4CECA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cecA00
3ZSWA 3VQQA 1C1CA 4N56A 3ZSQA 3NBPA 4CESA 1D5AA 1RBRA 4CF2A 2G8IA 4B8CA 2GV9A 5KRSA 4AHRA 3RTVA 4Y1CA 1WSJA 4CJPA 1NOYA 2ATQA 2BGGA 2RN2A 4DS4A 5HROA 2ETJA 1ZYQA 3OYEA 3HL8A 3O4NA 3P83D 4BE1A 2IC3A 4FJNA 3KKRA 4F2RA 4C8MA 1VK0A 4CIEA 4CHYA 5HRRA 4DS5A 2D5RA 1BI4A 4KFBA 2O4GA 1QE1A 2JLEA 3KK3A 2XHBA 3OYKA 2EHGA 1IH7A 1U04A 3QIOA 1T05A 4PUOA 4M3WA 3K2PA 1D9FA 4CK3A 1J5OA 4EP5A 3LZJA 3DRSA 4DG1A 4IFYA 4KHQA 4IFVA 4KHYA 5HRPA 3OYNA 3RMBA 3S3OA 4CGHA 1NK6A 4OGCA 3OS0A 4FK0A 3ZSVA 1TKTA 4CHNA 1BIUA 1WSGA 1K6YA 1VRUA 4H8KA 4TSXA 3ZSXA 4DTRA 4FJKA 1JXBA 1RCHA 2E6LA 4CJQA 1RDAA 4CIGA 1B92A 3SQ4A 1NK7A 1QHTA 3K5LA 3S3MA 4FJIA 1Z25A 4IBNA 4CEOA 1EP4A 1Y97A 3C6TA 2RPIA 1RTHA 1LW2A 2D0AA 1FKOA 2XO7A 3TAFA 3VQEA 3M8PA 1QS4A 3NF9A 2HHSA 3U6FA 3OJUA 1CZBA 3NH1A 3VQDA 2KQ2A 2VWKA 4KHSA 4KHNA 2X6SA 4DTOA 1TL1A 4KTWA 2HHXA 4QAGA 3EZ5A 4DQIA 3MXMA 1UA1A 1S1XA 1IO2A 1Q8IA 3AVCA 4K8ZA 3HK2A 3HPGA 2IDOA 3D45A 4AHSA 3O3GA 4CGFA 1BHLA 4CGIA 1RTIA 3QLHA 4M41A 3VQBA 3VQ5A 3TAPA 3EYZA 2OZMA 2HHWA 4FZZA 3RMDA 1HRHA 1D9DA 2I5JA 3SUNA 3V9SA 4OPKA 3DLRA 3DLKA 1VSIA 1HNVA 3CM6A 2YNGA 1DTTA 2YHAA 3PUFA 2GBZA 1YT3A 2D0CA 1VSFA 3AVHA 1QQCA 4LH5A 4CF1A 4DF4A 3V6DA 3RR8A 2KFZA 3LWMA 4DSFA 3TI0A 1NKBA 2G8KA 4ZHRA 1RBTA 1KFSA 4J2AA 4CECA 3OS2A 4N76A 1TAQA 3LANA 1U45A 4FXDA 1WSFA 4BDZA 4FLTA 4DTXA 4M3TA 5DK5A 1U4BA 1MU2A 4CJWA 4CK1A 1S5JA 2HNDA 4C8KA 3HP6A 1BCOA 4RW6A 4LY7A 4CJKA 3M8RA 2IGIA 4IDKA 3QEXA 4DQSA 3ZSYA 1NK4A 4DFPA 3NFAA 1O1WA 3CFPA 3U3YA 2PY5A 4FM2A 1CLQA 2HVIA 3K5NA 4GMJB 2DY4A 4JS5A 3NAEA 4DQQA 4OJRA 4B9SA 4CJTA 1BI4B 3VQ8A 4CERA 4DTPA 2BE2A 4DFKA 2OA8A 2Z1HA 3OY9A 3HXMA 1DTQA 2KZMA 4HTUA 4M3ZA 4FYDA 1L5UA 3LP1A 1SKWA 4H4MA 4FJGA 1UA0A 3SPZA 3NCIA 2RKIA 3AO1A 2FBYA 3AO3A 3DRPA 3NF7A 4B9MA 4DSIA 3MXIA 3D0PA 3WNGA 3UIQA 2P51A 1HNIA 3NF8A 1CXUA 2XRIA 4E1NA 3OYIA 2OZSA 4Z4FA 3HO1A 3LDSA 1VRTA 3OYLA 1WSHA 3OYDA 1KRPA 4B9NA 4FLUA 1HPZA 4CJEA 1YTAA 4KKOA 4F4KA 4O55A 2O4IA 4FVMA 4CEBA 2LSNA 4KB1A 1S1TA 4B9UA 1J53A 1JLFA 1KVBA 2OPRA 3E01A 4AHUA 4CJRA 4FCYA 3LAMA 3ULDA 1X1PA 1NOZA 3CQ8A 4DTUA 3DRRA 3PV8A 4I7FA 2B4JA 3SCXA 1IG9A 4LSLA 1RT4A 1L3UA 1Q9YA 4KTQA 1RDDA 2OPQA 1RBVA 4OLBA 4HUFA 3DLEA 1RDCA 3LAKA 3QEVA 3TARA 1NJYA 1T7PA 3K58A 1KLMA 2HW3A 3KLHA 4FLVA 4Z4HA 3QEIA 3T3FA 3ZT0A 3RR7A 3SYZA 2YNIA 4ELVA 3QNOA 2DFEA 2F8TA 4CEAA 4CCHA 3OJSA 3TR8A 2G8UA 4Z4IA 2ZE2A 4HUGA 1GOCA 3MXJA 1ZBHA 3AVBA 4CJSA 3KK2A 4PWDA 1LAWA 1X9WA 1S1UA 3KJVA 2Y1JA 1SL1A 1S6PA 1GOBA 4QCLA 4JRPA 3RRHA 3SUPA 3QIPA 3ZT4A 3DLHA 3V1RA 4L8RB 4DSEA 3CM5A 3HVTA 3LP2A 3KD1E 2VG5A 1C1BA 4FW1A 3AO2A 3HYFA 3P5JA 4E89A 5HRNA 4DTNA 3L3VA 4FW2A 4JS4A 2NUBA 3NGYA 4BDPA 1WLJA 3SZ2A 1VSKA 4CJFA 4MFBA 1JLCA 3NF6A 4ZTJA 4W5RA 4CHPA 4W5NA 1BIZA 3C6UA 3SJJA 1NK0A 4CEFA 4M3UA 3V4IA 3L2UA 3V9UA 2Q3SA 4O4GA 3DLGA 1HQUA 4DSKA 3AVLA 3NE6A 4GVMA 2A1SA 3SUOA 2HVHA 1Q9XA 3O4QA 2W42A 3ZSRA 4KRFA 4DSJA 3SUQA 3CG7A 4KI6A 1YTUA 3AVMA 3JYTA 2B5JA 3KK1A 3LP0A 4RW4A 4NCGA 3VN5A 1WAJA 2Z1GA 3TABA 4K8XA 1BL3A 1TGOA 3OYHA 1LWEA 3QEPA 4F3TA 4FK2A 4RW8A 5C42A 4H4OA 4EZ6A 4J2DA 3KLFA 1RT2A 3EY1A 4I9LA 4Z0UA 5HLFA 3V9WA 2WOMA 1S6QA 1NKCA 4LSNA 1HJRA 4OLAA 1RT6A 2QXFA 4OKJA 3TAQA 1TAUA 2G8VA 4B08A 1BGXT 3TANA 2HHUA 2JGUA 1S9GA 3OYMA 2QKKA 5FDLA 4R5PA 3S9HA 3ZT3A 5CYQA 4CF9A 1C6VA 1CZ9A 3SV3A 1UWBA 4E7HA 4B9TA 1ASWA 4O0IA 2XY6A 1T03A 1LW0A 2OPPA 4N5SA 4FLYA 3RMCA 1EKEA 1W9HA 1YVUA 3SPYA 3M8SA 4FJ8A 3AO5A 2P1JA 1G15A 4EP4A 3QERA 3VQPA 4PY5A 2HB5A 2IOCA 4CEQA 1FK9A 3ALYA 1LV5A 1RT5A 4AHVA 4AHTA 2G8WA 3FFIA 3MECA 2KW4A 3VQ9A 3QEWA 3DI6A 4M3RA 3TAGA 2XY5A 4CE9A 1BQMA 1JL2A 3F9KA 3VA0A 4CEEA 1DLOA 1ITGA 2P5GA 3LPTA 4AH9A 3NH2A 3SQ2A 1C1AA 1WSIA 3KLGA 3OYGA 3IG1A 4N47A 4FK4A 4DSLA 1UAXA 4O0JA 4Y1DA 4CJ3A 5I42A 2X6NA 3ZT2A 5KI6A 3SQ1A 1TV6A 3AA2A 3BDPA 1WSEA 3L8BA 4CGJA 3HM9A 2Z1IA 4AHCA 4W5QA 3OYAA 1BISA 3QESA 1VSDA 2E4LA 5CZ1A 4C8OA 3KLIA 1ZBFA 3OVNA 4J2EA 2FC0A 3A2FA 5CYMA 4CK2A 1X9MA 4I2PA 3RRGA 1A5WA 4GW6A 1IKYA 4PA1A 4E1MA 3AV9A 3I0RA 4BDYA 2E6MA 2ZQBA 3AVNA 4M3YA 1FXXA 3HP9A 3SQ0A 4FM1A 2VG6A 4CFBA 3PY8A 3HJFA 4HVJA 3TAMA 3H08A 1J54A 3AVGA 3VQCA 4CFDA 4DLEA 5J2QA 1JLAA 4DF8A 4KB0A 4E7JA 4CHQA 2BDPA 3HPHA 4ICLA 3U3GA 3AA4A 4ELTA 1TVRA 1KFDA 1GOAA 4Q5VA 4ELUA 3AVAA 4KHWA 2PYLA 4M3XA 4B9VA 2QK9A 5T7BA 3DOKA 5HBMA 3PX4A 4ZTFA 1IKVA 3ASMA 3LP3A 5SZTA 4CJLA 3V9XA 4DU3A 1KTQA 2F96A 1D8YA 1N5YA 1RTJA 1CXQA 5E41A 3VQ7A 2KTQA 3C94A 3AVFA 1NK9A 3KIOA 2KZZA 3THVA 2YV0X 4NYNA 3PX0A 4FJ7A 2GUIA 5C24A 3T19A 5J1EA 2DTUA 1KVAA 3C95A 2HHQA 3QINA 4FJMA 1S1VA 4CGDA 2P5OA 4EZ9A 4DU1A 1TK0A 1KVCA 3L2VA 4KTZA 3TWHA 4E7LA 4F8RA 1TKZA 4KPYA 2HHVA 1HMVA 3OYBA 4CFCA 2R7YA 4B3OA 3M8QA 1KCFA 4OVLA 1VSEA 4FZXC 1QTMA 3VQ4A 3WNFA 4DTMA 5FRMA 1SKRA 2EX3A 4OKEA 1L3SA 2VWJA 1JLBA 5C25A 3HVRA 1EXQA 4E3SA 4MQ3A 4RW9A 4Q0BA 3NH0A 3WNHA 2D0BA 1R0AA 3ZSZA 3S3NA 4NCBA 1RNHA 1LAVA 3QO9A 1JL1A 3L2QA 5J2PA 4KV8A 1I39A 2X74A 2Z1JA 3V81A 3G0ZA 4E0DA 4FJXA 3DLBA 1HQEA 1JLEA 2YNFA 3CFOA 3HSTB 5FROA 3P1GA 4RG8A 3SV4A 4KREA 3MEGA 4ID1A 3I0SA 2ITGA 5KGWA 4N41A 4YNQA 4BE0A 1VSLA 1LWCA 3LZIA 1QSLA 1VSJA 3MAQA 3PO5A 1RT1A 1ASVA 1S9EA 1TKXA 3AVJA 3T1AA 1B9DA 1JXEA 1LWFA 1UOCA 2G8FA 3AVKA 3B6PA 1W0HA 1XI1A 2HNZA 3AVIA 5SWMA 4AILC 4FJJA 2WONA 2FBTA 3VA3A 4DTSA 4M42A 4QOZB 3ZSOA 4E7IA 1A5XA 4FLXA 1TK5A 4HCBA 1A5VA 2YKNA 3DYAA 3NDKA 1RBSA 5J2NA 4CHOA 4E19A 5JS1A 1IKWA 5JS2A 4DLGA 1HYVA 2IS3A 3LWLA 3RMAA 2DFFA 2X78A 1ZBLA 4F2SA 1NK5A 4XIUA 4WE1A 3ITHA 5D3GA 3WNEA 1SV5A 4DU4A 4BWJA 1KSPA 4BE2A 2F8SA 1JKHA 3OS1A 3LALA 3O3FA 4DFMA 5J2MA 2G8HA 2AJQA 4Z4GA 4O44A 4FJHA 3O3HA 2OPSA 4IG0A 2HNYA 1N6QA 3MEEA 5KTQA 3OYJA 5FRNA 2A1RA 4IKFA 1TK8A 2IAJA 4KHUA 1U49A 2FBXA 3L2WA 4CJUA 3SI6A 1C0UA 5KRTA 3VQAA 1BCMA 1BQNA 1JLQA 4J2BA 1RILA 2XY7A 3MEDA 4JRQA 1TKDA 1RTDA 4DWIA 3L2RA 4CGGA 3I8DA 3HT3A 4M45A 1TL3A 3ISNC 3K59A 1XHZA 1SL0A 4HHTA 4CJ5A 5CZ2A 3DMJA 1VSHA 5K14A 3IRXA 1B9FA 3G10A 1SKSA 3AA5X 3IS9A 4RW7A 3ZT1A 4YFUA 1QSSA 2PZSA 3CFRA 4HUEA 4KI4A 4NYFA 2Y1IA 1KLNA 4FZYA 2HHTA 2DFHA 1L3VA 4F3OA 5DMRA 4OPJA 1HYSA 4DQPA 3RWUA 5HP1A 1IKXA 1WNSA 2VG7A 4CEDA 2QKBA 1ZBUA 4BACA 5KGXA 4KAZA 1S1WA 5I3UA 3V1OA 1NJWA 3SNNA 4B8AB 3NGIA 1RT3A 3TAEA 1C0MA 3B6OA 2XY8A 3DOLA 4Z4CA 4G1QA 3AO4A 2FBVA 3V9ZA 4FJLA 2OYQA 4CF0A 3QNNA 2YNHA 3JSMA 3KLEA 4LH4A 3K5OA 4HCCA 4OKKA 1RT7A 1JLGA 1XWLA 5EU7A 3OYFA 4DTJA 1NKEA 4I2QA 3PO4A 3KKSA 4JLHA 2B6AA 4UQGA 1NJXA 2HMIA 3V1QA 4W5OA 3IAYA 4LD0A 4CF8A 1SL2A 1QSYA 3KD5E 4OGEA 3K5MA 1L3TA 1ZBIA 4CJVA 4IG3A 4E7KA 1U47A 1NJZA 1J9AA 4DFJA 1VSMA 2BANA 1F21A 1Z26A 2YKMA 4FJ9A 3QETA 4FM0A 4FJ5A 4CIFA 1RDBA 4CFAA 4DMNA 1RBUA 3NGZA 3K57A 1EX4A 3LPUA 3NHGA 3PX6A 3DM2A 1WAFA 4CJ4A 5HRSA 4B9LA 3HPOA 4I9QA 3BGRA 4DQRA 2PYJA 3CYMA 2YHBA 4BWMA 3VQ6A 4NCAA 4O5BA 1C0TA 3ZCMA 3L3UA 4CHZA 1XHXA 4KO0A 2RF2A 4C8LA 1SUQA 1EETA 1HYZA 1NK8A 4W5TA 1X9SA 2ZD1A 2KFNA 4C8NA 1WN7A 3KTQA 3AA3A 1FKPA 4ID5A 3F73A 4FLZA 5CY4A 3OYCA 4CEZA 4PQUA 1ASUA 1T8EA 1U48A 1I3AA 4FLWA 4Z4EA 1REVA 1XC9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DUYK 3ZSWA 3VQQA 1HNWK 3E1YA 2VQEK 1YXQA 2PBDA 4DB3A 5M1PA 2G8IA 2GV9A 4DV1K 3N4QA 2YHYA 4BRQA 1NOYA 4CJPA 2ATQA 2BGGA 1NGCA 1P90A 4H0XB 3J7ZO 3G4SN 2A6AA 2CH6A 5HRRA 4DS5A 2D5RA 4HTLA 3H46O 4KFBA 3SAFA 1IH7A 3QIOA 4BC4A 4PUOA 4M3WA 3CCRN 4IFYA 4IFVA 3OYNA 1H1VA 5LJWA 4FK0A 1NWKA 1VRUA 2NRZA 3ZSXA 2BTFA 1RCHA 3UB5A 4CZIA 4BRLA 3SQ4A 4OLAA 5BN8A 5FPEA 5AQYA 1Y64A 3B8AX 1EP4A 4EIAA 1RTHA 2D4WA 1QZ6A 4H0YB 3TAFA 3NF9A 1CZBA 3EEQA 2VWKA 4DTOA 1HKBA 3FZFA 3MWPA 4DQIA 2YHXA 3R1XA 4K8ZA 1UA1A 1Q8IA 3AVCA 3VTIA 4AHSA 2IDOA 2VGNA 3O3GA 4CGFA 2OZMA 1ATNA 3VQ5A 3TAPA 4DCHA 2NZTA 3V9SA 4BREA 1R59O 1HNVA 5E84A 1DTTA 2GBZA 2I7PA 4ILJA 2D0CA 4O8KA 3RR8A 2KFZA 1CZAN 1IV0A 3R9PA 2UXCK 3OS2A 1U2VA 3FFKB 5FPMA 3D7EO 4CK1A 4C8KA 4DSIA 3M8RA 4LY7A 3QEXA 2FXUA 2IGIA 2VYPA 4JI4K 1BA1A 1NK4A 4X65K 1D4XA 2PY5A 2FSNA 4FM2A 5JICA 4GMJB 3NAEA 2W40A 5IT9O 3VQ8A 4B3MK 2OA8A 3HXMA 5C10A 2V51B 1EO1A 5BN9A 1HKGA 4BC3A 4H4MA 1N33K 3NCIA 2RKIA 3NF7A 1E3MA 2NRRA 3NF8A 4E1NA 4Z4FA 5M1NA 3OYDA 4JK9A 1YTAA 4F4KA 4FVMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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