4CF2A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI2 (78-81)TI1 (57-60)S3 (83-89)S1 (60-68)TIV1 (67-70)S2 (71-78)AH1 (94-106)AH3 (124-133)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)TI3 (79-82)S4 (112-114)TIV3 (89-92)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf2A00
4C8MA 2E6LA 1ASVA 4FM0A 2G8IA 5HLFA 1REVA 1SV5A 4EP4A 4OVLA 2VG6A 3TAEA 4N5SA 4OLBA 4KHYA 4DLEA 1RDDA 4E0DA 1C0UA 4CEEA 1VRTA 1CXUA 4E7LA 3QEVA 1GOCA 4KPYA 4M3ZA 4RW4A 1C1CA 3HT3A 1BI4B 4DS5A 1XHXA 5DMRA 4C8KA 4CEAA 3ZSYA 4E7HA 2BGGA 2F8TA 3AVKA 2E6MA 2BE2A 4CFDA 1VRUA 2G8HA 4PQUA 4PWDA 4CJEA 1BCOA 4CJ5A 3LP0A 4N47A 1C1BA 3JSMA 3AA5X 3RMBA 3NHGA 1KFDA 4IG0A 4CGGA 4Z0UA 4CECA 1KLMA 3TAPA 4J2DA 3EYZA 4EZ9A 1S1TA 2HB5A 3MECA 5CYMA 4I9QA 5JS1A 4KI6A 3L3VA 1Q9XA 1JLGA 1FKOA 4FXDA 3VQ8A 4NCGA 4I2PA 4G1QA 4CJPA 2YKMA 4QAGA 3F73A 2ZE2A 1QSSA 4CF1A 4F8RA 3NGIA 3C95A 2P5OA 3RMCA 1HYVA 3O3HA 1VSKA 1JLCA 4Z4CA 3ZSWA 3HP6A 3LPUA 3VA0A 1JLAA 4KHNA 2Q3SA 4JLHA 4FLYA 1HYZA 3KKSA 4M41A 2IAJA 2RN2A 1RTIA 3OYNA 5HRNA 4RW7A 1KFSA 2R7YA 3L3UA 3QLHA 1JXBA 5K14A 3M8RA 1CXQA 4NYFA 3RWUA 4KB1A 1RNHA 4YNQA 4M3WA 3L2QA 3HXMA 3QEWA 2I5JA 4W5RA 2DFHA 3TAFA 1SL0A 3OYMA 3SV4A 5EU7A 2XY5A 4Z4HA 2A1SA 4BWJA 4E19A 2ZD1A 1NOYA 3M8SA 5KRSA 1N6QA 2PZSA 1LW0A 3QNNA 1RBUA 1D8YA 2QXFA 4CFBA 3SQ1A 4CGHA 3MAQA 1QSYA 3D45A 1N5YA 3NGZA 1KTQA 3OY9A 1VSMA 3EZ5A 4FJKA 5KI6A 1EKEA 3ZT2A 5J2MA 2ITGA 3LP1A 3VQCA 1SUQA 3RTVA 1RCHA 4B9MA 3VQ9A 3G0ZA 3M8PA 4CGFA 5FROA 4CGJA 2XY6A 1Z26A 1TKTA 5DK5A 4HUGA 1X9SA 5KTQA 3SUPA 3ITHA 3TABA 1ZYQA 4CIFA 3OYGA 1LWCA 1VSDA 4K8ZA 4CGIA 2HHTA 1RILA 2FBTA 4NYNA 2XO7A 4HTUA 3DMJA 2HNDA 3CM6A 4DG1A 4HUFA 4E1MA 1JLFA 4FVMA 4CCHA 3OYAA 3PO4A 3B6PA 4KO0A 1EX4A 1ZBUA 3TWHA 2OA8A 3KD1E 2HVIA 1LWFA 1TVRA 1HMVA 2ZQBA 3LWLA 4JS4A 4O55A 4EP5A 1QTMA 4DFJA 2BDPA 5HP1A 2KQ2A 3DOKA 4BE0A 3VQ7A 3O4QA 3WNFA 2E4LA 4FJMA 1ZBIA 3HO1A 1KLNA 1FXXA 4DFPA 4OKKA 1S1XA 3NH1A 2WONA 4DSKA 3U3GA 1B92A 1BI4A 3O4NA 3V1OA 3ULDA 4L8RB 1UA1A 2DFEA 1TKDA 3AVBA 1IKXA 1TV6A 3SQ4A 1WNSA 3O3GA 1ZBHA 4DWIA 4CJKA 2VG7A 3TAMA 4CHPA 1NJWA 1NK9A 4K8XA 4CIGA 4LH4A 1W0HA 4AHCA 3AVHA 4CHZA 4FLWA 3CFOA 4CJUA 4E1NA 5KGXA 3SYZA 1S1WA 2AJQA 5T7BA 4Q5VA 3AV9A 4KHQA 4CJWA 3UIQA 1D5AA 1WLJA 4H8KA 1HNVA 1X1PA 2W42A 4CHNA 1R0AA 4CEDA 4KHSA 3OJSA 1QE1A 3PY8A 2OYQA 3PV8A 4YFUA 1KVBA 1TAUA 1QSLA 1T03A 1B9DA 3T19A 5CYQA 3CQ8A 4E89A 3LANA 4W5OA 4DFKA 3AVGA 3EY1A 1KRPA 3VQPA 1TAQA 2QKBA 4RW6A 3HJFA 2X74A 1LWEA 4DF8A 5HRRA 1F21A 3L2RA 4BE2A 4FK0A 1JLQA 2PYLA 1RDAA 1U04A 4LY7A 3VQ4A 4DS4A 4DSJA 4Y1DA 3B6OA 3VA3A 1L5UA 3S3OA 2LSNA 3WNEA 2X6SA 4F4KA 5CZ1A 3KKRA 3OYBA 3L2UA 1UOCA 4JRQA 4IKFA 3C94A 2IS3A 4DSEA 1A5VA 1SKRA 3QIPA 4WE1A 4XIUA 3HVRA 4DQQA 4FJHA 4JRPA 5CZ2A 4CEZA 5J2NA 1A5XA 1NOZA 3RRGA 2A1RA 3RRHA 1T05A 1BISA 1S6QA 3IG1A 1XWLA 4CJVA 4DLGA 2DTUA 3RR8A 3KD5E 4Z4EA 3LZIA 4KREA 3OYLA 2G8VA 1TK8A 4DSLA 3SPYA 1D9DA 1WSJA 1UWBA 3ZSXA 2VWJA 4FJNA 2G8KA 4IFYA 5C24A 2FBYA 3AA3A 3SQ0A 3K57A 1S1VA 1WAFA 3AA2A 4LD0A 3OS0A 3ZSZA 3VQBA 1HJRA 3OYHA 3AVNA 3ZSRA 1A5WA 4JS5A 4BE1A 4DQRA 4FCYA 3L2WA 4KKOA 2Z1HA 3OYIA 4PY5A 2YNIA 1JLEA 4RG8A 4O0JA 2GUIA 4AHUA 4DQSA 4DTOA 4C8OA 3AVAA 4FJ8A 3VN5A 4FJ9A 1CZBA 1UA0A 1VSHA 1XI1A 3QO9A 1NJZA 2YHAA 3SI6A 1HYSA 3I0SA 4FLUA 4TSXA 4CJSA 2P1JA 4DMNA 4E7IA 4BDPA 1QQCA 4DU4A 2B5JA 4CEOA 1J54A 1RT2A 2G8WA 1FK9A 1SKSA 2G8FA 3HPGA 1WSGA 2D0BA 3LP2A 1HQEA 4M3XA 1SL1A 4FLXA 3SUNA 3NH0A 2HMIA 2P51A 4Y1CA 1T8EA 2HW3A 1C0TA 3OYKA 4GMJB 3IAYA 4AHVA 2KZZA 3C6TA 3A2FA 1L3SA 5E41A 1RT7A 1L3VA 4CF8A 1RDCA 4KB0A 1EP4A 3TARA 4KAZA 2RPIA 1ASWA 1I3AA 2F96A 3AO2A 2PY5A 4FZZA 4FM1A 4ID1A 2X6NA 4OGCA 4CHYA 4AILC 4OJRA 4IDKA 4QOZB 2X78A 3PX0A 3TAQA 1JL2A 3SJJA 3BDPA 4W5TA 2VG5A 1ZBLA 3V9UA 4ZTJA 4HUEA 3IS9A 4CF2A 4KTQA 1Z25A 4KTWA 4CJQA 3KIOA 3NH2A 1VSJA 4DTXA 3ALYA 3SUQA 1GOBA 4CK2A 5D3GA 1RTJA 2XHBA 3KK1A 4CGDA 3HL8A 2F8SA 3K5MA 1SKWA 4Z4IA 1WSEA 2GBZA 3I0RA 3E01A 3OS1A 4B9NA 4N56A 2HHWA 2YKNA 4MFBA 3SV3A 2P5GA 3KJVA 1SL2A 4KHWA 4DTSA 4DTJA 2O4IA 4J2BA 3T3FA 4FJXA 2XY8A 1ZBFA 4B9LA 2NUBA 2D0CA 1BCMA 2B4JA 4J2EA 1RBVA 1RBTA 1RT6A 2YNHA 3CFPA 1VSIA 3QEXA 3L2VA 3D0PA 1FKPA 3O3FA 4B9SA 4OGEA 4HCBA 2IOCA 4KI4A 4FM2A 2EX3A 3P5JA 3WNGA 4OPKA 1D9FA 4KHUA 4FJ7A 4RW8A 4OLAA 4I7FA 4FJIA 4FJJA 4BDYA 3HK2A 2Y1IA 1RDBA 4DQIA 2OPSA 3OS2A 3T1AA 1U48A 4ELTA 4OKEA 3CYMA 2JLEA 2KTQA 4O5BA 4AHSA 3DLRA 3V9WA 3K58A 3PX4A 4KRFA 1ASUA 4F2RA 3P1GA 4DF4A 1NKEA 4O0IA 1KSPA 4FJGA 5FRNA 3S3NA 3ZT4A 2Z1JA 3S3MA 3V9ZA 3HYFA 1L3TA 4DQPA 3FFIA 4ICLA 3AO3A 1WAJA 3ZSQA 4DTPA 3QEIA 4CIEA 3VQ5A 4HHTA 4FZXC 4B9TA 1NJXA 3HPHA 1Y97A 5C42A 4UQGA 4NCAA 2HVHA 3NCIA 4CERA 1L3UA 4CJTA 3NFAA 4MQ3A 1JL1A 3OYJA 3SCXA 4FLVA 1RBRA 1LW2A 5C25A 1NK5A 3PO5A 1TKZA 1U45A 2BANA 3BGRA 4J2AA 4H4OA 4KFBA 3OYFA 1BQNA 2HHQA 5J2PA 4CK3A 3TI0A 3OVNA 4CF9A 3AVIA 3LALA 3NBPA 2QK9A 4OPJA 3MEGA 3KLEA 3DRRA 2DFFA 1BIZA 3K59A 3LZJA 5SWMA 2YHBA 4O4GA 4M3RA 1NKCA 3DLHA 4M3UA 3HM9A 3M8QA 1S9EA 3V1RA 3NGYA 4N41A 4HVJA 3MXMA 4GW6A 4FYDA 1ITGA 3DLKA 3KK2A 3NF6A 1T7PA 3HVTA 5J2QA 1KCFA 1O1WA 3NE6A 1TK5A 1C0MA 4FZYA 4LH5A 1W9HA 5HRSA 3V9SA 3TANA 4B9VA 3V1QA 1J5OA 2GV9A 4ELUA 1BGXT 3OYDA 4BWMA 1KVCA 1TGOA 3AO1A 4CE9A 3S9HA 3V81A 4C8NA 3QERA 3QINA 3TAGA 4F2SA 1NK4A 2OPRA 5CY4A 3V6DA 1LAVA 5KRTA 3CG7A 3QESA 2IC3A 3V4IA 4M45A 3CFRA 2OZMA 3NF7A 3SUOA 2HHXA 2HHUA 3AA4A 2VWKA 1HNIA 5JS2A 3JYTA 3SPZA 4F3OA 3TR8A 1NK0A 4R5PA 4DU1A 2KW4A 4E7JA 3KTQA 1RBSA 1CZ9A 1YTUA 3QEPA 3WNHA 3VQ6A 3NDKA 2DY4A 1NJYA 4I2QA 1NK8A 1UAXA 1CLQA 3VQEA 1TK0A 1RTDA 4DTNA 2OPQA 3DM2A 2B6AA 3KLFA 2JGUA 3DLBA 4ZHRA 3K5LA 4B3OA 1WSHA 1QHTA 1BL3A 1J9AA 4B8CA 4CFCA 4Q0BA 3MXIA 3F9KA 3MXJA 1Q8IA 1BIUA 4CJFA 2KFZA 4AH9A 4FW2A 3H08A 5FDLA 4FJLA 1RT5A 1S9GA 1MU2A 4KV8A 3DLEA 4DTUA 4I9LA 3G10A 3MEEA 1S6PA 3P83D 3KLHA 3AVLA 3OYEA 4Z4FA 2FBVA 3KK3A 2IGIA 1C6VA 3DRPA 1YTAA 4OKJA 3RR7A 2ETJA 1JKHA 1WSFA 1LV5A 2OZSA 1S5JA 1IKWA 1G15A 4DSFA 1VSLA 3AVCA 4CJ3A 1DLOA 1B9FA 1IKVA 1WN7A 5I3UA 2HNYA 1VSEA 2D5RA 3K2PA 4CJRA 4PA1A 1HRHA 4O44A 1S1UA 3MEDA 1DTQA 3PUFA 4IBNA 1XHZA 2QKKA 4Z4GA 2HHVA 2HHSA 4CFAA 2YV0X 3DOLA 3OJUA 3DRSA 1C1AA 3LDSA 3KLGA 2EHGA 3VQQA 4B08A 1GOAA 3AO4A 3LPTA 3HPOA 1NKBA 1X9MA 4M3TA 3LP3A 3V9XA 4CHQA 5KGWA 3ZSVA 3ZT0A 5I42A 4FK2A 2YNFA 1TKXA 3HSTB 3LAMA 4E7KA 1XC9A 2OPPA 4M3YA 3I8DA 2Y1JA 2Z1GA 1DTTA 1RT3A 2ATQA 3RMDA 1EETA 4ELVA 4BDZA 4W5QA 1RTHA 4IG3A 2WOMA 2G8UA 1RT1A 4DSIA 1TL3A 3ASMA 1IO2A 3C6UA 4BACA 4LSNA 2IDOA 4DU3A 3HP9A 4CK1A 1JXEA 3LAKA 4N76A 1X9WA 3K5OA 3DYAA 2KFNA 1LAWA 1U4BA 2D0AA 4C8LA 3QIOA 3ZSOA 5J1EA 4M42A 4FK4A 2FBXA 4RW9A 1EXQA 3ZT3A 4NCBA 4FW1A 4H4MA 3U6FA 1NK6A 4FJ5A 3VQAA 4FLTA 3IRXA 4CF0A 3THVA 3U3YA 3SQ2A 2FC0A 4AHTA 4CEQA 3QNOA 3PX6A 4W5NA 2RF2A 3L8BA 1NK7A 4QCLA 1IKYA 5HRPA 3OYCA 1I39A 2Z1IA 1VSFA 3QETA 1IG9A 1VK0A 1Q9YA 3SZ2A 4CEFA 4F3TA 4LSLA 4E3SA 2PYJA 4IFVA 3ZT1A 3SNNA 1YT3A 1YVUA 5HBMA 4ID5A 3AVMA 2XY7A 3ISNC 1K6YA 1WSIA 4FLZA 1J53A 1U47A 1HPZA 1U49A 4HCCA 4KTZA 3KLIA 2HNZA 1QS4A 4PUOA 2RKIA 3CM5A 2YNGA 4CJLA 3RMAA 4CJ4A 1HQUA 3NAEA 5FRMA 3AVFA 1BQMA 4DTRA 3NF8A 4DFMA 1JLBA 3ZCMA 1IH7A 1BHLA 1KVAA 4AHRA 2KZMA 1RT4A 4CESA 4EZ6A 4DTMA 3DLGA 3AO5A 4B8AB 3NF9A 1TL1A 2XRIA 4GVMA 3LWMA 4B9UA 4CHOA 3AVJA 5SZTA 3K5NA 5HROA 2O4GA 3VQDA 3DI6A 4CEBA 4ZTFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2E6LA 1VQMN 5AR0A 1Q86O 4M63C 2IVOA 2VG6A 3TAEA 3AARA 2IVPA 1C0UA 1VRTA 2NZTA 1CZAN 4KPYA 2NRVA 3PLAA 4RW4A 3HOTA 2UXCK 1C1CA 3D2FA 4DV7K 2Q0RA 4BRDA 1X3NA 5AFUA 3AVKA 3OHRA 1HJOA 2P9PB 4PQUA 1BCOA 4CJ5A 3A5LC 5EY4A 3JSMA 3AA5X 1KFDA 4O5FA 4CGGA 3SJHA 5JMVA 4CECA 4BR5A 4I9QA 5JS1A 2HBJA 3L3VA 4B1ZA 4BC2A 4G1QA 2P9UB 1NMNA 4JKGB 5JICA 4PKIA 1HYVA 1VSKA 1JLCA 4Z4CA 3HP6A 2Q3SA 4FLYA 4I6MA 3BZKA 2RN2A 1RTIA 4FOIA 4H5TA 4JI2K 4RWTA 1HR0K 2HBLA 4LFBK 3HXMA 4MLHA 2I5JA 5GIOA 2Q2RA 4DQ8A 1SL0A 4CZLA 3OYMA 3OBYA 4BWJA 1NOYA 4LF7K 1V4SA 4PKGA 4CGHA 3NGZA 1RCHA 2W6LA 3G0ZA 3M8PA 3O08A 1TKTA 5KTQA 3SUPA 4GKJK 3F9MA 4EAHD 4FWRA 2WTUA 2HHTA 4DR4K 3CM6A 3OA9A 4DG1A 3OYAA 5M1KA 3QFUA 4JS4A 4O55A 5KPZA 4BR0A 3VEWA 5HP1A 1ATRA 3VQ7A 4BQLA 3WNFA 3ZYYX 3VF6A 4K25A 1O13A 1NNEA 1B92A 3F2KA 3TTDA 4DV6K 3V1OA 3ULDA 1UA1A 2DFEA 1IKXA 1KC8O 1ZBHA 3TAMA 4CHPA 1NJWA 5BRHA 4FLWA 5KGXA 2AJQA 3EEQA 4Q5VA 4KHQA 5EX5A 1WLJA 2Q97A 5FPEA 1GLAG 3ZX3A 4CHNA 3CJ7A 3T1YK 3PY8A 3EE8A 3WT0A 1TAUA 3PSIA 1B9DA 3MDQA 3T19A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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