4CFDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfdA00
4RW8A 2EHGA 4KB0A 3U3GA 4HCCA 2A1SA 4IKFA 5HRNA 1KTQA 4LD0A 4KAZA 4Z4CA 1VSMA 1JXBA 3ITHA 1L3SA 3NF9A 4N41A 3TANA 2VWKA 4FXDA 3F73A 2KFZA 3TAGA 3ZSYA 1C0MA 3LP3A 3DYAA 4RW9A 1NK9A 1IKVA 3QERA 3QO9A 5C24A 3MXMA 3RRHA 1RDBA 3AA5X 4IG0A 3ZSZA 4UQGA 4HVJA 3L2WA 4CIEA 4CK2A 4DSJA 4F3OA 3RMCA 3OJSA 3CYMA 1QTMA 3NGIA 3TAQA 4FJHA 2D5RA 3C94A 3LANA 2HMIA 4OPKA 4FJ7A 3PUFA 1TAQA 1NKEA 4EZ6A 4Y1CA 3AVLA 1BI4B 4B8CA 4KPYA 1HYSA 4ELTA 3S3OA 2OPPA 3HM9A 1NK0A 3ZSWA 1ZYQA 4CGGA 1TVRA 1Z25A 1RBUA 4I9LA 3I0SA 1BHLA 4LH4A 4NCGA 4CJTA 1UOCA 1DTTA 2YKNA 1ZBLA 3KLEA 4TSXA 1NJYA 2PZSA 3L2VA 1RTJA 1QSYA 1WAFA 4DG1A 4H4OA 4FJXA 1RBTA 1I3AA 2YNFA 1UA1A 2X78A 1U47A 3KD5E 3U3YA 4DF4A 2PYLA 4FK0A 4KHSA 2HNYA 2XHBA 3L2UA 2XY6A 4FZXC 4J2AA 4O4GA 3LPTA 2OPRA 4OJRA 2G8VA 3SQ0A 3AO3A 4KI4A 1NOYA 3RTVA 3HXMA 3OYCA 1T7PA 3SQ2A 5KRSA 3TAEA 3QEWA 3LWMA 5KI6A 2HHXA 3VQQA 1GOAA 1VK0A 1JKHA 2OPSA 4CEEA 3SV4A 1L3UA 4KHQA 3AVBA 2RKIA 4E1NA 4HUFA 4OGEA 3ZT2A 4FM0A 2GUIA 5HRSA 1TL3A 3D45A 2RN2A 4MFBA 1NJZA 3TAFA 4K8XA 1QE1A 2KQ2A 1HQEA 4CGIA 1VSDA 4KI6A 3WNHA 2Y1IA 3LZJA 1LWCA 4CGFA 2X6SA 4CJSA 4HHTA 2GBZA 2QK9A 3LP0A 3VQ8A 3QIOA 4Q5VA 3DRSA 2FBXA 3V9SA 4CK1A 4EP4A 3VQCA 1LAVA 4CJEA 4KREA 4Y1DA 4C8LA 1G15A 3OS1A 4FJKA 4CCHA 4GVMA 4NYNA 5D3GA 3VQ9A 3ZSQA 2DY4A 3NFAA 4CK3A 3SPYA 1NKBA 4BE1A 3PO5A 4FZYA 3CG7A 5HBMA 3KK3A 1UA0A 1A5VA 1VRUA 3DRPA 3WNGA 4YNQA 4Z4FA 1C1CA 2O4IA 3ZSRA 4M3TA 2JGUA 4FW1A 2HHQA 1U04A 3LPUA 1ASVA 4BDPA 1S1XA 5C42A 4JS5A 2G8HA 1EETA 4AHCA 1RT5A 1ZBFA 4FM2A 4PY5A 1RBSA 4BDYA 4FJIA 2WOMA 1RBVA 5CY4A 3K5OA 4LY7A 4CHOA 3V1QA 4W5TA 1A5XA 2X6NA 3OYGA 4CEQA 1S1WA 5CZ1A 2E4LA 4O0JA 2ZQBA 3NGZA 1C6VA 3VQAA 1D8YA 1K6YA 2G8IA 2OPQA 2E6MA 4W5OA 4E7LA 1NK4A 2XY8A 3DOLA 2YKMA 1C1AA 4O55A 4I2PA 3NF8A 5FROA 4XIUA 4AHVA 4JRQA 4CECA 4R5PA 1LW2A 4DMNA 3OYIA 3K5NA 3QEIA 4CIGA 4HTUA 4CFDA 1X9WA 1SL1A 1RILA 4GMJB 5JS2A 1EP4A 2IDOA 1B9DA 2VG7A 3LALA 5E41A 4OVLA 1NK5A 1KRPA 2PYJA 2QKKA 1CXUA 1NK8A 2DFFA 4KKOA 4CIFA 3SJJA 3AVFA 4DQQA 5HP1A 1LAWA 3KLHA 1JL2A 4RW4A 1WSEA 5CYQA 4FJ9A 3LAKA 3PX4A 2B5JA 4DTPA 4HUGA 4F3TA 2HNDA 2IOCA 4FZZA 3NGYA 1S1TA 4CEAA 3K5LA 1JLAA 3HT3A 4CJWA 3AA2A 2YV0X 5FRNA 2OZMA 3QEXA 4DSFA 5EU7A 2X74A 1S9EA 3SV3A 5KRTA 3D0PA 1QSSA 1Q9XA 1TAUA 1BI4A 1MU2A 4RG8A 3O3GA 4HUEA 2G8FA 1KCFA 4KTQA 3VA0A 1BCMA 3OYJA 3O4NA 4M3YA 2HHVA 3RMBA 4CJ4A 2EX3A 3NE6A 1D5AA 4JLHA 4C8NA 4QCLA 3I0RA 2OZSA 1XHXA 4M3ZA 3TWHA 5J2NA 3KLGA 1HNIA 2VG5A 4AHUA 3HPGA 4CHZA 4N5SA 1FKPA 3OJUA 4F2SA 1RT2A 2QXFA 3F9KA 4M3RA 3K58A 1EX4A 4IG3A 1R0AA 3OYAA 1ZBIA 3AV9A 1SL0A 1SUQA 3SQ4A 4DS4A 4CFAA 3HJFA 2WONA 3OY9A 3HP9A 1CZ9A 1TL1A 4GW6A 1BCOA 4CJKA 3KJVA 2JLEA 4E3SA 1QSLA 3AO2A 3QEPA 3LZIA 4B9SA 3A2FA 3KKSA 1ZBUA 3AVMA 4CESA 1GOBA 4KTZA 3IAYA 4DSKA 4NCBA 4FYDA 3KTQA 4HCBA 3SQ1A 4DU3A 1SL2A 4IFVA 4CHQA 1XI1A 4B3OA 1J5OA 3HO1A 1TKXA 1ASWA 4OKEA 1F21A 1HPZA 4JRPA 4FLWA 3CM5A 2BE2A 3KKRA 4DQSA 1L5UA 3OYEA 4JS4A 4Z0UA 4EZ9A 4PUOA 1IG9A 3VQ7A 3RMDA 4DU1A 3MEDA 3VQBA 1TKTA 2ETJA 4FW2A 3V9WA 4CGJA 1YT3A 3PV8A 1JLGA 1IO2A 3OYNA 4K8ZA 2IS3A 2ZD1A 3I8DA 3M8PA 4DTXA 4ELUA 4PQUA 4CEOA 3KK1A 2ZE2A 1S6PA 1LW0A 4CJRA 1UWBA 4ZHRA 2HW3A 1TK0A 4IFYA 1DTQA 2HB5A 1Z26A 2Z1GA 3G0ZA 4OKKA 5C25A 3ALYA 2Y1JA 3OVNA 4PA1A 2B4JA 4DF8A 3SPZA 2GV9A 2Z1JA 2RF2A 4DTMA 3L3VA 1RBRA 5DK5A 3QNOA 4DTJA 4E7IA 4BDZA 4NCAA 5HLFA 4IBNA 1XHZA 3AVAA 3OS2A 3ZT0A 3DI6A 1BIZA 1RCHA 3ISNC 4LSLA 3B6OA 1WSGA 3P5JA 4ICLA 1S6QA 1WNSA 3V6DA 3MEGA 1T8EA 4BACA 3V1RA 3ZT3A 4CFBA 4CHNA 2E6LA 1S1UA 3T3FA 4AHRA 3ZT4A 3DLHA 3JYTA 3DLRA 4KV8A 3VQ6A 1HQUA 1KLNA 1RDCA 3M8RA 1RDAA 3SUOA 1KSPA 2FBTA 4KO0A 3IS9A 4WE1A 4DSEA 3K5MA 1VSIA 3ASMA 4B9TA 3NBPA 4DFMA 4FJGA 3AVIA 4DQRA 2BGGA 3AA4A 1B9FA 4B8AB 1BISA 4Z4HA 4ZTFA 2QKBA 4CEDA 5I3UA 1ZBHA 4W5NA 4KTWA 3QEVA 1TK8A 3SUPA 3TR8A 2W42A 1X9MA 1D9FA 3HSTB 4CF0A 1SKWA 5FRMA 3V9UA 2YNIA 1HJRA 3C6UA 3SCXA 4FLZA 1WSIA 3NH0A 4BE0A 4FK2A 3QESA 4N76A 4KRFA 1KVBA 3EYZA 1RTIA 1YTAA 3AVJA 4QAGA 5CZ2A 4DTNA 2P5GA 3THVA 1CLQA 4CJFA 1KLMA 2HVHA 3HVRA 2HHSA 2KW4A 1TKZA 3AO1A 4CF1A 3MXJA 1KVCA 1O1WA 3NF7A 1UAXA 4CGHA 3O3FA 4FJJA 1U49A 3O4QA 1HNVA 2FBYA 4CJQA 1BQNA 4DTSA 3V4IA 3NDKA 1GOCA 4DQPA 3NHGA 4O44A 3KIOA 3QNNA 1I39A 2XY7A 1NKCA 3RMAA 2IAJA 3KLIA 4EP5A 3K59A 4C8MA 1NK7A 1JLFA 3P83D 3QETA 1N5YA 3JSMA 3BDPA 4B9MA 3RR8A 1WSHA 4CJLA 1QQCA 2HHTA 2HHUA 3HP6A 4CF2A 4DTUA 3IG1A 3NCIA 1LWEA 3PX6A 3P1GA 3SNNA 3VQEA 4KB1A 4YFUA 2YHBA 4KHNA 4E7HA 3AVGA 2PY5A 2LSNA 2VG6A 3CFRA 1U48A 3RWUA 4J2EA 4FK4A 2D0AA 3MXIA 3L2RA 3V9ZA 1HRHA 3MECA 3K2PA 4OPJA 1TK5A 4DU4A 2KZZA 3CFOA 4CFCA 4DLGA 3VQ5A 3AO4A 1TKDA 1NJXA 2YNHA 4F4KA 3MEEA 1RT1A 4CJ5A 1U4BA 4DS5A 2IGIA 2B6AA 3CQ8A 1XC9A 3PO4A 4DTOA 3AVCA 1BGXT 4N47A 3TAMA 3V1OA 5HRPA 4G1QA 3C6TA 4O0IA 4B9VA 3DLKA 4AHSA 5K14A 5J1EA 3KLFA 5SWMA 1YTUA 4OLBA 3TAPA 4CJVA 2P1JA 1JLCA 1W9HA 1RNHA 4M41A 1Q9YA 2HNZA 3O3HA 1Q8IA 3AVHA 3DM2A 3NF6A 3G10A 4O5BA 1X9SA 4BWMA 1C1BA 2P5OA 1VSLA 3DLEA 4B9NA 5J2QA 1RT4A 3DMJA 3CFPA 3C95A 1X1PA 4MQ3A 4L8RB 1NOZA 2D0CA 3V9XA 3WNEA 5JS1A 3T19A 1CXQA 1NK6A 1IH7A 1WN7A 4CEZA 4ZTJA 1FXXA 3RR7A 1C0TA 3UIQA 2G8UA 5KGWA 4FJLA 1S9GA 1TV6A 4FVMA 4DFPA 4J2BA 3HPOA 1SKSA 2P51A 1HMVA 3MAQA 3EY1A 4CGDA 3H08A 5KGXA 3M8SA 1EXQA 3OS0A 3OYBA 4FLXA 1D9DA 1FKOA 1ASUA 5FDLA 3VQDA 2KTQA 1J54A 1VSHA 4CEBA 4PWDA 2Z1IA 5SZTA 4BWJA 3OYFA 4Z4IA 1U45A 3B6PA 4FLVA 4FJMA 5I42A 4B9UA 3AVNA 1XWLA 4W5QA 4AHTA 4E0DA 4DSLA 4I9QA 4CERA 3NAEA 3SZ2A 4FJ8A 3LWLA 1C0UA 1LWFA 4RW6A 1L3VA 2YHAA 4H8KA 4QOZB 4E7KA 4LSNA 1SKRA 1VSKA 2ITGA 3L2QA 4E1MA 3HK2A 2DFEA 1J9AA 2KFNA 2F96A 4DLEA 3CM6A 1WSJA 4I7FA 3HPHA 2XY5A 2DFHA 2BDPA 1KVAA 3LDSA 3OYMA 4N56A 1RT3A 3FFIA 2HVIA 4FLTA 2Z1HA 5CYMA 4C8KA 5HROA 1J53A 3S3MA 4Q0BA 1JXEA 2A1RA 3OYLA 3NH1A 1HYZA 2IC3A 3K57A 3SUQA 3ZSXA 1WSFA 3OYHA 2HHWA 2XO7A 3OYDA 4M3WA 1BIUA 3IRXA 4RW7A 4ELVA 1IKXA 1WLJA 3TARA 3SI6A 4CHYA 1JLEA 3VN5A 1NJWA 3AO5A 1QHTA 5DMRA 1B92A 5J2MA 3PY8A 3DLBA 2ATQA 1L3TA 4KFBA 4F8RA 1IKWA 3LAMA 3HVTA 4OGCA 3TI0A 5T7BA 3DLGA 1RTHA 2D0BA 4IDKA 3ZCMA 4E7JA 5J2PA 4J2DA 3OYKA 2FC0A 2FBVA 4B08A 1KFSA 2NUBA 2F8TA 2OYQA 4M3UA 1A5WA 3EZ5A 1Y97A 2O4GA 3SUNA 1T05A 4CJUA 3KK2A 3L3UA 4CF8A 4I2QA 2G8WA 1QS4A 1RT6A 4M3XA 4B9LA 4FM1A 4DFKA 5KTQA 1HYVA 1CZBA 1VSJA 1IKYA 3V81A 4AH9A 1JL1A 4FJ5A 2R7YA 4FJNA 3S3NA 4CE9A 1N6QA 1S5JA 1YVUA 1EKEA 4E89A 2XRIA 1WAJA 3VA3A 4AILC 1RT7A 1VSFA 1SV5A 4KHYA 3T1AA 3ULDA 4Z4EA 4OKJA 3ZSVA 1T03A 3AA3A 4CHPA 1VRTA 1BL3A 3QINA 4M45A 4CF9A 1JLBA 1FK9A 1REVA 3BGRA 3E01A 3QIPA 3VQPA 2DTUA 2YNGA 4E19A 1S1VA 2Q3SA 1BQMA 3U6FA 3RRGA 1W0HA 4FLYA 3L8BA 4LH5A 3M8QA 4W5RA 1DLOA 3SYZA 4FCYA 3HL8A 1LV5A 2VWJA 4DTRA 4DQIA 3ZT1A 4Z4GA 2F8SA 4F2RA 4CJ3A 3TABA 3KD1E 4DSIA 4BE2A 3AVKA 4NYFA 4CEFA 4H4MA 2G8KA 2BANA 3VQ4A 4OLAA 1KFDA 3NH2A 1VSEA 3ZSOA 4FLUA 4DWIA 4M42A 4KHWA 1RTDA 3QLHA 4DFJA 2AJQA 1JLQA 2RPIA 3LP2A 3HYFA 2I5JA 3S9HA 3DOKA 4C8OA 4ID5A 2OA8A 4ID1A 1RDDA 2KZMA 4KHUA 3DRRA 1ITGA 3PX0A 5HRRA 4CJPA 3WNFA 1TGOA 3LP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DEJA 1CZAN 4KB0A 3U3GA 5AZIB 1KTQA 4LD0A 4KAZA 2W6LA 3ITHA 3P31A 4BRNA 3F73A 1NG9A 3LP3A 2KHOA 2YHYA 3DYAA 1HKBA 1RDBA 3AA5X 3MN5A 4IG0A 3ZSZA 4HVJA 3T69A 4CK2A 5BPLA 4MO5A 3CYMA 3D2FB 3C94A 2NRHA 3VERA 2QXLA 4JKCA 4B1UB 4A5AA 2F4VK 1NK0A 3DJCA 1TVRA 4CGGA 2FF3B 3KHYA 2O8DB 2PZSA 3O4WA 4WFNL 5AJ3K 1WAFA 2YNFA 1UA1A 3KD5E 2PYLA 2D0PA 1YAGA 4FOEA 2XY6A 1OH8A 4J2AA 3G71N 2G8VA 1VHXA 3ENOA 1NOYA 4LF9K 4KI4A 3HXMA 3OYCA 4XH4A 3TAEA 1NGEA 3LWMA 5KI6A 3KZBA 2BUPA 5AQRA 4HUFA 2W41A 5AQWA 3ZT2A 3A5LC 4NB4A 1NJZA 1M90O 4K8XA 2KQ2A 4IXCA 1YXQA 3Q7BA 4KI6A 1V4SA 4G9ZA 4X65K 3U4LA 1LWCA 4Q5VA 3DRSA 4IOCL 2NRRA 4FWMA 4C8LA 1G15A 4EAHD 5DM7L 5D3GA 4MDBA 5AQMA 3NVKA 3CG7A 5HBMA 4KHPK 3LM2A 1VRUA 2NLXA 4IDHA 2RHKA 2O4IA 2HHQA 3ZSRA 4M3TA 2O8CB 4FW1A 3EKUA 3LPUA 1ASVA 1VQLN 4BDPA 5C42A 4FSVA 4FM2A 1RBSA 4I6MB 4WCEL 4BDYA 5LY3A 1OH6A 3K5OA 3V1QA 4W5TA 2X6NA 3E9LA 3D2EB 2E1YA 4A61A 4E7LA 2XY8A 2YKMA 1C1AA 4O55A 4I2PA 3KWGA 5GAGP 4H0XB 4R5PA 3OTOK 1LW2A 4DMNA 3O6WA 5JLHA 3K5NA 1N33K 4HTUA 1SL1A 1RILA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2Q2R A;  3IFR A;  3O8M A;  1TKX A;  1HPZ A;  1E4G T;  4JRP A;  3VQ7 A;  3RMD A;  2P9I A;  4DU1 A;  3CI5 A;  1TKT A;  2ETJ A;  3ATU A;  1NGB A;  1T6D A;  3M8P A;  1LW0 A;  1UWB A;  4ZHR A;  3O1B A;  4CI6 A;  1DT9 A;  3VTH A;  2B4J A;  4FWP A;  4GNI A;  5KPR A;  2Z1J A;  2E2N A;  5C0Y A;  4BRM A;  3ZLJ A;  4BDZ A;  2A5X A;  3ZT0 A;  4I6M A;  5AQZ A;  1WSG A;  4ICL A;  3SMP A;  3VTI A;  3MEG A;  1T8E A;  2E5L K;  1NMD A;  3V1R A;  3VEZ A;  4CD3 A;  4CFB A;  2E6L A;  3F5T A;  1S1U A;  4H0Y B;  4K42 A;  3O9U A;  1QQM A;  3CCE N;  4KV8 A;  4JI8 K;  2GWJ A;  1VQ8 N;  4KO0 A;  3O1W A;  4DSE A;  3UKR B;  1B9F A;  4LF6 K;  1BIS A;  3VF2 A;  5LJW A;  3QEV A;  1TK8 A;  3TR8 A;  2W42 A;  2NRZ A;  1X9M A;  1D9F A;  4FPA A;  1HJR A;  3C6U A;  3SCX A;  2E2P A;  3NH0 A;  4LFB K;  1KVB A;  3EYZ A;  1RTI A;  1IG8 A;  1YTA A;  3AVJ A;  4QAG A;  2WTU A;  4DR3 K;  3THV A;  1KLM A;  2AA4 A;  3AO1 A;  3CCV N;  3MXJ A;  1O1W A;  1UAX A;  3SAH A;  1U49 A;  3EO3 A;  2NRV A;  1RDW X;  4JI7 K;  1BQN A;  1HUX A;  4DTS A; 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 4B3M K;  2DFH A;  1KVA A;  4K25 A;  1RT3 A;  1T6C A;  4FLT A;  5CYM A;  4YHH K;  5AQG A;  5IWA K;  3OYL A;  3K57 A;  1MWM A;  2IC3 A;  3R1X A;  5EXW A;  4BRK A;  2HHW A;  2XO7 A;  3CMA N;  1W97 L;  3LDN A;  3ENH A;  4CZF A;  1IKX A;  2GEM A;  3AAQ A;  3QBX A;  1LCU A;  4CHY A;  3VN5 A;  4JI2 K;  3CC2 N;  4ILH A;  3DLB A;  1L3T A;  4F8R A;  1XMQ K;  4OGC A;  3HVT A;  4FVU A;  2D0B A;  5J2P A;  3OYK A;  2GEL A;  2F8T A;  1A5W A;  3EZ5 A;  2O4G A;  4DR4 K;  3CJ9 A;  4CJU A;  3DAW A;  2VYP A;  5KTQ A;  5BPN A;  1N6Q A;  1S5J A;  1YVU A;  3VA3 A;  3CCM N;  3C6A A;  4Z4E A;  3KK7 A;  4JD2 A;  3AA3 A;  5M1Q A;  3BGR A;  1FK9 A;  1REV A;  3E01 A;  3QIP A;  4C1N K;  1S1V A;  2Q3S A;  3U6F A;  3GBT A;  4BR7 A;  4W5R A;  2E8A A;  4DQI A;  3AVK A;  2YCH A;  2BAN A;  3VQ4 A;  5LL6 Z;  4FWR A;  2AJQ A;  4X62 K;  4ID5 A;  4ID1 A;  4KHU A;  1ITG A;  5C12 A;  3LP1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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