4CEZA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 59
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cezA00
2NUBA 4E89A 3P83D 1HMVA 3OYHA 1JL2A 3U6FA 1LW2A 4DTXA 1G15A 3O3HA 4DSFA 4UQGA 1L3UA 3K59A 4FJGA 3PY8A 3LPTA 4E7JA 1WN7A 3L8BA 4FJJA 3SUPA 2IAJA 3RMBA 1S6PA 3IRXA 2DTUA 1S1WA 1UWBA 4CEZA 3KLGA 3K5MA 5DK5A 4DMNA 1KFSA 3AA2A 1EKEA 4DTJA 3VQDA 3PX0A 4M42A 4CIEA 2DY4A 3AVLA 1VSMA 3AV9A 4CFBA 4DQIA 1TL1A 4KHSA 3DMJA 4CK3A 1KFDA 1T7PA 5HLFA 1SL2A 4DFJA 3O3FA 1S9EA 3CM6A 3OVNA 1RDAA 1XC9A 1RT3A 1BQMA 2A1SA 1KSPA 4E0DA 1JLEA 3S3NA 4ELVA 3PX6A 4DTSA 3V9WA 4Q0BA 4B9UA 1W9HA 2XY8A 4NCGA 4JRPA 1C0TA 3P5JA 1D9FA 2HHWA 1YVUA 4DU1A 3DI6A 3P1GA 2G8WA 3QERA 4K8ZA 3DLRA 3NF7A 4FLVA 3KIOA 2OA8A 3AA3A 2QXFA 4CECA 3SQ2A 1LWFA 2JGUA 4CGGA 1FKPA 4CJKA 1J5OA 2HHQA 1WSFA 1VSIA 3V9UA 5HRNA 1UA1A 3NF9A 1XI1A 1C1BA 3HSTB 2O4GA 3LP1A 2E6MA 4BE0A 1CXUA 1NJXA 4QAGA 3SQ4A 1REVA 4J2EA 4PY5A 2HHTA 4E1MA 4Y1DA 2KTQA 1CZ9A 4DTNA 2G8VA 1CZBA 3AO1A 3L2QA 3DLHA 1BIUA 1NK8A 1VSHA 2YNFA 3VQQA 4ELTA 4F2RA 3UIQA 2IDOA 1EX4A 3OYJA 4FW1A 3OYGA 4CEEA 3AVHA 4FLXA 4CK2A 4M3YA 4XIUA 4E7KA 1CXQA 4O44A 4NYNA 4FXDA 2HB5A 2HHUA 3L2UA 3K5OA 4ID5A 4O4GA 4W5OA 1B9FA 3V9XA 1NK5A 3TANA 1SKSA 1I39A 3VQ6A 4DFKA 2HVHA 1ZBUA 4DTUA 1A5XA 4LH5A 1HNVA 3QNOA 3SYZA 5KRSA 4FW2A 1X1PA 1S1TA 2WONA 4N56A 3TAQA 4F4KA 3QIPA 3LP0A 2ZQBA 3OY9A 2G8KA 3I8DA 4KTZA 5JS2A 4Y1CA 4OJRA 4O0IA 1TL3A 4FJKA 2Z1GA 4CJTA 3OYFA 3SUOA 3DLEA 5FDLA 2IS3A 2KQ2A 3DOLA 5CY4A 4E1NA 3EYZA 2YNGA 4AILC 3NGYA 3C94A 2B5JA 4IDKA 4KI6A 3RTVA 5KGXA 1NJYA 2HHSA 2HNYA 5KGWA 1B92A 3AA5X 3VQ7A 3ZSOA 4FJXA 4HUEA 2Z1HA 3M8RA 3NGIA 5HP1A 2G8HA 4M3TA 4RW4A 3PX4A 4RW8A 4CJ5A 3MEGA 4CJWA 4CJFA 3OYBA 1BGXT 1B9DA 3K5LA 1NKCA 3C6TA 4CEAA 1HYZA 1J54A 3VN5A 2IC3A 5K14A 1D9DA 4CJ3A 3KKRA 3L2RA 3CYMA 3DLBA 1WSIA 3KD1E 1YT3A 4DU4A 1QHTA 2OYQA 3QEIA 4CJVA 1WSGA 3SUNA 1RBRA 4EP4A 4GW6A 1X9MA 4FVMA 1QTMA 1ITGA 1LW0A 3KD5E 2KZMA 3HJFA 1CLQA 2F8TA 3L2VA 4B8AB 1Q8IA 3VQPA 2D0AA 3SJJA 4B9SA 1RTHA 4FCYA 4BE1A 1SL0A 1EP4A 3HPHA 4ID1A 3NFAA 1U4BA 1L3SA 1JLGA 3H08A 3SPYA 4KHWA 1RT1A 3VQBA 1BL3A 4HTUA 2B6AA 2W42A 1KTQA 1TKXA 3QEXA 1RT7A 2OPSA 3ZT3A 4OGEA 4Z4FA 3OYLA 4YFUA 1JXEA 3LAKA 1VSEA 2X6NA 3AVNA 1LAVA 4O0JA 4CHZA 4I2QA 3DLKA 3L2WA 2X74A 3O3GA 3THVA 4CGJA 1WSEA 3OYIA 3SV3A 3QEVA 3ZSXA 3SPZA 4FZXC 3K58A 1NJWA 3RWUA 2FBVA 1WNSA 4IFVA 1HJRA 4KHNA 1Z26A 3BGRA 2F8SA 2YHAA 2RN2A 1RDCA 3S3OA 4HVJA 3SV4A 1U48A 5EU7A 1J53A 1NKBA 4CEBA 4N5SA 3CFRA 1JLCA 1S1XA 2I5JA 1S5JA 4IBNA 3SUQA 4HUGA 4AH9A 4RW6A 4KKOA 4CGIA 4CHOA 1WAFA 4M3RA 4DQRA 1RBTA 2FC0A 1NOYA 4FM2A 2HHXA 4WE1A 3OJUA 4HUFA 4FJNA 4F8RA 3IS9A 1NK0A 4FLZA 3AVJA 3HP6A 4DF8A 3G0ZA 3PUFA 3BDPA 4FM1A 3MXMA 4PWDA 1WLJA 4CHNA 4DLEA 1C6VA 2YHBA 3K2PA 3K57A 4I2PA 4KTWA 3ZT2A 3D45A 4EP5A 1RBUA 2FBXA 1N5YA 3LZIA 1RTIA 1UAXA 5CZ2A 4M41A 2VWKA 3KK2A 4DQSA 2QK9A 2OZMA 4FJ5A 2HVIA 3IAYA 1Q9YA 1JLBA 2ATQA 2EHGA 4MQ3A 4CESA 3HO1A 3C95A 3LZJA 1QSYA 1J9AA 4CERA 3IG1A 3OJSA 3HT3A 4HHTA 1TK8A 3ZT4A 1VSLA 3KJVA 2XY6A 5SWMA 1HNIA 4M3XA 3EZ5A 3V9ZA 3HL8A 3AVKA 4H8KA 3TI0A 3A2FA 3QEPA 1S9GA 4CCHA 1HPZA 1TK0A 3DLGA 1YTUA 3DM2A 1O1WA 3QLHA 3MXIA 3MAQA 1QQCA 2IGIA 1L3TA 4HCBA 1NOZA 2Q3SA 2YNIA 4C8NA 3NGZA 3RMCA 4HCCA 4E7LA 4NCBA 4CF9A 5CYQA 3TABA 1SL1A 4ELUA 5KTQA 5FRMA 3AVIA 4DQQA 4Z4EA 3SQ0A 4DQPA 4KB0A 1RBVA 1RDBA 4LH4A 3ZSVA 3ISNC 1EETA 1WSHA 4BDPA 4CJ4A 3KLIA 3LP3A 3VQ4A 3S9HA 2D0BA 3SQ1A 4KFBA 3KTQA 5HROA 2BGGA 1KLMA 2G8UA 1VRTA 2RPIA 2Z1IA 3MEDA 4Q5VA 4BWMA 3V6DA 1BIZA 3ZSQA 1VSJA 3AO5A 3I0SA 4DSEA 4ZTJA 1IG9A 1HYSA 5HRPA 4QCLA 3NDKA 4ZTFA 1W0HA 1RT4A 3DOKA 4RW7A 1HYVA 4B8CA 3KK3A 3HPOA 4BE2A 2XHBA 3CFPA 1UA0A 2OPPA 3HPGA 3ZSYA 1IKWA 1RNHA 1BI4A 1XHZA 4DS5A 1TK5A 1ASVA 1U04A 2OPRA 3QEWA 4CEFA 4LSNA 3LDSA 3OYAA 1T8EA 3AO2A 1TKDA 1C1AA 3LPUA 4FJIA 4EZ9A 4RW9A 4RG8A 4JRQA 3TARA 3SNNA 4EZ6A 4FK4A 1SKWA 3HYFA 4FK0A 4KO0A 1DTTA 3OS0A 2XY7A 5FRNA 3TAEA 4DWIA 1QE1A 4CGDA 3SCXA 3HXMA 2KZZA 5J2NA 1GOAA 4BDZA 1TV6A 1HQEA 3ASMA 1UOCA 2B4JA 1RDDA 1GOCA 4DTRA 3VQCA 1SKRA 3V1OA 1VSKA 2GV9A 4B08A 4DSKA 4F3TA 4DU3A 2YV0X 4CEOA 1IKVA 1U47A 2GBZA 3AA4A 2YKMA 3V9SA 4DF4A 4M3WA 4E7HA 4KRFA 4GMJB 1LV5A 3ZT1A 4B3OA 4PQUA 4JS5A 3T1AA 4AHRA 4OLAA 1XWLA 1IKYA 1GOBA 1TGOA 1XHXA 3CG7A 1L5UA 5C24A 1KVCA 3DRRA 3AVAA 4CEDA 3VQ8A 3V4IA 1S1UA 3NF8A 2WOMA 3RMAA 4I7FA 3QO9A 4OKJA 4LD0A 3OYEA 1C1CA 4OPJA 5SZTA 4LY7A 1NK7A 3KLEA 3TWHA 4CJEA 3ZSRA 1QS4A 3U3YA 1BQNA 2BDPA 2IOCA 1BCOA 2ETJA 1VSDA 1U49A 4DSIA 2F96A 2YKNA 1Q9XA 3HK2A 3VQEA 1KLNA 3OYDA 5HBMA 3WNFA 1WSJA 4I9LA 4JS4A 4Z4IA 3MEEA 1MU2A 3V1RA 2DFHA 3RR8A 2ITGA 3OYMA 1NJZA 4CE9A 1NKEA 1ZBHA 1LAWA 3K5NA 5FROA 1RTDA 4DG1A 1VK0A 1ZBFA 3F9KA 4KHQA 3S3MA 4J2DA 2P5OA 1FKOA 3VA3A 3PO5A 3LWLA 3LANA 4AHVA 3RR7A 3TAPA 4CHYA 1RCHA 4YNQA 3PV8A 4KB1A 1JXBA 5T7BA 2VG5A 3ULDA 3O4NA 4DS4A 2X78A 4FJ9A 3NH0A 3LWMA 1ZBIA 1DTQA 4G1QA 4FLTA 4TSXA 4IG0A 3NCIA 5JS1A 4N47A 2VWJA 5CZ1A 1TVRA 4FLUA 1ASWA 4KREA 1VSFA 3LAMA 5J2MA 3OYKA 3F73A 4DLGA 1X9SA 1FXXA 2XY5A 1WAJA 5HRSA 3QESA 3ITHA 3TAFA 1IO2A 4B9NA 4O5BA 4OPKA 4DSJA 4CF8A 4CF2A 1K6YA 5E41A 1KVAA 4FM0A 1QSSA 4CJLA 1SV5A 4KTQA 4DFPA 3NAEA 3VA0A 1RILA 4DTPA 4ICLA 2HW3A 3DYAA 4CFDA 4DTOA 3VQ5A 5C42A 1JLFA 3VQ9A 3OYCA 3AVCA 3ZT0A 1LWCA 5I42A 4KPYA 1QSLA 1Z25A 2YNHA 3L3UA 1JL1A 4KV8A 3MECA 3AVMA 1JLQA 5KI6A 4R5PA 5J2PA 4W5NA 3WNHA 4CHPA 3FFIA 4CHQA 1D5AA 3RRHA 1D8YA 4NCAA 3QINA 3B6PA 4O55A 4Z0UA 4DSLA 2HHVA 3HP9A 3LP2A 4BWJA 1ZYQA 3QETA 4C8MA 4FYDA 1A5WA 4FLYA 4E7IA 1I3AA 4FZYA 1ZBLA 1KVBA 3KK1A 2XRIA 4FZZA 2X6SA 3WNGA 3WNEA 3EY1A 4B9VA 4OVLA 2FBTA 4PA1A 2KFZA 2QKKA 3NE6A 1N6QA 4H4MA 3RMDA 4N41A 4BACA 4OKEA 3DRSA 1RT2A 4LSLA 2BANA 2KW4A 4K8XA 3E01A 2PY5A 2HNDA 4J2AA 4W5RA 4FLWA 1NK9A 4I9QA 5CYMA 4E3SA 4CJUA 4B9MA 5C25A 3CFOA 4ZHRA 1Y97A 3HM9A 1F21A 1IKXA 4W5QA 4J2BA 4NYFA 1VRUA 3O4QA 4IG3A 4F2SA 4QOZB 3LALA 1T03A 2OZSA 2P1JA 1BCMA 2P5GA 3ZSZA 4L8RB 4DFMA 1C0UA 4CF0A 4CK1A 4C8OA 4CF1A 3HVRA 5D3GA 1TAUA 4CIGA 2R7YA 2JLEA 3D0PA 1S6QA 4DTMA 1RTJA 3TR8A 4FJ7A 3NF6A 5KRTA 4IKFA 3KLFA 4IFYA 3RRGA 1BISA 3NBPA 4AHCA 2RKIA 3AO4A 1KCFA 4JLHA 5DMRA 3B6OA 1SUQA 4W5TA 3NH1A 3T3FA 4Z4HA 4E19A 1RBSA 3AVFA 2Y1JA 1JKHA 4M3UA 4KHYA 5I3UA 1TKZA 3HVTA 4FJ8A 4OLBA 4Z4CA 1TKTA 1NK4A 2D0CA 2AJQA 4CIFA 4OKKA 3KLHA 1R0AA 4C8KA 3MXJA 2Z1JA 4AHSA 4CJPA 3TAGA 2HMIA 3SZ2A 3AVGA 2E6LA 3AVBA 3V1QA 4FJLA 1DLOA 1HQUA 1YTAA 2DFEA 1A5VA 4KI4A 4Z4GA 3QNNA 4M45A 4FJMA 3CM5A 1NK6A 4C8LA 1HRHA 3L3VA 1RT6A 3JYTA 3AO3A 3M8PA 3OS1A 3V81A 2VG7A 3VQAA 4CEQA 1L3VA 2GUIA 2PYLA 3PO4A 4B9TA 1S1VA 1ASUA 4GVMA 5HRRA 3M8SA 2A1RA 3TAMA 2D5RA 1X9WA 2ZE2A 3JSMA 1U45A 4KAZA 3NH2A 2G8FA 1BI4B 2LSNA 1RT5A 4AHTA 3OS2A 2PYJA 4F3OA 1FK9A 3KKSA 2DFFA 3ZCMA 4N76A 2KFNA 2EX3A 2OPQA 3G10A 3I0RA 3QIOA 2BE2A 3U3GA 3OYNA 3ALYA 3C6UA 4OGCA 2XO7A 2RF2A 4FK2A 2QKBA 5J1EA 2P51A 2O4IA 3T19A 4CFCA 1IH7A 4KHUA 4M3ZA 1C0MA 2FBYA 2HNZA 3DRPA 4MFBA 2VG6A 2ZD1A 4CJQA 3SI6A 2E4LA 1TAQA 3ZSWA 3NHGA 1T05A 4AHUA 4PUOA 4CJSA 1BHLA 3CQ8A 2Y1IA 4CFAA 5J2QA 1EXQA 2PZSA 4B9LA 4CGFA 3M8QA 4FJHA 4CJRA 1KRPA 4CGHA 2G8IA 1JLAA 4H4OA 4BDYA 1LWEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NUBA 1JL2A 3U6FA 1NGCA 3O3HA 4DSFA 1NGFA 4H0OA 3CCVN 4FJGA 2PFUA 1S1WA 5DK5A 4DMNA 4DTJA 3VQDA 4CIEA 4CFBA 4DQIA 3CETA 1T7PA 1KFDA 5HLFA 1KQSM 4JKHA 1IBLK 4JKBA 4DV0K 5BR9A 4M7XA 2A1SA 1JCFA 3CQYA 3S3NA 1P90A 4DTSA 1WOQA 1W9HA 2XY8A 3D2FB 1Y64A 1C0TA 4IWVA 3T7ZA 3BZCA 3HM8A 1NGEA 1XMOK 1D4XA 4GKJK 3NF7A 4FLVA 1VSIA 3V9UA 3NF9A 3CD6N 3OW2M 1K8KB 1CXUA 5GAHP 4J2EA 4Y0WA 1CZ9A 1QVFM 3AAPA 4ILJA 1NK8A 2O8EB 4BQZA 1R59O 1DGKN 3VEWA 4CZIA 4FXDA 4NYNA 2HB5A 3L2UA 3K5OA 4O4GA 1B9FA 4DFKA 2HVHA 4LH5A 3SYZA 5KRSA 3E9OA 3TAQA 3QIPA 3LP0A 5AQVA 3I8DA 3CCMN 5JS2A 1FJGK 1V4SA 4IJNA 4FJKA 1TL3A 1SZ2A 4CJTA 1RGIA 3OYFA 3DLEA 5CY4A 3EYZA 4AILC 2YNGA 1ZBSA 3NGYA 3OBYA 4IDKA 3HOTA 3O9RA 1NJYA 5KGWA 1B92A 3AA5X 3ENBA 1VQNN 1NGBA 4JKAA 5GAGP 4RW8A 4CJ5A 1BGXT 1B9DA 4DR4K 2P9NA 1J54A 3M1FA 3VN5A 2DPNA 1D9DA 3GDQA 3NMUA 3CYMA 1WSIA 2HSTA 4BG9A 2I7PA 1WSGA 4CJVA 3THXA 1RBRA 5C2FA 1QTMA 4FVMA 1ITGA 3C7NB 3SLCA 4JKDA 2F8TA 2UXDK 1BOTO 5DM7L 2CGJA 1QZ5A 2Q97A 3WXKA 3HPHA 1X3NA 3O9SA 5KQ8A 4KHWA 1BL3A 5FPEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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