4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
5AQSA 1C0FA 1U6ZA 3U9DA 3H45C 2YHXA 2P9SA 3FLCO 2P9PA 3MN6A 1HLUA 3ID8A 4MLEA 2ZF5O 5AQFA 2YCHA 3M6GA 3UE5A 3VEXA 4JHDA 3A0IX 2EWSA 2GWJA 3MCPA 5FPDA 3IUCA 4BRDA 2ZWHA 4B1XB 1GLLO 1QHAA 3A5OC 5AQIA 3HTVA 3O8MA 3HI0A 4K25A 1U2VB 3BUZB 3QBWA 4FWQA 5JLHA 4XH5A 2P9PB 1GLAG 5AQWA 2HF4A 2ZGYA 3LDLA 3LDNA 2BUPA 2FLOA 3D2EA 2YI1A 3EO3A 4K42A 4YDUA 4JHDB 3CIPA 1R59O 5EVZA 4B1VA 4H5RA 3VF2A 4ISGA 2E2NA 5AQUA 2QWNA 4H0XB 5ADXH 3BP8A 4CZIA 5AQOA 2P9UB 4H5VA 3EZWA 3R6MA 4AM7A 2F9WA 3CJBA 4WQ4A 2P9KA 2ASMA 1DEJA 4QS7A 3AAQA 2CH5A 2PBDA 2FSKA 4C23A 3SMPA 1NGBA 4WQ5A 5FPEA 4RWTA 3ZEUB 4DB3A 2E88A 5LJWA 4H0OA 3A8YA 3DXKA 1KAXA 2P9NA 3IFRA 4I6MA 5F1XA 1GLCG 3WQUA 1HKCA 3LDPA 4JNEA 1LCUA 2P9IA 1GLEG 1NGHA 4BRGA 3IDHA 3IMXA 3O1WA 5AR0A 4DQ8A 4BVPA 4BC2A 5B8HA 5BN8A 4NO7A 1BUPA 2QM1A 1X3NA 5AQQA 1RDWX 4H03B 4WQ5C 3DWLA 4A2AA 2D1KA 3JS6A 3O5BA 4BG8A 4FL9A 5F2RA 5AFUA 3DXKB 2D0PA 4O8KA 4PL8A 2KHOA 1KAZA 5F0XA 3FE1A 4I6MB 1T6DA 1NMDA 4BGBA 5AZIA 4EIAA 4GY2B 3D7EO 4CZLA 3C7NB 3OHRA 4FWRA 2GELA 3W3DA 5EX5A 3I8BA 5AQRA 5FPMA 3FZHA 1KAYA 1T6CA 5AZJA 2V51B 2IVNA 5AQLA 2WUSA 3AARA 5LJVA 3GBTA 1E4FT 1ZXOA 3QDKA 4A2BA 2HMPA 1IJJA 3U4LA 4CBWA 2BTFA 3GDQA 3QBXA 3D2FA 4HTLA 3VEYA 4JN4A 5AZIB 3LM2A 3ULEA 3VESA 4QS8A 2A6AA 5AQYA 3AY9A 3VEVA 4B1UB 1YUWA 3WXLA 4GNIA 2I7NA 3L0QA 3JXUA 4IO8A 4B1YB 5BPMA 5BPLA 4LC9B 5AZJB 2Q36A 4BRHA 3VGLA 4BQZA 4BR0A 3A5MC 5KPZA 4FWSA 3M3ZA 3J8AA 4BREA 2E1ZA 2E2OA 2GWKA 4CZEA 2J4RA 2IVOA 2QWOA 4FPAA 1BOTO 3H1VX 4PL7A 2IIRA 4BRCA 3MN7A 5FPNA 4L3QA 2V52B 1QZ6A 3WQTA 3VGKA 1T44A 2YJEA 1G99A 2F9TA 2E2QA 4M7YA 2ASOA 4MO4A 1BU6O 2P9SB 5BPNA 1BDGA 3L4IA 3WXJA 1HX1A 1DKGD 4B1WB 2IVPA 4CI6A 5KQDA 5E26A 3FZLA 4CZFA 2YHWA 4K43A 3QB0A 2E1YA 1NGIA 3VGMA 1BO5O 3H46O 1WOQA 4BROA 3VF6A 3SMSA 1KXPA 4Z94A 3UKUA 3GG4A 1ATRA 2A41A 2QWLA 3MDQA 1H1VA 3O08A 3HBTA 4ISEA 2YJFA 1IG8A 5AQVA 3O1BA 2A42A 3D2EB 2CGKA 2NRHA 3M1FA 5KPTA 4FO0A 4CZGA 1JCGA 1S3XA 2AP1A 4M63C 4KBOA 2E2PA 1EQYA 4J8FA 1ATNA 3WT0A 5LY3A 2Q97A 4AM6A 4FWMA 4BG9A 2NZTA 3FFKB 5AQZA 1DGKN 4ISFA 4CBUA 3VEZA 3CQYA 4BGAA 3FR0A 5KQ8A 3FZFA 2P9KB 1XQSC 3DAWA 2DPNA 3BF1A 3CJ7A 3FGUA 3RSEA 5BRHA 4BC5A 1NM1A 3UKRA 1OKJA 3MN9A 4H0VB 1C0GA 3CHWA 2VCPA 2QWMA 1JCEA 4JD2A 3O6WA 5AQKA 2E20A 3HSCA 4XH1A 2P9NB 3L6QA 1ZC6A 1Z6RA 4XEIA 1QQMA 3VEOA 2P9IB 3H3OB 4FWKA 4H0YB 1RFQA 1X9JA 2QWPA 4MLHA 4EAHD 5CE3A 3LDOA 1Q18A 3F9MA 5ADXA 3R9PA 2FSJA 1P8ZA 1BG3A 5BRFA 3S41A 2HOEA 4BR4A 3EL2A 5EOYA 3BEXA 4HWIA 1ESVA 4CZKA 2FF6A 4FWPA 3P4IA 2D0OA 3CJCA 3QFPA 3CETA 3WXIA 1QQOA 4H5TA 1CZAN 5EXWA 1TYQA 4EHTA 2A5XA 2Q0RA 2YHYA 4IZ9A 1E4GT 4H0TB 4M7XA 2A40A 5ELZA 4FOEA 2ZGZA 5KPRA 4BRFA 4CD1A 3U9ZA 4EHUA 4H5NA 2E8AA 3O4WA 5JICA 1NGGA 4FOIA 4A62A 2ASPA 4IWVA 4EFHA 3D2FB 4PKIA 3FZMA 3ENOA 1NWKA 1MWKA 1TYQB 4FWLA 3ULEB 5AQPA 1Y64A 1MDUB 5BRDA 2FXUA 1K8KA 2VYPA 5EY4A 1YAGA 3WXKA 3HM8A 1U2VA 4BRIA 2VWBA 3C0BA 3CJ1A 3CERA 1QQNA 1V4SA 4DHYA 3QICA 1J6ZA 2OANA 1NBWA 2HF3A 3FZKA 1GLBG 5AQXA 2GUPA 3ZX2A 4BRLA 4BR9A 3WEEA 4CBXA 3TPQA 2I7PA 3KVGA 3VETA 1X3MA 2Q1NA 1K8KB 4MO5A 4FSVA 1TUYA 4QS9A 3EKUA 4H5WA 4B1ZA 1BA0A 2CH6A 4BRMA 3KHYA 5BREA 2P9UA 3GL1A 1BA1A 1YXQA 1HUXA 3ZX3A 2Q2RA 1HKBA 3LM9A 3GOIA 5BN9A 3VERA 3MK6A 1NGFA 4B9QA 2W40A 1QZ5A 4FPBA 5AFUH 1MA9B 3G25A 1NGAA 2NLXA 4A61A 3ZEUA 3WEEB 1HKGA 4BVOA 3SK3A 2D4WA 2UYTA 3VENA 2FF3B 2A3ZA 1BWFO 1ZBSA 2H3GX 2P9LA 3I33A 4BC3A 2QXLA 3KZBA 4JAXA 3VF4A 5JLFA 3GE1A 3UKUB 3ZETA 2V7YA 1V4TA 3ENHA 1NGDA 5AQGA 3SJHA 3TU5A 1NGEA 4K41A 1NLVA 3W0LA 2AA4A 4BRAA 2QWQA 3DJCA 5AQHA 4YDUC 4BRPA 1SZ2A 3ATVA 4F9OA 3B8AX 4PKHA 1JCFA 3BF3A 1GLDG 3QFUA 5BR9A 4IJNA 3H6EA 2V7ZA 3H3NO 2P9LB 3LL3A 3VOVA 3DXMA 3ZX0A 2ITMA 5JMVA 3CJ9A 3VEWA 1S22A 3ZETB 4CZMA 1WUAA 5TKYA 4WQ4C 3R8EA 1MWMA 3WUHA 3C7NA 3CQXA 2QW9A 3EN9A 1Z05A 1XUPO 1XC3A 1D4XA 1HPMA 3RSEB 4H0PA 3UKRB 4BRQA 4PKGA 4RCHA 2FSNA 4IJAA 4WYBA 2QWRA 4FWNA 4BR5A 5AQMA 2GTDA 3A5LC 1LOTB 1NGJA 4JD2B 4NB4A 4BRNA 4DCHA 1NGCA 4BC4A 5AQTA 3MN5A 5I9EB 2Q31A 3DXMB 2PAVA 4CZHA 3MMVA 4XH4A 3LDQA 4FWOA 2GEMA 1TUUA 3AAPA 1HJOA 4Y0WA 3VPZA 4BR7A 2Q0UA 2CGJA 4BQLA 3CJAA 5AQNA 1GLJO 1YVNA 3EKSA 3UB5A 5AQJA 1SQKA 3H1QA 4O5FA 3A5NC 3U8XA 1RGIA 4BRKA 4RTFD 4CZJA 4E1JA 3CI5A 1GLFO 3O80A 3ATUA 3HZ6A 1ATSA 5E84A 3SLCA 4IXCA 2CGLA 4CJ7A 1SAZA 3QMLA 4CD3A 2W41A 4BR2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F2RA 1KQSM 1U6ZA 2YHXA 3ZSQA 1FKOA 1ZBUA 1OVQA 1IKVA 4MLEA 2OCEA 1T8EA 2YCHA 3ZT2A 4CHOA 3OYDA 3MCPA 5FPDA 3O3GA 2OPQA 2D0BA 4CGIA 4B1XB 1EKEA 1GLLO 2Z1GA 4OJRA 3QETA 4NCBA 2XRIA 5AQIA 4NCAA 1S6PA 3TAEA 2XY8A 3HI0A 4K25A 3V1RA 3OYEA 1U2VB 3QBWA 1YIJN 1GLAG 5C15A 1O1WA 3LDLA 3L3UA 3LDNA 4H4MA 1JL1A 3D2EA 3T1HK 4JHDB 2B5JA 4B08A 4H5RA 3VF2A 4DQRA 2ITGA 4ZHRA 4ISGA 3C6AA 2HHSA 2P9UB 2XO7A 4EZ6A 1A5WA 3AV9A 4AM7A 5SZTA 4CJVA 3CJBA 2RN2A 3HPGA 2HBLA 1DT9A 2PBDA 3N4PA 5SWMA 3VQAA 4CF2A 2ZJRL 4ILJA 3RTVA 4DV3K 1X9MA 4KB0A 1HKCA 4IOCL 1A5XA 3IDHA 3MEDA 3TANA 4HTUA 3DRRA 2YNHA 4JS5A 1R0AA 4BVPA 2G8VA 4BC2A 1LWFA 5BN8A 3V4IA 4LFCK 2E5LK 3P31A 4ILGB 1RDWX 1S5JA 4A2AA 3DWLA 2D1KA 2Q3SA 3JS6A 4DQQA 3L4QA 5CY4A 4HUEA 2WONA 3KK3A 3OS1A 3TI0A 1RT2A 3FE1A 4JK7A 3HM9A 1YT3A 1FK9A 1QS4A 5K14A 1DTQA 4CEOA 3AVKA 1CXQA 4BACA 3MEEA 2NNWA 1HMVA 4FJJA 3C7NB 3OHRA 4FWRA 4AHTA 4M3YA 2GELA 5EX5A 2OPPA 3RMDA 2QA4N 1KAYA 1T6CA 3OS0A 3KLFA 3GBTA 1VQ8N 1ASVA 2HMPA 2HVIA 4CBWA 3D2FA 1C0TA 4HTLA 2RE2A 4Q5VA 4JN4A 1WSEA 1MU2A 4J2BA 1C0MA 5M1KA 5AQYA 3WXLA 4GNIA 4ID1A 4ILHA 5AZJB 4BRHA 1BQNA 3V1QA 4HHTA 3O9SA 4BQZA 4E89A 4CGHA 4RG8A 3HYFA 3M3ZA 3J8AA 4BE0A 2ATQA 3E01A 1RT5A 4NLCA 4M3RA 2HVHA 4QCLA 3THYB 4AQYK 2IVOA 1HJRA 1XWLA 4IG0A 3CCJN 3MN7A 3QO9A 4B3RK 1NK6A 3WQTA 5I3UA 1T44A 4G9ZA 4YY3K 3UIQA 3QEPA 2ASOA 4IFYA 5BPNA 1BDGA 4W5OA 3WXJA 4DTUA 4B9NA 2IVPA 3NH0A 2B4JA 3FZLA 4CHNA 4JI8K 3SQ2A 1NK0A 3QB0A 2G8WA 3G4SN 1J53A 1NGIA 3ENBA 1OH8A 4Z4IA 4DSLA 3H46O 3NF6A 2UXCK 1OH7A 4I2QA 4Z94A 3UKUA 2A41A 1HR0K 1IO2A 3VQ7A 3NVKA 1WSHA 3SJJA 1VQMN 1U49A 1NJWA 1XNRK 4BWMA 2CGKA 1LAWA 4FO0A 1X9SA 2RHKA 5J2QA 1RNHA 4CF0A 5LY3A 4WFBL 4A5BA 4YHHK 1DGKN 4CBUA 5GADP 1OVYA 3CQYA 2P1JA 4NYNA 3TR8A 3T7ZA 2BE2A 4KREA 3SBGA 3QLHA 2P9KB 3AVCA 1XQSC 3DAWA 2Y1IA 4C8OA 2O8DA 1BQMA 2DPNA 3FGUA 3P39A 1NM1A 1OKJA 4HUFA 4H0VB 4CJPA 4O4GA 3CHWA 2QWMA 4JD2A 1S1VA 1U47A 4KTZA 3CPWM 4ID5A 4XEIA 3JSMA 1QQMA 2DFEA 4DR5K 2P9IB 4H0YB 3BZKA 2QWPA 4EAHD 5CE3A 4N41A 1YVUA 3SAFA 1QHTA 3IG1A 2FSJA 1BG3A 1UA1A 1BL3A 1HRHA 5BR8K 4A5AA 5J1EA 3EL2A 1JLAA 3J7YP 1RTDA 5EOYA 3AVFA 1XMOK 4FLVA 1ESVA 2FBTA 3G6EN 4J2AA 3LAKA 3CETA 3WXIA 1NMNA 1QQOA 4H5TA 4EHTA 1IKWA 2A5XA 4CESA 2YHYA 4CHPA 5DM6L 4DF4A 2A40A 4JI2K 4FOEA 4B8AB 3U9ZA 1Q8IA 4DU1A 4FK4A 4H5NA 3O4WA 3K5NA 2UU9K 5EU7A 4FM0A 2WC9A 3AGKA 3HL8A 3ISNC 4FOIA 4KFBA 4CJ5A 4OLBA 3BY5A 1Q9XA 4NCGA 4BY9C 4JI5K 1NWKA 1I94K 2O8EB 3ULEB 3I8DA 5AQPA 4CEEA 1Y64A 2XY7A 2FXUA 4WE1A 1YJWN 2HBKA 2O8CB 5HRNA 5EY4A 4KHUA 3TAFA 3K58A 3SV4A 5J2PA 1N33K 3CJ1A 5CHIA 4DHYA 3QICA 1NK7A 4KPYA 1Q86O 1NK5A 4LF8K 2HF3A 3NGIA 3ZX2A 4B9VA 3WEEA 1CZBA 4CBXA 3TWHA 2I7PA 3KVGA 3VETA 2Q1NA 1K8KB 3OYAA 3CM6A 4H5WA 2CH6A 3OYLA 3SQ4A 4IEEA 4FW2A 4FLXA 3OYJA 1KSPA 4E3SA 2HBMA 3AVIA 5MLCQ 3VERA 3MXMA 3MK6A 1VSHA 1MA9B 3G25A 2NLXA 3CF5L 4KI6A 3ZEUA 4KRFA 2Z1JA 1LWCA 1HKGA 3AO4A 3D45A 3U6FA 4FJLA 4GVEA 3VENA 3ID6A 3MWTA 1BCOA 1BWFO 4F8RA 3I33A 3CMAN 3V9UA 3KZBA 5JLFA 4N47A 3ZETA 3T3FA 4DFJA 1YJNN 1I39A 4WF9L 1VRTA 3ZT1A 3CQ8A 2VGMA 4R5PA 3DJCA 1TK5A 2VWJA 4YDUC 1U45A 3ATVA 3HVTA 4F9OA 4M3ZA 2ZJQL 4M3WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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