4CD3A

Rnntpdase2 x4 variant in complex with psb-071
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
426
structure length
421
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFEFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQRPSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFSKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Ntpdase2 in Complex with the Sulfoanthraquinone Inhibitor Psb-071.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
total genus 135
structure length 421
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4cd3A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4cd3A02
2A6AA 3GL1A 1R59O 1D4XA 1H1VA 4H5VA 5LY3A 3H3OB 1NLVA 4F9OA 4EHUA 5BPLA 3AAPA 3C7NA 2GWJA 1BO5O 3VEZA 3CHWA 1KXPA 1NGDA 2CGKA 3SK3A 5AQGA 3FLCO 4GY2B 4WQ5A 2QXLA 2V51B 2YJFA 4FWPA 2WUSA 1RDWX 1NGFA 4BRKA 3P4IA 3ULEB 3VGMA 4EAHD 3EL2A 4H0PA 3F9MA 4ISEA 2IIRA 5KPTA 4ISFA 3FZHA 2YJEA 4I6MB 3R6MA 3U4LA 5FPNA 4BQZA 1YUWA 1GLAG 1Q18A 1X9JA 4JHDB 4BRCA 4BRDA 3AY9A 4DHYA 5AQNA 2HOEA 3UKUB 1ZC6A 3H46O 5BRHA 1NGBA 4EHTA 2ASMA 3KHYA 3AAQA 4M7XA 1SQKA 3CETA 1GLLO 5BPNA 2P9NA 4CZMA 3W0LA 4H5WA 3O1BA 2V7ZA 1T44A 1TUUA 2P9PB 5BN8A 1ESVA 1NBWA 1X3MA 1MWMA 2EWSA 2FSNA 4BREA 3VETA 2Q97A 4H5RA 4BG9A 2F9WA 1J6ZA 1NM1A 4BC5A 3M1FA 2QW9A 2P9IA 1NGHA 2D0PA 4XH5A 4FSVA 4B1WB 4QS9A 2ZWHA 1IJJA 5JICA 4FWOA 4BRQA 4O8KA 3WQTA 3FZKA 3QFUA 1DEJA 3LDOA 1P8ZA 1MWKA 5AQMA 1LCUA 2ZGYA 1CZAN 3C0BA 2YHYA 1MDUB 5KPZA 5EXWA 3MDQA 2P9LA 4K41A 3SJHA 3I8BA 5AFUH 2GEMA 3B8AX 3L6QA 5AQKA 3A5OC 2IVNA 2NLXA 3VGKA 4BG8A 1BU6O 4O5FA 4A2BA 3HBTA 3FZLA 4JD2A 3O08A 4DQ8A 4FL9A 4PL8A 3D2FB 3ZEUB 3M6GA 1U2VA 4GNIA 1Z05A 3VESA 1GLFO 4FPAA 5AQFA 2Q31A 4CI6A 4B1ZA 5JLFA 3D2EB 3QICA 4ISGA 4B1UB 3QBXA 4NB4A 1ATRA 3GDQA 2E2NA 5AQTA 4BQLA 3O8MA 4E1JA 2QWRA 4CZLA 4RWTA 1T6CA 4L3QA 3WXJA 3CJBA 2GELA 2A40A 2CH5A 1QZ5A 3EZWA 2P9KB 1RGIA 3VENA 4PKGA 3LDQA 3RSEA 4JAXA 1QQNA 3QFPA 5KPRA 2E8AA 5LJWA 3U8XA 1GLBG 3LDNA 5E84A 3H45C 4K43A 4XH1A 4MO5A 2KHOA 1C0FA 3VEOA 3C7NB 1TYQA 1HPMA 1QQMA 3A8YA 1LOTB 4K42A 3WXLA 3CI5A 3CIPA 5F0XA 1HJOA 4BR4A 3CERA 4AM6A 1XUPO 3WXIA 1X3NA 4FO0A 3VF2A 4IJAA 1DGKN 3VF4A 2Q0RA 1EQYA 4IZ9A 3GOIA 3CJ9A 2PAVA 3O1WA 4CZFA 3EO3A 5EX5A 1NWKA 3FGUA 2HF3A 3D7EO 3H1QA 4M7YA 4H5NA 5AQQA 5B8HA 1NGEA 1E4GT 1GLCG 3EN9A 3VGLA 4EIAA 1HKGA 5LJVA 4BR5A 1RFQA 3QMLA 3H6EA 5AQYA 3MN6A 2AP1A 4CJ7A 4FWMA 3QDKA 2E2OA 4BRPA 1QQOA 2YI1A 2QWPA 4YDUA 5ELZA 2E2PA 4CZKA 4FPBA 2A42A 2P9NB 1KAYA 3J8AA 2P9SA 3G25A 3ENOA 4JN4A 5KQ8A 3CQYA 4RTFD 4WQ4C 1YXQA 4MLHA 2GWKA 5AFUA 2CH6A 3FE1A 2P9IB 2I7PA 4H0TB 5KQDA 3H3NO 3BF1A 2YCHA 3FZFA 4FWQA 5AQHA 5ADXH 5F1XA 3R9PA 1K8KA 4IXCA 2E20A 1OKJA 4BVOA 3IMXA 3LL3A 4KBOA 4MO4A 1XQSC 5AQUA 5FPDA 1QHAA 3BP8A 4A2AA 1TUYA 3MCPA 2OANA 3I33A 3BUZB 4EFHA 2YHWA 2P9LB 3MK6A 2NRHA 3O80A 3GBTA 5AQVA 2V7YA 1BG3A 4FOEA 4H0YB 4FWKA 3VPZA 3UKRA 4CZIA 1E4FT 2ZGZA 2VYPA 4JD2B 2Q2RA 3ZX2A 3OHRA 4FWRA 4H0VB 3IDHA 4PL7A 2FSJA 2J4RA 3QB0A 1U2VB 4WYBA 4BR0A 3L0QA 3A5NC 4CD3A 3ENHA 1BUPA 3DAWA 4BRAA 4B1XB 3VEYA 2IVOA 2I7NA 2QM1A 4BRHA 3VERA 2P9UA 3EKSA 1ATNA 1HKCA 4LC9B 4QS8A 1KAXA 4HTLA 5AR0A 4BRLA 1Y64A 1BDGA 1KAZA 5AQPA 5AQXA 2IVPA 4CBWA 4Y0WA 3WUHA 2A3ZA 3ZX3A 4B1VA 3LM9A 2D4WA 3TU5A 4DB3A 5AZIA 3S41A 3WEEA 1NGAA 2ASOA 2GTDA 4NO7A 3RSEB 2D0OA 2VCPA 4BC2A 1YAGA 5AZJA 5TKYA 4BGBA 5CE3A 4BRFA 2QWQA 4RCHA 2VWBA 3R8EA 4BC3A 3DXMA 4C23A 3L4IA 4WQ5C 2V52B 3HI0A 4A61A 1TYQB 2YHXA 4IWVA 1NMDA 1ZBSA 1JCGA 1BWFO 1Z6RA 3LDLA 4Z94A 3FFKB 1BA1A 3MMVA 3ZETA 3IUCA 3DXKA 2HMPA 5AQLA 4FWLA 3LDPA 5BREA 2CGJA 4AM7A 2FSKA 3VF6A 4B1YB 1SZ2A 3BF3A 2D1KA 5BRFA 3GE1A 2BUPA 3BEXA 1V4TA 2QWNA 4FWSA 3O4WA 1NGIA 2CGLA 4BR9A 1IG8A 3UE5A 1HUXA 4YDUC 5AQZA 2A41A 1HLUA 2FF6A 3A5LC 1NGGA 4H0XB 5AQOA 3U9DA 5EVZA 3M3ZA 2E88A 3O5BA 3ULEA 3HSCA 3GG4A 5ADXA 3CQXA 1WOQA 4CZEA 3O6WA 4I6MA 4MLEA 4BRIA 4DCHA 1V4SA 2H3GX 2F9TA 2P9SB 4IO8A 2GUPA 4A62A 3ATVA 1SAZA 3U9ZA 1T6DA 2UYTA 5JLHA 2E1YA 4JHDA 3WQUA 4BROA 1HKBA 4K25A 1C0GA 4BR7A 4HWIA 3UKUA 5JMVA 3UB5A 4BC4A 1S3XA 3EKUA 1K8KB 1ZXOA 1QZ6A 3JXUA 4IJNA 2Q0UA 2E1ZA 3DWLA 3HZ6A 3MN7A 4JNEA 3SLCA 2FXUA 4H5TA 3HM8A 2QWLA 4CZHA 2HF4A 5AQJA 5E26A 2QWOA 2P9PA 5EY4A 4CZJA 3HTVA 1U6ZA 1XC3A 5BPMA 3LM2A 4BR2A 2A5XA 4CBUA 1JCFA 1GLEG 3A5MC 3UKRB 4FWNA 3CJ1A 1G99A 4WQ4A 3A0IX 3MN5A 2PBDA 3CJCA 3SMSA 5EOYA 1ATSA 3VEXA 3FR0A 4J8FA 5AQSA 3ZX0A 3ID8A 3TPQA 4PKHA 3WXKA 1DKGD 1GLDG 2ASPA 3DJCA 3H1VX 2ITMA 3CJ7A 2FLOA 1WUAA 2P9UB 1NGCA 3KVGA 2Q36A 1JCEA 2AA4A 3MN9A 4BRNA 1MA9B 3AARA 2E2QA 5AQRA 4H0OA 4CBXA 3ATUA 1NGJA 5BN9A 3FZMA 5AQIA 5I9EB 1BA0A 4BGAA 4QS7A 3QBWA 4XEIA 3D2FA 4FOIA 5AZIB 3ZEUA 4BVPA 4M63C 3WEEB 1BOTO 4CZGA 3WT0A 5AZJB 5BR9A 2ZF5O 4B9QA 3CJAA 3W3DA 3VEWA 1S22A 4XH4A 3DXMB 1HX1A 3SMPA 3VEVA 5F2RA 2FF3B 3D2EA 3VOVA 3KZBA 5BRDA 4BRGA 2DPNA 4BRMA 2W40A 1YVNA 4CD1A 2NZTA 3IFRA 5FPMA 2QWMA 1GLJO 2W41A 3ZETB 4H03B 2P9KA 3DXKB 5FPEA 4PKIA 5AQWA 3JS6A 2Q1NA 2BTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O4NA 1S5JA 2XY7A 3ALYA 3K57A 1YF5L 3KLFA 3AAPA 5CZ2A 3KLGA 1K73O 1BO5O 3VEZA 3CHWA 1KXPA 1NGDA 3SK3A 5AQGA 4FWPA 3NH0A 2X6NA 4B9LA 3QNOA 1NGFA 4BRKA 5T7BA 4E89A 1RBTA 3E1YA 3P4IA 1XMOK 3MX5A 5M1FA 4ISEA 1MU2A 3EE9A 4CJPA 1D9DA 2VQFK 1L5UA 4NXNK 3K5NA 4KHYA 3LP3A 3EEQA 1GLAG 1U04A 2HOEA 4CF9A 2ZQBA 4DV5K 4CF0A 4KFBA 1LWFA 3RRGA 2ASMA 4DG1A 4M7XA 4CIEA 2PZSA 1FKPA 4IKFA 3NFAA 1SV5A 2HBMA 3O1BA 2V7ZA 1T44A 4CHNA 3SPZA 1NBWA 2Q3SA 2FSNA 4BREA 3KKSA 3M8RA 4BG9A 2F9WA 2ETJA 3M1FA 2QW9A 2P9IA 4XH5A 4FSVA 4N56A 4DQQA 1VQNN 4QS9A 1KRPA 3WQTA 1HNWK 3T1HK 1S1XA 3TARA 4IDKA 4FVUA 4DMNA 2KQ2A 3DOLA 4CEAA 4UQGA 3OYMA 4JKFA 3DI6A 1LCUA 3HT3A 4O55A 1QVFM 1RBRA 3CFOA 5EXWA 4K41A 3AO3A 1TK0A 3B8AX 2IVNA 2JWKA 2NLXA 1RT2A 2JGUA 4JK8A 4A2BA 3HBTA 4JD2A 1RBSA 3ZEUB 4LSNA 3LP1A 2GX9A 2JWLA 1Z05A 1GLFO 5AQFA 5M1KA 4DTMA 2Y1JA 1U45A 4MFBA 2Q31A 3SZ2A 1J53A 4B1ZA 3D2EB 1SKRA 5GAGP 1TV6A 2FBVA 4BQLA 3I0SA 4E1JA 3OJSA 4FLUA 3ZSYA 3OJUA 2GELA 1QZ5A 1GOAA 4CESA 3ZT4A 4NCBA 1B92A 3LDQA 4KHPK 4YY3K 3J7AP 1QQNA 3OY9A 1VQKN 3NVMA 3KKRA 4DTJA 4OVLA 4CGFA 4OPHA 1HPMA 1IBMK 2ZJRL 1U48A 3KK1A 4M42A 3CIPA 2NRRA 4BR4A 1BQNA 4CJFA 3CXCM 4IJAA 3SV4A 3V9SA 1SKWA 3HPGA 1N5YA 4GV6A 1EQYA 4FK0A 4JS5A 3F2KA 4CEZA 3D7EO 1S6QA 3H1QA 2XHBA 4OKJA 4IFYA 1NGEA 1E4GT 3EN9A 5KI6A 4CFBA 1RBVA 1RFQA 2NRWA 3QMLA 3NDKA 1IBKK 1J9AA 1M90O 3NF7A 3K2PA 2WONA 3B6OA 1QSYA 4HUEA 4PA1A 2YI1A 2QWPA 4KHUA 4FPBA 3AVAA 1M1KO 2A42A 2DY4A 2YKNA 2ZD1A 3K5LA 1IKWA 4WQ4C 3D0PA 2OCEA 1N33K 2GWKA 4DSIA 3CQ8A 5AFUA 5FLXO 2P9IB 4I9QA 1RTJA 4JI5K 1VSIA 3BF1A 4O0JA 3UIQA 5AQHA 3NHGA 3BDPA 4Z4IA 4IXCA 4ELUA 1FXXA 4YHHK 3LL3A 4MO4A 5FPDA 2HHVA 4ELTA 1WAFA 2YHWA 4BE0A 1NNEA 3MCAB 3MK6A 1TAQA 1ASUA 4FOEA 4M3YA 2XY6A 3U3GA 3H08A 1NJIO 3CCEN 4B8AB 3QIOA 4JD2B 2EX3A 3OHRA 4FWRA 3IDHA 1BCMA 4DTSA 4CJEA 4HUGA 4AHTA 4OX9K 3CCRN 3VA3A 4BR0A 5HLFA 4CD3A 1ZBHA 5FROA 4J2EA 1RNHA 3TAFA 4B1XB 3ZSOA 5GADP 2QM1A 3P38A 2UU9K 4DU1A 5FRMA 3ZSVA 1KAXA 3J7YP 3AVFA 1L3TA 4IFVA 2IVPA 4Y0WA 1WSEA 3KK7A 1WN7A 2A3ZA 4FZZA 1HJRA 1N8RO 3VA0A 2QWQA 1WLJA 4OPAA 1ZYQA 2FC0A 4WQ5C 3SUOA 1ITGA 3TAPA 1YJWN 2YHXA 3CC7N 4IWVA 4B08A 3DLGA 4PQUA 2O8FA 3ZSQA 2YKMA 2VG6A 1BWFO 3LDLA 4Z94A 3IRXA 3AO2A 1YI2N 1W7AA 1NK8A 3HO1A 1C0UA 4FWLA 4ILGB 3ZLJA 2CGJA 2A1SA 1FKOA 4RG8A 4E3SA 2HHWA 3ZT3A 4PY5A 2D1KA 1EX4A 3V9ZA 1IG9A 1RT7A 2BH1A 3CCJN 4CCHA 3T1AA 1V4TA 3OYIA 4LFBK 5KRTA 1NU0A 4R79A 4BWMA 3ISNC 4KRFA 4Q0BA 2A41A 2A1RA 1HLUA 2FF6A 3A5LC 5AQOA 5EVZA 4JI7K 2E88A 2IC3A 3D6RA 1RDDA 3CM5A 3K58A 4DTRA 4M3ZA 1ASWA 2BANA 4DCHA 2H3GX 3CMAN 4DV2K 3P1GA 5SWMA 4B3MK 2GUPA 4N47A 1T6DA 2UYTA 1RDUA 4JHDA 3WQUA 4BROA 1HKBA 4K25A 1Q8IA 3J80O 1JL2A 1N36K 4HWIA 1D5AA 5DM6L 3WXMB 1ZXOA 1WBDA 1QZ6A 4Z4GA 4IJNA 4NLCA 3MN7A 4JNEA 2Z1HA 1X1PA 5AQJA 4J2AA 3HM9A 3NF8A 3TAMA 1OH5A 5E26A 2P9PA 1W9HA 1JLGA 4BR2A 2IDOA 4K0KK 3TTCA 4ID5A 4OGEA 4CJKA 3ZSZA 4Z4FA 1N6QA 3LANA 3MN5A 2QXFA 2PBDA 3S3MA 1ATSA 1BISA 3VEXA 1VQ8N 2QK9A 3T19A 3S9HA 2RHKA 2P5GA 4CF8A 3DLHA 1VAZA 4B9SA 1DKGD 2OZSA 4DUYK 3K9KA 2FLOA 4FCYA 4HHTA 1NGCA 2KKZA 3KVGA 2Q36A 1JCEA 3LPTA 5I3UA 4FJMA 3PX4A 1BL3A 3R3LA 4FVMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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