4CEBA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cebA00
1SL2A 4C8OA 3ZSZA 2JLEA 4CFAA 1HRHA 4CF0A 1IKWA 1KVBA 4O0JA 1UOCA 1KTQA 3OYCA 5J2MA 3HVRA 3CFOA 2Y1IA 3PO5A 3V9XA 3O3FA 4HUGA 4FJLA 2ITGA 3DRPA 4DLGA 2Z1HA 1RT2A 1NKCA 2G8HA 2HMIA 4CGGA 4DTRA 4W5NA 4NYFA 4PY5A 3AVIA 3DOKA 1VSDA 1JLEA 3MEGA 5KGXA 4FJGA 2IS3A 4CF1A 1BCMA 1S1UA 3M8RA 1R0AA 4QCLA 5KTQA 3DLEA 1XHZA 3VQEA 4CF8A 3I8DA 1C1AA 3CM5A 4I7FA 1BL3A 2Z1GA 1VK0A 1K6YA 4CGJA 1RBSA 3CFPA 3D0PA 4TSXA 3VA0A 4I9LA 4DSKA 5T7BA 4NCBA 1KLNA 3QESA 4OPJA 1SL1A 1IKVA 4BDZA 4BE2A 3OY9A 3AA5X 4E19A 3CFRA 3WNEA 4CECA 4CHZA 4DTUA 1TKXA 3SV3A 3NF7A 1W9HA 4FXDA 2JGUA 1B9FA 4N56A 4W5RA 3OYBA 4FJMA 3M8QA 1RBUA 4DTJA 3OYLA 4W5TA 3ZSVA 4KI6A 4FK4A 4E1NA 3ZCMA 1HNIA 4O55A 3B6OA 4N5SA 1ZBUA 4DG1A 3LAMA 3NH2A 1JKHA 4AHCA 1DTTA 3OYAA 2W42A 1WLJA 5C42A 1F21A 2YKNA 3OYFA 3NE6A 3OYJA 2D5RA 1C0UA 2B6AA 4Z4EA 1B9DA 3KLFA 3BGRA 2YNFA 2VWJA 3BDPA 1ZBLA 3C6UA 1KRPA 4B8AB 3TAFA 1C1CA 2Z1IA 2XY5A 3PX4A 2DFFA 3PO4A 4HCBA 1SL0A 4L8RB 3AVBA 4O44A 1NJWA 4Z4GA 1RDDA 4HCCA 4F4KA 4FK2A 1NKEA 1NK7A 1WSHA 3O3GA 2KTQA 4RW6A 3AA3A 4W5QA 5JS1A 3AA2A 3JYTA 4I2PA 2BGGA 3KJVA 2WONA 4MFBA 4FLVA 4CEOA 3HO1A 1D8YA 2FBVA 3HT3A 1O1WA 3DLBA 1RDBA 4ELTA 2O4GA 5D3GA 3HPOA 2HVHA 3VQ6A 4CJEA 1LAWA 1NK5A 4BDPA 4HUFA 1UA1A 3SQ0A 2X78A 3HPGA 2XO7A 4CJ3A 3MAQA 4M3WA 5JS2A 4DF4A 1ZYQA 1QTMA 1A5VA 3C6TA 4OLBA 2IDOA 4Z4HA 5CYMA 3TWHA 3WNFA 4CFDA 4W5OA 4RW8A 3LDSA 5K14A 4DF8A 5C25A 3V1OA 5E41A 3AVFA 3PUFA 4FJ8A 1IKXA 4IBNA 1ASWA 3JSMA 1VSEA 1BCOA 2X6SA 4C8LA 2QKBA 3OYHA 1GOCA 1YTUA 4F3TA 1U48A 1Q8IA 3KK2A 2G8KA 4JRPA 4RW4A 1W0HA 3QNNA 3DLHA 4CJRA 3ZT1A 4OGCA 4DQIA 3AVLA 4DSFA 4CEAA 5SZTA 1BIUA 1XI1A 4FYDA 3KTQA 1XC9A 4NCAA 4B9SA 4ELVA 3ISNC 4F8RA 4DFJA 1TKDA 1UAXA 2FBYA 3CYMA 1HYSA 3K5LA 1ZBFA 1C6VA 1FXXA 3ITHA 2XHBA 3AO3A 3SQ4A 1L3UA 4B9NA 2HNYA 1TAQA 1WNSA 1RDCA 1WAJA 3K5OA 1TV6A 4FLYA 2PY5A 2HHQA 3L2QA 4FLWA 2A1SA 3SI6A 2HVIA 1JXBA 3OYDA 3QEWA 3HP9A 4CEEA 1DTQA 1EX4A 4CHQA 1CXQA 3P1GA 3VQAA 1NK6A 2YNHA 4KRFA 2OYQA 3V9WA 3LWLA 3QIOA 3AO5A 3VA3A 1RDAA 3NGZA 4BWJA 4FM0A 4KB0A 4K8ZA 1S1WA 3NBPA 3ZSXA 4DU4A 3U3YA 3P5JA 4DSLA 4RW7A 3TAMA 4B8CA 2P5OA 2ATQA 1BQNA 3C95A 3KKSA 4KHNA 2O4IA 2IOCA 1YTAA 2IC3A 3FFIA 1HMVA 2G8VA 4Z4IA 1BI4A 3M8PA 1RNHA 2DY4A 4FLTA 4FJ7A 4PUOA 4E7IA 4PWDA 2ZQBA 4NCGA 4CGFA 4HTUA 1VSKA 3SZ2A 1LW0A 4IFVA 2XY8A 3RMDA 2YKMA 1NK8A 3G10A 4FW2A 3RRGA 3KLIA 1WSIA 4FJ9A 3HJFA 1RT5A 3KK3A 4C8MA 3OJSA 1RTDA 1RT3A 2F8SA 3V81A 5KRSA 1ZBHA 1UA0A 4CCHA 3ZT2A 1RBTA 2YNIA 3HVTA 4CJWA 1IKYA 3B6PA 1RBRA 3PV8A 4FZYA 2BANA 5KRTA 3DMJA 4LH4A 3O4NA 4N76A 3C94A 4HUEA 1S9EA 3SQ1A 4CEZA 1KFSA 3ALYA 4E7LA 2QK9A 1S6QA 4OLAA 3IG1A 3O3HA 2VG6A 1A5WA 3I0RA 3U3GA 4CGIA 3EZ5A 4OGEA 3LPTA 1D9DA 4DQQA 4KHWA 5FDLA 4AHSA 1RT1A 4LSLA 5SWMA 3L2UA 4Y1CA 3NHGA 4KHYA 3HPHA 4F3OA 1RT4A 1Q9XA 1IG9A 1JLGA 4BWMA 1JXEA 4B08A 2QXFA 1QSLA 3OS2A 5I42A 3OYEA 2IGIA 3TAGA 3RR8A 1VSIA 2RN2A 2RKIA 2VG7A 3QETA 1LWEA 4KAZA 2KZMA 3D45A 4E0DA 2Z1JA 4KKOA 1JL2A 3VQBA 4DTMA 4DTSA 2PZSA 1GOAA 5CZ1A 2B4JA 4CIGA 4CHOA 4H4OA 4ZHRA 1KSPA 1FKOA 1VSFA 1T05A 1HYVA 3DI6A 1TK5A 1B92A 2E4LA 2E6MA 3K2PA 4M41A 4M3RA 3IRXA 3TR8A 3M8SA 1RCHA 1C0TA 3S3NA 4DSEA 4BE1A 3S3OA 4E1MA 4EP4A 4FM2A 2XRIA 1VSMA 2E6LA 4OJRA 2OPQA 4QAGA 4CJKA 2Y1JA 3MECA 3V6DA 4F2SA 1QE1A 1BQMA 1HJRA 4I9QA 3K57A 3KLEA 5HRRA 3V9ZA 3RWUA 3MEDA 4GW6A 3LZJA 1X9MA 2OZSA 1SV5A 1LW2A 3VQ9A 2HNZA 1BI4B 1D5AA 1WSGA 5CYQA 4Z0UA 4DFMA 1NJZA 4CJUA 1BHLA 4DFKA 1JLQA 4ICLA 2VWKA 4M3UA 1LV5A 1FK9A 3SPYA 4FZXC 3AO4A 3VQ4A 1BGXT 1J53A 3VQDA 1JLAA 3VQCA 3SJJA 3MXIA 3TAQA 3SQ2A 2NUBA 1IO2A 3HM9A 4CHPA 4B3OA 4CEBA 1QS4A 2HNDA 3ZSOA 3RMBA 4B9VA 4CF9A 4CJLA 1XHXA 3VQQA 1QSSA 4RG8A 3IS9A 4DTNA 4FK0A 2RF2A 2HHVA 4CERA 3P83D 3NF9A 2BDPA 2HHTA 3KLGA 4H8KA 3QEVA 1N6QA 4RW9A 3VQ7A 3AVHA 2I5JA 4N47A 3QO9A 2B5JA 2ZD1A 3QEXA 4CJ4A 4B9LA 1JLBA 4KFBA 4KHSA 2HB5A 1VRTA 4CJQA 2D0BA 3AVGA 1S9GA 3T3FA 3SUPA 5HRPA 3LP3A 3F73A 3HK2A 1IH7A 2VG5A 2X74A 3VQ5A 1VSLA 3SV4A 5J2QA 1T7PA 4M3TA 1TVRA 4ID1A 3ZSYA 1TK8A 2PYJA 3QINA 4O0IA 4CGHA 3KLHA 3AO2A 3EYZA 3TABA 1HNVA 4B9MA 4DTXA 2HHWA 3NF8A 4IFYA 4CJSA 1D9FA 1RTHA 5FROA 4CK3A 2D0CA 1ITGA 1C0MA 2YHAA 1S1TA 3V1QA 4OKJA 4E3SA 4LH5A 1NOYA 2YHBA 4O5BA 5HLFA 3NGIA 3AVMA 1HQUA 2OPRA 1VSHA 4DU1A 3TAEA 4NYNA 5HRNA 1QSYA 4BE0A 2PYLA 1VRUA 3RMAA 1MU2A 4DQSA 4Z4FA 1NJXA 3DLGA 3ZT0A 3ZSQA 3V9UA 1NKBA 4AHVA 5FRNA 2BE2A 2FBXA 4CJPA 4EZ9A 4CIFA 1A5XA 3ZSRA 4FJ5A 3LP1A 4CFBA 2EHGA 5HROA 3HYFA 5KI6A 1NJYA 3T19A 1L5UA 3VN5A 4JLHA 4KHUA 1KCFA 3DRRA 3TAPA 1L3SA 2KFZA 1U04A 2DTUA 4J2EA 4JRQA 4M3XA 4FVMA 1Z26A 4E7JA 3NF6A 4ZTFA 4Q5VA 4CIEA 3L2RA 3AVJA 3DYAA 4M3YA 1TGOA 4DWIA 1L3VA 1KLMA 3CM6A 3LANA 4CF2A 4DFPA 4DQRA 1CZBA 3DM2A 4AHUA 4CHNA 3TI0A 4IKFA 3G0ZA 3ULDA 3LWMA 3S3MA 2HW3A 1I3AA 4KO0A 2OA8A 4OVLA 4FM1A 3HL8A 3KD1E 4DSIA 3MXMA 4M42A 2GUIA 3OS1A 4CE9A 4CK1A 1RT7A 3RMCA 3DLKA 4YFUA 4FCYA 4KB1A 1KVCA 1LAVA 3MXJA 4MQ3A 2D0AA 4CEQA 3K5MA 3ZT3A 1EXQA 3LP2A 1LWCA 2KZZA 4LD0A 1CXUA 2ETJA 1J9AA 4OPKA 4CESA 4DMNA 4XIUA 4KI4A 4JS4A 1TKTA 1U45A 3OYNA 5J2PA 3AVCA 1TAUA 1EETA 1WAFA 3L3VA 4E7KA 4YNQA 1UWBA 3OYIA 1RBVA 3NH0A 5DMRA 5C24A 2G8FA 3A2FA 2Q3SA 4CGDA 1NOZA 3U6FA 4ZTJA 1GOBA 1S1XA 3AVNA 3OYGA 2F8TA 2OZMA 4FJJA 4GVMA 1NK0A 3PY8A 4KTWA 1S6PA 2P5GA 2KW4A 1Z25A 2KFNA 5J2NA 4PA1A 4FLUA 4JS5A 4DSJA 2DFHA 2X6NA 4IG3A 2OPSA 3THVA 3KD5E 1S1VA 2A1RA 3SUOA 4DTOA 1QQCA 2QKKA 1DLOA 1ZBIA 3NH1A 1X9SA 5HBMA 3HP6A 1HPZA 1RILA 3VQ8A 1YT3A 3OYKA 3ZT4A 1WSJA 1RT6A 2P51A 3QLHA 1HQEA 4HVJA 1KFDA 5I3UA 4EZ6A 3LP0A 2P1JA 5CZ2A 1JL1A 4UQGA 4DLEA 4DTPA 2HHUA 3HXMA 4AHRA 1KVAA 4FJHA 1CZ9A 2AJQA 3KIOA 3NCIA 4FZZA 1TL3A 3AVAA 4KTZA 1RTJA 3H08A 3SNNA 3RR7A 2XY7A 4KV8A 1WSEA 3HSTB 4FJNA 4Q0BA 1I39A 2R7YA 3SCXA 3TARA 1N5YA 2YNGA 3T1AA 3RRHA 1SKSA 3PX6A 5HRSA 4K8XA 4J2AA 1U47A 3L2WA 4KHQA 1ASVA 3L2VA 3I0SA 4AH9A 1EP4A 2G8UA 1Q9YA 1S5JA 2F96A 3NAEA 2HHSA 5CY4A 4BACA 4CJFA 2GBZA 1TK0A 3QEIA 1X1PA 3ZSWA 4ID5A 3SUNA 2G8WA 4FJIA 3K5NA 2EX3A 3O4QA 3NDKA 1RTIA 4IDKA 1SKWA 4ELUA 1SKRA 1WN7A 1SUQA 4IG0A 4CK2A 3LZIA 3V9SA 1U49A 1T8EA 1FKPA 3AA4A 1X9WA 1LWFA 1WSFA 2WOMA 3E01A 1NK9A 4DS5A 4CHYA 5FRMA 2HHXA 3MEEA 4KPYA 1YVUA 4AHTA 4FLXA 4OKKA 4DS4A 4O4GA 4CJTA 3DLRA 2G8IA 3SPZA 3KKRA 4LY7A 1HYZA 3OYMA 3AO1A 1QHTA 3CG7A 4Y1DA 3QIPA 5DK5A 4CJVA 1L3TA 1TKZA 2IAJA 2ZE2A 3AVKA 3S9HA 4J2BA 1BISA 3QNOA 4N41A 3OVNA 4E89A 4CEDA 2GV9A 4CJ5A 3K59A 4M45A 4H4MA 3V1RA 3CQ8A 4FJKA 1BIZA 4M3ZA 4PQUA 1CLQA 3PX0A 2FC0A 2KQ2A 2DFEA 1TL1A 1J5OA 4B9TA 1JLCA 3VQPA 1XWLA 3EY1A 1ASUA 4R5PA 3K58A 1T03A 3DOLA 4B9UA 4FW1A 3LPUA 3RTVA 4C8KA 1JLFA 4CFCA 2FBTA 4J2DA 1U4BA 4CEFA 4FLZA 3SYZA 2XY6A 4C8NA 4OKEA 1Y97A 4FJXA 4BDYA 4KTQA 3NFAA 3ASMA 3DRSA 3OJUA 3WNHA 3LAKA 4Z4CA 3L3UA 3WNGA 5KGWA 3OS0A 1G15A 4WE1A 3TANA 3KK1A 4DQPA 3AV9A 4F2RA 3L8BA 1EKEA 4LSNA 1C1BA 4GMJB 3F9KA 4HHTA 3V4IA 3QERA 4I2QA 1REVA 3QEPA 5J1EA 3IAYA 4KREA 5HP1A 4AILC 2LSNA 4G1QA 4DU3A 3SUQA 2RPIA 2YV0X 4E7HA 3UIQA 3LALA 3NGYA 1NK4A 5EU7A 1VSJA 2OPPA 4QOZB 1J54A 4EP5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SL2A 3TSPA 3ZSZA 1OH7A 4O0JA 3TTDA 5J2MA 3VMFB 1XC3A 2Y1IA 2GEMA 2WBNA 3THXB 1RGIA 3O3FA 4AM7A 4DLGA 2G8HA 2A41A 4H0VB 4CGGA 5AQVA 4DTRA 1Q82O 3O9QA 4PY5A 3DOKA 4NLCA 4H0OA 1JLEA 3GE1A 1Y64A 5AQHA 4FJGA 3M8RA 2FSKA 1EWRA 4QCLA 2P9NA 5KTQA 4CF8A 3I8DA 4I7FA 3VEZA 1K6YA 3D0PA 4TSXA 3T7ZA 4XH5A 1TYQA 3IKMA 1KLNA 3MCPA 3AA5X 4E19A 3WNEA 4CHZA 3DXMB 3NF7A 1FW6A 4FXDA 4YDUC 1E4GT 2PAVA 3G25A 1JCEA 3OYLA 4PKIA 4BRFA 5E84A 3CC2N 3THWA 4DV6K 4CBWA 4LF4K 1WLJA 2YKNA 1YJWN 4LFBK 4AQYK 2D5RA 4YOVA 4XEIA 4B9QA 2E5LK 4BVOA 3BDPA 4B8AB 4HCBA 1C1CA 2XY5A 3PO4A 4WQ5C 1VQMN 5E26A 3O4WA 1DT9A 3D2FB 4O5FA 3JYTA 4I2PA 4JKAA 4FLVA 4MFBA 4LF6K 1RDBA 3HPOA 1Q7YO 2HVHA 3VQ6A 1NK5A 1LAWA 3HOSA 1WB9A 4CJ3A 3K9JA 3AY9A 3MCAB 4Z4HA 4FL9A 4UY8O 5AFUA 5C0YA 3AVFA 4JI6K 3CC4N 3CCQN 2W6KA 1IKXA 1ASWA 3JSMA 5TKWA 1NGFA 2QKBA 1YTUA 2A40A 2E2PA 4RW4A 3ATUA 4BGAA 2O8EA 4OGCA 3M5RA 5SZTA 1BIUA 3J7ZO 2FBYA 1C6VA 3SQ4A 1YJNN 1L3UA 3H1VX 1TAQA 3K5OA 4H5TA 2HVIA 1JXBA 3CHWA 4CEEA 1DTQA 1YHQN 1CXQA 4FWMA 3VQAA 2V51B 3LWLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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