4CF2A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf2A00
3O4QA 4HVJA 1QSYA 3OYAA 1ZBHA 2Y1JA 1KLNA 3SQ1A 4E7IA 2A1SA 3TAMA 4CESA 3PO5A 1VSDA 4RW6A 2F8TA 4B8AB 2ITGA 3I0SA 4CEDA 3OYKA 3AVCA 4CJPA 1HJRA 1YT3A 1WSGA 2E4LA 4CEEA 3ZT0A 2YHBA 4DTPA 1WSHA 3QO9A 4W5RA 1L3VA 4FJXA 3TAEA 5HP1A 4FLWA 4IG0A 4FW2A 2HNZA 1Q9YA 1WN7A 4PQUA 1GOAA 4RW4A 5CZ2A 1TK0A 3NBPA 5CZ1A 2BE2A 3QEIA 1NOYA 4DSJA 4ELTA 1ZBIA 3OYBA 4E7LA 1T03A 4N76A 1X9WA 4CGHA 3HT3A 1RBRA 4CGJA 4DQQA 3CM5A 1T8EA 2ZD1A 4CJVA 3OYHA 4FLZA 3SV3A 1NKCA 1KFSA 4JS5A 4DTOA 4B3OA 4B9VA 1W0HA 3AVAA 1U48A 3IAYA 1FK9A 2YNGA 3I0RA 4F2RA 4M3UA 1RILA 1EX4A 1NK4A 4CF9A 3DLKA 1O1WA 3O3FA 3K5OA 3AA4A 1SL0A 3K58A 2G8KA 4CHQA 1KTQA 4KHWA 3AA5X 2GBZA 3SUQA 3S3NA 1JL1A 4CE9A 3DMJA 4KB0A 4JLHA 5CY4A 2E6LA 2FBTA 3ZCMA 2HVHA 1LW0A 3RMCA 2ZE2A 3IS9A 4IG3A 1RTDA 1B9FA 3VA0A 4MFBA 1G15A 3HP9A 3SZ2A 4KI6A 5KI6A 2HNYA 2LSNA 1NK7A 4KTQA 1U04A 3HXMA 3SPZA 3RR7A 4W5QA 1EP4A 2HVIA 3DLGA 4FVMA 1VK0A 4FCYA 4I9QA 1QE1A 3NF8A 4ZTFA 1U49A 1TKXA 1BQNA 2HHVA 4Z4FA 3C6TA 3FFIA 3QNNA 4BE0A 1RT4A 1TVRA 4N47A 4DTMA 4BDYA 4W5OA 1JL2A 4CJRA 1YTUA 1YTAA 1X9MA 1KVCA 4ELUA 2FBVA 4KTWA 3VQ8A 3SPYA 2FBYA 4FLYA 4OLAA 3NDKA 4CF1A 3RMDA 4FJGA 2OYQA 4G1QA 4OJRA 1D8YA 3VQBA 1D9DA 1L5UA 2QXFA 3ASMA 2A1RA 4KHYA 5HLFA 4DLEA 3LP2A 2KTQA 1DLOA 2YV0X 2YKNA 1BI4A 2RPIA 4CIFA 2KZMA 4ELVA 1IKVA 4LH5A 5KRTA 3BGRA 1SUQA 1NJYA 3MXIA 4NCGA 2I5JA 4O4GA 4EZ9A 3WNGA 4W5TA 1VRUA 2Z1GA 3KLIA 3ZSWA 2HW3A 1CZ9A 2WONA 4CK2A 3HSTB 4DTSA 2YNIA 2Z1JA 1I3AA 4CHZA 5HRPA 3DRSA 3KK1A 3PV8A 3V81A 1HYSA 2OPQA 3CFRA 4DTXA 1TK5A 1RT5A 3RWUA 3LANA 3ZT1A 3AVHA 2HMIA 3QEVA 3K5MA 3D0PA 2HHQA 2IOCA 1S1VA 3QNOA 1VSFA 2OZMA 4FJ7A 3AVFA 4H4MA 1C1BA 3SQ0A 4QAGA 3U6FA 2F8SA 1IH7A 3L2UA 4C8KA 4M41A 5J2NA 4KKOA 3QETA 4E7JA 4BACA 4IFYA 3VN5A 1RTHA 5CYMA 4OGCA 3HM9A 3ZSVA 1SKWA 1HPZA 3AA2A 4AHTA 4Q5VA 1JLFA 2X78A 3QLHA 4L8RB 3V1OA 4ID5A 2OPSA 3TAFA 3LZIA 1J5OA 1S9GA 2YNHA 3DLHA 3OYNA 4FZXC 4J2EA 2AJQA 1JLBA 1C0UA 1C1CA 1BI4B 1RDDA 3C95A 3SUPA 1R0AA 2D0CA 3O3GA 3VQ4A 4CHOA 2P5GA 1BIUA 3DOLA 3KD1E 4LH4A 1Z25A 2IAJA 3OVNA 3QEPA 3TANA 1RT2A 1A5VA 2PYLA 1N5YA 4CJ4A 2HB5A 1GOCA 4OKJA 2D0BA 4M3TA 3AO1A 3WNFA 1RT6A 1TL1A 2HHSA 2O4IA 3KLGA 1NK9A 2DFFA 3OYFA 3BDPA 3AVKA 1C1AA 1S9EA 4CJLA 4E19A 4OVLA 2QK9A 3CQ8A 1RDAA 4DQPA 4FJ9A 4E1MA 1CZBA 2DFHA 4CJQA 1JXBA 2XY6A 1TK8A 2EX3A 1S1UA 4GVMA 4CEAA 1RCHA 3LZJA 1IO2A 4E7HA 1SKSA 4E3SA 3NF6A 4QOZB 3HVTA 3NFAA 4FM2A 3L3VA 4DFJA 2KFNA 1VSHA 1WSEA 3OYIA 1UA1A 1RBVA 3S3MA 4Y1CA 3VQQA 4DF8A 3SCXA 1NKEA 3ZT3A 3O3HA 3E01A 1RTIA 4BDPA 4N56A 1ASVA 3KLFA 4KHSA 3H08A 3MAQA 1B9DA 3LAMA 1HYZA 4ID1A 4KB1A 3VQ9A 4CF0A 2EHGA 1CXQA 4DFMA 1NJWA 3NH0A 3UIQA 2VWKA 4CK1A 1NJXA 4BE1A 3EYZA 2XRIA 4M45A 1BHLA 1LWEA 4E7KA 2Z1HA 3OYEA 3HL8A 4O5BA 3L8BA 3VQEA 4Z4IA 3AVMA 1BCMA 1LV5A 5KGWA 4PUOA 1VSEA 3OYDA 4DLGA 1RDCA 3HPOA 1XC9A 4FJHA 4M42A 3M8SA 4E1NA 3NGZA 4LD0A 1D5AA 3C6UA 4BE2A 3F9KA 3ITHA 4FM1A 1Y97A 4FYDA 5DK5A 5CYQA 1JXEA 1TAQA 4C8LA 4DSKA 3A2FA 2XY7A 4F4KA 4CEQA 2G8WA 1QHTA 3OYCA 1S1WA 1NJZA 4AHUA 3V9XA 4B9MA 1BL3A 4I7FA 2BANA 3TAGA 1XWLA 3AO2A 1LWFA 4OPKA 1L3UA 2OA8A 4HTUA 1NK8A 4CECA 1HNVA 2VG7A 3MXJA 3LP1A 1NK5A 5D3GA 1TV6A 4DS5A 1BIZA 1VSLA 1IKXA 2FBXA 3KKSA 5KGXA 1S6QA 3THVA 4AHVA 1VSJA 3TARA 4BWJA 3KLHA 4JRQA 1HYVA 2PY5A 4FJ8A 3OYLA 3CYMA 3T3FA 4CGIA 4KI4A 3PUFA 3AVIA 3AVNA 3QERA 1BISA 3SJJA 4Z4CA 4GMJB 4ZHRA 4FM0A 4DSLA 1TAUA 2ATQA 4F8RA 1IKWA 3JSMA 1RT7A 4NYNA 1JLGA 2FC0A 3LP3A 3TABA 3RRGA 4FK2A 3HO1A 1HNIA 3IG1A 3V9WA 2XHBA 2G8IA 2G8FA 1DTTA 4JRPA 2QKBA 1LAWA 1RNHA 4OPJA 1JLEA 1RTJA 4CJWA 1JLCA 3T1AA 3V1QA 1QTMA 1T05A 4KHQA 3ZSQA 4DF4A 1IG9A 4HCCA 4W5NA 5HBMA 4BDZA 4FJMA 3AVJA 4FJIA 3RTVA 1N6QA 3D45A 5FDLA 3DM2A 1D9FA 3MEEA 4CJ3A 4PWDA 4CJEA 1HQUA 1WAFA 1A5WA 4FW1A 4CJFA 4DSEA 1UAXA 2OPPA 4DTUA 4JS4A 4AILC 4KPYA 3P5JA 1RBSA 3ALYA 4AHCA 1TKZA 3KD5E 3VQ6A 1B92A 2KW4A 4Z4EA 4CIEA 4XIUA 3ZT2A 3B6PA 4HCBA 2IS3A 3OY9A 1Q9XA 4NYFA 3PX4A 1TKTA 2VG5A 4Z0UA 4H8KA 4YNQA 3AV9A 1NKBA 4CGFA 4KHNA 3DYAA 3NH2A 1ZBFA 3V6DA 3ZSZA 1C6VA 3B6OA 2VWJA 4CERA 4O44A 1HQEA 4M3WA 4HUFA 3V9ZA 4HUGA 3SNNA 4FJ5A 1VSIA 1SL1A 5KTQA 3TR8A 2HNDA 4KFBA 2DY4A 4B9TA 2G8HA 3DLBA 2OPRA 5FROA 1FKOA 5I3UA 3PX0A 1KRPA 5FRMA 2HHTA 2JGUA 2OZSA 3K57A 3NE6A 4Y1DA 1FXXA 1NOZA 1EKEA 3AO5A 2VG6A 3KKRA 2IGIA 3LPUA 4I2QA 3LPTA 1A5XA 5E41A 3M8RA 3V9UA 5I42A 4FK0A 3QIPA 1EETA 1WLJA 2D0AA 2D5RA 2ZQBA 4M3RA 1L3SA 4FLXA 3KK2A 3ZT4A 3OYMA 3S3OA 1TL3A 3OYJA 4OGEA 4FJJA 1S1XA 5EU7A 3L3UA 3RMBA 4CK3A 3CG7A 1KLMA 2W42A 4FLTA 3K2PA 3QINA 1U47A 3VQ7A 4DQRA 1CXUA 4CJSA 4LY7A 4CF8A 4TSXA 3KK3A 3KJVA 1KVBA 4RW9A 3L2RA 3NGIA 1JLAA 1UA0A 1BQMA 3I8DA 5JS1A 4ICLA 5J2MA 2JLEA 4CFAA 3LDSA 3OS1A 4O55A 1L3TA 3QIOA 1UOCA 1DTQA 1KFDA 4CEFA 1REVA 4DQIA 4PY5A 1BCOA 3T19A 4CFCA 3G0ZA 4MQ3A 3RRHA 4DTRA 1X9SA 4RW8A 2XY8A 1TKDA 3AVLA 2YHAA 4DSIA 5J1EA 5C24A 4F3TA 2YNFA 3DRRA 2B5JA 3VQPA 3AO3A 1J9AA 2IDOA 2IC3A 3S9HA 2RKIA 4FJKA 4AH9A 3VQAA 3OS2A 4B9SA 4FXDA 1WSJA 2XO7A 4DQSA 1JLQA 2BGGA 3SI6A 2X74A 3NGYA 2XY5A 4ZTJA 4F2SA 3KTQA 3OJUA 1NK0A 3AA3A 1LAVA 4FLUA 3VQCA 3M8PA 4FLVA 1ITGA 4DU1A 3ZSOA 4M3XA 1QS4A 3ZSRA 4CEBA 5C25A 4DWIA 3NF9A 4R5PA 3MEDA 1WSFA 3SV4A 3WNHA 5J2QA 1HRHA 3SUOA 3QEXA 3G10A 1VSMA 4CEZA 4IBNA 3LWMA 2PZSA 3VQDA 2HHUA 4Q0BA 4CIGA 1VSKA 5FRNA 3RR8A 2DTUA 3NH1A 1HMVA 4CJ5A 4HUEA 3AO4A 1J53A 4WE1A 4BWMA 4LSLA 3OYGA 1KSPA 1KCFA 1RBTA 5J2PA 3OJSA 3L2VA 3HPGA 4DS4A 2QKKA 1SKRA 4CCHA 1MU2A 3ZSXA 3ULDA 3KIOA 3P83D 1ZBLA 4DTJA 3RMAA 3PO4A 4M3YA 4KHUA 4OKKA 4Z4GA 4FZYA 3L2QA 1WNSA 3O4NA 4B9LA 3AVBA 3K5LA 3P1GA 4DU3A 4I2PA 4DFPA 4Z4HA 1QSLA 4C8OA 5HRNA 3IRXA 1W9HA 4NCBA 1U45A 4YFUA 1CLQA 2X6SA 2RF2A 3HPHA 4PA1A 4AHRA 3V4IA 3NAEA 4CFDA 1WAJA 1RT1A 3CFOA 5K14A 4N41A 3M8QA 4DSFA 4H4OA 3ISNC 4FZZA 4CHYA 3SYZA 1ZBUA 3LAKA 3CM6A 4IFVA 4CFBA 2DFEA 4CF2A 1F21A 3JYTA 3V9SA 2F96A 5SWMA 1NK6A 4FJLA 2ETJA 3WNEA 4EP4A 3MXMA 2GV9A 4NCAA 4I9LA 4CGGA 1J54A 1SL2A 1LW2A 4M3ZA 3MEGA 1ASUA 4IKFA 4GW6A 1S5JA 2E6MA 3AVGA 4OKEA 5JS2A 4J2DA 4KREA 4KRFA 1Z26A 3HYFA 4DMNA 4K8XA 1IKYA 3TI0A 2HHXA 5HRRA 4F3OA 3NHGA 4KV8A 3U3YA 4CGDA 3PY8A 2NUBA 4KAZA 4CJUA 4J2AA 1JKHA 2BDPA 3HVRA 1XHZA 2Y1IA 1QSSA 1FKPA 2P1JA 5HROA 3EZ5A 1BGXT 4IDKA 3ZSYA 1C0TA 2YKMA 2P51A 4KO0A 3EY1A 3SUNA 1ZYQA 1U4BA 2KFZA 3VQ5A 4QCLA 1RDBA 1TGOA 1VRTA 3MECA 3NCIA 4B8CA 3SQ4A 4OLBA 1ASWA 5KRSA 3L2WA 4FJNA 4RW7A 4C8MA 3U3GA 1QQCA 1K6YA 2HHWA 4RG8A 3KLEA 2R7YA 4DU4A 3DRPA 2G8VA 4EP5A 4CJTA 3DI6A 1Q8IA 2P5OA 3HK2A 3QESA 3DLRA 2PYJA 3OS0A 3F73A 3TAPA 3DLEA 1SV5A 3LALA 4AHSA 1XHXA 2KQ2A 3LWLA 4C8NA 3K59A 5T7BA 1I39A 3VA3A 1GOBA 5C42A 2X6NA 4CJKA 1UWBA 3HJFA 5SZTA 2B4JA 3K5NA 1T7PA 4FK4A 4B9UA 4N5SA 3SQ2A 2GUIA 2WOMA 5HRSA 4O0IA 4KTZA 4DTNA 1XI1A 1S1TA 4CEOA 2G8UA 4J2BA 1RT3A 2RN2A 3DOKA 1WSIA 4CHPA 3PX6A 4E0DA 1C0MA 1RBUA 4E89A 3HP6A 4DG1A 2KZZA 2O4GA 3NF7A 3TWHA 3LP0A 3V1RA 4O0JA 1X1PA 4B08A 2B6AA 3TAQA 3C94A 4B9NA 1KVAA 4CHNA 4UQGA 2Z1IA 1YVUA 1LWCA 4DFKA 4EZ6A 2Q3SA 3QEWA 4LSNA 4HHTA 1EXQA 3CFPA 4K8ZA 1S6PA 5DMRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JJ2M 1QSYA 2Y1JA 1KLNA 2D4WA 4B8AB 1MA9B 2ITGA 4C1NI 4GV6A 1HJRA 1WSGA 4DTPA 5JLHA 1WSHA 5AQGA 5HP1A 5AQIA 4PQUA 4RW4A 3L0QA 5CZ2A 1TK0A 3NBPA 3QEIA 4DSJA 4N76A 4CZIA 4CGJA 4DQQA 1E4FT 4ISEA 3OYHA 1KFSA 3AVAA 3HOTA 1U48A 3THYA 1SQKA 3EL2A 1DGKN 3J81O 4M3UA 2O8EB 4CF9A 3CIPA 2BTFA 4DR3K 1VQKN 3K5OA 4FOIA 4CHQA 4KHWA 2GBZA 1QHAA 1GLAG 3T1YK 5CY4A 1HKCA 1S3XA 4GNIA 2IVNA 2F7TA 3IS9A 2P9LA 1G15A 2LSNA 2O8BA 3HXMA 1VK0A 4FCYA 1QE1A 3NF8A 4Z4FA 1IBMK 1BA1A 3QNNA 5AQRA 4DTMA 3TSQA 4JV5K 5BRFA 3SPYA 4CF1A 3CC4N 1D8YA 5AQUA 1D9DA 5ADXH 2QXFA 2VGMA 4CZEA 3LP2A 4ILGB 4DR2K 3OHRA 1BI4A 4YORA 2KZMA 4F9OA 3BGRA 2AA4A 3DXKB 4A5BA 3MWTA 2Q31A 1CZ9A 4CK2A 3HSTB 3CJBA 4U7BA 4BRNA 3PV8A 3V81A 1HNZK 3CFRA 4DTXA 3L4QA 3TTFA 2HMIA 3KWGA 3K5MA 1EWQA 2IOCA 3H6EA 3HI0A 1C1BA 4QAGA 2F8SA 4KKOA 3QETA 4E7JA 2FLOA 4FPBA 3VN5A 3HM9A 1SKWA 3HTVA 3AA2A 4MLEA 1JLFA 3QLHA 3THXA 3CCRN 2OPSA 2E88A 2YNHA 2D0OA 3OYNA 1BI4B 3QDKA 4JI1K 1T6DA 3SUPA 2D0CA 2P5GA 3QEPA 3TANA 3H3NO 1N5YA 4CJ4A 1GOCA 4NB4A 2D0BA 3AO1A 1TL1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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