4CECA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cecA00
3DRSA 4M3TA 3NGYA 4EZ6A 1Q9XA 3DOKA 3NGZA 3JYTA 4CK2A 4JRPA 2KZMA 1C1BA 1KFDA 2A1SA 2P51A 3IG1A 4E1NA 4CHOA 4CJKA 4CHQA 1XHZA 4BDPA 4DWIA 3OJUA 4KB1A 4FJ7A 1SV5A 4CF8A 1D9DA 3PUFA 1WAJA 4CJWA 1BGXT 3V81A 5HRNA 1RT2A 1ASWA 3O3HA 4IG3A 4LH5A 3P5JA 4CJRA 4EP4A 1NK4A 3B6PA 3SUPA 4BWMA 2RKIA 1A5VA 3NGIA 2P5GA 1HNIA 3SQ2A 1L5UA 4DSLA 4KRFA 3RTVA 1ASVA 2EX3A 4CJVA 5I3UA 1TL3A 4DSKA 1NKCA 4DSJA 1TV6A 2XY8A 2ZQBA 4CJUA 5J2PA 2WONA 1A5WA 2OPRA 1S1WA 3PX0A 3VQEA 1B92A 4GW6A 4HVJA 3K57A 4E7LA 4K8ZA 4OPJA 3OVNA 1CZ9A 1HYZA 4DTRA 4J2DA 2YV0X 5J2NA 4LD0A 2JGUA 3P83D 3OYHA 2DTUA 3QETA 1GOBA 1UOCA 1NK7A 1TK0A 4Z4HA 3L8BA 3OJSA 4Z4CA 3PO5A 1U45A 4DQIA 3SPYA 4B8CA 2PYLA 1YT3A 3KLFA 4OLBA 4KHSA 4DLGA 4DTJA 4GMJB 3NCIA 4BE1A 2BDPA 1FXXA 3VA3A 4E7KA 3IRXA 5KRTA 4N5SA 5C25A 3L2RA 1NK5A 4Z4IA 1D8YA 3ZT3A 1QTMA 4DLEA 4HCCA 1IG9A 1QSSA 4IFVA 2KFNA 2HHWA 4ZHRA 3QO9A 1BCOA 2XRIA 4CF1A 1JLFA 3AVFA 2ATQA 3OS0A 3HSTB 4CEZA 1S9EA 1RDAA 3QERA 1KLNA 4DU3A 3SV4A 3OYDA 2XY5A 2KW4A 3VQBA 3HL8A 3LWLA 1VSEA 3PO4A 3LP2A 4DTUA 2Z1HA 1SUQA 4B8AB 4M41A 1RT3A 1VSKA 3DM2A 2FBVA 4DF4A 4B9NA 1RILA 3RMAA 2F96A 2PYJA 2IOCA 4C8KA 1S1XA 4O0JA 1TKDA 1R0AA 1O1WA 3VQAA 2WOMA 3O4QA 5J2MA 1RCHA 3KKRA 1C1CA 2B4JA 4NCGA 2G8FA 2YNGA 4IBNA 3MEDA 1LWFA 4FK2A 1BI4B 1RTIA 4I9LA 3VQ7A 4J2BA 1JXEA 3B6OA 3QEPA 1CLQA 3ZSYA 2QKKA 3ZSQA 4DQPA 3V1QA 3O4NA 3BDPA 3OYIA 2G8VA 3MAQA 3AVAA 5KGWA 1N6QA 2RN2A 2YKNA 2HB5A 4M3YA 3OS1A 3OYFA 3CM6A 2YHBA 4B9VA 1IH7A 4FJMA 3D0PA 2IDOA 4CFAA 4CGFA 4DS4A 4CFDA 4FJHA 4CIEA 1RT5A 3C6TA 4I7FA 4KPYA 4O44A 2HNYA 5JS2A 4FW1A 3SJJA 1B9FA 4DTNA 1SKRA 4W5OA 4FM1A 3D45A 4N47A 3S3MA 1N5YA 4CJSA 1UAXA 3KJVA 3TAMA 3CQ8A 4F2RA 1ZBHA 2DFEA 2DY4A 1K6YA 2E6LA 3DYAA 1RBTA 3NF7A 1VSFA 2YNHA 4FJLA 2HHVA 3HT3A 2XHBA 4B3OA 3AVKA 3WNHA 4O4GA 2HHXA 1REVA 1JLAA 5T7BA 2Y1JA 4FJNA 1C0TA 1S1VA 2Z1JA 1WAFA 5CZ2A 4CJ4A 4DMNA 1I39A 3I0SA 3V1OA 5KTQA 3SZ2A 4RW4A 4CGIA 5J2QA 3QEXA 2DFHA 1NK0A 2KFZA 2G8WA 1S6QA 2B5JA 4YNQA 3KLEA 3O3FA 1S1UA 4FM2A 1SL2A 4RW7A 3VA0A 3SUNA 3LDSA 3VN5A 5C24A 4M3XA 1ZBUA 4CEAA 4FJ9A 3VQ5A 3QEWA 3L3UA 4DTSA 3ZSOA 4DQSA 1XHXA 4CGHA 1U04A 3QEIA 3NDKA 1RBVA 2G8HA 4FJJA 2O4GA 1L3UA 4CJ5A 3RRGA 4FLTA 5HRSA 1BHLA 1BISA 4PA1A 4ELVA 4FYDA 3C94A 3ZT2A 4CIGA 4KAZA 1KSPA 3CFRA 5HP1A 3AVLA 1TL1A 1QSYA 5DMRA 1S6PA 2P5OA 2GV9A 1C6VA 3TR8A 1F21A 3KKSA 1HMVA 3P1GA 2YHAA 1LW2A 2HNDA 4NCBA 3AA4A 3LZJA 1UWBA 2ETJA 5FROA 3T1AA 3AVJA 3AVGA 3SQ1A 3LWMA 4KTZA 4CFCA 4F4KA 1C0MA 3L2QA 3K5NA 3IAYA 3VQCA 3O3GA 4FM0A 4FW2A 3DI6A 3VQQA 1SL0A 1TK5A 4F8RA 5E41A 1G15A 2YNFA 2RF2A 4E1MA 4FLUA 1VSJA 3L3VA 4HUEA 4OKEA 3NF9A 1HJRA 2FC0A 4Z4EA 4CE9A 1DTQA 1WSIA 3QINA 2OZSA 1JL2A 4FJIA 1IKWA 4KHUA 1IKXA 3VQPA 2GUIA 4CEQA 4KHWA 2BGGA 4CF9A 4W5TA 4FCYA 4CFBA 4PY5A 1EX4A 1LW0A 1KTQA 1TGOA 4CJEA 3U6FA 1IO2A 3OYJA 4Z4GA 2GBZA 1NJYA 3RWUA 4DQQA 4B9LA 4PWDA 2OYQA 1U47A 3F9KA 3VQ6A 2X74A 3NAEA 3HP9A 2X78A 3M8SA 3DRRA 3HM9A 3RR8A 2OPPA 1RBRA 3DRPA 3I0RA 3LALA 3E01A 1NKBA 4FJKA 3KLIA 2NUBA 1U48A 2Z1GA 1Q8IA 2FBYA 1HPZA 4M42A 1Z26A 4KTQA 1U49A 4IKFA 1VSMA 4E0DA 3PV8A 1WSHA 1W9HA 3RMBA 2KTQA 1KCFA 5CYMA 3ZSRA 1KRPA 3SCXA 3SNNA 3MXIA 5CYQA 4CHNA 3TAPA 1D9FA 3VQDA 1RNHA 4AILC 4CCHA 4AHUA 2Y1IA 3NHGA 1LWEA 3C95A 1S9GA 2G8KA 4KB0A 3A2FA 3QIOA 2O4IA 3AA2A 5C42A 2OA8A 4CEEA 4W5RA 3F73A 4PQUA 4Y1CA 3SQ4A 4M3UA 1BIZA 2D0CA 1FK9A 2IAJA 3HO1A 4RW9A 3ZSZA 1Y97A 1BCMA 4W5QA 4C8LA 1VSDA 3SV3A 1J9AA 1RDDA 3V9UA 3QIPA 3KK1A 1CXUA 4CGDA 2E4LA 3KLHA 2R7YA 4MFBA 2HVIA 3OYGA 1IKYA 4OKJA 5EU7A 4DU1A 1SKSA 4J2AA 3G0ZA 1ZBIA 2IS3A 3DLGA 1VSLA 1EP4A 5K14A 3LP3A 1HRHA 2VG6A 4CERA 2F8SA 3VQ9A 3AVBA 4O55A 4OGCA 5KI6A 4KI6A 5FRNA 1CZBA 3V9WA 3EY1A 4CJTA 2XO7A 3NE6A 1YTAA 3I8DA 4AH9A 4DTPA 2QK9A 1ITGA 4HTUA 4IG0A 1U4BA 1KVCA 3M8QA 3PX6A 2ZD1A 4CECA 4CEBA 4QCLA 3NF8A 4NYNA 4LH4A 4FLXA 4XIUA 2D5RA 4C8NA 3K58A 4CHYA 2XY7A 1LAVA 3V4IA 4DG1A 4OVLA 2LSNA 3KIOA 1VSIA 3LPTA 4IDKA 1NKEA 1QS4A 4CJQA 3ZSWA 1KVAA 4OJRA 1J5OA 3LZIA 3SPZA 4F2SA 3SUQA 2YNIA 3LPUA 4GVMA 5FDLA 4KHYA 3MXJA 3U3GA 3ZSVA 4AHTA 4JS4A 3RMDA 2FBXA 1B9DA 1RBUA 3DLRA 4F3OA 4FJXA 4M3ZA 1TKXA 4FLYA 4I2QA 1I3AA 4CGGA 3TAGA 1VRUA 3NH2A 3KK3A 1T7PA 1HQEA 4YFUA 3FFIA 1RTJA 1EXQA 3JSMA 2VG5A 4HHTA 4AHRA 2HVHA 5SZTA 4DFMA 2HHSA 3SI6A 3KLGA 1TKZA 1GOAA 1BL3A 4AHVA 4Q5VA 4DFPA 1XC9A 2KZZA 3OYCA 4W5NA 1GOCA 1TKTA 4FLWA 4FJ5A 4H8KA 1HYSA 1YTUA 1JLGA 1XWLA 2HHTA 4AHCA 1HQUA 4CEOA 2Z1IA 1HNVA 1NK9A 3OS2A 4CHPA 4DTMA 1NOZA 4FZYA 1X9SA 1NK8A 1ASUA 1MU2A 3LAMA 3NH0A 3TAFA 1IKVA 1D5AA 4CJFA 3AVMA 3AVIA 4BDYA 1L3SA 5CY4A 3S9HA 3M8PA 3IS9A 5I42A 3LANA 3THVA 4KKOA 5JS1A 1C1AA 1BQMA 3TAEA 4JS5A 4H4MA 4B9TA 3CG7A 3KTQA 4DFJA 4JLHA 3SUOA 1X9MA 1T05A 1JLEA 3OYBA 1UA0A 2D0AA 1ZBLA 1C0UA 4MQ3A 1J53A 4G1QA 4KI4A 4I2PA 3KD5E 4E3SA 1NK6A 3OYEA 4FXDA 2A1RA 3C6UA 3K5LA 1JXBA 5HRRA 4B9UA 1TVRA 1L3TA 1BIUA 1S1TA 5KRSA 1JKHA 4CK3A 3PX4A 4EZ9A 4BE2A 1KFSA 3AO5A 5SWMA 4FZZA 3ASMA 3QESA 4CF2A 3V6DA 4B08A 1SL1A 4B9MA 4L8RB 3K5OA 4Z4FA 1LWCA 4E7HA 3OYNA 4Q0BA 2VG7A 4C8OA 4FJ8A 1QE1A 4KO0A 4UQGA 1JLCA 2HNZA 1RT1A 3OY9A 3ZCMA 2KQ2A 4DQRA 1W0HA 3TABA 3PY8A 3V9SA 2PZSA 3HPHA 1RTHA 4CK1A 1YVUA 3HYFA 1NOYA 1WSGA 3HP6A 3HVTA 4E89A 4FZXC 1VRTA 4CJPA 2QKBA 1L3VA 3SYZA 2FBTA 4EP5A 4LY7A 2VWJA 3TWHA 3KD1E 3T19A 3OYKA 3HJFA 4CEFA 1WSFA 4NCAA 4R5PA 3L2UA 2P1JA 3V1RA 3AO1A 2QXFA 1RTDA 1KVBA 3CYMA 3RR7A 2Q3SA 4OPKA 3K59A 2DFFA 4KTWA 1WN7A 3BGRA 3V9ZA 5HLFA 3V9XA 4ICLA 1RDCA 1RT6A 2I5JA 3MEEA 3QEVA 3CFPA 1RT4A 2HHUA 3VQ8A 1ZYQA 1TAQA 3RMCA 4ELTA 4B9SA 4DS5A 4E19A 3NH1A 2B6AA 2OPSA 3NBPA 1X9WA 2EHGA 3UIQA 4JRQA 3U3YA 4FK0A 4DU4A 1Z25A 4DSEA 4DF8A 3QLHA 4AHSA 1JLBA 4LSNA 3H08A 4O0IA 4RG8A 2JLEA 1NJXA 2BANA 1FKOA 2HW3A 2BE2A 3HPGA 4BE0A 1RBSA 1WSEA 3EYZA 4KHQA 3L2VA 4QAGA 2X6NA 2D0BA 4K8XA 4Y1DA 3VQ4A 4DTOA 3WNFA 4PUOA 3EZ5A 2PY5A 1A5XA 3DLEA 3AVHA 4HUGA 4E7JA 1FKPA 1KLMA 4FVMA 1QSLA 4ZTJA 4H4OA 4WE1A 4DFKA 4CF0A 3MXMA 3CFOA 5FRMA 3ZT0A 4O5BA 1ZBFA 4TSXA 1TK8A 3LP0A 3NFAA 2W42A 2YKMA 4I9QA 1RDBA 3RRHA 3LAKA 3LP1A 3DLBA 1DLOA 3AV9A 3DMJA 3HK2A 3AO4A 4ID5A 4CIFA 3K5MA 4HUFA 5HROA 4DSFA 1QQCA 4OKKA 1TAUA 3AVNA 4FLVA 2AJQA 1QHTA 1X1PA 4ID1A 5J1EA 4HCBA 4CJLA 1NJZA 3ALYA 1EKEA 5CZ1A 3TAQA 3TANA 2OZMA 4KFBA 3HVRA 3TI0A 4FK4A 4QOZB 4IFYA 2X6SA 4BACA 4M3WA 1LV5A 3MEGA 3ZT4A 3AO2A 4RW8A 3S3NA 2E6MA 2HMIA 3DLHA 4F3TA 3AA3A 3OYLA 3OYMA 4FJGA 3OYAA 4M3RA 3L2WA 3QNOA 3K2PA 1BI4A 4OGEA 1RT7A 2G8IA 3HXMA 4C8MA 4RW6A 4M45A 1CXQA 3MECA 3WNGA 5KGXA 3NF6A 4N76A 3QNNA 1JLQA 2XY6A 1HYVA 3T3FA 1J54A 4ELUA 4KHNA 1SKWA 1BQNA 3TARA 4ZTFA 4CGJA 4Z0UA 3G10A 4KREA 3DLKA 3ULDA 2ZE2A 1T8EA 1EETA 1LAWA 2G8UA 1WLJA 4CJ3A 2ITGA 1JL1A 3ITHA 4FLZA 4N56A 4DTXA 5DK5A 3ZT1A 2IC3A 4NYFA 3SQ0A 2F8TA 2RPIA 4BWJA 3AA5X 4CEDA 3AO3A 1VSHA 1T03A 2IGIA 3AVCA 1WNSA 3CM5A 1NJWA 4BDZA 4J2EA 1WSJA 5HBMA 3DOLA 1XI1A 3WNEA 4DSIA 3S3OA 1Q9YA 1DTTA 4CHZA 4CESA 4OLAA 3ZSXA 4E7IA 5D3GA 4LSLA 3HPOA 3KK2A 4KV8A 2VWKA 2HHQA 1UA1A 1S5JA 3ISNC 5HRPA 4N41A 2OPQA 3M8RA 1VK0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EZ6A 3DOKA 2Q0RA 1KFDA 2HOEA 4CHOA 4CJKA 2E1ZA 3OJUA 1WAJA 1MWMA 1RT2A 2CH6A 3O3HA 2NRRA 4CJRA 3DWLA 2BH1A 4EP4A 1J5EK 3MCAB 2RKIA 4BWMA 4MDBA 2P5GA 4H5VA 4DSLA 2VCPA 3R3LA 4JI1K 4DSJA 1TV6A 4CJUA 1NMNA 1Y64A 1A5WA 3CPWM 5GAGP 5C12A 3QFPA 1U2VA 1B92A 4E7LA 1K8KA 3WEEB 3OVNA 1CZ9A 3SJHA 4IO9L 3L8BA 3PO5A 4Z4CA 2PYLA 2BDPA 1CZAN 3L2RA 1NK5A 1NGDA 4YDUC 2UXBK 4CZHA 4DLEA 2KFNA 3A5NC 3QO9A 1BCOA 2XRIA 4CEZA 4MLHA 4GV6A 2KW4A 4M63C 3ATVA 3PO4A 3P39A 2GUPA 4DTUA 1SUQA 3I33A 1RT3A 2FBVA 4B9NA 1BA1A 3RMAA 1IG8A 4CBXA 2IOCA 4KHPK 4BRHA 3CMAN 5BPLA 3VQAA 2WOMA 3VEYA 3KKRA 1C1CA 2B4JA 4NCGA 4JI8K 3VQ7A 1JXEA 3FLCO 3QEPA 4DQPA 3CMEN 4RCHA 1KAZA 3MAQA 1YJ9N 3E9OA 4H0YB 1V4TA 3OS1A 4QS8A 3OYFA 3FFKB 2BTFA 3WQTA 4CFAA 1IBMK 4CGFA 4CIEA 3N4QA 4O44A 5BN8A 4FW1A 4B1ZA 3EKUA 1SKRA 3U4LA 1KQSM 2VQFK 1ZC6A 3CQ8A 1WBBA 1K6YA 2E6LA 1VAZA 1VSFA 3HT3A 3AVKA 2Y1JA 1HJOA 3CJ9A 1C0TA 2Z1JA 5HOOA 5AZJA 3OHRA 4DUYK 3O8MA 4JAXA 4BRFA 5KTQA 3QEXA 4RW4A 3D7EO 1QQNA 3VN5A 2V52B 4LFCK 5IWAK 5LMUK 3G71N 3WT0A 4CGHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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