4CEOA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceoA00
1TL1A 2IAJA 3EY1A 4B9SA 4B9VA 3EYZA 1RDDA 4M3WA 1FK9A 1BI4A 4HVJA 1TK0A 3KD5E 3LPTA 2G8FA 4FXDA 3TARA 4JS4A 3TANA 3G0ZA 3U3YA 5FDLA 4IFVA 1NJXA 1LW2A 3KKSA 3M8QA 4CGGA 3M8RA 3KTQA 4KHYA 4HCCA 5HLFA 3V1OA 4BWMA 4CJPA 3VQDA 3O3HA 4CFDA 1CZ9A 5KGWA 5J2NA 1SUQA 2VG5A 4W5TA 3KJVA 3K5NA 3TABA 3PV8A 1VSIA 2QKKA 1Y97A 1RDCA 4DS5A 4N41A 3MXMA 2JLEA 4DLGA 3NF8A 1JL1A 1EKEA 4EZ9A 2HNDA 4NCGA 3KK1A 3RMDA 2IDOA 3RMBA 1RDBA 4DU1A 4FJIA 3HL8A 2YV0X 1D9FA 1Q9YA 1HYSA 3PY8A 4FM1A 3PO5A 1C6VA 4FJXA 4F2SA 1QSYA 2OYQA 4PUOA 4GVMA 1SL2A 3THVA 3AVKA 5SZTA 1VRUA 4B9LA 1JXBA 3AO2A 4Z4IA 3OYIA 3RTVA 4BE1A 3P83D 1WSEA 4IFYA 2NUBA 3KK3A 1BQMA 4K8ZA 4AHUA 1TKXA 2BE2A 2KZMA 2YHBA 3NH1A 2A1RA 2X74A 3LP1A 4DTUA 4Y1DA 1ASUA 4JRQA 4JS5A 2GBZA 3KLHA 4KHUA 1VSKA 5CYMA 3OYMA 3HVRA 3AVFA 4CJRA 1NJZA 3ZSWA 1L3VA 1QHTA 1IG9A 3D0PA 3VQPA 4ZTJA 3HPOA 4CIEA 1QQCA 1NJYA 1TKDA 4AHVA 1LAVA 4MQ3A 3TI0A 3SUNA 3TAQA 3CM5A 4FJ9A 4HHTA 1BQNA 1RT4A 1VSFA 3OYCA 1C1AA 3AVIA 3LANA 4CEFA 2FBYA 3WNFA 2D0CA 1RT3A 4CJVA 3OYNA 2DFHA 3V81A 4CF8A 4FCYA 4E19A 3K5MA 1WAFA 3JYTA 3S3MA 1TVRA 1C1BA 3LAKA 4FW2A 3CFOA 3T1AA 3M8SA 3TAGA 4LSNA 1L5UA 1BISA 3OYAA 3V9UA 1L3TA 1RBRA 1ZBFA 3KLIA 4O5BA 3KK2A 5KRSA 4CK3A 3JSMA 1TK8A 2F8TA 4E3SA 4FM0A 4DU3A 4CHQA 1RBTA 1RCHA 1WSHA 4KPYA 4DS4A 1KCFA 3DRSA 3OYKA 4O55A 4DSLA 3U6FA 2BDPA 1J54A 4H8KA 4DFJA 1WNSA 2KFNA 4FK0A 1DTTA 3NH0A 3LAMA 1RT2A 1WN7A 1RTIA 3KIOA 4CHNA 3HPHA 3QINA 2G8WA 2HHXA 4B8CA 1T7PA 4W5NA 3QEIA 1RT5A 1BHLA 4OKJA 5JS2A 4CGDA 3TAPA 1XHXA 5I3UA 4FZXC 3S9HA 1A5VA 4CGFA 5KI6A 1S1VA 3WNHA 4G1QA 4I9QA 4CF0A 3BDPA 1L3SA 1N5YA 4CHZA 2O4GA 3WNEA 4J2DA 3KD1E 3DYAA 4LSLA 3L2RA 5J2QA 1Z25A 1S6QA 4RW4A 5J2MA 3CM6A 1S5JA 2KTQA 3AA4A 2HHTA 2PYLA 4DWIA 5J1EA 3E01A 1QSLA 2DTUA 4CCHA 1KVCA 3U3GA 3O4NA 3SI6A 3AVNA 2PYJA 2ZD1A 1BGXT 5FRMA 2X6NA 4CEDA 2ATQA 4FLYA 2RN2A 4BDZA 1ZBUA 3LALA 4HUFA 1YTUA 4O0JA 3VQ7A 1HPZA 4DF4A 1UOCA 1HMVA 3PO4A 3MECA 2RPIA 3VQCA 3T3FA 1UA1A 3LP0A 1JLCA 2Z1HA 3VA0A 3MAQA 2P5GA 4CF9A 4M42A 4KV8A 3L3UA 4OGCA 3K58A 1EXQA 1RTHA 3K5LA 4YFUA 3FFIA 3SPZA 4RG8A 3QEVA 1JLFA 3HP9A 1VSDA 1IO2A 2QXFA 5CZ1A 4UQGA 3VQBA 4PA1A 1VSMA 1VRTA 4OJRA 3EZ5A 3WNGA 2OPSA 4KKOA 4B08A 2B4JA 4CJLA 1XI1A 1C0MA 2VG6A 4DSJA 4EZ6A 2BANA 3OYGA 2FC0A 1C0TA 3NF6A 1NK6A 4CJWA 4CJTA 1HQEA 4C8OA 1J9AA 1TGOA 3L2UA 2YKNA 3OJUA 3ZSOA 3ZT3A 3SCXA 2XY5A 3DMJA 5KGXA 4DSEA 1NK7A 3QIPA 3AVAA 3AVMA 1NOYA 1XWLA 3RMAA 4CEZA 1SKRA 1RDAA 1YTAA 2P5OA 2RF2A 1S1UA 2OZMA 4FJGA 5T7BA 4E1NA 4N47A 3K2PA 1D8YA 4JRPA 3HXMA 4FLTA 4ELVA 2WOMA 5CYQA 4CEEA 5JS1A 3P1GA 4FJHA 3SUOA 2VG7A 2G8VA 4B9MA 3AA3A 4CJKA 5HBMA 3SZ2A 4ZTFA 4E1MA 5CZ2A 3TAEA 3CFPA 2P1JA 1WSJA 4OKEA 2O4IA 2P51A 1WSGA 3OYEA 1QS4A 1EETA 1RT1A 2QKBA 1REVA 4E89A 5HRRA 4FJJA 1KFDA 3ULDA 4ID1A 1B9FA 4CFBA 4NYNA 5I42A 3QEWA 2OPRA 3MEEA 4C8MA 1W9HA 2G8HA 2B6AA 5CY4A 4F4KA 4AHRA 1KLMA 2HHVA 1UWBA 3KLFA 3HJFA 4Z4GA 4C8LA 3K59A 3ZSQA 3F73A 4B8AB 1NKBA 3OJSA 2YNGA 1GOBA 1C0UA 4RW8A 4CJQA 2OA8A 1JL2A 1QE1A 1X1PA 2HNYA 2F8SA 2HW3A 3QLHA 4ZHRA 1GOCA 3V4IA 3PX4A 1B9DA 5E41A 2LSNA 4B9NA 1ZBHA 3VQQA 4CGJA 1U45A 4ELUA 3NF7A 1TK5A 1RTDA 2YNHA 4CERA 2VWKA 4AHTA 4M41A 4M3ZA 3IS9A 4DLEA 2YNFA 4QCLA 4CJ5A 3MEGA 3QO9A 1TKZA 2FBVA 3QERA 4CJ3A 1GOAA 4FJMA 2IGIA 1RBSA 3ZSXA 3NHGA 3LPUA 1LWCA 4OPKA 2ETJA 2XO7A 4Q5VA 1Z26A 1ASWA 1XHZA 4BDPA 4WE1A 2OPPA 4FJKA 2D0AA 3SNNA 2KFZA 4GW6A 3OYJA 4C8KA 1CZBA 4XIUA 2KZZA 3DLGA 1TV6A 2F96A 3SJJA 4FYDA 3DLRA 4CECA 1HRHA 3ASMA 1JLEA 3AO5A 4ICLA 3K5OA 1RBVA 2EX3A 3AVHA 3HSTB 3OS1A 1KSPA 4I9LA 4HUGA 4LD0A 1NK5A 3LWLA 4KB0A 4W5OA 4KTQA 3AA2A 1B92A 4FLUA 4AILC 4KHQA 4CIGA 4CJFA 3SYZA 2E6MA 2YKMA 2ZE2A 4BWJA 4DF8A 1WLJA 1NK4A 2HVIA 3AVBA 3DOKA 4E7HA 1K6YA 5C24A 3KKRA 2OZSA 2D5RA 3C6TA 4ELTA 4Z4CA 1T05A 4JLHA 3V1QA 3ZT2A 5J2PA 3ZCMA 2Y1JA 4J2AA 3VQ9A 3G10A 2E6LA 5C42A 3D45A 3ZSVA 1HYZA 2X6SA 3IG1A 1BL3A 1IKVA 1KRPA 4CEAA 3QNOA 1QSSA 3M8PA 1U49A 2HHSA 4DFMA 1D5AA 1DLOA 1RT7A 4QAGA 3VQ4A 3AO1A 1NOZA 5EU7A 5HRNA 4NCAA 4FK2A 1ZBIA 4PQUA 4FLWA 3BGRA 1S6PA 4L8RB 2YNIA 2IS3A 3AVGA 4H4MA 4Y1CA 5D3GA 1TAUA 1KTQA 2E4LA 3CQ8A 4FM2A 1F21A 2HB5A 2I5JA 4CGIA 5K14A 3TAMA 4CHPA 4M3RA 3NGZA 3V9ZA 4I2PA 3VQ8A 3O3GA 5HP1A 1CLQA 3OYLA 3C95A 1MU2A 1TKTA 3OYBA 5HROA 4J2BA 4H4OA 1T03A 4CGHA 2HVHA 3I0SA 4RW6A 1HYVA 4TSXA 2VWJA 4B9UA 4CE9A 4M3UA 4DTSA 4DFPA 4Z4EA 3NFAA 1ZBLA 4F2RA 4W5RA 4B9TA 4DFKA 3DLEA 4DSFA 1SL0A 4M3YA 4IG0A 2ITGA 2Z1GA 2RKIA 2B5JA 1ZYQA 4KTWA 4CFCA 3VQ5A 3SQ0A 1KVBA 5FRNA 2HHUA 1SL1A 1C1CA 3VQEA 1NK9A 4MFBA 4FK4A 3L8BA 3QESA 1LV5A 4DQQA 5DMRA 3CYMA 3LWMA 1HNIA 3LP3A 1NK0A 3LDSA 3HO1A 3C94A 3DLKA 4LH5A 3ZT4A 1I3AA 1FXXA 2Z1JA 1VSLA 1VSHA 4HTUA 3DRPA 4BE2A 3SPYA 4DMNA 4KFBA 4FLVA 3HPGA 3TWHA 2FBTA 1S1XA 4CHOA 3SQ2A 3V9SA 5HRPA 4LH4A 4DTNA 1WSFA 4KHNA 4CFAA 1SKWA 3V9XA 4DQSA 4OLAA 3RRGA 3HP6A 1R0AA 2JGUA 3OY9A 1S1WA 5FROA 4EP5A 3L2VA 4FLXA 4PWDA 2GUIA 3ZSYA 1KFSA 4O44A 3UIQA 3NDKA 4E7LA 4IDKA 1SV5A 3SV4A 4DTJA 1KVAA 4NYFA 4CEOA 5KRTA 3HT3A 1J5OA 4CJEA 1CXQA 2DFEA 3RR8A 4KB1A 1UAXA 4FJ5A 3RR7A 1X9MA 3HM9A 1HNVA 1IH7A 1D9DA 3ZT1A 2XHBA 4BE0A 2FBXA 2W42A 1G15A 3B6OA 4FLZA 3MXJA 1RNHA 4BDYA 3NE6A 3TAFA 4FJ7A 1JLBA 1S9GA 1O1WA 1WAJA 5C25A 3L2WA 4DSIA 3ALYA 4IG3A 3NCIA 1U48A 1LWFA 4N5SA 3AA5X 4BACA 3V1RA 4CF2A 4HCBA 2QK9A 4N76A 4RW7A 1FKPA 4DG1A 1U4BA 4CJUA 4QOZB 1BIUA 3VN5A 1XC9A 1RILA 1VSJA 1HQUA 2PY5A 3VQAA 1ITGA 1A5WA 1W0HA 4OLBA 3DM2A 3NH2A 4OGEA 3OYHA 4HUEA 3HK2A 4Z0UA 3SQ1A 1VK0A 5KTQA 4KHSA 1CXUA 4AHSA 4KREA 3OYFA 4FZYA 4DQRA 3SQ4A 4CK2A 2HMIA 4F3TA 2DY4A 4O0IA 2X78A 1ASVA 3K57A 1Q9XA 1HJRA 4F3OA 2XY7A 4CEQA 3AV9A 4Z4HA 1T8EA 2G8KA 1JLAA 3B6PA 4FJLA 5DK5A 3QEPA 4PY5A 1NKEA 1N6QA 4W5QA 2BGGA 4DQIA 3NAEA 3PX0A 3MXIA 3I8DA 5HRSA 1IKXA 3AVCA 4EP4A 3O3FA 2Z1IA 3CFRA 4M45A 3NBPA 4E7IA 1QTMA 3L3VA 3DI6A 4KAZA 4KI6A 2YHAA 4OKKA 3ZT0A 2AJQA 4F8RA 3CG7A 3IRXA 3QIOA 4N56A 1DTQA 2XY8A 4Z4FA 3L2QA 4CIFA 1VSEA 1JKHA 3OS0A 1SKSA 1NKCA 1JLGA 4E7KA 3QETA 4FJNA 4O4GA 3OYDA 3DRRA 4KHWA 3RWUA 2HHQA 4FVMA 2R7YA 4KO0A 3VQ6A 4E7JA 3AVJA 3I0RA 1I39A 1TAQA 4CESA 4IBNA 4DU4A 3ZSRA 4KRFA 3IAYA 2IC3A 3NGYA 4RW9A 3QEXA 3S3OA 4DSKA 1EX4A 4IKFA 3LZJA 4B3OA 1S1TA 4DTOA 4CK1A 2ZQBA 2XY6A 2WONA 4CEBA 2G8IA 4GMJB 2PZSA 3ISNC 3S3NA 1LWEA 1X9WA 4NCBA 1BCMA 2KW4A 3RRHA 3KLEA 1KLNA 1LW0A 4DTRA 3AVLA 3RMCA 3SUPA 3PX6A 2XRIA 3TR8A 4Q0BA 4M3XA 2OPQA 1FKOA 4YNQA 2D0BA 3DOLA 4ID5A 3AO4A 1YT3A 4K8XA 3C6UA 4C8NA 3P5JA 3QNNA 2HNZA 4DTXA 1S9EA 3ITHA 1RTJA 1BI4B 3LP2A 3PUFA 2HHWA 4KTZA 3AO3A 1NJWA 3NF9A 4E0DA 1WSIA 1IKWA 4FJ8A 1NK8A 4KI4A 2EHGA 4OVLA 1BCOA 3NGIA 4CHYA 3VA3A 1RBUA 1TL3A 4AHCA 1A5XA 3T19A 3DLBA 2Q3SA 3OVNA 1JLQA 4CF1A 1IKYA 1L3UA 1U47A 1RT6A 2A1SA 4FW1A 2Y1IA 1U04A 1JXEA 1YVUA 4FZZA 4J2EA 3O4QA 1Q8IA 2IOCA 4DTMA 2DFFA 1LAWA 1BIZA 3SV3A 1EP4A 3OS2A 3KLGA 4I2QA 4M3TA 5SWMA 1UA0A 3ZSZA 1X9SA 2GV9A 2G8UA 3HYFA 3V6DA 3A2FA 3HVTA 4OPJA 3LZIA 4I7FA 3F9KA 4AH9A 3MEDA 4DQPA 4CJSA 3DLHA 1J53A 4R5PA 3SUQA 4DTPA 2KQ2A 4CJ4A 3H08A 4LY7A 3V9WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TL1A 2IAJA 1HNXK 4B9SA 3EYZA 1FK9A 2P9NB 3LPTA 3M5RA 2G8FA 1NJXA 3M6GA 3M8RA 3CCUN 2W6KA 2QI2A 2E2OA 4CFDA 3BZKA 1HJOA 2VG5A 3TSUA 3K5NA 3PV8A 1VSIA 1Y97A 1JL1A 5AQXA 1EKEA 2NRVA 3RMDA 3RMBA 1M1KO 3SAGA 3MWTA 2FF3B 1Q9YA 1D9FA 1ILYA 3PY8A 3PO5A 4F2SA 1SL2A 2QTDA 3DLLL 1KAXA 3AO2A 1X3MA 1YJ9N 3HBTA 3WXIA 3THYA 2A1RA 3LP1A 1VQ9N 4Y1DA 4JRQA 5AQSA 3KLHA 5CYMA 3AVFA 1NJZA 3ZSWA 3A5MC 1QHTA 1IG9A 4JI6K 2UUCK 4JD2A 4MQ3A 3TI0A 4M7YA 4DR1K 3SUNA 3CM5A 3OYNA 5GADP 2IIRA 2DFHA 4MDAA 5GIOA 3V81A 2AA4A 2E8AA 4CD1A 3K5MA 1WAFA 3WT0A 3K9KA 1TVRA 4FW2A 2D0PA 3TAGA 3M8SA 1BISA 2NRZA 1ZBFA 3KLIA 4CK3A 2F8TA 2Q0RA 1RBTA 1RCHA 1GLEG 4IEIA 1KCFA 2ZGZA 3O1BA 4DFJA 1WN7A 1RTIA 3KIOA 4A2BA 3HPHA 4O8UA 1QZ5A 3ENBA 3A5OC 1XHXA 5KI6A 4G1QA 4I9QA 3G6EN 3AARA 1L3SA 2O4GA 3QICA 1U2VB 3L2RA 2E1YA 1S6QA 4RW4A 3AA4A 2EWSA 2J4RA 3EEQA 4NXNK 4MDBA 2CH6A 1KVCA 3U3GA 3SI6A 2ZM6K 4JK8A 4ILGB 4YDUA 4AQYK 2ATQA 2CGLA 3TU5A 4HUFA 1YTUA 2FLOA 3T3FA 2RPIA 4BR0A 1JLCA 4LFAK 3FLCO 1GLFO 3D2EB 3L3UA 4MLHA 4JI8K 5AQKA 3HP9A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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