4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
50100150200250300350400020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
50100150200250300350400400300200100
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (38-46)S3 (70-77)TI1 (47-50)S2 (51-59)TI3 (62-65)TIV1 (59-62)TII1 (65-68)TI2 (60-63)EMPTYS4 (116-121)3H1 (82-84)AH11 (398-413)AH2 (123-131)TII2 (185-188)3H5 (395-397)AH3 (133-149)AH4 (162-177)S5 (153-159)AH7 (307-316)TI5 (178-181)S8 (198-202)S6 (184-185)S7 (188-189)TI6 (203-206)TIV4 (190-193)S9 (206-212)AH6 (276-280)3H3 (220-222)S10 (223-228)TIV5 (217-220)TIV6 (227-230)S11 (231-241)S12 (262-263)TI7 (263-266)TII3 (240-243)AH5 (245-260)TII4 (267-270)S13 (270-275)AH9 (366-378)TI8 (282-285)3H4 (286-288)TIV7 (296-299)TVIII2 (325-328)TI'2 (330-333)S15 (342-346)AH10 (381-387)TI10 (392-395)TI4 (85-88)AH1 (89-106)3H2 (109-114)AH8 (347-358)S14 (298-303)TVIII1 (316-319)AH12 (417-421)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
1QHAA 2NLXA 4IZ9A 1XUPO 3U8XA 1RDWX 4CZJA 3HI0A 3LDOA 5EX5A 4BRFA 4Y0WA 4BRNA 3BP8A 3ZETB 1HX1A 1OKJA 4CZFA 3ZEUA 2E2NA 2FSKA 4GNIA 3WXLA 3AARA 1GLCG 5AQTA 3M1FA 4FOIA 4FL9A 2D4WA 3LM2A 2GWJA 1KAYA 3R6MA 2YJEA 5BRDA 4H0XB 4H0YB 4DCHA 1K8KA 2QWNA 3GL1A 5E84A 2AA4A 4CZHA 4B9QA 4JHDA 3W3DA 4WQ4A 2WUSA 3BF1A 3C7NA 2YJFA 2P9KA 5AQPA 4IXCA 2ASMA 1CZAN 3JXUA 3H3NO 5FPNA 2Q36A 4CD3A 1RGIA 1IJJA 1QZ6A 4ISGA 3VEOA 1ESVA 4B1YB 2FSNA 4B1UB 3EL2A 4DHYA 4BQZA 4Z94A 2CGLA 1YVNA 1QQNA 4RCHA 2QWLA 3KZBA 5AZIB 5AFUA 4XH4A 1NGHA 2EWSA 4BRGA 1P8ZA 1S3XA 3DXKA 3CI5A 3H46O 3VETA 2E2PA 4H5WA 1ZBSA 5JICA 4AM6A 3LL3A 3H1QA 1G99A 4I6MA 4IWVA 4K41A 4PKIA 3HTVA 3QFPA 2CGJA 3O08A 5AQJA 1WUAA 2W40A 3SLCA 2E8AA 5AQHA 3LDPA 4EAHD 3CJBA 4CBUA 4JD2A 3ENHA 2UYTA 1XQSC 1T44A 2P9SA 3ULEA 1NGFA 4RTFD 2FF3B 2PAVA 2QWPA 3HZ6A 4B1XB 2Q1NA 4A2AA 4CD1A 5TKYA 4BVPA 5AQLA 5BPMA 3CIPA 2E1YA 4WQ5C 3TPQA 2A5XA 3CERA 3IUCA 2V52B 4EFHA 1NGJA 3EO3A 3SMSA 3WEEB 5F1XA 4E1JA 2IIRA 2HF3A 4O5FA 2ITMA 5AZJB 2P9LB 2DPNA 2A41A 5KQ8A 3WQTA 4L3QA 3KHYA 3W0LA 3QBWA 4FWPA 2V7ZA 3VF6A 5EOYA 2A6AA 2P9UA 2Q0RA 3FR0A 4WQ4C 3VEXA 4IJAA 3RSEB 1LCUA 4FWMA 4CZGA 3AAQA 3R9PA 4NO7A 5AQWA 3TU5A 3WUHA 1JCFA 3M3ZA 2P9NB 3H45C 4GY2B 1TUYA 4CZEA 3ENOA 3CJ9A 3IMXA 3O8MA 5AQVA 1V4SA 4CJ7A 2PBDA 2IVNA 3UKRA 1GLLO 3LDLA 1KAZA 4FWSA 5ELZA 3BUZB 4WQ5A 4H0OA 5BPLA 3WT0A 3DXMA 1GLDG 3EN9A 1BA0A 1TYQB 4FWNA 3VGKA 4QS8A 4O8KA 4AM7A 4CZIA 4PKHA 1HLUA 3VF2A 3VEYA 4MLHA 4BR0A 3JS6A 4NB4A 2IVPA 4BR4A 4CBXA 4BC3A 4C23A 4DB3A 3AAPA 3ATUA 3A5NC 5AQRA 2H3GX 4BQLA 2FF6A 3L0QA 1RFQA 3S41A 3DXKB 2FLOA 4WYBA 1BA1A 4LC9B 2YI1A 3A5MC 3ZX2A 5BPNA 2D0PA 5EXWA 3SK3A 3O80A 2HF4A 4PL8A 2A42A 2P9PA 2QWOA 3VERA 5BRFA 4H5TA 5AQYA 3FLCO 3P4IA 2Q97A 3DJCA 3D2FA 5KQDA 3FFKB 5AQKA 3OHRA 1NGAA 1X9JA 2CGKA 4EHTA 1SQKA 1BDGA 2BUPA 5FPMA 3MK6A 4BGBA 2P9SB 2QWRA 3ZX3A 3D2EB 5F0XA 2I7PA 3VEZA 5AQGA 2GUPA 5AQFA 3LDNA 4MO5A 3M6GA 3ZETA 4BRDA 2OANA 4FWRA 4B1ZA 4BR9A 1GLJO 2Q0UA 3FZHA 5EVZA 1HKCA 4FPBA 4K42A 3U4LA 3FZKA 3HSCA 4F9OA 2QM1A 5AQXA 1SAZA 4FO0A 1IG8A 5AQMA 3CHWA 3VESA 1QZ5A 2HOEA 4FWKA 4BRQA 1DGKN 3H3OB 3I33A 5AQUA 4BC5A 4K25A 3I8BA 3VOVA 3KVGA 1NGGA 4QS7A 3FE1A 4KBOA 2GTDA 5AR0A 3VPZA 2J4RA 2HMPA 1NMDA 4M63C 3UKUA 1YUWA 5AZIA 2P9IB 4FPAA 4QS9A 2E2OA 3MDQA 1J6ZA 1X3MA 3J8AA 4RWTA 3QB0A 1U2VB 3LDQA 1QQMA 4BGAA 4DQ8A 1MA9B 2E1ZA 4BRHA 1E4FT 5BRHA 3BF3A 2YHWA 3O4WA 1HJOA 5AQZA 1BUPA 2D0OA 1GLBG 3H6EA 4BC4A 1GLFO 2FXUA 1HUXA 1ZC6A 3FGUA 3GOIA 3IDHA 3QMLA 1NGCA 4H0PA 5BN9A 3VF4A 3MN6A 1NGIA 2I7NA 4BVOA 3O1BA 2ZF5O 3ZEUB 2YHYA 1DEJA 4H5RA 3L6QA 3G25A 1HKBA 3CJAA 4J8FA 2NZTA 1GLEG 2D1KA 3QICA 4H03B 4BRAA 5BR9A 1K8KB 3F9MA 1TUUA 3VGLA 4IJNA 5E26A 4JHDB 4XH1A 3QBXA 4B1WB 3C7NB 3A5LC 2P9KB 1ATRA 3WXIA 1XC3A 1U6ZA 2GEMA 3VEVA 5LY3A 1D4XA 3WEEA 2P9PB 4A2BA 3MCPA 3MN7A 2QWQA 4BROA 2A3ZA 4A61A 4BRIA 5AZJA 3WXKA 2P9LA 3DAWA 4FOEA 3B8AX 3QDKA 4BC2A 5AQQA 3SMPA 4BRPA 1S22A 1Y64A 3ATVA 4BG9A 4CI6A 2E2QA 3EKSA 4YDUC 5AQSA 3RSEA 3CETA 2W41A 4BR2A 2IVOA 1BWFO 4BRCA 4XEIA 1YAGA 3CJ1A 2FSJA 3ID8A 1H1VA 2NRHA 4I6MB 1Z05A 2Q31A 2P9NA 3VGMA 4CZMA 2GWKA 1Z6RA 2Q2RA 3CQXA 4B1VA 3UE5A 5KPRA 4A62A 1NWKA 2YHXA 4BRMA 3EKUA 4JD2B 3CJCA 5KPZA 4H5VA 2VCPA 3ULEB 2VYPA 4BRLA 3LM9A 5F2RA 4BR7A 1TYQA 3IFRA 3WXJA 4HTLA 4EHUA 5AQOA 5AQNA 2QWMA 1NGDA 1NGBA 1NBWA 3AY9A 3UKUB 4FWLA 3GE1A 1SZ2A 3MN5A 3C0BA 5JLFA 5LJWA 1GLAG 2GELA 2F9WA 3L4IA 3GBTA 4ISFA 3U9DA 3GDQA 1HPMA 3MMVA 3DWLA 5BREA 4BR5A 1QQOA 2CH6A 4CZKA 2V7YA 3FZMA 1ATNA 4YDUA 1MWMA 3MN9A 3R8EA 1BOTO 5JLHA 3HM8A 2P9UB 1BG3A 3O1WA 5ADXH 2QW9A 1JCEA 2QXLA 2YCHA 2ZGZA 3ZX0A 2CH5A 3VEWA 1WOQA 3WQUA 2ASOA 3QFUA 4FSVA 1HKGA 3BEXA 4HWIA 2AP1A 3A0IX 4FWOA 3D2EA 2ZGYA 5I9EB 4FWQA 2KHOA 4CBWA 3VENA 1X3NA 1BO5O 5EY4A 1ZXOA 1E4GT 4M7XA 2E20A 4EIAA 3UKRB 1T6DA 3FZFA 4PL7A 1R59O 4H5NA 1NM1A 4IO8A 4CZLA 5B8HA 5LJVA 1BU6O 3DXMB 1C0FA 3SJHA 3D7EO 1ATSA 3FZLA 3CQYA 4H0VB 2VWBA 3GG4A 2ASPA 5FPEA 3A8YA 4M7YA 4PKGA 2E88A 3UB5A 4JN4A 1LOTB 1KXPA 1JCGA 1YXQA 4XH5A 1Q18A 3O5BA 5KPTA 2P9IA 5BN8A 4BG8A 1MWKA 5JMVA 5ADXA 3HBTA 4JNEA 1T6CA 3O6WA 5FPDA 3U9ZA 5AFUH 1V4TA 1U2VA 4ISEA 4MO4A 5AQIA 4JAXA 2ZWHA 3D2FB 1KAXA 1MDUB 1NLVA 1NGEA 2A40A 3EZWA 1DKGD 3CJ7A 2BTFA 2F9TA 5CE3A 4H0TB 2V51B 1C0GA 3A5OC 3H1VX 4K43A 4MLEA 4BREA 1EQYA 4BRKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NLXA 1XUPO 3U8XA 1RDWX 1HNWK 3HI0A 5EX5A 4W5QA 1CZBA 3ZETB 4B3MK 1WLJA 3NGIA 1K9MO 4GNIA 3J7ZO 3JSMA 3F5TA 4FOIA 2D4WA 4HCCA 2VWKA 4DQQA 1BGXT 4H0YB 4DCHA 3P5JA 3GL1A 4M3ZA 1U4BA 1WSHA 1RT3A 2AA4A 1JLEA 1C1BA 4GV6A 1DTTA 4PA1A 3CCEN 4WQ4A 3VQ5A 4E3SA 3BF1A 2O4GA 2YJFA 5AQPA 2G8VA 2ASMA 1CZAN 3JXUA 3H3NO 2Q36A 3VMFB 1TAQA 1QZ6A 4NXNK 4NYNA 4FJ5A 3WNEA 1KFDA 1ZYQA 4UY8O 3KZBA 4IFVA 4JEPA 3NDKA 2KZZA 4XH4A 3DLLL 4FJ7A 4K8XA 4BRGA 2O4IA 4O4GA 2HNZA 4WFAL 2OTLN 3PSIA 2UXDK 4CHNA 3AGRA 3VETA 3HT3A 4QOZB 2E2PA 1ZBSA 4BE1A 2YNFA 1N8RO 4B9TA 2W6KA 3V1OA 1G99A 2QA4N 4Z0UA 4DTUA 4C8KA 1RT2A 3SQ0A 1RTJA 1D5AA 3KD5E 1S9GA 1NK6A 3SLCA 3K0SA 4EAHD 3CJBA 1IO2A 4CBUA 3KK1A 2Z1HA 2ZQBA 2UYTA 5J2NA 1T44A 2P9SA 3OBWA 1NGFA 4RTFD 2PAVA 1VQ5N 2QWPA 5AQLA 4EP5A 2HVIA 4JI4K 3AVFA 1XC9A 3C6UA 4AH9A 1BIUA 3VQ8A 2V52B 1WSFA 3VN5A 4JKDA 3EO3A 4YHHK 3AO1A 2QK9A 4DR3K 4AHCA 3KWIA 4M3WA 5KQ8A 3T1HK 1XHZA 5KGWA 3W0LA 1F21A 3VF6A 3FR0A 2F96A 4CJLA 3AA3A 1JLBA 2HHQA 3B6OA 2D0AA 3U3GA 3C95A 3SQ2A 2YNIA 3DLGA 3IMXA 1V4SA 3OYKA 1HNZK 1S1TA 3LDLA 3NMUA 5GIOA 4KH5A 5AJ3K 1IV0A 1N34K 1GLDG 4JK8A 1RDBA 1TYQB 2YKNA 3OBYA 4CZIA 4CFCA 3TANA 1XHXA 3OYFA 1M1KO 3PO5A 4MLHA 4CBXA 4BC3A 4CGGA 3LALA 4CE9A 2H3GX 3L0QA 3KK7A 4DV7K 4CESA 1BA1A 3SAHA 3OYMA 4KAZA 4Y1DA 4PUOA 2HBMA 2XY5A 2WONA 2NRTA 3TAGA 1VQPN 5C25A 3EZ5A 2Q97A 1T7PA 1B9DA 1CLQA 1NKBA 5SZTA 1JL1A 1X9JA 4EHTA 1BDGA 4W5TA 1M90O 4Q0BA 5CZ2A 4BY9C 2DFFA 3D2EB 3VEZA 1KC8O 4BDPA 3DMJA 4DF8A 2O8FA 3VA0A 2PY5A 3K9KA 3E9PA 4FWRA 4JI6K 4B1ZA 1J9AA 4ID1A 1RT5A 1HKCA 4EZ9A 1KVBA 4BDYA 5GINA 4NCBA 2QM1A 4Z4CA 3AA2A 5GAEP 3TAFA 1VHXA 4FM2A 3VESA 4CGFA 2G8HA 4FWKA 1C0MA 3P83D 1OVQA 3I33A 5AQUA 3ZT0A 4E0DA 4BC5A 4K25A 3I8BA 3K57A 1G15A 1BCMA 5JS2A 3VPZA 2Y1JA 2J4RA 1SL2A 3AO4A 3OYGA 4AILC 4C1NK 4IOCL 1L5UA 2HBLA 1WBDA 2ZM6K 3BZCA 3NVMA 4FPAA 1EETA 1YT3A 1NK7A 4CJWA 3CCSN 4N76A 3AO5A 1QSSA 3TTCA 2A1RA 4AHUA 1U2VB 3LDQA 3THWA 2XY6A 3QETA 2RHKA 3O4WA 1HJOA 3DLHA 5AQZA 4KHUA 3FGUA 1HUXA 4ELUA 2P1JA 1XWLA 3KLGA 1NGCA 3CC4N 1NK9A 1S1UA 4H0PA 2UUCK 3IG1A 2XY8A 2BANA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NLX A;  1XUP O;  3U8X A;  1RDW X;  1HNW K;  3HI0 A;  5EX5 A;  4W5Q A;  1CZB A;  3ZET B;  4B3M K;  1WLJ A;  3NGI A;  1K9M O;  4GNI A;  3J7Z O;  3JSM A;  3F5T A;  4FOI A;  2D4W A;  4HCC A;  2VWK A;  4DQQ A;  1BGX T;  4H0Y B;  4DCH A;  3P5J A;  3GL1 A;  4M3Z A;  1U4B A;  1WSH A;  1RT3 A;  2AA4 A;  1JLE A;  1C1B A;  4GV6 A;  1DTT A;  4PA1 A;  3CCE N;  4WQ4 A;  3VQ5 A;  4E3S A;  3BF1 A;  2O4G A;  2YJF A;  5AQP A;  2G8V A;  2ASM A;  1CZA N;  3JXU A;  3H3N O;  2Q36 A;  3VMF B;  1TAQ A;  1QZ6 A;  4NXN K;  4NYN A;  4FJ5 A;  3WNE A;  1KFD A;  1ZYQ A;  4UY8 O;  3KZB A;  4IFV A;  4JEP A;  3NDK A;  2KZZ A;  4XH4 A;  3DLL L;  4FJ7 A;  4K8X A;  4BRG A;  2O4I A;  4O4G A;  2HNZ A;  4WFA L;  2OTL N;  3PSI A;  2UXD K;  4CHN A;  3AGR A;  3VET A;  3HT3 A;  4QOZ B;  2E2P A;  1ZBS A;  4BE1 A;  2YNF A;  1N8R O;  4B9T A;  2W6K A;  3V1O A;  1G99 A;  2QA4 N;  4Z0U A;  4DTU A;  4C8K A;  1RT2 A;  3SQ0 A;  1RTJ A;  1D5A A;  3KD5 E;  1S9G A;  1NK6 A;  3SLC A;  3K0S A;  4EAH D;  3CJB A;  1IO2 A;  4CBU A;  3KK1 A;  2Z1H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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