4CEQA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ceqA00
3NGYA 1LW2A 1YT3A 4DG1A 2PYJA 4DTUA 3E01A 4KB1A 4KI6A 4PQUA 1EP4A 1VSLA 4LSLA 4DF8A 3AVIA 3OYMA 3T3FA 1JL1A 3PV8A 1EETA 2G8WA 4FCYA 1VSHA 3ZCMA 3S9HA 2IGIA 1NJYA 1QSSA 3AVKA 4UQGA 4BDYA 3TABA 2HVIA 3D45A 3HJFA 5J2PA 4KRFA 2OZSA 1RDDA 3PX4A 1XHZA 4K8ZA 4Z4FA 1C6VA 4M41A 4E1MA 4FVMA 1NK0A 3VN5A 2X6SA 4HTUA 1L3TA 1SV5A 4ZTFA 1HYVA 1YTAA 4JRQA 1IO2A 2OPSA 3AVGA 2OPPA 1J53A 1S6PA 4FLYA 1TL1A 1O1WA 3SZ2A 3FFIA 3KK1A 2X6NA 3AVFA 1DTQA 2G8HA 3L2VA 3CYMA 2P1JA 3UIQA 4RG8A 2D0AA 3HP9A 1J9AA 3TAPA 1TK0A 4DU4A 4DSIA 3KIOA 4OGCA 3QIOA 1KCFA 5C24A 5HRSA 4BACA 3ISNC 3LWLA 4FJLA 1LWEA 1ZBFA 1HQUA 3KLIA 4I9LA 4F8RA 2YKMA 4RW9A 3SQ0A 2Z1HA 1IKWA 2RKIA 3SV4A 4E19A 3RR8A 3P1GA 1C1AA 1RBVA 4O0JA 3ZT0A 5D3GA 1D5AA 2YHBA 1RDCA 4C8KA 2ZQBA 3ZSWA 4CIFA 2W42A 1UAXA 2Y1JA 1UA1A 4M3XA 3OYCA 3L3VA 4DTMA 5JS1A 2YNHA 1J54A 1SL2A 1JKHA 1RILA 5JS2A 1WSFA 4FLWA 3RMDA 4FK2A 2X74A 3AVNA 1JLCA 1X1PA 3V81A 4W5RA 4C8OA 4ELUA 3G0ZA 3PY8A 3RWUA 1BIUA 1EX4A 4OKEA 5EU7A 1U04A 3AVMA 3HYFA 3I0RA 4H4MA 3KKRA 4M3RA 3RMBA 1NKBA 1T7PA 1CXUA 2HHWA 3SUPA 2ZE2A 3CFPA 2XY7A 5I42A 1SKRA 4J2DA 3HM9A 3NH0A 4FLUA 3C6UA 4Q5VA 3QNNA 3TANA 1T05A 1C0MA 1GOAA 3SYZA 4B8AB 3AO4A 3VQDA 4YNQA 1U45A 1Z25A 4CHYA 4J2AA 3OJUA 4HCCA 3VA3A 2HHQA 3KD5E 3AVBA 3K5OA 2FBVA 4QCLA 4DTJA 1RBTA 2HHTA 1HPZA 3LWMA 4DMNA 4KTQA 1KSPA 4OPJA 3OS2A 4HUEA 1FK9A 4CEBA 4H4OA 3OYBA 2PY5A 2WOMA 3NE6A 1CLQA 1DTTA 4ELTA 3ZSXA 5KI6A 2B4JA 3AVCA 4B8CA 3OYJA 1DLOA 2FBXA 2DFEA 1WLJA 3IG1A 1S9GA 4IBNA 4FZZA 1TV6A 3VQ6A 4CIGA 4CEQA 1NJZA 2PYLA 1Q9XA 1ZBIA 5HBMA 4O5BA 3ZT4A 1ASWA 3QINA 2YNIA 2Q3SA 3KLEA 3C6TA 2XHBA 1XHXA 3SUQA 1Q8IA 1TL3A 1JXEA 3AV9A 4CGIA 4DSJA 4N41A 2A1RA 4F3OA 1UWBA 1VSIA 1EXQA 3P83D 1ITGA 4IFYA 3OY9A 3OJSA 1X9MA 4FK0A 3DMJA 3MXMA 4DFJA 2BGGA 2A1SA 3SUNA 2KZZA 1J5OA 3EZ5A 4CGFA 3MXJA 1F21A 1W9HA 3D0PA 1LWCA 3A2FA 3L3UA 3KJVA 3QIPA 4LH5A 2E4LA 3ULDA 4BDPA 3HO1A 4O55A 4FJNA 4N47A 4E7HA 1X9WA 4E7IA 2D5RA 4CGDA 4FJ8A 5J2MA 4DFPA 1JLGA 1BCMA 2WONA 4KFBA 3L2RA 2G8UA 4B9NA 3K59A 1KFDA 2KW4A 4FJXA 4M42A 2Y1IA 2HB5A 4Z0UA 3NGIA 3HK2A 3O4NA 3VQ7A 4CE9A 3SQ4A 3OYDA 4FLTA 3U6FA 4LY7A 2IC3A 4E89A 4CF9A 2I5JA 4GVMA 1SL1A 1D8YA 3RMAA 3K2PA 3WNGA 3ZT2A 3NF7A 4AHCA 5J2NA 3LP2A 4KTWA 1ZBUA 4C8NA 3NH2A 1FXXA 2BANA 2VWJA 1I3AA 2ETJA 4CERA 3SQ2A 4B9UA 3OYHA 3F73A 2KFZA 3MECA 1D9DA 3MEEA 3ZSZA 4W5TA 3MEGA 2XO7A 4ID1A 4KPYA 1KFSA 3AA4A 2G8VA 4OVLA 2QKBA 3DLKA 3AO3A 4FJHA 4LH4A 4E0DA 2HVHA 1ASVA 4CEFA 3QEIA 3KD1E 1KVAA 3V4IA 2RPIA 2IDOA 4Y1DA 1RTJA 3V1RA 4DTNA 1NJXA 5KRTA 4F2RA 3KTQA 2KZMA 2KTQA 1RTIA 1U4BA 2PZSA 5KTQA 4BE0A 2HHSA 3HT3A 3O4QA 2ITGA 1QSLA 3K5MA 3RRGA 4FZYA 4FZXC 1QTMA 1R0AA 1S1WA 3V9XA 1WNSA 4JLHA 1VSMA 3OVNA 3VQ8A 2OZMA 4CFAA 4FK4A 2FBTA 3OYAA 4PUOA 2DFHA 5KRSA 4B9MA 1IKYA 4CJUA 4IDKA 5C25A 3SUOA 4BDZA 3KLGA 2BDPA 2B5JA 2X78A 2VG7A 4CGHA 4CHZA 4CEDA 3ZSYA 3MEDA 2YKNA 4IFVA 3WNHA 2VG6A 3OYEA 4CFBA 4KHQA 4CK3A 3TAMA 4W5QA 4BE1A 1Q9YA 3ITHA 1VK0A 4RW7A 1BIZA 3LAKA 1RT4A 4HUGA 4M3UA 1TKZA 2DY4A 4OKKA 2HNYA 1L5UA 4FJMA 1SUQA 3C95A 4CF0A 4ELVA 2HHUA 5CYMA 1YVUA 3LAMA 1WSIA 1VSJA 4Q0BA 4CK2A 4OPKA 3TWHA 3P5JA 1S1XA 4CCHA 3DRSA 3V9WA 1L3VA 4DLEA 3SPYA 1ASUA 1HMVA 1HRHA 2BE2A 4CEOA 3NGZA 3NAEA 2IAJA 2VWKA 4CFCA 3VQPA 4AHVA 1IKVA 3V9SA 4CJ3A 3VQ9A 2DTUA 3K58A 2NUBA 2YNGA 3EY1A 4DS5A 3LANA 2R7YA 3JSMA 1REVA 2Z1GA 4XIUA 1SL0A 4Z4EA 1S1TA 2OPRA 4K8XA 1VSFA 3OYIA 1RBSA 3QNOA 3TAFA 4LSNA 4CJ4A 1VSDA 3RRHA 1RT5A 3ZSVA 3NH1A 4DTSA 1JLBA 1FKPA 1LWFA 4CHPA 4DFMA 4B9LA 1C1BA 1KLMA 2XY6A 1TK5A 1I39A 3KKSA 4CEEA 3NDKA 1NK4A 1SKSA 4F4KA 4CEZA 3I8DA 1JLAA 3K5LA 4ICLA 4M3ZA 4DTPA 4OJRA 2XRIA 1HQEA 4NCBA 4DQPA 1BQNA 4H8KA 2JLEA 1L3SA 4J2EA 4CF8A 1K6YA 2OA8A 4G1QA 3PO4A 2F8TA 2GUIA 1XC9A 2GBZA 3LP0A 4CJQA 2XY8A 3U3GA 3ALYA 4EP4A 4E7JA 4E3SA 1KRPA 3V9ZA 3DLBA 2G8IA 1VRTA 1SKWA 4KTZA 4NCAA 4DSFA 1WAJA 3NF6A 1WAFA 3VQAA 1NK8A 3K57A 3VQEA 3ZSOA 3HP6A 3CQ8A 3L2UA 3ZT1A 4B08A 4DQQA 3QEPA 1HNIA 2HHXA 3DI6A 4FJ7A 2O4GA 4KB0A 2F96A 1RCHA 1TAQA 1WSGA 2YV0X 4MQ3A 1C0TA 2IOCA 1KVBA 3HVTA 4N5SA 4DS4A 4DF4A 3RMCA 4KHUA 3DLGA 4QOZB 3AA3A 5KGXA 4DSKA 3AO5A 2E6LA 1RT7A 1JXBA 3PUFA 3L2QA 1W0HA 3BGRA 1QS4A 1GOCA 3CFOA 3VQ4A 3NFAA 2RN2A 1VSEA 1U47A 4B9VA 1G15A 3IAYA 1A5VA 3QESA 4CHOA 4AHTA 4GW6A 2Z1IA 4PWDA 3AA5X 4FJJA 2EX3A 2P5OA 3OYNA 4B9TA 2HW3A 2ATQA 1QE1A 2B6AA 5C42A 4CHNA 4JS5A 1TKXA 5CY4A 1FKOA 5FDLA 1NK7A 1A5XA 1JL2A 5CZ2A 5DMRA 4KAZA 4DLGA 3TR8A 4O4GA 1QQCA 4M3TA 3V9UA 5FRMA 4E1NA 4EZ6A 4Z4HA 3CFRA 3KLFA 4HCBA 3VQQA 3KK2A 1CZBA 3M8SA 3OYKA 4GMJB 3LZJA 4FLZA 3CG7A 4Y1CA 3DRRA 1TVRA 2FBYA 5HROA 1RTDA 1L3UA 3S3NA 4CJSA 2G8KA 2HMIA 3QEVA 4CIEA 4I2QA 4CFDA 3ZSRA 1B9FA 2ZD1A 4BWMA 5SZTA 4DSLA 5DK5A 3SV3A 4CJVA 1LAWA 2QKKA 4CJLA 1BHLA 4DWIA 3U3YA 2KFNA 3O3GA 3DOLA 4DU3A 2D0BA 5SWMA 2AJQA 3LALA 1BCOA 4FM0A 3SCXA 1KLNA 3TAQA 3DLHA 3EYZA 1EKEA 1S5JA 3G10A 3DRPA 1JLFA 4TSXA 3S3MA 1NKEA 1LAVA 4AH9A 4AHRA 1NOYA 2OPQA 4FW1A 4KHWA 1NJWA 3LPTA 4FM2A 2G8FA 2FC0A 3PO5A 4DTOA 4KO0A 1HNVA 5J1EA 1X9SA 1QSYA 3QO9A 3AO1A 4IKFA 3NF9A 1NOZA 4NYNA 1IH7A 3HPHA 1RT6A 3ZT3A 1S6QA 4CJWA 4R5PA 3HVRA 4DQIA 4KHNA 4PY5A 3SJJA 5HRNA 3RTVA 3JYTA 1S9EA 3QETA 1WN7A 3H08A 1ZBHA 3DYAA 3AA2A 4DQSA 1VRUA 3NHGA 1ZYQA 3DOKA 1N5YA 1RNHA 4YFUA 4BWJA 3OYFA 4DSEA 5KGWA 2KQ2A 3O3HA 2DFFA 4CESA 3HPGA 4FM1A 4KREA 1XWLA 1C0UA 1NK9A 3QERA 4C8LA 4MFBA 4PA1A 4KHYA 4C8MA 3CM6A 5K14A 2VG5A 4RW6A 3VA0A 2Z1JA 1XI1A 4F2SA 1TKDA 4I7FA 5CZ1A 1WSEA 3IS9A 3NF8A 4AHSA 4CF1A 1TKTA 3MXIA 1A5WA 3LP1A 3IRXA 3LPUA 3M8QA 4IG3A 3NCIA 2XY5A 2LSNA 2E6MA 4ZTJA 3HL8A 1S1UA 2GV9A 3S3OA 4DQRA 4CJFA 1NK6A 4CJPA 4M45A 4JRPA 4HHTA 4KV8A 4LD0A 1NK5A 2YNFA 4OGEA 4FJGA 4M3YA 3AO2A 4NCGA 4FJ5A 4OLAA 4Z4CA 4B9SA 1T03A 4OLBA 1HYSA 1TAUA 5T7BA 4CJEA 4I9QA 5HLFA 3TI0A 4WE1A 3AVAA 4OKJA 1TGOA 1LV5A 4HVJA 4BE2A 3C94A 4DFKA 3TARA 3WNEA 4AHUA 3DM2A 1RDBA 4CJ5A 5CYQA 2P5GA 4Z4GA 4CECA 3B6OA 5HP1A 4M3WA 3V1QA 2O4IA 1BISA 1RT3A 4E7KA 3OS0A 3K5NA 4DTRA 4B3OA 3T19A 2F8SA 3ZSQA 4CJRA 2YHAA 4W5NA 1YTUA 1CXQA 1BI4B 4FXDA 3ASMA 1QHTA 2HNZA 3M8PA 1NKCA 1T8EA 4AILC 3M8RA 1UA0A 4KI4A 1KTQA 3RR7A 3T1AA 2EHGA 5I3UA 3QLHA 2OYQA 3THVA 1U48A 3NBPA 1RBUA 3KK3A 5FROA 1RBRA 5HRRA 4EZ9A 3MAQA 4ID5A 2P51A 3KLHA 3WNFA 3QEXA 4CJKA 3TAEA 1U49A 4CEAA 3SI6A 4FLVA 3BDPA 4O0IA 4Z4IA 4FYDA 3PX0A 4FJKA 4F3TA 4KHSA 1BGXT 3O3FA 3VQCA 3I0SA 4CJTA 3HSTB 2QK9A 1B9DA 4EP5A 3SNNA 3DLEA 1WSHA 4FW2A 3VQBA 3SQ1A 1IG9A 3V1OA 1JLQA 4FJIA 4JS4A 1Z26A 3LP3A 3OYLA 4CHQA 1LW0A 3HXMA 4IG0A 2IS3A 1D9FA 1TK8A 2D0CA 3AVJA 3SPZA 1B92A 3OYGA 1RDAA 4NYFA 4FJ9A 1MU2A 3HPOA 1KVCA 1CZ9A 1RT1A 3OS1A 4CGGA 4KKOA 1ZBLA 1BI4A 1WSJA 4J2BA 4CK1A 3CM5A 3QEWA 4CGJA 3LZIA 2QXFA 1IKXA 4FLXA 1RTHA 3DLRA 4N76A 3AVHA 4DTXA 4I2PA 3F9KA 3PX6A 4L8RB 1BQMA 2HNDA 3AVLA 4ZHRA 1JLEA 4CF2A 5FRNA 1HYZA 5J2QA 1C1CA 3B6PA 1VSKA 1N6QA 1GOBA 1Y97A 4O44A 3VQ5A 4HUFA 4RW8A 2JGUA 4QAGA 4DU1A 3L8BA 1BL3A 2RF2A 4W5OA 3V6DA 2HHVA 3LDSA 1UOCA 4RW4A 5HRPA 3L2WA 1RT2A 4N56A 3TAGA 4E7LA 1HJRA 1S1VA 5E41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OW2M 3NGYA 2F4VK 1YT3A 1EP4A 2HF4A 1KAZA 2G8WA 1NGJA 4FCYA 5C15A 3ZCMA 4WF9L 3AVKA 3CI5A 4BDYA 2HVIA 3LDNA 5LJWA 4KRFA 1RDDA 4M41A 3VGMA 2A5XA 4HTUA 3O80A 3CF5L 1HYVA 4JRQA 2OPSA 4C1NK 2OPPA 3DXKA 4X66K 1NBWA 3HOTA 1DTQA 1KQSM 4RG8A 1TK0A 1XQSC 4FL9A 4DU4A 2HF3A 3QIOA 4BQZA 3IKMA 3LWLA 4GKKK 1X3NA 2WUSA 4F8RA 2V7ZA 2Z1HA 4MDBA 1IKWA 4E19A 3P1GA 3ZT0A 5EXWA 4O0JA 5D3GA 2HBJA 5B8HA 3VGKA 5AQSA 2NRVA 2W42A 3O9SA 1N33K 4CJ7A 1E3MA 1RILA 1C0GA 4FLWA 3RMDA 2HHWA 1BO5O 3PY8A 4MO4A 5JVGL 3ZEUB 1U04A 1TAUA 3SUPA 3CFPA 3CQXA 4A2BA 4BGAA 4J2DA 2O8FB 3C6UA 3QNNA 1T05A 1P90A 4YNQA 3HSCA 2QA4N 2VCPA 4CZHA 3VEVA 4HCCA 4IO9L 2HHQA 3WQUA 1HKBA 4QCLA 1QHAA 1RBTA 1HPZA 3R8EA 1YIJN 3OS2A 4CEBA 3OYBA 2PY5A 3NE6A 4JD2A 4ELTA 3ZSXA 3LL3A 3H46O 1DLOA 2FBXA 3L4IA 3BEXA 4IBNA 5CR4A 1TV6A 3VQ6A 4OO1J 5EVZA 1Q9XA 4H0TB 2PYLA 2YNIA 1XHXA 4DSJA 3E66A 1JXEA 2J4RA 5AQVA 5DM6L 4F3OA 1UWBA 1VSIA 3HI0A 1X9MA 1MDUB 4BROA 2P9PB 4JI2K 4A62A 4NXMK 1VQPN 4DFJA 3U9ZA 1WUAA 3F9MA 5I9EB 3QIPA 3ULDA 1YF5L 4ILGB 3P39A 1NGCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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