4CEEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceeA00
1LWFA 3S9HA 4DSKA 1G15A 1UA0A 1N5YA 1REVA 4Z4HA 4F8RA 1ZYQA 4FZZA 4CGHA 3K5OA 2G8IA 3SUPA 2HVIA 3VQ8A 4HCCA 2E4LA 3AO3A 3DRRA 4OGEA 3TR8A 4CFAA 4BWJA 3QEVA 1S1WA 1NK6A 4AHSA 1RTDA 1VSKA 1RTHA 1A5VA 2Z1HA 3C6UA 3HVTA 5JS2A 4EP5A 2ITGA 4DFPA 3TAGA 4QOZB 2KTQA 2IS3A 1TKXA 3DI6A 4Z4FA 2D0AA 4EZ9A 4FJNA 3QIPA 4ELTA 1S5JA 4W5NA 2EHGA 1ZBFA 1VSDA 2ZD1A 1ASUA 1N6QA 2XHBA 1L3SA 2Z1JA 3TAMA 3F9KA 1U49A 1I39A 3WNHA 2WOMA 3QO9A 2W42A 4BDZA 3TABA 2HHSA 2PYJA 3M8PA 4OVLA 3QESA 4CJEA 3PX0A 3DOLA 2VWJA 4DSLA 3RTVA 1RDAA 3SV3A 3ISNC 1EKEA 3LDSA 2G8KA 1IKWA 4E7KA 4OKKA 1ASWA 3L2QA 2P5OA 1JL2A 2G8WA 1UWBA 1K6YA 3M8QA 3IS9A 3ZT3A 1LWEA 4IFVA 4JLHA 1RILA 3OS0A 3DLKA 4KPYA 1GOCA 4ID1A 3T19A 1HRHA 5HRNA 3CFPA 3LAMA 1LAWA 2YV0X 3OYGA 3OYLA 2A1RA 3DLEA 4CJTA 3OYBA 3DOKA 4CF9A 4CGGA 2BGGA 3V1RA 5DK5A 3NGYA 5J2QA 3V9SA 2HMIA 4C8KA 2YKMA 4OKEA 1XC9A 4M3WA 3I8DA 4M3UA 4KHWA 2ZQBA 4JS4A 3AO1A 2AJQA 1RT4A 1I3AA 3LP2A 1B9DA 4M3YA 4PQUA 4Q5VA 4W5OA 3SYZA 1EXQA 1KVCA 3D45A 5C42A 3D0PA 2DTUA 2GUIA 1C0TA 1EP4A 1KVBA 1QSYA 1KTQA 3PUFA 4FLXA 3S3NA 4AHUA 1NJYA 3SQ2A 2LSNA 3AVKA 3ASMA 4CGDA 4CHNA 3NHGA 3L2UA 3V9XA 1IKVA 1MU2A 3VQPA 4CJKA 4O0IA 4W5RA 1FKOA 2FC0A 1L5UA 3BGRA 1SUQA 3KLIA 3K5NA 4DTNA 3SI6A 3KD5E 3VA0A 4OJRA 4R5PA 4CJSA 1JLGA 2Y1JA 3DYAA 4FLUA 1HYSA 1NK9A 2G8FA 3HSTB 4HUFA 3CM6A 3OYDA 3VQ7A 4E1NA 5HROA 1X1PA 3CFOA 3DLHA 4KTZA 1CXUA 5FDLA 4CFDA 3HPHA 4N41A 4BACA 4QAGA 3VQCA 2QXFA 4DU1A 3L8BA 1CZBA 1C1AA 4Z0UA 4CJVA 3M8SA 4TSXA 3RMCA 1TK8A 1CLQA 4DTSA 4Y1DA 4H4OA 4FK0A 2R7YA 4M42A 4ICLA 4CEZA 1WSGA 3NDKA 2EX3A 4CHYA 4YNQA 4FJ5A 1JXBA 1XHXA 3HK2A 3AVHA 3DRPA 4IDKA 4RW8A 1HQEA 3CQ8A 4IG0A 2FBVA 1TVRA 3SUOA 2KFNA 2D5RA 1J5OA 4M3ZA 3OYHA 4KB1A 5HP1A 3NGZA 4LH4A 4CFBA 2FBXA 3TI0A 1QSLA 3TAPA 3LWLA 4J2EA 4CEEA 2XO7A 1SL0A 4FJMA 3ZSYA 4YFUA 3K2PA 1BHLA 2Z1GA 3MXIA 1X9MA 3PX6A 1GOAA 1L3VA 3P83D 4IKFA 1RDCA 4Z4CA 5K14A 4KV8A 1NK7A 3TAEA 4RW9A 4KTWA 4CGJA 3RMDA 3L2VA 4HTUA 3HJFA 3VQAA 3O3GA 4K8XA 3WNGA 1RBRA 5E41A 4DU4A 4B8AB 4AHTA 1JLCA 1NK0A 2X78A 1BQNA 1NOYA 1O1WA 2PZSA 4ELUA 2HNDA 1UOCA 1XHZA 2YNFA 1NOZA 4MQ3A 3HXMA 3NF8A 3LANA 3V9WA 5J2MA 3ALYA 1FXXA 1VSHA 3QEPA 4DU3A 4CEFA 1L3UA 2VG7A 1C0UA 1WAJA 1WSHA 3KLHA 1RT3A 3OYIA 3KK1A 3LWMA 1S9EA 3VQEA 4JRPA 1TK0A 2IOCA 1JXEA 3HPGA 3KKRA 2PYLA 4DSIA 2XY5A 3KD1E 1FKPA 3AA2A 4FYDA 5FRMA 4C8NA 1BGXT 4Q0BA 3VQ5A 4AH9A 3NFAA 1TKZA 1WLJA 1QHTA 3QIOA 4N47A 4G1QA 2KZMA 3LAKA 2YNIA 4NCAA 2VWKA 4CK1A 4I9LA 3OYMA 3EYZA 4BDPA 2G8HA 3NAEA 3ZSWA 2YHAA 4DQIA 4FK2A 1TKTA 2DFHA 1JLQA 1B92A 5SZTA 5JS1A 4O5BA 1BISA 1JL1A 4CEQA 3SQ4A 3DLBA 2WONA 3OVNA 3AO5A 4LSLA 1R0AA 4FW2A 1Q8IA 4I9QA 2BDPA 1CZ9A 4C8OA 3P5JA 4F3OA 3QINA 3U6FA 3V1OA 1T7PA 3IAYA 1C6VA 4FLYA 2O4IA 4RW7A 3CYMA 2B4JA 3MEGA 1YVUA 3RMAA 4O4GA 3LP1A 4DSJA 4DTPA 3SNNA 4M45A 3OYEA 3QETA 1EETA 1UA1A 4CEAA 4CK3A 1D9FA 2YNHA 1C1CA 1HYZA 5FRNA 1RT7A 4J2DA 1KCFA 2OZSA 1JLAA 4DQSA 4CJ4A 3HVRA 3SPZA 4DQRA 1KFDA 3C95A 3AA5X 2FBYA 1WSFA 1CXQA 4DSEA 4FK4A 3AO2A 1U45A 2JGUA 3A2FA 2A1SA 4CFCA 3SUNA 2X6SA 3WNFA 3KLFA 3AVLA 4ID5A 3ZSXA 4CHPA 3S3OA 1U4BA 4FLWA 4B9UA 2RN2A 4CGIA 1IH7A 3LP3A 4EP4A 2OPPA 4BE0A 1U47A 2HVHA 4FLTA 3V4IA 1ITGA 5KGXA 2B6AA 4IFYA 1KLMA 3AVIA 2YKNA 1NJWA 4CF2A 4FLVA 3NGIA 4DTMA 2ETJA 3DRSA 3AVCA 2IC3A 3TARA 5J2NA 1NK5A 4CJLA 3V9UA 2HHXA 1ZBLA 1IKXA 1S6PA 5J2PA 1T03A 4B9VA 3MAQA 1LV5A 3JYTA 3NF9A 1VK0A 4NYNA 3L3VA 4AHRA 1WN7A 1DTTA 3L2RA 3LZJA 1KLNA 3HM9A 3KLGA 1XWLA 1JLEA 2Z1IA 1FK9A 3SZ2A 3PX4A 4B9NA 2DFEA 4C8MA 3VN5A 3G10A 4DMNA 4FCYA 1YTAA 4NCGA 4DQPA 4NYFA 4BWMA 1Q9YA 5CYQA 4KHNA 2OPSA 2QK9A 1RDBA 4KI6A 4CGFA 3CFRA 2XY7A 2QKKA 2KQ2A 1WSEA 4AILC 3ZSOA 4DTJA 4ZTJA 5SWMA 1HMVA 1WNSA 3E01A 3CG7A 1RT6A 4DLEA 4RW6A 1KSPA 4CIFA 3MXJA 1BIZA 4ELVA 1LW0A 1HYVA 1RT1A 3AVNA 4LH5A 3OJSA 3PV8A 4GW6A 3K57A 1NK4A 1VSFA 3ZT4A 4HVJA 4FJJA 4E19A 4BE2A 3OYJA 1WSIA 3K58A 4EZ6A 2YNGA 4CJWA 3CM5A 2OZMA 3ZSRA 4JRQA 4B9MA 4DTRA 5CZ1A 1ASVA 3VQDA 1GOBA 3B6PA 3ITHA 4JS5A 1BQMA 3U3GA 1BCMA 3VQ9A 1VSEA 2PY5A 4H8KA 1U04A 4GMJB 2IAJA 1BL3A 1BI4B 3C94A 4CF8A 4W5TA 4BE1A 3G0ZA 3LPUA 4DQQA 3LPTA 1D8YA 3IRXA 5EU7A 3TANA 4FJXA 3NF6A 2VG6A 3IG1A 3K5MA 4DTXA 2KZZA 3HO1A 1TK5A 4O0JA 1DTQA 3KTQA 2GV9A 3ZT2A 4AHCA 4KHQA 4PWDA 3AA4A 1J54A 2DFFA 2OYQA 1W9HA 1Z26A 4FLZA 2O4GA 4E7HA 2BE2A 2X74A 3T1AA 3LZIA 4E89A 1BI4A 3QNNA 3B6OA 3DLGA 4IG3A 1SKWA 3TWHA 3HP6A 2OPRA 1J9AA 2D0BA 2NUBA 1SL2A 4RW4A 4DFMA 5HRSA 3I0SA 2XY6A 1KVAA 4FM1A 3OS2A 3OYFA 5D3GA 1VSLA 1T8EA 4KHSA 5KGWA 4B9TA 4RG8A 4J2AA 1B9FA 2X6NA 1XI1A 4UQGA 3ZSZA 4Z4IA 1RBTA 4F4KA 4OLBA 3OY9A 4DFJA 3V81A 3RR8A 4FZYA 3QEXA 1A5WA 4CECA 3JSMA 4CERA 3DLRA 1TL1A 1YT3A 2HNZA 3LALA 5T7BA 3RRHA 5HLFA 3AVJA 1X9SA 1Q9XA 3RRGA 4E7IA 1T05A 4CJRA 3OYAA 4CF1A 1SKSA 3TAQA 5DMRA 1SV5A 4OPKA 4DS5A 3RMBA 4OGCA 4O44A 5C24A 1QTMA 3H08A 4LD0A 1J53A 1BIUA 4FJ8A 2DY4A 2OA8A 4CF0A 4L8RB 4BDYA 4LY7A 3U3YA 1F21A 3P1GA 2IDOA 3OJUA 3DMJA 3MECA 4I2QA 1L3TA 3RR7A 3KKSA 4DSFA 1SKRA 1RNHA 2F96A 3UIQA 2P51A 2QKBA 2ZE2A 3HT3A 3EY1A 3VQQA 1TAUA 4E1MA 3ULDA 3S3MA 1TGOA 3MEDA 1A5XA 1HPZA 4GVMA 3VQBA 5KRTA 4IBNA 3VQ6A 5HBMA 3L2WA 3AVFA 4XIUA 3SPYA 3I0RA 3O3HA 4I2PA 4I7FA 3OYNA 3C6TA 3AA3A 3O4QA 3NBPA 4MFBA 1ZBUA 2E6MA 3V9ZA 4KFBA 4AHVA 3NCIA 1NJZA 4FJIA 1C0MA 1VSIA 1U48A 1QSSA 4B3OA 3QEWA 4ZHRA 4N76A 3HPOA 3SUQA 3AVAA 3K59A 1SL1A 1TKDA 3PY8A 4DTUA 1VSMA 1RBSA 3L3UA 4E7LA 1VRUA 1JKHA 1TV6A 1IO2A 2HB5A 1DLOA 2XRIA 3EZ5A 3NE6A 3AV9A 4NCBA 4Z4GA 3KLEA 1HQUA 5J1EA 2IGIA 4K8ZA 3FFIA 3KJVA 5HRPA 1S6QA 3KK2A 4CIGA 4B8CA 1BCOA 2HHTA 3PO4A 1JLFA 5CYMA 4M3XA 4E3SA 5KRSA 2RPIA 4CIEA 4FJGA 1UAXA 5CY4A 2KFZA 1ZBHA 4HUGA 2HW3A 4CHQA 3SQ0A 3SCXA 4CEBA 4N5SA 2F8SA 3T3FA 1IKYA 1RT5A 2P5GA 4HUEA 1NJXA 1IG9A 4FJ7A 3AO4A 2Y1IA 4KHYA 1WAFA 4M3RA 3OYKA 4FJHA 1TL3A 4J2BA 3OYCA 3ZCMA 1RBUA 3RWUA 1HNVA 4CHOA 2OPQA 4CCHA 3MEEA 1RCHA 4KRFA 1LAVA 3SJJA 3V6DA 3HYFA 5CZ2A 5I42A 4B9LA 4E0DA 4KREA 3HP9A 1EX4A 2HHWA 3AVMA 2VG5A 3NF7A 1RT2A 2D0CA 2F8TA 3K5LA 1QE1A 2B5JA 2Q3SA 2YHBA 3O4NA 4CEDA 4CESA 3ZT1A 3THVA 1S1UA 3ZT0A 4OLAA 4W5QA 1VRTA 4CJQA 1HNIA 2GBZA 2HHQA 4KB0A 5KTQA 2ATQA 4F2RA 1LWCA 2BANA 4FZXC 4CE9A 1Y97A 2JLEA 3V1QA 1S9GA 5FROA 4OPJA 1KRPA 1JLBA 3VA3A 3NH1A 1RTJA 4HCBA 4CHZA 4FM0A 3QLHA 4LSNA 4N56A 1NKBA 3KIOA 4PA1A 1ZBIA 2XY8A 4KTQA 1RBVA 4CK2A 4DG1A 1W0HA 4M3TA 2G8UA 2G8VA 4F3TA 4M41A 4DWIA 3TAFA 5I3UA 3NH2A 4FJ9A 2RF2A 4CJ5A 4O55A 3DM2A 5C25A 4HHTA 4DLGA 1RDDA 4KI4A 2RKIA 2KW4A 1VSJA 2I5JA 4DTOA 4KO0A 4FVMA 2HNYA 5HRRA 4ZTFA 1D9DA 4H4MA 4WE1A 1X9WA 1HJRA 3BDPA 4E7JA 4FJLA 4FJKA 4FW1A 4PUOA 2FBTA 1Z25A 4CJUA 3MXMA 4FXDA 4B08A 1D5AA 3AVGA 1WSJA 1TAQA 4CEOA 1YTUA 1NK8A 1S1TA 3ZSQA 1NKEA 3ZSVA 3QEIA 1KFSA 1C1BA 2E6LA 4CJFA 4CJPA 4KKOA 4DS4A 4KAZA 3SQ1A 2P1JA 4Z4EA 3F73A 4F2SA 3PO5A 1RTIA 4DF8A 3AVBA 1NKCA 4C8LA 4QCLA 3VQ4A 2HHUA 4FM2A 4CJ3A 4Y1CA 4B9SA 3QERA 4DFKA 1QQCA 3O3FA 4PY5A 4KHUA 3OS1A 2HHVA 3KK3A 1S1VA 3WNEA 3LP0A 3HL8A 3QNOA 1LW2A 3NH0A 5KI6A 3M8RA 4OKJA 1S1XA 3SV4A 1QS4A 4DF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XMOK 3RSEA 1G15A 1UA0A 4ISGA 4Z4HA 4PHTX 3CCSN 3O4WA 4OGEA 3TR8A 3QEVA 4UY8O 2WTUA 1RTDA 4BRDA 3VTHA 5JS2A 2A5XA 3TAGA 4QOZB 2IS3A 1TKXA 3KWIA 1HNXK 1S5JA 1ZBFA 2ZD1A 1N6QA 4FVUA 3F9KA 2QTDA 1I39A 3WNHA 3M8PA 4K41A 1EWRA 3DOLA 1RDAA 3LDSA 2G8KA 4GV9A 4OKKA 1ASWA 5KPRA 1JL2A 3FZFA 4FWQA 2E2QA 3MWPA 5LMNK 1VQ8N 1U2VA 1GOCA 4ID1A 4BR5A 5TKWA 1LAWA 2YV0X 4CF9A 2OTLN 3V9SA 4KHWA 2ZQBA 5BRHA 2VCPA 3LP2A 1KVCA 3D45A 3CC2N 3MN6A 3P38A 4PL8A 1C0TA 1KTQA 3S3NA 3SQ2A 3AVKA 3L2UA 5DM7L 3VQPA 4O0IA 4H5NA 3BGRA 1N36K 4B1YB 2Y1JA 4OJRA 5AZJA 4R5PA 4YDUA 1OH8A 1NK9A 2CGLA 3U4LA 4E1NA 1X1PA 4DV1K 4KTZA 4QS8A 5FDLA 4CBWA 4JYAK 5CR4A 2VQFK 4Z0UA 3M8SA 4CD1A 1NNEA 3CCQN 2WBNA 3RMCA 1G99A 4CEZA 2EX3A 3AVHA 3DRPA 4IDKA 4BY9C 4IG0A 1TVRA 2KFNA 3OYHA 3TI0A 1ZC6A 1QSLA 2XO7A 3K2PA 1X9MA 1L3VA 2IVPA 2W41A 1RDCA 3UKUA 1QTMA 4W5NA 3L2VA 3VQAA 2CH6A 4DU4A 4AHTA 3TPQA 1X3NA 1NK0A 2X78A 2FXUA 3MWTA 2PZSA 4ELUA 4BVPA 1NOZA 2P9NB 2O8EA 3LANA 1FW6A 3FR0A 4DV6K 1L3UA 2VG7A 1WAJA 2YX6A 1WSHA 3LWMA 3OYIA 4MO4A 3G25A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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