4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
1GLCG 4BRCA 1NM1A 5KPTA 5E26A 4MLEA 5AQKA 4BRPA 2ZGZA 3FZHA 4FWNA 4PL7A 5BRDA 4MLHA 3WXKA 4H5NA 3BP8A 4NO7A 1NGJA 1KXPA 2P9NB 1U2VB 3W0LA 4WYBA 5AQJA 2P9SB 3J8AA 2NRHA 2QWQA 3WQTA 3DXKA 1S3XA 2F9TA 1LCUA 2QM1A 4MO4A 3FZFA 3FGUA 3OHRA 4BRDA 5EOYA 2GWJA 1BO5O 1NGBA 2F9WA 5FPMA 3FZKA 3VEWA 4CD3A 2J4RA 3CHWA 1DGKN 4HTLA 3VETA 2ZGYA 4CD1A 1D4XA 2GUPA 3CETA 3KHYA 2E2QA 3C7NB 1YXQA 4A2AA 1X3NA 5EVZA 2HF3A 2D4WA 4M63C 4GNIA 2VWBA 2P9UB 3GBTA 4O8KA 4BRQA 1NGHA 1BWFO 3IMXA 4BRLA 3LDOA 3W3DA 2D0PA 4BQZA 3CJ9A 3CJCA 2FF3B 3BF1A 1NGFA 4H5WA 5F1XA 3H6EA 4BG9A 2A5XA 3FZLA 5AQMA 3WXLA 1SAZA 3LDLA 3G25A 4IJAA 2V7YA 1SZ2A 3VGKA 4JD2A 4H5TA 3O4WA 5AQYA 1QQOA 3QBWA 5TKYA 3HM8A 4XH1A 3IUCA 3QFUA 2AA4A 4BRGA 5I9EB 3LM2A 3ZEUA 2A6AA 3WUHA 2E88A 1SQKA 3ULEA 5AZIA 1QHAA 5EY4A 5B8HA 2IVOA 4CZKA 1Y64A 3A5MC 3DAWA 2YI1A 3RSEB 4CZFA 2QWNA 4JHDB 5KPZA 3HZ6A 3R9PA 4CZLA 2YJEA 1DEJA 2P9PA 4YDUC 2Q0RA 1C0GA 3P4IA 1YAGA 2D0OA 1XC3A 1R59O 1XUPO 2EWSA 3KZBA 2GTDA 2YJFA 1U2VA 3VGMA 3A5LC 2E2PA 3JXUA 4CBWA 4A2BA 1HKGA 2P9SA 3VF6A 3IFRA 4FWPA 1U6ZA 1HX1A 2KHOA 3C0BA 2ASMA 2YHYA 2E1YA 1Q18A 1NGCA 3AY9A 1BUPA 2ITMA 5EX5A 5BN9A 3H1VX 4BRIA 3GE1A 1NBWA 1WUAA 4GY2B 4H5VA 4BRHA 1KAZA 3BUZB 3D7EO 1IG8A 2I7PA 4QS7A 3CJBA 4EHTA 5AQOA 1MWMA 2GWKA 3BF3A 5JMVA 1C0FA 3C7NA 5CE3A 1ATRA 1EQYA 5ELZA 1RFQA 2E1ZA 4FPBA 3S41A 3VEVA 4Z94A 3WEEB 3D2EB 4BVOA 2P9UA 4B1YB 1WOQA 3QB0A 4B1XB 4FOIA 4BRFA 2H3GX 1H1VA 3DWLA 2E8AA 1LOTB 4L3QA 5BPLA 3M6GA 5ADXH 1S22A 2YCHA 1GLFO 2NLXA 2P9LA 3LDPA 4I6MA 4RWTA 3F9MA 3UB5A 1Z05A 1YUWA 3O1WA 2GEMA 4B1UB 2NZTA 1MDUB 4B1VA 3EKUA 2BUPA 3SMSA 5AQNA 2Q1NA 1TUUA 4BR0A 1NLVA 3ENOA 5JICA 3QDKA 4BREA 2W40A 4EHUA 4H5RA 4LC9B 4QS8A 5AQFA 4FWKA 4JAXA 4ISFA 1HJOA 3CJ7A 3UKUA 2IVPA 2FF6A 5BRHA 1ATSA 3RSEA 1V4SA 4MO5A 1OKJA 3L0QA 2VCPA 3R6MA 4CBUA 3L6QA 4FWQA 3LDQA 3SLCA 1BU6O 2Q36A 2QW9A 3DXMA 3VPZA 1BA1A 1NGEA 3VERA 3HBTA 4CBXA 3A8YA 3MN7A 5BRFA 5AFUA 3O6WA 3D2FA 3M3ZA 4WQ5C 2W41A 4IWVA 3HSCA 2A40A 2YHWA 3H45C 4H0YB 3ENHA 4CZJA 2P9IB 4J8FA 3FR0A 4A62A 4AM7A 2YHXA 3GDQA 4RCHA 3ZX2A 1G99A 2DPNA 3O5BA 5BR9A 2OANA 1MA9B 3CJAA 3H46O 4ISGA 3MDQA 5AZJA 3TPQA 1T44A 2BTFA 2CGKA 4CZHA 3QICA 2ASPA 2Q97A 4CZEA 1NGAA 3IDHA 3QBXA 2IIRA 3FFKB 3KVGA 3L4IA 5FPEA 1K8KB 1J6ZA 4BGAA 3WXJA 1Z6RA 4FSVA 1JCFA 3WEEA 3EL2A 1HLUA 4YDUA 3DXKB 1IJJA 4BG8A 2PBDA 3VEYA 4A61A 4DHYA 4WQ4A 3ZX3A 4H0OA 3AAQA 3SJHA 3QMLA 4BRAA 2WUSA 4BC5A 2P9NA 3CJ1A 4WQ4C 3U8XA 3ATUA 3UKRB 3MCPA 4CJ7A 5ADXA 1KAXA 4DQ8A 5BREA 5KQ8A 1CZAN 3VGLA 1T6DA 2Q2RA 3WQUA 1NGIA 4H0TB 2V52B 4FWMA 3VEXA 3VOVA 1E4FT 4M7XA 5FPDA 1ESVA 4JN4A 4CZIA 2A42A 4H03B 3SMPA 2QXLA 4BR2A 2Q31A 3VF4A 1QQNA 2E20A 5BN8A 3SK3A 2GELA 3ID8A 4JNEA 4DB3A 3MN6A 2V51B 1GLBG 4FPAA 2HOEA 4K43A 2CH5A 2CGLA 1GLDG 1X3MA 3H1QA 1JCGA 4RTFD 4XH5A 4B1WB 2P9IA 3TU5A 3HTVA 4QS9A 2ZF5O 4K42A 4HWIA 5AZIB 2FLOA 2FSKA 4IJNA 4AM6A 3B8AX 3VESA 3VEOA 2P9KB 3ATVA 3BEXA 4ISEA 4BGBA 1HKCA 1P8ZA 2A41A 4FWRA 2FSNA 4E1JA 4BR7A 1QZ6A 3VENA 4PKHA 1GLLO 5BPMA 3FE1A 2P9PB 1K8KA 5KPRA 1QZ5A 1V4TA 1X9JA 3U4LA 3EN9A 1ATNA 4FWOA 1TUYA 3VEZA 2D1KA 3EZWA 2PAVA 5BPNA 2V7ZA 3MN9A 3QFPA 3CQXA 4JHDA 5AQQA 4PL8A 4BR5A 1GLEG 2AP1A 1BG3A 2I7NA 5EXWA 3U9ZA 4WQ5A 4H0PA 4EIAA 3M1FA 5AQRA 2E2OA 5AQTA 5AQWA 3UKRA 3ZX0A 5LY3A 4EAHD 4PKIA 2UYTA 3EO3A 3I8BA 3FLCO 5AQLA 4B9QA 4CZMA 1TYQB 3MMVA 1KAYA 4BC3A 5JLHA 5FPNA 4BR9A 1BDGA 4BROA 5AQUA 4BRMA 4FO0A 2QWMA 5AQSA 3ZETB 3GL1A 2QWRA 1GLJO 1ZC6A 3O08A 1ZXOA 3A5OC 4BC4A 1YVNA 1NMDA 5AQZA 4M7YA 3U9DA 4O5FA 1QQMA 3WXIA 2P9LB 4I6MB 3D2EA 2IVNA 1JCEA 3CQYA 4KBOA 3LL3A 5AQHA 4XH4A 4BQLA 1XQSC 5LJVA 4FWLA 3JS6A 2QWPA 5AQPA 2FSJA 4K25A 4K41A 4FWSA 5AQVA 2E2NA 3CI5A 2ASOA 5E84A 5AR0A 3MN5A 4NB4A 4IZ9A 4EFHA 1NGGA 3AARA 5F0XA 2P9KA 3I33A 5AQXA 3UKUB 3H3OB 4CI6A 1BOTO 4FOEA 2HMPA 4H0VB 1HPMA 3O8MA 4BRKA 3UE5A 3CIPA 1T6CA 2CGJA 4BC2A 3DXMB 3LM9A 2Q0UA 1NWKA 5AFUH 2A3ZA 3LDNA 4B1ZA 3A5NC 5AQGA 3HI0A 1ZBSA 5KQDA 1HUXA 1GLAG 3R8EA 3D2FB 4IO8A 3H3NO 4C23A 3O1BA 3FZMA 2VYPA 1HKBA 4BR4A 3DJCA 3WT0A 1DKGD 2QWLA 5F2RA 1MWKA 2QWOA 2FXUA 5AZJB 2ZWHA 3GG4A 4JD2B 1E4GT 3CERA 5LJWA 4H0XB 4Y0WA 2CH6A 1RGIA 3EKSA 4BRNA 3AAPA 1RDWX 3MK6A 3O80A 3ZEUB 4DCHA 4PKGA 1BA0A 1TYQA 3ULEB 4IXCA 3A0IX 5JLFA 5AQIA 4BVPA 3GOIA 3VF2A 1NGDA 4F9OA 4FL9A 4CZGA 3ZETA 4XEIA 2HF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRCA 5KPTA 4FJLA 5AQKA 1RTJA 4MLHA 1J5OA 4DSIA 2QTDA 4NO7A 3ZT3A 3HPOA 4F3TA 3V9ZA 5C2FA 1VQ5N 3ZSRA 3W0LA 2JGUA 1IBLK 3AA5X 1Q82O 2QWQA 3HPHA 2XHBA 3DXKA 4HCCA 1NMNA 1RILA 4FLWA 3R3LA 4MFBA 4AHTA 3NF7A 4OKKA 4PWDA 3FZFA 3OVNA 3FGUA 3S3NA 4BRDA 5EOYA 3L4QA 1NGBA 2F9WA 1JLBA 4JKFA 2ZGYA 4CD1A 2GUPA 3KHYA 1SV5A 3C7NB 3M8PA 1R0AA 4A2AA 3RMAA 4C1NK 2HF3A 2D4WA 4DS4A 3TAGA 3O4NA 3GBTA 4CHZA 1BHLA 4BRLA 3W3DA 2IC3A 2D0PA 2NUBA 1VSHA 4BQZA 3VQCA 3CJ9A 2ETJA 1EWQA 3V9WA 4JI7K 1NGFA 4IO9L 2G8WA 3CQ8A 5F1XA 3SQ2A 2IOCA 4FJGA 4JKCA 5D3GA 1RDDA 3NMUA 5AQMA 4DU4A 4DTSA 2O4IA 1SZ2A 2VQFK 4JD2A 3E9OA 3IAYA 1RT5A 4BWMA 1N36K 3IUCA 3QFUA 4BRGA 5I9EB 1KC8O 4GW6A 4IFVA 4F4KA 1NJXA 3PIPL 2E88A 1SQKA 3ULEA 5BR8K 1VQON 2I5JA 5AZIA 4DR2K 1QHAA 1WSJA 3CMAN 4CGHA 3A5MC 2YI1A 4H8KA 3RSEB 3EEQA 4WFNL 4FJ8A 4U67L 2HSTA 4JK8A 1Q86O 4CW7B 2NRZA 2OYQA 3L8BA 1I94K 1WAJA 4CZLA 4IFYA 2YJEA 5C10A 1DEJA 1OVQA 3SI6A 2HVIA 1C0GA 1YAGA 1R59O 3KLIA 4IG3A 4DTJA 2GTDA 2YJFA 3CCMN 4LF8K 2GBZA 3VF6A 4FWPA 1HX1A 4B3TK 3C0BA 2NRWA 2YHYA 3THWA 4HUGA 1NGCA 2OPSA 3AO4A 1W2BM 1BUPA 5EX5A 5BN9A 3V6DA 3QEPA 2BH1A 1Q7YO 1WUAA 3RMCA 1T05A 3BUZB 1IG8A 1NK7A 4QS7A 3CJBA 4EHTA 3P38A 1VSLA 1C0FA 1XHXA 4O0IA 3KIOA 3VEVA 3S41A 4Z94A 4I2QA 3DYAA 3WEEB 3D2EB 3T19A 2RE2A 4CGFA 3OYGA 3WXMB 3PV8A 4B1XB 1D9DA 4CE9A 1H1VA 3DWLA 5BPLA 3RR8A 4IG0A 3NE6A 2YCHA 4N76A 2FBXA 4RWTA 1KVCA 3UB5A 1TKXA 5KI6A 4B1UB 4IDKA 1MDUB 4FK2A 2BUPA 3T7ZA 3C6TA 3SMSA 5AQNA 3T69A 1TUUA 4CJ4A 4E1MA 4KTZA 2ZE2A 2YKMA 3AVCA 4H5RA 3AVKA 4FYDA 3AA2A 2Z1GA 4JAXA 4ISFA 1HJOA 1TAQA 2KQ2A 4WF9L 3CC4N 1ATSA 4MO5A 3ZT4A 3L0QA 3R6MA 4Y1CA 5AJ3K 2YNGA 4YOWA 3VPZA 3FFIA 3QEXA 3A8YA 4CEEA 1WBDA 3AO5A 1C1CA 4LF7K 3M3ZA 4WQ5C 2P5GA 1S9GA 4JI0K 4CF1A 2P9IB 4Y1DA 3SUQA 3VQAA 1NK4A 3OYBA 4A62A 4AM7A 3ZX2A 1G99A 2DPNA 3O5BA 4WE1A 1JXEA 3C6AA 1MA9B 1LW2A 4ISGA 4BDYA 5HOOA 4DV4K 2CGKA 2QXFA 4DR5K 5CZ2A 3QICA 3VA3A 3TI0A 1N6QA 2ASPA 4CZEA 4DFKA 3IDHA 3QBXA 3MXIA 3KVGA 1K8KB 4OVLA 3VA0A 4YOTA 2WFBA 2YKNA 1I3AA 4FSVA 1HLUA 1REVA 4B9SA 3DXKB 4JI6K 3VEYA 4WQ4A 1JLFA 4MQ3A 3TANA 3SJHA 3CJ1A 4WQ4C 4DTMA 3ATUA 2O8DA 3KK7A 2P1JA 1KAXA 4KREA 2O8FA 3KWIA 1HNVA 2VWJA 3ZSXA 3VQ7A 3QNOA 4FK4A 3Q7CA 3S9HA 4FWMA 1E4FT 3NGZA 1ESVA 3B6OA 3NVMA 5C0YA 3SMPA 1KSPA 3K57A 2VQEK 1S9EA 5CR4A 3VF4A 3HO1A 1UAXA 1XC9A 3ID8A 3KKSA 3ALYA 3I55N 3K58A 4CEAA 1GLBG 3AVMA 2CGLA 1X3MA 3H1QA 5DMRA 1JCGA 1W9HA 4FCYA 1E3MA 2RKIA 3TU5A 4QS9A 4QCLA 5AZIB 2FSKA 3QESA 3PLAA 3VESA 3VEOA 3NDKA 2A1RA 3AVBA 4ISEA 5FRNA 1HKCA 3OYFA 3DOKA 4FLZA 4DSEA 2F8TA 1DTQA 4KFBA 3AGKA 4PKHA 5BPMA 3KLEA 1YJWN 4M45A 3TAEA 5KPRA 1V4TA 3U4LA 3ULDA 3MWTA 1FW6A 1YTAA 4B3MK 2V7ZA 5AQQA 4ICLA 3LAKA 3OJUA 1OH6A 1IBKK 1N32K 2I7NA 4YOYA 1X9MA 4NCBA 3CFOA 2IGIA 4N5SA 1A5XA 1WB9A 2QKKA 1NJWA 3S3OA 1FXXA 3NH1A 3FLCO 1NKCA 4CHYA 1WN7A 3KK1A 2P51A 1BGXT 5JLHA 4EP4A 4BROA 5AQUA 5AQSA 3ZETB 3GL1A 3L2VA 2QWRA 4DU3A 3TWHA 4DKWA 3M8SA 4BC4A 3HRGA 3U9DA 4O5FA 1QQMA 1UWBA 1JCEA 2KKZA 1XI1A 5J1EA 4Z4CA 1XQSC 1Q8IA 3KJVA 5LJVA 4FM1A 1HNXK 3MAQA 2FSJA 1SS6A 4ILHA 4B8AB 4HUFA 3HP6A 3OYCA 1HJRA 4CJLA 3CCRN 2E2NA 5AR0A 2ASOA 1TL3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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