4CEQA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceqA00
4CGJA 4EP5A 1LW2A 2GBZA 4JRPA 3U3GA 4JS4A 2A1RA 2VG6A 3RMDA 4IDKA 1VSEA 4CHZA 2HHUA 4DSKA 4B08A 4MQ3A 4NCBA 5KRTA 4F3TA 3OS2A 2G8FA 1EXQA 3IG1A 3OYKA 1HYZA 3HSTB 4IG3A 1KTQA 2FC0A 3VQQA 3C6TA 1HNIA 3K57A 3NCIA 1TV6A 1R0AA 1NK5A 4KB1A 3AVCA 1RBTA 3G0ZA 4QAGA 3QLHA 1KFDA 2Y1IA 3LPUA 1BQMA 3T19A 4DQRA 1UOCA 4FLYA 3L2UA 5HLFA 1QSYA 4CGGA 2RN2A 4E19A 3NGIA 3PUFA 3D0PA 2HHWA 4DU1A 2G8HA 5KI6A 3QEWA 2D0AA 4CF8A 4CGFA 3KD1E 4CF2A 4CEZA 1S6QA 3DLRA 3KTQA 1C0MA 4FLWA 4HVJA 1NJYA 3P5JA 2PYLA 4KV8A 4OJRA 4DQPA 1KVAA 4J2BA 3LP2A 2IAJA 3NGYA 3AVJA 4W5QA 3V9SA 2E6LA 3KD5E 1RT4A 1JLEA 3WNEA 4CJQA 2YNFA 4RW4A 3SZ2A 4DU4A 1WAJA 4L8RB 1RBUA 1QQCA 1NK4A 1NK7A 3C95A 2B6AA 1T7PA 4FJLA 1WAFA 3MAQA 4BACA 2F96A 3DOKA 4N5SA 1BISA 1BIZA 1RDAA 2XRIA 3WNHA 4CFBA 3V1QA 5C42A 1LV5A 2QKBA 2KFNA 4B3OA 4QCLA 1X9WA 1WSJA 2BANA 3AVIA 4CJLA 4DSFA 3VQ4A 4FM2A 1SL0A 2VWKA 3LAMA 1L3UA 2ITGA 4K8XA 1HQUA 3BGRA 3MXIA 4DTSA 1SKSA 2D0CA 4B8CA 2X74A 4AH9A 1U49A 1L5UA 4EZ6A 2HVIA 4OLBA 4DTRA 3C94A 3HPOA 4ID1A 3L8BA 4CK3A 3RRHA 3VQ5A 4FLZA 4OGEA 3HVTA 1QS4A 4N76A 1TL1A 4LSNA 3FFIA 2QKKA 2YNHA 3HL8A 4Q5VA 1TK8A 2HMIA 1C6VA 3DLEA 4FJHA 3LDSA 5DMRA 3QIOA 4DU3A 4LY7A 4N56A 3CYMA 5HRRA 3SQ2A 3PO4A 1SKRA 4DQSA 4O5BA 2VG7A 1IKYA 5SWMA 3IAYA 4FJJA 2KFZA 3VQDA 4KHUA 1S1WA 1B9FA 3I0SA 3V9UA 4M3WA 1WSGA 4ZHRA 1RILA 1JLCA 4FLVA 1VK0A 1WSIA 1RT1A 4FW2A 3TWHA 3RMBA 2KTQA 2BGGA 5JS2A 5J2PA 1K6YA 1LWCA 3UIQA 1VSMA 1TK5A 4Z4CA 1S1UA 2OPQA 1YTAA 4B9TA 2E4LA 1A5XA 4NYNA 4EP4A 3EYZA 4E7IA 4DTNA 1D9FA 3AVLA 4KI6A 1B92A 1TVRA 4RW6A 3KJVA 1UA1A 4CFCA 3DLBA 1HJRA 3IRXA 2HHXA 5I42A 4J2AA 4ELUA 4R5PA 4CHOA 4KREA 2FBXA 4CEDA 1RBVA 1TAQA 4ZTFA 3DYAA 4HHTA 4KI4A 1U04A 3V9ZA 1YT3A 2FBVA 1BIUA 4O44A 1D8YA 2O4IA 2HHQA 4DLEA 3AO2A 1ASVA 3LP1A 4GVMA 3SNNA 1I39A 3ZSYA 3HXMA 4ELTA 1JXEA 2YNIA 1JKHA 1BL3A 1C0TA 4CJ4A 3AVGA 3HPHA 5J1EA 4W5OA 3KK3A 1S9GA 4MFBA 5CYMA 4OVLA 4ZTJA 1SKWA 4F2RA 3O4QA 3OS1A 1TL3A 2KW4A 3OJSA 5FRNA 3MEDA 2JGUA 4BE1A 3SV4A 2IGIA 1RTHA 1XWLA 3SJJA 4DTMA 1QTMA 3SQ1A 2YKNA 1S1TA 2KQ2A 2RF2A 1YVUA 4OGCA 1VSKA 2VWJA 4DF8A 3AVBA 3TI0A 2AJQA 3ALYA 1ZBHA 3JSMA 1EX4A 4O4GA 1BCOA 4OLAA 1WSHA 4LH5A 3NAEA 3ZT3A 4BDZA 4KHQA 1YTUA 1U4BA 1HQEA 4QOZB 1N6QA 4HUEA 3B6PA 2DFFA 3PX4A 1U45A 4HCCA 4FVMA 3T1AA 3NE6A 3KKSA 4CIGA 1XHXA 4OKKA 3OYIA 3PX6A 4FJKA 4JLHA 4AILC 2JLEA 4BWJA 4KO0A 3HYFA 5KTQA 2HB5A 2RPIA 4DTJA 1DTQA 5CZ2A 4M45A 1HPZA 1W0HA 2Z1HA 1S6PA 4C8MA 4AHUA 3AA4A 4Z4IA 3VQCA 1WSEA 1LAWA 3VQ8A 4FM1A 3KKRA 2FBYA 3CM6A 3AVMA 4Y1DA 4DTUA 4LSLA 3OYDA 3HT3A 3VA0A 3DRSA 5HRPA 3PY8A 1HRHA 3V6DA 3AA3A 3O3FA 3O3GA 1T8EA 1KVCA 2ATQA 1NOZA 1RT5A 5CY4A 2OZSA 4CERA 3DLKA 4HUFA 4W5NA 1WSFA 2EHGA 1RTJA 3VN5A 3QEVA 3L2WA 3DLGA 3AVHA 2FBTA 3SUNA 1KLMA 4FXDA 3QO9A 2P5OA 3AVKA 4WE1A 4AHRA 2HNZA 3QETA 4E7KA 5HBMA 3OS0A 2PYJA 2XY8A 1TKDA 1RT7A 3ZSVA 4KRFA 3AO1A 4DFMA 1G15A 1EETA 3NF8A 3NF7A 3ZSOA 4DFPA 4CEOA 3NH1A 1VSFA 3ASMA 4B9LA 5HP1A 3MEEA 1Q9XA 2KZZA 4CGDA 1RDBA 4I9LA 3CM5A 1ASWA 3CG7A 2G8VA 4H4OA 4FLTA 4E1NA 3I8DA 3NDKA 2DY4A 3VQBA 3E01A 4CJ5A 3QESA 4DS4A 3RRGA 3DOLA 1T05A 3HVRA 4M3YA 1L3VA 4IBNA 2Q3SA 4CJPA 1XI1A 4CGHA 4PQUA 4B9UA 4CJ3A 4AHVA 3T3FA 4KFBA 1XHZA 3P83D 4RG8A 4CESA 2DFHA 1SL1A 1SUQA 5C24A 1NK6A 4H8KA 3O4NA 3L2VA 2EX3A 3V9WA 2IS3A 3DRRA 3HPGA 3ITHA 5KGWA 3HP9A 3LANA 3OYBA 4JRQA 2YNGA 2GUIA 4CJFA 1C0UA 3QNOA 4FYDA 2HHSA 1JXBA 2O4GA 4AHSA 3K58A 2YHBA 2ETJA 3ZT0A 1HYSA 4KB0A 5J2QA 1O1WA 1SV5A 2B5JA 2B4JA 4I9QA 4FJXA 4M42A 3ISNC 4CEQA 3NH2A 2F8SA 4OKEA 3OYNA 1RBSA 1RT6A 2QK9A 2OA8A 1HNVA 4DTXA 3AO4A 4K8ZA 4CJTA 4DMNA 4CHNA 3OY9A 3MXJA 4KTQA 1TK0A 3SUQA 4E7LA 3V9XA 1IKXA 2LSNA 3TAMA 3HJFA 4DQQA 4FZXC 4CECA 3PO5A 1ITGA 4CE9A 3OYEA 4DF4A 1NJWA 2IDOA 3SCXA 3MEGA 2Z1GA 3K2PA 5KGXA 4CF9A 2HHTA 2WONA 3VQPA 1S1XA 3TAFA 2ZQBA 4DSIA 3DI6A 4PA1A 3THVA 1VSJA 2YHAA 4CHYA 5DK5A 1SL2A 4HUGA 3SUPA 4YFUA 3QINA 1FXXA 1NJXA 3AVAA 3NF9A 4Z0UA 4KHSA 2XY6A 1I3AA 3C6UA 3S3OA 4BDPA 4DTPA 3AVFA 4KKOA 5EU7A 4LH4A 1J53A 1DLOA 5FRMA 1NK8A 4Z4FA 4CJWA 4E1MA 3KK1A 2XY5A 3D45A 3QEXA 4CK1A 1QE1A 4BE0A 1X9SA 2OZMA 3QERA 4IG0A 3ZSXA 3CFRA 5D3GA 1RBRA 3LP0A 4FJGA 2BE2A 4CEEA 3QEIA 4KHNA 3SUOA 3K5OA 4FLXA 4I2QA 1JLFA 3OYHA 3TANA 3VQEA 1ZBLA 5FDLA 4AHTA 4RW7A 3PV8A 1U48A 1LW0A 4CJRA 3OYLA 1KVBA 1X9MA 3NHGA 3LALA 4G1QA 4FZZA 4CK2A 1EKEA 1REVA 3WNGA 1GOBA 4NCAA 1JL1A 2P51A 4DFKA 3CQ8A 5J2NA 4B9VA 4GW6A 3RMCA 4YNQA 4DWIA 1N5YA 2D0BA 3HP6A 1NOYA 1BQNA 3ZT1A 2R7YA 3G10A 4CIFA 4E7HA 1RTDA 3QIPA 1IH7A 3F9KA 3ZT4A 4FJMA 3OJUA 2BDPA 4FK4A 4FK2A 2HHVA 1IKWA 2D5RA 3SV3A 3VQAA 1JLAA 4CJUA 4C8OA 4J2DA 4FCYA 3A2FA 3HO1A 1TKXA 4W5RA 4F8RA 4E3SA 3SQ4A 2G8WA 4W5TA 4KHYA 1IKVA 5E41A 3OYAA 4FLUA 4DSLA 1RT3A 4IFYA 4DS5A 3CFOA 1X1PA 3LAKA 1A5WA 2GV9A 1RDDA 1C1CA 1VSDA 4CEFA 4BE2A 3AA2A 1UAXA 3NH0A 1NKBA 1C1AA 3K5NA 1NK9A 4F2SA 2Z1IA 2PY5A 4IFVA 1RDCA 3ZSZA 2OPPA 1JL2A 3H08A 3V1RA 3HM9A 3AO3A 1D5AA 3DMJA 5SZTA 1L3SA 4RW9A 3L2RA 4KHWA 3V1OA 3ZCMA 3F73A 4DSEA 4BDYA 1TKZA 4Q0BA 3U6FA 3MECA 1ASUA 3V4IA 2G8KA 4FJIA 1FK9A 1LWFA 2G8UA 3RR8A 2P5GA 5KRSA 3S3MA 1TGOA 3OYGA 4KTWA 1J5OA 1BI4A 3CFPA 1VSIA 2A1SA 4CHQA 3TAPA 4JS5A 3PX0A 4CFDA 1KFSA 3I0RA 4C8LA 2E6MA 3M8SA 3ZSWA 4Y1CA 3ULDA 4O0JA 4TSXA 4LD0A 2OPRA 2YKMA 3O3HA 3S3NA 1ZBUA 4B9SA 3RWUA 4M41A 2I5JA 3S9HA 3KLIA 4M3ZA 4FZYA 1EP4A 1CXUA 4OPKA 3K59A 4PY5A 4CF1A 3TABA 4OPJA 1A5VA 1BGXT 1JLGA 3VQ7A 4DTOA 3L3VA 4CJKA 5HRSA 1RCHA 1ZYQA 3MXMA 1WNSA 4RW8A 5HROA 3M8QA 1Y97A 3KLHA 4FM0A 4O0IA 4NCGA 4Z4HA 1BCMA 4EZ9A 2VG5A 3LZJA 3OYMA 5I3UA 4HCBA 3ZSQA 2KZMA 4N47A 4Z4GA 4CJEA 4FJNA 1W9HA 4CIEA 3NBPA 3L2QA 4DLGA 1RTIA 2ZD1A 3NFAA 3OYFA 1QSLA 4N41A 3OYJA 1KLNA 3EZ5A 2X6NA 1BHLA 4CGIA 4F3OA 3K5MA 2G8IA 2HVHA 1S1VA 2HNDA 4CFAA 2HW3A 3KLFA 4O55A 1VRTA 4UQGA 1DTTA 3V81A 1Z25A 3LPTA 3TAQA 3L3UA 1D9DA 1VSLA 4XIUA 2P1JA 1IG9A 1QHTA 1QSSA 3RR7A 1FKOA 3OVNA 5C25A 3NGZA 3TARA 4CEAA 1RT2A 4M3XA 3SPZA 1F21A 1NKEA 1JLBA 1KRPA 3VQ6A 4J2EA 1MU2A 4I2PA 1TKTA 4FJ7A 3B6OA 1CLQA 2ZE2A 2IOCA 4B8AB 2XO7A 1NKCA 1VSHA 1J54A 2RKIA 3K5LA 3HK2A 4PWDA 4B9MA 1UA0A 4DFJA 1T03A 1NK0A 2PZSA 1ZBFA 3KLEA 3IS9A 2DFEA 4GMJB 1HMVA 3AA5X 3P1GA 3SYZA 5J2MA 1JLQA 1Q9YA 2XHBA 3LP3A 2X6SA 3ZSRA 3BDPA 4DG1A 1GOAA 3AVNA 5CZ1A 4CEBA 3EY1A 4CJVA 3KIOA 4KAZA 2X78A 3VQ9A 3SPYA 4M3UA 2OYQA 4DQIA 3LZIA 4C8NA 2HNYA 4E7JA 4Z4EA 5HRNA 3AV9A 1VRUA 4E89A 4E0DA 1LWEA 3M8PA 3TR8A 1RNHA 3QEPA 4CCHA 4FK0A 3VA3A 2W42A 5FROA 3ZT2A 4ELVA 5K14A 3OYCA 1WLJA 4FW1A 1S5JA 2WOMA 2Z1JA 1S9EA 1Z26A 3SI6A 1NJZA 1XC9A 3DLHA 1Q8IA 4KTZA 3KLGA 3LWMA 1L3TA 1B9DA 4BWMA 4FJ9A 4PUOA 1UWBA 4CJSA 3NF6A 4CF0A 2IC3A 4H4MA 3U3YA 4FJ5A 4F4KA 4DSJA 2QXFA 4ID5A 1TAUA 4I7FA 3KK2A 4B9NA 1LAVA 1HYVA 1BI4B 2Y1JA 3WNFA 4HTUA 3DRPA 3JYTA 4C8KA 3DM2A 5CYQA 3RTVA 3RMAA 2DTUA 1CXQA 1ZBIA 1IO2A 4OKJA 4FJ8A 3LWLA 5T7BA 3TAGA 1C1BA 1GOCA 4IKFA 1J9AA 3AO5A 1U47A 2OPSA 1FKPA 3M8RA 4ICLA 3QNNA 5JS1A 2XY7A 1CZBA 4CHPA 1CZ9A 3SQ0A 1KSPA 4KPYA 2F8TA 3TAEA 4NYFA 4AHCA 4M3TA 4M3RA 2YV0X 1KCFA 1WN7A 2NUBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2A1RA 4CHZA 4DSKA 2ZWHA 4NCBA 2VWBA 5AZJB 4IFEA 4F3TA 2G8FA 2WUSA 3VQQA 1HNIA 1S3XA 3NCIA 1OH8A 4CZIA 1KFDA 1SAZA 5F0XA 2QI2A 4E19A 2HHWA 1NNEA 4JD2B 5BRHA 5KI6A 3JXUA 4CF8A 1ESVA 4A59A 2JWKA 1Q86O 4H0YB 3KTQA 2PYLA 4KV8A 4XH1A 3H6EA 4B1ZA 3J7AP 1LCUA 2IAJA 2V52B 3KD5E 2A5XA 2E6LA 1RT4A 3CJAA 4IO8A 4DCHA 4GKJK 3H1QA 1JLEA 2P9KA 3ZX3A 2YNFA 3VETA 5AQJA 1WAJA 2ASOA 1RBUA 4BRHA 5FPNA 2B6AA 3AGRA 5ELZA 3G6EN 4FJLA 1WAFA 3SLCA 2H3GX 4N5SA 2CH6A 2XRIA 4V19S 1LV5A 5BN9A 2I7PA 3DXMB 4B3OA 1M1KO 4QCLA 1X9WA 2BANA 2GTDA 3J7ZO 4DSFA 4A5BA 2VWKA 3LAMA 1L3UA 4K8XA 3BGRA 1FJGK 2D0CA 4WFNL 2X74A 4AH9A 1L5UA 1Z05A 2HVIA 2IIRA 1WOQA 5AZIB 4DTRA 2PAVA 3C94A 3VGMA 4FLZA 4H03B 4IEIA 1QS4A 3LDQA 4LSNA 2OTLN 4FJHA 5EXWA 4DU3A 5HRRA 1SKRA 4YOWA 3K9JA 4FJJA 2KFZA 3QBXA 2F7TA 3PSFA 1B9FA 1RILA 2V51B 4FLVA 2BGGA 5JS2A 1LWCA 1VSMA 4DV5K 2E4LA 1EQYA 3BY5A 1OH6A 3AVLA 3KJVA 1TYQA 5EX5A 1TAQA 1YT3A 2FBVA 2AA4A 2O4IA 3AO2A 4BC3A 4JK7A 4ELTA 4CJ7A 4FWKA 4CJ4A 3QBWA 3HPHA 3U4LA 4NLCA 4DR7K 2JGUA 1XNQK 1M90O 2FSKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2A1R A;  4CHZ A;  4DSK A;  2ZWH A;  4NCB A;  2VWB A;  5AZJ B;  4IFE A;  4F3T A;  2G8F A;  2WUS A;  3VQQ A;  1HNI A;  1S3X A;  3NCI A;  1OH8 A;  4CZI A;  1KFD A;  1SAZ A;  5F0X A;  2QI2 A;  4E19 A;  2HHW A;  1NNE A;  4JD2 B;  5BRH A;  5KI6 A;  3JXU A;  4CF8 A;  1ESV A;  4A59 A;  2JWK A;  1Q86 O;  4H0Y B;  3KTQ A;  2PYL A;  4KV8 A;  4XH1 A;  3H6E A;  4B1Z A;  3J7A P;  1LCU A;  2IAJ A;  2V52 B;  3KD5 E;  2A5X A;  2E6L A;  1RT4 A;  3CJA A;  4IO8 A;  4DCH A;  4GKJ K;  3H1Q A;  1JLE A;  2P9K A;  3ZX3 A;  2YNF A;  3VET A;  5AQJ A;  1WAJ A;  2ASO A;  1RBU A;  4BRH A;  5FPN A;  2B6A A;  3AGR A;  5ELZ A;  3G6E N;  4FJL A;  1WAF A;  3SLC A;  2H3G X;  4N5S A;  2CH6 A;  2XRI A;  4V19 S;  1LV5 A;  5BN9 A;  2I7P A;  3DXM B;  4B3O A;  1M1K O;  4QCL A;  1X9W A;  2BAN A;  2GTD A;  3J7Z O;  4DSF A;  4A5B A;  2VWK A;  3LAM A;  1L3U A;  4K8X A;  3BGR A;  1FJG K;  2D0C A;  4WFN L;  2X74 A;  4AH9 A;  1L5U A;  1Z05 A;  2HVI A;  2IIR A;  1WOQ A;  5AZI B;  4DTR A;  2PAV A;  3C94 A;  3VGM A;  4FLZ A;  4H03 B;  4IEI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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