4CGHA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cghA00
2YHAA 4IDKA 1IKXA 1S9EA 2NUBA 3WNHA 4HUFA 4DTXA 1KFSA 3AVLA 3ZSXA 1W0HA 2HW3A 3V4IA 2D5RA 2Z1HA 2XY7A 4LD0A 4KTWA 3ZSVA 1J9AA 3VQ9A 3SZ2A 1HQUA 4FM2A 2XY6A 1JLFA 2A1RA 3DI6A 3PX0A 4RW7A 1LWCA 1BGXT 1RBUA 3AO3A 3TANA 1Q9YA 4CEDA 1GOBA 4CF9A 2KZZA 1KLMA 3PO4A 3AVFA 3V1RA 3RRHA 4O55A 2WONA 3JSMA 3ZT1A 3CG7A 5HRPA 3RR7A 2KFNA 4DWIA 3K57A 1JKHA 2EX3A 1L3VA 1RDDA 4E7LA 4CE9A 5KRSA 3D0PA 3SUOA 3KKRA 4F8RA 3MXJA 3KK3A 3MXMA 1WSGA 1IO2A 2PYLA 2FC0A 1JLGA 3KTQA 5HBMA 2HNZA 4CFAA 1X9MA 4GMJB 1IG9A 1D8YA 1DTTA 3AO1A 3RR8A 3DLGA 3F9KA 4M3XA 1JL1A 3V1QA 3AVJA 3VQ5A 4DU4A 3HPGA 1T8EA 4FJ8A 1A5XA 1X1PA 1S1XA 2O4IA 3QETA 3OYMA 4DSJA 3CM5A 4CJWA 5KTQA 2Y1JA 1BCMA 3HJFA 2D0BA 4W5OA 4DQRA 1GOAA 4B9SA 2GBZA 2HHXA 4CJVA 3DOKA 4M45A 4DFPA 1NJYA 4FJJA 3IRXA 4DU1A 2XO7A 5HP1A 4FJ5A 4OJRA 4KHYA 4F2SA 4Z4FA 1IKVA 3C6TA 4I7FA 3AA4A 3KK2A 3MAQA 4KHUA 4QCLA 3SV4A 2PY5A 1EP4A 3VQEA 5HLFA 2O4GA 1L3SA 1BIUA 4ICLA 1S6QA 1RT3A 3LP1A 4CF0A 2AJQA 4HCCA 2KW4A 2IAJA 2IOCA 4CJEA 2B4JA 3SCXA 4DQIA 1KVAA 1TAUA 4DSIA 4CK2A 4FW2A 2IC3A 4CJPA 3HT3A 2P5GA 2FBYA 4N47A 4N76A 1UA0A 3TR8A 4EZ9A 3I0SA 1ZBLA 1QHTA 1RBSA 1T7PA 3V9SA 4AILC 1CXUA 3NGIA 1HYVA 1C1CA 4CIFA 4FLTA 3OS2A 3O3HA 1VSEA 3DLBA 1W9HA 2VWKA 4RW8A 3ITHA 5J2MA 4RG8A 4IG3A 2GV9A 3HPHA 4CJRA 3K5MA 3BDPA 1Z26A 2DTUA 1KCFA 3ZSYA 4FZXC 4M3TA 5J2NA 1U4BA 1G15A 4GVMA 1Z25A 3C95A 3AVGA 4M42A 2HHTA 1EETA 4DTPA 3SPYA 3HL8A 4FM0A 1RDCA 1C1BA 1TV6A 3MEDA 3AVMA 4DTMA 1S1TA 2RPIA 3AVBA 2JGUA 3ULDA 3HO1A 1HPZA 3AVAA 4W5QA 1N6QA 4M41A 2EHGA 4BACA 2PZSA 3LPTA 1C0UA 2Y1IA 4Y1CA 3ZT4A 1TL3A 1VSLA 2ETJA 4CJQA 3OYLA 4DTSA 3QEIA 1NJWA 4ZHRA 1RBRA 3DMJA 2W42A 3TAFA 3S9HA 3SJJA 2P5OA 4EP4A 4K8ZA 2HHVA 1TKDA 1UWBA 5C42A 1RT5A 5CYQA 1FXXA 2ZE2A 3VQ6A 3NDKA 1YVUA 1KFDA 4BDYA 3OYDA 1NK7A 2DFFA 4KPYA 1NKCA 3QLHA 3CFRA 4J2DA 5CZ2A 4DTRA 1HJRA 3EY1A 1C0MA 1JXEA 1JLQA 1RTIA 1S5JA 4FJMA 3ZT3A 2G8UA 4N41A 4CGDA 4B9UA 4EZ6A 4CGFA 3EYZA 3V1OA 1C1AA 1NOYA 3WNEA 4DSKA 4PQUA 4IFVA 5HRSA 4FLVA 3ISNC 1BI4B 3RMBA 2F96A 3TAQA 5FDLA 3CFOA 3NBPA 4K8XA 1TKZA 4FLUA 3U3GA 1VSJA 3SV3A 1ASVA 1S1VA 3L2QA 4DTUA 4KHSA 3HK2A 1U45A 1MU2A 2Q3SA 1Q9XA 3THVA 4OKEA 2F8SA 1UAXA 1DTQA 3NAEA 1F21A 1YT3A 3RMDA 2Z1GA 1JLCA 1S1WA 1J54A 1B92A 2OZMA 2JLEA 4JS5A 4YFUA 3VQ8A 4CJ5A 2HMIA 3IS9A 5J2PA 3AA3A 3KJVA 3M8SA 3NHGA 1VRTA 3TAPA 3K5OA 3ZT2A 1RBVA 2VG5A 4E7IA 3IAYA 4H8KA 1ZYQA 4AH9A 1JL2A 4CERA 4ELUA 1QSYA 4KTZA 2X78A 4BDZA 3OVNA 1BCOA 4H4MA 3PO5A 2YHBA 3LAKA 4DFJA 2KZMA 3TI0A 2XRIA 4PY5A 5FRNA 1WAJA 5EU7A 1T03A 3DLKA 4RW6A 1ITGA 2OPPA 1SL0A 1ZBIA 3UIQA 4AHUA 2HVIA 4W5NA 1X9WA 4Z4HA 3SYZA 1TKXA 2A1SA 4CGJA 3OS0A 3S3NA 1RDAA 2YNIA 3HVTA 4BWMA 1QTMA 3NGYA 5C24A 3NF9A 4Q5VA 3LP2A 4DS4A 1SL2A 3A2FA 4CJLA 2RN2A 4M3UA 1Y97A 1TK5A 1KVBA 3HVRA 4KO0A 5HRRA 2P51A 3PUFA 2YKMA 4IKFA 1D9FA 1CLQA 1DLOA 2PYJA 4B3OA 3RRGA 1R0AA 4CECA 4M3YA 4IFYA 4M3RA 4B9MA 4BDPA 4DFKA 3V9XA 3I0RA 1ASUA 3ZSRA 4C8NA 3L8BA 2KTQA 4FZYA 3NFAA 2XHBA 2Z1JA 3DYAA 1RILA 4B08A 3OYAA 1A5VA 3DRSA 3O3GA 1HRHA 4CJKA 3SQ0A 1RT7A 3P1GA 3TAGA 4CK1A 1B9FA 3HM9A 1L3UA 4FLXA 4FJXA 3CYMA 4FZZA 2KQ2A 3HP9A 1YTUA 3C6UA 2WOMA 4R5PA 4B8AB 3D45A 3PX4A 3LANA 1RBTA 3LP0A 2G8HA 4HTUA 1TVRA 4FJ7A 3QEXA 4KB0A 4N5SA 4DTJA 4CGHA 1RTJA 1I39A 3AO2A 2OPQA 1TGOA 4NYNA 3OJUA 5HROA 3OYNA 3TWHA 1XI1A 1NK0A 1KTQA 5K14A 1YTAA 4CIEA 3SUPA 2HB5A 2R7YA 1U49A 5KRTA 2HHUA 2OYQA 4E7JA 4NCGA 1NOZA 3L3UA 4PA1A 1ZBUA 3K58A 4MFBA 4CFDA 3TAMA 1RNHA 5C25A 4Z4EA 4CIGA 1JLBA 3QIPA 1BIZA 1FKOA 3QIOA 2OZSA 1RT2A 1D9DA 3KD5E 3EZ5A 3VN5A 5T7BA 4FW1A 3B6OA 1BI4A 1WSFA 4HVJA 1KVCA 3HYFA 3OYEA 1TL1A 3TAEA 1SV5A 2X74A 3G10A 3ZT0A 4CF8A 4UQGA 1SL1A 3U3YA 4J2BA 4DSEA 4IBNA 2HVHA 3NF7A 2BDPA 1B9DA 1LAWA 2QK9A 1NK5A 1Q8IA 4E3SA 3AVNA 3ZSOA 4CJSA 1SKSA 4DFMA 2IS3A 4CJ4A 3V9ZA 4DQSA 5KGWA 4O5BA 4OPJA 3KIOA 5FROA 3VQAA 1WSEA 4MQ3A 4AHVA 4KFBA 4KRFA 1S6PA 2B5JA 3HSTB 4XIUA 4JRPA 4I9QA 3G0ZA 4NCBA 1LWFA 3L2WA 4QAGA 4CGGA 4CCHA 4FJHA 3OY9A 4I2QA 1KLNA 4RW9A 3O4NA 3LWLA 1IKWA 2BGGA 5I3UA 4OVLA 2QKKA 2OA8A 4F4KA 3LALA 3SUNA 1HYSA 3KLIA 1QE1A 3AVKA 3NH0A 3LZIA 4DQPA 4FYDA 1WNSA 4QOZB 1RTHA 3L2RA 4F2RA 3DOLA 3WNGA 3MECA 1HYZA 1TAQA 4LY7A 1NK8A 1FK9A 4CEOA 1U48A 3LPUA 1ZBHA 3HPOA 1HMVA 2IDOA 4KHQA 3IG1A 1EXQA 2FBTA 1SKWA 4KREA 3AA2A 4FCYA 4FLWA 1UA1A 4F3OA 3E01A 3O4QA 1T05A 3K5NA 4CJ3A 3ASMA 3FFIA 4E7HA 4N56A 3PV8A 3OYKA 1U04A 2ATQA 5HRNA 3KLFA 4O44A 4CJUA 5E41A 3T19A 1WSIA 4CESA 3NH1A 1U47A 1EKEA 3VA3A 4E7KA 3NCIA 4HHTA 1NKBA 4KHNA 1VK0A 1QS4A 2QKBA 4CEEA 4DTNA 3VQDA 1CZBA 1VSFA 3S3MA 5J2QA 1WSJA 4HUGA 5FRMA 2RKIA 1RDBA 1K6YA 2YKNA 2RF2A 4E1MA 3OS1A 4AHSA 3DM2A 4CHZA 4DLEA 3KD1E 4Z4IA 4DMNA 1JLAA 2HHSA 1TK0A 4NYFA 3AA5X 3OYHA 2BE2A 3K5LA 3DLRA 3TARA 2XY5A 3LWMA 4C8KA 4ELVA 4J2AA 4OLAA 3SPZA 4O4GA 1NJZA 3KKSA 2ZD1A 4Z4GA 2Z1IA 2E4LA 4FJLA 2YNHA 4M3ZA 2E6MA 4FK2A 1QQCA 4FLYA 3QESA 4JLHA 4B9NA 3LDSA 2OPRA 3OYJA 2OPSA 4DTOA 3MEGA 4CEZA 4DU3A 4CJTA 4DF4A 2F8TA 4OLBA 4B9VA 3B6PA 2D0CA 4LH5A 4TSXA 4LSNA 1ASWA 4YNQA 3V6DA 3OYCA 4HCBA 4KAZA 4FM1A 2LSNA 5SZTA 4O0JA 3RMAA 4PUOA 1CXQA 4E1NA 4BWJA 3SQ1A 2BANA 3CM6A 5JS1A 4ID5A 1GOCA 3P5JA 3NH2A 3S3OA 5CYMA 2G8FA 2G8WA 3ZSWA 1S9GA 3DRRA 2QXFA 3VQ7A 3SI6A 2HHWA 3I8DA 2ZQBA 3QERA 1C0TA 3QNOA 4I9LA 1XWLA 4AHTA 1RT4A 3DRPA 3DLEA 2DFEA 4CHNA 4JS4A 1JLEA 3PX6A 3P83D 1L5UA 4OKKA 1VSIA 1XC9A 2E6LA 3L3VA 2YV0X 3F73A 3KLHA 1NKEA 4J2EA 1C6VA 4B8CA 3RTVA 2XY8A 2IGIA 4CEBA 4FJGA 2KFZA 3OJSA 4KHWA 5SWMA 2FBVA 4CHYA 4JRQA 2X6NA 4KB1A 4DF8A 1O1WA 1NJXA 4KI6A 3SNNA 3VQ4A 4W5RA 1NK9A 3TABA 4CHPA 3AVCA 1LV5A 3ZSZA 2FBXA 5I42A 4FLZA 4W5TA 4RW4A 3V9WA 1RT1A 3C94A 3VQBA 1QSSA 4CF1A 4B9LA 4FJ9A 1CZ9A 2G8VA 2HNYA 2X6SA 1IH7A 2B6AA 4E89A 1X9SA 4FVMA 1J5OA 4L8RB 1HQEA 4FK4A 4FXDA 3OYGA 3ALYA 2G8KA 1HNVA 1WAFA 4GW6A 4E0DA 5CY4A 3OYBA 1TKTA 4C8LA 4OGEA 3NF8A 1RT6A 5DMRA 3CQ8A 3T3FA 4CFCA 3QEWA 3QNNA 1NK6A 4LH4A 3HXMA 3LP3A 4CEAA 3ZCMA 1EX4A 4DSFA 4LSLA 1KSPA 4H4OA 4CHQA 4ZTJA 3SQ4A 4Y1DA 4Z4CA 4BE1A 3H08A 4E19A 4M3WA 5DK5A 3VA0A 3K2PA 2YNFA 3CFPA 1LW2A 4O0IA 3OYFA 1TK8A 1I3AA 2HHQA 4CK3A 3VQPA 4Z0UA 3KLGA 4OGCA 1QSLA 5KGXA 4KTQA 1XHZA 4Q0BA 4B9TA 3HP6A 2I5JA 4HUEA 3PY8A 1ZBFA 1SKRA 3JYTA 3AVHA 3OYIA 3V81A 4WE1A 3M8QA 3VQQA 1FKPA 4C8OA 3T1AA 3KK1A 4AHRA 1JXBA 2VG6A 1LWEA 1WLJA 4KV8A 1RCHA 4EP5A 4CEQA 3SQ2A 5D3GA 1RTDA 1VSDA 3L2VA 3BGRA 4I2PA 3O3FA 1VSHA 3QEPA 3U6FA 1SUQA 3NF6A 3NGZA 1LW0A 4DSLA 3QO9A 4DS5A 4OPKA 3AV9A 1WN7A 5KI6A 1REVA 4ZTFA 3KLEA 4CHOA 4CGIA 1BISA 4ID1A 4KI4A 1HNIA 1VRUA 4CEFA 4CJFA 4DG1A 2HNDA 4BE2A 3L2UA 2P1JA 1UOCA 1IKYA 4DLGA 1VSMA 4G1QA 4FK0A 1N5YA 4F3TA 2VG7A 1BQMA 3M8PA 3QEVA 4C8MA 1BL3A 2VWJA 1A5WA 4OKJA 2G8IA 5CZ1A 3LZJA 4IG0A 2GUIA 1L3TA 1LAVA 2YNGA 3QINA 3ZSQA 2ITGA 3VQCA 3DLHA 3AO5A 3RWUA 4FJIA 4NCAA 5JS2A 1BHLA 3V9UA 1WSHA 3MEEA 1S1UA 4AHCA 3K59A 1KRPA 4FJNA 3AVIA 1BQNA 1XHXA 3AO4A 3M8RA 3NE6A 4DQQA 4FJKA 1D5AA 4KKOA 2DY4A 1J53A 5J1EA 4CF2A 3MXIA 4ELTA 3LAMA 2D0AA 3WNFA 4BE0A 4PWDA 2DFHA 4CFBA 1NK4A 3RMCA 3SUQA 1VSKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3J7YP 4DTXA 3VEZA 3PLAA 4HUFA 1KFSA 5HOOA 1W0HA 3ZSVA 4FM2A 4BC2A 3OA9A 4H03B 3L6QA 4CZKA 1LWCA 3SJHA 4JK7A 3TANA 1GOBA 2KZZA 3AVFA 4BVPA 3RRHA 2E2NA 2WONA 4BC4A 3CXCM 4A59A 4CZHA 1EQYA 3WXLA 4DWIA 2EX3A 1L3VA 1HPMA 2NLXA 3D0PA 3GG4A 3U8XA 4IOAL 1IO2A 1NWKA 4DR3K 1JLGA 1HJOA 5AQXA 1IBMK 4CFAA 4JD2A 5GIOA 4H5VA 2CGKA 1T8EA 1SZ2A 2FSNA 3OYMA 2D0BA 4W5OA 1FW6A 2GBZA 4X65K 4FJJA 3DOKA 4M45A 1NJYA 4DU1A 2XO7A 4Z4FA 4F2SA 3C6TA 4QS8A 3DJCA 3AA4A 5AQJA 2PY5A 4BREA 1EP4A 4AM7A 4CF0A 5F1XA 5H1SQ 3SCXA 2VQFK 4FW2A 2FBYA 4N47A 1UA0A 1JJ2M 1T6CA 1X3MA 1IJJA 3V9SA 1CXUA 3RVCA 3THXA 1HYVA 4CIFA 4FLTA 3O3HA 3H1QA 1XMQK 1EO1A 4WF9L 3ITHA 5M1NA 4HTLA 3BDPA 1Z26A 3CJBA 3ZSYA 4FZXC 3AGRA 4M3TA 4OX9K 4RWTA 3C95A 3MN6A 3S41A 3AVGA 4CZIA 4CZEA 4FVUA 3QBXA 4DTPA 1S22A 3HL8A 3P31A 3SPYA 1VQ5N 4MO4A 4CBUA 3I8BA 4QS7A 3AVBA 3HO1A 4K0KK 2VYPA 4M41A 2O8BB 1VQPN 3I56N 4NB4A 3QEIA 1IG8A 3OYLA 2W42A 3TAFA 4JAXA 2NRVA 1UWBA 3BZCA 1S72N 3OYDA 1NK7A 1NKCA 3QLHA 4FO0A 4DTRA 4WQ4C 3WQUA 1YVNA 2V52B 2P9UA 1S5JA 3CC7N 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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