4CE9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ce9A00
4F2SA 1ZYQA 1HNIA 1S1XA 1WSJA 2E6LA 3LAMA 5I42A 1CZBA 4BE2A 1B9DA 1L5UA 3LDSA 2HHSA 1X9SA 1CXUA 2Z1HA 4CJFA 2A1RA 5J1EA 1EP4A 3AO2A 4CJUA 4BDPA 4F8RA 1J5OA 3S9HA 4CEEA 2F8TA 4W5OA 4JRPA 1KVCA 1ZBUA 5HRSA 2W42A 2YNIA 4DFMA 3BDPA 2G8VA 4F3OA 1TGOA 1T7PA 1S5JA 2DFFA 4M3XA 3I0RA 4E7LA 2QKBA 3L2QA 3SQ4A 4CCHA 1BI4A 4OGEA 3S3OA 3NE6A 2HVIA 4I9LA 2FBXA 4CECA 4KHQA 5K14A 4N47A 4C8KA 4M3WA 1KFSA 4RG8A 4N5SA 3SUNA 1NK8A 3LALA 3M8SA 3QEXA 4FJ7A 3PV8A 1ASVA 1XHZA 2XRIA 4ICLA 1U47A 1VSHA 2Z1JA 1HMVA 4OJRA 1CXQA 3V4IA 4FK0A 3AVJA 4HVJA 3MXMA 4Z4GA 4AHSA 1VRTA 3CM6A 3VQ6A 2PYJA 3QETA 2QK9A 4HHTA 2DFHA 3VN5A 3ZSQA 1WAJA 3TAMA 4C8LA 3IG1A 1RTHA 2IOCA 2LSNA 3NF8A 4Y1CA 4CJ4A 3DM2A 1C0MA 4DLGA 4IKFA 2D0AA 3AO1A 3THVA 1A5XA 4PY5A 1HYSA 2HHTA 1KSPA 1WSGA 4HUFA 2YHBA 4DSEA 1A5WA 1RDCA 3KKSA 3V81A 2OPRA 4CIEA 3SQ1A 1X9WA 2O4IA 2KW4A 1JLFA 2WOMA 1RT2A 4DSKA 5CYQA 4DTUA 4OLAA 4M41A 4M3RA 5J2NA 4NCGA 3SCXA 4FXDA 2BANA 3TAEA 1NKBA 1LAVA 2Q3SA 1CLQA 2P5OA 4AHRA 1JLEA 3T1AA 3SJJA 2WONA 4I2QA 3EZ5A 1NKEA 2KFNA 4CHNA 1IKXA 1U4BA 4Z4CA 1KLNA 1A5VA 4CE9A 5HRNA 1XC9A 2PYLA 4J2AA 1NK7A 1ITGA 3ITHA 1JL1A 3QEIA 3ZT2A 4B8AB 3EY1A 1NK6A 3HT3A 3QESA 4FJMA 5D3GA 4NYFA 3AA4A 4CJEA 5KGWA 2F8SA 4CF0A 3QERA 1KTQA 2G8IA 2YKMA 4IBNA 1RT4A 1TVRA 1VSFA 3OY9A 3NF6A 4J2DA 1TAUA 2EX3A 3NFAA 4FYDA 1LWFA 3U3GA 2KZZA 2KFZA 1WN7A 1C0TA 4H8KA 3TR8A 1B9FA 1RDBA 4ID1A 3ZSWA 4E1MA 1S9GA 4W5QA 4OGCA 1IKVA 3AA2A 1W9HA 1BIZA 4OPJA 4LH4A 1CZ9A 4FK2A 4NCAA 4CJPA 1BHLA 4CHQA 2X74A 2OPPA 4DF8A 1SL1A 1WSEA 1UAXA 3OJSA 3KJVA 2B5JA 3TAFA 3V9SA 4YNQA 3OYMA 4L8RB 4DF4A 1BGXT 3ZT4A 3ZT0A 4DSIA 3OYAA 3DRRA 4B9MA 1T05A 5HLFA 3NBPA 5C24A 1ZBFA 1L3UA 4CFBA 4FJKA 1IH7A 4DFJA 2DY4A 3WNEA 3AVMA 2OA8A 4E7IA 4C8OA 3DOKA 4AH9A 3OYNA 3TWHA 3L3VA 4CJQA 4FZYA 3V1OA 3DI6A 3O3GA 3OYIA 4BACA 4BE0A 3MEEA 1GOBA 4JS4A 3K57A 1L3VA 1WLJA 1IKWA 2I5JA 2G8HA 4CJSA 2HNDA 3QIOA 4JLHA 3MEGA 3NF7A 4Z4IA 4GVMA 3RRGA 4KFBA 4R5PA 4DQRA 1XHXA 4DTXA 4E7JA 3CFOA 3BGRA 1SKWA 3KD1E 3F9KA 4CJVA 2EHGA 3NGZA 5JS2A 3RWUA 4TSXA 3NDKA 3M8PA 4B08A 1C6VA 2FC0A 3C94A 4FW2A 4CHYA 4DTOA 1EX4A 4EZ9A 3G0ZA 4KKOA 3VQ8A 4M3YA 4OKEA 4CGHA 3KK1A 4KO0A 1LW0A 4WE1A 4CJ5A 4FLXA 4CJTA 3DRSA 2JGUA 4GMJB 3U3YA 2Y1IA 3KTQA 4KHNA 3CQ8A 1BL3A 4FLYA 3PX0A 1NJYA 4B9NA 4OLBA 3RMAA 2IC3A 1TKDA 2P1JA 3L3UA 4CF8A 4CJWA 1UWBA 2JLEA 3AA3A 3ZSYA 4I7FA 2PZSA 3KLIA 3VQBA 3IRXA 4Y1DA 2ZD1A 3HJFA 4QOZB 4CGGA 1JLGA 4C8NA 4DTNA 1IG9A 1D9FA 1J53A 2YNFA 1L3SA 4IDKA 3SV4A 3KK3A 4FLUA 4G1QA 2AJQA 3TAQA 2XO7A 2HHQA 2YNHA 1FKOA 5HRPA 2D0CA 1JLBA 1WAFA 4DTSA 4QAGA 4O5BA 3L2WA 2BDPA 4FZXC 3AVNA 3JSMA 4FJXA 4DQIA 1YT3A 2FBTA 3TANA 2HHXA 4BDYA 1RBRA 4Z4EA 2QKKA 2GBZA 2VG6A 4OKJA 1XWLA 3NAEA 4EP4A 4B9LA 4Z4FA 4CEFA 4FLTA 4CK3A 2RF2A 1QHTA 1VSKA 4IG3A 4CEBA 2FBYA 1I39A 3PX6A 1SKRA 3ASMA 3NH2A 2YNGA 4LH5A 3WNFA 1TK5A 3ZSXA 1J9AA 1LWEA 1NOZA 5C25A 4H4MA 3QEWA 2RPIA 4B8CA 4DU3A 1VSLA 5HBMA 3DLHA 4RW8A 3ZT1A 4DTMA 1YVUA 1Z26A 4FLWA 1X1PA 3AV9A 1LAWA 4CGIA 1QSLA 4KHUA 2BE2A 1Z25A 3OS1A 4Z0UA 3V6DA 4KAZA 4CEAA 2G8KA 3P1GA 3S3MA 3HVRA 3VQ9A 3S3NA 2G8FA 4J2EA 4FJ8A 1C0UA 1UOCA 3K2PA 5FDLA 3ULDA 4CFCA 3SQ0A 1RT6A 2VG5A 4JRQA 3AVFA 4CGFA 3NF9A 4UQGA 3T19A 3M8RA 3OS0A 1VK0A 1DLOA 1D9DA 3OYBA 1W0HA 3DMJA 3MXIA 4B9UA 4CJ3A 3LANA 5J2QA 1G15A 3AVAA 3LP0A 5T7BA 4FW1A 4PQUA 2HW3A 3V9WA 1C1CA 4FM2A 1NJXA 2OZMA 4CK2A 4CK1A 3LP2A 5FROA 4ZTJA 1D8YA 3OYKA 3TARA 3K5NA 3VA3A 4B3OA 2GV9A 4DG1A 1VSEA 3HXMA 3M8QA 4C8MA 3OYEA 3RTVA 3ALYA 4CEDA 3P83D 3QLHA 3VQ7A 3DLRA 3DLEA 1O1WA 5HROA 3MEDA 3NGYA 1ASWA 4E89A 1RCHA 1BCOA 4O0IA 3H08A 3I8DA 5SWMA 1NK9A 4CEOA 3LZIA 4CEQA 4HUEA 1NJWA 4CF1A 4DMNA 1T03A 4KI4A 3KLGA 1VSMA 1LWCA 1RDDA 4RW6A 4BE1A 2Y1JA 4CGJA 1FXXA 3AVCA 4FM1A 2ETJA 1J54A 4W5TA 4J2BA 1RBSA 1SKSA 2BGGA 3DLBA 4OPKA 4AHTA 1ZBLA 4LY7A 4KHYA 2B4JA 3ZSVA 3KIOA 1HQEA 4Z4HA 3B6PA 4FJNA 4FM0A 3RMCA 3K5LA 1VRUA 1Q9XA 2Z1IA 4CJKA 4BWJA 3HM9A 1QSSA 4N76A 4LSLA 4DSLA 4KB0A 1WSIA 5HP1A 1GOAA 4F4KA 3ZSRA 4LSNA 4KTQA 1S9EA 1QSYA 4B9TA 3K5MA 4K8XA 3VQCA 3KLFA 4E19A 1KRPA 1SL2A 4CF2A 2ATQA 1BIUA 3VQPA 4K8ZA 2HNZA 5FRNA 1U49A 3HK2A 1S1UA 4OKKA 3U6FA 1N5YA 3L2UA 3SUOA 4KRFA 1DTTA 4HCBA 3AVGA 4FZZA 1ASUA 4HCCA 4HUGA 2NUBA 1GOCA 3LP3A 1JL2A 4O44A 4GW6A 3HPGA 1JLAA 1TKTA 4BWMA 1TKZA 3K58A 1TK8A 3HVTA 3F73A 4F3TA 4CHZA 2HB5A 4CFDA 3ZT3A 4E1NA 4FJJA 3SZ2A 1R0AA 1Y97A 2ITGA 2A1SA 4DQQA 1RTIA 2G8UA 3TABA 3RR8A 4E0DA 2E6MA 3AO4A 3K59A 3CG7A 4KTWA 2YHAA 1NK5A 3AA5X 3HPOA 2DFEA 3HL8A 2XY6A 4YFUA 5DK5A 4CJLA 1BQNA 1HPZA 1L3TA 1RNHA 3CFRA 3V1QA 4KREA 5KGXA 1RTJA 1B92A 1RT7A 1TAQA 2F96A 4IG0A 5SZTA 3RR7A 4CGDA 1REVA 4KB1A 4DQPA 1ZBIA 1D5AA 1BQMA 1U04A 4DFPA 3B6OA 4DU4A 3TI0A 4KHSA 3LPTA 3CYMA 3RMDA 3AVIA 3NH0A 4FJ9A 3G10A 4LD0A 5E41A 1UA0A 1TK0A 2X78A 1RT3A 1KVBA 1NOYA 4FJIA 5JS1A 4CF9A 3RMBA 4Q5VA 1FKPA 4KI6A 1EXQA 2OYQA 4FK4A 3HP6A 1QE1A 1RT1A 2X6NA 2D0BA 3DOLA 4CESA 1HNVA 3SUPA 3A2FA 1TKXA 3I0SA 3AVLA 4EP5A 3TAGA 1S1TA 2RN2A 5CZ2A 4W5NA 2YKNA 3PO4A 3WNHA 5CYMA 4Q0BA 4HTUA 4AHVA 3AO3A 3OYDA 4E7HA 3SPYA 3SPZA 3IAYA 1RBTA 3ZSOA 1NK4A 4CJRA 4O0JA 3VA0A 4DS4A 2P51A 2OPQA 1RT5A 1TL3A 4W5RA 3SQ2A 1QQCA 3CFPA 2IGIA 4KTZA 4JS5A 3VQDA 4PUOA 3SUQA 3HO1A 1SL0A 3OYCA 1S6QA 4DTJA 4DTRA 4AHCA 3LPUA 1HYVA 3C95A 3O3HA 1NK0A 4XIUA 1DTQA 4FCYA 1LV5A 1JXEA 1LW2A 2GUIA 3MXJA 5FRMA 1U48A 3MAQA 2VWKA 2DTUA 4DQSA 2Z1GA 1HYZA 3AVBA 3TAPA 1QS4A 4DSJA 3O3FA 3V9XA 1N6QA 4F2RA 4RW9A 4BDZA 1YTUA 5J2PA 4DLEA 3VQAA 2HHVA 3HYFA 3V9ZA 4M3ZA 1HRHA 1WSFA 3OYGA 3RRHA 1Q9YA 4FJGA 1K6YA 4MQ3A 1VSDA 2HVHA 3NCIA 5I3UA 4M3UA 4O4GA 1QTMA 3LZJA 3PY8A 3D45A 3OYLA 3IS9A 3OJUA 3QIPA 3O4NA 3SYZA 3C6UA 2PY5A 3FFIA 4B9SA 4FVMA 2VG7A 3PO5A 1VSJA 3MECA 4KV8A 3DYAA 4RW4A 1BI4B 5CZ1A 5J2MA 4IFYA 3OYFA 2OZSA 3HPHA 1BISA 4H4OA 1EETA 2XY8A 1FK9A 1RBVA 1WSHA 3E01A 2YV0X 2RKIA 3SV3A 1ZBHA 3EYZA 4QCLA 1S1WA 3KLHA 5KTQA 3ZCMA 1KVAA 3OS2A 4DSFA 3L2VA 3PX4A 3QEPA 2HHUA 2VWJA 3NHGA 3DLGA 1TL1A 4E3SA 1JLQA 2XY7A 4M45A 4RW7A 3VQEA 4FJ5A 2OPSA 4N41A 4DFKA 1JLCA 4E7KA 5KRSA 2HHWA 3AVHA 3OYJA 4MFBA 1RTDA 1MU2A 1RBUA 1SV5A 4CEZA 3LWMA 4CHPA 4DS5A 2ZE2A 3C6TA 4I9QA 3L8BA 3CM5A 2X6SA 2KQ2A 5KI6A 4NCBA 1U45A 1KLMA 1IO2A 1F21A 1I3AA 2HNYA 3LP1A 4ZHRA 4ZTFA 1T8EA 4PA1A 1KCFA 2R7YA 1XI1A 2IS3A 2O4GA 2HMIA 3WNGA 4M42A 1Q8IA 1WNSA 4EZ6A 4ID5A 2QXFA 3ZSZA 5DMRA 1BCMA 4DWIA 5EU7A 1VSIA 3LWLA 3VQ5A 4O55A 5C42A 3L2RA 4FJLA 1NKCA 1RDAA 4DTPA 2E4LA 4KPYA 4AHUA 3QINA 3KKRA 5CY4A 4CFAA 4FJHA 3ISNC 3DRPA 3T3FA 3QO9A 4I2PA 5KRTA 4ELUA 3SI6A 1HJRA 3OVNA 4AILC 3HP9A 4PWDA 4IFVA 1S6PA 4DU1A 1S1VA 4CIFA 3P5JA 3DLKA 3VQQA 1NJZA 4B9VA 4ELTA 3AO5A 2D5RA 3KLEA 3KK2A 1HQUA 3QNOA 2P5GA 1C1BA 3VQ4A 3AVKA 3K5OA 3UIQA 1KFDA 1IKYA 1EKEA 1JKHA 4FLVA 4N56A 1TV6A 2ZQBA 5HRRA 2B6AA 3SNNA 4OVLA 3OYHA 3NGIA 3D0PA 2KZMA 4NYNA 4CERA 3JYTA 4CIGA 3KD5E 3O4QA 4CHOA 4KHWA 2KTQA 1C1AA 4M3TA 4ELVA 1JXBA 3PUFA 3NH1A 1RILA 2IDOA 1YTAA 4FLZA 3V9UA 2XHBA 3QEVA 2XY5A 1X9MA 2G8WA 2FBVA 1SUQA 1UA1A 2IAJA 3HSTB 3LAKA 3QNNA 3V1RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I42A 1E3MA 3I8BA 1B9DA 1SAZA 5ADXH 2UU9K 2VQFK 2Z1HA 4CJFA 2ZGZA 2E2OA 3MN6A 4CEEA 5B8HA 1BA0A 1TGOA 5BR8K 1S5JA 4M3XA 3SQ4A 1BI4A 4OGEA 2QI2A 4JNEA 1BWFO 5AQPA 1HPMA 5K14A 4N47A 3MN7A 3SAFA 4RG8A 2ZJRL 3QEXA 1EO1A 3C6HA 3PV8A 1ASVA 1XHZA 4NXNK 1RGIA 1VSHA 1HMVA 4Z4GA 3AVJA 3MXMA 2RHKA 1X3MA 2DFHA 3VN5A 3ZSQA 3VF6A 2Q1NA 1NJIO 3C7NA 1BOTO 4JHDA 3AO1A 1HYSA 3TTCA 4HUFA 2YHBA 3V81A 5LMNK 1XMOK 2E8AA 5J2NA 4CBUA 2UUCK 3TAEA 4ILHA 1LAVA 1GLCG 5AQKA 1JLEA 3A5LC 3T1AA 2WONA 3EZ5A 2KFNA 2QWOA 2D0PA 4Z4CA 1A5VA 4CE9A 1XC9A 3ITHA 1JL1A 4FJMA 4B8AB 4FWLA 3HT3A 2YHXA 1YHQN 4IOXA 3WXLA 4CJEA 1W7AA 2F8SA 1HJOA 2QM1A 3CC7N 1KTQA 2G8IA 4LFCK 4IBNA 5HL7L 1RT4A 1TVRA 2EX3A 5IT9O 3TR8A 5JVHL 4NLCA 1IKVA 3UB5A 3O6WA 3THXB 4FK2A 4CJPA 1KD1O 1UAXA 5GAEP 1D4XA 3KJVA 2B5JA 4YNQA 1E4FT 1QQNA 1BGXT 3ZT0A 2ASPA 5GINA 3AY9A 4CFBA 4AQYK 4C8OA 3DOKA 4FZYA 4BR2A 3DI6A 4A5AA 4BACA 4BE0A 2VCPA 3PLAA 1GOBA 1MWMA 2ZM6K 4A57A 3A0IX 1WLJA 5EX5A 2FF3B 5LMUK 2P9SB 4Z4IA 3NF7A 4CD1A 1P8ZA 5JICA 3RRGA 4JI8K 3VEYA 4R5PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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