4CD1A

Rnntpdase2 in complex with psb-071
Total Genus 139
50100150200250300350400020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
414
structure length
406
Chain Sequence
LKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPAD
50100150200250300350400400300200100
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (39-47)TI2 (59-62)S2 (50-58)TI1 (47-50)TIV1 (60-63)TII1 (65-68)TI3 (62-65)3H2 (109-114)3H1 (82-85)AH2 (123-131)AH1 (89-106)S6 (184-185)EMPTYAH3 (133-149)O2 (390-392)TI10 (392-395)S5 (153-159)AH4 (162-177)TI5 (178-181)TIV3 (185-188)AH6 (276-281)S7 (188-189)S8 (198-202)S9 (206-212)TI6 (203-206)S12 (270-275)TI9 (283-286)3H3 (220-222)TII2 (240-243)S10 (223-228)TIV7 (227-230)AH8 (347-358)AH5 (245-260)S11 (231-241)TI'2 (330-333)TI7 (263-266)AH9 (366-378)TI8 (282-285)AH10 (381-387)S13 (298-303)AH7 (307-317)3H4 (395-397)AH11 (398-411)TIV5 (190-193)S3 (70-77)S4 (116-121)TIV6 (217-220)TIV8 (285-288)S14 (342-346)TI4 (85-88)TII3 (267-270)TIV9 (325-328)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 139
structure length 406
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd1A02
5AR0A 3EKSA 3AAPA 4E1JA 4QS9A 5BN8A 3FE1A 4FWRA 2QWPA 3D2EB 4CZHA 4IWVA 4FPBA 1BOTO 3H1QA 1BO5O 1U2VA 4JAXA 3TPQA 3O08A 4PKGA 2P9NA 5AQGA 4BR0A 2GUPA 2A3ZA 2EWSA 3UKUB 5AQMA 4CZMA 5AQZA 1GLDG 1Z05A 4GY2B 2E8AA 2FSKA 4H5RA 4B1WB 5KQDA 2NLXA 5CE3A 2Q2RA 2BTFA 4H0VB 3H3NO 2VCPA 2CH5A 4CBXA 3ULEA 4BRLA 3CQXA 5LY3A 4BR2A 4BRQA 3A5OC 3DAWA 4CJ7A 4M7XA 1X3MA 2HF4A 2YJFA 3A8YA 5TKYA 4IXCA 4DB3A 1HX1A 5EY4A 3BF3A 5AFUH 3FZFA 1BDGA 3GOIA 3CETA 4BGBA 1T6DA 3BEXA 3ATUA 1YVNA 2E88A 3L0QA 2UYTA 1JCGA 3D2EA 5AQUA 4MLEA 5JICA 3SMPA 5AQTA 3AARA 3HSCA 3IMXA 3WXLA 3KVGA 1QQNA 3HBTA 3VF4A 2AP1A 3O1WA 4HWIA 4Y0WA 4PL7A 3LM2A 4KBOA 3ATVA 3VEYA 1BWFO 3AY9A 3UKUA 1ZBSA 1QZ5A 4L3QA 1NGDA 5KPRA 4WQ5C 3P4IA 5F2RA 4XH1A 2ZWHA 4BRFA 1NLVA 1Y64A 2P9LB 2NZTA 3R6MA 1ZC6A 4AM6A 4EIAA 5BR9A 5BRFA 5JLFA 4C23A 1HUXA 1RFQA 3O6WA 3ZX2A 3HI0A 1X9JA 4RTFD 5BPMA 1DKGD 4BR9A 3WEEA 3SMSA 3O5BA 4A2AA 2J4RA 4BR7A 3VENA 4I6MB 2ASOA 5AQFA 2DPNA 2V51B 5AQNA 4MLHA 1GLBG 4K43A 3CJ7A 1MWMA 4CZLA 3HTVA 2FLOA 5BPLA 3MDQA 4CZEA 3U8XA 3UB5A 4CD3A 3IUCA 1HKGA 4A2BA 2Q1NA 4H5NA 4MO5A 3U4LA 2P9SA 4XH5A 2PAVA 4BRMA 1KXPA 3ID8A 4PL8A 1Q18A 2A41A 1ZXOA 3A5MC 3CJ9A 2CH6A 4H0TB 5AQOA 1S22A 4IJAA 4Z94A 3C0BA 3UE5A 2V7ZA 3VETA 3FLCO 2Q31A 3WUHA 4B1VA 1NM1A 2ITMA 1R59O 4B1YB 5AQIA 5BN9A 5AQSA 1XUPO 2P9LA 4H0XB 1NGJA 2GELA 1XQSC 1KAZA 3TU5A 5AQKA 4RWTA 5AQVA 4H03B 1SQKA 3CIPA 3F9MA 5BRHA 3FGUA 1OKJA 5FPDA 3I8BA 3FFKB 4K41A 1K8KB 4I6MA 3MN7A 5FPEA 2GEMA 3LDLA 4FL9A 3MN9A 1IG8A 4A62A 1H1VA 4BRNA 1GLAG 2KHOA 2I7PA 3O1BA 1ATSA 3GDQA 4EHUA 3JS6A 2GWJA 3RSEA 3WQTA 3H3OB 4B1ZA 2QWQA 3WXIA 2E2NA 2Q97A 4CBWA 4AM7A 3I33A 3GG4A 2WUSA 4JHDB 3GL1A 4BQLA 2FXUA 4CZFA 4BC2A 4IZ9A 4FWSA 3CI5A 3QICA 3WEEB 2GWKA 3LDNA 5AQRA 2V52B 1MWKA 3DXMB 3L4IA 4FOEA 1IJJA 1BG3A 1E4GT 4BC5A 2ZGYA 3VEVA 1Z6RA 3CJ1A 3QB0A 2IVOA 4DQ8A 2I7NA 5KPZA 2IVPA 5ELZA 5FPMA 1BU6O 3U9ZA 2P9SB 3LDPA 3EL2A 1V4TA 3VF6A 4A61A 1EQYA 1JCFA 2CGJA 3VGMA 1K8KA 4BG9A 3EO3A 4H5WA 4MO4A 2F9TA 2W41A 5EOYA 3A5LC 3O80A 4JNEA 5I9EB 1GLCG 3VGKA 2D1KA 4CD1A 2HF3A 1GLJO 2E2QA 2E2PA 1MA9B 1TUUA 3A5NC 2A42A 5EX5A 3BF1A 3QBXA 2Q36A 3M1FA 1KAYA 3DXKB 3M3ZA 4JHDA 3H45C 3GBTA 1SZ2A 2QXLA 1DGKN 3ZEUB 2P9IB 4B1XB 2D0PA 4DHYA 3MCPA 3WXJA 2A40A 4CZIA 4BVOA 1TYQB 3DXMA 1QHAA 1X3NA 1WUAA 1YAGA 4BREA 3FZKA 2A5XA 3FR0A 2IIRA 3O8MA 4BRDA 5FPNA 1V4SA 2ZGZA 1TUYA 1JCEA 2QWNA 3EZWA 3WQUA 1GLEG 2YI1A 1C0GA 4H5VA 1ESVA 1BA0A 2QWLA 3BP8A 1J6ZA 1HLUA 3MN5A 3RSEB 1NGGA 1XC3A 3ZETB 1BUPA 2YJEA 4WYBA 4K25A 5AQYA 5AZJB 3UKRB 3IDHA 2P9KA 2OANA 4BRCA 4FWOA 3SK3A 4O8KA 5ADXA 3O4WA 4QS8A 3VEWA 2QWRA 3SLCA 2P9UB 3G25A 3FZHA 1DEJA 4FSVA 1C0FA 3J8AA 1NWKA 3QFPA 4FOIA 5KQ8A 1HKCA 1ATRA 1QQOA 1D4XA 5JLHA 3DXKA 1HJOA 2ASPA 3D7EO 1NGHA 3FZMA 5B8HA 4JD2B 5KPTA 3ZEUA 3VEXA 2P9IA 3HZ6A 3QBWA 3DWLA 3WT0A 3VESA 2YHYA 4BRPA 3BUZB 1MDUB 2YHXA 1TYQA 3CJBA 3IFRA 3LM9A 2D0OA 2Q0UA 3ENHA 3KZBA 4CZKA 4FO0A 3H6EA 1HPMA 3C7NB 3S41A 4BGAA 4FPAA 2A6AA 3VERA 3ENOA 1CZAN 2PBDA 4DCHA 2H3GX 4H0PA 3HM8A 3U9DA 1QZ6A 2E1ZA 2YHWA 4ISGA 2E2OA 3A0IX 5AQPA 3ZETA 4EHTA 3OHRA 4B9QA 4CZGA 1P8ZA 3UKRA 3LDOA 5AZJA 2FSNA 4FWQA 3B8AX 3M6GA 3VOVA 5BREA 2QWMA 2FF3B 5EVZA 3VGLA 2P9UA 2FSJA 1YXQA 3QFUA 2HOEA 5LJVA 3CQYA 2E1YA 1RDWX 4H5TA 3CJAA 3JXUA 1T44A 1U6ZA 5ADXH 5EXWA 4BC3A 4JD2A 2GTDA 1HKBA 3KHYA 3MMVA 3MN6A 5AZIB 1T6CA 2FF6A 2P9PB 2QW9A 4BG8A 4K42A 5BPNA 2CGKA 3ZX3A 5LJWA 3MK6A 4EFHA 3H1VX 4CZJA 4FWPA 1LOTB 2P9KB 2E20A 3CERA 3QDKA 4XEIA 4M7YA 2VWBA 1LCUA 3C7NA 4H0YB 4RCHA 1GLLO 1E4FT 1BA1A 3R9PA 4J8FA 4HTLA 4IJNA 1NGEA 4M63C 2ASMA 4LC9B 1NGBA 3D2FB 4BC4A 2AA4A 1QQMA 4FWNA 3ZX0A 2QWOA 3WXKA 4BRGA 3LDQA 1NGIA 4F9OA 4BRAA 4NB4A 1G99A 4BRIA 3LL3A 4NO7A 1NGFA 3VPZA 5AQJA 1YUWA 5F0XA 1KAXA 1S3XA 5AQHA 4BRKA 3CJCA 4CBUA 3W3DA 2QM1A 2V7YA 1NGAA 4BROA 2W40A 5AQWA 4QS7A 5F1XA 4ISFA 1WOQA 3VEOA 5JMVA 3FZLA 5E84A 3H46O 5AQLA 3QMLA 4FWLA 4O5FA 4JN4A 5E26A 3AAQA 4B1UB 5AQXA 1GLFO 4BRHA 5AZIA 2P9PA 4WQ4C 4WQ5A 4XH4A 1U2VB 4IO8A 2BUPA 1ATNA 3W0LA 2Q0RA 4PKHA 2P9NB 4GNIA 1NGCA 3CHWA 3R8EA 3VEZA 3DJCA 4BVPA 2CGLA 2HMPA 4ISEA 4BR4A 3D2FA 1RGIA 5AQQA 4WQ4A 2YCHA 4YDUC 4CI6A 3ULEB 3GE1A 4FWMA 1NMDA 1NBWA 5AFUA 4BQZA 2D4WA 1SAZA 3SJHA 5BRDA 2IVNA 3L6QA 2VYPA 4EAHD 4H0OA 3VF2A 2NRHA 4FWKA 4BR5A 4PKIA 3EKUA 2F9WA 4YDUA 3EN9A 2ZF5O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R1XA 5HBMA 5DM6L 4JEPA 3QEVA 3EKSA 2GBZA 2QWPA 4IG3A 4CZHA 3O4NA 3MXIA 1SUQA 3U3GA 3LPTA 2UXDK 2OPQA 2P9NA 3TR8A 1SKWA 3OYHA 2GUPA 4FJ9A 2A3ZA 4ZTJA 1GLDG 1S1VA 3D0PA 1Z05A 1NU0A 2E8AA 4GY2B 4B1WB 2JWLA 2NLXA 3DRSA 2F8TA 4H0VB 4CJQA 3IG1A 3RR8A 2VCPA 1VQ8N 1EO1A 3SCXA 4BRLA 3TI0A 1ASWA 1RDDA 1REVA 4CJKA 1GOBA 1YTAA 4E7KA 3A8YA 1W7AA 5FDLA 1YHQN 4B8CA 4IXCA 1FW6A 3I8DA 3BF3A 5AFUH 4CEBA 2O8FB 3CETA 1WLJA 3BEXA 4BGBA 3QINA 4O55A 3ZSVA 5AQUA 1S1UA 3HSCA 2EHGA 1C1BA 4KBOA 4FK0A 3UKUA 4W5QA 3CPWM 3RMBA 4NYNA 5KPRA 4C8KA 3J7YP 4WQ5C 2RPIA 2ZWHA 1NLVA 2P9LB 1FKOA 1ZC6A 2BANA 4EIAA 1NK6A 3LDSA 4DV4K 5C12A 1HUXA 3ZX2A 3QEWA 1X9JA 3CYMA 4RTFD 3QO9A 4MFBA 1NJIO 1DKGD 4JI7K 3KKSA 3VENA 1XHZA 3SJJA 2DPNA 3V4IA 3CG7A 4AHTA 1LW0A 4FK2A 4PQUA 3CJ7A 4M3YA 2FLOA 4LF6K 5BPLA 3KLHA 1K9MO 3U8XA 1UAXA 4CD3A 4JI5K 3U4LA 4B9SA 1XHXA 4XH5A 2PAVA 3V9UA 3ID8A 1UWBA 4ELUA 2I5JA 2CH6A 1RBSA 3J80O 1Y97A 5AQOA 3RRHA 1S22A 2FBXA 3VETA 2V7ZA 2ITMA 1R59O 5J2NA 5BN9A 5JVGL 1RTJA 1XUPO 2VQEK 4PHTX 3AO3A 4DSJA 1ZBHA 4LSNA 1VQ7N 1SQKA 3CIPA 2HHTA 4BE2A 4WFAL 3I0SA 3V9ZA 1CZBA 2HNZA 1NOZA 4OJRA 4KPYA 4FJGA 3V1OA 1NK8A 4NXNK 3CCLN 4H4MA 4BRNA 2I7PA 1ATSA 4DV1K 4DTOA 4EHUA 2B6AA 5C42A 3OYFA 3RSEA 3M5RA 2B4JA 3AVKA 3LPUA 3WXIA 3I33A 4JHDB 1WB9A 4FZZA 4BC2A 1HYVA 3K5OA 3L2VA 3CI5A 2ETJA 1VQNN 3WEEB 3LALA 3M8RA 3UIQA 1IJJA 4AQYK 1BG3A 4AHSA 3MEDA 4K8ZA 3CJ1A 4ELVA 5BR8K 2W6KA 3LZIA 4JI3K 4DLGA 3KIOA 5KGWA 2O8BB 1HNXK 5ELZA 1BU6O 3DI6A 2P9SB 3EL2A 1VQPN 3VF6A 4CESA 2DTUA 3U6FA 1IV0A 1KLMA 4BG9A 2VG5A 3EO3A 4E1MA 3CMEN 4CK2A 1EWRA 3CFPA 1J5OA 4JNEA 1TAQA 1TKDA 4PUOA 5I9EB 2VQFK 1IBLK 2D1KA 3OYJA 3AV9A 4FLWA 1GLJO 3MAQA 2E2PA 1MA9B 3A5NC 2A42A 5EX5A 3BF1A 1D5AA 2Q36A 4O5BA 4DFJA 3SUOA 1ZBIA 1L3TA 3M3ZA 3TAQA 1RT3A 3ITHA 2QXLA 1DGKN 2D0PA 3WXJA 2HHUA 3ZSXA 3NVKA 2ZJRL 2YNFA 1XWLA 1WUAA 1VQ6N 3EEQA 2IIRA 4LD0A 1BA0A 1TL3A 2D5RA 3MN5A 4C1NK 1RT6A 1NOYA 5A2QO 1BUPA 1VSDA 4WYBA 1N5YA 4KH5A 4DF4A 5I42A 4B9VA 1T03A 4BRCA 3NH1A 4FWOA 4LFBK 3WNGA 5ADXA 4NCBA 1NK0A 4CJ4A 2FC0A 2QWRA 4DUZK 3WNFA 4CJPA 3CCQN 3FZHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3R1X A;  5HBM A;  5DM6 L;  4JEP A;  3QEV A;  3EKS A;  2GBZ A;  2QWP A;  4IG3 A;  4CZH A;  3O4N A;  3MXI A;  1SUQ A;  3U3G A;  3LPT A;  2UXD K;  2OPQ A;  2P9N A;  3TR8 A;  1SKW A;  3OYH A;  2GUP A;  4FJ9 A;  2A3Z A;  4ZTJ A;  1GLD G;  1S1V A;  3D0P A;  1Z05 A;  1NU0 A;  2E8A A;  4GY2 B;  4B1W B;  2JWL A;  2NLX A;  3DRS A;  2F8T A;  4H0V B;  4CJQ A;  3IG1 A;  3RR8 A;  2VCP A;  1VQ8 N;  1EO1 A;  3SCX A;  4BRL A;  3TI0 A;  1ASW A;  1RDD A;  1REV A;  4CJK A;  1GOB A;  1YTA A;  4E7K A;  3A8Y A;  1W7A A;  5FDL A;  1YHQ N;  4B8C A;  4IXC A;  1FW6 A;  3I8D A;  3BF3 A;  5AFU H;  4CEB A;  2O8F B;  3CET A;  1WLJ A;  3BEX A;  4BGB A;  3QIN A;  4O55 A;  3ZSV A;  5AQU A;  1S1U A;  3HSC A;  2EHG A;  1C1B A;  4KBO A;  4FK0 A;  3UKU A;  4W5Q A;  3CPW M;  3RMB A;  4NYN A;  5KPR A;  4C8K A;  3J7Y P;  4WQ5 C;  2RPI A;  2ZWH A;  1NLV A;  2P9L B;  1FKO A;  1ZC6 A;  2BAN A;  4EIA A;  1NK6 A;  3LDS A;  4DV4 K;  5C12 A;  1HUX A;  3ZX2 A;  3QEW A;  1X9J A;  3CYM A;  4RTF D;  3QO9 A;  4MFB A;  1NJI O;  1DKG D;  4JI7 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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