4CGFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO1 (108-110)TI2 (78-81)S3 (83-89)TI1 (57-60)S1 (60-68)TIV1 (67-70)S2 (71-78)TI3 (79-82)TIV2 (89-92)AH1 (94-106)AH3 (124-133)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)S4 (112-114)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgfA00
4F8RA 3RMDA 3MEEA 4XIUA 3O3HA 4FLUA 3QEPA 2XY8A 4CJ4A 3TAQA 1NJXA 3L2WA 1D9FA 1T8EA 2DFFA 1HYVA 1R0AA 1L3TA 1CXQA 1SL0A 4FJGA 1QHTA 3HT3A 3SCXA 3SQ0A 1QQCA 1KVAA 3K5NA 2Y1JA 1RT4A 4I7FA 2OPQA 5HRNA 4Y1CA 3I8DA 1A5XA 2Z1HA 5KRTA 1RILA 3V1OA 1Q9YA 3AO5A 4DTSA 3QESA 4IFYA 1RDBA 2F96A 3VQ8A 3M8PA 4F2SA 1C0UA 4WE1A 1ZBHA 1NK0A 4CF0A 2VWJA 1GOAA 1KCFA 1KVBA 3LANA 3TAFA 4CGIA 4ELVA 1YTUA 4FJNA 4QOZB 1TKTA 3OS1A 2FC0A 3SV3A 3IRXA 4CF8A 5HROA 3NF7A 3T19A 4CEQA 1BQNA 3M8RA 5DMRA 4IDKA 4H4OA 1RTHA 1BGXT 3NGYA 5J2MA 1RT6A 3V9ZA 4HCBA 4J2AA 4FZZA 2KZZA 4JRQA 2BDPA 3NF9A 1BIZA 2HHVA 1JL2A 3TAGA 3HPHA 2XY5A 1TV6A 3K2PA 3VQ6A 3SJJA 5CYMA 4M3UA 4AHRA 4CF1A 3KLHA 1HPZA 4C8OA 4ID1A 2KW4A 1VSFA 2G8FA 4ZHRA 3ZT3A 3DLRA 3DRRA 2HNDA 4I9QA 4F4KA 2VWKA 5FRMA 1BI4A 3DLKA 3ITHA 3DM2A 1BCMA 3D45A 3HVRA 3PO5A 4KAZA 4ICLA 4CIFA 2O4GA 2HHWA 4FJ9A 3VQPA 3ZT1A 4CGHA 1C6VA 1D5AA 4O0JA 3LALA 1JXEA 4N5SA 3ALYA 1HMVA 1TAQA 3AVGA 4CJUA 4CJPA 3NE6A 3CFOA 1T7PA 3DLGA 2HMIA 5EU7A 1S6QA 2HB5A 3OYHA 3NAEA 1S1WA 1NKCA 4FW1A 3L2QA 1L5UA 2DTUA 4CK1A 3K5MA 3SQ1A 1RCHA 3U3GA 1REVA 4DSKA 4CEFA 1TK8A 4B9UA 3RMBA 4Z4IA 3NGZA 4Z4GA 2EX3A 1ASWA 2HW3A 2Q3SA 3K5OA 5CYQA 3RR7A 2KFZA 1KFSA 4FJLA 2HVIA 1NKEA 3PX0A 1B9DA 3HK2A 4OKJA 3KIOA 4L8RB 4AHSA 4FLYA 2FBVA 4N47A 1UA1A 1HQEA 3NFAA 1TK0A 3HO1A 3ZSRA 2HHUA 3AVMA 1NK6A 4LD0A 3AA4A 4I2PA 2RPIA 3TAPA 2GUIA 3CM5A 4B9MA 2OZSA 2YNHA 2BANA 2HHXA 1LWFA 4R5PA 1U45A 4B9SA 4FK4A 3ZSOA 3DOLA 2A1RA 3VQ7A 2R7YA 1NOZA 3WNFA 4KV8A 4OLAA 1RT5A 2FBTA 3OYLA 4CJ3A 2X6SA 2KZMA 4CEOA 3AVAA 3OYCA 3O3FA 1J5OA 3DMJA 1SL1A 4UQGA 3QEXA 1WSEA 4HUEA 4BDYA 3SUQA 5K14A 4B08A 4E3SA 3AVCA 3RMCA 1RT1A 3AA5X 3SNNA 4CHOA 3SPYA 4E7HA 3VA3A 1JLGA 4DTJA 1BIUA 3ZSVA 1YT3A 2ETJA 2IS3A 3VQQA 2Z1GA 1JLEA 5HRPA 1N6QA 4M3TA 3MXJA 1VSDA 1RT7A 2B6AA 2PYJA 2OPRA 3C6UA 4B9TA 4Q0BA 4FCYA 3NH0A 1S1XA 4LH5A 3G10A 3L8BA 4M3YA 1LAWA 1KRPA 3MEGA 1LW0A 1Q9XA 4DTMA 4FJMA 3PUFA 4O0IA 4JS4A 1LWEA 4NYNA 1B9FA 4M3WA 1J53A 1DLOA 3OS2A 2OZMA 3VQ5A 4RW9A 2F8TA 2E6LA 4Z0UA 4J2DA 2I5JA 4DFKA 4FLZA 4CJTA 4KI6A 1UAXA 4KTWA 1SKSA 5SZTA 3S3MA 4LSLA 4E7IA 1RDCA 3VQAA 4EZ6A 3TWHA 2P1JA 2P51A 3KLIA 5KGWA 2YV0X 4KRFA 4KPYA 4Z4FA 4JLHA 4TSXA 4CGDA 4B3OA 4FJKA 2OA8A 4JS5A 2BE2A 3E01A 1SKWA 4B8AB 3IAYA 3B6PA 5C24A 3WNHA 3QERA 2G8UA 2KTQA 4CHNA 3JSMA 2ZE2A 4AHVA 3L2VA 3QEVA 1NOYA 3PY8A 5FRNA 3OJSA 2HHTA 5T7BA 2P5OA 4J2BA 1TGOA 2JGUA 1VSKA 3HPOA 2WOMA 3VQ4A 3SV4A 4DSJA 4NCBA 1FXXA 1IKXA 4FJHA 1LV5A 2GBZA 2YNIA 3DYAA 4AHCA 1RBVA 3EY1A 3AA3A 3M8SA 3LWMA 4FYDA 3G0ZA 2JLEA 3ISNC 3THVA 2BGGA 1KFDA 4DQQA 3TARA 1CZ9A 2ATQA 3HSTB 3MECA 1SUQA 3VQBA 1EP4A 4OPJA 4DU3A 1XHZA 1TK5A 1QSSA 1G15A 1VSJA 1ZBFA 3SZ2A 2GV9A 3LZJA 4QAGA 4DU1A 1WNSA 4H4MA 4O5BA 2EHGA 4KREA 4M45A 3WNEA 4CK2A 1XC9A 1UOCA 4IFVA 4M41A 3CQ8A 1X9SA 4KHYA 5J2PA 3HPGA 1VSMA 1NK4A 2IGIA 1HNIA 3DLHA 4F2RA 4KI4A 2ZD1A 1TL3A 4FJ8A 4OVLA 1IO2A 4O4GA 5SWMA 4JRPA 4DSEA 3C6TA 1QS4A 2B5JA 1LAVA 1QSLA 4BWJA 1UWBA 2VG6A 4B8CA 1JLQA 1RT2A 3TABA 1S9EA 4M3XA 3OJUA 3MEDA 2FBXA 4PA1A 2RF2A 3V6DA 1VRUA 4O44A 1FKPA 4IG0A 5J1EA 3QO9A 4CJLA 1U49A 3KLEA 3VQDA 3V81A 1RNHA 1X9MA 3QINA 4CJ5A 3NF8A 4CEBA 4NCAA 2XY6A 4DWIA 1T05A 4AILC 1BL3A 3TAMA 2VG7A 1U04A 1DTTA 1BQMA 2G8KA 4C8NA 1VRTA 1ZBLA 4B9VA 2G8IA 2Y1IA 3LP3A 1D8YA 3SUOA 1WSGA 1VK0A 2WONA 3AVFA 3VQEA 4E1NA 3OVNA 3RWUA 4Y1DA 1RBTA 3AVKA 3K59A 4YNQA 1S5JA 1EXQA 2YNGA 4HUGA 4FLXA 4DTPA 3AO1A 2G8HA 4DTOA 4ELUA 4Z4EA 1ZYQA 3V9SA 1BISA 5DK5A 4BE1A 2QKBA 5KI6A 3LPUA 2VG5A 4CHPA 4GVMA 4E7LA 5CZ2A 2HVHA 3SPZA 4F3OA 5HBMA 2OYQA 3DLEA 1BHLA 3B6OA 1I3AA 3DRSA 3V9WA 4KTQA 3D0PA 1C1BA 1S1TA 3QEIA 2E4LA 3QETA 1XI1A 3BDPA 1VSEA 3P1GA 4CEZA 3NH1A 4AH9A 2ZQBA 3PO4A 3FFIA 3RRHA 2FBYA 1GOBA 4O55A 4CGFA 4CK3A 4KB0A 3UIQA 1BCOA 4CHQA 3NCIA 4DF4A 3DRPA 4RW7A 3U6FA 1TKDA 3KKRA 4BWMA 3AO2A 4IG3A 1YVUA 3BGRA 3RR8A 4OLBA 4I9LA 4F3TA 3QIPA 2OPPA 3OY9A 5J2QA 3LZIA 4M42A 1KVCA 1J9AA 1C1AA 4FXDA 3F9KA 3O4QA 4LY7A 3MAQA 4DLEA 3LP0A 3MXMA 4PUOA 1QE1A 5I3UA 4CGGA 4CHZA 4FM0A 3P83D 4CJVA 3EYZA 1O1WA 1XWLA 4DQPA 4DS5A 3HP9A 4DS4A 2YKNA 1WAJA 1KLMA 3LAKA 4AHTA 3OYJA 3QLHA 3ZSXA 2G8WA 1EX4A 3LP2A 4CJQA 3S3NA 4PY5A 1D9DA 3M8QA 2IC3A 3KLGA 3HL8A 3LPTA 4PWDA 1WN7A 3KK2A 3ZSWA 3IG1A 3SUPA 1ASUA 2XO7A 4EZ9A 3DLBA 1T03A 2XRIA 4HHTA 4MFBA 5HLFA 3DOKA 1WSFA 3SUNA 2HHSA 2IDOA 4KTZA 2PYLA 5I42A 3OYDA 4W5OA 3OYFA 4HVJA 3O3GA 4OKEA 1JLCA 4AHUA 5E41A 4W5QA 4LH4A 3OYGA 2HNYA 4FJ5A 4QCLA 4Z4HA 2D0AA 1VSIA 2HNZA 3AVBA 1QSYA 1JLAA 3S9HA 4BE2A 2O4IA 1IKYA 4Z4CA 4B9LA 2LSNA 5JS2A 5FDLA 1RBSA 4CEDA 1S9GA 3HJFA 1U48A 4CEAA 4K8ZA 3AO4A 3U3YA 1DTQA 2X6NA 4DF8A 4DQRA 5D3GA 1HRHA 3OYBA 4K8XA 4DFMA 4B9NA 1JLFA 4FK2A 3CYMA 3ZT2A 5HRSA 2DY4A 1W0HA 1JKHA 1S1VA 2RKIA 1NJZA 2Z1IA 4KO0A 2YNFA 3MXIA 3QNNA 1HYZA 4DTXA 3LDSA 1WAFA 1FK9A 1Y97A 4CF2A 4CJRA 3HXMA 2P5GA 5HRRA 1W9HA 4RG8A 1KSPA 2YHBA 4DTNA 2PZSA 4CCHA 4CERA 2OPSA 1RBUA 3K57A 3CG7A 4CJEA 4KHQA 1JLBA 3OYMA 1KLNA 1C0TA 4OKKA 2NUBA 3HYFA 1YTAA 4FJJA 1ITGA 5CZ1A 3OYKA 4CJKA 3TAEA 4CFAA 3SQ4A 3VA0A 3KK1A 1IKVA 1IH7A 3HP6A 4FZYA 3L2RA 1RDAA 3QNOA 3KLFA 3QEWA 4OGCA 3V1QA 4BDZA 3ZT0A 3EZ5A 1NJWA 4N41A 2KFNA 1Q8IA 4BE0A 1RTDA 1UA0A 3TI0A 4N76A 4FLWA 4CGJA 2X74A 4W5TA 1RBRA 3RMAA 1TVRA 3A2FA 4OJRA 4GMJB 4I2QA 4OPKA 3AVJA 2KQ2A 4G1QA 1FKOA 2Z1JA 4H8KA 4CE9A 3OS0A 3SI6A 1NK9A 4MQ3A 1SKRA 3CFPA 2W42A 2AJQA 3AVIA 3TANA 1N5YA 3OYIA 2XHBA 1TL1A 2D0CA 4DLGA 3AV9A 4Q5VA 4CJSA 1BI4B 5C42A 5JS1A 3DI6A 4KHNA 4E7KA 1RTIA 3F73A 1S6PA 2RN2A 4CEEA 3ZCMA 1Z25A 3I0RA 3KD5E 1RTJA 2F8SA 3CM6A 4KFBA 3NH2A 3V9UA 4C8KA 1S1UA 3LWLA 4KB1A 3WNGA 1LWCA 1KTQA 1WSHA 4CHYA 3RTVA 3V4IA 4CFBA 5KTQA 4W5NA 1WLJA 3AVLA 4W5RA 2IAJA 4ID5A 4FJXA 4RW6A 2PY5A 1VSLA 4E89A 1A5VA 2DFEA 3OYAA 4DTRA 3PX6A 3LP1A 4EP4A 2QK9A 1RDDA 3QIOA 1TKZA 1X1PA 4DSIA 4RW8A 1L3SA 5KGXA 4KHSA 1EKEA 2X78A 4CESA 4LSNA 3AVHA 5J2NA 4DSLA 1VSHA 1JL1A 1ZBUA 4CIGA 4FLTA 1ZBIA 3AVNA 3HVTA 4CJWA 4M3ZA 2B4JA 4RW4A 1NK7A 4OGEA 1U47A 4CJFA 4FVMA 3HM9A 1TKXA 3AO3A 4DFJA 1LW2A 2ITGA 4GW6A 4ELTA 4DSFA 2IOCA 2QXFA 4CFDA 3IS9A 1HQUA 1IKWA 1WSIA 3OYEA 3KJVA 3NHGA 1HJRA 1B92A 1I39A 3T3FA 4ZTJA 4FZXC 4FM1A 1EETA 1CLQA 1JXBA 1WSJA 4PQUA 4DMNA 1NJYA 3PX4A 4E7JA 3VN5A 3VQ9A 1NKBA 1QTMA 3H08A 1TAUA 3O4NA 4IBNA 4E1MA 2D0BA 3ZSQA 4E19A 1L3UA 3TR8A 3NBPA 4DFPA 4KKOA 4M3RA 3PV8A 3L3VA 2E6MA 1RT3A 2DFHA 4BACA 4FLVA 1C0MA 2YKMA 3L3UA 1L3VA 3ZSYA 3K5LA 3SYZA 3T1AA 3KK3A 1Z26A 3ASMA 3L2UA 3NGIA 2D5RA 2YHAA 4HUFA 4DU4A 3KD1E 4FK0A 3ULDA 1NK5A 1IG9A 2A1SA 1CXUA 4DG1A 4FW2A 3LAMA 4DQSA 3K58A 2G8VA 1A5WA 3KTQA 3RRGA 4KHWA 5CY4A 3VQCA 3V1RA 1CZBA 3KKSA 4NCGA 5FROA 4CFCA 3SQ2A 4HTUA 4DTUA 3NF6A 4FJIA 4BDPA 1SL2A 1HNVA 3OYNA 5C25A 4EP5A 4ZTFA 3P5JA 3JYTA 4FJ7A 1HYSA 4CF9A 1MU2A 4CIEA 4FM2A 1C1CA 4N56A 4IKFA 4DQIA 2XY7A 4HCCA 4CECA 3CFRA 3C94A 4C8MA 3C95A 4C8LA 5HP1A 4E0DA 3ZT4A 1GOCA 1X9WA 3ZSZA 4J2EA 3S3OA 2HHQA 1J54A 1ASVA 1U4BA 1F21A 1K6YA 1SV5A 1XHXA 4NYFA 2QKKA 4KHUA 3I0SA 3NDKA 5KRSA 3V9XA 3AA2A 4YFUA 1NK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RMDA 5AQGA 3VEWA 4OO1J 3D2EA 4CJ4A 3L2WA 1WBDA 2DFFA 3HM8A 2OANA 3O1WA 3WQUA 3SQ0A 3VGMA 1QQCA 4F9OA 2GUPA 2Y1JA 3ZETB 4KH6A 5HRNA 2Z1HA 5KRTA 4YORA 3MN9A 4JKHA 3DWLA 3QFPA 4DTSA 4F2SA 1Q18A 3M8PA 4PL8A 4BC3A 3OS1A 5AQWA 1P90A 3IRXA 3T19A 4FZZA 5FLXO 4PKGA 4NB4A 3TAGA 2XY5A 1YUWA 4M3UA 4ID1A 2KW4A 3NVMA 2G8FA 4B1WB 3DLRA 4F4KA 4HWIA 3ITHA 3D45A 3O1BA 2FF6A 4CIFA 3CMAN 2HHWA 2H3GX 3ZT1A 2CGLA 4H5WA 4ISGA 1TAQA 3CFOA 5EU7A 3AY9A 3IKMA 1S1WA 1K9MO 3K5MA 1RCHA 3U3GA 3P38A 3QFUA 1HUXA 1TK8A 3AGRA 3DLLL 3R9PA 4Z4IA 2EX3A 2AP1A 3WXMB 1NNEA 3RR7A 2KFZA 1KFSA 1IG8A 4FJLA 2HVIA 1BUPA 4JI1K 3KIOA 4AHSA 2FBVA 1UA1A 1HQEA 3NFAA 1T6DA 3ZSRA 5GINA 4KH4A 4I2PA 3TAPA 2GUIA 2KKZA 3ZSOA 1E4GT 2A1RA 2P9UA 2R7YA 4OLAA 4BRNA 1RT5A 2X6SA 1YVNA 4FWQA 4UQGA 1O13A 4CW7B 1DKGD 3SUQA 3UKRA 3AA5X 3SNNA 3M1FA 3Q7BA 3SPYA 5EVZA 4E7HA 5AQNA 4BRMA 5M1OA 2Z1GA 3C65A 3K9KA 2PYJA 1Y64A 2OPRA 4BY9C 1S1XA 5AQQA 4LH5A 3G10A 3QBWA 2O8BA 1VQPN 1WBBA 3CC7N 4O0IA 3OBYA 1LWEA 5AR0A 1KAYA 3VQ5A 4RW9A 1NWKA 3BF1A 4Z0UA 1OKJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3OJU A;  1NGH A;  4PA1 A;  2RF2 A;  4FJ9 A;  1U49 A;  3KLE A;  4CD1 A;  1RNH A;  1X9M A;  3VEV A;  5AQO A;  2O8D A;  3J7Z O;  1BL3 A;  2QI2 A;  2YJF A;  3H46 O;  2VG7 A;  4C1N I;  1DTT A;  1ZBL A;  1VRT A;  1VQN N;  2G8I A;  2Q31 A;  3LP3 A;  4DR4 K;  3SLC A;  3OVN A;  5JVG L;  2D4W A;  4E1J A;  3AVK A;  2YNG A;  4Z4E A;  4IOX A;  3MX2 A;  5DK5 A;  3V9S A;  4A62 A;  2QKB A;  3WEE A;  2VG5 A;  3CPW M;  1NMN A;  4FWP A;  3SPZ A;  3B6O A;  4KTQ A;  4UY8 O;  2E4L A;  2ZJR L;  3DXM A;  3ID8 A;  3BDP A;  1EQY A;  3NH1 A;  5IWA K;  2ZQB A;  3FFI A;  4DV2 K;  5GAH P;  3H1Q A;  1NGC A;  4CK3 A;  3PSI A;  2VWB A;  3HRG A;  3T7Z A;  3RSE B;  3NCI A;  2HOE A;  2YCH A;  3DRP A;  4DF4 A;  1TKD A;  4BWM A;  4MDB A;  3BGR A;  4CBU A;  4I9L A;  4F3T A;  4BRE A;  5J2Q A;  3LZI A;  1C1A A;  3MXM A;  3J7Y P;  4DLE A;  3VPZ A;  4CHZ A;  4FM0 A;  4CJV A;  1VQ8 N;  3OTO K;  1O1W A;  3CER A;  1OH7 A;  4DS5 A;  4DS4 A;  3OYJ A;  4AQY K;  1EX4 A;  1YJW N;  3S3N A;  1U2V A;  3K9J A;  1BO5 O;  2HHH K;  3WUH A;  4EZ9 A; 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 1HLU A;  4KB1 A;  4FO0 A;  1BWF O;  1ILY A;  1WSH A;  3OBW A;  4ID5 A;  3CCU N;  2P9I B;  4QS9 A;  4GY2 B;  3VEO A;  3T1Y K;  3CJ9 A;  3BP8 A;  1L3S A;  1VSH A;  4CVN E;  4H5N A;  4CI6 A;  4CJW A;  1NK7 A;  1TKX A;  3AO3 A;  3E1Y A;  4DFJ A;  2ITG A;  1VQ9 N;  2JWK A;  3IS9 A;  1IKW A;  3KJV A;  3ENB A;  4B9Q A;  5FPE A;  4ZTJ A;  4PQU A;  1NJY A;  4WCE L;  2IVP A;  1NKB A;  1QTM A;  3MWT A;  3O4N A;  4IBN A;  5ADX H;  2GX9 A;  2E8A A;  4K43 A;  1L3U A;  3TR8 A;  3NBP A;  3J80 O;  1W97 L;  3QML A;  2DFH A;  2YKM A;  3L3U A;  1S3X A;  5M1K A;  1NK5 A;  2P9L A;  3MN5 A;  1IG9 A;  4FWK A;  4KHW A;  5CY4 A;  3KKS A;  4A57 A;  4DTU A;  4BDP A;  1BA1 A;  3OYN A;  5C25 A;  3JYT A;  4CIE A;  4FM2 A;  1C1C A;  3CJ7 A;  4DQI A;  4C8M A;  1N34 K;  4E0D A;  1X9W A;  3ZSZ A;  4J2E A;  3S3O A;  4IOC L;  4RCH A;  3QB0 A;  2VCP A;  2E1Z A;  4IO8 A;  4YHH K;  4YOV A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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