4CGDA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgdA00
3OY9A 3L8BA 2O4GA 1WSHA 2WONA 2HNYA 4B08A 1HQUA 5J2PA 3K5MA 3ZT2A 4TSXA 3AVHA 1KVBA 3K5LA 3V9XA 3V9ZA 3I0SA 2G8VA 1SV5A 4ID5A 4CFBA 4OKKA 4W5RA 3TANA 1IH7A 4ELVA 1C6VA 4OJRA 3DOLA 1IO2A 1KFDA 2GV9A 1U04A 3DLKA 3O4NA 3F73A 5CZ2A 3CFPA 4Z4EA 3SCXA 1NOYA 3CFOA 4WE1A 4ZHRA 3PO5A 1IKWA 3OYKA 1KRPA 3KK1A 2HHWA 4ELUA 4I7FA 4CJ4A 2X6SA 3RMAA 4DTOA 1QSYA 4O5BA 1VSHA 2RN2A 3LAMA 4PWDA 2ZQBA 4AH9A 4KI4A 1Z26A 3BGRA 3ZT3A 3QEVA 4M41A 1JLBA 1TKXA 4CGIA 4M3TA 1RTIA 2JLEA 3VQ9A 1S1WA 5HRPA 3NF6A 1NKEA 4OKJA 2JGUA 3SZ2A 4BE0A 1C0UA 1RBSA 5HRNA 3V9WA 3JYTA 1S5JA 1REVA 3AA5X 4J2BA 4PQUA 4K8ZA 2HW3A 3DRSA 4FVMA 1WNSA 3AO3A 4QAGA 1EX4A 1VSIA 4ICLA 3SUOA 1NKBA 3AO5A 4GVMA 5JS2A 4DU3A 3QERA 2A1RA 1JLEA 3AVFA 2E4LA 3ZSWA 4CF2A 1JL1A 4I2QA 1Q9XA 1KLNA 1RDCA 2VG5A 4M3RA 5D3GA 1XHZA 3QINA 3TAEA 4N41A 4KO0A 1HJRA 2OPSA 1ZBIA 4BDYA 2QXFA 2Y1JA 4O0JA 4KHYA 3V4IA 3QEIA 2YNHA 4R5PA 4DSEA 4JRQA 4CF1A 3DLGA 3VQAA 1VK0A 3KK2A 2ZE2A 4F4KA 4KHNA 1NK8A 3HPGA 1A5VA 1TL1A 2KTQA 1VRUA 4CFCA 4DG1A 3MEGA 3ZT0A 4DQSA 4LSNA 4C8NA 4CFAA 3CM5A 5SZTA 1QTMA 1WSJA 1WSIA 1LWFA 4AHUA 3DYAA 3OYGA 3C95A 3VQEA 4DQRA 1EKEA 3PX4A 2OZSA 2FBVA 5KGXA 4NCBA 3RMDA 3WNGA 1JLAA 1BHLA 3K57A 1BIZA 3AVGA 4M3WA 3SUPA 1WAFA 5T7BA 3L2UA 2BGGA 3QLHA 4FXDA 1A5XA 1RT2A 1QHTA 4C8OA 4F2SA 1S1XA 4O55A 4BWJA 2QKKA 3RR7A 4F3TA 4CK2A 2PYLA 1WSGA 3AVJA 1JLQA 1U49A 2HHXA 1XHXA 1DTTA 4RW4A 3OYHA 4C8LA 3HP6A 3NH1A 3KK3A 2HNZA 4BE1A 1X9SA 3AVKA 4MFBA 1K6YA 1RT6A 4DTSA 1GOCA 1U48A 1O1WA 4Z4IA 4HCCA 3KLEA 3DI6A 1RDBA 2IAJA 1J9AA 2Y1IA 3PV8A 1NKCA 3WNHA 1S1TA 4CEEA 3QNOA 4F2RA 3CYMA 3QIPA 3OYAA 1D9DA 5J1EA 3OYMA 4OLAA 4FLUA 3U3YA 4M3XA 4DMNA 4E89A 2KZZA 4NCGA 2XRIA 1HQEA 4FJJA 3NE6A 4CEBA 2FBTA 1BL3A 4HUGA 2YKMA 3AO1A 1RTDA 3I0RA 3K59A 2PZSA 2P5GA 1QQCA 3SQ4A 1ZBHA 1ZBFA 3V1RA 3IG1A 3PUFA 1MU2A 4FK0A 2KZMA 1BCMA 4ZTFA 4FZZA 3NCIA 4KHQA 4KTZA 3HL8A 3SQ2A 3L2RA 4M42A 4DWIA 4K8XA 3TARA 2HB5A 3ZSYA 2G8HA 2D0AA 2E6LA 4GW6A 3TABA 4NCAA 4IG3A 4B9UA 3HO1A 4HVJA 2PY5A 3NGYA 1LW0A 2DFEA 3ZCMA 3TAFA 4FZXC 3KJVA 3M8QA 4JS5A 4KTWA 4DFKA 1LWEA 3TR8A 5EU7A 1VRTA 1WSEA 1UA1A 1X9WA 2IOCA 5HBMA 3OYNA 3LWMA 1X9MA 1T8EA 1T03A 3QNNA 2E6MA 2ATQA 4N76A 1LAVA 3KD1E 2VWJA 1EETA 1FXXA 2RKIA 3NF9A 4CJQA 3OYLA 4M45A 3MAQA 1NK6A 3NH0A 4DLGA 3VQ7A 4CK3A 1I39A 3PX0A 1WN7A 3LZIA 1BIUA 2F96A 3SQ0A 2IDOA 3FFIA 3K5OA 4CHOA 3V9SA 2YNGA 1HPZA 4FJLA 4RW8A 2OZMA 4CJ3A 3NAEA 1KVAA 3QEWA 4Q0BA 4CJWA 1U45A 4FZYA 3DLBA 3RTVA 1X1PA 3ZSRA 2W42A 1VSJA 4DQQA 1VSFA 4CIGA 4B9NA 4IDKA 1CXUA 3WNEA 4Z4CA 2BANA 4DTRA 4EZ9A 5KTQA 1JKHA 1RBVA 2HHSA 3S3NA 2KFZA 4B9LA 3SJJA 1NJXA 2YHBA 4KHSA 1HYZA 4C8MA 4AHCA 4CGFA 4JRPA 1YTAA 4E19A 4BDZA 1UAXA 3ITHA 4DQPA 4Z4FA 3P5JA 3NGZA 1J5OA 2D5RA 3VQ8A 5I3UA 1CZBA 3LZJA 4E0DA 4O0IA 2Q3SA 1RT5A 1S1UA 2OPRA 4UQGA 2P1JA 4PY5A 4CEZA 3U6FA 1NK4A 3MECA 4J2DA 1NJYA 2XY7A 3D0PA 3MXJA 4HTUA 1TK0A 3LP2A 2BE2A 3OJUA 1RBTA 1KSPA 4FK2A 3EYZA 2VG6A 2WOMA 4FK4A 1W0HA 3H08A 4CHNA 1TAQA 3ZSOA 1TK5A 3AVLA 4LH5A 2A1SA 3M8PA 4RW6A 5CY4A 1VSDA 3LP1A 1T7PA 1NK0A 1W9HA 1IKVA 3LAKA 3DLHA 1EP4A 1QSSA 1UOCA 5J2QA 3ZSXA 2HHVA 4CESA 3LP3A 3DLRA 4CF0A 3L2VA 4CJTA 4W5QA 3K58A 3C94A 1VSLA 4EZ6A 1KVCA 3KKSA 1CLQA 2LSNA 4DTXA 1C1BA 1RT4A 3E01A 5J2NA 1C1AA 5DMRA 2QKBA 1UWBA 1HRHA 2GUIA 1SKWA 1RNHA 4W5TA 3RMBA 3LPTA 1U4BA 2B5JA 1NJZA 1Z25A 1SKRA 4B3OA 4QCLA 2EX3A 4KHWA 3MXMA 5FRNA 4IG0A 2QK9A 2Z1HA 1QE1A 3ALYA 3TAQA 4N47A 4FJIA 4E7KA 4F3OA 2F8SA 4IFVA 3KKRA 5HROA 1XI1A 1RT3A 3DOKA 4AILC 1S9GA 4KAZA 4DFJA 4KB0A 1RBUA 1CZ9A 4FM1A 1L3TA 4AHVA 3LANA 1SL0A 2P51A 3OYDA 3VA0A 2HHUA 5HRSA 1VSMA 3LDSA 4Z0UA 4HUFA 3T1AA 5HP1A 1NK7A 4CE9A 1B9DA 2YNFA 4DSLA 2HVHA 2EHGA 1LW2A 3AVCA 3QEXA 1Q9YA 1ASVA 1G15A 1VSKA 1T05A 5E41A 4CJLA 3QETA 4PUOA 3JSMA 3IRXA 3VQ4A 3OYIA 4CEAA 3M8RA 4MQ3A 3HK2A 3O3FA 4CJFA 1HYVA 1C1CA 5HLFA 4FJMA 4FJ7A 4M3UA 1YTUA 4FJ5A 2VWKA 2B6AA 3OS0A 3TAPA 5K14A 2P5OA 4FJXA 2X74A 1L3UA 2X6NA 4C8KA 2PYJA 3HPOA 2KQ2A 4FJHA 4DU4A 1NOZA 4LSLA 1HNIA 1WAJA 4CERA 3OJSA 4KTQA 1BI4B 1RILA 4N56A 1UA0A 2HNDA 4DQIA 4JLHA 1IKYA 1EXQA 1TKDA 3G10A 3QIOA 3LP0A 2BDPA 4FJKA 1N5YA 3ASMA 3DM2A 4BE2A 4AHRA 1TK8A 3AVAA 4CJRA 4ELTA 4O44A 1VSEA 1RTHA 1WLJA 3MEEA 4FW1A 3AV9A 4CHPA 3ZT4A 4FCYA 4LY7A 4FM2A 1ZYQA 4KREA 4KRFA 4W5OA 4B9SA 4FJGA 3AA3A 4CJVA 2F8TA 1TAUA 5C42A 3SV4A 4E7HA 4CHQA 2OPQA 3PX6A 4HCBA 1D9FA 1Q8IA 4DS5A 1TGOA 2G8UA 1NK5A 4CJSA 2DTUA 4CEQA 3B6PA 2YV0X 1RCHA 3HSTB 3VQQA 4AHTA 4N5SA 3OYCA 4OPKA 3KLFA 3LWLA 3WNFA 3OS1A 1U47A 3AVIA 2IGIA 4JS4A 4EP5A 2YKNA 3T3FA 3SUQA 1NK9A 1A5WA 1DLOA 1RDDA 4CECA 4CJPA 3V9UA 1JL2A 5C25A 3EZ5A 1GOBA 1R0AA 4I9QA 4OGCA 3HM9A 2RF2A 1BQMA 5FROA 4ID1A 3ZSVA 3O3HA 3V6DA 3CQ8A 4CJKA 3HVRA 5CYMA 2HVIA 3T19A 1BISA 4DSKA 1TKZA 1FK9A 4DTNA 2YNIA 3A2FA 3SV3A 4GMJB 5KGWA 4DTPA 1RBRA 3VN5A 4J2EA 3DRRA 1IG9A 2HHQA 4OLBA 3NF7A 4FW2A 4KFBA 3P1GA 4OKEA 1ASWA 4CIFA 2FBXA 3B6OA 3DLEA 1SL1A 3VQDA 4CJUA 3VQ6A 4CF8A 3QEPA 4KV8A 3O3GA 3HT3A 1JXEA 1Y97A 3AA2A 3C6TA 4DLEA 4IFYA 1CXQA 2OA8A 3ISNC 3DRPA 4KKOA 1HMVA 4E1MA 4Y1CA 5HRRA 5KRTA 2XHBA 4B9TA 3LALA 2ETJA 4B9VA 1RT1A 3KLIA 1XWLA 4OVLA 3AVMA 1BI4A 4H4MA 4FLVA 4DFPA 1C0TA 1S9EA 2DFHA 1RTJA 2HMIA 3IS9A 3AA4A 3NFAA 4CGHA 3PY8A 2KW4A 4L8RB 3U3GA 1JLCA 4OPJA 2G8IA 4CEFA 2I5JA 4E3SA 3SQ1A 4RW7A 3M8SA 3VQCA 1GOAA 4CIEA 3SNNA 3HVTA 3S3OA 2XY5A 4BWMA 1JLFA 1LV5A 4IKFA 1J53A 4W5NA 2OPPA 3K5NA 1S1VA 4DS4A 1L3SA 3AO2A 3RR8A 4FJ8A 3MEDA 3K2PA 4CHYA 3RMCA 4F8RA 1FKOA 3L3UA 3VQBA 2XY8A 2IC3A 4CEDA 3CM6A 2XY6A 3LPUA 5J2MA 1YVUA 3AVNA 3NGIA 1SKSA 4NYFA 4DSJA 3RWUA 4HUEA 2FBYA 4YFUA 4E7LA 4DU1A 4B9MA 3RRHA 4E7JA 3L2WA 4DTJA 3L3VA 1KLMA 4E1NA 4B8AB 5CYQA 3ZSQA 1TVRA 4OGEA 4FLYA 2NUBA 4DSIA 3S9HA 2IS3A 4DTUA 1SUQA 1L5UA 3PO4A 3NF8A 1SL2A 4FJNA 3SYZA 3HP9A 3ZT1A 3UIQA 1S6QA 3G0ZA 4DTMA 3KLHA 1TL3A 4DSFA 3NH2A 1D8YA 3ULDA 2DY4A 4H8KA 2Z1GA 3OYJA 4QOZB 4FLTA 4DF8A 3CG7A 2AJQA 4CJEA 1D5AA 4LD0A 3TAMA 4CGDA 3OYFA 3VA3A 3D45A 1NJWA 4M3ZA 3HYFA 4HHTA 3KIOA 2VG7A 4XIUA 3OS2A 3L2QA 1C0MA 3EY1A 1J54A 4BACA 3THVA 3QO9A 3DMJA 5JS1A 1B9FA 2ITGA 3I8DA 2G8WA 1DTQA 4M3YA 3HPHA 2G8KA 3OYBA 1I3AA 1ZBLA 3ZSZA 5C24A 3O4QA 1IKXA 1JXBA 1LAWA 2D0CA 1BGXT 1KCFA 4Q5VA 4J2AA 4FJ9A 3IAYA 4CGGA 1B92A 1ZBUA 4CHZA 3RRGA 1KTQA 3OVNA 3SUNA 2ZD1A 1F21A 1S6PA 3VQPA 4KI6A 4H4OA 2YHAA 4CEOA 2FC0A 2Z1JA 5CZ1A 5SWMA 4KPYA 3P83D 1XC9A 2D0BA 4EP4A 1ASUA 4RW9A 2GBZA 3MXIA 1N6QA 1BCOA 3TI0A 2HHTA 2O4IA 3BDPA 4ZTJA 4CGJA 4I9LA 3HJFA 3TAGA 1HNVA 1TKTA 3V1QA 5I42A 1BQNA 1FKPA 4O4GA 5KRSA 1TV6A 2XO7A 4FLWA 4CCHA 4FM0A 1RT7A 1RDAA 3VQ5A 4IBNA 1LWCA 4AHSA 3QESA 2RPIA 4NYNA 4KHUA 4FLXA 1WSFA 3OYEA 3TWHA 3V1OA 4I2PA 4DFMA 5DK5A 3HXMA 4KB1A 2G8FA 1QS4A 2Z1IA 4CF9A 4CK1A 4G1QA 5KI6A 4B8CA 3KLGA 3NDKA 4Y1DA 4CFDA 2R7YA 3NHGA 3AVBA 3SI6A 4YNQA 3CFRA 1YT3A 3V81A 2DFFA 4BDPA 1JLGA 3NBPA 3F9KA 4PA1A 1QSLA 5FRMA 3C6UA 4E7IA 4Z4GA 3SPZA 3KTQA 4DF4A 1KFSA 4FLZA 4RG8A 3S3MA 3AO4A 5FDLA 2X78A 1L3VA 2OYQA 4FYDA 3SPYA 1HYSA 2KFNA 3KD5E 1ITGA 2B4JA 4CJ5A 4Z4HA 4LH4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BRCA 1WSHA 4LC9B 4B08A 3V9XA 4KH5A 3MN7A 2NRVA 3BZKA 3UKRB 4BG9A 2GWJA 4ID5A 5DM6L 4ELVA 4DQ8A 3DOLA 1KFDA 3LDOA 3DLKA 3O4NA 4Z4EA 3QBXA 4WE1A 4ZHRA 1Q81O 3BZCA 4DUYK 2P9SA 3RMAA 4DTOA 2RN2A 2GTDA 3H1QA 3ZX3A 2VQFK 4M41A 1JLBA 3DXKA 1RTIA 3VQ9A 1Y64A 1Z6RA 4R79A 4OKJA 3GOIA 3ULEB 1RBSA 5HRNA 1HNXK 3JYTA 3DLLL 1VQON 4XH5A 2HW3A 3DRSA 3CJBA 1EX4A 1KXPA 1VSIA 1W97L 4BR2A 2O8DB 3ZSWA 3CI5A 1C0FA 1Q9XA 2VG5A 1YITN 1Q86O 3E9OA 4JKAA 3P39A 1ZBIA 4BDYA 3O1WA 2Q2RA 2Y1JA 4O0JA 3CERA 2YNHA 4DSEA 3DLGA 1ZC6A 3VQAA 2ZE2A 1NK8A 1VQNN 2HBKA 3HPGA 2KTQA 4DV6K 2Q31A 3LM9A 3ZT0A 3ENOA 4CFAA 4DQRA 5KGXA 3K57A 3UKUA 5AZIA 5ADXA 5F1XA 1RT2A 1HPMA 5KPTA 1QHTA 2PAVA 4F2SA 5BRDA 4F3TA 3O6WA 1NGBA 3VOVA 2E1ZA 1WSGA 3AVJA 1JLQA 4OPHA 1U49A 2PYLA 3T7ZA 3OYHA 4IWVA 5M1KA 2HNZA 4BRGA 3AVKA 4MFBA 4DTSA 1WUAA 1U48A 4HCCA 1VQ6N 2ZF5O 1IJJA 1J9AA 1NKCA 1S1TA 3VEVA 3SAHA 1S72N 1YXQA 3OYMA 4B1XB 4DMNA 4NLCA 5GADP 2KZZA 1BL3A 3AO1A 3I0RA 1MU2A 4JI7K 4KHQA 3PLAA 2GWKA 3VGLA 3WXKA 4BRHA 1S22A 2DFEA 5LY3A 4FZXC 3J8AA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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