
3GG4A 4M63C 4WQ4C 5JLFA 2F9TA 1T44A 2HF4A 1SZ2A 5F0XA 3MN9A 3RSEA 1JCGA 4DQ8A 5JLHA 5ADXH 3H46O 3JS6A 2P9LB 2GEMA 2YHXA 3KVGA 3CJ1A 3TU5A 3ZEUA 3BF3A 5ADXA 3D2EA 3GBTA 2GWJA 3H3OB 5BRDA 4NO7A 1BU6O 5AFUH 3A5LC 2ZGZA 5KQ8A 2D0OA 3FGUA 4H0PA 1NWKA 1BA0A 1BWFO 4QS7A 1NGAA 1QHAA 3QFUA 5FPNA 2QWNA 2P9UA 4JHDA 2ITMA 1HJOA 5EOYA 4Y0WA 5AQRA 3BEXA 4A61A 4CZHA 3VETA 3UB5A 4BC4A 3H45C 3W3DA 1RFQA 5BRFA 4BR7A 5KPRA 1X3NA 5AQMA 3B8AX 2V52B 3CJCA 1HKCA 1NGCA 2QWOA 3VGLA 4ISEA 4BR0A 1NGHA 4BVOA 4BG9A 4GNIA 5AQYA 3ZETA 4A2BA 4EHTA 4BR9A 2P9NB 4BRNA 5EY4A 1GLDG 2IVNA 5JICA 4FWNA 2OANA 1SQKA 4CZIA 4CD1A 2Q2RA 2ASPA 2IVOA 3O08A 3CJ7A 4I6MB 4BVPA 5F1XA 3FE1A 3CJ9A 3LDPA 3RSEB 4H5VA 4DHYA 4CBUA 4RCHA 4IJNA 5AZIA 3H1VX 4B1VA 2A6AA 5AQFA 4CZJA 4H0VB 3ZEUB 3VGMA 2YJFA 4YDUC 3D2EB 5KPTA 3O80A 4HWIA 4M7YA 4CBXA 4BQZA 1TYQA 3SMSA 1Q18A 1D4XA 3CERA 2ZGYA 2E1ZA 4MLHA 2I7PA 2V7YA 2D1KA 2WUSA 4B9QA 1QZ5A 5EXWA 4B1ZA 5LJVA 5LY3A 2P9UB 1QQNA 3FLCO 3CQXA 1ZBSA 2Q97A 4FWMA 4JHDB 4K43A 4LC9B 3LM2A 4B1YB 2CGJA 2FSNA 2Q1NA 1QQMA 4H0YB 2AP1A 3DAWA 5AZJB 1NGEA 1GLAG 3BP8A 5BPLA 4RWTA 4JAXA 4BRAA 2GELA 3MDQA 2E2PA 3ENHA 2YJEA 4YDUA 1MDUB 4JN4A 4IZ9A 4BRMA 3SJHA 3VESA 3QMLA 4PKHA 3O6WA 3VEOA 5AQOA 3ZETB 1LCUA 4PKGA 4IJAA 4CD3A 1IJJA 4EHUA 3EZWA 4RTFD 5TKYA 2QM1A 1EQYA 4PL7A 3I8BA 5AQUA 5AQZA 1YUWA 3O1WA 2Q31A 3UE5A 4AM6A 2AA4A 3LL3A 3FZLA 2A5XA 3G25A 3OHRA 1WUAA 1GLEG 3DXKA 2E2NA 3DXMB 4JD2A 3CJBA 2CGKA 3LDNA 4F9OA 1Z6RA 3VEYA 1CZAN 2EWSA 3S41A 3ZX0A 3AAPA 1U6ZA 3AY9A 4O5FA 3VEZA 1TYQB 4BC3A 4FOIA 3F9MA 4CZMA 5AQLA 3WXJA 2P9KA 1SAZA 3ZX3A 2YHWA 3ID8A 4CZFA 2CH5A 4XEIA 4XH4A 4BRPA 2VWBA 3IDHA 4EFHA 4PKIA 1NGBA 3IMXA 3MCPA 3WT0A 2E20A 3H1QA 4Z94A 3FZMA 2ZWHA 2P9IA 4WQ4A 5B8HA 1X9JA 3EN9A 3MK6A 4B1WB 1BA1A 3VEWA 4BR5A 3GDQA 3LDLA 4FL9A 3U9ZA 2QWRA 1K8KA 4QS8A 3C7NA 4J8FA 4CZKA 3QDKA 2FLOA 1E4GT 4C23A 5FPEA 1HLUA 3LDOA 4JNEA 4KBOA 2VCPA 4CJ7A 1BOTO 1QQOA 5BN9A 2P9PA 2E88A 1U2VB 1QZ6A 4BRFA 1P8ZA 1DGKN 3CI5A 5BN8A 2D0PA 1HPMA 3C0BA 3FZHA 4K42A 4M7XA 3DXKB 4FWLA 5AQNA 3WQTA 4H03B 1JCEA 1YAGA 3IUCA 2F9WA 3M3ZA 4H5RA 3WEEA 3GOIA 5AQIA 4BREA 4B1UB 4EIAA 1IG8A 2FF3B 2H3GX 2NRHA 2CGLA 1ESVA 1KAXA 1KAZA 4IXCA 4BC5A 2V7ZA 4BRGA 2P9KB 5AQSA 2FXUA 3HZ6A 3HM8A 4GY2B 4B1XB 1BUPA 2GWKA 1NGFA 4A62A 4ISFA 3ULEA 1J6ZA 3QFPA 4BGBA 1NGIA 3H6EA 3HBTA 3A5OC 2QWPA 2E1YA 3O4WA 3VEXA 5JMVA 3ATVA 4XH1A 4PL8A 3LDQA 2PBDA 5CE3A 1DKGD 2V51B 1K8KB 2FSKA 3WXKA 1GLCG 2DPNA 3C7NB 3O1BA 3QBXA 3A8YA 3AAQA 4CBWA 3CQYA 2YI1A 4FO0A 3HTVA 4BRKA 3M1FA 3HSCA 4BRHA 3J8AA 2P9PB 5BPMA 3L4IA 4FWSA 3CETA 5F2RA 3WXLA 5AR0A 3GL1A 4WQ5C 3EL2A 4AM7A 1BG3A 4K41A 5AQTA 1XUPO 2UYTA 3VPZA 2VYPA 5BPNA 4H0OA 1HKGA 3P4IA 3FR0A 3WEEB 3O8MA 1V4TA 3VOVA 1NGDA 4FWRA 3VF2A 3MN7A 3A5NC 1ATNA 1RDWX 5AZIB 1NGJA 5BRHA 3GE1A 1NGGA 1WOQA 1OKJA 2FSJA 2QWQA 3VEVA 4E1JA 2P9SA 2KHOA 3VF6A 1BDGA 1KAYA 3R9PA 1DEJA 5AQQA 4IWVA 3U8XA 1MWKA 1GLFO 3QBWA 4CZGA 1LOTB 2Q0UA 3U9DA 2HF3A 1BO5O 1NMDA 2A40A 3ULEB 4BGAA 3ATUA 4WQ5A 3ENOA 4DB3A 4HTLA 3KHYA 5LJWA 4L3QA 3MN6A 4O8KA 4ISGA 3R6MA 2I7NA 5AQPA 2GTDA 3WUHA 4XH5A 4I6MA 5AQWA 2QWMA 1C0GA 2QXLA 2CH6A 4FWPA 2ZF5O 3L0QA 3CHWA 2YHYA 4QS9A 1ZXOA 1NBWA 4BRIA 2IVPA 3I33A 2ASOA 1ATRA 1GLLO 3UKRA 5E84A 4CI6A 1RGIA 2YCHA 3WXIA 1ZC6A 3FFKB 2BUPA 5AFUA 3JXUA 4NB4A 1ATSA 3EKUA 4BRDA 3VF4A 2QW9A 2W40A 2HOEA 3UKUA 4DCHA 1Z05A 2PAVA 1NM1A 2Q0RA 3IFRA 5AQKA 5AZJA 1JCFA 3U4LA 3EKSA 3D2FA 4JD2B 3DJCA 2FF6A 4CZLA 3MN5A 2E2OA 4A2AA 4BC2A 1XQSC 2ASMA 3A5MC 2P9SB 3SK3A 3CIPA 5FPMA 1XC3A 2QWLA 1MWMA 3L6QA 1T6CA 4H0TB 3FZKA 5KPZA 1KXPA 5AQVA 3QICA 3W0LA 1GLBG 4FWQA 3AARA 1HKBA 3VGKA 4EAHD 1H1VA 2J4RA 5I9EB 5EVZA 3VENA 2E2QA 4H0XB 4IO8A 3M6GA 4CZEA 3KZBA 3O5BA 3TPQA 4BRQA 1T6DA 4K25A 3LM9A 2NLXA 5KQDA 2A41A 2P9IB 1TUYA 3DXMA 1C0FA 1HUXA 1GLJO 5FPDA 2A42A 2E8AA 4H5TA 5AQXA 4BRLA 3UKRB 3VERA 5E26A 3WQUA 4FPAA 4BROA 1R59O 5AQGA 2P9LA 3SLCA 3A0IX 3EO3A 4FSVA 2D4WA 1TUUA 4H5WA 4BRCA 3HI0A 4BR2A 4BR4A 1Y64A 3R8EA 3BF1A 4BQLA 3UKUB 3FZFA 1NLVA 4MLEA 3BUZB 5BR9A 1V4SA 1HX1A 2BTFA 2NZTA 1YVNA 1S3XA 3D2FB 5EX5A 4H5NA 4MO5A 4FWKA 1MA9B 2GUPA 2A3ZA 1E4FT 4FWOA 2HMPA 2IIRA 5AQJA 3H3NO 5AQHA 4FPBA 2Q36A 3ZX2A 3QB0A 1G99A 1X3MA 3CJAA 2W41A 3D7EO 4WYBA 3SMPA 3MMVA 4BG8A 4FOEA 1S22A 3DWLA 5ELZA 1U2VA 4MO4A 2P9NA 5BREA 1YXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GG4A 4JI5K 2OTLN 4LF4K 5HRSA 3K57A 2HF4A 5KGWA 3JSMA 4M3RA 2P9LB 3V1RA 1Y97A 1NKEA 1OH8A 2GEMA 4CVNE 1VSHA 1NKBA 3SZ2A 4AH9A 3BF3A 2VG5A 3GBTA 3P1GA 4C8NA 3H3OB 1NJYA 4NO7A 1BU6O 1KSPA 4LH4A 2ZGZA 5KQ8A 2D0OA 3TWHA 3FGUA 1BA0A 4QS7A 3A2FA 1NGAA 1QHAA 3QFUA 5C2FA 3K5LA 4KI4A 5LMNK 2QWNA 4DS5A 1S1TA 2P9UA 4QAGA 2ITMA 3VMFB 3VQCA 4A61A 4Z4GA 4CJRA 1MU2A 2VG7A 4E89A 3H45C 1IG9A 3W3DA 3P83D 4A57A 3VQBA 3OYEA 3AVFA 3B8AX 4BY9C 2V52B 3CJCA 1N33K 4JKGA 3SAHA 2YNFA 4ISEA 1X9SA 3AO2A 4B9VA 3L2WA 4RG8A 1JL2A 1NK4A 4YOVA 5M1FA 2KFNA 3THVA 1JL1A 4BR9A 2P9NB 5EY4A 1SS6A 4DTMA 4J2EA 2IOCA 4FWNA 1SQKA 1CXUA 4ZTJA 4IEEA 3O08A 3CJ7A 3CCLN 2KZMA 3FE1A 3CJ9A 3LDPA 1D8YA 4M3YA 4CBUA 1RDDA 3AO1A 4YDUC 2RE2A 3D6RA 1X9MA 2O8BA 4CF8A 1TYQA 1Q18A 1NK9A 2ZGYA 3KKSA 1JXBA 2D1KA 1IBLK 2NRXA 4CEZA 1SV5A 4B1ZA 5LJVA 2P9UB 4FWMA 2P51A 4NXNK 1FXXA 1YF5L 4CK1A 4B9TA 2Q1NA 4CGDA 1GLAG 2NNWA 2RN2A 4CJLA 3K0SA 2GELA 3THYB 1L3TA 2ITGA 2E2PA 3ENHA 4YDUA 1YJ9N 4KRFA 3SJHA 3RMCA 3O6WA 4Y1CA 3VEOA 4CEQA 4PKGA 2QKBA 4KHPK 3EZWA 3CCQN 1REVA 1ZBUA 1EQYA 1BQNA 3O1WA 3T19A 2Q31A 4BE1A 4HUFA 2KFZA 2HB5A 4JKBA 3FZLA 4I9LA 4DR2K 2E2NA 3DXMB 4JD2A 2CGKA 4F9OA 5AJ3K 3VQEA 1Z6RA 1CZAN 5GAHP 1JLBA 3TAQA 3CCMN 1IBMK 2D5RA 4J2AA 2O8BB 1TYQB 3F9MA 4KO0A 5AQLA 5FDLA 2YHWA 3AGKA 3ID8A 4XEIA 3SAFA 2HVHA 4W5NA 5IT9O 1VQKN 1VQ6N 1QE1A 1EETA 1U45A 2Z1GA 4DTJA 5KGXA 4DTUA 4U7BA 1Q7YO 5B8HA 2UXDK 3CM5A 1BA1A 1RT6A 3VEWA 4BR5A 4V19S 5KI6A 2QWRA 3CFOA 3ZT2A 4QS8A 3ZSZA 4I7FA 3CQ8A 3C7NA 4J8FA 4CZKA 4FJNA 4DTPA 1E4GT 4C23A 4JNEA 2VCPA 2Y1IA 2A1RA 2GX9A 4KH5A 1QQOA 2B4JA 5BN9A 3M5RA 3SPZA 4DWIA 2P9PA 4E1MA 2E88A 1TKZA 1U2VB 1QZ6A 1DGKN 2NRZA 4CF1A 2D0PA 3C0BA 5AQNA 3WQTA 3O9QA 1JCEA 2RKIA 1YAGA 1VQNN 1W7AA 4O8UA 4B1UB 1Q9XA 3OYLA 4EIAA 2FF3B 3AVLA 4DR3K 3C6HA 1A5WA 2X78A 4BC5A 1HNXK 4CCHA 1HJRA 1YTUA 1B92A 4CEEA 1LWFA 4B1XB 4M3WA 2GWKA 4A62A 4ISFA 3HOTA 3NHGA 4JS5A 4GKKK 4AF1A 4DF4A 2W6LA 3V4IA 4EP5A 3HBTA 3HPHA 3VQ5A 3O3FA 2XO7A 3KK3A 2QWPA 1K73O 2E1YA 2PYLA 4CIFA 3NH2A 3L2UA 1YIJN 4CJUA 1ILYA 4LF8K 4CJ5A 2FSKA 3HXMA 5HBMA 3PIPL 3BDPA 1GLCG 1LV5A 1IO2A 3C7NB 1UAXA 1K6YA 2YI1A 1I94K 3S9HA 2X6NA 4RW9A 4BRKA 3HP9A 2P9PB 3N4QA 4MDBA 2XY7A 4M3ZA 3OY9A 5AR0A 4WQ5C 4G1QA 1BG3A 3QESA 1XUPO 2UYTA 3P38A 4H0OA 1SKRA 3CXCM 4F3TA 1KC8O 4AHSA 1KQSM 3O8MA 3VOVA 3V1QA 2O8CA 3E9OA 2F8TA 3THXA 1UA0A 5AZIB 1NGJA 1X9WA 1NGGA 1NMNA 1OH7A 4LSNA 3SBTA 3VEVA 2P9SA 1KAYA 1DEJA 5AQQA 3QBWA 1Q86O 1NOYA 4M42A 1LOTB 2IS3A 4DU4A 4M45A 3ATUA 4WQ5A 3ZSWA 2HBJA 4A5AA 1YHQN 3ENBA 5LJWA 1KVBA 2G8FA 2I7NA 4BDPA 1C0UA 4DSKA 4KI6A 1KTQA 3DYAA 2ZF5O 2RF2A 3L0QA 4N47A 4O0JA 1ASUA 3VQPA 4DS4A 4JI0K 3SUQA 2IVPA 3I33A 2ASOA 1ATRA 3UKRA 4AHVA 1JXEA 3DLRA 2D0BA 3BZKA 2YCHA 4KREA 1K8AO 1QSLA 2NUBA 4DV7K 3B6OA 5AFUA 3T1YK 3JXUA 1W0HA 3VF4A 4E0DA 4FW1A 2W40A 2G8WA 4DCHA 2PAVA 5SZTA 2Q0RA 3DI6A 1JCFA 3QIPA 3THXB 3HO1A 2UUCK 3U4LA 3T1AA 1JLEA 3DJCA 2HBKA 4UY8O 4A2AA 4BDZA 1XQSC 2ASMA 2RHKA 2P9SB 1BIUA 3VA3A 4XIUA 4IG0A 2XHBA 4FXDA 4U67L 1RTDA 1KXPA 3MX5A 3W0LA 5IWAK 3NE6A 5KTQA 4FWQA 4FLWA 3AARA 1J5OA 2G8KA 3TSUA 1YVUA 3SUOA 4KFBA 3KZBA 3O5BA 4BRQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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