4CFAA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfaA00
3TR8A 4CJLA 4Y1CA 1BIZA 1KLNA 4Z4IA 1B92A 4CEDA 1JLGA 3KLHA 2BDPA 3QNNA 1NJXA 3DLHA 4B9MA 3HSTB 4I9LA 5EU7A 1EETA 3V9WA 3V1QA 3QLHA 3OY9A 3CG7A 3LP2A 4Z4GA 4M42A 3JSMA 1WN7A 4Z4CA 3OVNA 3ZT1A 2KZZA 3OYEA 3BGRA 1L3SA 3I8DA 1C0TA 4FLXA 4DQRA 1J5OA 1CZBA 4YNQA 2X6NA 4CFAA 1BISA 2GBZA 3HVTA 4EZ9A 1VRUA 1EP4A 4C8MA 4DQIA 4CF1A 1WSIA 3DRRA 1IKYA 1NK8A 3HK2A 1B9FA 1EX4A 1Q8IA 1YVUA 4AHVA 4HTUA 3ZT4A 3TWHA 1BCMA 2RN2A 4MFBA 4CEZA 2ATQA 3CFPA 4DQQA 4AILC 4FZYA 4H4OA 3ZSYA 1VSMA 4E7IA 1C1BA 1U47A 5HRNA 1XHXA 3JYTA 5HP1A 3NBPA 5FRMA 3NF8A 5HBMA 2P5GA 1UWBA 1TGOA 2KTQA 1VK0A 1X9SA 4DF4A 1Y97A 3L2UA 1QS4A 3NHGA 3L2RA 3CYMA 2F96A 1HMVA 4O4GA 1HJRA 3L2WA 4DU3A 3TABA 1SKWA 4E19A 3VQ6A 4KHUA 4CJEA 1HQUA 4O55A 1VRTA 4BE0A 1U4BA 3CM5A 1RBVA 3OYLA 1U04A 4FM0A 1RDBA 4LH4A 3MAQA 4KRFA 1F21A 3MEGA 4B08A 4CFCA 4M3TA 4OLBA 1SKSA 1TKZA 1JXEA 4OKKA 3ALYA 3ITHA 5E41A 1N6QA 1D5AA 3P5JA 3LWLA 3PX0A 4N76A 4FJ8A 3KTQA 1LAWA 3SCXA 1IKWA 2FBTA 3HPGA 5KGXA 4W5RA 1XWLA 3KK1A 3EZ5A 2XY6A 1SL0A 4CESA 4KV8A 3DYAA 3V6DA 3OYJA 1JLQA 4Q5VA 1EXQA 1IKXA 4FM2A 2HMIA 4CCHA 3OYIA 4CIFA 3ULDA 3C6UA 4GW6A 5KTQA 4DU4A 3V1RA 5HLFA 1NK4A 4YFUA 4IDKA 3VQPA 2I5JA 4Q0BA 1NK6A 3ZSVA 3PO5A 5CYQA 4KI6A 1UOCA 2BANA 4FCYA 2PZSA 3NF9A 4CHQA 3CFRA 2AJQA 3O4QA 4DTOA 3RMBA 3QEPA 4B9TA 3C94A 4CJSA 3V4IA 4FJXA 4Z4FA 1DTQA 1KFDA 3LPUA 4M41A 2F8SA 4CJKA 1WNSA 5C25A 3AA5X 3VQ8A 3ZSWA 2G8WA 1KRPA 4J2EA 3PY8A 1YTUA 3VQCA 5FROA 1J9AA 5CZ1A 3OS1A 3LALA 4NCBA 3NF6A 3ZSRA 4B8AB 3KJVA 2WOMA 4PQUA 2OPPA 1Q9YA 5HROA 4F2SA 4CK3A 4MQ3A 3NAEA 2IAJA 2IGIA 3VA3A 1TAQA 1NOYA 4F8RA 5KRSA 4OPKA 1LV5A 2JLEA 4DMNA 4IBNA 3RMCA 4JS4A 1I3AA 1RTHA 2WONA 2RKIA 3HP9A 3NFAA 4OKEA 5JS2A 3IS9A 2YNGA 4CHOA 3OYDA 4DQSA 4Z4EA 1X1PA 3CFOA 4CE9A 4E7KA 1D8YA 3NF7A 4CGHA 3KK2A 4DWIA 4RW7A 1U49A 4B9SA 3KKRA 4DF8A 4DSLA 3AVKA 1BL3A 1S1XA 3QIOA 2IC3A 2ZD1A 3KLIA 1YTAA 5HRRA 1WSEA 4FJMA 3LPTA 1S1VA 5C24A 4LD0A 1VSLA 4CJQA 1JLEA 3E01A 4H4MA 4DTMA 3TANA 2G8KA 3LP3A 4F4KA 1TAUA 5FDLA 4NCAA 5HRPA 1QSSA 2E4LA 2YKMA 2Z1GA 4IFVA 4KFBA 4FZZA 3ZSQA 3TAFA 4DG1A 1CZ9A 3KLFA 1UAXA 4FYDA 3TAPA 2IS3A 4CEFA 3VQAA 3SUNA 2G8UA 4AHRA 1RTJA 3HP6A 3BDPA 1QHTA 4BWMA 3KD1E 3RR8A 1T8EA 1QE1A 1LWFA 1U45A 4KHQA 4FM1A 3K57A 2JGUA 2EHGA 4KTZA 4FVMA 4I2QA 3PX4A 3SV4A 4M3XA 4CERA 4DTPA 2HHQA 1BI4B 4DTXA 1LWCA 1TKTA 3RMDA 4N47A 3OYCA 4LSNA 4DSKA 3THVA 4ELUA 1RILA 4CFDA 4LH5A 1SL1A 3OJSA 4F3OA 1JLFA 3V9XA 3S3MA 1S9GA 4B3OA 2P5OA 1JXBA 1VSDA 3LP1A 4CGDA 3QEIA 3QERA 4KB1A 2Z1IA 4DTJA 2KQ2A 5CZ2A 4CJFA 1K6YA 3OYHA 3K5LA 3VQBA 3VQEA 4CHYA 4J2AA 4CF9A 1HRHA 2G8HA 1A5WA 1WAJA 3PX6A 1C0MA 3M8PA 2Z1HA 3NH1A 4FLZA 4W5QA 4J2DA 4PY5A 4OKJA 3V9ZA 3O3FA 1J53A 4BWJA 4B8CA 3SQ2A 4Y1DA 4FW1A 3NH0A 3HXMA 2PYLA 4JLHA 4IFYA 3VQDA 1RT4A 4W5TA 4E7JA 4B9UA 2D0CA 2P1JA 1RNHA 4B9LA 4N41A 3F9KA 3U6FA 4M3UA 4N56A 3L2QA 1ITGA 3AA3A 3WNEA 4KHSA 4W5NA 3DMJA 4CJWA 4KTWA 3OYFA 2Z1JA 2A1RA 4FW2A 5KGWA 2O4IA 1BGXT 4OJRA 4E7LA 3NH2A 1ZYQA 2KFZA 4CJVA 2XO7A 2RPIA 2X74A 1S5JA 3AA2A 3K5OA 1S6QA 4M45A 4CJPA 3AVIA 4DSFA 1KLMA 4H8KA 3HPOA 5D3GA 1REVA 3ZT2A 3OS2A 3EY1A 3QESA 3LAKA 4NYFA 4O0IA 3VA0A 3T1AA 4I7FA 3SPZA 4E0DA 3K2PA 5J2MA 4Z4HA 4CFBA 4AHSA 1ZBLA 2W42A 4ELTA 3SUQA 4DQPA 4KPYA 1HNIA 4CJ3A 1D9FA 2NUBA 2QXFA 3OS0A 3D0PA 4PWDA 1CLQA 1VSFA 4HUEA 4FLVA 1XC9A 4K8XA 3SV3A 2OA8A 2YHAA 1NJZA 4I9QA 1NJYA 3EYZA 3TARA 3IRXA 1WLJA 4HCCA 1NJWA 3V9UA 1WSGA 2G8VA 1W9HA 2QKBA 4CECA 4E1NA 2ITGA 4O0JA 3DOKA 4RW4A 4FLWA 3RRGA 4OVLA 3WNGA 1JL2A 4FLYA 2G8IA 2HNYA 4ICLA 4CEQA 3K5MA 5T7BA 4HHTA 1N5YA 4FJGA 3OJUA 1XI1A 3MECA 4DS5A 4J2BA 1L3TA 2G8FA 1JL1A 4CGIA 1TL1A 3I0SA 3AVLA 2XRIA 1ASVA 3UIQA 1S1WA 1IH7A 3QEXA 3ZSZA 4C8OA 3P83D 1WSJA 4WE1A 5DMRA 1JLCA 4KO0A 4CF2A 3C95A 3O3GA 3KK3A 4FJJA 2GV9A 2VG7A 3TAMA 3HO1A 3A2FA 5KI6A 1S9EA 4QCLA 1HYSA 4BE2A 2XY5A 1KVAA 2B6AA 2HNDA 4DSEA 4FJ9A 2HVIA 1FK9A 3RMAA 4CJ4A 1Z26A 3AVGA 2IDOA 3MXJA 3PUFA 3WNFA 4W5OA 3PV8A 1X9WA 3AO5A 4KREA 3LWMA 5HRSA 3SUPA 2EX3A 1IKVA 4NYNA 3G0ZA 4C8NA 2KZMA 1ZBFA 4BE1A 4DTSA 3RRHA 4JRPA 3KIOA 1BI4A 3P1GA 3LDSA 3V1OA 3AVJA 4KHWA 3ZSXA 4FJKA 4LY7A 4HCBA 1SKRA 3TAEA 3SI6A 2HHVA 4EZ6A 3DOLA 4PA1A 4CJ5A 4JS5A 2LSNA 1T03A 4DSJA 3AO4A 3CM6A 3LANA 1WSHA 2XY7A 1RT1A 1QQCA 2OPSA 1RBUA 1VSKA 3G10A 3ZT0A 4CHZA 1QSYA 5FRNA 4FJHA 1JLBA 4HUFA 2D0AA 1J54A 1TKDA 3CQ8A 3O3HA 2VWKA 1GOCA 4ID1A 2KW4A 3DLEA 3OYGA 1G15A 3RWUA 4L8RB 1Z25A 4CEAA 1EKEA 1A5XA 1KVCA 5SZTA 5J2NA 4QOZB 5JS1A 1RDAA 2FBVA 2OPRA 3DLBA 1L3VA 3RR7A 3SJJA 4G1QA 4KKOA 3TAGA 2OZMA 1L5UA 4FJ7A 2RF2A 3T3FA 3HYFA 3VQ9A 1BIUA 3NCIA 2ZQBA 1YT3A 3LAMA 3NE6A 4F3TA 4CIEA 4BACA 3AVFA 4F2RA 2ZE2A 4LSLA 3NDKA 2Y1JA 4CHPA 4ID5A 2YNIA 1RBTA 4NCGA 1VSEA 3SQ4A 3SQ1A 4ELVA 3HM9A 4M3ZA 3AO1A 2KFNA 1WSFA 4CHNA 3OYKA 4JRQA 4CGGA 1VSJA 4RW8A 3ZT3A 2VWJA 3KKSA 3KLEA 4FLUA 3VQ4A 3NGZA 2QKKA 1S1TA 2E6LA 3LP0A 2F8TA 3HJFA 4XIUA 4ZTJA 3H08A 2D5RA 1SUQA 2DFFA 1MU2A 5CYMA 4AH9A 3DM2A 4QAGA 3AVMA 4CJTA 4IG0A 4FLTA 2DFHA 3L8BA 1NK0A 4FJIA 4DU1A 1TL3A 4DFKA 5SWMA 2OYQA 1LW0A 1HYZA 2XHBA 1FKPA 2D0BA 2X6SA 4R5PA 4M3YA 1RBRA 1GOAA 3B6OA 3DRSA 4GVMA 4DS4A 3ASMA 4TSXA 4CK1A 3TI0A 5J1EA 4CEEA 2PY5A 3O4NA 4AHTA 4BDYA 4KTQA 1BQMA 2BE2A 4B9VA 5I3UA 3ISNC 4Z0UA 1IG9A 1QSLA 2YNFA 1HNVA 3HT3A 3K58A 4DFPA 2OPQA 4RG8A 1T05A 1KFSA 1VSHA 3AVCA 5J2PA 4FZXC 4KHYA 4RW6A 4FJLA 1DLOA 3IAYA 3QEWA 3RTVA 3L3VA 5KRTA 1X9MA 4KHNA 2DY4A 3L3UA 4E1MA 1NOZA 3K59A 2B5JA 3TAQA 4E7HA 1ASWA 3DLGA 1NK9A 1C6VA 2Y1IA 3AVHA 3QETA 1RDCA 3MEDA 2HVHA 1CXQA 1SV5A 3HL8A 4FK0A 1LW2A 4M3WA 3SQ0A 2HHUA 1RTDA 4B9NA 4DFJA 1HYVA 3OYMA 4EP5A 4DFMA 3V81A 1UA0A 2X78A 4CK2A 3S9HA 2QK9A 3MXMA 1R0AA 4C8LA 4HUGA 5K14A 3ZSOA 3MXIA 3I0RA 4CF8A 1RT5A 3S3NA 5DK5A 3QO9A 1UA1A 2IOCA 1RT6A 1LAVA 5I42A 1SL2A 4O44A 4CIGA 4ZTFA 4OPJA 4AHUA 4FJNA 4KB0A 1TK0A 2Q3SA 3V9SA 1RTIA 1FKOA 2FBXA 1NKCA 2A1SA 1TV6A 1KSPA 1LWEA 4DLGA 4N5SA 2PYJA 4KI4A 3VN5A 1C0UA 1GOBA 1C1AA 3FFIA 3OYBA 3S3OA 2O4GA 1Q9XA 1KTQA 1RT2A 4BDPA 4DSIA 1TK8A 4O5BA 4CEOA 2FBYA 2VG5A 3IG1A 4EP4A 2BGGA 3L2VA 4PUOA 2E6MA 4IG3A 3KD5E 1RDDA 1C1CA 2R7YA 4M3RA 2HHWA 3HPHA 3U3YA 2HB5A 4AHCA 3M8SA 1S1UA 3SZ2A 4CJUA 1TK5A 2HHSA 1B9DA 1VSIA 3OYNA 1TVRA 4IKFA 3AVNA 3DRPA 3U3GA 4ZHRA 4KAZA 3QINA 4FXDA 3OYAA 4E89A 3KLGA 4CF0A 3F73A 2XY8A 4CGJA 3ZCMA 4I2PA 1W0HA 1NKBA 3DI6A 2DFEA 3AA4A 3D45A 1NKEA 4OGEA 3LZIA 3AV9A 3VQ7A 1QTMA 3VQ5A 4RW9A 1CXUA 2P51A 2YNHA 1O1WA 1S6PA 1TKXA 1IO2A 3WNHA 3NGIA 3DLKA 5J2QA 1RBSA 3HVRA 1HQEA 5CY4A 1RT3A 1ZBUA 4BDZA 3QNOA 4FK2A 2DTUA 1KCFA 1HPZA 4K8ZA 3AO2A 4UQGA 4CEBA 1L3UA 4OGCA 3AO3A 2HNZA 2B4JA 3SNNA 3NGYA 4DTRA 3T19A 4CGFA 1D9DA 4DTNA 2VG6A 2FC0A 1KVBA 2OZSA 2YV0X 3B6PA 2YKNA 4DTUA 1NK7A 2YHBA 3M8RA 1BCOA 1T7PA 1U48A 3K5NA 3PO4A 1BHLA 3SUOA 3QIPA 3QEVA 1A5VA 3MEEA 1XHZA 1I39A 2HHXA 4GMJB 5C42A 3M8QA 3LZJA 4C8KA 3VQQA 4FK4A 1NK5A 1BQNA 1ZBHA 4HVJA 1WAFA 4CJRA 3AVAA 4E3SA 4FJ5A 1DTTA 1RT7A 4DLEA 2HW3A 1RCHA 1JLAA 2GUIA 2HHTA 1FXXA 1ASUA 3C6TA 1JKHA 2ETJA 3SPYA 3DLRA 1ZBIA 4OLAA 3AVBA 3SYZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C1NI 1BIZA 3QNNA 3SJHA 3HSTB 3ULEB 4DR3K 1EETA 5AZIB 4B1YB 3CG7A 3H3OB 2E20A 1WN7A 3RVCA 3OVNA 3R1XA 4ILJA 5F1XA 4YNQA 2UU9K 1BISA 4EZ9A 1VRUA 1IBLK 2F7TA 2ASPA 3DRRA 1ATNA 2P9IB 1Q8IA 1YVUA 2P9SA 3G71N 3ZT4A 3TWHA 2RN2A 4AILC 1VSMA 1C1BA 1U47A 2FSNA 1XHXA 2VQEK 5FRMA 5AQMA 1UWBA 1VK0A 4DF4A 1Y97A 1QS4A 1BWFO 4IEEA 5LJWA 4DU3A 4E19A 2QWRA 3CERA 1HQUA 4O55A 4CI6A 1RBVA 1U04A 4BRMA 4M3TA 2GWKA 4EHUA 1N6QA 3I55N 3P5JA 4IOCL 3PX0A 2P9SB 2FBTA 1YJ9N 2IVOA 3KK1A 1SL0A 4H5RA 2UXBK 3U9DA 4KV8A 3DYAA 3C6HA 3MWPA 3CF5L 1T3VA 1LOTB 3ULDA 3C6UA 4GW6A 3HOSA 5KTQA 1NK4A 4IDKA 5JICA 5C10A 3LDOA 3ZSVA 2VWBA 4FCYA 2PZSA 4DR4K 3CFRA 4DTOA 4IFEA 3JS6A 5AQQA 5M1PA 4K43A 4B9TA 1DTQA 1KFDA 1KRPA 5A2QO 4J2EA 4M7XA 1Q82O 1YTUA 3C7NA 3O80A 3LALA 3ZSRA 3GL1A 4B1UB 3G4SN 1P90A 3E9LA 2O8EA 1HNWK 4F8RA 4OPKA 4K42A 3OYDA 4Z4EA 4MLHA 1X1PA 4ISEA 4DWIA 1U49A 2E1YA 5F0XA 1BL3A 1S1XA 4JKBA 1OVQA 2IC3A 3BZKA 2ZD1A 3HZ6A 5HRRA 1WSEA 3C7NB 4FVUA 3LPTA 1TUYA 1VSLA 3TANA 4F4KA 5FDLA 3HRGA 4NCAA 5HRPA 4U67L 2E4LA 2YKMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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