4CE9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ce9A00
1Y97A 1X9MA 5HRRA 4KHNA 1FKOA 2Z1IA 4Y1CA 1L5UA 4ELUA 4M3XA 1RBVA 3AVCA 4QCLA 4CJUA 4CFCA 1TVRA 4J2EA 3QEPA 2IDOA 4FZZA 4FYDA 1LAWA 1EKEA 2GV9A 1NJXA 5SWMA 3PX4A 2IS3A 3WNEA 3QETA 4CEDA 3L2RA 2XY5A 2KZMA 3VQ5A 4RW8A 1ZBLA 3KKRA 1TGOA 2AJQA 3K57A 1LAVA 2XO7A 1NK7A 3DLGA 3HT3A 4IFVA 3I0SA 4IG3A 1NK5A 1ZBHA 2Z1GA 1IH7A 1RBUA 4B9VA 4HUFA 1XHZA 3D0PA 3MXJA 3L2UA 4CFBA 1RT5A 1Z26A 4OGEA 1QSLA 1BQMA 2G8KA 4DFPA 3MXIA 2XY8A 1JLAA 3K58A 4J2BA 1XWLA 3NCIA 2DY4A 5I42A 2B6AA 1NKBA 1S1TA 2I5JA 4FXDA 3RTVA 2OA8A 3DLBA 1D5AA 3SUPA 1HYVA 1FK9A 4CCHA 3L2QA 3OYLA 3F73A 3RMBA 3D45A 3G10A 3PUFA 4CEFA 4CJFA 5I3UA 1HMVA 1BL3A 4FK2A 2HHSA 4CGGA 3ZCMA 1C0MA 1CZ9A 1UA1A 3DM2A 3LP1A 1C0TA 2X6NA 4F4KA 4CGJA 1WAJA 3MAQA 1U4BA 4UQGA 4DQQA 1RT2A 1S1WA 1B9FA 3ZT0A 4CHYA 4DSKA 3TABA 2XRIA 1TK0A 4LH5A 4JRPA 1SL0A 3C6TA 3OYBA 4DQIA 2ATQA 2KW4A 4FLYA 3VA3A 1RT3A 2G8HA 2QKKA 1N5YA 2QXFA 3KD5E 4J2AA 1X9WA 1T03A 1S5JA 3SCXA 1IKYA 3IAYA 3OJSA 2OPQA 1RDDA 3SV3A 4FLVA 1NKCA 1I3AA 1Q9XA 1VSMA 4CGHA 4F8RA 1KTQA 1NJYA 4KPYA 1HNIA 2Q3SA 4F2RA 4OVLA 3EYZA 3SPYA 4FM2A 1UOCA 1A5WA 1GOBA 2P1JA 4LY7A 4DTPA 1ASUA 3U3YA 1C6VA 3OY9A 3LWLA 4W5QA 4G1QA 4HVJA 3TAGA 4CERA 4OLBA 2KFNA 5HP1A 3RMDA 3ZSXA 3OS1A 3OYMA 3V81A 4FJ7A 3VQAA 3C95A 1WNSA 4CGDA 3H08A 3VQBA 1RTHA 4ID5A 4DSFA 4DF4A 2G8UA 4DQPA 5FDLA 4CFAA 3OYNA 4LSNA 1RT4A 2F8SA 1QTMA 2ETJA 4FJKA 2HVHA 2KZZA 4I9LA 5KRSA 2JLEA 5JS1A 1JL1A 5CZ2A 1S6PA 1SL2A 5HBMA 4ZHRA 4NYNA 3KLEA 4NCAA 2KQ2A 5JS2A 2PYJA 1HQUA 2IC3A 3NF9A 3AO2A 2DFHA 1S1VA 5CYMA 1RDBA 4CJRA 4N5SA 3THVA 1VSKA 4FLWA 2DTUA 1RT1A 3VQDA 3SUNA 4KTQA 2DFFA 2JGUA 3KTQA 4CJKA 4FK4A 3WNHA 1TKZA 1TAQA 4CECA 4M41A 2OPRA 4FJXA 1ZBIA 1BCMA 1C0UA 3NH2A 1KRPA 1X1PA 4CJTA 4F2SA 4K8XA 2FBVA 5CY4A 3QNNA 2F96A 4M3ZA 3NDKA 3VQCA 4DSLA 4E7HA 4FJ8A 4FJJA 3ZSQA 3L3VA 2OPSA 3AVKA 3LP3A 4WE1A 4OGCA 3PV8A 3QLHA 4B8AB 4DLEA 4FJIA 4E89A 3A2FA 2G8WA 3DYAA 4IDKA 1CLQA 3T1AA 3S3NA 1VK0A 4E19A 2HB5A 4M3YA 2E6LA 5KTQA 4KHYA 1QSYA 4CHOA 1BHLA 4FM0A 3AA2A 1SKRA 4C8LA 2HHUA 4GVMA 1KVBA 2YHBA 3NHGA 4KTZA 4JRQA 1XHXA 1W0HA 1RBSA 2HHVA 1RNHA 3ULDA 4DTRA 3VQ6A 2D0BA 3MECA 4CJPA 3ZT2A 4E0DA 3RMCA 4FJ5A 4MFBA 4OPKA 4B9TA 4CHPA 2OZSA 4E7LA 1LWFA 1JLCA 3KK2A 3DLKA 3DRRA 4Z4FA 2KFZA 3AVNA 4PA1A 4EZ9A 4KRFA 2HNZA 3AVBA 3RR7A 1TAUA 4OKKA 3NH0A 1TL3A 3AVHA 4CEBA 3KLGA 1U48A 2WOMA 2FBYA 1WSIA 1NJWA 1SKSA 3LDSA 4Z4HA 3NE6A 2X78A 4O44A 3L2WA 3RMAA 4BDYA 3PO5A 2E4LA 1LWCA 3AO3A 2E6MA 1EXQA 1WSEA 1U49A 1ITGA 4NYFA 1NK8A 1RTDA 3ZSYA 3VQQA 3SV4A 3V1OA 1HRHA 4CEZA 1BGXT 1G15A 1O1WA 4Z4IA 1C1CA 4DF8A 1LW0A 1LV5A 4DTMA 3ZSWA 3HJFA 1KLMA 1VRTA 1WSJA 3AV9A 5CYQA 3SUOA 1NJZA 1U04A 1IG9A 4AHTA 4CGIA 2YV0X 1TK8A 3QEIA 4B08A 1IKWA 4E7IA 4HCCA 1JKHA 3JYTA 1S9GA 3O4QA 3M8SA 3DLRA 4CJEA 3QEVA 3RRHA 2A1SA 3CQ8A 2XHBA 4FZXC 1CZBA 1Q9YA 3V4IA 2G8VA 1HYSA 5J2MA 3HYFA 3AVAA 2EHGA 4CF1A 4DU3A 1D9DA 4Z4GA 4RG8A 4RW7A 1KSPA 4N41A 2NUBA 4CIGA 3OYGA 3ZT1A 4CEQA 1EP4A 4C8MA 4CGFA 3OYFA 3AVLA 3KJVA 1RT6A 3MEEA 4DMNA 3PX6A 2HMIA 4FJNA 4DU4A 3K5OA 2RF2A 3DOLA 1HPZA 1JXBA 2HNYA 5K14A 4KV8A 1UAXA 3TI0A 2OZMA 2GBZA 3LPUA 4LSLA 5T7BA 1YVUA 3V9SA 1BIZA 5D3GA 1JLFA 1DTTA 1VSLA 4CEOA 4ZTFA 2D5RA 3SQ1A 3OYDA 3OYHA 4B9NA 5J2NA 2HHXA 3BGRA 3C6UA 3QEXA 1BISA 3HXMA 3NGZA 4EZ6A 4O4GA 3VA0A 2WONA 1RTJA 1TKXA 3KK3A 4W5NA 1N6QA 2OPPA 2Z1JA 4KO0A 3ZSOA 2PY5A 1Z25A 4KKOA 4E3SA 3NH1A 4CJ5A 1TKTA 3OYIA 3K5NA 3SZ2A 3OYKA 2FBXA 3TAEA 1K6YA 1XI1A 2QKBA 3HO1A 1B9DA 4OKEA 2HHTA 3TANA 3CM5A 3FFIA 2HVIA 4FZYA 4CESA 1A5XA 1KVCA 3ASMA 3CFPA 2VG7A 1NOYA 3OS2A 2B5JA 4O5BA 3QESA 4BE1A 3SNNA 2A1RA 2RN2A 3HP9A 1SKWA 4BWJA 1EETA 4RW6A 1LW2A 4KHQA 4OLAA 4IFYA 3ZSRA 1S1UA 3K5LA 1RBRA 3HPGA 2DFEA 4I2QA 5KI6A 2G8FA 3UIQA 1RILA 2RKIA 3SYZA 1L3VA 4B3OA 1DTQA 1HQEA 2ZQBA 4AHSA 3KD1E 3ZT3A 4L8RB 3VQ8A 1RTIA 4E7JA 1YTUA 4N47A 3LAMA 4IG0A 1I39A 2LSNA 4DTXA 4DLGA 4K8ZA 5FRMA 3TAMA 4ELTA 3TAPA 3RR8A 4C8OA 4HHTA 3IS9A 1QSSA 4I2PA 3QIPA 3NAEA 4AHCA 4H4OA 4KREA 1KLNA 3HM9A 4DG1A 4NCBA 5C25A 4CK3A 3T3FA 5J2QA 3TWHA 4BACA 4HUGA 1RDAA 4AHRA 4QAGA 3DRPA 4JS5A 3PY8A 1D8YA 2BGGA 3RWUA 1J5OA 3VQ9A 3HPHA 1A5VA 3HPOA 3OYJA 4CJ4A 5C24A 5HROA 4BDPA 3MEGA 3O4NA 4FLZA 3CG7A 1Q8IA 3LP2A 5EU7A 1WLJA 3SQ0A 4GW6A 4CJSA 1WSHA 4CHZA 3CYMA 3DMJA 3SJJA 2BANA 2RPIA 4KHSA 4QOZB 2F8TA 4W5TA 3QERA 4IBNA 5HRNA 4AHVA 5E41A 1BIUA 3SPZA 3TARA 4XIUA 3V1QA 4DTUA 4DSJA 3I0RA 3KK1A 4FJHA 4ELVA 1C1BA 2PZSA 4C8KA 1HYZA 3CFRA 4AILC 3DRSA 1FXXA 3OVNA 4FM1A 4Q0BA 3DOKA 3AVIA 4BDZA 4KI4A 4DSIA 1BI4A 2PYLA 1GOCA 2HHQA 3K5MA 4JS4A 1DLOA 1WN7A 1ZBFA 3P1GA 2XY6A 4GMJB 1L3TA 3BDPA 1T8EA 4FW2A 3QINA 4AHUA 1LWEA 2VG5A 1GOAA 1WAFA 4DFJA 4J2DA 1FKPA 4M42A 4BE0A 3V1RA 1J9AA 1VSDA 1QS4A 4FW1A 4LH4A 4FLUA 1NOZA 3VN5A 2GUIA 4FK0A 2R7YA 1VRUA 3V9UA 4FJLA 1RBTA 1R0AA 4RW4A 4OJRA 3QO9A 3ISNC 3HVTA 1IKVA 5KGXA 3K59A 1IO2A 1BI4B 5SZTA 3NFAA 1KVAA 1S1XA 4E1NA 1TKDA 1L3UA 4I9QA 4CHNA 1IKXA 2P51A 3L2VA 1B92A 3TAFA 4FJ9A 4B9UA 1JXEA 4FLTA 2D0CA 4CIFA 5J2PA 4FJGA 4OKJA 4OPJA 3VQPA 2VG6A 3LANA 1MU2A 1ASVA 4HCBA 4HTUA 3P5JA 4CE9A 4M3WA 1D9FA 1T7PA 4H4MA 4O0IA 5C42A 3V6DA 5KRTA 4ID1A 3SQ4A 4KHUA 3KIOA 5DMRA 1JLBA 3HL8A 1RT7A 1BCOA 1JLGA 1NK0A 2OYQA 4M3TA 4CJLA 2YKNA 2X74A 1JL2A 4NCGA 3IRXA 3S9HA 1S9EA 3VQEA 2YNGA 3VQ4A 4DU1A 2Z1HA 1RCHA 4PY5A 2YKMA 3JSMA 3QEWA 4DTNA 2HW3A 2IOCA 3NBPA 1QQCA 1SUQA 4M45A 5HRPA 1EX4A 4MQ3A 1ZYQA 3G0ZA 4B8CA 3DLEA 4KB0A 3SUQA 1TK5A 3NF6A 1NK6A 2P5OA 3ZSVA 3AA4A 1REVA 4EP4A 4DWIA 4KB1A 5J1EA 3SQ2A 4PUOA 1QE1A 4CJWA 1UA0A 1F21A 3NF8A 3O3HA 3U6FA 3S3OA 4IKFA 2YNFA 3OJUA 4KI6A 3L8BA 1CXQA 4JLHA 3LPTA 1TL1A 4O0JA 4Z0UA 4N76A 4BWMA 1WSGA 4CJQA 3QNOA 3F9KA 4ICLA 1C1AA 3ITHA 3KLIA 3V9WA 4CF2A 4CEEA 1KFDA 4C8NA 1VSEA 3M8QA 4KTWA 2G8IA 2KTQA 1JLQA 2YHAA 3AVJA 1JLEA 2FC0A 2ZE2A 3K2PA 4DTJA 2Y1IA 3AA5X 3EZ5A 4W5OA 1U47A 1WSFA 2YNHA 3B6OA 4O55A 1BQNA 3KKSA 4Y1DA 5DK5A 2FBTA 3WNFA 4W5RA 3OYCA 3KLFA 2D0AA 2VWJA 1NK4A 1NKEA 1UWBA 3LWMA 4CK2A 2HHWA 4FLXA 4DTSA 3KLHA 3P83D 3QIOA 4F3OA 4R5PA 3NGYA 3C94A 1CXUA 3AO1A 4CFDA 4CK1A 4B9SA 3E01A 1TV6A 1VSIA 2YNIA 2ITGA 5HRSA 3ALYA 3SI6A 2QK9A 3V9ZA 5FROA 4PWDA 3HP6A 3NGIA 4DFKA 2O4GA 3DI6A 2X6SA 2HNDA 1T05A 1QHTA 3AVGA 3WNGA 4CEAA 3LALA 1J53A 4FJMA 1U45A 3L3UA 4ZTJA 4KFBA 4Z4CA 1HJRA 4CHQA 2VWKA 4CJ3A 1KCFA 4DSEA 2XY7A 3O3FA 5FRNA 1SL1A 4Q5VA 3EY1A 4DQRA 3MEDA 3T19A 3CM6A 4TSXA 4H8KA 4DTOA 2B4JA 5CZ1A 4Z4EA 4DFMA 1YT3A 4YFUA 3M8RA 3RRGA 5KGWA 1VSJA 3V9XA 4KHWA 1NK9A 3AA3A 4DS5A 3DLHA 3M8PA 4FVMA 4CJVA 4CIEA 4AH9A 2BE2A 3AO5A 1SV5A 3U3GA 3O3GA 3VQ7A 3OYAA 4HUEA 3IG1A 4FCYA 4M3UA 2IAJA 4N56A 3LP0A 3AO4A 4DS4A 5HLFA 1W9HA 3PX0A 1L3SA 4B9MA 4KAZA 3PO4A 1RDCA 3OYEA 4YNQA 1S6QA 2ZD1A 4F3TA 4RW9A 4LD0A 3AVFA 2BDPA 1ASWA 3OS0A 2IGIA 1J54A 1HNVA 1VSFA 1ZBUA 3I8DA 2W42A 3LZJA 4CF9A 4E7KA 4I7FA 3LAKA 4DQSA 1X9SA 3HK2A 4B9LA 3TAQA 4CF8A 4M3RA 3HVRA 3LZIA 3B6PA 3CFOA 3S3MA 4EP5A 4E1MA 3NF7A 4CF0A 1YTAA 1VSHA 2P5GA 3TR8A 4BE2A 4PQUA 3ZT4A 3ZSZA 2Y1JA 2O4IA 1XC9A 2EX3A 1KFSA 3AVMA 3MXMA 3HSTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BTFA 1L5UA 4LFAK 3TU5A 3QEPA 4DV1K 5SWMA 3PX4A 2A40A 3QETA 3L2RA 3KKRA 2ZJQL 1LAVA 1NK7A 3CF5L 3TSUA 4IFVA 3I0SA 1NK5A 3E9OA 4CZGA 4WYBA 4B9VA 1H1VA 1XHZA 4MLHA 2ASPA 3UKUA 1TYQA 4H5WA 5GAEP 3MXIA 3K58A 2E2NA 3O5BA 1XWLA 3NCIA 5E26A 2NRZA 4BRIA 4BY9C 3CETA 2JWLA 4IOCL 2NNWA 3C7NB 3D45A 5I3UA 1BL3A 4FK2A 3ZCMA 1C0MA 5AQQA 3VEYA 5MLCQ 3MAQA 1J5EK 1S1WA 4M63C 4JKBA 2UUCK 1IBLK 3H46O 5FPDA 1FW6A 4DQIA 4WQ4A 2J4RA 3J81O 2G8HA 2QXFA 4O8UA 3KD5E 4CZFA 4FPBA 1S5JA 3IAYA 2OPQA 1WUAA 1I3AA 3CCJN 5F0XA 4FM2A 1WB9A 1A5WA 1GOBA 3TAGA 4CERA 3VENA 3ZSXA 5BR8K 3OYMA 4CGDA 4O5FA 4ID5A 2QWRA 4A59A 1QTMA 2ETJA 2HVHA 4I9LA 1EWRA 2CGLA 3AY9A 1Y64A 4FWPA 5M1FA 2ASOA 4ZHRA 3KLEA 4R79A 1HQUA 2IC3A 2DFHA 3R1XA 5CYMA 4XH5A 3W0LA 3THVA 4DR6K 2KLAA 2JGUA 3VTHA 2QEXN 5AQUA 1GLJO 1NM1A 1BO5O 4M41A 1ZBIA 4CZKA 3QNNA 4PL8A 3VQCA 4FJJA 2Q97A 1QZ6A 2OPSA 3AVKA 2O8BA 4U67L 4NLBA 3EZWA 4EAHD 4H5VA 3S3NA 3A5MC 1BHLA 1KVBA 5FLXO 3H3NO 4JK7A 1XHXA 2HHVA 1RNHA 3SMPA 3ZT2A 4E0DA 2HF4A 2O8BB 4CHPA 2OZSA 4E7LA 1LWFA 3DLKA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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