4CEFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cefA00
3T19A 4IKFA 2O4GA 1RCHA 4CEEA 4M3XA 3NGIA 1X1PA 1KVCA 4DTMA 4DFKA 3L2UA 3O3FA 3V9XA 1QQCA 3K5OA 3PX4A 1LWCA 1U04A 5CY4A 3ZSOA 1TGOA 4CGIA 3VQ6A 4CF9A 4QCLA 1KVBA 5CYQA 3G0ZA 1JL1A 1J5OA 2DTUA 4Z4FA 1VSMA 3V9WA 1REVA 2F8SA 1C0MA 5K14A 3L2QA 1VRUA 4OGCA 4RW9A 1RDDA 4CEDA 3LP2A 1CZ9A 4E1NA 1IKWA 3V1RA 4CJLA 1ASWA 3OS0A 3NDKA 4F3TA 4KRFA 1J54A 2HHTA 1ZBLA 5J2PA 3CG7A 4AHSA 4PA1A 1S1TA 4M3RA 1KVAA 4E0DA 4B08A 2G8IA 2FBTA 3RR7A 2VG7A 1RBUA 4CJ3A 2FBYA 1LAWA 3ZCMA 3ZT0A 4DTRA 5J2MA 2Y1IA 3PV8A 3S3MA 1NKEA 2ETJA 4CGJA 4BE1A 4DTOA 1RBTA 4DQSA 4CE9A 3I8DA 4Z4EA 3IAYA 2G8HA 1WSHA 3RR8A 2HHXA 4B9NA 4CJKA 3ZSVA 3SQ1A 2P51A 2ITGA 1NK5A 1UOCA 4DFJA 4B9VA 3VQBA 1LWEA 4FJ9A 1U4BA 5HBMA 1IO2A 4W5OA 1C1AA 2KFZA 4L8RB 1BI4A 1RT7A 2G8KA 4E19A 2XHBA 1HMVA 3ISNC 3EZ5A 1B92A 1VSDA 3WNHA 5KRSA 3O3HA 3ULDA 4CK3A 3LP1A 2VG5A 1B9DA 2OZMA 4FK2A 4PY5A 1JKHA 3OYLA 1ITGA 3AVJA 3KD1E 2YKNA 3TAMA 1BIZA 1ZBHA 2YKMA 3O4QA 1BHLA 3CM6A 1ASVA 4W5TA 4FLXA 5C42A 1R0AA 4QOZB 3M8SA 4Z4GA 2Z1GA 1N5YA 4GMJB 1NJXA 1WSFA 1VSIA 1JLBA 5JS1A 3K59A 3RMDA 4F2RA 4CJRA 2DFFA 3OJSA 1JXBA 4Y1DA 4O55A 3C6TA 3D45A 3I0RA 4M3WA 3ALYA 1JXEA 4FJ8A 1Z25A 3SPYA 3DLHA 4ID5A 4DQQA 3WNGA 4LD0A 1RT4A 5E41A 1EETA 3FFIA 1L3VA 1TKTA 2VWKA 4E7LA 1VSKA 4CEAA 3NCIA 1RBVA 2OPPA 2Q3SA 4ELVA 4FJHA 2YHBA 4BWMA 4CIEA 3NGYA 2R7YA 1TKDA 1JLFA 4DG1A 1TK0A 4LY7A 1SKRA 3C94A 5KGXA 4CJQA 1NK9A 1VRTA 4KKOA 3OYIA 3DLKA 1DLOA 4CJWA 3PUFA 3B6PA 3P1GA 3QESA 3SUPA 2P5OA 3I0SA 1BGXT 4J2EA 4I9LA 1DTTA 3NE6A 1TL1A 2Z1JA 3L3VA 1WSGA 3NAEA 4DLGA 4ICLA 3OYNA 3QEXA 4KREA 5DMRA 4E7KA 4E7IA 3HO1A 2LSNA 4CJ4A 1A5VA 4W5QA 2D0CA 1ZBIA 3EY1A 4Q5VA 3TAQA 1RTDA 1VSHA 4H8KA 3VQ4A 2PY5A 2HB5A 2ZD1A 3LP0A 4DSKA 4RW7A 3AA5X 1L3UA 5D3GA 1SV5A 4QAGA 2YNGA 4FVMA 1U45A 2OPSA 4CCHA 4O4GA 1C0TA 1UAXA 4E7JA 3HL8A 4OVLA 3TWHA 1Q8IA 2P1JA 3SI6A 4ELUA 4HUFA 4M41A 1HJRA 1TKXA 1BL3A 4Y1CA 3RMAA 4E89A 1S1VA 2QKBA 1GOAA 2HHQA 3MXMA 4KPYA 4CJ5A 1I39A 1SUQA 3MECA 1KCFA 3KK2A 3L2WA 4ZHRA 3JSMA 2RKIA 4FLYA 4FLVA 3MAQA 3PO5A 3B6OA 2D5RA 4M3UA 4HUEA 3E01A 2OYQA 4C8KA 4NCGA 5JS2A 4KTZA 4CERA 3VQQA 3V6DA 4OGEA 1EXQA 3VQ7A 3H08A 4CHYA 1BQMA 3KLIA 1WSJA 1YT3A 3RRGA 2HNZA 3SQ4A 1BI4B 3VQDA 4H4MA 1C6VA 3MEDA 4WE1A 3SPZA 4N76A 5I3UA 3AVCA 3S3NA 3L3UA 4KO0A 1XI1A 3AVAA 4FJ5A 4HCBA 4B9TA 4CHQA 4F8RA 4DU4A 3TANA 4BE2A 2KQ2A 4BDPA 1D5AA 1S6QA 2X78A 1W0HA 4MFBA 1VSFA 1X9WA 4IG0A 4Z4HA 3TAGA 2A1RA 4CGDA 4CHZA 4N41A 4OKEA 4FLTA 4DTJA 1VK0A 1JLAA 1RNHA 2HW3A 4DSIA 1SL2A 1RBRA 1BQNA 4DTPA 1L5UA 4K8ZA 1C0UA 1XWLA 4DMNA 1YTUA 4CGGA 3LWLA 3PY8A 3AVFA 1TL3A 1EX4A 3OYFA 4MQ3A 1Q9YA 3ZT1A 4DQRA 4CHPA 3AVNA 2IS3A 1VSJA 1QSLA 4Z4IA 1IKYA 3CYMA 1KLNA 2B5JA 3CQ8A 2VG6A 4LSNA 4FZXC 4ZTJA 3RRHA 3K57A 3NF8A 5FRMA 3DM2A 3SQ2A 2KFNA 4M45A 3IRXA 3WNEA 1FKPA 1UWBA 4W5RA 3HXMA 1T03A 2HVIA 4PWDA 4C8MA 3IG1A 5KTQA 3TAEA 4NYNA 3SV4A 1A5XA 1TV6A 1IKXA 4IG3A 5KI6A 4JS4A 3S9HA 2QXFA 4KHUA 3K5LA 5FROA 4FM1A 2HHSA 3OYKA 2HNYA 2HHUA 3QO9A 3OYEA 1TKZA 1D8YA 4DF4A 3V1OA 3KK3A 4RW8A 1NK6A 3U3YA 4E3SA 4O0JA 1S9EA 3OS2A 4M3YA 4CK2A 4I2PA 4Z4CA 5C25A 3NF9A 4RW4A 3SV3A 1RBSA 4OKKA 2HHWA 4FJIA 1S6PA 3NGZA 4LH4A 3OJUA 3TI0A 2DFHA 1RILA 4DWIA 4KAZA 4HTUA 4J2AA 3OYAA 4BE0A 3DOLA 2VWJA 3QNNA 4BWJA 1IH7A 3AO2A 4DU3A 1CLQA 1MU2A 2RN2A 2X74A 4CJFA 1T7PA 1QE1A 2OPRA 3SJJA 4EZ6A 1N6QA 1W9HA 1L3SA 3SUOA 3VQPA 3JYTA 5KGWA 3K5NA 1HNVA 2WONA 3LDSA 3SQ0A 1SKWA 2YNFA 3M8QA 3VQEA 3VQAA 3QINA 3QIPA 1GOCA 4CIFA 3UIQA 4NCBA 4CFDA 1XHZA 5DK5A 4KHWA 3OY9A 1F21A 4YNQA 2DY4A 1Q9XA 4DQPA 3PX0A 1NJZA 3LPUA 3P5JA 4DQIA 3LANA 3TARA 4KTQA 1HPZA 1TK5A 2JGUA 3DOKA 4CJEA 1EP4A 3HSTB 4B9MA 2YV0X 1ZYQA 3F9KA 4OLAA 3CFPA 2E6LA 4B8AB 3HT3A 4JS5A 2PZSA 4DS4A 3LP3A 1IKVA 3DRRA 4N56A 4M42A 4B3OA 3U3GA 3OYDA 3HP9A 4CGFA 2QK9A 2G8WA 3RMCA 5HRSA 3HK2A 2FC0A 2NUBA 4FJKA 1J9AA 3NF6A 2GBZA 1FXXA 3DMJA 3ZT2A 1YVUA 3K58A 4GVMA 1BCMA 2XY5A 5J2QA 3KLFA 1JL2A 3NH0A 1RDCA 5KRTA 3V9ZA 1RT2A 3ZSXA 4FZYA 2D0BA 3AA4A 1U49A 3VQ9A 1LW2A 4CGHA 2G8UA 3ZSYA 4CIGA 1NK8A 1B9FA 1S5JA 4AHVA 1BIUA 4AILC 4J2BA 4OJRA 4E1MA 1I3AA 1U47A 2W42A 1D9FA 4KHQA 3AVHA 1BISA 2OPQA 4CF2A 3T3FA 4CESA 1X9SA 1SL0A 3KKSA 2X6NA 4CJUA 5J1EA 1LAVA 1TK8A 3AVMA 3K2PA 4CFBA 3RTVA 1CZBA 3NFAA 5HRPA 4DTSA 4DTUA 1SL1A 3AVGA 4F4KA 3LAKA 2XY6A 4FJLA 2A1SA 1ZBUA 3DRSA 1C1BA 5SWMA 3NH1A 1RT6A 2Y1JA 5HRNA 5T7BA 1HYZA 3NBPA 4ID1A 3M8RA 4ZTFA 3TR8A 1NK0A 2KW4A 3HPHA 4I2QA 3QEVA 2GUIA 3QNOA 3L8BA 3F73A 3O4NA 2ZQBA 3VQCA 3T1AA 3AVBA 3ZSZA 3QETA 2ATQA 2P5GA 3LZIA 3SUNA 5C24A 1XC9A 1S1UA 5EU7A 4C8OA 3ZSQA 4CEZA 4CHNA 4KV8A 5HP1A 4NCAA 1HQEA 1RT1A 4KTWA 3KLEA 3O3GA 4F3OA 2AJQA 4FW1A 4BDYA 3OYBA 1RT3A 3QEPA 4DSJA 3VN5A 1NKBA 1KTQA 3OYGA 4CJPA 1ASUA 4AHCA 4DF8A 4EP5A 3LAMA 3HVRA 4JRPA 4FJNA 1JLGA 3OS1A 4FLUA 2IDOA 3OYCA 3VQ5A 2XRIA 4FK4A 2E6MA 3AA2A 2E4LA 1WSIA 4CJTA 3KK1A 3ZT4A 4CEFA 2Z1IA 1O1WA 4AHTA 1HQUA 4KHSA 4FZZA 3THVA 4KFBA 3HYFA 1QHTA 4FM2A 3HM9A 1GOBA 1WLJA 1FKOA 3NH2A 4CF8A 4JRQA 3HPGA 3AVIA 3ZT3A 4W5NA 3DI6A 3LALA 1TAUA 1RT5A 3SYZA 4DLEA 3MXJA 3VQ8A 5HLFA 1NJWA 4KI6A 4CF1A 3V9SA 4KI4A 5FDLA 1QSYA 5HROA 4KB0A 3AO5A 4RG8A 2XO7A 1WSEA 4DFMA 1HRHA 1J53A 4FW2A 5CZ1A 1Z26A 2XY8A 3LZJA 4DU1A 3SNNA 3AO4A 2KZMA 4CECA 1KLMA 3V9UA 4FM0A 3MEGA 4LSLA 4FJ7A 2B6AA 1TAQA 2DFEA 3ITHA 4DSFA 3BGRA 3CM5A 3PX6A 1FK9A 3TABA 2PYLA 4PQUA 3HPOA 1LV5A 3AVKA 3WNFA 2G8VA 4FYDA 3SUQA 4DS5A 2IOCA 3HP6A 3CFOA 4O5BA 4N47A 1QTMA 1SKSA 1NK4A 4FJMA 1S1XA 1WNSA 3QIOA 3TAFA 4M3TA 3SZ2A 2HNDA 1RTIA 4RW6A 4O0IA 1XHXA 2HHVA 3A2FA 1S1WA 4OKJA 4F2SA 1G15A 4K8XA 1QS4A 3TAPA 4CHOA 1RDBA 2XY7A 4CEBA 2HVHA 1VSLA 2X6SA 5I42A 3DRPA 3ZSWA 2IC3A 1WAFA 3QEIA 1NJYA 1D9DA 3DLEA 4Z0UA 1JLCA 5J2NA 1RTHA 3D0PA 4I9QA 4CEQA 3NF7A 5HRRA 2F8TA 2KTQA 1NOYA 1KFSA 3DLGA 3AO1A 3LPTA 3RMBA 4AHRA 3AV9A 3C6UA 3K5MA 1BCOA 1IG9A 3V4IA 2G8FA 4TSXA 3KIOA 3NHGA 4Q0BA 3RWUA 2OA8A 3ZSRA 1NKCA 2JLEA 2GV9A 1YTAA 3S3OA 4C8NA 3ASMA 4H4OA 1RDAA 1WAJA 4O44A 2BE2A 5CZ2A 3BDPA 4CJSA 1UA0A 4BDZA 1C1CA 2RF2A 2YHAA 3HVTA 4YFUA 1KFDA 2IGIA 1NK7A 4B9SA 4IDKA 4G1QA 3KLHA 1HYSA 4AH9A 4HCCA 4FCYA 3AVLA 2BGGA 4M3ZA 1CXQA 1UA1A 3C95A 3OYHA 1TVRA 3L2VA 3KLGA 4BACA 4HVJA 4I7FA 4EZ9A 4J2DA 4FJXA 3AA3A 4KB1A 3P83D 1HNIA 1KRPA 3DLRA 4B9UA 2D0AA 4FLZA 4DSLA 4GW6A 2BDPA 4DTNA 3HJFA 4CFAA 4DTXA 4ELTA 4JLHA 1T05A 5SZTA 2Z1HA 4N5SA 3EYZA 4KHNA 2KZZA 1WN7A 1L3TA 4IBNA 1EKEA 4B8CA 4CFCA 4OPJA 1CXUA 3QERA 4HHTA 2F96A 2BANA 3VA0A 4CF0A 4IFYA 3QEWA 3U6FA 2QKKA 2WOMA 4EP4A 1K6YA 2FBVA 3KKRA 3KD5E 4R5PA 4FJJA 4OLBA 2EHGA 4NYFA 2YNHA 1HYVA 1JLEA 2B4JA 2I5JA 3AO3A 1X9MA 3KTQA 1T8EA 3IS9A 3PO4A 4CK1A 1NOZA 4DSEA 1KSPA 4LH5A 4DFPA 2O4IA 3OVNA 4IFVA 3DLBA 4HUGA 2IAJA 3OYMA 4UQGA 2YNIA 2HMIA 4OPKA 1QSSA 3CFRA 3LWMA 1RTJA 1S9GA 3MXIA 4PUOA 4KHYA 1LWFA 3V81A 5FRNA 4C8LA 1JLQA 3SCXA 3L2RA 4B9LA 3M8PA 1LW0A 2RPIA 3KJVA 1ZBFA 2ZE2A 4FXDA 4CJVA 1DTQA 4AHUA 3QLHA 1Y97A 4FLWA 3MEEA 1VSEA 4CEOA 2PYJA 4FJGA 4FK0A 3DYAA 3G10A 1A5WA 4E7HA 2OZSA 1U48A 3V1QA 4XIUA 5CYMA 2FBXA 3VA3A 2EX3A 3OYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IKFA 2F7TA 2O4GA 1T6CA 1KAYA 1KVCA 3V9XA 1QQCA 3PX4A 1LWCA 1U04A 5CY4A 1TGOA 1K73O 4CF9A 3MCPA 5CYQA 3G0ZA 4K0KK 3GOIA 1NMNA 2D4WA 3L2QA 1RDDA 4CEDA 1CZ9A 3OS0A 3NDKA 4DV1K 1ZBLA 4AHSA 4M3RA 1S1TA 3SAFA 3AARA 4JN4A 2ETJA 4DQSA 4Z4EA 1EQYA 4NXNK 4CJKA 3SQ1A 1UOCA 3VQBA 5AQVA 3VETA 4FO0A 1BI4A 2G8KA 2XHBA 3EZ5A 1B92A 1M1KO 2VG5A 4JKHA 4PY5A 1JKHA 3WXIA 2QWRA 3KD1E 2YKNA 3TAMA 1GLFO 1U2VB 3O4QA 1BHLA 3CM6A 2O8EA 4Z94A 5BRHA 4W5TA 4QOZB 5C42A 1R0AA 2E2PA 4DCHA 4GMJB 4F2RA 2P9IB 4Y1DA 4O55A 2D1KA 3C6TA 3I0RA 1JXEA 4FJ8A 1S3XA 4BRFA 1NGDA 3NCIA 4CEAA 4JK7A 4B1YB 4FJHA 2R7YA 4B1VA 3O1BA 1FW6A 2A3ZA 4CJQA 1NK9A 1ILYA 4ISEA 2OTLN 1QQOA 3MCAB 5EY4A 1BGXT 5C12A 1DTTA 3NAEA 3L3VA 1WSGA 4MDAA 4DLGA 4ICLA 1E3MA 4J8FA 5DMRA 3FZLA 4E7IA 2LSNA 1A5VA 2D0CA 4IOCL 3HSCA 4YORA 1VSHA 2PY5A 1K8KB 3FZMA 3QMLA 4RW7A 5E26A 1U2VA 1U45A 1XNRK 2YNGA 1C0TA 4E7JA 3O8MA 2ZJRL 4WCEL 1DEJA 5AZIB 2W6LA 4HUFA 1OH8A 3TPQA 3ATUA 1TKXA 3RMAA 2QKBA 3J7YP 1I39A 3KK2A 3L2WA 3CETA 4U67L 1XC3A 2E8AA 1RDUA 3KWGA 4CERA 1NGAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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