4CEDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cedA00
3OYMA 4CJ4A 5C24A 1FK9A 5C42A 4CJQA 4CHNA 1CXQA 4FLZA 3DLBA 5HRPA 3IAYA 4FJKA 4KFBA 1CXUA 1W9HA 1WNSA 1LW0A 4W5TA 3SQ0A 4Z4GA 3PX4A 3HK2A 5J1EA 3ULDA 1CZBA 3M8PA 4DQQA 3S3MA 3ZT1A 3OYAA 1NK8A 1TKTA 4KHYA 4CJ5A 3D0PA 3HPOA 1EX4A 3K5NA 4CHQA 1HJRA 1HQUA 2OPQA 3KLGA 1ASUA 3VQ7A 4ELTA 1RT7A 1A5VA 1WAJA 1BHLA 2D0BA 3FFIA 1JLQA 3KK1A 4O5BA 1KFDA 1RTIA 4CF1A 3ZSVA 1IKVA 2HNYA 3V9XA 4CF2A 1ZBFA 3MXJA 4F2RA 1Z26A 4OGCA 3H08A 4PY5A 3K2PA 4JS4A 5KI6A 4DU3A 1B9FA 5KRTA 2VG6A 1W0HA 1LV5A 2OZSA 3HVTA 3OYLA 2ZQBA 4KPYA 4N76A 3DM2A 3T1AA 2PYJA 3TI0A 4DFKA 3V1OA 4FLVA 4CGJA 3V9SA 1ZBUA 3RMAA 2KZMA 3VQ4A 3TAGA 1BIZA 3AO1A 2DFEA 1BI4A 3NF7A 3ZSXA 4DQPA 4M3TA 2ITGA 3KJVA 2BGGA 3NGYA 2WONA 3E01A 3WNHA 1FKOA 4CIGA 4O44A 3ZSZA 4CFDA 2ZD1A 4DU1A 1B92A 1RBRA 3L3UA 1QSLA 1U45A 1L3SA 3L2WA 2X74A 1HQEA 4DG1A 1X9MA 4CEDA 1G15A 3O4NA 4M3WA 3NFAA 3CQ8A 4CIEA 3O3FA 5HRRA 4FLUA 1RDCA 3QIOA 3KD1E 3SQ1A 1KTQA 2KQ2A 4CHZA 4B9SA 2HHVA 4RG8A 1WSJA 2YNGA 4OGEA 4CJKA 3S9HA 1GOAA 2B5JA 3QEIA 4DSKA 1RT5A 1IKWA 1LW2A 1C1AA 1J53A 3S3NA 1J5OA 3RRHA 3M8QA 3VA0A 2IGIA 4B9UA 1R0AA 1HRHA 4W5NA 1QSYA 1BCOA 1JL1A 1K6YA 3TAFA 4R5PA 1JLEA 4CJVA 4BWMA 3K5MA 4J2BA 2DY4A 3RWUA 1S1UA 4JRPA 3TR8A 1HMVA 3OYDA 1N5YA 4KHWA 1KCFA 4GVMA 3QETA 2B4JA 3CM5A 4CF0A 4CGFA 1WAFA 3V9ZA 1NKEA 1Q9XA 3SQ2A 4FJ8A 3OYKA 3NCIA 4FYDA 2Z1GA 4F3TA 3LAKA 5CYMA 1S1VA 3WNGA 4AHVA 3LWMA 3CFRA 2HHTA 2ETJA 2HHWA 1RDBA 1ZYQA 1UA0A 3VQQA 3VQAA 3O3HA 4EP4A 4AHUA 4N41A 5DMRA 4CGIA 4KREA 1IKXA 2Z1HA 4Y1DA 4FJLA 4J2AA 2HNDA 4DTSA 3I0SA 1Q8IA 1RTJA 3MAQA 3V6DA 4NCBA 2XY8A 2R7YA 1Y97A 3QERA 4N5SA 4DSEA 3SPZA 3DLGA 3U6FA 1TK8A 4DTPA 2PYLA 1VSJA 1N6QA 5J2MA 4N47A 1T05A 2KTQA 1SKSA 5EU7A 1BCMA 3KLIA 1JLGA 4IBNA 4DS4A 4H8KA 3AVIA 3C6TA 4FZZA 1VSIA 2VG7A 2Q3SA 3JSMA 4DFJA 4AHTA 4ID5A 2XO7A 3TWHA 2YHAA 3M8RA 3L2QA 2G8FA 3NF6A 1TV6A 3RR7A 4CECA 4K8ZA 4B3OA 2G8VA 4FK4A 1RBSA 1X1PA 4E1NA 1C0UA 1WN7A 1REVA 3TABA 3JYTA 3NGZA 4ZHRA 3IRXA 3AVBA 1FKPA 1MU2A 3DLEA 3MEEA 4CESA 1EP4A 3QESA 2D0CA 4B9NA 3TANA 4Z4HA 3KD5E 1NK4A 1C6VA 2E6LA 1TKZA 2HW3A 1GOBA 1XHZA 4W5RA 3EYZA 3SNNA 2VWJA 3VQ5A 3QEWA 4DFPA 1WSEA 1VRTA 2LSNA 3T19A 4DTUA 1NK0A 1HYSA 5JS1A 3SPYA 2QXFA 1JLCA 2BE2A 2IDOA 3HP6A 3B6PA 4BE1A 1XC9A 1A5XA 1Z25A 2KW4A 3G0ZA 1YTAA 1U48A 2F8TA 1LWCA 4YNQA 3K57A 3KLHA 3VQPA 4B9TA 4FLXA 4CEFA 1ZBHA 4M41A 4B9LA 1WLJA 3AO4A 5K14A 4FCYA 4CJTA 4DSFA 4AHRA 1S1XA 3ZT2A 1RCHA 4PA1A 4CF8A 1S5JA 4OVLA 3AA5X 4F4KA 3I8DA 4KAZA 4KI4A 2QKBA 4FZYA 1VSKA 2E6MA 3LPTA 2RF2A 4G1QA 3SYZA 3V4IA 4IG0A 3AO3A 3P5JA 3NF8A 1TL3A 2F96A 1SL0A 1HYZA 4DSJA 1RT2A 3HT3A 4F3OA 2P51A 4DF8A 1I3AA 3L2RA 4DU4A 4BE2A 1L3UA 1WSIA 3DLKA 4QCLA 2GBZA 4AHCA 4CFBA 2Y1JA 3MXMA 3S3OA 3LALA 2IS3A 3O4QA 1RT6A 4GW6A 4RW8A 2G8WA 3HXMA 3KK2A 4OLBA 3DOKA 4OPJA 3LANA 4CJFA 4FM1A 5CY4A 3QO9A 1NKCA 1DLOA 4CJ3A 1TK5A 2HHXA 4FJ9A 4EZ6A 4CEBA 2FC0A 4M3UA 3L2UA 2OPPA 3ZT0A 3O3GA 1S6QA 3VQCA 3K59A 4BDYA 3SV4A 3RR8A 2O4IA 1C1BA 1ZBIA 2QK9A 1T03A 3VQ8A 4FJ5A 2JLEA 3VQ9A 3AVGA 5CYQA 2HHQA 4Z4CA 4E3SA 4K8XA 2W42A 1ASWA 1KLNA 1NOZA 2DTUA 2Z1JA 4KRFA 2I5JA 1J9AA 4CHPA 2X78A 1D8YA 5KGWA 3SCXA 3KTQA 1S1WA 3AA2A 4CE9A 2HB5A 4FW1A 2XY6A 4RW7A 4NYFA 3HYFA 2ZE2A 3RRGA 2Y1IA 4CJPA 2IC3A 5FDLA 1RNHA 3P1GA 4E7HA 3SJJA 3BDPA 4C8OA 4CEAA 5HRNA 3K5OA 1JXEA 4CFCA 3SV3A 1NJXA 3UIQA 4FJIA 1C0TA 3VQBA 3PO5A 4CFAA 4CEZA 3KIOA 3DRRA 4Y1CA 2OA8A 4RW9A 4C8MA 1YVUA 1FXXA 1NJYA 1X9SA 1JLAA 4IKFA 3M8SA 2F8SA 4KHSA 4KKOA 3AVCA 4LH5A 4FVMA 3PV8A 4PWDA 1YTUA 1F21A 4DTMA 4O0JA 5FRNA 3QNOA 1QHTA 3AO5A 3SI6A 1BIUA 3ZSWA 1BISA 3LP1A 4DFMA 1UOCA 3C6UA 3CM6A 4BACA 4RW4A 4DS5A 3WNFA 4FJHA 4Z4FA 4LSLA 4CJEA 1NK7A 1IKYA 2X6NA 3MECA 1L3TA 4CK1A 3MXIA 3OYBA 4FJNA 4DTJA 1IO2A 4M42A 3C94A 1U04A 3RTVA 4IFYA 3LP3A 3DOLA 1QQCA 1TAQA 3QEVA 4E89A 3ISNC 4YFUA 4FJGA 4PUOA 2KFNA 4E19A 3PO4A 3HPHA 4FW2A 1TKXA 4M3RA 3K58A 3TAPA 4I2QA 4J2DA 3NH2A 4Q5VA 4E7JA 1X9WA 4QOZB 3OS2A 3DRSA 4BDZA 4LH4A 2OPSA 3HP9A 3DI6A 4B8AB 1WSHA 2VWKA 5HRSA 1HPZA 5FRMA 2P1JA 3RMCA 4DQSA 4DQRA 4AILC 5DK5A 3NF9A 2FBXA 1VSMA 2O4GA 3OYNA 2AJQA 2YHBA 4CCHA 1VSDA 4ICLA 3ZSYA 3AA4A 2XHBA 2KZZA 4CGGA 3B6OA 5T7BA 1VRUA 5J2PA 1NJZA 1HNVA 3KLEA 3AVFA 1QTMA 1VSLA 4ELVA 3LPUA 1RILA 2FBTA 4KTZA 5CZ1A 4BWJA 1U49A 4KB0A 1VK0A 3T3FA 4FJJA 3HSTB 1IH7A 1KFSA 4FZXC 4O0IA 2EHGA 4OKJA 5C25A 4OPKA 5HLFA 2IOCA 4H4OA 4IFVA 3TAMA 4Z4EA 4DMNA 4C8NA 3NDKA 2P5GA 1TL1A 2YKMA 4AHSA 1BQMA 1LWEA 4DLGA 3ZT4A 4OKEA 1D5AA 3CFOA 1ITGA 5FROA 3NAEA 1NK6A 2VG5A 1JXBA 3SUOA 4ZTJA 3U3GA 3OYEA 4Q0BA 1SV5A 1XI1A 2RPIA 5SZTA 1SKWA 1WSGA 3A2FA 3ZSQA 1VSEA 1RBUA 2YNIA 3AVMA 4F2SA 3NBPA 2GV9A 1ZBLA 2IAJA 3AVKA 4E0DA 4M3XA 1BQNA 4FK0A 4CK2A 3AA3A 5HROA 2G8KA 1XHXA 3DRPA 3V1RA 4MQ3A 5CZ2A 3OYCA 1J54A 2X6SA 4UQGA 4DTXA 2G8HA 1S6PA 1QSSA 3V1QA 3QEPA 2HMIA 2QKKA 2B6AA 3KKSA 4CJWA 4FJXA 4HVJA 4OJRA 3G10A 3QLHA 3OY9A 4M3YA 3LP2A 5KTQA 1I39A 4KHUA 1RTHA 1A5WA 3LAMA 4LSNA 3BGRA 1BI4B 4O55A 2RKIA 1RBTA 4DTOA 3SUQA 1UWBA 2BANA 1ASVA 2A1SA 4HCCA 3OVNA 1S9EA 3V81A 3AVLA 3L3VA 1T7PA 3RMDA 1KLMA 3NH1A 5HBMA 3QNNA 4BDPA 4FM0A 3DMJA 3AVAA 1UAXA 4HCBA 1KRPA 2D0AA 4I9QA 2D5RA 2PZSA 2XY5A 1D9DA 2YV0X 1XWLA 4DSIA 1JLBA 3OS0A 2FBYA 4CGHA 3NH0A 3CG7A 4I2PA 4DTNA 3MEDA 2KFZA 3NGIA 2HNZA 3V9WA 3TAEA 1O1WA 1TK0A 5JS2A 1QE1A 3P83D 1L3VA 4CEOA 4ZTFA 1IG9A 4FLYA 1LAWA 2HVHA 4CERA 4WE1A 3RMBA 3V9UA 3VQDA 2OZMA 4KTQA 4HUGA 1LWFA 4NCGA 4I7FA 4EP5A 4F8RA 1TAUA 1SKRA 3F9KA 1SUQA 4N56A 4JLHA 1DTQA 2YNFA 4CEQA 1BGXT 2BDPA 1L5UA 4Z4IA 3ITHA 3VA3A 3OJUA 3EY1A 4FXDA 2Z1IA 1GOCA 3LZIA 1TGOA 3ZCMA 3THVA 1UA1A 4NCAA 1Q9YA 4B9VA 4LD0A 1KVAA 4GMJB 3L2VA 3KKRA 1BL3A 1HYVA 4DQIA 1EETA 1SL2A 5D3GA 1RTDA 4HHTA 3MEGA 1JKHA 3PX6A 4L8RB 4E7LA 4KTWA 4OKKA 1EXQA 3SUNA 3HJFA 4OLAA 3OYIA 1NK9A 4W5QA 3QIPA 1KVCA 4IDKA 3NHGA 4CJLA 4JS5A 4FLWA 1KVBA 3TAQA 4FJ7A 1RDAA 3LP0A 3PUFA 2WOMA 2A1RA 2EX3A 4M3ZA 2ATQA 4Z0UA 3TARA 4FK2A 4BE0A 3D45A 1RDDA 3SUPA 2YKNA 4DF4A 4KHNA 4AH9A 4HTUA 3OYGA 1RT1A 1NKBA 4EZ9A 4CK3A 3ALYA 4C8KA 4PQUA 2YNHA 4CEEA 4CHOA 2OPRA 3ZT3A 3OS1A 3OYHA 5HP1A 1WSFA 3C95A 3KK3A 1S9GA 2DFHA 3LWLA 4DLEA 2XY7A 2OYQA 4DSLA 3HPGA 4J2EA 2HVIA 5J2QA 3DYAA 3AO2A 4H4MA 4FLTA 4CJSA 4B08A 1DTTA 5E41A 1U47A 3HO1A 1HNIA 3NE6A 4W5OA 4NYNA 1C0MA 5SWMA 3WNEA 4MFBA 2HHSA 5I42A 4FM2A 1RT4A 4KHQA 2RN2A 1U4BA 3SQ4A 5J2NA 1NOYA 4KV8A 4DTRA 1CLQA 4E7IA 3DLHA 4QAGA 4E1MA 3VQEA 4DWIA 4LY7A 1RT3A 1VSFA 3K5LA 3PX0A 4I9LA 4TSXA 4E7KA 2NUBA 3OYJA 3LZJA 1T8EA 5KRSA 1EKEA 3IS9A 2G8IA 3SZ2A 2FBVA 1NK5A 1KSPA 1QS4A 3AV9A 3QINA 4FJMA 3OYFA 3QEXA 4CGDA 4IG3A 2G8UA 2P5OA 3ZSOA 2HHUA 5I3UA 4JRQA 4KO0A 3PY8A 4ID1A 1S1TA 1B9DA 3LDSA 3IG1A 4CIFA 3ZSRA 4HUEA 4CF9A 3CFPA 3DLRA 3U3YA 4KI6A 1SL1A 2XRIA 4B8CA 3KLFA 4KB1A 3HM9A 1CZ9A 3EZ5A 3HVRA 3I0RA 3HL8A 4CHYA 3CYMA 1C1CA 3AVJA 3AVHA 4CJRA 3F73A 1LAVA 1VSHA 2DFFA 3ASMA 2E4LA 1TVRA 2GUIA 3AVNA 1YT3A 1JL2A 4RW6A 3VN5A 3OJSA 4HUFA 1NJWA 1D9FA 4B9MA 4ELUA 3L8BA 2JGUA 4O4GA 5KGXA 4XIUA 4CJUA 4C8LA 2PY5A 3VQ6A 1JLFA 1TKDA 1RBVA 4M45A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CH5A 3T1YK 1FK9A 2V7ZA 5C42A 4FLZA 4FJKA 4KFBA 1TYQB 1IG8A 2W40A 3PIOL 1KAYA 3M8PA 3U8XA 4DQQA 3S3MA 1TKTA 4RCHA 3HPOA 1EX4A 5LY3A 1HQUA 2D4WA 1RT7A 4EHTA 2D0BA 4HTLA 5JLHA 3SUPA 1M90O 1J5EK 3NVKA 3V9XA 4F2RA 2A41A 2O8BB 3CQXA 1VQ5N 1QZ5A 3G25A 5AQPA 4O8UA 2VG6A 1W0HA 3HVTA 5JVHL 5AQSA 2ZQBA 5GAGP 2P9PA 4DFKA 4IFEA 3RMAA 3WQTA 3NF7A 3ZSXA 2DFEA 1BI4A 4FOEA 3MN7A 2ITGA 4FL9A 3CJ1A 1JCFA 5AQNA 3F5TA 3WNHA 4H0VB 4O44A 4DU1A 2HOEA 3T1HK 3L3UA 1RBRA 3L2WA 1HQEA 1X9MA 1IBLK 4CEDA 1G15A 3CQ8A 4CIEA 3MDQA 5HRRA 1EQYA 4FLUA 3SQ1A 2HHVA 3GDQA 1Y64A 4CJKA 1E3MA 3UE5A 3A5OC 1C1AA 1J53A 3HM8A 3CF5L 1JL1A 1K6YA 1NGCA 5BPMA 4R5PA 2DY4A 3K5MA 3TR8A 1N5YA 3GE1A 1KCFA 4GVMA 3QETA 3CM5A 5M1KA 1VQ8N 3CXCM 3LAKA 4BVPA 1S1VA 4PL8A 1K8AO 3C6HA 1VQMN 5AZJB 3WNGA 2E1ZA 4AHVA 4BREA 4X66K 3VEOA 3ZX0A 3J8AA 2Z1HA 4Y1DA 3BY5A 4JEPA 3I0SA 1O13A 2HHHK 1Q8IA 3V6DA 3MAQA 2XY8A 1OKJA 2P9SA 1VAZA 4DSEA 3RVCA 3H1VX 1SKSA 3KLIA 4XEIA 3C6TA 1VSIA 3GBTA 4DFJA 4B3OA 3NF6A 2NLXA 3M5RA 2YCHA 3HRGA 3IRXA 3PSIA 4JKCA 1YJNN 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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