4CFDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cfdA00
4EP4A 3OYDA 5SZTA 2XY5A 1GOBA 4RW6A 2HHXA 1IKWA 1BL3A 3WNGA 2IS3A 1D9FA 1JLEA 3G0ZA 3NF9A 4FXDA 1Z25A 2X6NA 4OPJA 4F4KA 1GOCA 4DS5A 2WOMA 2P51A 4CJRA 4F2SA 3V6DA 4H4MA 3TAMA 3L2RA 5HP1A 2QXFA 2YNGA 4KB1A 4IDKA 2Y1IA 3VQAA 4FM0A 3HVTA 1L3SA 2P5OA 5CYQA 4CEEA 4FJLA 2HHTA 1WSJA 3IS9A 3T1AA 3HT3A 3QO9A 2DY4A 4DF4A 2GUIA 4CFBA 4DTPA 4WE1A 1IO2A 1WLJA 2XRIA 3OYEA 3HXMA 3HP9A 1WSEA 1C1CA 3VQBA 4BDPA 4DSJA 4CCHA 3OS1A 1JLGA 1CXUA 4QCLA 4HUEA 3IRXA 3U6FA 1JL1A 3OJUA 4DFMA 3QEPA 2P1JA 3RR8A 4C8MA 2G8VA 5HLFA 4CK1A 1NK6A 1N5YA 4M3TA 2B5JA 3DLKA 4CECA 1LWFA 2WONA 1WN7A 3KK1A 1WSIA 4FYDA 3S9HA 1A5XA 2LSNA 3SI6A 4B8AB 4FVMA 4DSKA 4PWDA 4DS4A 1KVBA 4IFYA 4CHQA 1L3TA 4CE9A 1BQMA 3L2UA 5CZ1A 3RRHA 3DM2A 4M42A 3K5OA 1ZBLA 3O3HA 2OPPA 4CEDA 4Z4GA 2ZD1A 4CGJA 1HYVA 1HQUA 4B9LA 3OYLA 2X78A 4AHTA 3SUPA 1UAXA 3KLIA 3ZSYA 1NOZA 3S3OA 1S9GA 4EZ6A 4IG0A 5FROA 4FLZA 3CFPA 2QKKA 1F21A 4I2QA 4FJMA 1HRHA 1S1TA 3MEDA 5HROA 1NJXA 1B9DA 4KAZA 1RT3A 3CM6A 4LSNA 3DLGA 3THVA 1NK4A 3TAPA 3AVGA 4PUOA 3NF7A 2Z1JA 2Z1IA 3O3GA 4LD0A 4KHUA 4HUGA 4O5BA 3HPGA 3VQ5A 3SNNA 1NK5A 2VG7A 1TKTA 4KTQA 4E19A 3NCIA 2DFFA 3F9KA 3V9UA 5C24A 1J9AA 4BE0A 3QEIA 4DU3A 4FW1A 4FLUA 3K5LA 4CHPA 4CJWA 3AVBA 1VSMA 3KLHA 1K6YA 1UWBA 1X1PA 2HNDA 1X9WA 1HYZA 2YV0X 1HMVA 1R0AA 3V1RA 4FLVA 4HCBA 4FK0A 2OYQA 1BI4A 4CJKA 4DQRA 4JRPA 2JGUA 3QEVA 4KHWA 3K59A 3PV8A 4AHVA 3TI0A 4CESA 1NOYA 3NGYA 4CERA 3OYAA 3AV9A 1N6QA 2RPIA 4AHSA 1U48A 2G8UA 1TAQA 1KVCA 4KKOA 4B8CA 1JXBA 3RMDA 4CGDA 3SPYA 4FM2A 4GW6A 3PX6A 4O0IA 1XC9A 2ATQA 4OKJA 3TAEA 1UA1A 1LW0A 4I2PA 1X9MA 4E7KA 2GV9A 1QTMA 4IKFA 4DFKA 3K57A 4CJQA 4M3ZA 1IKYA 5T7BA 1TK0A 4XIUA 5HBMA 1W0HA 3AVMA 3BDPA 3DOLA 4CIFA 2RKIA 4Z4FA 4CIGA 4N41A 3TWHA 4DTOA 4E1MA 3QETA 1RILA 1TGOA 1NKCA 3VQPA 3NAEA 3KK3A 4FLWA 4FJ7A 3QEXA 3C95A 3L3VA 4CFCA 1ZBHA 1RDAA 2X6SA 4KTZA 4E89A 1BIZA 4KRFA 3VQ8A 4KHYA 4M3WA 2ZE2A 2OPSA 5J1EA 3P83D 2HW3A 4CF8A 1O1WA 4HHTA 1RDBA 3K5NA 4RW8A 4DFPA 4DMNA 3SQ0A 1TK8A 2F96A 1RBUA 4KFBA 4Q5VA 2PY5A 2R7YA 3RR7A 1ZBIA 2Y1JA 5EU7A 4B9NA 4K8XA 4LY7A 5K14A 1QSLA 4B9MA 1J5OA 3BGRA 4CFDA 4W5RA 4F8RA 1RT7A 1QHTA 1CZ9A 1D8YA 4ZTJA 4Z4IA 1VSHA 4RW7A 4KI4A 2BGGA 4E3SA 4DLGA 1TK5A 4PY5A 3AA2A 2IDOA 4BDZA 1VSKA 3DRSA 2OPRA 3I0RA 4JS5A 4J2DA 1LAWA 1U04A 3ALYA 3AVJA 3DOKA 4N47A 3V1QA 3WNFA 5E41A 4IG3A 3P5JA 3JSMA 3NH1A 1ZYQA 4M41A 3VQCA 1KLNA 3QIPA 1BGXT 2HB5A 3MECA 2Q3SA 4OGEA 3ULDA 4BACA 3QNOA 1A5WA 3QEWA 3ZT3A 3TAGA 1JLQA 3LZIA 3TARA 1SL0A 5KRSA 3U3GA 1C1BA 1WAJA 4FJIA 2DFHA 4DQPA 2BANA 5J2NA 1TL1A 1RNHA 1ASVA 3OYIA 3V9WA 4J2BA 2KFNA 1VSFA 4YNQA 3AVNA 1LAVA 1NK8A 3LALA 3AVLA 3AA3A 4CIEA 3HSTB 1ASUA 2XY6A 3CM5A 3CYMA 2HVHA 2IAJA 1UA0A 4AILC 1YTUA 1T03A 3PUFA 3S3MA 1VSIA 4DSIA 3MXJA 4NCAA 4KHSA 1TVRA 3K58A 1VK0A 1DTTA 4CF0A 4W5NA 1G15A 4CHYA 3CFOA 1JLFA 1JXEA 5KI6A 4MQ3A 4DTNA 3RMBA 3RRGA 2KZZA 1D9DA 1BI4B 1VSEA 3OYKA 4ID1A 3SJJA 2HHVA 3CG7A 1NK0A 3VQEA 1NKBA 4F2RA 3AA5X 4EP5A 2E6LA 3NH0A 4QOZB 1ZBUA 3C6TA 4CJ4A 3T3FA 3DYAA 3VQ9A 3HM9A 2KFZA 4Z4CA 4OLAA 5CY4A 4W5QA 1UOCA 3L3UA 5J2QA 2G8IA 3E01A 4E7HA 4B9UA 1Z26A 2FC0A 4CJVA 3OJSA 3AA4A 2FBTA 2X74A 1Q8IA 3VQDA 3OS0A 1S1VA 1S1XA 4CF1A 3ZSQA 4ICLA 3NDKA 4CEOA 4DFJA 2F8SA 4O0JA 4B3OA 2HNYA 4GVMA 3TANA 3AO3A 1C6VA 3NFAA 4BWMA 1SKSA 3K2PA 4CJUA 3AVFA 1U47A 2YNHA 4CEZA 3PO5A 2EHGA 3KJVA 4RG8A 2XY7A 4BE2A 3HO1A 1BISA 4FJXA 2HVIA 2YHBA 4AHUA 4F3TA 4I7FA 4Q0BA 3NH2A 3QIOA 3ZT4A 4DTSA 4CJPA 3CQ8A 1QSSA 1C0UA 2KW4A 3V9ZA 2BDPA 2PZSA 3KKSA 3LWMA 1D5AA 3ZSRA 4KV8A 1REVA 1X9SA 2P5GA 4E7LA 4FZYA 4JLHA 5HRNA 4FJGA 2XO7A 2O4IA 4OPKA 1SL2A 1RT2A 3SZ2A 4Z4EA 2YKMA 3NF6A 4ZTFA 1SL1A 3OYNA 1EXQA 4O4GA 4RW9A 3ZCMA 3SQ1A 1KSPA 3TR8A 3PX0A 2VWJA 3SQ4A 5FRNA 4HTUA 2D0CA 2YHAA 1RT1A 1T05A 1HNIA 3QINA 3VA3A 3MEEA 3KTQA 1C1AA 2IGIA 3L2VA 2VWKA 1Q9XA 1SKRA 3NF8A 1C0TA 3HPHA 2ITGA 3MEGA 3RTVA 4LH4A 4K8ZA 1KFDA 3WNHA 1FK9A 2VG5A 1WNSA 4BDYA 5D3GA 1J53A 3DMJA 2EX3A 3UIQA 1U45A 1QS4A 1VRTA 1XHXA 4RW4A 1GOAA 3RMAA 3IAYA 4N5SA 3PX4A 2E6MA 3AVKA 3CFRA 1SKWA 3V9XA 4ELVA 4CEFA 1TV6A 1RBTA 1RDCA 1SV5A 2XHBA 1RCHA 4CJFA 4MFBA 3HPOA 2FBVA 5JS2A 5C25A 3LPTA 4C8OA 3ZSOA 3P1GA 1L5UA 3D45A 3VA0A 4IFVA 4OLBA 3LZJA 1TAUA 3LAMA 2HHQA 3A2FA 1LV5A 1EP4A 4DTMA 1CXQA 3C94A 4KTWA 4CFAA 2OPQA 4Z4HA 3U3YA 1MU2A 3ZT1A 4B08A 4KHNA 1CLQA 5JS1A 4G1QA 3AVHA 4I9LA 3LP3A 1ZBFA 1NK7A 4EZ9A 2D0AA 4L8RB 3NGZA 3V1OA 1BQNA 1QE1A 4DU4A 4DWIA 3B6PA 1IKVA 3RMCA 4NCGA 2JLEA 1RT4A 3AO1A 3KLFA 4DQIA 3RWUA 4CHZA 5KGWA 2DTUA 1Y97A 3V81A 3DRPA 2B4JA 4BE1A 5FDLA 3HJFA 1TKXA 4FW2A 4Y1DA 4FJJA 5I42A 1XHZA 4DTJA 4UQGA 4OVLA 3ZSZA 4CJLA 3V9SA 4DQSA 2A1RA 1YT3A 4AH9A 5DMRA 1NKEA 1NK9A 4AHCA 3OYCA 1TL3A 4CJ3A 3LWLA 3SUNA 4M45A 3TAQA 4FCYA 4KHQA 1SUQA 1FXXA 3OYHA 3QERA 1S6QA 4E7IA 4H8KA 3ITHA 4CHNA 2HHWA 4B9VA 1JKHA 2D5RA 4DU1A 5KRTA 1NJWA 4KPYA 3WNEA 1YTAA 3HL8A 4DLEA 3NGIA 4DTXA 4KB0A 2W42A 1T7PA 3LAKA 3M8PA 4CGHA 1IKXA 3KD1E 2FBYA 1RBSA 3ZSVA 3DLHA 4OJRA 4M3RA 1JL2A 3M8RA 5J2PA 1BCMA 2YNIA 3ZSXA 2PYLA 3PY8A 4E0DA 3PO4A 3SYZA 3QNNA 4KI6A 4KREA 3EYZA 4FLTA 2BE2A 2Z1GA 5KTQA 4QAGA 4DTRA 2G8HA 4OGCA 3DRRA 4CJSA 4NCBA 4NYFA 3SV3A 3LP1A 1S1UA 5J2MA 3DLBA 2AJQA 1JLCA 1NJZA 2OA8A 4R5PA 3KLEA 1QSYA 3AO2A 1FKPA 2YKNA 3QLHA 3OYFA 1HYSA 3OYGA 4J2EA 1LWCA 3K5MA 1TKZA 2OZMA 1ASWA 1T8EA 4CEQA 2OZSA 4LH5A 1RBVA 3OY9A 3SUQA 3SCXA 4BWJA 2VG6A 3ISNC 4W5OA 2ZQBA 1VSDA 4B9TA 4J2AA 5CYMA 4H4OA 5HRSA 3VN5A 3HYFA 1KRPA 3H08A 4HCCA 5SWMA 3VQ6A 3MXIA 3D0PA 3ZT2A 3KLGA 3SQ2A 1KFSA 4FJHA 1VSJA 4FJ5A 4DG1A 2QKBA 4JS4A 4JRQA 4E7JA 4OKKA 4CGFA 4W5TA 3DLRA 3I8DA 2IOCA 4N56A 1RT6A 2KQ2A 4LSLA 4M3XA 1FKOA 3ZT0A 4ID5A 4B9SA 3FFIA 4C8KA 4DSFA 4N76A 3L2QA 1EKEA 3ZSWA 1WSFA 1U49A 3HK2A 1RTIA 1TKDA 2A1SA 1IH7A 3L8BA 4CF2A 4DSEA 4M3UA 1CZBA 1XWLA 3IG1A 4CJ5A 1S5JA 2PYJA 3TAFA 2HNZA 2XY8A 1EX4A 3T19A 1S6PA 1WSHA 4NYNA 4FLXA 4FZXC 4PA1A 5FRMA 3L2WA 2HHUA 3KIOA 1BIUA 3OYBA 1A5VA 3F73A 1BHLA 4CGGA 3MXMA 4I9QA 2HHSA 1HNVA 4CK3A 1RTDA 2ETJA 3VQ4A 3AVCA 3B6OA 1J54A 3AO4A 3TABA 1YVUA 3NHGA 4HUFA 4FM1A 1RT5A 1RDDA 1EETA 1S9EA 1HPZA 1KVAA 3LPUA 3M8QA 1JLAA 4CF9A 2E4LA 3SV4A 4O44A 5DK5A 1VSLA 1B9FA 2DFEA 3VQQA 5KGXA 3OYJA 2D0BA 4O55A 5HRRA 4FZZA 1B92A 4M3YA 4DSLA 2QK9A 3OS2A 4F3OA 5I3UA 4AHRA 3VQ7A 4FLYA 4ELUA 2F8TA 3SUOA 3O4QA 4CK2A 3EZ5A 2YNFA 1I39A 1RTJA 4C8LA 3HP6A 1ITGA 2GBZA 4DTUA 1XI1A 2G8FA 5CZ2A 1QQCA 3QESA 1Q9YA 3KD5E 4FJNA 1VRUA 3JYTA 4CEBA 4FJ9A 4TSXA 4PQUA 4CJEA 4FK4A 2NUBA 4CHOA 1L3UA 4CEAA 3V4IA 4HVJA 3KK2A 2O4GA 4DQQA 2I5JA 3AO5A 4KO0A 1LW2A 3LANA 3SPZA 1DLOA 1WSGA 2G8KA 2G8WA 1RBRA 1U4BA 4IBNA 5HRPA 2FBXA 3I0SA 5C42A 2HMIA 3S3NA 1JLBA 3M8SA 3DLEA 3MAQA 2RF2A 4Z0UA 2RN2A 3O3FA 1HJRA 4DF8A 1L3VA 2KZMA 1NJYA 2KTQA 4FJKA 1KLMA 4FJ8A 1WAFA 1KTQA 3AVAA 4OKEA 3OYMA 4C8NA 3LP2A 1I3AA 1W9HA 4YFUA 3OVNA 3O4NA 4ELTA 3ASMA 1S1WA 1BCOA 4ZHRA 2IC3A 4CJTA 1C0MA 3NE6A 1LWEA 3KKRA 2B6AA 4CGIA 1DTQA 3DI6A 3LP0A 3LDSA 4E1NA 1HQEA 1KCFA 1RTHA 3C6UA 4Y1CA 3EY1A 4GMJB 3AVIA 3G10A 3HVRA 1IG9A 3NBPA 4FK2A 2Z1HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLDG 3MDQA 3KVGA 4OPHA 2IS3A 3G0ZA 2GX9A 1Z25A 1TYQA 4FWLA 4F4KA 3DJCA 3ULEB 2OANA 3C6AA 5E26A 4CZKA 4LF4K 2Y1IA 1V4TA 1L3SA 1NU0A 1ATRA 3QO9A 4B3TK 3L4IA 4DTPA 4CFBA 4WE1A 1WLJA 1KXPA 1RFQA 3HP9A 1C1CA 1NBWA 4DSJA 1JLGA 1CXUA 4HUEA 1NGBA 4JI8K 5LJWA 2V7ZA 3QEPA 2G8VA 1NK6A 4CK1A 4BGBA 2WONA 3KK1A 3ZEUA 1WSIA 5AQWA 2AP1A 3NVMA 4FYDA 1YJWN 3S9HA 4NLCA 2NRWA 4WQ5C 3K0SA 3L2UA 3RRHA 3THWB 2OPPA 3VERA 4LFCK 2O8BB 5JLFA 3OYLA 3GL1A 3QDKA 1UAXA 3KLIA 3ZSYA 3E66A 4DUZK 3VEYA 4DKWA 3OA9A 2P9SB 3J7YP 2EWSA 3VTHA 3TAPA 2AA4A 4HUGA 4O5BA 1HLUA 3HPGA 5BRDA 3U4LA 3HM8A 3CJAA 3QEIA 1Q86O 5B8HA 4FLUA 3K5LA 4CHPA 2DPNA 2ASOA 2GUPA 2YV0X 3EZWA 3V1RA 2OYQA 4DQRA 2VQEK 2JGUA 3QEVA 3MMVA 2H3GX 4CERA 3OYAA 3WQUA 2CGLA 2CH6A 1OH8A 1KVCA 1JXBA 4CGDA 4B1ZA 3SPYA 4FM2A 3PX6A 2JWKA 4L3QA 4WFAL 2GV9A 4YOTA 3A5NC 4BC4A 3BDPA 4Z4FA 3SMSA 4JKGB 4O8UA 3QEXA 3L3VA 4KRFA 1RDAA 4E89A 4CI6A 4KHYA 4K42A 1K8KB 2O8DB 4DMNA 3CQYA 2RE2A 1ZBIA 2Q97A 5EU7A 5AQPA 1RT7A 2P9IB 3CJ1A 4KI4A 4BRHA 1VQ5N 3C7NB 5IWAK 2IDOA 3DRSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GLD G;  3MDQ A;  3KVG A;  4OPH A;  2IS3 A;  3G0Z A;  2GX9 A;  1Z25 A;  1TYQ A;  4FWL A;  4F4K A;  3DJC A;  3ULE B;  2OAN A;  3C6A A;  5E26 A;  4CZK A;  4LF4 K;  2Y1I A;  1V4T A;  1L3S A;  1NU0 A;  1ATR A;  3QO9 A;  4B3T K;  3L4I A;  4DTP A;  4CFB A;  4WE1 A;  1WLJ A;  1KXP A;  1RFQ A;  3HP9 A;  1C1C A;  1NBW A;  4DSJ A;  1JLG A;  1CXU A;  4HUE A;  1NGB A;  4JI8 K;  5LJW A;  2V7Z A;  3QEP A;  2G8V A;  1NK6 A;  4CK1 A;  4BGB A;  2WON A;  3KK1 A;  3ZEU A;  1WSI A;  5AQW A;  2AP1 A;  3NVM A;  4FYD A;  1YJW N;  3S9H A;  4NLC A;  2NRW A;  4WQ5 C;  3K0S A;  3L2U A;  3RRH A;  3THW B;  2OPP A;  3VER A;  4LFC K;  2O8B B;  5JLF A;  3OYL A;  3GL1 A;  3QDK A;  1UAX A;  3KLI A;  3ZSY A;  3E66 A;  4DUZ K;  3VEY A;  4DKW A;  3OA9 A;  2P9S B;  3J7Y P;  2EWS A;  3VTH A;  3TAP A;  2AA4 A;  4HUG A;  4O5B A;  1HLU A;  3HPG A;  5BRD A;  3U4L A;  3HM8 A;  3CJA A;  3QEI A;  1Q86 O;  5B8H A;  4FLU A;  3K5L A;  4CHP A;  2DPN A;  2ASO A;  2GUP A;  2YV0 X;  3EZW A;  3V1R A;  2OYQ A;  4DQR A;  2VQE K;  2JGU A;  3QEV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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