4CD1A

Rnntpdase2 in complex with psb-071
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
414
structure length
406
Chain Sequence
LKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 139
structure length 406
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd1A02
3L6QA 4B1XB 4AM7A 4H0TB 4BG8A 2P9KB 3GG4A 3UE5A 5JICA 3GE1A 3ZX0A 2QWNA 4EAHD 4H5NA 4H5VA 3DXKB 4BRNA 3GOIA 4IJNA 4YDUC 3VERA 2VCPA 4H5TA 5AQHA 3U4LA 4EFHA 3WXKA 4ISFA 2P9PB 2GWJA 4Z94A 3FZHA 4PL7A 2ASPA 4BRLA 4EIAA 4WQ5C 3UKUB 2ITMA 5AQXA 3WT0A 2Q1NA 4O8KA 2D4WA 2QWOA 2QWQA 5AQTA 4FWRA 2HMPA 4BRPA 2ASMA 3DAWA 3A5OC 4RWTA 1HKCA 4FWNA 4FWQA 3UKRA 5F0XA 3MN6A 5AQWA 2YHWA 3EN9A 1BDGA 1NGFA 4F9OA 3CETA 4FL9A 4ISGA 1GLBG 1BA1A 1Q18A 3WQTA 1ESVA 2Q36A 1BWFO 3P4IA 4I6MB 2HF3A 4A62A 4B9QA 4BC5A 4L3QA 2FF6A 3ZX2A 1NGIA 2V51B 1QZ5A 3AAQA 1ZBSA 4H5RA 5AZIB 3UB5A 3WQUA 2E88A 1E4GT 1NGAA 2P9NA 4FWMA 5AQNA 3VF6A 4JAXA 1Y64A 1BA0A 2I7NA 1SAZA 3FZKA 2PAVA 3H1VX 1U2VA 4BRIA 2E20A 4DB3A 2P9SB 2E2NA 3LM2A 3A5LC 2W40A 1RDWX 3BEXA 3EKUA 3SLCA 3HTVA 5LJVA 4H0OA 3VGKA 4XH4A 4JNEA 3A5MC 3O6WA 2ZGYA 2CGJA 2QXLA 3WXIA 1SQKA 1QQNA 1BU6O 1NWKA 3H3OB 4FWKA 1XC3A 1TUUA 1KAYA 4JHDA 3MN7A 5BN8A 5BPNA 1BOTO 4CZGA 1HKBA 3IMXA 3ATVA 1DEJA 2E1YA 3HM8A 1P8ZA 3L0QA 4FWSA 5AQKA 4M63C 3F9MA 2P9IA 4H5WA 4BR2A 3IUCA 3U9ZA 1G99A 1R59O 5BPMA 3J8AA 2CGKA 3FR0A 2YJFA 3VENA 3LDNA 1S3XA 4XH5A 1HUXA 3D2EB 2W41A 4Y0WA 3G25A 4CZIA 5AZJB 1TYQB 4BRDA 4CZHA 5EVZA 4BROA 5KQ8A 4AM6A 1QHAA 1T6CA 1YUWA 1GLDG 4CJ7A 3A5NC 1IG8A 2D0OA 2QWMA 4CD3A 5F1XA 2AA4A 4BGAA 4A2BA 3CERA 1XUPO 3CJBA 5LJWA 3EKSA 2Q97A 4B1ZA 1NGEA 4PKHA 1DGKN 4BR7A 1ATSA 4WQ4A 4C23A 4H03B 3D2FA 3O5BA 5JLFA 1DKGD 3ENOA 4CD1A 2QWRA 5AQQA 1T44A 3MK6A 3VEZA 4MLEA 5AQOA 3VETA 5AFUA 1IJJA 2FLOA 3O1WA 3HZ6A 3QBXA 3JS6A 1LOTB 3JXUA 3R8EA 1V4TA 1KAXA 4BR9A 3WEEA 3MN9A 2ASOA 2IVOA 1NGDA 3LDOA 1Z05A 3SK3A 1GLEG 3AY9A 4CZJA 2ZWHA 3CQXA 4CI6A 1ZC6A 5ELZA 2NRHA 1RFQA 1H1VA 2P9LB 1NGHA 3BF1A 2P9KA 1X3NA 3ULEB 3IFRA 2YHXA 4HWIA 3DWLA 3MDQA 3EZWA 3DXKA 3TPQA 3R9PA 3ZETB 2P9UB 4PL8A 4K42A 4BQZA 4K43A 5ADXA 3WXLA 4JN4A 2P9PA 3C7NB 1TUYA 1C0GA 3O80A 4JD2B 3EL2A 5FPMA 5BN9A 2A5XA 4CZLA 3VEXA 5FPEA 4QS9A 2V7ZA 4BC4A 4BR4A 4LC9B 1CZAN 1OKJA 4K25A 4FSVA 1NGGA 1X3MA 3CQYA 3SMPA 3QFPA 3HSCA 2GELA 1YAGA 3GBTA 3DXMB 3A0IX 3QMLA 1HJOA 4IXCA 1T6DA 5EOYA 3FFKB 4WQ5A 5AQZA 3SJHA 3U9DA 4K41A 4BVOA 3ZEUA 3VEWA 5F2RA 4DHYA 2Q31A 3O4WA 4M7XA 3RSEA 4GY2B 4QS8A 3U8XA 2ZF5O 4IO8A 2GEMA 1MA9B 3O08A 4I6MA 4E1JA 1HPMA 1KXPA 2FXUA 5TKYA 3C0BA 3VEVA 2CGLA 2YCHA 2GTDA 4EHTA 4BRCA 5AQRA 1K8KB 4BRKA 1ATRA 2D0PA 5I9EB 4BC3A 3CJ1A 5B8HA 3D7EO 3KHYA 3CJ9A 3QICA 2HF4A 1ATNA 2YHYA 4M7YA 3BUZB 2QWLA 2A6AA 2IIRA 4MLHA 5EY4A 4BRQA 2FSJA 4BRGA 2YJEA 4KBOA 2P9SA 4WYBA 4BR0A 3VOVA 4WQ4C 2OANA 4XH1A 3FZMA 2E2OA 4CBXA 4CZEA 2GUPA 3TU5A 2NLXA 2IVPA 3MMVA 2PBDA 1E4FT 3VGLA 2E1ZA 4O5FA 2DPNA 3H6EA 1NMDA 4RCHA 1X9JA 3R6MA 5AQYA 5AR0A 4BRAA 2E8AA 2HOEA 5E84A 4FPAA 2YI1A 4EHUA 3QBWA 4QS7A 3VF4A 3LDQA 3I33A 5AQUA 3W3DA 1NLVA 2Q0RA 4FO0A 4GNIA 3LDPA 1GLJO 1QZ6A 1GLCG 3OHRA 4DQ8A 3FE1A 2Q2RA 5BRDA 3EO3A 3FLCO 5BRFA 4RTFD 3LDLA 3D2EA 4H0PA 5AQFA 5AQMA 5AZJA 3M3ZA 1TYQA 5AQSA 4CZKA 3QB0A 4A2AA 3UKRB 1Z6RA 2CH5A 2WUSA 2E2PA 3ID8A 1NBWA 5AQVA 3VGMA 3CI5A 3W0LA 5AQLA 1MWMA 5E26A 4A61A 1D4XA 3O1BA 5AQPA 1HKGA 2F9WA 4H0YB 2Q0UA 4H0XB 3CJCA 1GLAG 3QDKA 5AFUH 4CBWA 2J4RA 2FF3B 1ZXOA 4BR5A 3LM9A 5LY3A 3O8MA 2A41A 3KVGA 1NGCA 1XQSC 1YVNA 3CJAA 2I7PA 1C0FA 2P9NB 3HI0A 4FOEA 3AARA 1V4SA 2VWBA 3MCPA 4BGBA 1YXQA 2D1KA 3BP8A 3H1QA 3UKUA 3ZEUB 1U2VB 4YDUA 5BREA 3GL1A 1HLUA 3ATUA 3HBTA 1NGJA 2V7YA 3LL3A 2V52B 3RSEB 2F9TA 2QM1A 2P9LA 3SMSA 1WOQA 2IVNA 5ADXH 2FSNA 4MO4A 4XEIA 5BPLA 3ULEA 2A40A 1NM1A 3S41A 3I8BA 3ZX3A 4JHDB 4HTLA 2QWPA 3VEYA 5BR9A 3M1FA 3IDHA 1JCGA 5AQIA 3ZETA 3A8YA 4FWLA 2P9UA 2FSKA 3WUHA 2H3GX 1MDUB 1WUAA 1SZ2A 4B1YB 1QQOA 4BG9A 1RGIA 2KHOA 3MN5A 2CH6A 3C7NA 4JD2A 5KQDA 1GLLO 4DCHA 4J8FA 2EWSA 2P9IB 3AAPA 2A3ZA 1EQYA 2QW9A 4PKIA 5AZIA 2BTFA 4H0VB 2BUPA 3VEOA 4B1WB 3BF3A 5FPDA 5JMVA 2A42A 5EXWA 4BQLA 5FPNA 1MWKA 5AQJA 1GLFO 3DXMA 4ISEA 5AQGA 4BRMA 3FZLA 1J6ZA 3VESA 4BRFA 2E2QA 1JCFA 3VF2A 5KPZA 4MO5A 1BO5O 1KAZA 4BC2A 3VPZA 3M6GA 2AP1A 3QFUA 1QQMA 2ZGZA 3CIPA 3H45C 5BRHA 4CBUA 4IWVA 3ENHA 2VYPA 2NZTA 2GWKA 2UYTA 1LCUA 3GDQA 3KZBA 3D2FB 4FPBA 1HX1A 3CJ7A 1K8KA 3H3NO 4IZ9A 3WXJA 5KPTA 3FGUA 5EX5A 4B1UB 4CZMA 4NO7A 3B8AX 4BREA 4FWOA 5JLHA 5KPRA 4FWPA 1NGBA 1U6ZA 4FOIA 4NB4A 1S22A 3CHWA 3H46O 4BVPA 1JCEA 3WEEB 4B1VA 1BUPA 4CZFA 3DJCA 4PKGA 5CE3A 4BRHA 3FZFA 1BG3A 3L4IA 4IJAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DOLA 4CHNA 4FVMA 4CERA 1IBKK 3CC7N 3M8RA 1X9WA 2QWNA 4EAHD 1XNQK 4CF2A 1NK5A 3DXKB 2YKMA 4JKCA 3BZKA 4EFHA 4ISFA 2W42A 4CEDA 4OPJA 4IEEA 1JJ2M 3V9XA 2B5JA 2OA8A 4EIAA 4RW7A 3UKUB 2ITMA 3BGRA 5AQXA 4DV6K 4O5BA 2D4WA 2IOCA 3O9RA 4OGEA 2QWQA 5HRNA 4DV7K 4BRPA 1U45A 2FBYA 1YI2N 1S6PA 3A5OC 3E9PA 4OKJA 4RWTA 4FWNA 1WAJA 1D5AA 4GV6A 2YNHA 1N6QA 1U04A 1Q18A 3WQTA 3AA3A 1YVUA 1ESVA 2D0BA 2IC3A 3KLFA 1VHXA 2ZE2A 4I6MB 5IWAK 4A62A 4FW2A 5LMNK 2G8FA 1RBVA 4B8CA 1L3VA 1NJZA 1HRHA 3AAQA 1ZBSA 4H5RA 3VQBA 3WQUA 3WXMB 3JSMA 4FWMA 3HOSA 3CCJN 4JKHA 1Y64A 3TTFA 1BA0A 1RT3A 1SAZA 2HNYA 4CF9A 2FBVA 1BI4A 5MLCQ 1BCMA 4O55A 4BRIA 1ZBLA 4BE1A 3NVKA 3A5LC 3AVBA 4B08A 4JKBA 5BR8K 4ILGB 3VGKA 2VQEK 4UY8O 3A5MC 3O6WA 5C15A 1QSSA 3WXIA 1SQKA 3H3OB 4DTMA 2P1JA 5BN8A 4AF1A 4CZGA 1HKBA 3OTOK 3LZIA 2UUBK 4AILC 5GIOA 3HM8A 4I2PA 3DLHA 4C8OA 1VQ7N 4CEEA 1U47A 4FK0A 1YTAA 4M63C 3V4IA 1SL0A 3K5LA 4CGFA 4CJSA 2NRRA 2O8EB 3J8AA 2RKIA 2KW4A 2CGKA 1WLJA 3VENA 4IOAL 1WAFA 3VTIA 3VQ4A 4BWMA 3CM6A 4BRDA 5KQ8A 4BROA 4UQGA 2YX6A 1VQMN 2D0OA 4KB0A 3PLAA 4IG0A 4QAGA 3K0SA 1XUPO 1NGEA 4CK2A 1DGKN 5HLFA 3KLHA 3OYLA 3L2QA 3P39A 5M1QA 3PO4A 1RCHA 3MK6A 4FLXA 4DV0K 2HNZA 5M1KA 1REVA 5C12A 3QEPA 1X9SA 3DMJA 1LOTB 3QNOA 3R8EA 4JLHA 4FJ5A 3RTVA 4B3OA 4Z4IA 2P5OA 1GLEG 2YKNA 2F4VK 3SBGA 1ZBUA 1WSIA 4DUZK 4BACA 4M42A 4B3RK 2HVHA 1QS4A 2PFUA 3LWLA 3HXMA 4ID5A 5CYQA 3AVNA 3ZETB 4Z4CA 2P9UB 2FC0A 4K42A 4K43A 1JXBA 4FCYA 4JRQA 4KI4A 4C8MA 3C7NB 4M3YA 5FPEA 1G15A 2FBTA 4KI6A 4BR4A 4LC9B 4K25A 4FSVA 3SMPA 3OJSA 4CEBA 2GELA 3GBTA 1TK5A 4WFBL 1T6DA 4WQ5A 1EP4A 1CZ9A 3ZEUA 5HRPA 4FJGA 1I39A 5F2RA 4DHYA 3CQ8A 3CCVN 4DF4A 3O4WA 3HP6A 4LFCK 4FJ9A 2ZF5O 4DS5A 3WNEA 4AHVA 1MA9B 3DLRA 4E1JA 1YT3A 2FXUA 3OYJA 3VEVA 3ZT4A 1KLMA 1HQUA 4EHTA 1K8KB 3CPEA 4JKEA 3SYZA 5B8HA 3D7EO 4JYAK 5JS2A 4RW6A 1FK9A 1NNEA 1ATNA 3SQ4A 4GKJK 1Y97A 3M8QA 1D9FA 3KKSA 4BRQA 3QERA 3VA3A 2YJEA 3M8PA 3L8BA 2WFBA 4WQ4C 3OYDA 4ILHA 1M90O 5EU7A 2GUPA 3KIOA 4CJTA 4CK1A 4AHUA 2YNGA 3AVMA 5KRTA 2PZSA 4O5FA 4CEOA 1KRPA 3ZT0A 2E8AA 3VA0A 1KC8O 4CIGA 3PUFA 1QVFM 4IFYA 4EHUA 4JI4K 2ZJPL 4JKGB 3J7YP 4DTOA 4PWDA 4Z0UA 4JI5K 1SKWA 4GNIA 2UXCK 4NXNK 5KTQA 4IKFA 4EP5A 4DQ8A 4O44A 4FJHA 2HMIA 3OS0A 3J81O 1RILA 4RTFD 1HNVA 1ZBIA 5AQSA 4CZKA 1HNXK 2EX3A 3QB0A 3KK3A 2E2PA 4FZZA 1KCFA 5AQVA 3VGMA 1MWMA 4DLGA 2XO7A 3OYHA 1VQON 1D4XA 2Y1IA 4AHRA 4KFBA 3T1HK 3OYNA 3CJCA 1RTDA 3HPOA 4ELTA 4ICLA 2J4RA 1ZXOA 4M41A 4FJKA 1RT7A 2O8DB 3CJAA 1XI1A 2PYJA 4JK9A 1O1WA 1XWLA 3SZ2A 3THWB 2ITGA 1V4SA 2XY6A 4CEQA 1YXQA 3NF7A 4GVMA 3NH1A 3BP8A 3H1QA 4U7BA 3I0SA 3MEGA 4E1MA 4B9NA 3THYB 4JRPA 3HSTB 1O13A 1KSPA 4H4OA 3IS9A 1UAXA 1VQKN 3HPHA 4JS4A 4DV3K 5T7BA 1WOQA 4R5PA 4FW1A 5BPLA 2ZJQL 3SQ1A 4PQUA 3M1FA 3NH2A 3WUHA 5J2NA 1WUAA 3RMBA 1RT5A 4CF8A 1RGIA 1IBLK 3MN5A 4JD2A 1GLLO 3QEIA 3AAPA 2A3ZA 4E19A 3OYEA 2F7TA 4H0VB 4FK4A 3BF3A 5EXWA 1RT6A 5AQJA 3DXMA 4ISEA 1F21A 4H4MA 3VQ7A 4BRMA 3S3NA 1J6ZA 4BRFA 1JCFA 3VF2A 3LP3A 1BO5O 1KAZA 3M6GA 4DWIA 3AO2A 3MWPA 2LSNA 1EWRA 3CIPA 3H45C 2Y1JA 1KD1O 1B9DA 2VYPA 4DU4A 3T1YK 3GDQA 1SUQA 2E4LA 3CJ7A 4NCAA 3H3NO 3FGUA 4DU3A 4J2BA 4KHWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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