4CF1A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf1A00
2F8SA 5CYMA 3DI6A 3NGYA 1KVCA 2Q3SA 1TAQA 4JRPA 2I5JA 2ZQBA 4FZXC 2PY5A 4Z4CA 1KTQA 1S1TA 2HNDA 2XY5A 2G8FA 3QERA 4E7KA 3C94A 1QTMA 4FJ8A 4I7FA 4TSXA 4DU3A 4K8XA 1X1PA 1XHXA 3KD5E 1ZBFA 1WSGA 3ISNC 2DFEA 3K5OA 1HJRA 3SNNA 1ZBLA 4ELTA 4DS4A 1RBTA 4DQRA 1WAFA 2G8VA 4FK2A 1WN7A 4KREA 2O4IA 3AVCA 2YNFA 4CEQA 2YKMA 4Z4GA 3SUOA 4HCCA 1WSIA 3LDSA 3KLFA 3G10A 3QEVA 1REVA 1VRUA 3LWLA 2OZMA 3O3FA 4FJXA 3PO5A 3DLGA 5KRSA 3OJUA 2YV0X 4N41A 5J1EA 3ZSVA 4CF2A 4W5OA 3VQ7A 4FJGA 3OYGA 3DLEA 3HT3A 1ITGA 2RKIA 5DMRA 2XO7A 4CEBA 4DFJA 3K57A 4OLBA 4BACA 4DQSA 4HUGA 2B6AA 1LWCA 5HRPA 3HPGA 3C6TA 5FRNA 1SL0A 3KD1E 3AVAA 4E7LA 4FLYA 4DTNA 2G8UA 4PY5A 3K2PA 3LWMA 4W5QA 4FM0A 1C6VA 4M3RA 1D9DA 1WSEA 4KHWA 4ID1A 3C95A 1XI1A 4DTMA 1RBRA 2FC0A 1DLOA 1C0UA 3AA3A 1VSDA 4ZTJA 3S3MA 1NK5A 4J2EA 4Q5VA 2E6LA 3AVLA 4CFCA 5HRSA 2Z1HA 3BDPA 4E0DA 3NDKA 1NJYA 1I3AA 4OGCA 1RDBA 3AVBA 3MXMA 3RR7A 1U04A 4YFUA 1YTUA 4ELUA 3PUFA 4Z4IA 2OPRA 4UQGA 1KVAA 3ZSXA 1RT5A 2OPSA 3SQ0A 4DSIA 2HB5A 3KLGA 4KO0A 1BGXT 1IKVA 1L3VA 3QEPA 4W5RA 3NH0A 3H08A 3DYAA 2ZD1A 1HQUA 1HQEA 4AHTA 1GOCA 4RW4A 4W5TA 4FJIA 3AA2A 3OS1A 2DFFA 4GW6A 1NKCA 2KFNA 1LW2A 3D0PA 3CG7A 1KSPA 4O55A 1ASVA 1BIZA 3OYBA 3HPOA 4DF4A 1ZBUA 4J2AA 1SL1A 5CY4A 2PYJA 1FXXA 3AA4A 3MXIA 4DS5A 1X9WA 1C1AA 3RTVA 1RBUA 4E3SA 3VA0A 4I9LA 3SZ2A 3QNOA 1Z26A 1KRPA 1NK0A 1S9GA 4M3WA 4RG8A 2XY7A 2DFHA 2LSNA 3KLEA 3M8RA 3RMDA 1NK9A 4FJLA 3DRRA 3OVNA 2F96A 3AVIA 3ZSWA 4B8AB 1VSMA 3M8QA 4CERA 4NYNA 3OY9A 1T03A 3DRSA 4FZZA 2P1JA 4B3OA 4EP5A 1KFDA 4XIUA 2HMIA 1HYZA 1XC9A 4HUFA 1SL2A 3HVRA 4FK0A 1YVUA 4DSEA 3LP2A 1EP4A 2YNIA 4FXDA 4B9TA 1JLCA 4FLUA 3EYZA 4CEFA 3DMJA 1WLJA 4DU4A 4B9MA 3DOLA 4FW2A 1IKYA 3DOKA 4CHOA 4N47A 4HTUA 2KQ2A 3KJVA 1TKZA 3OJSA 4FLXA 4DSKA 4Z0UA 3SUNA 4M3XA 4FZYA 2FBYA 3TWHA 4KHQA 4IDKA 4CIGA 4E7JA 2HW3A 4CJEA 4GVMA 1U47A 3IAYA 1FKOA 3OYAA 3V9UA 4C8KA 4FVMA 3V4IA 1TK0A 4B9LA 4NCGA 4O0IA 3EY1A 1U49A 1ZBIA 2YNGA 3D45A 3P83D 4FLTA 4F4KA 4NCAA 4M3UA 3VQCA 1QHTA 3IS9A 1TKXA 5CZ2A 1D9FA 4M41A 2ATQA 1ASWA 4KHYA 1IH7A 3OYEA 4B9NA 3HK2A 3ZT4A 4NYFA 2KW4A 5FROA 4DQQA 5I42A 5J2MA 1X9MA 5C24A 2GUIA 4Z4HA 4IBNA 4DSLA 3HL8A 4CJFA 1UOCA 2EX3A 1KVBA 1VSHA 3KKRA 5EU7A 5FRMA 4Z4FA 4CIEA 4FJ9A 1VSJA 2HHUA 4FJHA 1B9FA 1BL3A 2IAJA 2RPIA 3OYKA 4PWDA 2KZZA 2HHQA 1TVRA 2QXFA 3ZSOA 3L8BA 4FCYA 1RT4A 4M45A 3SUQA 4DWIA 3PX6A 4GMJB 4CJTA 4KV8A 3NHGA 1GOAA 3RR8A 4FJ5A 3QLHA 4OGEA 3SPZA 4QOZB 3OYCA 2IS3A 1A5VA 2D0BA 3SJJA 3NFAA 1EX4A 2G8KA 4C8LA 4CJSA 2Z1GA 3AO5A 4AHRA 4CHNA 1ZBHA 4O5BA 5KI6A 2HVHA 1RT7A 2KZMA 2VWKA 1JXEA 1TL1A 3V1QA 4JS4A 3OYMA 5J2NA 3LP0A 3S3OA 3AVGA 4BE0A 1LW0A 1Q9XA 3TAPA 2A1SA 4OPKA 4YNQA 1TGOA 3SUPA 1KFSA 4M3TA 2IGIA 1TAUA 4B08A 3K5NA 3M8PA 5CYQA 2Z1JA 1IG9A 3CM5A 4CFBA 1HPZA 2IDOA 3VN5A 3U3GA 3PO4A 1J5OA 1J9AA 1NK4A 4FLWA 4AHVA 1W9HA 1WSJA 1RDCA 1XWLA 1KCFA 4CGIA 5CZ1A 3V1OA 3QNNA 4CEEA 4E89A 1RBVA 3DLRA 1KLMA 4OKKA 4CECA 4CF8A 4CGGA 2VG6A 3NCIA 3KK2A 5KTQA 4CEOA 4KKOA 4KPYA 3AVHA 4RW6A 2FBVA 1L5UA 2BANA 4B9SA 1NKEA 2GBZA 3MEDA 3VQ5A 5HP1A 2FBTA 3B6OA 4EZ6A 3G0ZA 4CK3A 3KLHA 3L2WA 2XY8A 4G1QA 3WNFA 3TAEA 4M3ZA 4L8RB 1VSEA 4ELVA 4DSJA 2WOMA 1S5JA 1NK7A 3CM6A 3KK1A 3HP9A 3AVMA 1QSYA 1CXUA 2NUBA 5SZTA 1SKSA 5FDLA 1VSFA 4CK2A 1TKDA 3IRXA 2HVIA 1SV5A 2P51A 2WONA 4K8ZA 3NF8A 3AO2A 5J2QA 4PUOA 1SKRA 2E4LA 3O3HA 1DTQA 4CFAA 1JKHA 1LV5A 3P1GA 2D5RA 4DF8A 2FBXA 2IOCA 5KGXA 1RTHA 3OS2A 3OYNA 1HRHA 2PYLA 4KHSA 1D8YA 3RMCA 4Z4EA 4KB0A 5D3GA 1D5AA 4BWMA 4MFBA 3L3UA 1QQCA 4CF9A 4CF1A 3TI0A 4CJRA 3SQ4A 1ASUA 4EZ9A 4FYDA 5K14A 4H4MA 1S1WA 4RW8A 1RT6A 3LPUA 3KKSA 4ZTFA 4F2RA 3K58A 4M42A 4KI6A 3V81A 4AH9A 3DLHA 3CFOA 1LAVA 2JGUA 3ZSRA 4DFKA 3P5JA 4I2PA 4O0JA 4JRQA 3RMBA 3S9HA 4CEDA 2DY4A 4H8KA 1YTAA 1ZYQA 3ZT1A 3K5LA 3DM2A 4FM2A 1BIUA 4CHPA 3OYHA 1JL1A 3L3VA 4BDYA 4DFMA 1Q9YA 1NOYA 4FK4A 1R0AA 3HM9A 4JS5A 3RRGA 4I2QA 3BGRA 2X78A 1B92A 3T3FA 1TK8A 3B6PA 1Q8IA 1A5XA 1JLAA 1T8EA 3ZSZA 4PQUA 2X6SA 3SQ2A 4BE1A 2HNZA 2ZE2A 3O4QA 4KAZA 3U6FA 2VG5A 1T7PA 2ITGA 4IFYA 4CJ5A 4DTXA 5HRRA 4ZHRA 5HRNA 2RN2A 1BQMA 3LAKA 4OPJA 3QINA 3RRHA 1BI4B 1K6YA 1RTIA 2YHBA 2W42A 1NJXA 4DLGA 4KB1A 3OS0A 3MAQA 3TANA 4DFPA 2R7YA 3LAMA 3HVTA 4RW9A 3QETA 5HLFA 4I9QA 3DLBA 4H4OA 1BQNA 2D0AA 3CQ8A 1LAWA 2B4JA 1O1WA 3OYLA 3SV4A 2DTUA 3AVNA 3EZ5A 3ULDA 2HHTA 2KFZA 4LY7A 4CJQA 1L3SA 2X74A 4CEZA 4HVJA 4F8RA 2B5JA 4DQIA 4O4GA 1J54A 4CJKA 1JXBA 2X6NA 2HNYA 3ZT3A 4DLEA 3V6DA 3LANA 4CJUA 3KIOA 2QKKA 1C1BA 1S1XA 3QO9A 1RT1A 2BE2A 1S1VA 3E01A 4AILC 1SKWA 4FJKA 3HO1A 1S9EA 4IFVA 4F3TA 1JLFA 3NAEA 4W5NA 4JLHA 4CJVA 5I3UA 3V9SA 4DTRA 1UAXA 3F73A 1U4BA 1HYSA 5DK5A 3ZCMA 4FLZA 1IKWA 3ASMA 3DRPA 3SI6A 3NH2A 2GV9A 4ID5A 3L2UA 3QEWA 4J2BA 1CLQA 4C8NA 3S3NA 3HXMA 3NBPA 3DLKA 4IG0A 1I39A 4CHZA 1RTJA 1UWBA 2BGGA 1LWEA 1WAJA 5SWMA 3KTQA 1VSIA 5JS1A 4ICLA 1RILA 3LALA 3OYDA 3FFIA 1Z25A 1BHLA 4LH4A 4OKEA 4DG1A 4LH5A 3VQBA 4AHSA 3SYZA 1G15A 3PX4A 1L3TA 1JLEA 1UA1A 4DTUA 1FKPA 2QKBA 2OYQA 4M3YA 4DU1A 1CZ9A 3LPTA 3QESA 1NJWA 4KFBA 4KHUA 2VG7A 4OVLA 1RBSA 4PA1A 3CFPA 3PV8A 2P5GA 4IG3A 1GOBA 3UIQA 1EETA 2HHSA 3VQ6A 2XHBA 3NGZA 1C0MA 3U3YA 3TAQA 4CGJA 1IKXA 3SQ1A 1UA0A 1VRTA 3QEIA 3VQDA 4E19A 3V1RA 4CESA 3QIPA 3ZT2A 3NGIA 4HCBA 4FM1A 3VA3A 4E1MA 1RNHA 3LZIA 3O4NA 1HNVA 1CXQA 4F2SA 4QCLA 3ZSYA 1IO2A 4C8OA 3AVFA 4O44A 3TR8A 3HP6A 2PZSA 4BDZA 4OKJA 3WNHA 3M8SA 4FJMA 2P5OA 4B8CA 1RDAA 1VK0A 3RMAA 3L2QA 2G8WA 4CHQA 1Y97A 2YHAA 4HUEA 3K59A 2Z1IA 3K5MA 4FJJA 3PX0A 4CGDA 4QAGA 3IG1A 4FW1A 4RW7A 3NE6A 4B9UA 2Y1IA 2YNHA 3VQQA 4CFDA 4CGFA 5JS2A 1RT3A 4KTWA 4F3OA 4KRFA 3VQ8A 4N76A 1BCOA 1RT2A 2HHXA 5HROA 1J53A 1NKBA 4DQPA 4CJPA 3NH1A 3NF9A 3OYIA 3MXJA 5HBMA 4CIFA 1F21A 1HMVA 1TV6A 3LP3A 4FJ7A 1SUQA 1CZBA 2ETJA 3NF6A 4OLAA 4AHUA 4FJNA 4KTQA 3SPYA 3OYFA 3CYMA 3TARA 2HHWA 3AV9A 4CF0A 4B9VA 2G8IA 1WNSA 3VQ9A 1NOZA 1XHZA 3VQPA 4FLVA 3MECA 3VQAA 2VWJA 3LP1A 4DTSA 1S6QA 3ZSQA 1U48A 4KI4A 3QEXA 2XRIA 4CJLA 4CJWA 3WNEA 2AJQA 4DSFA 4LD0A 1TL3A 3VQ4A 4BDPA 2Y1JA 3KLIA 1JLGA 5C25A 4N56A 2JLEA 2EHGA 3PY8A 4AHCA 3AO1A 1LWFA 3C6UA 3LZJA 1QSLA 1NK8A 5KGWA 3T19A 3TAGA 2KTQA 1QE1A 4EP4A 3F9KA 3AA5X 3TAFA 3VQEA 2XY6A 1VSKA 4CCHA 1BISA 3TAMA 3JYTA 4HHTA 4DMNA 3SV3A 1KLNA 3V9XA 2OZSA 2OPPA 1C1CA 1JLQA 1MU2A 1RDDA 3I0RA 1HNIA 3I0SA 3I8DA 1N5YA 4KTZA 4CE9A 1HYVA 2E6MA 4CJ4A 4R5PA 3THVA 4OJRA 3AO3A 3L2VA 4DTPA 4J2DA 2BDPA 1BI4A 1QS4A 2A1RA 2O4GA 3ALYA 4E7IA 1T05A 1L3UA 1QSSA 4KHNA 1BCMA 1C0TA 1TKTA 1JLBA 1WSFA 2D0CA 3MEGA 4MQ3A 3WNGA 3CFRA 3AO4A 4DTJA 3MEEA 2HHVA 1EXQA 1X9SA 3V9WA 1EKEA 2IC3A 1RCHA 1JL2A 4Y1CA 4CJ3A 2G8HA 2OA8A 4LSLA 4Y1DA 1A5WA 4N5SA 5KRTA 1NJZA 1FK9A 5J2PA 3SCXA 4BWJA 4E1NA 1YT3A 4BE2A 4E7HA 4Q0BA 3AVJA 4DTOA 3NF7A 3HYFA 3ZT0A 1WSHA 4CK1A 1U45A 1DTTA 4NCBA 3KK3A 1W0HA 3HSTB 3JSMA 1N6QA 3AVKA 5C42A 5T7BA 3HPHA 1S6PA 2OPQA 4WE1A 4CHYA 3RWUA 1NK6A 3T1AA 3TABA 4IKFA 3ITHA 1B9DA 4CEAA 4CGHA 4LSNA 3O3GA 1RTDA 3L2RA 1TK5A 3V9ZA 5E41A 2YKNA 1S1UA 3QIOA 4C8MA 3HJFA 2QK9A 3A2FA 2F8TA 3OYJA 1VSLA 2RF2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CYMA 3NGYA 4JI6K 5C2FA 4JRPA 2ASMA 3N4PA 2XY5A 3SMSA 4I7FA 1X1PA 4CD3A 3KZBA 2ZJQL 3ISNC 2V7ZA 4YOWA 1WN7A 4RWTA 4Z4GA 3U9ZA 1ESVA 4BVPA 3J7YP 3CCJN 2OZMA 3PO5A 1H1VA 3DLGA 2E2OA 4ILHA 4PHTX 5J1EA 4CF2A 4W5OA 1EWQA 3OYGA 3DLEA 2RKIA 4ISEA 3THXA 5AQNA 3CCQN 3IMXA 2B6AA 1LWCA 1KAZA 2QI2A 2JWKA 1SL0A 3ZX2A 2F4VK 4DTNA 1IJJA 3QFPA 1WSEA 3VENA 2FC0A 1VQNN 1VSDA 3AAPA 3ID6A 1NK5A 3HTVA 5HRSA 4CFCA 3NDKA 1NJYA 2EWSA 4OGCA 3HI0A 4EHTA 4BRIA 3G6EN 3WQUA 1KVAA 3WEEA 3CJ9A 1W7AA 3KLGA 4KO0A 5DM7L 4JKFA 1L3VA 3QEPA 4W5RA 3DYAA 1NGFA 2KKZA 4BRLA 1SQKA 4FJIA 3U9DA 3AA2A 3OS1A 2KFNA 3HPOA 4DF4A 5ELZA 4A2AA 5H1SQ 4DS5A 2F9WA 3CCUN 1RBUA 3RTVA 5BRHA 4E3SA 4ILJA 3VA0A 3CJBA 1Z26A 3KWIA 1KRPA 3CERA 3CCLN 2LSNA 3RMDA 4FJLA 3OVNA 5BRDA 3ATVA 1VSMA 3BY5A 4NYNA 3MN6A 3DRSA 1NBWA 1KFDA 1NWKA 1Q81O 4HUFA 4JKGB 2UUAK 1YVUA 4DSEA 3NMUA 4LF4K 1JLCA 4K25A 4FLUA 3EYZA 4IWVA 1WLJA 3DOLA 1IKYA 3OJSA 4FLXA 2O8BA 4DSKA 2NRWA 5AQKA 3TWHA 4IDKA 4BC5A 3V4IA 1TK0A 3VEVA 4O0IA 3P4IA 1U49A 5KPTA 1ZBIA 2YNGA 3P83D 3VTHA 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 4RCH A;  4X65 K;  3LP1 A;  3CCR N;  3QEX A;  2XRI A;  4FPB A;  4OX9 K;  1OKJ A;  2AA4 A;  4M63 C;  4DV7 K;  3VQ4 A;  4CZH A;  3MCA B;  3PY8 A;  4AHC A;  2OTJ N;  5KGW A;  1DEJ A;  2KTQ A;  4JN4 A;  4OPH A;  3TAF A;  4JKG A;  3AA5 X;  1VSK A;  4CCH A;  4GY2 B;  3SV3 A;  3TAM A;  4DMN A;  1C1C A;  1JLQ A;  2OPP A;  1YXQ A;  1MU2 A;  1RDD A;  3I0R A;  1HNI A;  3I8D A;  4DB3 A;  3KWG A;  4CZK A;  3FE1 A;  3CI5 A;  3L2V A;  4DTP A;  2BDP A;  2OTL N;  1BI4 A;  2D0P A;  4J2D A;  3ZYY X;  1BCM A;  4LF6 K;  4MQ3 A;  2D0C A;  4PQU A;  3VF4 A;  1KXP A;  3JAM O;  1JL2 A;  2QEX N;  1S22 A;  4Y1D A;  5LJW A;  1T6C A;  4N5S A;  5J2P A;  4BWJ A;  4E7H A;  3TSU A;  3EKU A;  1M90 O;  2UUC K;  3ZT0 A;  4CK1 A;  3CPW M;  3AGK A;  4GV6 A;  3HST B;  3JSM A;  3HPH A;  2NRV A;  3RWU A;  4KHP K;  4FSV A;  3O3G A;  4LSN A;  3MN9 A;  3GG4 A;  3O9S A;  4C8M A;  5DM6 L;  3A8Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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