4BVOA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form vi (part-open) in complex with polytungstate pom-1
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
356
structure length
356
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
publication title Structures of Legionella Pneumophila Ntpdase1 in Complex with Polyoxometallates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 112
structure length 356
sequence length 356
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bvoA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bvoA02
4FWOA 4QS9A 2A5XA 1NGJA 1Z6RA 5E84A 1KAYA 3FZKA 4PKHA 4B1WB 1TYQA 2GUPA 3MDQA 1BOTO 2E2QA 3VEWA 4KBOA 3HSCA 2V51B 4H0VB 4NO7A 1QZ6A 3VENA 4H5RA 2GEMA 3VEOA 3ZX0A 4BREA 1GLLO 1GLDG 3O8MA 2QWPA 5ELZA 4BRGA 4RTFD 4IO8A 3MN5A 2EWSA 3ENHA 2P9SA 3H1VX 1KXPA 5AQGA 2QW9A 5AQIA 3A0IX 5KQDA 3SMPA 5BPLA 4FWNA 4CZGA 1GLBG 1TYQB 3HI0A 5EOYA 5F1XA 3CQYA 3VGMA 2BUPA 1OKJA 4B1XB 3EL2A 2P9KB 4CZIA 2I7NA 1ZXOA 4A2AA 3GG4A 1S3XA 1XC3A 4FOEA 3DXKA 3UKUA 5KPZA 4H0TB 3W3DA 2P9LB 4ISFA 1QZ5A 3C7NB 4LC9B 1BDGA 1K8KA 5JLHA 2P9IB 5EX5A 3MK6A 3MN6A 5AQWA 4DB3A 4DHYA 1JCFA 2HF4A 4PL8A 4J8FA 1BG3A 2ZWHA 3BF1A 5AZJB 3S41A 1MA9B 3L0QA 1QHAA 2QM1A 5AFUH 5LY3A 2DPNA 1U2VA 3D7EO 3LM9A 1YAGA 5BN9A 1XUPO 5ADXH 2D1KA 5AQMA 3L6QA 4IJAA 4BRFA 5ADXA 3DXMA 4YDUC 5AQSA 3I33A 3CERA 4CZMA 4B9QA 2P9NA 4BRDA 2FSJA 3RSEA 3FE1A 4CBUA 3IDHA 2A40A 4MO4A 4IWVA 5FPMA 3ULEB 3LDQA 4BRQA 3D2EA 5BPMA 3O4WA 5AQZA 5LJWA 4H0YB 3MMVA 5FPDA 1HKBA 2ZGZA 4BRAA 3FZLA 3O1WA 5E26A 5AQUA 4K41A 4HTLA 3DXMB 3KHYA 3R8EA 2VYPA 5AQOA 1QQOA 1Q18A 2P9NB 3CHWA 2OANA 3HZ6A 3HM8A 4Y0WA 3VEXA 4BC3A 5AQKA 5AR0A 3VEVA 4BR5A 3VEYA 3J8AA 2D0PA 2FSKA 3D2EB 5TKYA 2PBDA 3W0LA 4EHTA 5AQJA 4K43A 4MO5A 4JNEA 4EFHA 4CZHA 3LDPA 2A41A 3VERA 3ID8A 3C0BA 1NGAA 4BR0A 4ISEA 1Y64A 5AQXA 2ASMA 3U8XA 2AP1A 1T6DA 3IMXA 3B8AX 2E8AA 3JS6A 4BR9A 3MN9A 3A5NC 4BRPA 4BC5A 2P9PB 4M7YA 3AY9A 2YI1A 4CBXA 3DWLA 4GNIA 2E20A 3AAQA 3VF6A 1BA0A 2AA4A 2FF6A 4A61A 4QS8A 1DKGD 2IVPA 3ATUA 2P9KA 4I6MB 2ZF5O 1V4SA 4A2BA 3UE5A 4BGAA 2HOEA 3SMSA 3EKSA 1HKGA 5KQ8A 2HF3A 1NLVA 4BRKA 1ZC6A 2VCPA 3FLCO 2P9LA 2E2PA 4FPBA 1ATRA 2Q0RA 2A3ZA 3C7NA 5KPRA 4B1VA 1V4TA 1WOQA 4BRHA 3L4IA 2KHOA 4CZKA 1NGHA 2P9IA 3EZWA 3LDLA 3M3ZA 5BR9A 3ZETB 4BRIA 3CJ1A 4H5NA 2IVNA 3F9MA 1YUWA 4MLHA 3WXLA 2GTDA 2Q0UA 4CJ7A 5JICA 2CGKA 4M63C 3ENOA 5AZJA 4WYBA 1HPMA 1WUAA 4BR4A 4Z94A 4QS7A 1T44A 3EKUA 4FWSA 4FL9A 4BGBA 3AARA 3AAPA 4H0XB 2FSNA 1DEJA 1G99A 3CJAA 4XH4A 4F9OA 1E4FT 3JXUA 4CI6A 5AQHA 3FFKB 4B1YB 3LL3A 3CJBA 4H5VA 3H6EA 3TU5A 3U9DA 2Q1NA 3M6GA 1SAZA 2QWQA 3ULEA 1NGDA 2FLOA 3QFPA 3ZX2A 2E2OA 3R6MA 3A5OC 4BR7A 5FPEA 2IIRA 1SQKA 2A42A 1NGIA 1NGBA 2CH5A 3GDQA 3LDOA 3QFUA 2QWNA 2CH6A 5EVZA 1NGFA 1BO5O 2CGJA 4WQ5C 3WEEA 2VWBA 4BQZA 2Q2RA 2QWRA 2ASOA 3BUZB 3H45C 4BRNA 3KZBA 1NGEA 1ATSA 1HLUA 2YJEA 3H1QA 4K25A 1JCGA 2I7PA 2W41A 2NLXA 2F9WA 2GELA 3VF2A 1Z05A 4M7XA 3GOIA 1DGKN 3ZEUA 2QWLA 1IG8A 4FSVA 5KPTA 2YHWA 2P9UB 3WEEB 4JN4A 4AM6A 1BUPA 2E1YA 3FZHA 3GL1A 4H03B 4JAXA 1U6ZA 3A8YA 1ZBSA 4XH5A 4AM7A 1P8ZA 3FZFA 2P9PA 3VETA 3ZEUB 4XH1A 3G25A 3EO3A 1R59O 3QBWA 2FF3B 4FWLA 4FWRA 3D2FB 2QXLA 3FGUA 1GLJO 3CETA 4I6MA 1HX1A 1MWMA 4FO0A 4FPAA 4E1JA 3VGLA 4DCHA 3O08A 2YHYA 5AQFA 3SK3A 4BC2A 2Q97A 1LOTB 2PAVA 4CD1A 3DAWA 4FOIA 4WQ5A 2ITMA 4FWMA 5BRDA 4H5TA 5BREA 4CZEA 1TUUA 4EAHD 4B1ZA 4ISGA 3SJHA 2FXUA 2WUSA 1X3MA 1NGGA 3ZETA 1KAXA 3MCPA 4BRMA 2YCHA 5F0XA 1NBWA 4GY2B 4IZ9A 3O80A 3QMLA 4FWKA 1S22A 4EIAA 2E88A 2HMPA 3OHRA 1NMDA 1C0GA 1H1VA 3P4IA 3I8BA 3UKRB 2J4RA 1MDUB 5BN8A 2V52B 5JMVA 3QB0A 3WQTA 4CZJA 5I9EB 2D4WA 1GLEG 2V7ZA 3HBTA 5F2RA 5FPNA 3WT0A 1MWKA 4EHUA 1BA1A 1GLCG 3BP8A 5AQTA 2E2NA 2YHXA 3MN7A 4O5FA 1LCUA 1HJOA 1YXQA 3U9ZA 4BROA 2Q36A 1HKCA 4BR2A 3A5MC 5JLFA 2W40A 5AQLA 4RWTA 5AQVA 5BRFA 4BG8A 3U4LA 2YJFA 4O8KA 3QICA 4BC4A 5CE3A 1BWFO 5B8HA 1NWKA 1NM1A 4JD2A 3CJCA 2P9SB 1KAZA 3O6WA 5BRHA 1QQNA 1J6ZA 5AQPA 4PL7A 4PKIA 1NGCA 3QDKA 3IFRA 4H5WA 2CGLA 3VEZA 4CBWA 2P9UA 3CJ7A 2E1ZA 4FWQA 5AQYA 3O5BA 4BVOA 3DXKB 4RCHA 4CZLA 4XEIA 3UKUB 3WXIA 4JD2B 4MLEA 2ASPA 3VF4A 3R9PA 1K8KB 5AZIA 5AFUA 5EXWA 1C0FA 4BVPA 1T6CA 4CZFA 5LJVA 3D2FA 3VOVA 4K42A 2D0OA 3KVGA 4WQ4C 2GWKA 4FWPA 3GBTA 3UB5A 3HTVA 4BRLA 3WXKA 3FR0A 1XQSC 2ZGYA 4JHDA 1ESVA 4PKGA 2UYTA 1IJJA 2NZTA 5AQRA 1SZ2A 4C23A 4IXCA 2Q31A 5EY4A 2QWOA 5AQQA 1U2VB 4L3QA 5AZIB 4BG9A 1ATNA 1D4XA 2QWMA 3EN9A 3H46O 1JCEA 5AQNA 1X3NA 4DQ8A 2V7YA 3H3NO 3LM2A 1E4GT 1GLFO 2GWJA 4NB4A 4B1UB 2NRHA 1BU6O 1QQMA 4HWIA 3CIPA 3GE1A 3RSEB 4JHDB 3BEXA 3VPZA 4A62A 3BF3A 1EQYA 2F9TA 3CQXA 3IUCA 3ZX3A 4CD3A 1X9JA 3O1BA 3WQUA 4BQLA 4H0PA 3VGKA 3WUHA 4H0OA 3FZMA 3CJ9A 4IJNA 3LDNA 3DJCA 3H3OB 1RFQA 3QBXA 3WXJA 1YVNA 1HUXA 3ATVA 4BRCA 1CZAN 3UKRA 3TPQA 3A5LC 1RDWX 2H3GX 3M1FA 2A6AA 1GLAG 4YDUA 1RGIA 3SLCA 5BPNA 4WQ4A 2BTFA 1TUYA 3CI5A 2IVOA 3VESA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ5N 1NK9A 1U45A 5GIPA 1KAYA 1GOBA 4JI8K 2GUPA 2RKIA 2E2QA 3VEWA 3HSCA 2VG5A 4E7KA 3JSMA 4LF4K 4H5RA 5IWAK 2UXBK 3ZX0A 1CZBA 3HJFA 3J81O 3RMCA 4B9LA 1GLDG 2Z1HA 1XNRK 4RTFD 2P9SA 2JLEA 2QW9A 4K8ZA 3SMPA 3OBYA 3DLLL 3M5RA 3HI0A 5EOYA 3CQYA 3DI6A 3AVCA 3T69A 4J2DA 2P9KB 4TSXA 3ALYA 1K6YA 3OYFA 4CFBA 1WN7A 2OZSA 4CGJA 1QVGM 3OVNA 1XMOK 4KB1A 3TTCA 2NRRA 2IC3A 4LSNA 1YF5L 1X9MA 4FLWA 3MEDA 2P9IB 5EX5A 2F7TA 4DB3A 5AQWA 4DHYA 5C10A 1WBDA 2HF4A 3AVKA 3CFRA 4CEQA 4ELVA 1IKWA 1KLMA 1IO2A 3U3GA 3WNHA 2UUBK 1SKSA 1MA9B 3TR8A 2NUBA 5AFUH 1VRUA 4MDBA 5LY3A 4CJ3A 3SZ2A 4M45A 2D1KA 4ZTFA 3WNFA 5SWMA 3KLGA 4IJAA 1G15A 1RT7A 4WFNL 1LW2A 3D6RA 3SPZA 1B9DA 4M3WA 3CERA 3EE8A 5KGWA 1NJZA 1QHTA 1KSPA 1S1UA 3D2EA 5AQZA 4YFUA 1D9FA 3O9RA 1RBUA 3PLAA 3DXMB 3R8EA 2YNFA 3LWMA 4DTRA 4ILJA 3HT3A 4NLBA 3TABA 1VQNN 4DV6K 4CK2A 1ZBUA 3PV8A 2O8DA 3VEVA 4OJRA 3TTDA 5HRSA 3O3HA 3O9TA 3W0LA 3H08A 4EHTA 3SQ0A 4FJHA 3LDPA 4JKEA 1K9MO 1DTTA 2HB5A 4GMJB 4W5QA 1U4BA 1Y64A 2NRTA 5KRSA 3RMBA 4KO0A 2QK9A 3NAEA 3A5NC 4NLCA 4FJ5A 4CE9A 4JI3K 3IG1A 3QEXA 2P9PB 4Z4CA 2DY4A 1B9FA 1CLQA 4CBXA 1VSLA 3AAQA 3CM6A 3CCJN 4RG8A 3AVHA 2HHSA 4QS8A 2IVPA 4I6MB 1V4SA 5KRTA 2B6AA 4A59A 2OPRA 1WAJA 3MEEA 4U67L 2HF3A 1TK5A 2KZMA 4B3TK 4RW6A 1RT1A 4FPBA 1J9AA 1TGOA 2Q0RA 3C7NA 4AHVA 3DLKA 5KPRA 4GV9A 1WNSA 2DFFA 1W9HA 3VA0A 4CZKA 3QEWA 4KRFA 3V9WA 1GOAA 3THWB 2ZJQL 5D3GA 2Y1JA 4J2AA 3ZETB 1J5EK 4O0IA 5FRMA 1YUWA 1RNHA 1T03A 2P1JA 4JK9A 2Q0UA 4M63C 3LPUA 5AZJA 1HPMA 4IEIA 4NCGA 4EZ6A 2NRZA 1HYVA 4CEOA 5E41A 4FL9A 2WC9A 4CF0A 2FSNA 4E7HA 1DEJA 3JXUA 2NNWA 4CI6A 5AQHA 4I9QA 4B1YB 3LL3A 4Z4HA 3QNNA 5FDLA 3ZT4A 1O1WA 3M6GA 4FJLA 5HP1A 3ULEA 2HNDA 1NGDA 2FLOA 4KH5A 1JLEA 3QFPA 3ZX2A 2E2OA 3AVJA 3R6MA 4Z4GA 3KTQA 2IIRA 1SQKA 2KQ2A 1NGBA 2GUIA 3NDKA 3PSIA 2QWNA 4FJJA 3DLEA 4E89A 3NH2A 2Q2RA 4KTZA 4BRNA 3I56N 1ATSA 1HLUA 1QQCA 2I7PA 4HCBA 1VSEA 3V1OA 1WSFA 2NLXA 1Z05A 2HVIA 2VQEK 2QWLA 3CM5A 4JRQA 2UUAK 2GBZA 4BE2A 3DOKA 4ID1A 4KPYA 4G9ZA 4AM6A 2E1YA 1FXXA 3LP1A 3A8YA 4V19S 4AM7A 4XH5A 3SYZA 1S9EA 3HK2A 5C0YA 4CJWA 1VQ4N 4BDYA 3T1YK 3ZEUB 4E1MA 1LWFA 4DLEA 1R59O 4FWLA 4B8AB 4FZXC 2QEXN 5DK5A 5M1QA 4FO0A 1LAVA 4DQQA 2WTUA 3SQ2A 2EHGA 2Q97A 1L3SA 4DV1K 3DAWA 4FOIA 2ITMA 1W0HA 4H5TA 3QIOA 4CZEA 4DTOA 2OPQA 4DV3K 5GAEP 4CCHA 4ISGA 1X9WA 1VSKA 3Q7BA 2BANA 1RBTA 3MCPA 2YCHA 3O4QA 5F0XA 3MXIA 2XRIA 1BISA 4BE0A 1TKTA 1S22A 4FW2A 3R3LA 2E88A 3E01A 1JKHA 1H1VA 3ZT0A 4NXNK 2G8FA 3KKSA 4CEEA 1U47A 1YVUA 3QB0A 1XHXA 1NK7A 5HRNA 5FPNA 1GLCG 3NGYA 5AQTA 1RDBA 2QKKA 1KD1O 1LCUA 4M41A 3OYLA 2YNGA 1YXQA 3IS9A 1SKRA 2O8BA 2Q36A 1HKCA 4BR2A 1NK6A 1RCHA 1VK0A 1A5VA 5BRFA 4BG8A 2YJFA 1WLJA 4BC4A 5A2QO 3OYMA 5B8HA 3CF5L 2YHBA 4LH5A 4JD2A 4LH4A 3PX0A 1NKEA 2P9SB 1KAZA 4KB0A 3TAQA 4ICLA 1FW6A 3KLFA 4JKBA 1J6ZA 4PL7A 4PKIA 1NGCA 3IKMA 4JI1K 4GV6A 3QDKA 1N33K 2OPPA 3VEZA 4DV5K 2E1ZA 3SQ1A 5AQYA 1RBSA 1ILYA 4CZLA 3AVAA 4WE1A 1FKPA 5GINA 5HOOA 2ASPA 3VF4A 4N76A 1RT3A 1IBLK 1C0FA 3TSUA 3L2UA 1JL1A 5MLCQ 4C1NK 3K0SA 2D0OA 4FWPA 3UB5A 3HTVA 4BRLA 3WXKA 3FR0A 1N6QA 4ILHA 3HSTB 1JJ2M 4PWDA 1HRHA 3LAKA 4QCLA 3VQ5A 1IJJA 2NZTA 2PZSA 4IXCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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