4CFBA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI2 (78-81)TI1 (57-60)S3 (83-89)S2 (71-78)AH1 (94-106)AH3 (124-133)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)O1 (108-110)S1 (60-68)TI3 (79-82)TIV1 (67-70)TIV2 (89-92)S4 (112-114)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfbA00
3AO5A 3C94A 4FLTA 2Y1JA 4Y1CA 1IKVA 1KVBA 3PO4A 3QLHA 4KB0A 1U04A 1J53A 4KHNA 1W0HA 1HQEA 5JS1A 1EP4A 3VN5A 1GOCA 1X9MA 5T7BA 4EZ6A 4CFDA 4R5PA 2QKKA 2P5OA 3M8RA 3AVNA 3HL8A 1ITGA 3ZT2A 5HLFA 1Z25A 3KLEA 4CCHA 2I5JA 3AVGA 3KLIA 3QIPA 1RCHA 3DLEA 1LV5A 2HNDA 3OYAA 3L8BA 2VG5A 1RT7A 3MEEA 3OY9A 3VA3A 3DOLA 1SL0A 4KTQA 1HPZA 4FK2A 4M3UA 3NF7A 3ZSVA 4E7KA 3TABA 4FJKA 2KW4A 4F3OA 1S1VA 1D5AA 1QSSA 1QHTA 5J2QA 3C6UA 4BDZA 1XI1A 1NOYA 1ZBIA 3OYIA 5CZ2A 4KRFA 2RKIA 1S1WA 3NF6A 4RW4A 3LP2A 4M41A 3ZT4A 1BIZA 1BL3A 4HUGA 3U6FA 4KV8A 5KRTA 1NKCA 1IH7A 4IFVA 4KKOA 2VG6A 4I2QA 4L8RB 3DM2A 3OYDA 4ELTA 2D0CA 3RMCA 4FM1A 3MXIA 3NF8A 4CFCA 1TVRA 4FK4A 2X6SA 4F3TA 2BDPA 3QEIA 1KCFA 4LD0A 3HVRA 5J1EA 3HJFA 1WNSA 1LAWA 3CFOA 1JLFA 2FBYA 3V1OA 3F73A 1HMVA 1XHXA 3LWMA 3L3VA 3SZ2A 4B9VA 4NYNA 4O0JA 1EXQA 1QS4A 4W5RA 1C1BA 1U47A 3HO1A 1RDDA 1KSPA 2XHBA 2KTQA 2HHVA 4AH9A 3NH2A 4FZYA 4CHOA 2IS3A 2P51A 3LP3A 4CK2A 3PX4A 3JSMA 4DTSA 3LWLA 3QNOA 4Q0BA 1RNHA 4DSKA 1LWCA 4CGFA 4E89A 1LAVA 4FJMA 4FM2A 1IKWA 4JRQA 3QEVA 2B5JA 2X78A 4QAGA 4KHUA 5E41A 2YKMA 1EX4A 4IDKA 1VSIA 5KGWA 1BI4B 4BWMA 4OPKA 3OYJA 4CJLA 3KLHA 3QETA 2OPPA 3MEDA 3SUPA 4E1MA 1LW2A 1L3VA 3TANA 4ICLA 3TWHA 3KLGA 1YVUA 1D9DA 4C8NA 3HP9A 4CJFA 3OYGA 4N47A 3KK2A 2Z1IA 4B3OA 3KKRA 1NJWA 4FW1A 5I3UA 2XO7A 3NHGA 4FLVA 3T19A 4O5BA 4KHSA 3ZSQA 3LP0A 3B6PA 1VRTA 2F8TA 4FVMA 3L3UA 1B92A 3BDPA 1DTQA 2E4LA 4CGHA 4DMNA 3PV8A 3RMAA 4B9SA 1BGXT 3G10A 3S3MA 1RDCA 3AVKA 3PO5A 4CF1A 3DLKA 4FJJA 1L3SA 3SPZA 4ELUA 4OKKA 2WONA 4MFBA 4LSLA 4NCGA 3VQ6A 2OPSA 4IFYA 2FBTA 4W5OA 3TAQA 1CZ9A 1BISA 1S1UA 1BQNA 4E7IA 1Y97A 3LDSA 3RR8A 4KREA 1WAFA 4BE1A 1WAJA 3L2VA 3U3GA 3RR7A 3AVLA 3T1AA 4AILC 1I39A 1WSHA 1NK7A 4CK3A 2O4IA 3SJJA 3C95A 4B8AB 4I9QA 2KFNA 2Z1HA 3KIOA 1NK4A 3ZT0A 4YNQA 3VQBA 5FROA 4DFMA 1N6QA 4K8ZA 1B9FA 3TARA 4CEBA 3P1GA 1IKYA 3WNHA 5CZ1A 4ZTFA 1HQUA 3ZSOA 2D0BA 3G0ZA 4C8MA 4IKFA 3CM6A 3DMJA 3DOKA 3AVIA 4BDPA 1T03A 4KTWA 3LZJA 3I0SA 2RN2A 4TSXA 3D0PA 1VRUA 1NK9A 3L2RA 4KPYA 2DFHA 4E19A 4OVLA 1LW0A 1TL3A 3AVJA 4CEQA 3T3FA 3SUQA 4DSLA 4E3SA 1RT5A 5J2MA 4DU1A 4GMJB 4DSEA 1KVCA 3AV9A 5CY4A 1XC9A 1X9SA 5SZTA 4M3XA 2OZMA 3LZIA 1JLCA 3O4QA 4FLZA 4AHCA 4DQPA 3IAYA 4DWIA 5CYQA 4Z4FA 1VSHA 3VQ7A 4CGJA 3ASMA 1KTQA 3V1RA 4CJ3A 2FBXA 2OZSA 3H08A 3BGRA 3EZ5A 4C8KA 1WSJA 2BANA 4DQQA 4RW8A 5KTQA 1WSIA 4DTXA 3K5MA 1X1PA 2QXFA 2F8SA 3L2WA 1ZBHA 4JS4A 4B9NA 2ITGA 2IOCA 3HPOA 4FCYA 5HRRA 2FBVA 3AA4A 4Z4HA 4B9TA 2YNHA 3M8SA 4OKEA 4KTZA 1RTDA 1S5JA 4CJ5A 2P5GA 3AVCA 2KZMA 3ULDA 3V9XA 4M3WA 4M3RA 4KAZA 4DTOA 4CJRA 3KD5E 4CIEA 2HW3A 1KVAA 3OS2A 3EY1A 1HNVA 4CJSA 1RTJA 1C1CA 3O3HA 3QERA 4DQIA 1SUQA 4O55A 2ATQA 1FKOA 3MXMA 1WSEA 1XWLA 4F2RA 4CIFA 4FK0A 4JS5A 1JLGA 1TKXA 3IRXA 4CF2A 4FLXA 3DLGA 1RBVA 4HVJA 3SCXA 1TK0A 3OYMA 4Z4IA 4M45A 3OJSA 4FJGA 1NJXA 2ZD1A 4DQRA 4KFBA 3PUFA 4JRPA 2ZE2A 1WN7A 4E7JA 3VQDA 1VSEA 4CECA 4M42A 4DTRA 4IG0A 3O4NA 1X9WA 3QEXA 4CEDA 2HHXA 4KHWA 4N56A 4F8RA 1BQMA 2YNGA 2OYQA 2VWKA 3OYNA 3P83D 3DRRA 1HNIA 4W5QA 3A2FA 1Z26A 4CGIA 4B9UA 4Z4EA 2PYLA 4ZHRA 1SKSA 4CE9A 3SV4A 1D9FA 5J2NA 4DF4A 1VK0A 4DLGA 1VSDA 3EYZA 3E01A 2Z1JA 3DLBA 2G8WA 1S9GA 4Z4GA 1KRPA 1N5YA 4FJHA 3KTQA 4CFAA 1IKXA 4OGEA 4M3TA 1VSLA 5DK5A 3KK1A 2DFFA 4HHTA 4I7FA 3OYEA 3JYTA 2Y1IA 4DS5A 2W42A 4IG3A 2HHTA 1SKRA 2KFZA 3VQ5A 2G8HA 1NK0A 3SYZA 3VQ4A 5HRPA 4M3YA 1T7PA 1BI4A 3TAGA 1GOAA 2HMIA 4KHQA 3ZT3A 3AO4A 1UOCA 1QTMA 2E6MA 2EHGA 4CHNA 1BCMA 3K2PA 4CF9A 3CG7A 2LSNA 3ZT1A 4KHYA 3OYBA 2A1RA 4DG1A 2XY5A 1EKEA 4LY7A 3MEGA 4XIUA 5KRSA 5SWMA 2Z1GA 4HCCA 3TAPA 4DFKA 4DSFA 2XY7A 1C6VA 3UIQA 4RW9A 3M8PA 3V9SA 1R0AA 4DS4A 3L2QA 4LH5A 5HP1A 4N76A 3QO9A 3LP1A 2DFEA 4J2EA 1JL2A 4DTUA 4CEEA 1RDAA 3HK2A 4FJ5A 3NGZA 3OYLA 4DU3A 4OKJA 2YHBA 3HPHA 3ZSZA 3VQQA 3L2UA 4F4KA 2HHSA 3AA3A 1L5UA 1KFDA 5K14A 3CFPA 4B9MA 1RTHA 2Q3SA 4CHQA 2QKBA 3SI6A 1DTTA 4IBNA 2B4JA 1W9HA 1VSKA 4QCLA 5FRNA 3PX6A 2VG7A 1FK9A 1DLOA 3HXMA 1RBUA 2GUIA 4BDYA 2PZSA 4E0DA 2RPIA 4J2BA 4PUOA 4OPJA 3VQPA 1WSFA 4DU4A 3SUNA 2HNYA 4DSIA 4CFBA 3SQ1A 4CJVA 3QEWA 4FJ7A 1JXBA 4GVMA 3NCIA 4PA1A 3P5JA 1JL1A 2D5RA 3HPGA 3K5LA 2YV0X 4FXDA 5HBMA 2XY8A 3V6DA 3ZCMA 2G8FA 3B6OA 4G1QA 3SQ0A 1J54A 1B9DA 1S9EA 1SL2A 1Q9YA 3WNFA 1C0MA 3AVHA 2YKNA 2NUBA 2HHUA 3RRHA 4J2AA 1U49A 5FDLA 1NJYA 3NE6A 1JXEA 3QESA 4CJ4A 1VSFA 5J2PA 3NF9A 3KKSA 4O44A 1J5OA 2RF2A 4DFJA 1RT2A 1RILA 1ZBFA 3DLHA 2OPQA 4PQUA 3OYKA 1T8EA 4C8OA 2KZZA 3OS1A 4M3ZA 2YHAA 4CIGA 4HUFA 1FKPA 1WSGA 3D45A 4AHTA 3NH1A 3V81A 3TAFA 2R7YA 3LAKA 2BGGA 1A5VA 1C1AA 3OJUA 4W5NA 3KD1E 4DSJA 1L3UA 1BCOA 1U45A 1ASVA 1HJRA 3MECA 3ZSXA 3OYHA 2YNIA 2HVHA 3KLFA 4J2DA 3DI6A 4LSNA 1UA0A 4CEZA 2WOMA 1REVA 3HSTB 4CJPA 3NGYA 3ISNC 1TAUA 1VSJA 2IC3A 1BIUA 3AO3A 3V1QA 3V4IA 4CESA 3SNNA 4BE2A 2G8UA 2PY5A 2OA8A 3U3YA 5C42A 3OYCA 4LH4A 4PWDA 2X6NA 3F9KA 1QSLA 1NK5A 2IDOA 1ASWA 1IO2A 4FM0A 1SV5A 2GV9A 2FC0A 4OGCA 1Q8IA 1VSMA 1HYVA 4AHRA 3OYFA 3K57A 4BE0A 4ZTJA 1NJZA 4NCAA 3CYMA 1YTAA 1LWEA 4ELVA 2HVIA 3AVFA 1J9AA 2E6LA 4CJTA 4N41A 3S3NA 1TKDA 1UA1A 3ZSYA 3ALYA 5CYMA 4H8KA 3I8DA 4Q5VA 3AVMA 3V9ZA 5C25A 1TKZA 4E7HA 4KI4A 1RTIA 1G15A 4FJIA 3VQEA 5KI6A 4B08A 1HYZA 3QNNA 1RT6A 2KQ2A 3LANA 3SUOA 3AVBA 5DMRA 4AHSA 1S1XA 1NOZA 2JGUA 4FJLA 3TR8A 2HB5A 2IAJA 3AA5X 1S1TA 3QEPA 4BACA 1TK5A 1RDBA 3VQAA 3CFRA 3PY8A 2ZQBA 3VQCA 4CGDA 3PX0A 4FJXA 3C6TA 4DTNA 2QK9A 4C8LA 1NK8A 4I2PA 1TL1A 1UAXA 1ZBUA 2XY6A 4FYDA 5JS2A 4NYFA 1HRHA 4O4GA 1JLAA 1TV6A 1RBSA 3NDKA 3RMBA 1YT3A 4GW6A 3O3FA 4OJRA 1RT4A 3NBPA 2IGIA 2VWJA 3QIOA 4H4MA 1RBRA 1KFSA 4FZZA 3QINA 3S3OA 2PYJA 1C0UA 1TGOA 2B6AA 4KI6A 1QE1A 1NKEA 3HVTA 2GBZA 3TI0A 3RTVA 1U4BA 2F96A 3S9HA 3RWUA 1JKHA 2ETJA 3ZSRA 4FJ8A 4WE1A 2G8VA 4CF0A 4MQ3A 4F2SA 3HT3A 3AO1A 3FFIA 4CJUA 1IG9A 4HCBA 3LALA 4E1NA 3KJVA 1U48A 1O1WA 1JLEA 1YTUA 4Y1DA 4DTPA 4CEFA 2G8KA 2X74A 4JLHA 1TKTA 2HNZA 1SKWA 4FJNA 5D3GA 1CLQA 1RT1A 4EZ9A 4PY5A 3LPUA 4CJWA 1GOBA 3MXJA 3IS9A 3IG1A 4Z4CA 2D0AA 1A5XA 1JLBA 1QQCA 2HHQA 1UWBA 4FLUA 5EU7A 4RW7A 3DRPA 4CK1A 4H4OA 4W5TA 4DFPA 4NCBA 5KGXA 2YNFA 3WNGA 3K59A 3THVA 1S6PA 4FLYA 1LWFA 5I42A 4CHYA 3DYAA 3DLRA 1FXXA 4RG8A 4DTMA 1NKBA 2BE2A 1C0TA 1A5WA 3NGIA 3RMDA 3AO2A 2O4GA 4CERA 1CXQA 4CHPA 4CJEA 4EP5A 4FLWA 3ZSWA 3RRGA 5HRNA 4EP4A 4CJKA 3I0RA 4DF8A 1HYSA 2DY4A 4N5SA 3K58A 4ID1A 1TAQA 3HM9A 3CQ8A 3HP6A 1D8YA 1ASUA 2A1SA 5C24A 4CJQA 1KLNA 3TAEA 1CXUA 4AHUA 1Q9XA 1CZBA 4FW2A 1JLQA 3VQ8A 4AHVA 3AA2A 1EETA 4CEOA 3V9UA 1I3AA 5HROA 4DTJA 3NH0A 3AVAA 1L3TA 1T05A 3SQ4A 2XRIA 4FZXC 3SQ2A 1TK8A 2AJQA 1F21A 1QSYA 5HRSA 3OVNA 1RT3A 1ZBLA 4CHZA 3OS0A 3KK3A 4CGGA 3WNEA 4B8CA 2P1JA 3SPYA 4RW6A 4HTUA 3V9WA 1MU2A 1WLJA 4YFUA 1KLMA 4E7LA 3O3GA 1SL1A 4KB1A 3M8QA 4O0IA 3HYFA 4QOZB 4OLAA 4K8XA 3SV3A 1XHZA 4OLBA 3TAMA 2HHWA 4UQGA 4KO0A 4CEAA 2JLEA 3VA0A 3LAMA 3CM5A 3NFAA 4FJ9A 4DQSA 1NK6A 3DRSA 4CF8A 4HUEA 4DLEA 3LPTA 3K5NA 3ITHA 1BHLA 2OPRA 3K5OA 4ID5A 4BWJA 3VQ9A 3MAQA 4B9LA 5FRMA 2G8IA 2DTUA 1RBTA 4I9LA 1K6YA 3NAEA 1ZYQA 2EX3A 4Z0UA 1S6QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Y1CA 1IKVA 1KVBA 3PO4A 4KB0A 1U04A 4EHTA 4KHNA 5AQHA 1HQEA 3GBTA 3VN5A 1X9MA 4EZ6A 4R5PA 2QKKA 3FZKA 3M8RA 3AVNA 3ZT2A 1Z25A 3KLEA 4CCHA 2I5JA 3C65A 3DLEA 4IXCA 3ZYYX 1LV5A 3OYAA 1HNZK 1HPZA 5I9EB 1S72N 1S1VA 1GLBG 3C6UA 4BDZA 2WUSA 1S1WA 3ZT4A 3LP2A 4M41A 2PFUA 4WQ5A 4HUGA 4KV8A 4IFVA 4KKOA 3VESA 4I2QA 3OYDA 5KPRA 3G71N 3RMCA 4CFCA 1TVRA 4FK4A 3MMVA 3P4IA 4FVUA 3QEIA 1KCFA 3HJFA 1WNSA 1LAWA 1NGBA 3ZX0A 3F73A 1DKGD 4NYNA 4O0JA 1EXQA 4PKHA 4JI4K 1C1BA 1U47A 3HO1A 2HHVA 3GE1A 4AH9A 4FZYA 1VQPN 4CK2A 1VAZA 1YXQA 5AQMA 4DV2K 1NGEA 4WYBA 3QEVA 4QAGA 4KHUA 4IDKA 3VF2A 4OPKA 2OPPA 2IVPA 4E1MA 3SMSA 3TANA 4ICLA 4JHDA 1D9DA 3EO3A 3HP9A 4CJFA 4N47A 3TTCA 1NJWA 3T69A 1RDUA 3L4QA 1BWFO 1SS6A 3LP0A 3LDQA 4XH5A 1B92A 3O08A 3BDPA 3E9OA 3MN9A 4B9SA 3F2KA 1RDCA 3T7ZA 3O9QA 4CF1A 2QA4N 4OKKA 3VTIA 2WONA 3VQ6A 1RGIA 4NCGA 4IFYA 4W5OA 1S1UA 4E7IA 3WUHA 1EWRA 4KREA 1WAFA 4BE1A 1WAJA 3AVLA 3T1AA 4CZIA 2O4IA 2HF4A 4EIAA 4I9QA 2KFNA 4JNEA 1NK4A 3CCUN 1N34K 5FROA 4DFMA 4DKWA 4WFAL 2CGJA 5E84A 3U4LA 4LF5K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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