4CEFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cefA00
3WNHA 1GOAA 3DOLA 4M3XA 5T7BA 3MEGA 3QEXA 4CJPA 5C42A 4LY7A 3KLGA 5KGXA 4DSIA 4FJ7A 1NJZA 1J54A 1TAQA 3HPHA 1ASVA 1NKBA 3PY8A 4AHRA 4HTUA 4F8RA 1JLAA 3V1RA 1D5AA 2EHGA 3AO5A 3DM2A 1QTMA 4BWJA 2B5JA 1VK0A 2YNFA 3AVMA 1SKWA 4PUOA 3OYJA 4C8MA 1EP4A 3LP0A 4O0JA 4FYDA 3AO2A 1BISA 3ZT0A 4AHVA 4FJLA 4AH9A 1YT3A 2JGUA 1RT5A 3TR8A 1TAUA 4M41A 4E3SA 1NOZA 4C8KA 4BE1A 4KKOA 4DFMA 4FJ5A 3NE6A 4FJKA 4PY5A 1J5OA 4B9SA 4N47A 3OYMA 3NAEA 3OJUA 1NJWA 3O3GA 4B8CA 4FVMA 1I39A 1IKXA 4KHWA 1VRTA 1VSEA 1S1XA 1ASWA 3KD1E 3L3UA 4EZ9A 2Z1JA 4CJ5A 2OZMA 4JLHA 3WNFA 1RBRA 3TABA 1NK6A 1KVAA 3B6OA 4FLYA 1HNIA 2PY5A 4MQ3A 1VSLA 4I2QA 1EKEA 3SUPA 3V9SA 3HSTB 2FBYA 2AJQA 5KI6A 4FK4A 3QIOA 1R0AA 4BDZA 3QINA 1WSHA 3ZT3A 2HVIA 4DFJA 2XY5A 2E6LA 4CECA 3NCIA 4FLXA 3K5NA 1XC9A 1NJYA 1KSPA 3G10A 3SNNA 1B92A 3LWMA 2R7YA 3KK1A 3AA4A 1DTQA 2O4GA 3VQQA 2VG7A 3AVHA 2HNZA 2DY4A 4FLVA 5HROA 4Z4HA 3ULDA 2QK9A 1HQEA 4DWIA 1RDDA 3T1AA 1BGXT 3KKSA 2IDOA 1TKTA 4CEAA 3VQ6A 4KI4A 1RDAA 2HB5A 1ZBLA 4KV8A 4B9NA 4CF9A 5FDLA 4B9VA 3KKRA 3ASMA 3QO9A 3KLFA 1JLCA 3V81A 1X9WA 3V4IA 1U47A 4CEDA 3AVBA 3OJSA 3V6DA 2QKKA 3AVFA 1ZBIA 3KLEA 1TGOA 4CHYA 1T7PA 4B9UA 3I0RA 1WSIA 3EY1A 4MFBA 1WAFA 4YFUA 2RKIA 3QETA 3KLHA 3PX4A 1SL2A 2D0AA 4NYFA 4L8RB 1C6VA 1WSFA 4BE2A 3KJVA 2KFNA 4AHSA 5I42A 4G1QA 4FM2A 1ZBFA 4KHNA 4DFPA 1HRHA 5E41A 4DF4A 1G15A 1RT2A 2XY7A 4DTNA 1C0UA 1TKXA 1WSEA 4CERA 3V9XA 5SZTA 4OKJA 4CIEA 1WSGA 1ZYQA 1ITGA 3PX6A 1VRUA 3DRPA 4CFDA 1N5YA 4AHCA 3DRRA 3VQAA 5CYMA 2D0CA 1NK9A 1MU2A 4JS5A 3OYGA 1SL1A 3MEEA 3HVRA 1HJRA 4CEFA 3QESA 4DQPA 1JXEA 3ZSOA 4W5QA 3OYLA 4BE0A 1TK0A 3SQ2A 3NF6A 1O1WA 3ZT2A 1SKSA 3NGZA 1RBSA 4FJHA 2OPSA 4FZZA 1Z25A 3LPTA 4DSFA 2YKNA 3BGRA 4DS5A 3MXIA 1C1CA 4OVLA 1U45A 4Z0UA 4J2EA 4FJNA 3LWLA 1T03A 1IG9A 1KFDA 2ZQBA 1A5XA 4FLWA 2HMIA 2YV0X 1BI4A 3TI0A 1HYSA 3HK2A 1NKCA 1ZBHA 3ITHA 4H4OA 2YKMA 3VQ5A 3HM9A 4DU1A 3TANA 1EXQA 4M42A 1JL2A 3D45A 4B08A 4Y1DA 4N56A 1KTQA 2ZE2A 1F21A 5C24A 2VWJA 1NK5A 1N6QA 4RW7A 1BCMA 4E0DA 1KCFA 3E01A 4K8ZA 2YNHA 3OS2A 1RBTA 2OA8A 3VQ7A 4DTJA 3B6PA 1WAJA 5CY4A 2W42A 3MEDA 3M8QA 4KFBA 2HHSA 5J1EA 2G8HA 1U48A 1S6PA 2E4LA 3HPGA 1JKHA 4E7JA 1WN7A 4DU3A 4ELUA 1QSYA 4F3OA 3DYAA 1WSJA 4CF8A 3M8RA 1RBUA 3ZSZA 3I8DA 2G8WA 5JS1A 3P5JA 3NHGA 3VQ4A 1IO2A 4GW6A 4CK3A 3DLGA 3ZSQA 4CJWA 3S3NA 2NUBA 2P1JA 5FRMA 4OJRA 3RR7A 3HO1A 5HRPA 4HUGA 3QERA 4TSXA 3U6FA 4CGHA 1UOCA 4H4MA 4IG0A 4M45A 2BDPA 3T19A 3NBPA 3DLEA 4UQGA 4DSKA 5EU7A 4CJLA 3SV3A 2GBZA 3MAQA 4OGCA 4DU4A 1FKPA 1L3TA 2FBTA 3ZSYA 4CGFA 3L2QA 4FJIA 3ALYA 1RDCA 4KPYA 3DMJA 1C0TA 4BDPA 3DLKA 4E1NA 4KB0A 3SQ1A 1BL3A 1RCHA 4DQIA 3TAPA 4M3RA 2YHAA 4W5NA 1JLGA 3OYBA 1TL3A 2XHBA 2OZSA 4B9LA 1LW0A 5J2NA 4J2DA 1IH7A 5KRSA 1HPZA 4DQQA 1L3VA 2F8TA 2PYLA 4QOZB 3IS9A 3OS0A 5HRSA 1NKEA 4NCBA 3VQPA 4CEBA 3L2WA 3CFOA 4Q0BA 1S1WA 4CEQA 4Z4FA 5K14A 4I2PA 4WE1A 4CFCA 3NGIA 2DFEA 4KI6A 5HBMA 3K5LA 4HCCA 3FFIA 3LP1A 2YNIA 4LD0A 1S1VA 3HL8A 1UA1A 2X78A 4DFKA 1B9FA 5KRTA 1C0MA 4FLZA 3RR8A 3OYAA 3NH1A 1BIZA 3LZIA 2X6NA 3L2RA 4FLUA 4CGJA 3VA3A 4B3OA 1QS4A 3S3OA 3KK2A 2HW3A 3L3VA 1BQMA 1Z26A 3M8PA 3ZCMA 1NK7A 3DOKA 2P5OA 4KAZA 2HHUA 3H08A 3CFRA 1S6QA 1S5JA 3IG1A 4FW2A 2X6SA 1DLOA 1FKOA 4JRQA 3LALA 4FZXC 4FM1A 3SPYA 3IRXA 3ZSRA 4H8KA 4ELTA 4KHUA 1IKYA 3TWHA 2EX3A 4PQUA 4QAGA 4CCHA 3AA2A 3QLHA 4CEEA 4CJEA 1RTDA 1TKDA 3RMDA 3AO1A 2A1SA 4FW1A 4DQSA 3EYZA 1TK5A 4E7HA 4N41A 1RBVA 1RNHA 3QIPA 4CJQA 4HVJA 4IDKA 4RW4A 3OYHA 3V9ZA 1BIUA 2KQ2A 4BWMA 4CIFA 4CHOA 1RT1A 4CK1A 4OKEA 4RG8A 3V1OA 2XO7A 1BCOA 4FJMA 5D3GA 4B9MA 1KLNA 3SUOA 3RMBA 4CIGA 3LPUA 1X9SA 3DLRA 4KO0A 4DTSA 2HHXA 2VWKA 4GVMA 4Z4EA 3LP2A 1D8YA 4KRFA 1ASUA 4LSNA 1TK8A 4E89A 3TAFA 2HHVA 3KIOA 2FBVA 3ISNC 3TAGA 4HUEA 4FXDA 2X74A 4DSJA 4M3UA 4KREA 3C94A 3NF8A 1Q9XA 3VQCA 3JSMA 4E1MA 3HJFA 4NCGA 4ZTJA 4F3TA 3HYFA 1D9DA 3L2VA 3AA3A 5HRRA 2ZD1A 1B9DA 3O4QA 4Y1CA 4CE9A 4JRPA 3RMCA 3RMAA 1KVCA 4IFYA 2WOMA 1W9HA 4NYNA 4BACA 3QEIA 4KTQA 3OYEA 3U3YA 4Z4IA 4M3YA 4FJ9A 3L2UA 2VG6A 1X1PA 3OVNA 1JLBA 3O3HA 4I9QA 4CESA 4KTZA 2ITGA 3O4NA 4IBNA 4HHTA 5CYQA 4B9TA 4FJXA 4M3ZA 3VQ8A 2D5RA 4RW8A 1LWCA 4AHTA 1L3SA 4FK2A 1CXQA 3PO4A 1HYVA 3WNEA 4I9LA 1LWEA 1BI4B 2I5JA 3A2FA 3ZSVA 1S9EA 4IG3A 3KK3A 3VA0A 2GV9A 3DI6A 1UAXA 3SUNA 4I7FA 3S3MA 1T05A 4HUFA 5CZ2A 4DSLA 1NK0A 4CJSA 1A5WA 1REVA 3QEVA 1CZ9A 2BGGA 3LP3A 4CJVA 1C1AA 2YNGA 3G0ZA 3SQ0A 1TL1A 4E19A 3C6TA 2G8UA 4F4KA 3HXMA 2ATQA 2IC3A 3NH0A 3HP6A 1LAWA 1LW2A 3P83D 4R5PA 4EZ6A 1FK9A 4FZYA 2HNDA 2G8IA 1NOYA 4DSEA 3OYDA 3TARA 1XWLA 4OLAA 1QQCA 1YVUA 1VSKA 1S1TA 3OYIA 2O4IA 4CGGA 5HRNA 3SZ2A 2GUIA 3OYKA 4DMNA 1EX4A 4W5TA 1TKZA 2RF2A 4W5RA 2IOCA 1K6YA 4DTUA 4O0IA 4CHQA 3JYTA 4J2BA 3CM6A 4CHZA 4ZHRA 1J53A 4KB1A 1JL1A 1T8EA 1VSHA 2BE2A 1NJXA 1DTTA 2PYJA 4KHQA 4CEZA 1RDBA 3THVA 1A5VA 2F8SA 1YTAA 4E7IA 1KLMA 2KZZA 1JLEA 3VN5A 4HCBA 3VQEA 4CF1A 4FLTA 3ZSWA 2XRIA 4FJ8A 2PZSA 4N5SA 4OGEA 4DS4A 2ETJA 1I3AA 5J2PA 3UIQA 1HYZA 4EP4A 3S9HA 5CZ1A 3PX0A 4BDYA 1VSMA 1RT3A 3VQ9A 4CHPA 4FCYA 1Q8IA 5DK5A 1L3UA 3OYFA 3LANA 2XY6A 3AO3A 4FJJA 3EZ5A 1J9AA 5J2QA 3KD5E 4NCAA 1TV6A 4O55A 4PA1A 1NK4A 4O44A 3TAEA 4KHSA 1WNSA 4IFVA 3AVGA 4PWDA 2KFZA 2IAJA 4J2AA 2Z1HA 3AVIA 2XY8A 3AV9A 4Z4CA 3V9UA 3K5OA 1VSFA 5KTQA 1RTJA 4EP5A 4OKKA 4DTPA 3RRGA 3QEPA 4W5OA 3HP9A 1QSLA 1KFSA 3HPOA 4DLEA 4DTMA 3SJJA 2KW4A 1X9MA 3OYCA 2B4JA 4Q5VA 3NGYA 2P51A 1S9GA 1QHTA 4DTXA 1VSDA 3I0SA 3TAQA 1RTHA 4CJFA 3SCXA 4LH4A 4CFBA 4FM0A 1QSSA 4M3WA 4M3TA 1JLQA 4O4GA 3QEWA 3K58A 2B6AA 3LAMA 2IGIA 3ZT1A 1LAVA 1XHZA 3SPZA 1VSIA 3LDSA 1RILA 5C25A 4DF8A 2OPRA 4FJGA 1TVRA 3HT3A 1D9FA 4QCLA 3DLBA 1CLQA 1Y97A 2HNYA 4YNQA 3IAYA 2OPQA 2VG5A 3SYZA 2Y1JA 2QKBA 2HHWA 3CQ8A 1KVBA 3PUFA 4C8NA 4GMJB 4ID5A 1XHXA 3QNOA 3T3FA 5SWMA 3QNNA 3PV8A 1SV5A 3AVKA 1BHLA 4CEOA 3AVNA 3K59A 3D0PA 3CFPA 3L8BA 3CM5A 1IKVA 1GOCA 4E7KA 2KZMA 2G8VA 4KTWA 1SUQA 4AHUA 4AILC 1XI1A 4F2RA 3NF7A 4CJ4A 3MXJA 3F9KA 3K2PA 4N76A 1GOBA 4CJKA 1JXBA 4CF2A 1VSJA 3AVAA 3ZSXA 2FC0A 1U04A 3VQBA 3RWUA 3F73A 1RT4A 2QXFA 4DLGA 4DTOA 2P5GA 3K57A 3PO5A 1W0HA 2IS3A 3OS1A 2OYQA 3SQ4A 2E6MA 1NK8A 3ZT4A 4C8LA 3BDPA 3LAKA 4ID1A 3MXMA 1L5UA 4F2SA 3HVTA 4RW6A 1HNVA 3AO4A 3C95A 4CJUA 3NDKA 4E7LA 4O5BA 5J2MA 2WONA 3SI6A 4ELVA 2KTQA 2A1RA 3RRHA 4CGIA 2HHQA 3AVLA 4CGDA 1EETA 4LSLA 1S1UA 2RN2A 4CK2A 3M8SA 1U4BA 3WNGA 1LV5A 4Z4GA 3NF9A 4CJTA 3O3FA 4JS4A 3RTVA 2HHTA 1C1BA 3AA5X 3V1QA 2OPPA 2G8KA 4C8OA 1Q9YA 5JS2A 1UA0A 3CG7A 5FROA 5I3UA 5HP1A 3C6UA 3K5MA 1SL0A 2D0BA 5FRNA 2DTUA 2Z1GA 4DTRA 4CFAA 1KRPA 3OYNA 1HQUA 2BANA 4FK0A 4LH5A 1RT7A 1UWBA 1WLJA 4CJ3A 3U3GA 2Q3SA 4DQRA 1RTIA 2JLEA 1ZBUA 3AVJA 4CJRA 4CHNA 1LWFA 3KTQA 4OPJA 5DMRA 2LSNA 2HVHA 1QE1A 4IKFA 3NH2A 3SV4A 4XIUA 4KHYA 1CZBA 3CYMA 4DG1A 1JLFA 4ZTFA 2RPIA 2F96A 1YTUA 1U49A 3NFAA 2FBXA 3TAMA 4K8XA 3SUQA 3V9WA 1HMVA 5KGWA 4CF0A 3P1GA 4OPKA 2Z1IA 4ICLA 3LZJA 3VQDA 2DFFA 1RT6A 3OY9A 1SKRA 2G8FA 1CXUA 4B8AB 1IKWA 5HLFA 4OLBA 2Y1IA 3DLHA 1BQNA 3AVCA 2DFHA 3DRSA 4RW9A 2YHBA 3MECA 3KLIA 1FXXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FJ7A 4FSVA 4GVEA 1NJZA 3J81O 3PLAA 1J54A 1NKBA 2V7YA 3ID8A 2F4VK 3V1RA 2EHGA 4MDAA 4ISFA 1VK0A 2YNFA 1SKWA 2D0OA 4J8FA 1NJIO 4JI3K 2KKZA 4CZLA 3AO2A 4K41A 5EOYA 4DFMA 4FJKA 4N47A 3M6GA 2E2QA 2A42A 1IKXA 1VSEA 3KD1E 4PKHA 4CJ5A 4JLHA 3WNFA 3THWA 1KVAA 2PY5A 4I2QA 1EKEA 5FPEA 3V9SA 3SUPA 1QZ5A 2IIRA 3QINA 1WSHA 3ZT3A 4DFJA 2XY5A 2E6LA 4CECA 3NCIA 3F5TA 4FPAA 2O4GA 3VQQA 3PSIA 3AVHA 2HNZA 3ULDA 3SBTA 3W3DA 4CZMA 1RDWX 1C0GA 4KI4A 2F9TA 2HB5A 5M1PA 4BC5A 5M1FA 4B9NA 1XUPO 5C15A 4H5VA 3CC2N 1T6DA 3AVBA 3GDQA 2UXDK 5JICA 2CH6A 4CW7B 4FWKA 3EY1A 4JN4A 4DQ8A 1SL2A 4L8RB 2NRXA 2UYTA 3KJVA 3ZX3A 5I42A 3ID6A 3CC4N 4GKJK 4G1QA 4Z94A 4YORA 4DF4A 4DR2K 1RT2A 3JS6A 2XY7A 2AP1A 4CERA 3V9XA 4OKJA 4CIEA 1WSGA 1ZYQA 3ZX0A 1NGAA 1OKJA 5GIOA 2O8BB 5AQYA 3IKMA 3P39A 5F2RA 3OYGA 3MEEA 3HVRA 4CEFA 3QESA 1W7AA 4BRIA 1JXEA 4B1VA 4W5QA 4DR5K 3BF1A 4BE0A 4NXMK 1H1VA 3LDOA 3ZLJA 3ZT2A 3K9JA 5CHIA 2P9UB 4FZZA 5GIPA 4DSFA 2YKNA 1C1CA 4OVLA 1U45A 4Z0UA 4J2EA 4FJNA 1IG9A 4H0XB 1KFDA 2ZQBA 4FLWA 3TI0A 3HK2A 1S3XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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