4CE9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ce9A00
4Z4EA 4Y1DA 3TAPA 3QEVA 1QTMA 4FLUA 3QERA 4KTZA 4H8KA 3V1RA 2BDPA 1LAVA 1S1WA 3DLBA 4M45A 3TAEA 2G8HA 2OA8A 4FZZA 4E7HA 3RRHA 1RT7A 3AVFA 1ASUA 1NK5A 2W42A 4FJ7A 2QKKA 1BQMA 1F21A 4FM0A 3SJJA 1U4BA 4HCBA 3S9HA 1T7PA 3DLKA 4NYFA 4BDZA 1J53A 3NF6A 1RT1A 2HHTA 3VQ7A 1ZBIA 4UQGA 3P5JA 4M3ZA 4Q0BA 3M8PA 3SUNA 4KHUA 3LANA 4BWMA 1RT4A 1RTHA 4O55A 4CFBA 1JLEA 1NK8A 3JSMA 3RWUA 5CZ1A 4CJFA 1DTQA 4KAZA 1HNVA 1JLBA 4DF8A 4CGGA 3SQ1A 4FJ5A 4CCHA 4W5TA 1RBUA 4KI6A 4M3YA 1FKPA 4KRFA 1QHTA 1BGXT 3VA3A 2B4JA 2G8UA 1U48A 3KD1E 4F4KA 1L3TA 3VQ6A 4E19A 4O0JA 3HM9A 4I7FA 1X9WA 4KHSA 3K59A 4KTQA 1QSSA 1G15A 3G10A 4FLTA 2YNGA 4DTRA 3HO1A 4KFBA 5J2PA 4DLGA 1IKVA 5CYMA 3LZJA 1TAUA 3AO5A 3K5NA 2JLEA 4CIGA 1TKXA 1BI4B 3NE6A 3DI6A 1UWBA 3KK1A 3NGIA 1C0MA 1T03A 3ISNC 5J2QA 1RT6A 3OS0A 2PY5A 4E7JA 1JXBA 1X9MA 5DMRA 5CYQA 4Z0UA 1B92A 1QE1A 1WN7A 1HMVA 2Q3SA 2ZE2A 3VQEA 4AHRA 4OKEA 4Z4FA 4FXDA 1XHZA 4XIUA 4CESA 2KZMA 5JS1A 1WSIA 1HYSA 4FJKA 3T3FA 1KVBA 2E6LA 3KK3A 4FJ9A 4MFBA 3NDKA 1NK4A 3DRPA 1BQNA 3K5LA 1U45A 3LP1A 3C95A 3SPYA 5C24A 3MXMA 3MEGA 4Z4GA 2ATQA 3S3MA 3KD5E 2OPRA 4KHWA 4M3TA 1CZBA 2XY8A 3ZSYA 3SZ2A 3CFPA 4J2DA 3M8SA 1UA0A 1S6PA 3MXIA 3ZSZA 1RBTA 3VQCA 2F96A 1T05A 4DSKA 3WNFA 4DQIA 3JYTA 1HQEA 4ID5A 3AA5X 4LY7A 2GUIA 5JS2A 3VQQA 1W0HA 4DTOA 3THVA 2OYQA 3KLEA 4DSFA 3RMDA 1EKEA 2RF2A 4C8OA 4PUOA 4JRQA 3HJFA 3C94A 2NUBA 3ZSXA 1KTQA 3AVHA 4NCGA 1R0AA 3O4NA 2VWJA 1BI4A 4ELUA 3K5OA 1RT5A 3MECA 3WNGA 1SL1A 3D0PA 1ZBUA 1EETA 4O0IA 1BHLA 1D8YA 4M42A 4K8XA 5EU7A 4FW2A 2XY5A 4IDKA 2F8TA 4CIFA 1YTAA 3QLHA 4KB0A 3VQPA 3AVBA 4LSLA 5FROA 4AHSA 3ITHA 5KRSA 1J9AA 4ZTFA 4DTXA 4FVMA 1MU2A 3OYLA 1J5OA 3QIOA 4MQ3A 2RN2A 3NBPA 3SUQA 4W5NA 1UOCA 1LWEA 4M3WA 1NJXA 1KCFA 4OKJA 3AV9A 2YV0X 3OYHA 3SQ4A 2LSNA 3KTQA 4CHZA 2QK9A 2Z1IA 3HVRA 4BE2A 3QEIA 4CEFA 1HYZA 3CG7A 2HNZA 4CGJA 1T8EA 3NAEA 1ITGA 4FJNA 3CM6A 3OS2A 2A1SA 3RR7A 3NH2A 1KFDA 3DLGA 4CK3A 1WAJA 1JLGA 4FLVA 2HMIA 4EZ6A 1S6QA 3MEEA 3NH1A 3OYBA 3DLRA 1KLNA 4CJ3A 3AA4A 4CGHA 2O4IA 4L8RB 1SL0A 5I3UA 2HNDA 4WE1A 3NGZA 4ZTJA 4KPYA 3PY8A 1TKDA 1ASWA 4OKKA 1JLAA 3AA2A 4H4OA 3ZSOA 4B08A 3HPOA 3LWLA 1EP4A 3SYZA 5J2MA 1I39A 3T1AA 1ZBLA 1D9FA 3DLHA 3ASMA 3VQ4A 3C6UA 5D3GA 3H08A 3O4QA 2KW4A 3AVNA 4LH4A 1BIUA 4OPKA 1IKXA 3TAGA 3K57A 1IG9A 4AHUA 2OPSA 2E6MA 1Q9XA 1QS4A 4IG3A 1N6QA 3U3YA 1JL1A 3V1OA 4FLZA 4J2BA 3CQ8A 2IAJA 4N5SA 1VSFA 3OYNA 3QESA 3QEPA 3V4IA 1NOZA 5SWMA 3OYKA 1NJZA 4RW8A 5KI6A 2XHBA 4FM2A 3SQ0A 1NOYA 3DYAA 2P1JA 5FRNA 4CF1A 4LSNA 2HNYA 1Q8IA 4C8KA 1HPZA 4B9MA 2RPIA 3SUOA 4BACA 3SNNA 1VSDA 4NCBA 2F8SA 1X1PA 3SCXA 4AH9A 4OGEA 1Y97A 2IC3A 3DOKA 3CFOA 5I42A 1NK0A 4KHYA 2ITGA 2FBXA 4J2EA 4DU3A 2X78A 4OPJA 1D5AA 3RRGA 1C1BA 5SZTA 4KKOA 3OVNA 4FYDA 1RBRA 1TL1A 3AVAA 3VQ8A 5C25A 2HW3A 3BGRA 4Z4IA 3OYIA 3ZSQA 2G8VA 1IO2A 3OJUA 2X6NA 3HL8A 3KKSA 4CEDA 4BE1A 2G8IA 2QKBA 3AVIA 4FCYA 4PY5A 3QNOA 4O4GA 2Y1JA 4CJ5A 1VSJA 2PYLA 4N56A 4F2RA 4FJHA 1BIZA 3OYDA 5K14A 1W9HA 4B3OA 3NF9A 1HNIA 3MAQA 4TSXA 4YFUA 4QCLA 4F8RA 1IKWA 1U49A 2ETJA 2B6AA 2O4GA 3B6PA 1DLOA 4YNQA 3HT3A 2HHVA 4FJIA 3PO5A 1IH7A 4HCCA 3WNEA 1S1UA 5KRTA 3RMAA 4B9SA 3KIOA 1VSEA 1L3VA 3V81A 1L5UA 2FBTA 4O44A 4HUEA 1VSHA 3KLFA 1ZBHA 3G0ZA 2KFZA 2YHBA 2YKNA 4B9TA 2HVIA 2IDOA 2BGGA 1TGOA 1QSYA 3OYAA 1VK0A 3SV4A 1BCMA 4HUGA 3V9XA 1I3AA 1YT3A 4J2AA 3ULDA 5CY4A 3RR8A 1A5WA 4CECA 3ZT3A 4W5QA 2PYJA 5FDLA 4G1QA 1QSLA 3PV8A 4I2QA 4NYNA 3CFRA 4E1NA 1NK7A 4M3UA 1CXQA 5J2NA 3VQAA 3K5MA 1SKWA 1SKRA 3U6FA 4HTUA 1LWCA 1S9EA 1EX4A 1SUQA 4I2PA 3OYCA 2HHWA 2QXFA 4K8ZA 2XY6A 4B8CA 1WAFA 1KSPA 4CIEA 1RT3A 3AO4A 2E4LA 3O3GA 1RCHA 4CHQA 4DTNA 2EX3A 1WSEA 2I5JA 3M8RA 3DRSA 2A1RA 2HHXA 4CE9A 4GVMA 2IGIA 3VQ9A 4QAGA 4CHYA 1TVRA 3ALYA 4DSEA 3DOLA 4DU1A 2Y1IA 3NF7A 2XY7A 1VSMA 4FZXC 4CJSA 4DF4A 1WNSA 4RG8A 2YNHA 3V9SA 1RDDA 4DTUA 3RMCA 3TI0A 3TANA 1TV6A 4FZYA 3V9UA 2KFNA 4OJRA 3HPHA 1C0UA 4LD0A 2B5JA 1HJRA 3PUFA 1GOCA 3HYFA 1FKOA 1LAWA 3KK2A 4DFMA 4ICLA 4M3RA 3U3GA 4OLAA 3K2PA 2HHUA 2X6SA 4DS5A 3AO3A 2KTQA 4CJEA 3LDSA 3LP2A 2R7YA 4FJLA 3FFIA 2G8KA 1BISA 3DLEA 3F9KA 4E7KA 4CFCA 2YNFA 4FLXA 2OPQA 1WSHA 1KFSA 1RDBA 3F73A 4N41A 2FBYA 2PZSA 3I0SA 4EP5A 4FM1A 4CF8A 4LH5A 1SKSA 2OZSA 4FJXA 2YKMA 4FW1A 5HRNA 1RILA 3AVLA 4DQQA 4AHCA 4KTWA 3TR8A 3SQ2A 3ZT1A 4CJPA 3LZIA 2Z1JA 2OPPA 3L2RA 4Y1CA 4IFYA 3NF8A 3SI6A 5FRMA 4JS5A 1S1VA 4B9VA 2VWKA 4DMNA 4DTPA 3L3VA 3KJVA 1A5XA 1LW0A 2XRIA 4FLWA 2WOMA 5HROA 4HUFA 1FXXA 3HP9A 4F3TA 4KO0A 4W5OA 3S3NA 3SUPA 4C8LA 4CEEA 3LPTA 3MXJA 4CHPA 4W5RA 1RBSA 4OVLA 3VQDA 3EZ5A 3V9ZA 1X9SA 4DQRA 1SL2A 4ELTA 4O5BA 5KTQA 4DFKA 1C0TA 1TAQA 5HP1A 4E89A 1S5JA 4IFVA 4BDPA 4KI4A 1C6VA 1ZYQA 1GOBA 3UIQA 3ZSRA 1TKTA 2IOCA 4CF9A 2DTUA 3O3HA 3V9WA 3QNNA 1RTIA 4CEZA 4IG0A 4CFDA 4CJLA 2HB5A 3OYMA 4EP4A 4DFJA 1TK8A 1NJWA 1NK6A 3HK2A 1KLMA 2VG5A 3AVCA 4DSIA 5KGXA 4CHOA 4DS4A 3AVJA 3TAFA 1NKBA 3LAMA 3OYFA 3C6TA 4JS4A 1BL3A 2WONA 2YNIA 3SV3A 2DY4A 4EZ9A 1JL2A 4RW9A 1HQUA 4M41A 2DFHA 3L2VA 4B9UA 1S9GA 2D0BA 1CZ9A 4CEAA 2EHGA 4DTJA 2YHAA 1JXEA 4E7LA 4OGCA 4PWDA 2KQ2A 3DMJA 4PQUA 4FK0A 4CEQA 1WSFA 3TABA 2IS3A 3EYZA 5HRRA 4KREA 1VRUA 3IAYA 3VQBA 4KB1A 4CFAA 3OYGA 3ZCMA 4IKFA 1D9DA 2DFEA 4I9LA 2P5GA 1CXUA 1JKHA 4JLHA 4CJ4A 3A2FA 4Z4CA 1B9FA 4FLYA 3O3FA 3TAMA 1XI1A 5CZ2A 4I9QA 3NCIA 1EXQA 1RDCA 3HSTB 2P5OA 1VSLA 3QEWA 1QQCA 4DWIA 1RNHA 3I0RA 3TAQA 4CJWA 1HYVA 1SV5A 5HBMA 1TK5A 1U47A 1KVCA 3B6OA 4N47A 3RTVA 3NHGA 3IRXA 2AJQA 1U04A 2P51A 4CERA 1KVAA 3LALA 4CGIA 2XO7A 1LV5A 1JLFA 2D0CA 3E01A 3IG1A 4PA1A 4KHQA 1C1AA 4DG1A 3KLHA 4B8AB 1VRTA 1NKEA 1REVA 4KHNA 1WSGA 3P83D 3AO2A 3LAKA 2VG6A 2ZD1A 1JLQA 4BE0A 2BE2A 1HRHA 4FK4A 3P1GA 1LWFA 4DTSA 2VG7A 3M8QA 3ZSWA 4ELVA 1VSIA 4CEOA 1L3SA 1XC9A 1JLCA 1VSKA 3ZT0A 1DTTA 2HVHA 3MEDA 1Z26A 4Z4HA 4JRPA 3D45A 3I8DA 3V1QA 2KZZA 3TARA 3BDPA 1TKZA 3AA3A 3QINA 5KGWA 3PX0A 4FJ8A 4DSJA 4CGFA 4N76A 4RW7A 3AO1A 3CYMA 3NFAA 3KLIA 2GV9A 4E3SA 3SPZA 4DFPA 2DFFA 5HLFA 4CJKA 4DLEA 4CEBA 3QETA 4BWJA 3ZSVA 3K58A 3OJSA 4RW4A 2FBVA 1LW2A 1NK9A 4FJGA 3KLGA 1KRPA 1NKCA 4F3OA 3T19A 1XHXA 1RTDA 4CGDA 4E7IA 2X74A 2G8FA 4KV8A 3V6DA 5HRPA 4Q5VA 4DQPA 1XWLA 3CM5A 1C1CA 3VQ5A 4NCAA 4QOZB 5T7BA 4H4MA 5HRSA 3HVTA 4ID1A 3QIPA 1UA1A 4B9LA 4CK2A 3QO9A 1J54A 3LP3A 4GMJB 3L2QA 4DSLA 4FK2A 1RDAA 5E41A 1IKYA 3LWMA 1RT2A 3HP6A 4GW6A 1YTUA 4AHTA 4AILC 3RMBA 3IS9A 2D0AA 4RW6A 3S3OA 1WLJA 3HPGA 1NJYA 4OLBA 1S1TA 4CJRA 3OS1A 4E0DA 3LP0A 1S1XA 1O1WA 3EY1A 4HHTA 3KKRA 1BCOA 2D5RA 1UAXA 4AHVA 4FJJA 3ZT2A 2RKIA 5J1EA 3PX6A 2FC0A 4HVJA 3TWHA 1Q9YA 5C42A 3AVGA 4CF2A 1L3UA 1YVUA 5DK5A 4DTMA 1FK9A 3DRRA 3L8BA 1ZBFA 4CK1A 4CJVA 4B9NA 3NH0A 1TK0A 3OY9A 3L2UA 2BANA 1RBVA 1K6YA 3OYJA 4C8NA 2Z1HA 4CJUA 3L2WA 3AVMA 3OYEA 1TL3A 1RTJA 4R5PA 1A5VA 1B9DA 3LPUA 4C8MA 3WNHA 4E1MA 2ZQBA 4CHNA 3HXMA 1N5YA 4BDYA 2HHQA 4DQSA 3L3UA 2Z1GA 1GOAA 1Z25A 4CJTA 4DU4A 3PX4A 4M3XA 4CJQA 1CLQA 3PO4A 3VN5A 2OZMA 3VA0A 2JGUA 3DM2A 1ASVA 4FJMA 2GBZA 3AVKA 3NGYA 3QEXA 2G8WA 1WSJA 3ZT4A 4F2SA 2HHSA 4ZHRA 4CF0A 4IBNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Y1DA 3QEVA 1QTMA 1EO1A 3UKUA 5AQZA 3V1RA 3VGLA 3DLBA 4M45A 2G8HA 1RT7A 1Q86O 1ASUA 3MN5A 4DV2K 1K8AO 2HF3A 1QZ5A 4HCBA 3P38A 1K73O 1T7PA 3DLKA 4BDZA 4FWKA 4X65K 3P5JA 4Q0BA 4JI2K 3SUNA 4KHUA 3TSUA 4PL7A 3AARA 3P4IA 1DTQA 5KQDA 4KAZA 5FPDA 4W5TA 5IWAK 1QHTA 3U9ZA 2B4JA 4F4KA 4DV3K 3VQ6A 2QA4N 3QFUA 4I7FA 4KHSA 4JKBA 3WXKA 4OPHA 4DTRA 5J2PA 3FZKA 4DLGA 1NGJA 3AO5A 2JLEA 1XQSC 3IUCA 4YOUA 2UU9K 1BI4B 3CMAN 1C0MA 2WFBA 1IBLK 3OS0A 2NLXA 2E1ZA 1X9MA 5DMRA 2NRRA 4AHRA 4WF9L 4OKEA 2QWPA 4B1ZA 2VYPA 4BRQA 3DXMA 3BF1A 5BRDA 3K5LA 3LM2A 1U45A 3C65A 2DPNA 3LP1A 3SMSA 3TTCA 5AQGA 3MEGA 4Z4GA 4CZIA 3KK7A 2O8FB 5AQSA 4KHWA 3SZ2A 4PKHA 3ZSZA 5AQIA 3VQCA 2F96A 1T05A 3R8EA 4DSKA 3WNFA 4UY8O 5JS2A 3VQQA 2A41A 2NRTA 4C8OA 3OBWA 3ZSXA 4YORA 3AVHA 4NCGA 5C0YA 4WFBL 1GLAG 3K5OA 1RT5A 1SL1A 4M42A 3PSIA 4CBUA 1BHLA 5CE3A 2Q0UA 4IDKA 2F8TA 4CIFA 3QLHA 1HNWK 4H0TB 5AQXA 3A5NC 1YAGA 1MU2A 3NBPA 4W5NA 1UOCA 1NJXA 1KCFA 2YV0X 1JCGA 2LSNA 3PIOL 4DB3A 3CM6A 3OS2A 3M1FA 4FLVA 2HMIA 2P9PB 3VEXA 3N4QA 4O5FA 4CGHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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