4CESA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cesA00
1WSEA 4KB0A 3CM6A 4KHUA 2I5JA 4HUEA 4DQPA 4C8KA 3ZSYA 3KLFA 4F8RA 4I7FA 1VSJA 3OYEA 3AVBA 3AA5X 3P1GA 4CJUA 1ZBUA 4CJ4A 3OYAA 4BE0A 3OYDA 2BE2A 1T03A 4XIUA 2YV0X 3HT3A 1TVRA 4Q0BA 4E7LA 2FBXA 3CQ8A 2FC0A 3RRGA 4CJKA 2XO7A 3VQBA 1S9EA 3QERA 1UA0A 1TK8A 2IC3A 3NF9A 4F3OA 4DLEA 1XC9A 3VQQA 4CGDA 2QK9A 4W5QA 2KQ2A 1Q9XA 4B9MA 4HHTA 3IAYA 3VQ6A 5FRMA 3ZSQA 4FM0A 5FDLA 3SJJA 2P51A 3HSTB 4BWMA 1C0MA 3SI6A 1KSPA 1EP4A 5KTQA 1Y97A 4F4KA 4WE1A 3AVLA 3LWMA 2NUBA 3ZT4A 1JLBA 3MAQA 4ID5A 3I0RA 3AVCA 4CEFA 3K5MA 1SKSA 2PY5A 1D9DA 5J2PA 3QEVA 4CE9A 1LWFA 2ZQBA 3TARA 2OA8A 2KFNA 1ZBFA 2HNZA 1IKYA 3U3GA 3KD1E 2KW4A 1CZ9A 1RTJA 4DU3A 3IS9A 3VQEA 1LV5A 1DTQA 2YHBA 4LH5A 3LDSA 3C6UA 4E7KA 1D8YA 3PX6A 4ZTJA 4E0DA 2RPIA 3DM2A 4KHQA 2WONA 4OVLA 3KD5E 3NBPA 4N56A 3WNEA 1LWEA 4AHSA 4CEAA 3T3FA 1ZBHA 3KK3A 4E7IA 1S1UA 1QE1A 2QKKA 4CHQA 3DLBA 3ZSOA 5C25A 4CJ3A 3UIQA 1VSFA 2YHAA 3T19A 1U49A 1QQCA 3SZ2A 4FM2A 3PUFA 1X9WA 1B9DA 3V81A 2JLEA 3NCIA 3TABA 3NDKA 5HROA 1VK0A 2X78A 3F9KA 3QNOA 1TAUA 3OS0A 4PQUA 3V1RA 3U3YA 1BL3A 1XI1A 3QEIA 1VSHA 2HHSA 4IFVA 1D5AA 3SUNA 4Y1DA 2ETJA 4CFAA 4AHCA 4CHPA 4O44A 3O3HA 4Y1CA 4CJFA 4E19A 3SQ0A 4Z4HA 5I3UA 2B4JA 3QEPA 4CERA 3WNFA 2DFEA 3HM9A 1KVCA 2WOMA 1S1XA 1A5XA 4OGEA 5HBMA 3SQ1A 2HHQA 3OYHA 4IKFA 3HVRA 1GOCA 1J9AA 4PA1A 4M3UA 2A1RA 3D0PA 4FJLA 5CYQA 1KFSA 4CJPA 4ELUA 4CFCA 1X9MA 3ZT0A 1JLQA 1C6VA 1RBUA 1TAQA 4IG3A 4FLWA 1L3VA 1RT3A 1CXUA 1HJRA 3DLKA 3MEDA 3DLRA 1WSJA 4FJXA 1RT6A 1WSFA 4TSXA 3NGIA 1GOAA 3V1OA 1LAVA 3L2UA 3V1QA 1WNSA 1RT2A 1HYZA 3QO9A 1NK5A 4K8XA 5J1EA 1KTQA 1QTMA 4DQSA 2E6MA 1NJWA 1LW0A 3AVKA 4CEDA 3TAFA 3KLGA 3THVA 3LZIA 2G8HA 4E3SA 4FXDA 2OPPA 4FJMA 1KFDA 1LWCA 1TKTA 1IG9A 3AVNA 4CEQA 4YFUA 4FLYA 2A1SA 3OVNA 5HRRA 2YNHA 5JS1A 1JLAA 3VQAA 2OZMA 4LSNA 3VQDA 3K5OA 3KLEA 1ASUA 3B6PA 4DF4A 1X9SA 1S6PA 4HCCA 4FLVA 4FM1A 3DRPA 2HW3A 1VRUA 3PX0A 2VG7A 4KTQA 1XHZA 2IDOA 3NH0A 1YVUA 2O4GA 4BE1A 4DTXA 3A2FA 3AVMA 3DRSA 4E7JA 3TI0A 1JLFA 3AO3A 1RCHA 4OPKA 2RKIA 3L2QA 1BIZA 4M45A 1HQUA 3MECA 3MXMA 1RBTA 2P1JA 4H4OA 1B9FA 4DSIA 4KI6A 4B3OA 2XY6A 2VWKA 1HYVA 3DYAA 3DOLA 5E41A 1RT4A 4FLTA 2F8SA 3NF6A 1RDBA 3OY9A 1U45A 1Z26A 2Y1IA 4B9LA 3JSMA 3CFOA 3ZSZA 3S3NA 4I9QA 3KJVA 3RMAA 2KZMA 3AO4A 4KTZA 3RRHA 4FLZA 5CY4A 2P5GA 3ZT2A 2G8VA 1KVAA 3LPTA 3LAMA 3RR8A 4DTRA 5HLFA 4GMJB 3OJUA 1JL1A 2YKMA 4DQIA 4KI4A 1QS4A 4FJ9A 4DTSA 5J2MA 4AHTA 4AHUA 3ZSRA 5HRSA 2HNDA 4DLGA 2GV9A 4KB1A 1YTUA 4ICLA 2DFHA 1F21A 4FW1A 3SCXA 3S9HA 1NK9A 1IKWA 3SUPA 2GUIA 1IKVA 2RF2A 3EZ5A 3TAMA 3NH1A 2G8UA 1EXQA 1J53A 3HP9A 4MQ3A 3QEWA 2IAJA 4CGHA 2IOCA 3F73A 4DU4A 1NK0A 4CJVA 1BQMA 1JLCA 3MXIA 3AO5A 3SQ2A 4FK2A 1TV6A 4CHZA 4NCAA 4Z4IA 2QKBA 1UA1A 4B9SA 1CXQA 3OYGA 4C8LA 4FJIA 3ISNC 2Z1IA 4GVMA 4BACA 3IG1A 3OYFA 3NFAA 1EX4A 4UQGA 4EP5A 3AVGA 1KCFA 2OZSA 3OYNA 4DMNA 2HVHA 2HVIA 2VG5A 3OYJA 1SKRA 1NK7A 1HPZA 3RMDA 2G8FA 4DTNA 3G0ZA 5KRTA 4PY5A 4CESA 3P83D 1UAXA 2HNYA 4E1NA 4K8ZA 4CGGA 2AJQA 2YKNA 3VQ4A 1A5VA 3AA3A 1VSLA 3TAPA 1R0AA 2OPSA 2ATQA 4IDKA 3K5NA 2ZD1A 3OYCA 4DTPA 1MU2A 1ASVA 3PV8A 3P5JA 1CZBA 1N5YA 3O4QA 5HP1A 1NJZA 3OYMA 1CLQA 1ZBLA 4RG8A 4W5RA 4AH9A 3U6FA 4LY7A 1BISA 1IH7A 3VQCA 4CHYA 3I8DA 1O1WA 1U04A 3DLHA 3O4NA 1WAJA 5C24A 3VQ5A 3NAEA 1TKDA 2XHBA 2Z1JA 1JLGA 2YNGA 4Z4GA 4DFJA 4DU1A 2FBVA 3TANA 1T8EA 1GOBA 4FK4A 1QSSA 4CJWA 2LSNA 2B6AA 1X1PA 1C1CA 3LANA 4CK1A 3OYBA 3QNNA 1YTAA 4CCHA 1SUQA 1VSEA 4IG0A 3T1AA 4BWJA 1ITGA 3TAQA 1NJYA 1SKWA 1B92A 4DSEA 4KO0A 3ALYA 4FZZA 4M3XA 3OS2A 1J54A 4I9LA 4O55A 4B9TA 1HNIA 2D0CA 4KTWA 4DSJA 4FZXC 4CJ5A 1VSMA 2OPRA 4IBNA 3QEXA 3PY8A 3SQ4A 5KGXA 3SPZA 4C8MA 1BCOA 3DOKA 3VN5A 4HTUA 2DTUA 4FCYA 4Z4FA 4C8NA 4NCGA 4HUFA 4H4MA 1SV5A 1TGOA 2X74A 4AHVA 3KK1A 1SL1A 4CEBA 1S5JA 1L3TA 3LP2A 5I42A 4CEOA 4OKJA 2VG6A 4N47A 1REVA 3QLHA 3SUQA 1S6QA 3CYMA 1I39A 2VWJA 3V4IA 4FYDA 3C94A 1L5UA 1U48A 4CHOA 3OYIA 2KFZA 4N5SA 1FK9A 3M8QA 4CIEA 4NYNA 3CFRA 1IKXA 3ULDA 4KREA 2DY4A 1J5OA 2EHGA 2IS3A 4NCBA 3HXMA 3RTVA 2Q3SA 2F8TA 1U4BA 3L8BA 3I0SA 1WSHA 2XY5A 3V9SA 1QSYA 3HO1A 4LH4A 3CFPA 3SYZA 2G8IA 2DFFA 3ITHA 1G15A 3HPGA 4OKKA 1Q9YA 1JXEA 4FK0A 3AO1A 4EZ6A 1BHLA 5KRSA 3OYKA 3DLGA 3HVTA 3RMCA 1S1VA 3K57A 2BGGA 3PO5A 4BE2A 3SUOA 4FJGA 3M8PA 3AV9A 4Z4EA 4DS4A 3L2WA 4ELVA 1TK0A 4CGJA 1L3UA 1I3AA 4JS5A 1UWBA 3RR7A 3NF7A 4J2AA 4E7HA 1RBRA 1WSIA 4FVMA 1RT7A 4M3ZA 3RWUA 1D9FA 3ZT3A 1RT5A 3TR8A 2XY8A 4BDZA 2D0AA 4CECA 3SPYA 4G1QA 4QAGA 3VQPA 4FJ5A 4RW8A 4M42A 2F96A 5JS2A 4KHYA 3V9WA 1SL0A 1JKHA 3QIPA 3NHGA 2Y1JA 3AO2A 3S3OA 1U47A 3O3FA 1T05A 1BQNA 4OLBA 1RTIA 1KLMA 1ZYQA 5K14A 1HMVA 2ZE2A 4O0JA 3WNGA 4CIGA 4DTOA 1TL1A 4OKEA 5CZ2A 4FLUA 4DTMA 2KZZA 4DF8A 2D0BA 4B8CA 5T7BA 3ZSWA 4YNQA 3HPHA 1BI4B 3SNNA 3EYZA 2RN2A 1NOYA 4DG1A 1KRPA 4O4GA 4DTUA 1XHXA 3V9XA 2FBTA 1WAFA 3DI6A 4DTJA 4OPJA 3RMBA 2IGIA 1RNHA 1VSIA 4E89A 1VSKA 3G10A 2D5RA 3VA0A 4L8RB 3NGZA 4DQRA 1W0HA 3KTQA 4O0IA 5D3GA 3HJFA 3ZSXA 4B08A 2HHWA 2PYLA 1S9GA 3HK2A 1HRHA 3LWLA 4DFPA 4FJKA 3SV4A 1RTHA 3AVHA 3ZT1A 3DRRA 4DWIA 3V6DA 4LD0A 5SZTA 4CF8A 3HL8A 4B9UA 5DMRA 4FZYA 4F3TA 4J2BA 2E6LA 1VRTA 4RW6A 2R7YA 4KKOA 4LSLA 5HRNA 3KLIA 2W42A 1SL2A 2B5JA 1S1TA 4JLHA 3NE6A 3QESA 4BDPA 4FJJA 2PYJA 1N6QA 3SV3A 1FKPA 4OJRA 4Z4CA 4W5NA 1Z25A 4DSLA 1NJXA 1RT1A 4RW7A 2G8KA 4M41A 1C1BA 2X6NA 5J2QA 3AVJA 3BDPA 1TK5A 4FJHA 3K58A 1RBSA 1FXXA 1HQEA 3L3UA 3KKRA 4F2SA 5KI6A 4KAZA 3K59A 4JRQA 2HMIA 3NGYA 4KFBA 3S3MA 3AA4A 4KRFA 1UOCA 3ZCMA 1DLOA 4CJQA 3AVIA 1JLEA 1QHTA 3FFIA 3LAKA 3K2PA 2EX3A 4MFBA 4CJEA 5J2NA 3QETA 4I2PA 2YNFA 3V9UA 3AVAA 3AA2A 4O5BA 1RDCA 1KLNA 3TAEA 2HHUA 3NF8A 4CK3A 3DMJA 4W5OA 4Z0UA 4OLAA 3D45A 3C6TA 3OJSA 1FKOA 3E01A 4HVJA 5C42A 1LAWA 4CJRA 2XY7A 3EY1A 3KK2A 3ASMA 3CM5A 1C0UA 3L3VA 1NK4A 4KHSA 3LZJA 1XWLA 4ZHRA 3LP1A 3MEGA 1YT3A 4HUGA 3V9ZA 4NYFA 4CF9A 4DSKA 4EZ9A 4JS4A 4N76A 1DTTA 5FROA 4ID1A 4KV8A 3LP0A 5EU7A 4AHRA 5FRNA 5SWMA 3PO4A 1QSLA 2O4IA 1C0TA 1WLJA 3KKSA 1NK8A 3TWHA 3C95A 2FBYA 4JRPA 1TKXA 3LALA 2OYQA 4CFBA 4HCBA 1NOZA 4DFMA 1BCMA 5HRPA 3VA3A 1HYSA 3OYLA 3H08A 3ZSVA 1KVBA 3MXJA 1EETA 3M8SA 1EKEA 1W9HA 2JGUA 4CJSA 3O3GA 2BDPA 2PZSA 4C8OA 4GW6A 4AILC 2BANA 1JXBA 1WSGA 4CIFA 4DFKA 4KHNA 3QIOA 2X6SA 4F2RA 3LPUA 3VQ8A 1JL2A 3B6OA 4B9VA 3VQ9A 4J2EA 4FJ7A 4W5TA 4M3TA 2XRIA 4PWDA 4QCLA 4CHNA 3L2RA 4KHWA 1NK6A 4M3WA 3MEEA 3KIOA 3M8RA 1VSDA 3LP3A 1ZBIA 1Q8IA 4I2QA 4RW4A 1RDDA 4J2DA 2HHTA 4EP4A 3NH2A 2YNIA 2Z1GA 1TKZA 3PX4A 3IRXA 4KPYA 4R5PA 3OS1A 4CEZA 4FJ8A 1BGXT 3DLEA 4CF1A 1BIUA 2GBZA 1C1AA 1RTDA 4CJLA 4BDYA 1RBVA 1HNVA 1A5WA 4CGIA 4CF2A 1ASWA 3HP6A 4FJNA 4ZTFA 4PUOA 3QINA 3HPOA 1NKCA 3K5LA 5KGWA 4FW2A 3KLHA 4DQQA 1RILA 4Q5VA 2OPQA 1K6YA 1LW2A 3VQ7A 4CJTA 4FLXA 3HYFA 2HHVA 1BI4A 3WNHA 4M3RA 1T7PA 4CK2A 2KTQA 2G8WA 1WN7A 2P5OA 3L2VA 4CGFA 4DSFA 4QOZB 2HHXA 1RDAA 4N41A 4M3YA 4B9NA 4ELTA 1IO2A 4OGCA 4H8KA 4B8AB 2ITGA 4IFYA 2QXFA 2E4LA 3BGRA 4DS5A 5CZ1A 3TAGA 4CF0A 1L3SA 2Z1HA 2HB5A 3CG7A 3JYTA 1S1WA 4CFDA 5CYMA 1NKBA 3AVFA 4RW9A 1NKEA 4E1MA 4CEEA 1TL3A 5DK5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WSEA 4KB0A 4A57A 4HUEA 4DQPA 4F8RA 3TU5A 3P1GA 3OBYA 4H5RA 1ZBUA 2F4VK 2AA4A 1N33K 4O5FA 3CIPA 3F2KA 2A40A 2WUSA 4JI4K 2O8DB 3VQBA 1TK8A 4F3OA 5KPTA 1XC9A 3VQQA 2QK9A 4W5QA 3IAYA 5FRMA 3ZSQA 1U2VA 4QS7A 3HSTB 1ATRA 5KTQA 3CQXA 3VF2A 3FZHA 1JLBA 4CZLA 4CEFA 3K5MA 1D9DA 1VQKN 3QEVA 1Q86O 3U3GA 2KW4A 2V52B 4DU3A 3CI5A 3IS9A 1LV5A 3CCRN 1DTQA 3M5RA 4ISFA 3LDSA 1D8YA 4E0DA 4LF5K 4KHQA 2WONA 5JVHL 4OVLA 3WNEA 2QKKA 2W40A 3HZ6A 5C25A 5E26A 2YHAA 1K9MO 2F9WA 4ILJA 1YF5L 1QQCA 1X9WA 2F7TA 4YDUA 1HNXK 2X78A 1SZ2A 1BL3A 4DR4K 4Y1DA 4CFAA 4CJFA 4E19A 2HF4A 3IDHA 3NVMA 2WOMA 1A5XA 3ZX3A 3O8MA 4A2BA 3HVRA 5AQGA 1RDWX 3QDKA 1U6ZA 4FJLA 1KFSA 4YOVA 4H5VA 1X9MA 2ZJQL 2BUPA 3J7AP 3CJAA 3FZKA 4FJXA 5MLCQ 1RT6A 1WSFA 3NGIA 1VQNN 1HYZA 3QO9A 5AQPA 5I9EB 3O4WA 3H1QA 3KLGA 1YJ9N 3LZIA 3NMUA 2D0PA 1TKTA 3MMVA 4CEQA 2A1SA 4A61A 3VQDA 3K5OA 1ASUA 1NGEA 4H0VB 1K8AO 4FM1A 4RTFD 1VRUA 1HLUA 4IO8A 3G6EN 3A2FA 3DRSA 2QW9A 1JLFA 1HQUA 4CZEA 2QWOA 2VWKA 3DYAA 4R79A 4FWSA 4FLTA 3NF6A 2O8BA 2Y1IA 3ZSZA 3SBGA 4YOXA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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