4CEAA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceaA00
1RCHA 3AVHA 4EZ6A 2XY6A 4B9TA 2RPIA 4FJGA 5E41A 1Q8IA 3TARA 2KTQA 4KTZA 1TL3A 4HVJA 1TVRA 1NK6A 4C8MA 4W5QA 2BDPA 3EZ5A 4DQPA 4DQIA 4KPYA 3AVIA 3HSTB 3K5MA 4QCLA 2HHSA 1JL1A 1U47A 4L8RB 1GOBA 3AVJA 1BIUA 1S1UA 1WSIA 3C94A 1DTQA 4BACA 4Y1CA 4DQSA 4CJ4A 4PQUA 5HLFA 1TV6A 3DMJA 1IKXA 2D0CA 5J2MA 1KLNA 4CJSA 1W0HA 5HBMA 3SQ1A 4ZTFA 4M3ZA 3UIQA 3OJUA 4F8RA 2YNHA 1VSEA 2XY5A 3QEVA 4M3WA 2R7YA 1CZ9A 5FDLA 4Z4IA 1JLQA 1RBUA 4CERA 4Q5VA 3WNFA 3L2VA 3O4NA 1SL0A 5CY4A 4CFDA 1LWEA 3TAFA 3WNEA 4DF8A 4DTNA 4CIFA 4DFKA 4Q0BA 3QO9A 5DK5A 4HUGA 1QSYA 3OVNA 1IKVA 4FM0A 3NCIA 1S6QA 3MAQA 3SPZA 3ZSVA 1T03A 1KVAA 1TKTA 1S9GA 3AO4A 3CFOA 4B8AB 4HUEA 2XY7A 1ZBIA 1EXQA 3VQ5A 4FJ8A 3C6UA 4FJHA 3BDPA 1YVUA 1VSDA 3P83D 4CEFA 1WLJA 1GOCA 4CEAA 4CJ3A 5KRSA 3B6PA 4E7JA 2Y1IA 1TK5A 3G10A 4FK2A 1NK4A 3VQQA 4I9QA 1ZYQA 3B6OA 1NJXA 5SZTA 5FRMA 4CEDA 1UAXA 3SZ2A 4BDPA 4BDZA 1BI4B 4FCYA 4M3XA 5FRNA 3E01A 1IG9A 1YT3A 4O0JA 5CYQA 3RMAA 3HXMA 1SKWA 1RT2A 5FROA 3L2QA 1HYSA 3MEDA 3TAQA 1HMVA 3TAGA 2HNDA 3KLHA 3LAMA 4KRFA 4CJFA 4CIGA 2XO7A 3AVCA 1RT7A 4FM1A 1WSJA 1KVBA 3SI6A 1NJWA 2HHTA 3VA0A 3LWLA 1KCFA 4RG8A 1KSPA 2P1JA 2QXFA 4IFYA 1QSLA 2KFNA 1BCMA 4RW9A 3KLIA 3K5OA 1IH7A 3K57A 3U3YA 3I0RA 3ZT2A 1TKXA 4DF4A 1VSFA 3OYMA 1ASUA 1JLEA 3MEGA 4J2EA 5D3GA 3S3OA 4Y1DA 3ZSQA 4CGIA 1X1PA 3SNNA 1NK9A 2LSNA 4DTSA 2DFEA 3S3MA 3MECA 2QKKA 1NKCA 4DQQA 2YNIA 1CZBA 3V1QA 2QKBA 1L3SA 1QQCA 3LP3A 4KB1A 1B9FA 2E4LA 4J2DA 3VQ7A 4B3OA 1Z25A 3DM2A 1IKYA 1Q9YA 4AHCA 2G8WA 1T05A 3ALYA 1NJYA 4DU3A 5I3UA 2HB5A 3CM5A 3SQ0A 4KHUA 3L8BA 2KW4A 4E89A 2Y1JA 1I39A 3NGZA 2PY5A 1T7PA 1YTUA 3NF6A 3NH2A 1IO2A 2P51A 4F2RA 1RDCA 2VG5A 4I9LA 4CF2A 3VQAA 1S5JA 3LP0A 3O3FA 2JLEA 3QLHA 4CK3A 2A1RA 2PZSA 4AHRA 1WAJA 3V6DA 1DTTA 1A5VA 4MFBA 1LWCA 4IG0A 1ZBHA 4FVMA 3HK2A 4ELVA 2IC3A 4GMJB 3HP6A 4RW7A 5HRNA 4CCHA 4CHPA 2Z1IA 4FJXA 3TABA 3NF8A 2FBYA 4DFPA 1VSHA 2O4GA 3RMCA 1RT3A 4H4OA 4J2BA 4DG1A 3NDKA 5KTQA 3MXMA 3HP9A 1WSHA 4O44A 1ZBFA 4OKJA 3AA5X 4HTUA 4FLYA 1ASVA 2Z1JA 3V4IA 2BGGA 1RNHA 4J2AA 1RDAA 3O3HA 1WSEA 4FJ5A 3OYEA 4N47A 3VQDA 3L2RA 1QE1A 4DTJA 1RTHA 2IOCA 4GW6A 3VQEA 2X74A 3OY9A 4OVLA 3CFRA 2W42A 2VG6A 3M8RA 4DTMA 1J53A 3AVFA 1XHXA 1TK0A 4JRPA 4YNQA 3NGYA 1EP4A 1NK7A 1RBRA 2HNZA 1TL1A 4M3YA 1Q9XA 3AA2A 3MXJA 3JSMA 4BE2A 1NKBA 4NYNA 1S9EA 2O4IA 4LSNA 3ZT1A 3OJSA 4IKFA 4DTUA 2DY4A 2G8KA 3PY8A 4F3OA 1TGOA 4H8KA 3AA4A 3OYDA 1X9MA 4E7LA 2JGUA 3KTQA 3I0SA 2KZMA 3CYMA 3KIOA 1VK0A 1VRTA 1WSGA 4I2PA 3QIPA 4Z4CA 3OYNA 1KFDA 3V9XA 4ZTJA 4HCCA 4M3UA 4OLAA 3OYHA 5CZ2A 5J2QA 1KLMA 3PUFA 1HJRA 4LH5A 4MQ3A 4LD0A 3OYBA 3ZT3A 2OYQA 4BDYA 1UA0A 3SUOA 3DLKA 4IG3A 4AHTA 3DOKA 3AO2A 3VQ8A 1RILA 4UQGA 4B9VA 2HVHA 1C1AA 4XIUA 4BE0A 4CJEA 1O1WA 2YKMA 2HHUA 4PA1A 3RRHA 4FJJA 4EP5A 1SL1A 4DLGA 1RT1A 4FJNA 5KRTA 5I42A 1SKRA 4KTWA 3ZSRA 3ITHA 3JYTA 4DSKA 5HRRA 4E1MA 1TKDA 2RN2A 4DS4A 4AHSA 4ID5A 3LAKA 3SQ2A 1L3TA 3C95A 4BE1A 1S1XA 3U3GA 2FBVA 3KJVA 1WAFA 3KKSA 5SWMA 3T3FA 4CEZA 3CQ8A 3RMDA 4FXDA 2P5OA 4CJTA 3OYAA 1TAQA 3LDSA 1U48A 1LAWA 4KAZA 3AVNA 2G8VA 4KHNA 3P5JA 3AVMA 4G1QA 4B8CA 4CFCA 1Y97A 2GBZA 4W5RA 5J2PA 2HHQA 4FLWA 3KD1E 5JS2A 3L2UA 2D5RA 4B08A 3U6FA 1RTDA 3LWMA 1JXEA 4LH4A 4CK1A 1C0MA 4IBNA 2DFFA 2EHGA 2I5JA 5J2NA 4FJ9A 3D45A 1LW2A 3QEPA 3V1OA 1HNIA 1A5XA 1XC9A 5CYMA 2ETJA 4M3RA 3O3GA 2YHAA 3F73A 2OPRA 4B9SA 4KHWA 1F21A 4M42A 4Z4EA 1JKHA 2HW3A 2GV9A 3PX0A 1XWLA 1U04A 3EY1A 3DLBA 4FJIA 3SV3A 4FLZA 1J54A 3DLGA 1J9AA 1SKSA 2IS3A 4CEOA 3ASMA 1J5OA 4PY5A 2DTUA 1HQUA 4KO0A 4FJLA 4N76A 4W5NA 4Z4GA 4Z4FA 1C0UA 3QIOA 2B5JA 4ID1A 1EETA 4NCAA 3HJFA 3SPYA 4KI6A 4C8NA 4FJKA 4O4GA 1YTAA 3AO3A 4B9UA 2IGIA 1FKPA 1CLQA 4CHZA 3HYFA 1ITGA 1JLAA 3NF9A 3DLHA 2BANA 4AILC 4B9NA 2YNFA 4DLEA 4CGHA 3KK2A 3RTVA 3QNOA 5JS1A 1BCOA 5KGWA 3NH1A 3TANA 1XHZA 4CJKA 4ZHRA 4PWDA 1SV5A 4FLXA 4DSLA 1BQNA 2ZQBA 3SUNA 3LZJA 4K8XA 3HPOA 4OJRA 4CEQA 4E7KA 3KLEA 3HT3A 4CJWA 3IAYA 4CJVA 4KI4A 3VQBA 1D5AA 1BI4A 1IKWA 5C25A 4YFUA 2G8UA 2QK9A 2FBXA 2XY8A 1U45A 1QSSA 2VWJA 1CXUA 1D9FA 3L2WA 3QEWA 1SUQA 4M3TA 3SUPA 3TR8A 1QS4A 1Z26A 4CK2A 2HHWA 4N5SA 2D0AA 2FBTA 1RDBA 3LP1A 3PV8A 5DMRA 1XI1A 1RTJA 4ELTA 4PUOA 1LWFA 3KLFA 3L3UA 5KI6A 3ZCMA 4EP4A 1JLBA 4K8ZA 1LW0A 1RT5A 3ZSZA 4AHVA 3OS1A 1WSFA 1G15A 4RW8A 3AO5A 3T19A 4B9MA 4W5OA 3KLGA 3RWUA 3AO1A 4TSXA 4FLTA 3V9UA 2RKIA 2B6AA 3NE6A 3KK3A 3QINA 2G8HA 4CJPA 3DOLA 3DRPA 4CIEA 4CHQA 3OYJA 3V81A 3VQ4A 1KTQA 4DTRA 3PX6A 1X9SA 2IDOA 4NCBA 3EYZA 2AJQA 2BE2A 1SL2A 4NCGA 3O4QA 4CF1A 1C1CA 4OPJA 1TAUA 2Z1GA 3V1RA 1VSJA 1NJZA 3WNGA 3LZIA 1RDDA 1JXBA 3KKRA 4KKOA 1NK8A 2OZMA 4FJ7A 1NK5A 4KHYA 2ATQA 3VQ6A 3LALA 3VA3A 1RBVA 3DLEA 3THVA 4CHNA 1D8YA 4ELUA 3V9SA 2PYJA 4E3SA 1HPZA 4KHQA 1K6YA 4WE1A 3T1AA 3AVBA 3TAPA 4DFJA 2KZZA 2X78A 3K59A 4CFAA 4DFMA 2OZSA 5HROA 4JRQA 1QTMA 1BHLA 4ICLA 2X6SA 3DLRA 1A5WA 1W9HA 4CF0A 4JS4A 4HUFA 1VSKA 1RBTA 3ZT0A 3PO4A 1FXXA 4HCBA 2HVIA 1BL3A 4FZXC 4I2QA 2YHBA 3K5NA 2F96A 2YKNA 3LANA 4RW4A 3VQCA 1RT6A 3SJJA 2OPSA 1S1TA 4DSIA 1KVCA 4HHTA 4CJUA 1U4BA 3AVKA 3VQPA 3PO5A 1N5YA 4CEEA 1NOYA 4FJMA 1CXQA 1NKEA 5CZ1A 3S9HA 1BGXT 1HQEA 3DYAA 5C42A 3QEXA 1HYZA 4DTOA 1C6VA 2RF2A 2B4JA 3IG1A 3OYGA 4EZ9A 3IRXA 4CECA 2A1SA 3LP2A 3QERA 4FLUA 5HP1A 5HRPA 3AVLA 1WN7A 2D0BA 1BIZA 5EU7A 3OYLA 3NF7A 1JLCA 4CHOA 4FM2A 3M8QA 3MXIA 2XHBA 3K2PA 1KRPA 1LV5A 2HNYA 4OPKA 3I8DA 1LAVA 1T8EA 4FW1A 3K5LA 4M41A 3VQ9A 4AH9A 3DRRA 3CFPA 1VSMA 3M8PA 3L3VA 1FKOA 2P5GA 4DQRA 4C8KA 2F8TA 1NK0A 1EKEA 2Z1HA 4KREA 4I7FA 4H4MA 3BGRA 2FC0A 4OKEA 4OGCA 3D0PA 1L3UA 4OKKA 3C6TA 3CG7A 3HVTA 3AVGA 4DU4A 1RBSA 1UWBA 2IAJA 2NUBA 2ZD1A 3AV9A 3CM6A 4CGDA 4CJQA 1DLOA 3ZT4A 1MU2A 1EX4A 3SUQA 3OYKA 4KFBA 1VSIA 3ULDA 3QESA 1S1WA 3S3NA 1R0AA 2DFHA 2YNGA 3DRSA 3WNHA 3ISNC 1FK9A 1I3AA 3OS2A 1UA1A 4JS5A 4JLHA 2KQ2A 2EX3A 3SYZA 4LSLA 3NFAA 4O5BA 1ASWA 3H08A 3SV4A 3TI0A 3RR8A 4CHYA 2OPQA 3OYFA 4DU1A 1B92A 4DTXA 2VWKA 4FW2A 4CE9A 2HMIA 4AHUA 4FK4A 4FYDA 3M8SA 4FZZA 2WONA 3LPUA 4CGGA 2E6MA 1RT4A 1S1VA 4KTQA 1BQMA 3KK1A 4DSFA 4KV8A 4DMNA 4IFVA 3RRGA 1JL2A 1C1BA 3QETA 2PYLA 4C8LA 1L5UA 3QEIA 2VG7A 4CESA 2F8SA 4E19A 4BWJA 3ZSOA 3G0ZA 3K58A 2ITGA 4KB0A 1B9DA 1HNVA 4DTPA 3QNNA 4IDKA 2OPPA 3LPTA 4Z0UA 2XRIA 3HPHA 3VN5A 4BWMA 4CJ5A 5T7BA 4W5TA 1QHTA 4QOZB 4Z4HA 4CF9A 4GVMA 1X9WA 2G8IA 4E0DA 5KGXA 2OA8A 3HPGA 2KFZA 4E7HA 4O55A 1JLGA 3OS0A 3FFIA 3V9WA 2YV0X 3TAMA 3ZSXA 3SCXA 1HYVA 3PX4A 3TAEA 1L3VA 1RTIA 1WNSA 4FZYA 3OYIA 2Q3SA 4NYFA 3MEEA 4DSJA 4CF8A 3AVAA 4F3TA 2WOMA 3NH0A 3RMBA 1D9DA 4CJLA 1TK8A 1BISA 3HL8A 3HVRA 3ZSYA 3NHGA 4F4KA 1N6QA 4E7IA 4CGFA 3HM9A 1KFSA 4CJRA 4DS5A 4OLBA 1TKZA 3DI6A 4FK0A 4KHSA 3A2FA 3AA3A 4CEBA 4CFBA 3IS9A 2HHVA 3KD5E 1VRUA 4LY7A 4FLVA 1HRHA 4OGEA 4QAGA 3SQ4A 4R5PA 4O0IA 3RR7A 3NGIA 1NOZA 2X6NA 5HRSA 1C0TA 2ZE2A 3NBPA 4M45A 3NAEA 3V9ZA 4E1NA 4F2SA 2G8FA 1REVA 3TWHA 4CGJA 4C8OA 3P1GA 2HHXA 4N56A 1S6PA 4B9LA 4DWIA 1ZBUA 3F9KA 1ZBLA 1JLFA 2GUIA 3OYCA 4DSEA 1GOAA 3HO1A 5K14A 1U49A 5J1EA 1VSLA 5C24A 4RW6A 1UOCA 4N41A 2E6LA 3ZSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RCHA 4EZ6A 2GX9A 1TL3A 4XH4A 1NK6A 4DQPA 4NO7A 4YOUA 3EZ5A 3HSTB 2HHSA 4V19S 5BR9A 4DV0K 4BACA 1T6DA 3SK3A 3T1HK 4Y0WA 5DM6L 4BGAA 5HBMA 4ZTFA 3OJUA 2CGLA 3H3NO 2XY5A 3PSFA 4M3WA 1CZ9A 1BO5O 4K42A 3L2VA 1LWEA 3WNEA 4BR4A 3ENBA 4MO5A 4DFKA 3QO9A 1RGIA 2EWSA 2NRWA 4FM0A 1S6QA 3ZSVA 4M7YA 1YAGA 1TKTA 1S9GA 3CFOA 2O8FA 1ESVA 3VQ5A 2P9SB 3E66A 1YVUA 1VSDA 4CEFA 1VQ7N 3VQQA 4BR0A 4I9QA 4WQ5A 1ZYQA 1NJXA 3FZMA 3UKUB 2GWJA 4FCYA 3E01A 1IG9A 3J7AP 4O8KA 1HYSA 3MEDA 3TAQA 3EE8A 2E1YA 1NJWA 4DV3K 3GE1A 4RG8A 1KSPA 2P1JA 4A61A 4RW9A 3U3YA 3LDOA 3OBWA 3WQUA 4J2EA 3S3OA 4Y1DA 4CGIA 1X1PA 2LSNA 3S3MA 4DQQA 4CJ7A 3LDLA 3V1QA 3FFKB 2D0OA 3A5LC 4J2DA 2FSJA 3DM2A 3FZFA 2QWOA 1Q9YA 1S72N 4DU3A 5I3UA 2RHKA 4KHUA 3L8BA 4BC4A 5AQMA 1T7PA 3NF6A 3NH2A 5AQNA 5AFUH 2VG5A 2A1RA 2PZSA 1WAJA 3V6DA 3HK2A 4ELVA 4A62A 2O8BB 3WXLA 4YOYA 1VSHA 2O4GA 4H4OA 3MXMA 1WSHA 4OKJA 2P9UB 2BGGA 5HOOA 1ASVA 2Z1JA 1RNHA 3CCRN 1GLFO 3THYA 1M90O 4GW6A 4BRQA 1WBBA 3EO3A 1KAYA 2W42A 3AVFA 4JI6K 4BG8A 4BROA 5M1KA 1J5EK 5C2FA 1RBRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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