4CEFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cefA00
2BE2A 4B8CA 4KFBA 4E7JA 3DRSA 1BL3A 1BQMA 2XO7A 1VRUA 2XY6A 3LDSA 3VA3A 4CF2A 3MEEA 3VQCA 4C8OA 1TKDA 4FCYA 3VQEA 1NK6A 3L3VA 3PUFA 1VSFA 1LAWA 1RTHA 3NGZA 4FM2A 1SKWA 4DWIA 4AHSA 1RBUA 3TAEA 4DFPA 2X74A 2XY7A 2OPSA 4OGEA 3HYFA 4E7KA 4DTOA 1UOCA 2DY4A 1RT6A 3K2PA 2FBTA 1EETA 4J2AA 3DYAA 1RT3A 2R7YA 3KKRA 4ZTJA 1NJYA 4ID5A 3AO2A 3ZSOA 3DLRA 5HRPA 3OJSA 2JLEA 3NF6A 4AHUA 4RW8A 5SWMA 2XRIA 3VQAA 1YVUA 3VQDA 2E6MA 2FBXA 2OA8A 4KRFA 5CYMA 1SL2A 1TL1A 3OYMA 2HHUA 3MEGA 2OZMA 1RBTA 3M8QA 4CF9A 4CK3A 4I9LA 3V4IA 1JXEA 3I0RA 1VSIA 5SZTA 1TK0A 2B6AA 1NKCA 1VSJA 1WN7A 1YTAA 4DTJA 4JLHA 1NOYA 3MEDA 4CHZA 1RT5A 4CJVA 3ZSZA 4CEDA 1RDBA 1WSEA 4DFJA 1MU2A 5KTQA 4FLWA 1QSLA 3NF9A 4DSIA 3QLHA 1HYVA 3QEVA 4CJTA 1CZBA 1WLJA 4F2SA 1SKSA 1BHLA 4KTQA 4FJNA 1A5WA 4Y1CA 3RMCA 1S6QA 3OYEA 2F96A 4LD0A 3DOKA 3MXJA 4PA1A 1X1PA 3ALYA 4JRPA 4DSEA 4B9UA 2HHQA 2WONA 4N47A 4FLYA 3CM6A 3LPTA 2Y1IA 4RW9A 3KIOA 4M3RA 1WSJA 4F3TA 4FJIA 1HYSA 4LY7A 3AO5A 4Q5VA 3BGRA 4DS5A 3NF7A 4BWJA 3C6TA 3IS9A 3LP3A 3OYIA 4F2RA 4BDZA 2KTQA 1WNSA 4K8ZA 4KI6A 3OYDA 4E1NA 2GUIA 4LSLA 4J2DA 1ASVA 1HYZA 3K57A 3TAGA 3SUQA 1GOBA 4NCBA 2OPRA 1I39A 1KTQA 3OYBA 3OYFA 1NKBA 4H4OA 4DQRA 1S9EA 2YKMA 4CJSA 4CJWA 3AA3A 4CF1A 4CK1A 3RMDA 4B8AB 4DMNA 3SNNA 3RR7A 3HO1A 4FM1A 1JLQA 4OPJA 3DM2A 3TR8A 3OYKA 4DTSA 3SJJA 2RF2A 4CJEA 5FRMA 4FK2A 4GVMA 3DLEA 4G1QA 4OPKA 4FJHA 1S1TA 3RTVA 1RT4A 3G10A 2D0CA 4PQUA 4CEQA 1O1WA 1KVBA 3ZSYA 1TV6A 4CHNA 4JS4A 3VQ6A 3TAQA 1RTJA 3HK2A 3PX6A 3C95A 4IDKA 1KCFA 3CM5A 1Q9YA 1T8EA 4B3OA 1HQEA 3CQ8A 4FJ5A 3DLGA 3VQ9A 3NH1A 1NK4A 4DU1A 3K5MA 4C8KA 4C8MA 4M3ZA 2IDOA 2Y1JA 4CK2A 1NK0A 3U3GA 4GMJB 3NGYA 4CHOA 2KFZA 3HXMA 4FLTA 1ASWA 2G8HA 3F9KA 3O4QA 4EP4A 3V9UA 4CEAA 3V1OA 2YHBA 3QEIA 3SQ0A 2YKNA 4M41A 4M45A 4B9NA 4CECA 3AVLA 4E1MA 1NJWA 1EX4A 3SQ1A 2QKKA 4KAZA 2ZD1A 3OYHA 4CIFA 2YV0X 4CJ5A 3NH0A 4DTUA 1Q9XA 4PWDA 1X9MA 1N6QA 1C6VA 1GOAA 1S6PA 4HVJA 3CFPA 4FZZA 3G0ZA 4CGJA 3L8BA 2KQ2A 3CYMA 5EU7A 4C8LA 4IG3A 3DMJA 3WNGA 3WNEA 3SCXA 1JXBA 4R5PA 1I3AA 4CGGA 1QSSA 1WAJA 3ITHA 3VQQA 2DFFA 2VG7A 3KLIA 5HLFA 2XY8A 4FK4A 4O4GA 1QQCA 4KHQA 5J2MA 3TWHA 2E6LA 1IH7A 3JSMA 1IG9A 1QHTA 4MFBA 3DRRA 3K58A 4I2PA 1TKTA 4CGDA 2HHVA 3DLKA 1D9FA 4CEBA 1BI4A 1HQUA 4E89A 3QNNA 3V9ZA 3BDPA 3I0SA 1KLNA 2PYLA 4HCCA 3HPGA 4NCGA 3DI6A 3LP0A 3OYGA 3NHGA 2HMIA 3TAFA 4Z4IA 1C0MA 3KK3A 1RBRA 5J2QA 4KREA 4IFVA 2Q3SA 1F21A 5DK5A 2ZE2A 2EX3A 3KJVA 2GV9A 1TVRA 1GOCA 3RMAA 3SPYA 1RT1A 2OPQA 3M8PA 3ZT3A 4FJ8A 1J9AA 3NE6A 4FJXA 4Z4CA 3O3HA 3U6FA 3TANA 3K5LA 1T03A 3VQPA 1TKZA 1XI1A 4DFKA 3RR8A 4FJKA 5CY4A 2RKIA 4B9TA 4B9LA 3HM9A 3KLEA 3SUNA 3LZJA 2D0BA 3ZSVA 1L5UA 3OYLA 1IO2A 3LANA 5D3GA 4N5SA 2OZSA 3IG1A 3AO3A 1DLOA 2Z1JA 1LW0A 4N56A 3L2QA 4Z4FA 4H8KA 4KHSA 4FLVA 4ELUA 3QEPA 4CFDA 2G8FA 4BWMA 3HP6A 3QNOA 1BIUA 3VQ5A 1BISA 1L3TA 2QKBA 3KKSA 3AVCA 4CIGA 3LPUA 3ZSRA 4DTRA 2VG6A 3H08A 4CJUA 3SYZA 2E4LA 2FC0A 4NYNA 3AA5X 3AA4A 1ZBLA 4CEFA 3O3FA 4I7FA 3S9HA 2PY5A 4DSLA 4WE1A 4DF4A 5KGXA 4NCAA 4AHCA 5HRNA 5J2PA 3L2UA 2VWJA 1EXQA 4CIEA 1NK5A 1SL1A 5HP1A 1T7PA 1BCOA 1EKEA 3KLGA 4DQSA 3QEWA 4B9MA 1NK9A 2X6SA 3WNHA 1WSGA 3K5OA 3M8RA 4KTZA 3OYJA 4KPYA 4FW1A 2ITGA 3ASMA 1S1WA 2O4GA 4KB1A 4CEZA 4E7IA 4DTPA 5T7BA 3O3GA 1EP4A 4B9VA 4ID1A 2IS3A 1U4BA 1L3SA 4KHYA 3PX0A 1B9DA 4FXDA 4BE2A 3V9SA 3P1GA 4W5NA 1DTTA 2YNIA 3HP9A 5DMRA 1KLMA 1Z25A 4CJ3A 4YNQA 3S3OA 3VQ4A 3V9WA 4PY5A 4DTMA 2DTUA 1IKYA 2YNGA 4AHRA 4DTNA 4DG1A 1Y97A 1REVA 4CJKA 3AVAA 4CFBA 4OVLA 3NDKA 4FZXC 5FRNA 1WAFA 3D0PA 4OJRA 1HMVA 1S9GA 4BACA 1NJZA 2P5OA 4DQQA 5K14A 3EY1A 1WSFA 1JLGA 1UWBA 4J2BA 5C42A 4B9SA 4AHVA 2RPIA 4RW4A 1N5YA 4HCBA 1J53A 1S1VA 4E19A 4CFCA 1SUQA 2VWKA 4O55A 4HUEA 4O5BA 1NJXA 1VSLA 1JKHA 3DLHA 4GW6A 2KZMA 4OLAA 2NUBA 1A5XA 3ZT2A 1TK8A 1VSDA 3SPZA 4KB0A 5I3UA 3AO1A 3SZ2A 1FK9A 3KK1A 2PZSA 4FM0A 1J5OA 1D5AA 2D0AA 1BI4B 3DRPA 4CJRA 3AVJA 4CCHA 4FJ9A 2GBZA 3QETA 4UQGA 3L2RA 3K59A 1VSEA 4DU4A 1TAQA 3HVTA 4L8RB 2G8UA 3HPOA 3KK2A 3MECA 1UA1A 4CHQA 2ZQBA 3B6PA 3B6OA 4O0JA 2IGIA 4CEOA 2KFNA 1RCHA 4HUGA 4CHPA 4EZ6A 4FJ7A 3LP1A 4XIUA 3SV4A 3MXMA 1NK8A 4LH4A 1LAVA 4RW7A 1S1UA 2VG5A 4W5OA 3D45A 1C0TA 4O44A 4EP5A 4CE9A 3VA0A 1NK7A 1QTMA 3PO5A 1IKXA 4FJMA 5HBMA 1JLBA 1S1XA 4O0IA 4M3XA 5CZ2A 1RNHA 3OVNA 4ELVA 4Z4EA 4HTUA 1SV5A 3EYZA 1XC9A 2WOMA 4IFYA 3ZSQA 2HHWA 4AHTA 3KLHA 1KFDA 1KVAA 1WSIA 4OKKA 4IKFA 4I9QA 3THVA 3DLBA 5KI6A 3KTQA 4MQ3A 3QEXA 4Q0BA 1G15A 3LAKA 3SQ4A 3UIQA 4M3YA 4ICLA 3OJUA 3AO4A 3QIOA 4K8XA 4OLBA 1SKRA 1YTUA 4DF8A 3TI0A 4DFMA 1U49A 1CZ9A 3DOLA 3VQBA 4ZHRA 3QIPA 3VN5A 1K6YA 1VK0A 1B92A 1VRTA 3LALA 5CYQA 4CGFA 2HNYA 2JGUA 1XHZA 4FJGA 2HVHA 3SQ2A 5JS1A 3NBPA 3RMBA 4FW2A 1BIZA 1C0UA 3ZCMA 4F8RA 4CERA 3IRXA 4CHYA 3NH2A 3LAMA 1CXQA 3HT3A 3QO9A 1U48A 5J1EA 3RWUA 4BDPA 1RDCA 3OYNA 4E7LA 3P83D 1QSYA 4N41A 1JLEA 2F8SA 1WSHA 2FBYA 2HB5A 2HHSA 1ZYQA 3V1RA 2HNDA 4KTWA 3LWLA 4AILC 4N76A 4DTXA 3JYTA 4OKJA 1TGOA 2B5JA 1KVCA 2HNZA 4Y1DA 3LP2A 1KFSA 4KKOA 3AVGA 3T1AA 3ZSWA 3AVBA 4IG0A 4CF8A 5C25A 3M8SA 3HVRA 1UA0A 1X9WA 2HVIA 2OPPA 3QINA 4NYFA 3CG7A 2DFHA 3V81A 1LV5A 1W0HA 3AVIA 4CJQA 4KV8A 3OY9A 4DU3A 3A2FA 1LW2A 2DFEA 1NOZA 3FFIA 3NF8A 4C8NA 1TK5A 1ZBUA 1YT3A 4CFAA 5HRRA 2IC3A 3AVHA 4ZTFA 3TABA 1HRHA 1X9SA 2KZZA 5FROA 4KHNA 3HPHA 3V6DA 2KW4A 3OYAA 3IAYA 2O4IA 3ZT0A 3KLFA 1VSKA 5FDLA 2HW3A 4CEEA 3QESA 1RT2A 4B08A 4CJPA 1NKEA 4FLXA 4DLEA 3HJFA 4F4KA 3VQ7A 4EZ9A 3AVKA 4J2EA 4Z4GA 4F3OA 3P5JA 3T3FA 1SL0A 4KHUA 5J2NA 2B4JA 4QOZB 2IAJA 4ELTA 3KD5E 3SUOA 3SUPA 2X6NA 3CFOA 3L3UA 3ZSXA 5HRSA 4JRQA 4FYDA 4DLGA 5KRSA 2YNFA 4FVMA 1JL2A 1RTDA 4RW6A 4KI4A 4TSXA 2BANA 4W5QA 1BCMA 2QXFA 3TAPA 2G8WA 3SI6A 3T19A 4LSNA 2YHAA 1LWFA 4BDYA 1ZBIA 3PV8A 1A5VA 4QCLA 4DS4A 2Z1GA 1T05A 4DQIA 4CGIA 1D8YA 1TL3A 4CJLA 2ETJA 1FKPA 1KSPA 1HNVA 1ZBFA 4OKEA 1QS4A 1TKXA 2W42A 4CJ4A 4CESA 4OGCA 4CJFA 1BQNA 1HNIA 2ATQA 2A1SA 4KO0A 3OS1A 2YNHA 1RTIA 3HSTB 2F8TA 1HPZA 2HHXA 1U04A 2P1JA 3OS2A 2PYJA 1J54A 3L2VA 4FK0A 1DTQA 1JLAA 4YFUA 3QERA 3PY8A 4DSJA 4M42A 2G8IA 4W5TA 3F73A 3SV3A 3PX4A 3C6UA 1LWCA 2FBVA 5CZ1A 3ZT1A 4QAGA 1BGXT 2G8KA 1RT7A 3TAMA 4IBNA 1C1BA 1FXXA 4RG8A 2Z1IA 1UAXA 1XHXA 3HL8A 2AJQA 4FLZA 3AA2A 1U45A 3S3MA 2P5GA 2BDPA 1RDDA 1RILA 1R0AA 3E01A 1JL1A 4I2QA 3ISNC 4HUFA 4PUOA 5HROA 1LWEA 4BE1A 4KHWA 3RRHA 3RRGA 1ZBHA 2OYQA 2D5RA 1CXUA 2I5JA 2P51A 3ZT4A 3K5NA 4FLUA 2Z1HA 1JLFA 4FJJA 3I8DA 4M3UA 4E7HA 2X78A 1B9FA 1FKOA 3AVNA 5C24A 5E41A 4BE0A 1C1CA 3U3YA 3V1QA 1JLCA 4M3WA 3OS0A 3O4NA 3WNFA 3MAQA 1CLQA 3S3NA 3NAEA 1IKWA 5KRTA 1S5JA 4Z0UA 4Z4HA 2XY5A 3KD1E 1ITGA 1L3VA 1KRPA 3PO4A 1U47A 3OYCA 4FJLA 3NGIA 4M3TA 1VSMA 1ASUA 4DSFA 1RDAA 4HHTA 1IKVA 4E3SA 3L2WA 2QK9A 3NCIA 4AH9A 3ULDA 1Q8IA 1XWLA 2HHTA 3LZIA 5I42A 2RN2A 4CGHA 1RBSA 2EHGA 1VSHA 2A1RA 3VQ8A 5KGWA 4JS5A 4LH5A 1W9HA 4W5RA 3EZ5A 1RBVA 2XHBA 4FZYA 2G8VA 2LSNA 1C1AA 3AVMA 3AVFA 3AV9A 4DQPA 1HJRA 3CFRA 4DSKA 1QE1A 3MXIA 3TARA 4E0DA 1L3UA 3LWMA 3C94A 5JS2A 1TAUA 4CF0A 2IOCA 1Z26A 2BGGA 3V9XA 1D9DA 4H4MA 3NFAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OTLN 5GIPA 2BE2A 3VERA 1SAZA 1BL3A 3DXMA 2XY6A 2P9IB 4IXCA 3DXKB 3PUFA 3GDQA 2VGNA 4BC5A 3TAEA 4DFPA 5FPNA 2OPSA 2BH1A 3HYFA 4DV4K 2Q0RA 1JJ2M 1OKJA 3MN5A 3THYB 5HRPA 1GLEG 4AHUA 1EWRA 4RW8A 4I6MA 2QWPA 2CH5A 2NRRA 4KH4A 1OH7A 2QWRA 4FPAA 3SAFA 3M8QA 4I9LA 3V4IA 3I0RA 1NKCA 5AZJB 4DTJA 3CD6N 3MEDA 1QSLA 4YOYA 4IO9L 4DSIA 2GELA 2E2QA 4KTQA 4Y1CA 2F96A 4LD0A 1QHAA 3ALYA 3UB5A 4N47A 3VEZA 2E2OA 1HYSA 2YHXA 3AAPA 3BGRA 3ZETA 4DS5A 5BN8A 3E9LA 3LP3A 3NMUA 2KTQA 4F2RA 3TSUA 4BDZA 4KI6A 4H0XB 1IBMK 4WF9L 3TAGA 5F2RA 3SUQA 1GOBA 4NCBA 2OPRA 3OYBA 4H4OA 4CJSA 4CF1A 4CK1A 3RR7A 2Q2RA 3GL1A 1JLQA 3LM9A 4OPJA 3DM2A 1KD1O 1XC3A 1WOQA 2W40A 5AZIA 4CZIA 5E84A 4CJEA 4LF7K 4FK2A 3CCSN 2GEMA 3G10A 2D0CA 3WUHA 4CEQA 2ZM6K 3S41A 5F0XA 1DT9A 5FPDA 4JS4A 3VQ6A 3ZEUB 1P90A 3CM5A 4B3OA 3VQ9A 1VQON 3NH1A 1NK4A 3MMVA 1IJJA 2Y1JA 2P9UB 3F2KA 2UXBK 5C12A 3NGYA 4FSVA 4GVEA 4IJAA 2PAVA 3O4QA 2IVOA 4CEAA 3VMFB 3O1BA 2YHBA 3SQ0A 1BU6O 4M45A 5EOYA 1EX4A 4NXMK 1Q9XA 1JCGA 4BRPA 3WXIA 3NH0A 4PWDA 3ID8A 1N6QA 2NLXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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