4BVPA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii (closed) in complex with heptamolybdate and octamolybdate
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of Legionella Pneumophila Ntpdase1 in Complex with Polyoxometallates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 124
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bvpA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4bvpA02
3D7EO 3CHWA 5BRDA 2E1YA 2FSKA 4BRPA 3HI0A 1Y64A 3CJ7A 3EL2A 3WQUA 2KHOA 3A5MC 3ID8A 5LJVA 1S22A 4XH4A 5AQNA 1NGGA 2QW9A 5BREA 1K8KA 5BN9A 1NGHA 3B8AX 3H46O 2NLXA 3OHRA 3TPQA 2A40A 1P8ZA 2YHYA 1YAGA 3O8MA 3O4WA 1GLBG 1HKBA 4FOIA 1C0GA 1XUPO 1SZ2A 4JD2B 1V4TA 3BEXA 5AQHA 2A41A 3KHYA 4H5WA 4B1YB 4AM7A 3SMPA 1LOTB 2P9LA 4WQ4A 4PL8A 4PKGA 1ATNA 1V4SA 2FF3B 3QFUA 5AQXA 3I8BA 2IIRA 3BF3A 3AAQA 1BUPA 4CZGA 2W41A 4BR5A 5AQMA 3MN9A 5AZJB 4LC9B 1NM1A 2YJFA 3P4IA 3GBTA 4A2AA 4FWMA 4JHDA 5AQRA 4BRDA 3L4IA 2ASPA 1GLLO 4K43A 2VWBA 3D2FB 2NZTA 5ADXH 2GELA 3FZMA 3AARA 3EKUA 1NGIA 3ZETA 4B9QA 4BRFA 3HBTA 2CGLA 4XH1A 1QQMA 5EOYA 4BRAA 4K41A 3QICA 4B1ZA 1KXPA 4CZJA 4BC5A 3QFPA 1ATRA 3FZKA 2Q36A 4IXCA 5E26A 3WUHA 3UE5A 2Q0UA 5TKYA 5I9EB 4EFHA 1NWKA 3H1QA 3HSCA 4C23A 1MA9B 2QXLA 5EVZA 3CJCA 4CZMA 5AZIB 5BR9A 3D2EB 3IMXA 3KVGA 3VENA 4BR7A 5AQFA 1NLVA 2W40A 3DXKA 1WOQA 2HOEA 2E8AA 4BRHA 3VF6A 3VEYA 4DHYA 1GLDG 1HKCA 2P9KB 4BR9A 3H1VX 4BRCA 4EIAA 4CZKA 1G99A 3M1FA 2P9NA 2CGKA 1X9JA 2OANA 1NGDA 3A5LC 3BF1A 3RSEA 5ELZA 3DWLA 3MN7A 3HM8A 5FPDA 1HUXA 3U4LA 5KQ8A 4CZFA 2E2NA 3LL3A 5FPMA 3CQXA 4HWIA 2E2QA 4FWSA 1DEJA 4H5RA 4IJNA 1YXQA 2EWSA 3VERA 3FZHA 3U9ZA 2I7PA 4CZHA 3R6MA 4YDUA 5LY3A 2PAVA 3UKRB 1IJJA 1NGFA 4H0YB 4CZEA 4H03B 2P9LB 1HJOA 4IWVA 3WXJA 4BRKA 4RCHA 1NGJA 4FPAA 1U6ZA 3ATVA 4FWLA 4MLEA 3FE1A 4WYBA 1ESVA 1NGCA 1Z6RA 3BP8A 3UKUB 3WT0A 3ZEUA 5F1XA 3VGMA 1BU6O 2VYPA 4CD1A 2QWOA 3EO3A 5F0XA 4K25A 5AQQA 5AQZA 3HTVA 2YJEA 1S3XA 4ISFA 4Y0WA 5B8HA 3TU5A 5AR0A 4O5FA 1HLUA 3LDNA 2GWKA 3IFRA 1EQYA 5BPNA 4ISEA 1QQOA 4F9OA 1IG8A 4CJ7A 4GNIA 4MO5A 2GUPA 3O1BA 3ZETB 4FWNA 4BG8A 5KPZA 4WQ5A 2P9UA 4FWQA 4FOEA 4DB3A 3VEXA 3ULEA 3A8YA 4BVOA 2HMPA 1QQNA 5LJWA 5FPEA 2P9PB 3WXIA 4AM6A 1SQKA 3MN5A 3FZFA 5ADXA 2E20A 1GLCG 3VPZA 1X3NA 1TYQB 4FL9A 3CJBA 4BROA 5AQUA 5FPNA 4PL7A 3GG4A 1YUWA 1XC3A 4I6MA 3ATUA 2D1KA 3IDHA 2P9SB 4H0OA 3SJHA 2Q97A 3M3ZA 4CBUA 1DKGD 5BN8A 4J8FA 1H1VA 4BVPA 4QS9A 2P9IA 1WUAA 2FSNA 3AAPA 4IJAA 2QWLA 4CI6A 1ATSA 2P9NB 3GL1A 3O80A 4H0TB 3LDLA 1ZC6A 1C0FA 4RTFD 3WEEA 3LM2A 4BC4A 5AQKA 3VF2A 1E4FT 2VCPA 3QDKA 2UYTA 3RSEB 3ZX3A 1RGIA 5E84A 2E2OA 4B1WB 3CJAA 1Q18A 5BRHA 2GWJA 3HZ6A 4DCHA 3WXLA 4CBXA 4A62A 4JD2A 2Q1NA 4BREA 4XEIA 3ENOA 4M63C 3VEVA 1HX1A 3LM9A 4BR4A 4CZIA 4EHTA 4FPBA 3VEZA 3MMVA 2CH6A 2PBDA 4IO8A 1RDWX 4H5TA 5AQTA 2QWQA 2YI1A 5EY4A 3DXMA 5AQYA 1E4GT 2BUPA 4B1VA 1BOTO 3G25A 3MDQA 5JLHA 3ZX2A 1R59O 4QS8A 3MCPA 5KPTA 2CGJA 2FF6A 1K8KB 3O6WA 3LDOA 4MO4A 2D4WA 3C7NA 3EN9A 3H6EA 5AQLA 4B1XB 3M6GA 2AP1A 5KQDA 3CIPA 3I33A 3VEWA 1BG3A 4FO0A 4RWTA 4BC2A 5BPLA 3VOVA 3R9PA 2E88A 4FWPA 2CH5A 3WQTA 4CD3A 5AFUH 1J6ZA 1BA0A 5CE3A 4E1JA 2QWPA 3QBXA 2P9UB 3O5BA 3FLCO 3ULEB 3A5OC 1T6DA 2IVPA 1JCFA 4NO7A 5AQVA 1U2VA 3F9MA 1GLAG 3CERA 4CZLA 2A42A 3C0BA 3U9DA 3O1WA 4I6MB 4FWKA 3ZX0A 2GEMA 1HPMA 3LDQA 4HTLA 4H5NA 4JHDB 3FFKB 1BO5O 4B1UB 1NBWA 2P9KA 4BRQA 2IVOA 2J4RA 4A61A 2QM1A 5F2RA 2P9IB 3L0QA 2ITMA 3FZLA 5AQJA 3W0LA 2GTDA 4FWRA 5AQWA 2D0PA 3WEEB 4JAXA 4EAHD 1X3MA 1MDUB 2FXUA 4BG9A 4BRLA 2F9TA 4BQZA 4BGAA 5BRFA 1XQSC 1LCUA 2V7YA 3EZWA 3GOIA 2A6AA 2FSJA 5JMVA 2YCHA 2HF4A 4BRGA 2E2PA 1RFQA 2DPNA 2WUSA 5AQPA 3A5NC 3VF4A 1NGBA 3QBWA 3VESA 4H5VA 3KZBA 2A5XA 4FWOA 2ASOA 3O08A 3UKRA 1BDGA 1YVNA 1T44A 1Z05A 3DXKB 3H45C 1GLEG 1ZBSA 3CQYA 4YDUC 3L6QA 3SK3A 3UKUA 3DXMB 4DQ8A 4FSVA 5AQIA 4K42A 3DJCA 4PKHA 3H3OB 2AA4A 1NGAA 4BGBA 5EXWA 4BRIA 3BUZB 3FGUA 1TUYA 4JNEA 4BR2A 2ZF5O 3AY9A 3C7NB 2BTFA 5AQSA 1ZXOA 2F9WA 1MWKA 4EHUA 4BQLA 3WXKA 3QMLA 3IUCA 1KAZA 3SLCA 4A2BA 2YHXA 2Q2RA 3CETA 1JCEA 5KPRA 3QB0A 1HKGA 3CJ1A 3GE1A 4H0XB 1GLJO 2V51B 2ZGZA 4L3QA 4WQ5C 4M7XA 4QS7A 2P9PA 4M7YA 4MLHA 2A3ZA 3ZEUB 4WQ4C 3LDPA 2ZWHA 1U2VB 4BRNA 1KAYA 1TYQA 1SAZA 1NGEA 2QWRA 2QWMA 3ENHA 3MN6A 4ISGA 5JICA 2YHWA 3J8AA 5AZJA 1DGKN 3H3NO 1BWFO 2I7NA 3GDQA 5AFUA 1KAXA 2P9SA 3UB5A 1QZ5A 4KBOA 3D2FA 3VETA 2NRHA 2Q31A 1QZ6A 1NMDA 4Z94A 3U8XA 3FR0A 4BR0A 3A0IX 4GY2B 3MK6A 3DAWA 2ZGYA 2V52B 2FLOA 4BC3A 4IZ9A 3W3DA 4BRMA 4JN4A 2E1ZA 5AQGA 3VGLA 1BA1A 1GLFO 2H3GX 1JCGA 3CJ9A 4H0PA 4NB4A 4XH5A 2QWNA 1MWMA 3R8EA 2Q0RA 1QHAA 4PKIA 3JS6A 3EKSA 3VGKA 2D0OA 1CZAN 5JLFA 4H0VB 3SMSA 3JXUA 5BPMA 3S41A 2V7ZA 2IVNA 5AZIA 2HF3A 3D2EA 3VEOA 5AQOA 1TUUA 1OKJA 1D4XA 1T6CA 3CI5A 5EX5A 4CBWA 4O8KA 2ASMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHSA 5BRDA 3CHWA 4LFBK 3CJ7A 2YHBA 3EL2A 1WB9A 3ID8A 2OA8A 4XH4A 5AQNA 1NGGA 3C6UA 4FK0A 5J2MA 5BN9A 3CMAN 4DWIA 3H46O 4KHPK 2NLXA 3NAEA 3OYGA 5CZ2A 3TPQA 1YAGA 3O8MA 3ASMA 3TANA 3E66A 4Y1DA 2O8DB 5KRTA 1OH8A 4M3YA 4YOVA 3BZKA 4JV5K 4DFJA 4B3TK 1O13A 4JD2B 4BY9C 4PQUA 1LAWA 1JLEA 3EYZA 4KV8A 3AA3A 3K9JA 1ATNA 1RTJA 3NGZA 3QFUA 1Z25A 5LL6Z 3EE9A 1NNEA 3PV8A 1EWQA 4DUYK 2Z1IA 3MN9A 2GX9A 2KLAA 1T8EA 3TTCA 3P4IA 5GAHP 1YJWN 3QEWA 4A5AA 1JLQA 3L8BA 4KPYA 3D2FB 5ADXH 5HLFA 3FZMA 3CM6A 3AARA 1NGIA 1N32K 5D3GA 5M1OA 1Q81O 2DFHA 4NCGA 1QQMA 5EOYA 4E7KA 4F2RA 4B08A 2ZM6K 4K41A 1WLJA 3QICA 4M3UA 1KXPA 3QFPA 4HCBA 4IXCA 5E26A 3WUHA 3UE5A 2Q0UA 3JAMO 2P5GA 4EFHA 1NWKA 4C23A 5BR9A 3D2EB 3IMXA 4C8NA 3VENA 1NLVA 2W40A 2PY5A 5CY4A 3SCXA 3VF6A 1JXEA 2HHHK 2DFEA 1RBVA 1HKCA 3VEYA 4DHYA 4CIFA 4CK2A 2OTJN 2X78A 3H1VX 4BRCA 3VQ7A 2FBTA 4LF7K 4DFKA 5A2QO 1YITN 4UY8O 1J5OA 4CZKA 2CGKA 3VQBA 2HHQA 2OANA 2YNHA 1UA1A 2G8UA 3VTHA 2XO7A 3AO3A 3RSEA 5TKWA 1NK4A 4CFAA 3FFIA 2E2NA 4HWIA 3CFOA 4FWSA 2Y1JA 3O3FA 4IJNA 1ITGA 2EWSA 3VERA 2I7PA 2GV9A 4CZEA 3SUNA 2P9LB 4KRFA 1HJOA 3WXJA 4BRKA 3LZJA 2HNYA 1QE1A 3MECA 1D8YA 3FE1A 1Z6RA 2D0BA 3ZEUA 3BP8A 3IS9A 3L2UA 2Z1HA 3LPTA 4K25A 3ZCMA 4WF9L 3TABA 1TK5A 4YFUA 4ISFA 4F3TA 4IO9L 4DR3K 3IFRA 4KB1A 2E6MA 5BPNA 1RDUA 4F9OA 4B3RK 4CJ7A 4GNIA 3ZETB 4DR7K 3O9QA 1KVBA 1LAVA 2GUIA 3TSPA 2P9UA 4DR6K 3VQ5A 5FPEA 4FJMA 2HHTA 3FZFA 4BE2A 3E01A 4DQQA 4LSNA 3JSMA 4FL9A 1YUWA 2YV0X 4AHVA 2P9SB 4W5OA 4FJJA 1MU2A 3SJHA 2Q97A 2RPIA 3M3ZA 4CK3A 4A57A 1H1VA 3J7AP 4G9ZA 1NMNA 5M1FA 4IJAA 2OPPA 1ATSA 2P9NB 3GL1A 4H0TB 3LWLA 4RW6A 1VQ9N 1X9MA 1XHXA 3VF2A 1E4FT 1A5XA 2VCPA 3QDKA 2HB5A 4J2DA 4FJ5A 2E2OA 3C6AA 4M42A 3NVMA 3CCMN 2GWJA 4DCHA 4I9QA 3OYEA 4CJWA 3CC7N 1L5UA 5M1KA 2O8BB 3G6EN 3ENOA 4CJ5A 1LW0A 4EHTA 4AILC 4KH4A 3WXMB 2KFZA 3CCEN 3ZSXA 1EX4A 4R79A 1CXUA 4OKJA 3KLHA 4CW7B 1SL2A 2ITGA 4FM2A 3MDQA 5JLHA 3O3HA 1IBLK 3KLGA 4Z4CA 3R3LA 3ZLJA 4JI0K 4I2QA 4QS8A 1HRHA 1TGOA 3MCPA 4JK8A 3DLRA 2FF6A 4B9VA 1BIZA 3CMEN 3EN9A 1OH6A 3LPUA 1IH7A 4ID1A 5KQDA 5FDLA 3OS0A 2ATQA 1N8RO 4U67L 4AF1A 2E5LK 4N5SA 5C42A 4FWPA 1W0HA 4DFPA 1TVRA 4CD3A 1J6ZA 2JGUA 5CE3A 3QBXA 3ULEB 1RDCA 1T6DA 2IVPA 1JCFA 5BR8K 1UAXA 1RBTA 2KZZA 1T05A 5FLXO 4OO1J 3RR8A 1D5AA 3DMJA 4I6MB 4FWKA 4CF2A 1YJ9N 4Y1CA 3LDQA 4HTLA 3P38A 1HNVA 4B1UB 5C24A 1NOYA 3RMDA 2IVOA 1S6PA 2P9IB 3L0QA 2HNZA 1F21A 5IT9O 3SJJA 2F8SA 3K2PA 4FK4A 2GTDA 2ZQBA 3UIQA 2LSNA 1FKPA 5AQWA 3WEEB 4CF1A 3PX4A 1X3MA 1HNXK 2FXUA 1U4BA 4BQZA 2F9TA 1K9MO 1XQSC 1LCUA 2V7YA 4RW7A 2FSJA 3J7ZO 3QINA 1YT3A 3QBWA 4WFNL 2A5XA 1K73O 1U47A 4IKFA 4E1NA 1Z05A 4YHHK 4DSFA 4DR4K 4DQ8A 4KH5A 5AQIA 2O4IA 4B9TA 4OLAA 3M8PA 4PKHA 1LWEA 4JKHA 3C6HA 4IFYA 3MAQA 3KD5E 3F9KA 2NUBA 3ISNC 1VSDA 1SL1A 4BR2A 2ZF5O 3C7NB 3R1XA 3TARA 5AQSA 3B6PA 3P5JA 4EHUA 1RNHA 3TAGA 4KTWA 4NCAA 3TTFA 2Q2RA 1JCEA 4OGEA 3CJ1A 1S9EA 4CGGA 3NVKA 4DV4K 3GE1A 4H0XB 5LMUK 2WTUA 4JS4A 2YNFA 2A3ZA 3ZEUB 4WQ4C 5JS1A 4DSJA 5J2QA 2AJQA 4BRNA 4DUZK 3CXCM 2OZSA 3VQDA 1NGEA 3MN6A 5JICA 3DLBA 4XIUA 1DGKN 4CE9A 1BWFO 3VQ9A 4JKCA 4DKWA 4YY3K 3D2FA 2XY8A 2NRHA 4NXMK 4JKAA 4CVNE 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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