4CEEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceeA00
1T05A 4I9QA 3K59A 2G8VA 4FJGA 2I5JA 2D5RA 1VSFA 2A1SA 2IOCA 1X9SA 3DOLA 1S1TA 4KB1A 1D5AA 1JXEA 1UA0A 4OKKA 3SQ0A 1KSPA 4NYFA 3L8BA 2Z1GA 4KHNA 4HUEA 1UOCA 1QSSA 4CF9A 3ZSXA 3HM9A 2OPSA 4DF4A 3MEGA 1W9HA 3MEEA 3O3FA 1TKXA 4KO0A 1CXUA 4CF0A 4CF8A 1D9FA 2VG7A 4CJ4A 3TAEA 2HMIA 2DFHA 3P83D 3TWHA 3HYFA 1WNSA 3TAQA 2LSNA 4CFBA 3SNNA 4F2SA 2HHWA 4BDPA 4M45A 4B08A 4J2BA 4CEAA 3ZT4A 2OPQA 3QNOA 4I2QA 4DSEA 3M8PA 4CK2A 1WSJA 4ELVA 2IDOA 4I2PA 4PWDA 3T1AA 3VQPA 2KW4A 4RW4A 3SV3A 3AA3A 4TSXA 1TK5A 4M3YA 1LW0A 3SI6A 1NK4A 2RKIA 5HRRA 3OYLA 4RG8A 1ASVA 2KFNA 1RBUA 4FLWA 2B6AA 3LAMA 1JL2A 3DRRA 1HQEA 3NGYA 3CM5A 1BQMA 1KVAA 1S1VA 4CJLA 3QEXA 3AVAA 2OPPA 1TL1A 1BQNA 1LWFA 4KI4A 4OKJA 4BE2A 1BHLA 1ITGA 2OZSA 3MECA 3KLHA 1LAVA 3NHGA 2RF2A 4CF1A 1QSYA 2G8KA 4M42A 3UIQA 2HW3A 3NDKA 3IRXA 4W5TA 3AVKA 2YHBA 2HHQA 3PX4A 4KHSA 3OYKA 1N5YA 4Q0BA 4JS4A 1ZBUA 1QQCA 4F2RA 3ISNC 3QO9A 4FLYA 1VRTA 1NK5A 3NH0A 2IAJA 4OKEA 3ZSWA 3IAYA 2OA8A 2HNDA 5J2NA 1W0HA 1U48A 1DTQA 3RMAA 1YVUA 2WOMA 1FKOA 4O4GA 3QEVA 1BL3A 3SJJA 4FJXA 1Q9YA 5FROA 4CJSA 4DSFA 4ID1A 4DG1A 3KTQA 4KHUA 3VQ4A 3VQ8A 3DLBA 4YNQA 3SQ1A 3TI0A 1VSJA 3AVBA 4AHTA 5D3GA 4B9SA 4BDYA 3TAFA 3ZSZA 3ULDA 1B9DA 3ZCMA 1L3SA 4AHCA 1ASUA 1FK9A 3LP1A 4CGHA 1XWLA 1S6PA 5KRSA 3VQ5A 3HXMA 2HNYA 3AVHA 1T8EA 3KLIA 1RT2A 2YNHA 3QIPA 1RTJA 2P1JA 1XHZA 4HCBA 4FM2A 1A5VA 4FLTA 4KTZA 3AVLA 4CJVA 3ZSYA 4DQRA 4IKFA 1Q8IA 4FLXA 4CEQA 1NJXA 4ZTFA 1KLMA 1RDCA 1EXQA 1VSMA 3WNGA 2YV0X 3ZT1A 3HL8A 3EZ5A 1FXXA 3V81A 1TKDA 2KTQA 3C6TA 3ITHA 1YTUA 2YNGA 3RRHA 1SKSA 4NCGA 4RW9A 4FLZA 1WSEA 3HT3A 2GBZA 3OJSA 3RTVA 4AILC 2BE2A 3BGRA 4FVMA 1LWEA 2P5GA 4FZXC 4FJHA 4RW8A 3LWLA 1UA1A 4N76A 2KQ2A 4HUFA 4FJKA 3K5OA 4CJRA 3SUPA 4LH5A 2IC3A 4M3WA 4O44A 4E1MA 2YHAA 2KZMA 3B6PA 1NOYA 3EY1A 3DLGA 1JKHA 1SL1A 2FBYA 3RMBA 3JYTA 4CGFA 2X74A 3IS9A 3HK2A 3VQAA 3ZT0A 1HNVA 1KVCA 4BDZA 5DK5A 5HRSA 1T7PA 3HO1A 1C0MA 1HYZA 3IG1A 4DMNA 1TV6A 3RMCA 3F9KA 3FFIA 4FXDA 4IFVA 4CJTA 4DFMA 3MXJA 1X9MA 4CFCA 2EX3A 4AH9A 4F3TA 2JGUA 1KFDA 4E0DA 4DSKA 3PY8A 3G0ZA 4FK0A 1CZ9A 1SUQA 2Z1IA 4L8RB 4Z4EA 2DFEA 1NK7A 3OY9A 1BIUA 2Z1JA 3RR7A 1Z25A 1F21A 4DWIA 4PUOA 3OVNA 2ZE2A 4CJWA 4Y1DA 2VWKA 4KB0A 3A2FA 2X6NA 3OYAA 2RPIA 4DTJA 3RR8A 4DSJA 3WNEA 1LW2A 3L2UA 1XC9A 4PQUA 4OLAA 3O4NA 2E6LA 4CGIA 4LSLA 3DLEA 3S3OA 4B9NA 1KCFA 4CK1A 1Q9XA 4KHQA 1U47A 1S6QA 4ID5A 5FDLA 5FRMA 4DQPA 4E7HA 1SKRA 1KTQA 1LWCA 3PUFA 4KRFA 3M8QA 3OS0A 1ZBHA 3I8DA 3T3FA 3OJUA 4GMJB 3SQ2A 3LALA 4M3ZA 4O0IA 3KK3A 4GVMA 5J2MA 3AO2A 1RT7A 1BCMA 2IGIA 1NK8A 3H08A 3HPGA 3DLRA 4LSNA 4JS5A 3SCXA 4EZ6A 2QKBA 2ZD1A 1WSHA 3F73A 4DU1A 4DTPA 3LP0A 4DFJA 3QERA 3AO1A 2AJQA 4DTNA 4F4KA 1TK0A 3KJVA 3K2PA 4CJKA 2VG5A 5SWMA 3NF8A 1IO2A 4M3TA 2E6MA 4KFBA 1JLQA 1RT6A 2DFFA 3LDSA 4E7IA 1A5WA 3G10A 4ELTA 3AO4A 5DMRA 4FZZA 3ASMA 3CQ8A 3V9XA 1YT3A 2FBVA 1RNHA 3ZSVA 2VWJA 1UWBA 4Z4FA 4CIFA 2HHVA 1WSFA 1HPZA 4CEEA 4DTSA 1GOAA 1DTTA 1S1WA 4BWJA 4CERA 3VQ7A 3V9ZA 1IH7A 3ZSOA 1EETA 4C8OA 4R5PA 4DF8A 5JS1A 4CJ3A 1NOZA 4Z0UA 2D0CA 4I9LA 1TAUA 1NKEA 3OYFA 1D9DA 5C42A 2FC0A 2GV9A 4CECA 1RBSA 3L2RA 3SYZA 3V4IA 3DOKA 2XHBA 4E7JA 3S3NA 1VSIA 1S9EA 1TVRA 4W5QA 3MXMA 1B92A 4NCBA 3HVRA 4B3OA 3LAKA 5KGWA 1HMVA 3OYEA 4CE9A 4Y1CA 1SL0A 4FW2A 4BE1A 4M3RA 2PYJA 5HRPA 3WNFA 1WAJA 4FJ8A 4YFUA 1T03A 3VQBA 3E01A 4CEOA 3OS2A 3QEPA 1UAXA 3O4QA 4B9VA 3RWUA 4M3XA 4C8LA 4OPJA 3T19A 4HCCA 3CFRA 2A1RA 4IBNA 4DTRA 1IKYA 1RBVA 4E89A 2BDPA 4J2EA 1R0AA 3VQCA 3KD1E 3AO3A 4CHYA 3LZIA 1NK0A 3P5JA 1EKEA 3NF7A 3OYMA 1U45A 3AA5X 2EHGA 1QS4A 3NGZA 3CM6A 3V6DA 1YTAA 3OYIA 4I7FA 4CHZA 3AA2A 1ZBFA 3C95A 5K14A 3VQEA 1RT5A 2XO7A 1NK6A 3NBPA 3KKSA 3KK2A 3AA4A 4JRQA 4DS4A 3SUOA 3SUQA 2HVHA 4KAZA 4UQGA 2YKMA 4CGDA 2ZQBA 1C6VA 1RBRA 4DQSA 4ICLA 1VSHA 4W5RA 1WSGA 3AVIA 3DM2A 3LP3A 1RTIA 3K5NA 3EYZA 3SPZA 4KHYA 5FRNA 1VSKA 1IKVA 4FJMA 1KFSA 4CESA 4FJ5A 4KHWA 4JLHA 1RT4A 2HHSA 1GOCA 1L3TA 1D8YA 3THVA 3SZ2A 2OPRA 2HB5A 3AVCA 3DYAA 4DSLA 3TAMA 1EP4A 4J2DA 4CJFA 4AHVA 1CXQA 1ZYQA 3KLEA 3KLFA 4FM0A 3NE6A 5HLFA 4F8RA 1WAFA 3LPUA 4IFYA 1Y97A 1QE1A 3L2WA 1HQUA 3V9UA 2HNZA 1QSLA 4N41A 4KTWA 1CZBA 2F8TA 4MFBA 2PY5A 3L3VA 3VA0A 2D0BA 5CZ2A 4OLBA 4DTOA 4F3OA 4WE1A 2O4GA 2QKKA 3QETA 1KLNA 4QOZB 2PYLA 4KV8A 2X78A 4CJUA 1N6QA 4OGCA 2P5OA 3NFAA 4B9LA 1K6YA 4CIEA 2P51A 4AHSA 2Z1HA 4J2AA 3LPTA 4O5BA 3RMDA 1RTHA 3PX6A 3HPHA 1WSIA 4LY7A 3DMJA 4HTUA 3D45A 4KPYA 3DLHA 1JLEA 1TAQA 4O0JA 2IS3A 3LWMA 4FJNA 4CIGA 3ALYA 1VSLA 2X6SA 3CFOA 4C8KA 5JS2A 3CG7A 4FJ7A 5HP1A 1J53A 4NCAA 2R7YA 5C24A 1ZBIA 1JLCA 1S1XA 2B5JA 5KTQA 3SUNA 2NUBA 3NH2A 3S9HA 3L2VA 2HHTA 3VQDA 1EX4A 1I39A 3LP2A 4CK3A 4QCLA 1HYSA 2OYQA 1CLQA 4HVJA 4B9TA 1C1CA 4CCHA 2HVIA 2F96A 3WNHA 3RRGA 5HRNA 3C94A 5CYMA 4FLUA 3M8SA 3PO5A 5C25A 3HVTA 4DTXA 4BWMA 3D0PA 1RBTA 4DLEA 4E7LA 5E41A 1HNIA 2BANA 4CEFA 3AVGA 5I3UA 5T7BA 4KI6A 3NF6A 4IG0A 2KZZA 3MXIA 2DTUA 3NH1A 4FLVA 4FJLA 1JXBA 2YKNA 3I0RA 3SQ4A 2Q3SA 1SV5A 1X1PA 4PA1A 3QIOA 3K5MA 3HP6A 2XRIA 3L2QA 1TKZA 1XI1A 2HHUA 4E1NA 3QEIA 4CEBA 4K8XA 1FKPA 4CEDA 5SZTA 1BIZA 5CZ1A 3OS1A 2G8UA 4KREA 4DTUA 3OYJA 1S1UA 3M8RA 3HSTB 1VSEA 3ZT3A 4N56A 3TAGA 1BGXT 1NKCA 4N47A 4FYDA 1NJZA 4AHUA 3O3HA 1TK8A 1IKXA 4EP5A 3V1QA 1QTMA 1BCOA 1HYVA 1NKBA 4OJRA 1LAWA 4O55A 4E7KA 3MEDA 2BGGA 3QNNA 1DLOA 4CJ5A 3SPYA 4K8ZA 4ZHRA 2DY4A 2YNFA 5HROA 3CFPA 4Q5VA 2F8SA 3OYCA 4W5OA 1U4BA 2XY8A 4KKOA 1RCHA 4E3SA 4PY5A 2G8FA 4C8MA 4IDKA 1HJRA 3MAQA 4G1QA 4C8NA 4CHOA 4DFPA 3PV8A 4Z4IA 5J1EA 1RDAA 1BI4A 5CYQA 3AVFA 1J54A 3NGIA 1REVA 4FJJA 3HJFA 4ZTJA 3KD5E 3TANA 4AHRA 1KVBA 3K57A 5J2PA 1JLFA 5KGXA 4FK2A 3OYHA 3KKRA 3VA3A 4CJEA 4LD0A 1GOBA 2G8IA 3QLHA 2HHXA 4FW1A 4RW7A 2XY7A 1RILA 1S9GA 2FBTA 3AVMA 3DI6A 1NJWA 2G8HA 2XY5A 3CYMA 3K5LA 2QXFA 2G8WA 2GUIA 2Y1JA 1JL1A 1BI4B 3S3MA 4OGEA 4FK4A 4FZYA 3HPOA 1Z26A 3PO4A 5J2QA 1C0TA 3NCIA 4FCYA 1VSDA 3OYNA 3C6UA 3O3GA 4H4OA 2ITGA 2ATQA 2D0AA 3DRPA 1VRUA 3V1OA 2Y1IA 1MU2A 4CHNA 1TL3A 4DLGA 3KLGA 1O1WA 1I3AA 4CFDA 1WLJA 1C0UA 3VQQA 3OYBA 4IG3A 4DFKA 1HRHA 3U6FA 1J5OA 2FBXA 4LH4A 1JLAA 1RDDA 1NK9A 4DQIA 1JLBA 1L5UA 4B9UA 1RDBA 4H4MA 3V1RA 4DTMA 3AVNA 3ZSRA 4Z4GA 3L3UA 4CFAA 4BACA 4B9MA 4CF2A 4OPKA 3NAEA 1C1BA 2B4JA 4HHTA 4CGJA 1U49A 2JLEA 4FM1A 1SKWA 4CHQA 2KFZA 1ZBLA 2ETJA 3JSMA 5I42A 4CJQA 3ZT2A 1B9FA 1JLGA 4CEZA 1ASWA 1RT3A 3DLKA 2O4IA 1J9AA 4DS5A 1XHXA 3V9WA 5EU7A 4EP4A 4JRPA 4MQ3A 4GW6A 5KRTA 2XY6A 1L3VA 1KRPA 4HUGA 3VN5A 4FJ9A 4DQQA 2QK9A 1BISA 2W42A 4EZ9A 3PX0A 5HBMA 3ZSQA 4BE0A 3K58A 3V9SA 4CGGA 4ELUA 2E4LA 4CHPA 4DU3A 3TABA 4Z4HA 1U04A 4B8CA 4OVLA 3DRSA 4RW6A 3QESA 1G15A 3KK1A 3QEWA 4M3UA 3P1GA 3TAPA 3LANA 3QINA 1IG9A 3I0SA 5KI6A 3AO5A 1RT1A 4N5SA 3BDPA 1LV5A 2OZMA 3SV4A 3B6OA 4DU4A 3VQ6A 1TGOA 4KTQA 3U3GA 4DSIA 1IKWA 3TR8A 2VG6A 4QAGA 4NYNA 3VQ9A 4B8AB 4E19A 1SL2A 1VK0A 3KIOA 4FJIA 1X9WA 1RTDA 4Z4CA 4XIUA 1WN7A 3NF9A 3AV9A 3HP9A 2PZSA 4M41A 1L3UA 4CJPA 3OYGA 5CY4A 1NJYA 3OYDA 3AVJA 3LZJA 3TARA 4W5NA 4H8KA 1TKTA 1S5JA 1C1AA 3U3YA 1QHTA 1A5XA 2WONA 2RN2A 2YNIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T05A 1T44A 3K59A 2G8VA 4FJGA 2EWSA 4IXCA 1X9SA 2BUPA 1S1TA 1UA0A 1QZ6A 4OKKA 3SQ0A 4JN4A 2ZF5O 3MCPA 4HUEA 1QSSA 4GKJK 4CF9A 1RDWX 2OPSA 1BU6O 3FR0A 1T3VA 3KWIA 1TKXA 4CJ4A 1ESVA 1S72N 3P83D 3TWHA 2VGMA 1Q86O 1XNRK 3TAQA 3T1HK 1BA1A 4CFBA 4IEIA 4BRFA 4B08A 3QBXA 4DSEA 4CK2A 1TUUA 3MN7A 1WSJA 4V19S 5LJVA 4YOXA 5M1PA 4RW4A 4M3YA 1LW0A 3CJ7A 3C7NB 3HM8A 2KFNA 1RBUA 5M1QA 4YOUA 5EY4A 2HHHK 4O8KA 3MECA 3KLHA 1DEJA 3U9ZA 2HW3A 3MX2A 2NRHA 2PFUA 2NRVA 4KHSA 1N5YA 4WYBA 2RHKA 1HJOA 4F2RA 3QO9A 3O6WA 2HNDA 3LDQA 4BGAA 4FJXA 3SJJA 3H45C 5EOYA 3BF1A 3FZFA 3MX5A 3WQUA 5GIPA 4DV4K 4KHUA 4AHTA 3AVBA 4B9SA 3L0QA 3ZSZA 3ZCMA 4AHCA 3LP1A 2I7PA 4CGHA 5KRSA 1ZC6A 3HXMA 1T8EA 2RE2A 4CD3A 4HCBA 4FM2A 4FLTA 3AVLA 2BH1A 4IKFA 4CEQA 4ZTFA 1KLMA 1RDCA 1VSMA 3A0IX 3IMXA 3HL8A 1FXXA 3UKUB 1TKDA 3ITHA 3HT3A 3H3NO 2BE2A 5AQYA 4J8FA 2KQ2A 4FJKA 3K5OA 4ILJA 4CJRA 4MO4A 3SUPA 3PSFA 4LH5A 4BRLA 2IIRA 4H5VA 4E1MA 2VCPA 3SJHA 2KZMA 4DR1K 3B6PA 4YORA 3EY1A 5BN9A 3THYB 1SL1A 4B1WB 3FZHA 2O8BA 4CGFA 5BRFA 1HX1A 3VOVA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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