4CECA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cecA00
1GOAA 2FC0A 5HRNA 4CJ3A 3VQCA 1JL2A 3ZSRA 3HYFA 1JLBA 3VQDA 3SNNA 2ATQA 2FBXA 1R0AA 2FBTA 4DS5A 4FK2A 3K5MA 3FFIA 1BHLA 1SKSA 1RBSA 2HVHA 4E7KA 2G8VA 1BIZA 2D0CA 4AHRA 1TGOA 4CEAA 2IAJA 3LAMA 3L2UA 3KLIA 3V81A 5K14A 3OYDA 4CK3A 1TKDA 1BGXT 1J9AA 2VG7A 4DTRA 3WNEA 3AO3A 4E7LA 1D9FA 1NJXA 4KHSA 1HNIA 3CG7A 4E3SA 1YTUA 2IC3A 4CJ4A 4PQUA 4CJRA 1TK8A 4KTWA 4FZXC 1RTIA 3SUOA 4H4OA 3NF6A 4DTOA 1NJZA 4NYNA 2HHQA 4CECA 1VRTA 2IOCA 1I3AA 1LW0A 3VQEA 4C8OA 4CFBA 4CFCA 4KHUA 3AA2A 4QOZB 1RNHA 1B9FA 4CIGA 1TL3A 4IG3A 4CIEA 1O1WA 3RMCA 3QNOA 4IDKA 4B9VA 1LWEA 1TKTA 3K2PA 3V9ZA 3SUPA 2YKNA 3LP2A 4CGDA 4CJVA 4KI6A 4FJGA 4DU1A 1EX4A 1KSPA 3HSTB 1IKWA 3AA4A 3O4QA 2P51A 3RWUA 3TAGA 2DFEA 2AJQA 1DTTA 4CJPA 2HW3A 4I9LA 4CEOA 2Z1HA 4RW7A 1BISA 2E4LA 4Z0UA 4KV8A 3L3VA 1WSEA 2GUIA 4GW6A 4CEFA 3K59A 1JLAA 1EKEA 1S1VA 2BDPA 1TK0A 4DQRA 2P5OA 3DLEA 3OYCA 4DLGA 3VQPA 4KB1A 4KTZA 4XIUA 1DLOA 2GV9A 3CM5A 1UA1A 4Z4EA 1XHZA 4Z4FA 3ZT4A 5KTQA 3QLHA 4CJSA 1RBTA 3LZIA 3KD1E 4FJHA 1CXQA 2O4GA 4LH4A 1C1AA 4RW9A 1A5VA 3PX0A 1KFDA 3S3MA 1L3SA 1WSGA 3LP0A 3TWHA 4BACA 1NKEA 1BQMA 2KFNA 4B08A 1YT3A 2XY5A 3V4IA 3TI0A 1U04A 3PO5A 1CZ9A 4YFUA 3M8RA 1UA0A 4BDPA 1TL1A 1T7PA 4WE1A 4UQGA 4C8NA 4KHNA 4N5SA 3SUQA 1SKRA 5HRSA 4E7IA 4CJKA 3M8PA 2R7YA 1C1BA 1QSLA 2VWKA 4OLBA 1RT5A 2RPIA 2B4JA 4FLWA 1S6PA 3OYAA 3DLRA 1ZBHA 3F9KA 1RDDA 3NFAA 2OA8A 2B6AA 4AHSA 4FYDA 2KFZA 4CEZA 2HHWA 1BIUA 2X78A 2HNYA 4H4MA 3AVFA 1QSSA 2QK9A 4FLVA 3ZSZA 4FK0A 3PY8A 3TANA 3NF7A 2X6SA 1I39A 3L2WA 4LSNA 1U47A 3AA3A 1SUQA 3QIPA 1S1WA 5I3UA 4FM2A 1U49A 3VQ4A 4B3OA 2DY4A 1FKPA 3QEVA 2X6NA 4N41A 3HPOA 4FJNA 1RDAA 5CY4A 4FJJA 1ZBIA 4M45A 3CFPA 3LWLA 1FXXA 4HUFA 4JLHA 4FJ9A 2ZQBA 1WAJA 4CJ5A 4KAZA 3DLHA 3L2VA 3AVKA 3SV3A 1SV5A 4CGGA 3TR8A 4FCYA 2OPRA 3QIOA 4CE9A 3V6DA 1IO2A 3A2FA 4O4GA 3T1AA 3ZSWA 3I0SA 4IKFA 4DFPA 1F21A 4CEDA 2VWJA 3M8QA 4ELUA 3V1QA 3LP1A 4FVMA 1YVUA 4DS4A 4Q0BA 4FLUA 1HPZA 1RT1A 5J2QA 3MEEA 3ZSXA 3C95A 3QEPA 3O4NA 4FM0A 4CK1A 1X9MA 2BE2A 1CXUA 2E6LA 4LSLA 4OKEA 2ZD1A 4IG0A 5SWMA 4O44A 3DMJA 1KVCA 2RF2A 3RTVA 3C6UA 1L5UA 4M3YA 3PUFA 2QKBA 1HJRA 2OPSA 1WSFA 4ID5A 4M3XA 1RILA 2X74A 3ALYA 1MU2A 1XI1A 4W5QA 1EP4A 4KI4A 3OYHA 4ID1A 1C0TA 4DF8A 4W5TA 3D0PA 5HP1A 4CJTA 4DTNA 1IKXA 3AA5X 2HHUA 4KKOA 5KGWA 3RMBA 3QESA 1XC9A 1NK4A 1D9DA 4FJXA 2A1RA 4B9TA 4IFVA 4J2EA 3SCXA 2HMIA 2Q3SA 3SZ2A 1U48A 1ZBFA 3AO4A 4JS5A 2OPQA 4E7JA 1X9WA 1Q9YA 3VQ8A 3I0RA 1RCHA 2XY8A 1WSHA 4JRQA 3QETA 4DTJA 2XY7A 4CEBA 3KK2A 3SPYA 2YV0X 4FW1A 4DMNA 3T19A 4GVMA 1G15A 2HB5A 4OJRA 4DSLA 1DTQA 3AVJA 3VA3A 4O0JA 4CGHA 1TKZA 3B6OA 4QCLA 2PY5A 1HQEA 3PO4A 4ICLA 1KVBA 4DSJA 3CYMA 3IAYA 5DMRA 1SL1A 1KCFA 1QQCA 1U45A 1T03A 2DTUA 1RT4A 3HPGA 3U3YA 1HRHA 2I5JA 4GMJB 4KO0A 4PUOA 3MEGA 4OPKA 1X9SA 4BDYA 5J2NA 2EX3A 2WONA 4RW4A 1LV5A 2G8HA 4M42A 3IG1A 1TAQA 1TKXA 4B9LA 4CIFA 3CQ8A 4IFYA 2DFHA 4OGEA 5HRPA 3MEDA 4KTQA 1KVAA 3RMDA 3S9HA 3SV4A 2G8WA 2FBYA 3RR8A 4DQQA 4NCAA 4RG8A 1VSJA 3SJJA 2IDOA 1SL2A 3OYBA 1U4BA 4G1QA 1FK9A 4DTXA 1ITGA 3VQAA 1D8YA 2YNHA 3NF8A 2HHTA 3VQQA 4CF9A 2XY6A 1JLQA 1XHXA 4CJFA 3MXMA 4K8XA 3HL8A 1RBUA 3ZT3A 4CK2A 1JLEA 3AVNA 3MXJA 4CFAA 4FLZA 2A1SA 5EU7A 3M8SA 4HHTA 4TSXA 3NDKA 3SYZA 1RDBA 2G8FA 3OYGA 4C8MA 1RDCA 3ZT1A 4JS4A 3WNGA 5C24A 1UAXA 3TAEA 2YHBA 4ELTA 4EZ9A 3AVGA 1VRUA 1BQNA 1Y97A 4W5RA 3OS0A 3C6TA 4KHYA 1X1PA 5KI6A 4OVLA 3U3GA 3O3HA 4DTMA 3KD5E 4KHQA 3NF9A 1VSLA 3SI6A 5FROA 5E41A 4KB0A 3O3GA 4LH5A 4DU3A 3EY1A 2PYJA 3VN5A 4DWIA 2HHVA 4Y1DA 5C42A 4M3RA 3LWMA 5JS1A 4DSEA 3HK2A 2DFFA 4HUGA 4OKJA 1CLQA 3IS9A 3WNFA 3SUNA 3DI6A 1NK7A 1WN7A 2O4IA 4LY7A 1GOBA 1S1TA 4ZTJA 4W5NA 2HNDA 4AHTA 2XO7A 2RN2A 3VA0A 3VQ5A 2PZSA 2KW4A 4N47A 4BWJA 1RTJA 1VSIA 2GBZA 4CJLA 4EP4A 1NOYA 4J2BA 1W9HA 2LSNA 1YTAA 3LP3A 4I2PA 4Z4GA 3AO1A 4RW8A 1EXQA 5CZ1A 4HUEA 4E7HA 2Y1JA 2F8SA 3KKRA 4DG1A 4CHNA 4DQSA 3I8DA 1QSYA 1B9DA 3OJUA 1S6QA 4HCCA 3QEWA 3HP6A 2OZMA 1A5WA 4FM1A 3PX6A 2W42A 4K8ZA 3ITHA 1BL3A 3VQBA 4CHOA 3ZSOA 4E1NA 3LANA 2IGIA 1UOCA 4DSKA 5J2PA 2G8KA 3V9UA 1IKYA 4IBNA 2VG6A 1KFSA 2OYQA 1RT6A 3V9SA 1TVRA 2XHBA 3ZCMA 5J2MA 4DSIA 3V1OA 4CJUA 5HLFA 3V1RA 3ISNC 4HVJA 4CF1A 1ZBUA 3OYMA 1LAWA 4Z4HA 1HYSA 4I9QA 3IRXA 3OYEA 4MQ3A 4B9UA 3EYZA 3AVMA 4R5PA 4O0IA 2KZMA 2YNFA 3L3UA 3EZ5A 1NK6A 1RT2A 2B5JA 3MAQA 2IS3A 5KRSA 1VSEA 3NE6A 4F4KA 5FRMA 4Y1CA 2VG5A 2G8UA 3DYAA 3AVLA 1NK8A 3P5JA 1RTDA 3AO5A 3KTQA 3AV9A 4FJLA 4CGJA 3L2RA 4BE2A 5CYMA 3RRGA 4DQIA 4N76A 1ASVA 1NOZA 3K5OA 2P1JA 2QXFA 4OKKA 3DRSA 4FLYA 4AHCA 4MFBA 3KJVA 4FZYA 3ZSQA 4BWMA 3NH0A 1JLFA 3DLBA 4J2AA 3CFOA 1WNSA 4CEQA 3MECA 1IG9A 3PX4A 1HYVA 4CHQA 1HNVA 2Z1GA 3OS2A 4I7FA 2D0BA 3DRPA 4ELVA 3ASMA 3KLHA 4CF2A 4PA1A 4LD0A 3OJSA 3SPZA 5HROA 4FJ5A 4DSFA 1ASWA 1C0MA 2D5RA 3HXMA 1QHTA 3S3OA 3KKSA 2G8IA 1VSKA 3NGIA 3AVIA 1TV6A 3DLGA 2F8TA 2F96A 3QEXA 2YKMA 3F73A 1RBRA 3G0ZA 1JLCA 3SQ1A 3NBPA 2BGGA 3TAFA 4CHZA 3HP9A 3THVA 1FKOA 1BI4B 1Q9XA 1JXEA 3AO2A 3P83D 3NH1A 2HVIA 3ZT2A 3L8BA 5D3GA 1VSHA 1NK5A 3MXIA 1NKCA 3OYFA 3VQ7A 4FLTA 1VK0A 3LPUA 1VSFA 3DRRA 1W0HA 4CHYA 4N56A 4DTPA 1N5YA 1L3TA 1IKVA 1D5AA 2HHSA 4O5BA 1BCMA 4PWDA 4FXDA 3UIQA 4KPYA 5HRRA 4NCBA 1WSIA 3AVCA 3G10A 5J1EA 3U6FA 3TAPA 3HJFA 1KLMA 4JRPA 4BE1A 3BDPA 1EETA 1K6YA 1RT3A 1ASUA 3HVTA 4EP5A 4M3WA 4KFBA 4DF4A 4KRFA 3VQ6A 1HQUA 1IH7A 1LWCA 4CHPA 3K5NA 2PYLA 2NUBA 1S1UA 4CFDA 3SQ0A 1HYZA 3S3NA 4KHWA 4OGCA 4HCBA 3AVHA 1L3UA 3HPHA 1KTQA 4W5OA 4F8RA 1C6VA 3LAKA 1QE1A 4I2QA 3L2QA 4BE0A 4CESA 1B92A 1NKBA 2KZZA 3K57A 2JLEA 3QEIA 1REVA 4OPJA 3KLGA 4OLAA 3K58A 3NGYA 4DLEA 3DOKA 3KK1A 2FBVA 1NK0A 3NH2A 2Y1IA 3QINA 3OYKA 4HTUA 1QS4A 4AHUA 3SQ4A 4FK4A 1GOCA 3KIOA 3QNNA 4F3TA 1Z26A 5CZ2A 3OYIA 4Q5VA 4FJ8A 1WLJA 4E89A 3TABA 3JYTA 3TARA 2E6MA 3ULDA 1C1CA 3QO9A 1T8EA 3KLFA 3ZSYA 1JL1A 1NJWA 3LALA 3DM2A 1S9EA 4F2RA 2OPPA 4F2SA 1S9GA 2ZE2A 3OY9A 1J5OA 3LDSA 4CJQA 2YNGA 5CYQA 4ZTFA 4KREA 2BANA 5FRNA 1CZBA 4CGFA 1VSDA 4YNQA 2Z1JA 3TAMA 4B9SA 3SQ2A 2P5GA 4O55A 4CF0A 4DQPA 3D45A 3LZJA 1VSMA 3V9XA 1WSJA 4DU4A 1JXBA 1KRPA 1ZYQA 1XWLA 4B9NA 3JSMA 3OS1A 3BGRA 3WNHA 5KRTA 4B8CA 3RRHA 4M3ZA 1TK5A 1A5XA 4M3TA 4H8KA 4FJ7A 4M3UA 1RT7A 3LPTA 5JS2A 5T7BA 1LAVA 3DOLA 2ITGA 1BI4A 2ETJA 4DFKA 4C8KA 3B6PA 4NYFA 4CGIA 3NAEA 3V9WA 3RMAA 2KTQA 3K5LA 1Z25A 3NCIA 1L3VA 4J2DA 3KK3A 5C25A 2JGUA 5KGXA 1S1XA 3C94A 1BCOA 3VQ9A 4FW2A 1NK9A 1JLGA 1LW2A 5SZTA 2QKKA 4FLXA 4NCGA 1J53A 4FJMA 2RKIA 5I42A 3NHGA 5HBMA 4DTSA 1HMVA 2YHAA 4BDZA 3OYLA 4AH9A 3KLEA 4B9MA 4CCHA 1RBVA 4FZZA 2XRIA 4PY5A 1SKWA 1WAFA 1TAUA 4CJEA 3OVNA 2YNIA 1SL0A 4C8LA 3E01A 1RTHA 2HNZA 3OYJA 3ZSVA 4AHVA 4ZHRA 2OZSA 4Z4IA 4Z4CA 3CFRA 3HVRA 3P1GA 5DK5A 1N6QA 4EZ6A 4F3OA 5FDLA 3O3FA 3HO1A 3T3FA 3RR7A 2Z1IA 1S5JA 3QERA 3DLKA 1C0UA 4E1MA 4E0DA 3AVAA 4M41A 4L8RB 3TAQA 3NGZA 4FJIA 4FJKA 1Q8IA 1T05A 3AVBA 4RW6A 3ZT0A 4DFJA 1UWBA 2EHGA 3HT3A 4CJWA 1NJYA 2HHXA 4DFMA 2KQ2A 1JKHA 2WOMA 4E19A 3OYNA 4DTUA 4CEEA 4QAGA 4CERA 4CF8A 4AILC 3PV8A 3H08A 3CM6A 1J54A 4B8AB 1QTMA 3HM9A 2D0AA 1LWFA 1ZBLA 1KLNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q18A 2FC0A 4OPAA 1JL2A 3EZWA 1JLBA 3UKUA 3U4LA 4BR7A 4FK2A 3K5MA 1C0GA 3CPEA 4LFCK 1TGOA 4AM6A 3V81A 4LF9K 4CZFA 5K14A 1BGXT 1NGHA 2VG7A 4DTRA 4BC2A 3WNEA 3BEXA 4E7LA 1D9FA 3IDHA 1NJXA 3CG7A 4FWNA 3SK3A 3T1HK 1EO1A 4CJ4A 2O8CA 4CJRA 4C1NK 3FZMA 4NYNA 4CECA 1HUXA 1LW0A 1XQSC 2OTLN 4CFCA 3AA2A 3T7ZA 4YOUA 4GKKK 4CGDA 4FJGA 4DU1A 2Z1HA 3C65A 5E84A 4KV8A 1EKEA 2BDPA 4H0VB 3OYCA 3VQPA 3M6GA 4KTZA 4FL9A 3VESA 2HHHK 1XHZA 4Z4FA 3VEYA 2IVPA 1RBTA 1VHXA 4CJSA 3LZIA 1VQ8N 4BRCA 4FJHA 4LH4A 2VCPA 3U9ZA 3M5RA 1BQMA 4DR2K 4DR6K 4B08A 1YT3A 3J81O 3TI0A 3PO5A 4QS9A 4KHNA 4O8UA 1SKRA 3K9KA 5AZJB 3DXMA 3EKUA 1GLJO 1RT5A 2UYTA 2ZGZA 5LMNK 3OYAA 3VGLA 4BR2A 3DLRA 1ZBHA 1M90O 4PKGA 1K8AO 1EWQA 3WEEA 3D6RA 3CPWM 2HNYA 1ILYA 4FLVA 3TANA 3NF7A 2P9IA 4JNEA 1I39A 4IEEA 2PBDA 5TKYA 4FM2A 1U49A 1FKPA 4IWVA 3W0LA 3HPOA 3R6MA 4L3QA 2E2OA 5CY4A 4A5BA 1FXXA 4FJ9A 5KPTA 5AQQA 4CZEA 5JLHA 4H0YB 3L2VA 3DLHA 3P38A 1SV5A 4FCYA 3CQYA 1IO2A 3A2FA 3T1AA 1NGBA 4CEDA 2VWJA 1Q81O 3V1QA 3LP1A 4ELUA 4DS4A 4FLUA 1HPZA 5J2QA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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