4CF9A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cf9A00
1XHZA 4FK2A 1DLOA 2IAJA 3QEIA 3C6TA 1QTMA 4B9NA 1VSJA 1HMVA 3L2WA 4FM1A 4ZTJA 4FJ5A 2HHTA 4FK0A 1YVUA 4DTJA 1F21A 4O55A 1U4BA 2XHBA 4B9UA 4CGDA 3AVIA 3K5LA 3TWHA 2HVIA 1QSLA 3NF7A 1Q9YA 3OVNA 4KHQA 4PUOA 4M3XA 1ZBUA 3RMBA 5J2QA 1DTQA 3OYCA 5HRRA 1O1WA 1LW2A 1HYZA 4CJLA 1IO2A 2DFHA 3HP9A 3AVAA 1SL2A 4FJGA 2FBYA 3KK3A 4HUGA 4FVMA 5KTQA 3JSMA 3PX6A 1NK4A 5FRNA 3DM2A 3ISNC 1JXBA 1IKXA 2OPRA 3QNNA 4K8XA 4FLWA 4KHNA 2P1JA 4Q0BA 2GBZA 3SZ2A 3HP6A 4XIUA 4DTOA 3QEXA 3DLGA 1KSPA 4DU1A 3ZCMA 2KZZA 4CGHA 1RBVA 4E1NA 1NK9A 1LWFA 4RW9A 1QS4A 3VQCA 2JGUA 3DLHA 1JLAA 1WSJA 2BDPA 4ELVA 1BI4B 1HQUA 4OVLA 3K57A 4CIGA 3RTVA 4B9MA 4KB0A 3C95A 4FJIA 3MEDA 3K5NA 2P5GA 4FJHA 3CM6A 5SZTA 2EX3A 2YKNA 4LSLA 2JLEA 1VSHA 1A5XA 1JLGA 2ZE2A 4CJQA 2YV0X 3OS2A 3LALA 4BE2A 4E7JA 3RRHA 4KHUA 3HO1A 1RTJA 1RT4A 4CK2A 3OS0A 4CFCA 3ZSZA 4PWDA 5SWMA 3OYJA 3TAFA 5HP1A 4ZTFA 4E7KA 1XC9A 4KPYA 4DG1A 1D9DA 3QNOA 4QCLA 3U3YA 3K5MA 3LAKA 3CM5A 3OYIA 4O0JA 4NYFA 3VQ6A 2G8UA 3ZT3A 4KHYA 2YNHA 3QO9A 1S1WA 3MXJA 3TR8A 4B9TA 3HJFA 4ELTA 4E3SA 3K58A 4E0DA 4M3UA 1Y97A 4AHCA 2AJQA 3NH0A 3DRPA 4DF4A 3SQ1A 3VQBA 5CY4A 1TKTA 1NKBA 1VSLA 1ASVA 3NGIA 1B9DA 2Z1GA 2VG7A 4CHZA 4E19A 4E1MA 3QERA 3KJVA 2OZMA 1NK0A 4FZZA 5CYMA 1J9AA 2G8KA 2BANA 4I2QA 4E7HA 3S3OA 4O4GA 4DQIA 1RT5A 1S1UA 1J53A 4CEOA 1T7PA 5EU7A 4GMJB 1WN7A 2X78A 1RT6A 2X74A 1RT1A 2YNIA 3HVTA 4O44A 1EKEA 3LP3A 4Y1DA 3VQAA 4CGGA 4CEZA 2Y1JA 5JS2A 4FJ9A 3VA0A 1NJXA 3LPTA 4B9SA 3KD1E 4CGFA 3OYKA 1VSKA 4DFPA 4DU4A 3PX4A 3ZT1A 3HPOA 4CIFA 4KAZA 2VWKA 1TAUA 4Y1CA 3CYMA 3PV8A 2YHAA 2GV9A 2KFNA 4AHRA 4DS5A 4M45A 3C94A 2VWJA 4FZXC 4IKFA 5KRSA 4OPJA 3SNNA 2P5OA 1L3VA 1BL3A 5FDLA 4FK4A 4JS5A 3KKRA 4FJXA 2DY4A 3DLRA 3OYHA 3K59A 3AO2A 5HLFA 1VSIA 4B3OA 3L2QA 3CFRA 2YNGA 5HBMA 4BACA 3PO5A 4B9VA 2OZSA 3HM9A 1NOZA 4CGJA 1RILA 1SL0A 1CZBA 4WE1A 1L3SA 5CYQA 2Y1IA 4CF0A 1XWLA 4HUFA 4DQRA 3P1GA 4UQGA 2IC3A 2IOCA 3VQPA 4FW2A 3V1OA 4Z0UA 3S3NA 4C8OA 2IDOA 1QQCA 2Z1IA 4ZHRA 1NK7A 3AVHA 3KD5E 2BGGA 1BCOA 4GW6A 3ZSWA 4O0IA 3NAEA 4KTWA 4OGEA 5K14A 1SKSA 1RDBA 3NGYA 3PY8A 1S9EA 4KB1A 4FJ8A 1X9SA 3O4QA 1WSFA 1JLEA 3LP1A 3TABA 4R5PA 1SUQA 5J1EA 2HVHA 4DSJA 3LP0A 2B4JA 1KVAA 1BGXT 3OY9A 5KGWA 2XRIA 1EP4A 5DK5A 3AO5A 2PYJA 1MU2A 4FLZA 5D3GA 1NK6A 1FKPA 1U04A 4N56A 4NCGA 3LZIA 3KLGA 4RW4A 3ZSXA 3L8BA 2D0BA 4FM0A 4M3TA 3QETA 1C6VA 1LW0A 2VG6A 1U45A 1CXUA 3NBPA 3CFPA 1X9MA 4W5NA 3DLEA 4BDZA 4N5SA 1S6QA 3C6UA 3NCIA 1CZ9A 2OPQA 4PA1A 1FK9A 3OYNA 3OYBA 3K5OA 3S3MA 4Z4EA 3AO3A 3JYTA 1ASUA 2PYLA 4FJNA 1NKCA 4K8ZA 2F8TA 3O3FA 3EY1A 3S9HA 1W0HA 1REVA 4CESA 1JXEA 3SUPA 3F73A 1L3UA 3AO1A 3MECA 3F9KA 3OYGA 3NDKA 3V9SA 1KTQA 1LV5A 4LY7A 2RF2A 3V1RA 1NOYA 3RR7A 1WNSA 2HHSA 4LSNA 3T19A 4DTRA 4C8LA 4HTUA 2OA8A 4H4OA 1JLBA 3ZSOA 3M8RA 1LAVA 3SPZA 3I8DA 3B6PA 4DSEA 3P5JA 4H8KA 1TKDA 1RBTA 4MQ3A 4FLYA 4CFAA 5DMRA 1IKYA 4CF8A 1RT2A 2YNFA 1JL1A 4DSLA 3ZSQA 4CJ3A 2X6SA 2WONA 4AHSA 1XHXA 3AVLA 3KLEA 4YNQA 1JLFA 1RDCA 1S1XA 4DTNA 3DYAA 3HXMA 4CJKA 3B6OA 2VG5A 1KLNA 1HQEA 1WSGA 1HNIA 4FM2A 1KVCA 2R7YA 3DLBA 1NKEA 3KKSA 1TKZA 1GOBA 3LANA 4HUEA 3V6DA 2D0CA 2XY8A 4IDKA 4KV8A 2ZQBA 3ZT4A 1C0MA 1QHTA 1DTTA 3E01A 1TKXA 4AH9A 1ITGA 4Q5VA 5HROA 1GOCA 3V9UA 3FFIA 3KIOA 3VN5A 1TK5A 3BGRA 2OYQA 5JS1A 1C1CA 4CEAA 2BE2A 4IG0A 3TARA 4ICLA 3OJSA 1LWCA 4CEBA 2IGIA 3KK2A 3TANA 2ETJA 1ASWA 3OS1A 4FCYA 4DWIA 3NF9A 3KLIA 4I2PA 2YHBA 5CZ2A 3SQ4A 3HL8A 4BWJA 5KGXA 3HT3A 4DSIA 4OJRA 1TV6A 4M3YA 4B8AB 3HPHA 4OKEA 1T05A 3AA4A 1TL1A 1VK0A 4E7IA 3L3VA 4OLBA 4C8MA 3AVMA 1TL3A 3LDSA 1JKHA 1U49A 4KHWA 2G8VA 3IAYA 1RBRA 3D45A 1TK0A 1CXQA 1W9HA 2RPIA 3VQ8A 1QSYA 3AVJA 4J2EA 4J2AA 3IG1A 1WSHA 3RWUA 2OPSA 3V9ZA 3HVRA 4CF9A 3SQ0A 1CLQA 1NJWA 1Z25A 4DS4A 1RT3A 2HNZA 4JRPA 4MFBA 1D8YA 3DOLA 2XY7A 3OYMA 2DTUA 4IBNA 4ID5A 2FBTA 3AVCA 5J2MA 4QOZB 4CHPA 3U6FA 3L3UA 4AHTA 2I5JA 1EX4A 3H08A 3WNHA 2Q3SA 3I0SA 3VQDA 4W5TA 4CEQA 2PZSA 2Z1HA 4F2SA 4CJEA 4CJSA 4BDYA 4IFYA 1EXQA 1IKWA 4DQQA 2PY5A 1YTUA 1RTHA 1G15A 1A5WA 1ZBFA 3AA3A 2G8IA 3LP2A 2WOMA 4CHOA 4OPKA 5KRTA 1KFSA 3TAMA 5J2PA 5C42A 4YFUA 3CQ8A 3RMDA 3EZ5A 1HYSA 2QXFA 1S9GA 4DSKA 1RNHA 2FBVA 4H4MA 2A1RA 3BDPA 4F3OA 3V4IA 4AHUA 1ZBIA 3AVBA 4KKOA 1N6QA 4DTXA 3SUOA 5CZ1A 4CJ5A 3D0PA 4KI4A 2O4IA 1JLCA 4JRQA 1B9FA 1U48A 1BIZA 4CEEA 2A1SA 3LZJA 4LD0A 3TAPA 3NE6A 5I42A 1L5UA 2RN2A 2HNYA 3KLHA 1IH7A 4CJTA 4B08A 1ZBLA 3QIOA 3V9XA 1JLQA 4I9LA 1C0TA 4EZ6A 4FJLA 4RG8A 3ZSVA 4DTUA 2DFFA 1Q8IA 1FXXA 4DFJA 4CHQA 4BDPA 1WSIA 1X9WA 2XY6A 1BISA 1UA1A 3SPYA 4KI6A 3I0RA 3LAMA 2HHWA 1BHLA 5E41A 1N5YA 4Z4HA 3QLHA 1KCFA 4CJFA 3NH2A 3MXMA 4F4KA 4Z4GA 4N76A 1QE1A 3M8QA 2Z1JA 5C25A 3SV4A 1RBUA 1NK8A 1I3AA 4DSFA 1HYVA 3T3FA 4PY5A 2QKKA 3AA2A 4GVMA 3DRRA 4CCHA 3MEGA 5T7BA 2E6LA 1UAXA 3K2PA 3PUFA 1RDDA 1SKRA 1T8EA 4AILC 3NFAA 4CIEA 4DFMA 1C1BA 1S5JA 5KI6A 2HHXA 3VQQA 3TAQA 4C8KA 2G8HA 1ZBHA 3AVKA 2QKBA 3TAEA 3LPUA 4FJKA 3AA5X 1RTIA 4OGCA 4CERA 4CK3A 1KLMA 4FW1A 4CJUA 2ZD1A 3OYFA 5FRMA 2HW3A 4DMNA 4CE9A 2XY5A 1ZYQA 3OYAA 4IFVA 5HRSA 1Q9XA 2F96A 3ZSYA 1B92A 1NJZA 3M8SA 3V9WA 1NJYA 1J54A 1VSEA 1U47A 2NUBA 4DFKA 2E4LA 3QESA 1TGOA 3SUQA 4N47A 4RW7A 1TAQA 2D5RA 3O3GA 3O3HA 4IG3A 1C0UA 3KTQA 1BQNA 3AVNA 4M41A 3RMCA 2OPPA 3WNFA 4ELUA 1TVRA 4C8NA 4F3TA 3SV3A 2FBXA 2ITGA 2W42A 3SJJA 4BE0A 3VA3A 3NH1A 1QSSA 1X1PA 4NYNA 4M3RA 3SQ2A 3P83D 4DTPA 1XI1A 4J2DA 2YKMA 4W5OA 1KVBA 3DI6A 3DOKA 1LWEA 2KFZA 4CGIA 4FLTA 1HPZA 4DQSA 2GUIA 4BWMA 3TI0A 3OYDA 1J5OA 3G10A 3OYLA 1D9FA 1S1TA 4KREA 4FJ7A 1UOCA 4DU3A 4DTSA 3HSTB 4G1QA 2O4GA 3QINA 3A2FA 3ZT2A 3CFOA 4CJVA 1A5VA 4Z4CA 3V81A 1KRPA 3ZSRA 4KTQA 4KHSA 3SI6A 3HK2A 3OJUA 3QEWA 2HMIA 3T1AA 1BCMA 1K6YA 4B8CA 1SKWA 4DQPA 5C24A 2HB5A 4HCCA 4N41A 3RMAA 3TAGA 1D5AA 3RR8A 4F2RA 4I7FA 4HCBA 3V1QA 3VQ7A 4CEDA 1VSFA 2G8WA 3CG7A 1YTAA 4LH5A 3ZT0A 2LSNA 4M42A 4EZ9A 3IS9A 4CJWA 5I3UA 1WSEA 2EHGA 4KO0A 4NCAA 3QEPA 1RBSA 4KTZA 3L2RA 3NHGA 3NF8A 4W5RA 4FLXA 2X6NA 4FJJA 4LH4A 1BI4A 3MEEA 3L2UA 4J2BA 4EP5A 2P51A 4M3ZA 3VQEA 4CFBA 1HNVA 3VQ9A 3G0ZA 3VQ4A 3AV9A 4Z4IA 1IG9A 4CFDA 4CJPA 1RCHA 4CJRA 4JS4A 4L8RB 3NGZA 3RRGA 1VRUA 2IS3A 3WNEA 4CHNA 3LWLA 3O4NA 1VSMA 4FXDA 1EETA 1S1VA 2B5JA 3KLFA 4Z4FA 2XO7A 3AVFA 3OYEA 2KTQA 1Z26A 2HHVA 1TK8A 2ATQA 3SUNA 4RW6A 1HJRA 2HHUA 4KRFA 1UWBA 4JLHA 4DTMA 1UA0A 3UIQA 3M8PA 4DLGA 4CJ4A 4QAGA 3WNGA 3U3GA 3SYZA 2QK9A 4E89A 4OKJA 3PX0A 3AVGA 1KFDA 4EP4A 1RTDA 3KK1A 5J2NA 3MXIA 2DFEA 3VQ5A 2F8SA 4CHYA 3QEVA 2HNDA 1VSDA 3NF6A 4FLVA 3SCXA 4KFBA 1BQMA 1RT7A 3ALYA 1T03A 2KW4A 4TSXA 1WAFA 1NK5A 1SL1A 2KZMA 3IRXA 2E6MA 3L2VA 4B9LA 3AO4A 2HHQA 1JL2A 3DRSA 5HRPA 1S6PA 1RDAA 1YT3A 2B6AA 3DMJA 4PQUA 4CK1A 5HRNA 3MAQA 1SV5A 4E7LA 1C1AA 5FROA 3THVA 1R0AA 4FZYA 1WLJA 4HVJA 4OKKA 4O5BA 3ITHA 1HRHA 1VRTA 1L3TA 2G8FA 1GOAA 3ULDA 4AHVA 4CF1A 1I39A 2KQ2A 4CEFA 1LAWA 3QIPA 2D0AA 4W5QA 3DLKA 4FJMA 4F8RA 4CF2A 4BE1A 3PO4A 2RKIA 4FLUA 1IKVA 4DF8A 4HHTA 4DLEA 3HPGA 4NCBA 1WAJA 4ID1A 4M3WA 3ASMA 4RW8A 1FKOA 2FC0A 1BIUA 3HYFA 3EYZA 4OLAA 4FYDA 3LWMA 4CECA 4I9QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FSNA 3EEQA 4FSVA 1QTMA 4IWVA 4BC2A 3L2WA 3P31A 4FJ5A 4FK0A 4O55A 1SQKA 4B9UA 1VQ9N 2J4RA 3K5LA 4KHQA 1YIJN 1KC8O 5J2QA 4IFEA 1HYZA 4JHDA 1GLJO 3D6RA 2P9UB 3ENHA 4FVMA 5FRNA 3DM2A 1XMQK 2OPRA 4YORA 4K8XA 3O9UA 2GBZA 1JCFA 2VQEK 3ZCMA 4YDUC 2I7NA 4CGHA 1NK9A 3R8EA 4K42A 1QS4A 3KZBA 1WSJA 1BI4B 4OVLA 3M5RA 3LDQA 1RFQA 3MEDA 2P5GA 5SZTA 4LSLA 3HBTA 2JLEA 4PL8A 1IV0A 4CZKA 5GINA 2ZE2A 3RRHA 3LALA 2UUBK 2NRTA 1RTJA 2ASMA 3IFRA 3OS0A 4CFCA 3TAFA 3VPZA 4ZTFA 1D9DA 3P39A 2P9PA 3VEXA 3LDPA 2AJQA 1Y97A 2W6LA 4AHCA 3CI5A 3SQ1A 3VQBA 4LF5K 1TKTA 1NKBA 3DWLA 1JJ2M 4E1MA 3DXKA 2ZJRL 2BH1A 2NRXA 5CYMA 1J9AA 2G8KA 4E7HA 3S3OA 4DQIA 2P9IB 5LJWA 1J53A 5F0XA 4GV6A 1WN7A 3ZSYA 2X74A 4FLXA 4CGGA 3LP3A 3BF1A 4JKHA 1TYQB 3R9PA 1HNWK 4DFPA 4DU4A 3T1HK 3ATUA 4KAZA 2VWKA 2KFNA 4H5TA 4M45A 4FZXC 3A5LC 4OPJA 1NLVA 1QQMA 3I56N 1BL3A 5FDLA 3CMAN 3SAGA 2YHYA 4JKDA 5HBMA 1VQPN 3HM9A 4IOAL 4CF0A 4HUFA 3CCQN 2IC3A 3DAWA 2YJEA 1K8KA 4H0VB 4KH4A 3S3NA 3OHRA 2Z1IA 4BRNA 4O0IA 4KTWA 4OGEA 4XH4A 3PY8A 3NGYA 1S9EA 2HOEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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