4CD1A

Rnntpdase2 in complex with psb-071
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
414
structure length
406
Chain Sequence
LKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 139
structure length 406
sequence length 414
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd1A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd1A02
4LC9B 2FLOA 5AQKA 2E2NA 3H3OB 1NGGA 2A41A 2GWJA 4H5RA 4BROA 3MMVA 4CBXA 5JLFA 3UE5A 3U9ZA 5LJWA 4BRGA 3QBWA 4H0OA 1TUYA 3BF1A 4H03B 1P8ZA 3ATVA 1U2VA 4CZKA 5FPDA 4B1VA 4I6MB 3H46O 4PKHA 4CBWA 4BRKA 3CERA 3B8AX 3O8MA 5AQYA 3FR0A 2E20A 3DXMA 2D1KA 4IXCA 3VEYA 2ZF5O 2P9UA 3VF6A 1RFQA 4AM6A 1D4XA 5I9EB 1BU6O 1MA9B 3RSEA 3QFUA 5AQLA 4NO7A 2CH5A 3SMPA 2FF6A 3DXMB 3ID8A 3VEOA 3VGKA 4BR7A 3I8BA 3R6MA 5ELZA 2BUPA 3QFPA 2ITMA 3GE1A 3RSEB 4NB4A 1CZAN 2D4WA 1BOTO 1NGAA 3FGUA 2IVOA 4JD2A 3A0IX 3EKUA 3HSCA 4JN4A 1NGJA 3FFKB 5E84A 3WQUA 4B1YB 4DCHA 3F9MA 2QWQA 4H5WA 1ZC6A 1TYQA 1HX1A 1ZXOA 2F9WA 4JD2B 5AFUA 3P4IA 1MDUB 3W0LA 4BC2A 3CIPA 5BPNA 4FPAA 4YDUA 4EFHA 3O6WA 4JAXA 2E2QA 2BTFA 2ZGZA 3UKUB 5F1XA 5AQTA 3DXKA 4BQZA 3H1VX 3AAQA 3CJ7A 4BRFA 3H45C 2A42A 3VERA 1NGHA 4PKIA 4GNIA 1X9JA 5ADXH 4FWSA 3U4LA 4IJAA 1MWKA 1S3XA 3GL1A 1MWMA 1XC3A 4FWPA 4K41A 3VEWA 1Q18A 5EVZA 5F2RA 4B1UB 4H0VB 3VEXA 2ASMA 4ISEA 2E1YA 3S41A 4EHTA 1HKBA 2FSKA 4BGAA 4IWVA 1X3MA 3CJBA 2QW9A 3GBTA 3SJHA 4H0PA 3ENHA 3O08A 1ESVA 4BC4A 3FLCO 3ZETB 2QWPA 3LDQA 2QWMA 1BO5O 4L3QA 2WUSA 2YCHA 3ZEUB 1Z05A 1GLFO 4RCHA 1ATNA 3U8XA 3LDOA 4BRDA 4WQ4C 1KXPA 3CJCA 3G25A 3SLCA 1HLUA 3LM2A 1K8KA 1BA0A 1HKCA 1U6ZA 2Q0RA 5AQNA 3R9PA 4QS8A 3SMSA 5LY3A 4A61A 3WEEB 3I33A 1E4GT 3D2FB 4K42A 2YHWA 1TUUA 4FWNA 2VCPA 3VEZA 2ZGYA 4K25A 5AR0A 2Q36A 4FWMA 5AFUH 4JNEA 3WQTA 2H3GX 5JICA 4FO0A 5FPMA 3DAWA 2E2OA 2IIRA 5BN8A 4I6MA 1BWFO 5AZJB 3QDKA 3TPQA 4MO5A 1YVNA 4MO4A 5BREA 1BDGA 3MN9A 4GY2B 3IUCA 4BRCA 1WOQA 3A5NC 3HTVA 3LDLA 3LL3A 5EOYA 1HKGA 4RTFD 1H1VA 1HPMA 2QWRA 5BR9A 4CD1A 3CQYA 1KAZA 4RWTA 4H0YB 2CGKA 4PL7A 4BQLA 5TKYA 5AQVA 3W3DA 2A5XA 3GG4A 4MLHA 1GLJO 2NLXA 3FZFA 3LM9A 1BG3A 3ATUA 2AP1A 3BEXA 3CJ1A 2GEMA 3D2EA 2OANA 2P9SB 4IJNA 3DWLA 3R8EA 1RDWX 1V4TA 4CZGA 1SZ2A 4BVPA 3TU5A 4AM7A 4J8FA 3OHRA 4CZFA 2ASPA 3VETA 3D2EB 4O8KA 4WQ5C 1NGIA 3UKUA 3VF4A 2A3ZA 5KPTA 4FPBA 1NMDA 4BRNA 4BRHA 4EIAA 4CZIA 3M1FA 3ULEB 4E1JA 3QICA 4CD3A 4BC5A 3MDQA 1WUAA 3L6QA 5AQPA 5AQOA 5BN9A 5CE3A 3EKSA 3MN7A 4Z94A 4M7YA 3CI5A 2IVPA 5AQUA 3FZKA 1GLBG 5EXWA 3VF2A 3VOVA 1IG8A 1NM1A 1QHAA 3LDPA 2YHXA 4H5VA 5FPEA 4FWRA 3UKRB 2FSJA 2GUPA 4EHUA 1SAZA 3D7EO 4CZMA 2FF3B 1ZBSA 4A62A 5AQIA 4BR2A 4ISFA 3ZETA 5BPLA 3CETA 4BVOA 5BRDA 5AQRA 1XUPO 3ZEUA 4FWLA 4B1XB 2P9IA 3C7NB 3O1WA 1Y64A 3IMXA 5LJVA 3FZMA 1DEJA 2Q1NA 4BR4A 5AZIB 2CGLA 5AQMA 4CZEA 3A8YA 3WEEA 2QWNA 2V7ZA 3D2FA 3WUHA 2P9IB 2ASOA 4BC3A 2NZTA 4M63C 2CGJA 2VYPA 4BRMA 4BRPA 1X3NA 1XQSC 1KAYA 4PKGA 2IVNA 1QZ5A 4BREA 1QQOA 2P9NB 4QS7A 1S22A 3CQXA 4B1WB 4BG8A 3FE1A 3L0QA 2KHOA 3LDNA 5BRFA 2F9TA 5BPMA 2E88A 4BRAA 3BUZB 5AZJA 1DGKN 1HUXA 3QBXA 1NBWA 1DKGD 3EN9A 1T6DA 3MN5A 3H3NO 4KBOA 3GDQA 4K43A 1GLDG 4CZHA 3BP8A 2FSNA 2QWLA 1NGFA 2P9LB 3IFRA 4BR9A 4BRQA 4M7XA 4ISGA 3EO3A 1C0GA 5JMVA 3KZBA 2HF3A 4PL8A 4A2BA 2HF4A 1LCUA 4BR0A 3HM8A 3UB5A 4FOEA 1RGIA 2A40A 2D0OA 1JCEA 2E2PA 1NGBA 5AQJA 1R59O 3ZX2A 4DQ8A 4WQ4A 3EZWA 3GOIA 4F9OA 3MN6A 3HBTA 1QZ6A 2E1ZA 3VESA 2P9SA 4DB3A 3J8AA 4C23A 3IDHA 2EWSA 4BGBA 4BG9A 1GLLO 1GLAG 2HMPA 4A2AA 4JHDA 5ADXA 4XH4A 4BR5A 1Z6RA 4CBUA 3VEVA 1E4FT 2P9KA 1NWKA 1YAGA 3CHWA 5AQWA 3VGLA 3ZX3A 3CJ9A 5AQHA 2I7NA 2W40A 5KPRA 3O5BA 1BUPA 1GLCG 1T6CA 3FZLA 4YDUC 4BRIA 1U2VB 5FPNA 4IO8A 4JHDB 3VENA 4XEIA 3A5OC 5AQGA 5AQSA 2P9KB 2DPNA 4FOIA 3ULEA 3DJCA 1BA1A 2PAVA 3MK6A 1C0FA 4O5FA 2HOEA 2YI1A 2P9UB 2VWBA 4CJ7A 3H6EA 2P9PA 1YXQA 3A5LC 4DHYA 2V51B 3UKRA 5AQXA 4FWOA 3O1BA 4BRLA 4FWQA 4WYBA 1IJJA 5EX5A 2P9PB 4IZ9A 1G99A 2NRHA 3ENOA 3EL2A 1EQYA 2V52B 4H0XB 5KQ8A 1QQMA 2I7PA 2QWOA 4H0TB 3O80A 3ZX0A 3C7NA 3SK3A 2FXUA 3CJAA 2GTDA 5AZIA 2QM1A 4EAHD 3AARA 1TYQB 2QXLA 3HI0A 4XH5A 3WT0A 4HWIA 2Q31A 4QS9A 4WQ5A 3WXLA 2AA4A 2CH6A 2GELA 1V4SA 3A5MC 2PBDA 3WXIA 5KQDA 1JCFA 3HZ6A 1ATRA 3DXKB 2ZWHA 2P9NA 4MLEA 2Q0UA 1OKJA 3O4WA 2E8AA 5B8HA 3FZHA 2V7YA 2W41A 1ATSA 4B9QA 2YJFA 1GLEG 5EY4A 5KPZA 1NGEA 2D0PA 1NGCA 3WXJA 1JCGA 1YUWA 2J4RA 4XH1A 5JLHA 5BRHA 4Y0WA 4CZJA 3BF3A 3H1QA 2P9LA 1NGDA 2YHYA 4CZLA 3AAPA 1QQNA 1J6ZA 1HJOA 2YJEA 5E26A 5AQFA 2Q97A 3C0BA 3WXKA 3MCPA 4FWKA 5AQZA 2Q2RA 4FSVA 4H5NA 1T44A 3AY9A 3VPZA 3VGMA 1NLVA 1KAXA 2UYTA 3M6GA 5F0XA 3KHYA 2GWKA 4HTLA 5AQQA 4CI6A 3KVGA 4H5TA 3U9DA 3QB0A 1SQKA 3JS6A 1LOTB 1K8KB 3M3ZA 2A6AA 4FL9A 3JXUA 4B1ZA 3L4IA 3QMLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3ZA 4IDKA 2NRWA 3AVLA 1JL2A 3ZSZA 4FZYA 1ZBFA 3OYKA 1KD1O 2O8BA 4FLVA 4W5TA 4H0OA 4CECA 3M8QA 4DV0K 3BF1A 3ATVA 1U2VA 4DFKA 1KVCA 3TAEA 5FRMA 2HHSA 3CERA 1WSHA 5AQYA 1NOZA 3MXMA 3LP0A 4I2PA 1FW6A 2FBTA 3SUNA 1D4XA 3O9QA 4KTWA 5CYMA 4DQSA 3RSEA 3QFUA 1YTUA 5AQLA 4OGCA 1UWBA 3DLEA 3S3OA 1VSKA 5ELZA 3RVCA 4CJFA 1N36K 3GE1A 4NB4A 3WXMB 1MU2A 1NGAA 4OX9K 1HQUA 2DY4A 3A0IX 3WNFA 4E0DA 1RT5A 4JN4A 3ALYA 3OYLA 4F4KA 4H5WA 1VQ5N 2G8UA 1TYQA 2F9WA 5TKWA 3P4IA 4F2RA 2O8FB 3AO1A 3W0LA 1QSLA 1OH6A 1IKYA 4YOUA 4YDUA 1OH7A 4HCCA 3V9UA 4DFJA 2ZGZA 1VQON 1RBVA 4HUGA 1TL1A 3E66A 4BRFA 4EZ9A 3THXB 3NGYA 2A42A 3VERA 4PKIA 3KK7A 3AA5X 3O9SA 4IJAA 3HT3A 1MWKA 1S3XA 1N32K 3K2PA 4K41A 3VEWA 2YV0X 3ZSVA 1CXQA 4B1UB 3OYAA 4H0VB 1WBDA 4FW1A 3S41A 4CK2A 4OJRA 4EHTA 2OTLN 4FJMA 4X62K 3CJBA 3EZ5A 1HNXK 3OYJA 3IS9A 3NGIA 4DV2K 5GINA 2HNYA 3O08A 1ESVA 1X9SA 1BO5O 1WSGA 1BGXT 2KTQA 1GLFO 4DTOA 4RCHA 3E9OA 3U8XA 1B9DA 4KREA 4BRDA 3RRHA 1ZBLA 1J54A 4H4OA 1U4BA 4WQ4C 3G25A 3KKSA 2HMIA 3LM2A 4JKBA 1K8KA 3V9ZA 5AQNA 1U47A 1E4GT 2VCPA 3O4QA 3VQ7A 4FK4A 3VEZA 4K25A 2Q36A 5AFUH 4CEZA 4CESA 4FO0A 2NRRA 3V1RA 4LH4A 1S6PA 3L2VA 4B9NA 1Q8IA 5BN8A 5AZJB 2DFEA 1FKPA 4ID5A 1KCFA 1BIUA 2HBLA 3TPQA 2Z1HA 3PX6A 4CFAA 3SAHA 3ID6A 3CMEN 3I56N 4KI4A 3PO5A 4Y1CA 3ZCMA 4U7BA 3EY1A 1NKEA 1NK4A 4DKWA 4B3OA 3NH2A 2ZD1A 1KSPA 1KAZA 4B3TK 4V19S 3JYTA 2X6SA 1RBTA 3W3DA 3GG4A 1GLJO 3ZSYA 2HBKA 5HRRA 3ATUA 3VTIA 4OPJA 4AF1A 2OANA 3G4SN 3RMBA 1EP4A 4YOWA 4BVPA 3KD5E 3TU5A 2O8FA 3NCIA 2B5JA 4E7LA 1CZ9A 4LFCK 3ZT1A 4JI7K 1FK9A 3AVCA 1IH7A 2VG7A 4JI2K 5K14A 2E5LK 1SL1A 4J2EA 3THXA 1NJWA 4CE9A 3VQBA 3HVTA 2WOMA 3SJJA 5IWAK 4FM1A 1RT2A 3THYB 4DV4K 4BC5A 5AQPA 4WFNL 3MN7A 4Z94A 4DV7K 1C0UA 1GLBG 1ZBIA 2P51A 2YKNA 4IFYA 2OA8A 2D0CA 3AGKA 3ZSWA 1QHAA 4A62A 4ISFA 3L2RA 2F96A 5BPLA 3AVMA 1O1WA 1XUPO 3NVKA 4QCLA 2HHWA 2NUBA 1Y64A 4M3WA 4M3TA 5LJVA 4C8MA 3FZMA 5HRSA 1HQEA 1WBBA 4ELUA 1XMOK 1R0AA 2Q1NA 1OVQA 5AQMA 4CZEA 4DQQA 2QWNA 3WUHA 3LWMA 2PY5A 3AVHA 1RDAA 5HBMA 4PKGA 4NYFA 5HOOA 5C0YA 1S22A 4BG8A 3FE1A 3L0QA 2QI2A 3LP1A 3KLGA 5BRFA 2ZQBA 1RTIA 3BUZB 5AZJA 1HUXA 2F4VK 1O13A 3HOTA 1QE1A 2JLEA 1W9HA 3H3NO 4KBOA 4CGDA 3DLHA 2KW4A 1GLDG 4CIFA 2P9LB 4DR2K 4M7XA 4JI1K 4M3UA 4DV3K 5JMVA 3ENBA 3B6OA 3KZBA 4FK0A 1RGIA 2A40A 4W5QA 1RBUA 2D0OA 3LP3A 1A5VA 4JKGA 2IDOA 4TSXA 1X1PA 1R59O 3K5NA 2XHBA 3GOIA 4F9OA 4K0KK 4C23A 4BGBA 4JHDA 1Z6RA 4CBUA 1VSIA 4DUZK 2DFHA 1VSLA 2P9KA 1NWKA 1YAGA 2ZM6K 3VGLA 5AQHA 3OJUA 1HNZK 2EHGA 1T6CA 3FZLA 3OYDA 2UUAK 1ZYQA 2NRZA 5AQSA 3S3MA 3DJCA 3THYA 3AVGA 3VQ8A 1GOBA 2P9UB 4WCEL 1YJ9N 3H6EA 4BE2A 3A5LC 4CJTA 4KAZA 4JI3K 4N47A 3AGRA 4FWOA 1LWEA 4BRLA 3ZSOA 5J2NA 1NK8A 2KFNA 4K8XA 4CIGA 3MX2A 1XNQK 2HBJA 1RDUA 2V52B 2I5JA 2O8CB 4CEDA 4EP5A 3SAGA 3V1QA 3TARA 3SV3A 3CJAA 3TSUA 5I3UA 5JS2A 4W5NA 3K59A 4FLWA 3WT0A 2Q31A 3A2FA 4WQ5A 2CH6A 3QO9A 4A59A 3NGZA 3OYHA 2GELA 2OPPA 3SQ1A 1D8YA 2PBDA 5KQDA 2QK9A 1JXEA 3HZ6A 1OVYA 3M8SA 3DXKB 4CK3A 3T1AA 3ZSXA 1VSMA 4M45A 4CW7B 1IV0A 2R7YA 2E8AA 5B8HA 2W41A 4B9QA 2YJFA 3P1GA 2HNZA 4IBNA 1JCGA 1IO2A 3J81O 4CZJA 3BF3A 4FJGA 2P9LA 1NGDA 4DS5A 3VQPA 5DM6L 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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