4CF2A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf2A00
3RR8A 4LD0A 4DTNA 3ZT1A 1QQCA 1WSJA 2OPRA 4K8ZA 4KPYA 2HHWA 1U45A 2WONA 4M3ZA 1QE1A 2XY7A 1DTQA 1Z26A 4Q0BA 4UQGA 2R7YA 4I9LA 3TAPA 2G8UA 3NH1A 3H08A 3HVTA 4CGJA 2OA8A 3HPGA 4W5NA 2YHBA 1C1CA 1L3VA 4GW6A 4CESA 4FXDA 2Y1IA 4CF0A 1WSHA 4KTZA 4CF8A 1VSDA 4NYFA 1LWFA 1IKXA 4CEZA 3QNOA 2RKIA 4Y1CA 3DM2A 1JLCA 4DQQA 3HO1A 2P1JA 3EZ5A 3M8QA 4GVMA 3F9KA 1RBSA 4CHYA 3KLGA 3M8RA 4FLWA 1Y97A 4M45A 2KFZA 1D8YA 1RDCA 4E19A 3MXJA 4BWMA 2E6LA 3OVNA 2G8WA 1J9AA 4J2DA 1RTIA 5KTQA 3T3FA 3DRRA 4FM0A 4FJ5A 4F4KA 3AO2A 1BQMA 3NFAA 3T1AA 3AVIA 3MECA 3V9XA 1S6QA 3C95A 4IG3A 1TAUA 2YNFA 3SI6A 1CZBA 4J2EA 2KQ2A 3TAEA 2GV9A 4WE1A 4CF9A 3OYLA 1FKOA 1XI1A 3ZT0A 1HYSA 1Z25A 4DSKA 4B9NA 2XHBA 1WSEA 4CJKA 5HRSA 4DTUA 5FRMA 3OYJA 2BDPA 3TAQA 2OYQA 4Z0UA 5J2NA 1XHZA 2Z1JA 4BACA 1NJWA 4R5PA 1B92A 2E4LA 3RRHA 1S9EA 1IO2A 4ELVA 3LWLA 1NJXA 3O4NA 1A5VA 1C6VA 3SYZA 4CEAA 4F8RA 2HVIA 4FJMA 3VQAA 4KHYA 3CFOA 3WNEA 2PZSA 4I2PA 3QEIA 3OYHA 4PY5A 2VWKA 1JLBA 2F96A 4CJ4A 1L3UA 2F8TA 4IFVA 4CHOA 4CJWA 4IDKA 3C6UA 3NGZA 1BHLA 3LPUA 4JS5A 4NCBA 4B9MA 2HNYA 4CJUA 3CM6A 1YT3A 3VQ9A 1XC9A 3MXIA 4CEEA 3VQEA 3SV4A 2OPSA 3AVNA 4KTWA 1UA0A 1S1TA 1DTTA 3LP2A 1VK0A 4AHVA 1BGXT 1BI4A 3ASMA 4W5TA 3NH0A 1X9WA 4FJXA 3OYIA 4KI4A 3TR8A 3NF6A 2D0CA 3AO1A 4CIGA 4BE2A 4FCYA 4IG0A 3LP0A 2Z1IA 1L3SA 4DFMA 3V9UA 4KHSA 2PYLA 3ZSRA 4DFPA 3LPTA 1R0AA 1HQUA 4PWDA 4HVJA 1KVCA 1NK7A 4QOZB 1REVA 2ZQBA 3ZSXA 4FLUA 5JS2A 1T7PA 1QS4A 3PV8A 1D9FA 1D9DA 3OYNA 1RT2A 2BGGA 4Z4GA 1KVAA 1TV6A 1IKWA 1SUQA 2FBVA 2IAJA 4CFDA 1WAJA 1JL1A 1QSYA 4OPKA 1KLMA 2IDOA 2F8SA 4EZ9A 2HW3A 4F3TA 3OS0A 5HROA 4LH4A 3QEWA 2Q3SA 1O1WA 2B4JA 1LV5A 3A2FA 2YKMA 1RDBA 3MXMA 1WSFA 3DLRA 1X9SA 2FC0A 1JLGA 2JLEA 4B08A 1L3TA 4B9UA 4M3WA 5HRPA 3O3GA 1I3AA 3VQ6A 2YNIA 1LWEA 4FW2A 5J2QA 4CJVA 1HPZA 4MQ3A 3OJSA 1KLNA 3CM5A 1BI4B 4CJRA 3L2VA 3QNNA 5DK5A 4N56A 1Q9YA 1QTMA 4E89A 3DLEA 4C8LA 1U49A 4NCGA 1KTQA 2VG6A 5C25A 1UOCA 3AO5A 3SZ2A 3SQ2A 4DTRA 3V9WA 1TK0A 1NK0A 1RCHA 4FJ9A 3EY1A 1Q9XA 4NYNA 4Q5VA 4KB0A 4OGCA 4CJPA 3LZJA 4AILC 3NF8A 1FK9A 1JLFA 4CJEA 2DFEA 3SQ0A 2G8HA 3OYEA 3HP9A 4CECA 3KIOA 3K59A 4CJ5A 1WSIA 1UA1A 3KD5E 4FJLA 2Z1HA 3RMCA 4RW6A 2BE2A 3HYFA 2XY5A 5C24A 3TWHA 3L2WA 3SUNA 1X9MA 2IS3A 4Z4FA 5JS1A 4OJRA 3VQ4A 3HK2A 3ZT4A 2PY5A 3L2RA 2OPQA 3OYMA 3THVA 4E7KA 2DY4A 4CK2A 3OYCA 1KVBA 3K5NA 2AJQA 3AV9A 5FROA 3U3YA 3MEEA 4CGHA 4CK3A 3NHGA 2OZSA 4M42A 3AO4A 4CJSA 2IOCA 4CF2A 3LZIA 2OPPA 1U48A 4FM1A 1KRPA 4AHSA 3NGIA 4FLTA 3KLHA 1U47A 1WLJA 1JKHA 3VA0A 1K6YA 1GOAA 4DTOA 3K2PA 1S1VA 4CEQA 4ZTFA 3IG1A 4OVLA 1NKEA 3HP6A 4CCHA 3SV3A 3V1RA 4HHTA 4W5OA 1VSFA 4CJLA 5SZTA 4E7LA 1EETA 4Z4CA 3P5JA 3AVLA 1LW0A 1EP4A 4RW9A 3FFIA 3OJUA 1T03A 4BE1A 4CGDA 1TVRA 2DFFA 3SQ4A 2HVHA 3AA2A 1N5YA 1EX4A 3ZSQA 4FJIA 1HNVA 1TK5A 4CHZA 1JXBA 2VG7A 3KKRA 4C8MA 2HHQA 4DMNA 2BANA 1FKPA 3L2UA 3VQDA 1SL1A 1C1BA 1HYZA 1WSGA 2ETJA 2KZZA 4JRQA 4MFBA 1RBTA 2RPIA 3O4QA 2O4IA 4E7IA 1BCOA 4C8NA 1ITGA 1NKCA 3V6DA 4AHCA 3OYGA 4Z4EA 4O5BA 3SCXA 2YV0X 4CIEA 2QKBA 3AVGA 3LAKA 1RTHA 2X78A 3DLKA 5D3GA 3AVBA 4JS4A 1X1PA 3P83D 1NJYA 1KFSA 2ZD1A 3S3OA 4DSJA 1SKWA 5HBMA 1S9GA 4XIUA 4BE0A 4DTMA 3PX6A 1RT4A 3L2QA 4DTPA 1RBVA 3ISNC 3DYAA 3HM9A 4DF8A 4C8OA 4DWIA 4FJHA 4O4GA 2A1RA 1N6QA 3QEVA 4FLYA 3BGRA 1KSPA 1B9FA 4TSXA 4AHTA 4KI6A 2ITGA 3WNFA 1IKYA 1ZBIA 3MEDA 3VA3A 1LWCA 3KJVA 1HMVA 2XY8A 4HCBA 2E6MA 1JXEA 3RWUA 3KKSA 4KV8A 1ASUA 3AVJA 5FDLA 1MU2A 1C0MA 4GMJB 3U6FA 2FBTA 3ZSYA 4O44A 3WNHA 4DTSA 4FLZA 3NF9A 4YNQA 1ASWA 1TKDA 3DOKA 1RNHA 1HYVA 2P51A 3NAEA 2Y1JA 1S5JA 2FBXA 5DMRA 1NK8A 2HMIA 4FZYA 4FK2A 3AVCA 4ID5A 1BIZA 3V9ZA 2XY6A 2IGIA 1S1UA 1NK4A 4DG1A 3K58A 4FK4A 3NGYA 4B9SA 3DLBA 1RBUA 4HTUA 3PO4A 1WAFA 4AH9A 4RW8A 1CXUA 1BISA 1SV5A 4M41A 1ZBFA 3IAYA 5FRNA 3SNNA 3AA5X 3MEGA 1BQNA 3QLHA 2P5GA 2KW4A 3LP1A 4KO0A 3RMBA 3CFRA 3K5OA 4FZZA 4M3TA 5KGXA 2YNGA 2HHVA 2A1SA 1XWLA 3KLEA 4CJQA 1B9DA 1A5XA 4E1NA 4CEDA 3NDKA 1QSSA 3HJFA 3P1GA 4N5SA 2QKKA 3PX0A 4OPJA 3CG7A 3QESA 3O3HA 4ELTA 4QAGA 4CFAA 4CERA 3QIOA 1UAXA 4ZHRA 1RILA 4M3YA 4BWJA 2EX3A 5HLFA 3T19A 3KK1A 3CQ8A 3QETA 2WOMA 3ULDA 3HVRA 2QXFA 3KLFA 5CZ1A 3ZCMA 4OLBA 2RN2A 1SKRA 5HP1A 4CGGA 4CFBA 4B8CA 4W5RA 1S6PA 4CGIA 1VSHA 5J1EA 1T8EA 2ATQA 1ZYQA 3F73A 3B6PA 3K5MA 2KTQA 3V4IA 2VWJA 1IKVA 4BDPA 4ZTJA 1ZBLA 2HHUA 4FLXA 3KLIA 1WNSA 4EZ6A 3TANA 4IFYA 3NCIA 3KTQA 3AVMA 3NH2A 1TGOA 2X6NA 4CIFA 3OS2A 1ZBHA 3LP3A 1IH7A 4CFCA 5CZ2A 4DQSA 1J54A 3BDPA 3V1QA 2KZMA 4I7FA 3DOLA 1EXQA 4E7JA 4KHQA 4CJTA 3AVAA 3LANA 4KKOA 3OY9A 1J5OA 1QSLA 4E0DA 1EKEA 2GUIA 3SUPA 4LY7A 3L3VA 1TKZA 1TL1A 2I5JA 3ZSWA 4FJJA 4Z4IA 1YTAA 3NE6A 4QCLA 2P5OA 1RT1A 3OYDA 3RRGA 3KD1E 1JL2A 4B3OA 4F3OA 5KRSA 4NCAA 1HNIA 5HRRA 4ICLA 1KFDA 2G8KA 5SWMA 3D0PA 1W0HA 3S3NA 4FVMA 3HXMA 3VQBA 3ZT2A 3VQPA 3SPYA 3DLGA 4DLEA 1ASVA 3TI0A 3TARA 3UIQA 4DSEA 3NF7A 4DFJA 3ITHA 1VSJA 3QO9A 2YKNA 4DQRA 4DSFA 4H8KA 1HJRA 1DLOA 2VG5A 3G0ZA 1VSMA 2X6SA 5CYMA 4F2SA 4B9LA 1KCFA 4CEOA 1JLAA 1U04A 1VRUA 3B6OA 4DS5A 3AVHA 4N41A 4CHQA 4LH5A 1I39A 3K57A 5KRTA 4E7HA 3EYZA 3TABA 2HHXA 3QINA 1BCMA 4KHUA 4CK1A 4HUFA 4FJKA 3ZSZA 4DSLA 4OKKA 1WN7A 3OYKA 4O0IA 5CYQA 3WNGA 4DQIA 1NK9A 1Q8IA 5C42A 3QEXA 3HT3A 3G10A 4KAZA 3L3UA 4M3RA 3VQ5A 3VQCA 3LAMA 4N47A 1CZ9A 3VN5A 3QERA 2D0BA 1IG9A 4F2RA 4KTQA 2HHSA 3QIPA 1TKTA 4CE9A 4KRFA 3HPHA 4E1MA 4FM2A 2ZE2A 2O4GA 4LSNA 5HRNA 1SKSA 1J53A 3SPZA 4ELUA 1QHTA 5CY4A 1VRTA 4CF1A 4KREA 4IBNA 3TAMA 4OKJA 1U4BA 4DQPA 3MAQA 3ZSOA 3SUOA 2W42A 3DI6A 2PYJA 3D45A 2NUBA 3VQQA 1YVUA 2D5RA 4O0JA 3VQ7A 3V1OA 4KFBA 1NOZA 3OYBA 5EU7A 4FLVA 2HNZA 3PUFA 3SUQA 5T7BA 4KHNA 2YHAA 3IS9A 4DTJA 2GBZA 3C6TA 3ZSVA 3TAGA 4FYDA 3I8DA 3CYMA 4H4OA 1RTJA 4ID1A 1RT6A 3DRSA 5KGWA 5J2PA 3PY8A 4FJ7A 4JLHA 4AHRA 4C8KA 4BDZA 3AO3A 1VSIA 2G8IA 4CJ3A 1XHXA 4B9VA 1UWBA 3L8BA 1RT5A 3SQ1A 1TK8A 4K8XA 2G8VA 2KFNA 3JSMA 3AA4A 4DU1A 1CLQA 2LSNA 4CGFA 1LW2A 5J2MA 2DFHA 4DU4A 1SL2A 4PUOA 4Z4HA 1NJZA 4EP5A 4OKEA 1A5WA 4DSIA 4Y1DA 1VSLA 1C1AA 2X74A 4CHNA 3LDSA 2EHGA 3JYTA 1LAVA 4DTXA 4HUEA 1C0UA 2B5JA 4O55A 3VQ8A 3I0SA 1NK6A 1NKBA 4AHUA 4RG8A 2XO7A 4E3SA 1CXQA 2RF2A 3SJJA 4B9TA 4DS4A 1S1XA 2HHTA 1F21A 1JLEA 3C94A 2JGUA 1YTUA 1TKXA 5E41A 1SL0A 2OZMA 1RDDA 3LALA 3V81A 4KB1A 3DLHA 4J2AA 1RT7A 3ALYA 4RW4A 1D5AA 3OYAA 3RMDA 3RR7A 2QK9A 4OLAA 4YFUA 3O3FA 1TL3A 1RBRA 4HCCA 1HRHA 3HPOA 4FK0A 3IRXA 4G1QA 2B6AA 3KK2A 1GOBA 4W5QA 4M3UA 4CEFA 4DLGA 1NK5A 4KHWA 3LWMA 2HB5A 5KI6A 3KK3A 1FXXA 1LAWA 3DRPA 1T05A 1W9HA 1ZBUA 3U3GA 3OYFA 4DF4A 3OS1A 4FJ8A 1BL3A 2YNHA 1VSEA 4CHPA 3S3MA 4PA1A 1JLQA 3AVKA 1HQEA 5I3UA 3S9HA 1VSKA 3NBPA 2D0AA 1GOCA 1RDAA 1RT3A 4I2QA 4IKFA 3DMJA 3HL8A 4J2BA 4OGEA 4N76A 1NOYA 3RMAA 2DTUA 1TAQA 1S1WA 3ZT3A 5I42A 4I9QA 2IC3A 3RTVA 4DFKA 2HNDA 3I0RA 5K14A 2XRIA 4DU3A 4FW1A 3E01A 4EP4A 4L8RB 4CJFA 4PQUA 3PX4A 2G8FA 4JRPA 3AA3A 4H4MA 2Z1GA 4FZXC 4B8AB 4CEBA 3QEPA 3V9SA 1C0TA 1L5UA 2FBYA 3HSTB 3M8PA 4FJGA 3K5LA 4HUGA 4BDYA 1G15A 3PO5A 4LSLA 3CFPA 3M8SA 1RTDA 4FJNA 4RW7A 3TAFA 1BIUA 4M3XA 3AVFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K8ZA 2VGNA 2HHWA 1NMNA 2WONA 1QE1A 2XY7A 4OO1J 1X9JA 3QBWA 2OA8A 3CMEN 4CGJA 4BC4A 3HPGA 4OX9K 1C1CA 1L3VA 2Y1IA 1WSHA 3O4WA 4NYFA 3GG4A 1Y64A 4A5AA 4Y1CA 4H0VB 4FOEA 3DAWA 2P1JA 5M1FA 3P4IA 3O9TA 3M8RA 4M45A 3ENBA 1ATSA 3AAPA 3ZYYX 4BWMA 2E6LA 3OVNA 3C7NA 5AQVA 3T3FA 1VQPN 4FJ5A 4F4KA 1YI2N 3MECA 1S6QA 4J2EA 3SI6A 1CZBA 1FW6A 3IFRA 4WE1A 3OYLA 3ZT0A 4DTUA 3NMUA 2F7TA 2BDPA 3TAQA 3PIOL 1NJWA 3RSEA 4R5PA 2E4LA 1IO2A 4JKBA 2NRRA 4FL9A 4F8RA 3VQAA 3CFOA 2PZSA 4CZIA 4PY5A 2VWKA 2F96A 3C0BA 3L0QA 4IFVA 4NCBA 3NGZA 4JS5A 2QWQA 1TUUA 3CM6A 2O8EA 3KWGA 1XQSC 3OYIA 5BR9A 3ENOA 3NF6A 1ZBSA 3LP0A 1L3SA 3V9UA 4KHSA 2PYLA 4DFPA 3LPTA 3A5OC 1HQUA 4PWDA 2E5LK 4HVJA 1NK7A 1NGAA 4DV5K 4YDUA 2IAJA 4CFDA 3TTDA 4EZ9A 1Q81O 5HROA 3QEWA 2B4JA 3A2FA 2YHWA 3MXMA 3LDPA 5EOYA 4JD2A 4M3WA 1GLJO 3O5BA 5JMVA 3MCAB 1D4XA 1NG9A 3VQ6A 3OJSA 1HX1A 3WQUA 2UXBK 1BI4B 4N56A 2KLAA 3DLEA 4JKHA 1MWKA 2HF4A 3AO5A 1P8ZA 4H03B 3V9WA 1TK0A 1RCHA 2O8BA 3EY1A 1Z05A 3LZJA 4AILC 3NF8A 4CECA 3SBTA 5JLFA 1N34K 3HYFA 3BUZB 1X9MA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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