4CGIA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgiA00
1WSFA 4E7IA 4OPJA 1VRTA 3NCIA 4RW4A 5I3UA 1NOYA 2P51A 4FLWA 1U4BA 4DU4A 5KGXA 1IH7A 1XHZA 1SKWA 3KD5E 1L5UA 1IO2A 3LWLA 1CXUA 4FJLA 3RMCA 1K6YA 1SUQA 1VSDA 3SCXA 3LP3A 2IS3A 3U3YA 3H08A 5I42A 4DQRA 4DQPA 3PV8A 1BHLA 2HHUA 4UQGA 3VQDA 2HB5A 1RTJA 1CLQA 4GMJB 3AA4A 3RRHA 3OJUA 4I9QA 3MAQA 3AV9A 1FXXA 1VSEA 2Z1HA 3NE6A 1ZBFA 1RDAA 3ZSVA 4Z4GA 1TKZA 1D8YA 1X1PA 2QKKA 3KLEA 4DMNA 4CFCA 4E7KA 3OY9A 5C24A 4W5RA 3AVMA 3AVGA 3K2PA 5DK5A 4CEFA 3KK1A 1EETA 2FC0A 1C0TA 2IGIA 1EX4A 4CJSA 3OYFA 3L3VA 4ICLA 3G10A 4W5TA 1KVAA 1KVBA 4DSJA 3P83D 1GOAA 3SPZA 4CEEA 3CFRA 4HUGA 4PY5A 3RMDA 4O55A 4TSXA 4Y1DA 3M8SA 2QKBA 4E7JA 1BCMA 1RBVA 3ZT2A 4CK3A 3CFPA 1O1WA 4JS5A 1RBRA 3K5OA 3ZT1A 1VRUA 1KRPA 5CY4A 4Q0BA 1HJRA 3ALYA 3RRGA 1BI4A 2D0BA 4CIEA 2LSNA 1X9WA 1KCFA 4CHYA 4OGCA 3AVNA 4H8KA 3DRRA 4Q5VA 3DLEA 3SQ2A 4CHPA 3ZSYA 1ZBLA 1HYZA 4CF8A 1DTTA 3L3UA 2WOMA 3SUOA 4CJKA 4DQIA 1CZ9A 2QK9A 1RTDA 4CGDA 5FDLA 4CCHA 2KFZA 4CEZA 4M45A 1ZYQA 1NKEA 4DFPA 4OLAA 2YKNA 2HNYA 4FW1A 4YFUA 3NHGA 1L3TA 3V1OA 4F3TA 1W0HA 2PYLA 4CJ5A 4KAZA 3TAPA 4DTRA 1RT3A 3K5MA 3NGZA 1NJYA 4CERA 1VSJA 1TAQA 4CJTA 3DRPA 4RW9A 4CJRA 3OJSA 3DI6A 4KB0A 3OYKA 4FJJA 4ELVA 2KTQA 1NOZA 4QOZB 2HHVA 3MEGA 4DSFA 4I2PA 4OKJA 3QIOA 3VQAA 3C94A 3VQ7A 5CYMA 1L3VA 2ATQA 3V1RA 4CJQA 1SKRA 3PUFA 3LAMA 1JL1A 1QSLA 2YHBA 4KHNA 2ITGA 3HPHA 3NF8A 1RCHA 3VQQA 4N5SA 4IG0A 4OGEA 4XIUA 3NH2A 3O3FA 3E01A 3HL8A 4FW2A 3V9XA 3T3FA 3L2QA 4IKFA 5CZ1A 4DU3A 3VQBA 5E41A 1XWLA 4CJFA 4CJVA 1U45A 1QSSA 4N41A 4NCBA 4RG8A 3HJFA 3K5NA 3SQ4A 3M8QA 1JLBA 1C1BA 4E19A 2DTUA 2HMIA 1SV5A 2FBXA 1SL2A 1BCOA 1HQUA 2I5JA 5T7BA 3PY8A 4AHSA 3EZ5A 3TAFA 4H4OA 4ZTFA 3V4IA 3KIOA 3AVLA 1S6PA 3SUPA 4DTOA 4C8OA 4Z4EA 4H4MA 4O0IA 3OS1A 2Z1JA 3V1QA 4FJ5A 3NGIA 3AO2A 4M3YA 1G15A 2KW4A 2RKIA 2X6SA 1NK8A 2HHXA 3C6TA 2HHTA 5D3GA 4EP5A 4DLEA 3TI0A 3AO3A 4J2EA 4CEDA 4W5QA 3CFOA 1BL3A 1RTIA 3QIPA 5KRTA 1RT7A 4RW7A 1S1UA 4I9LA 2XY6A 2OZMA 2O4IA 1MU2A 3KTQA 3HSTB 3JYTA 2DFEA 2D0AA 4B8CA 2PZSA 4CECA 4BDZA 1NK5A 4C8KA 1Q9YA 1YT3A 4FLXA 4FK2A 3RTVA 4CJWA 2X6NA 5J1EA 5KRSA 4N56A 1KLNA 2P5GA 3MXMA 4PWDA 1C0UA 1FKPA 4KHSA 4G1QA 1RDCA 4CIFA 2YV0X 3OS2A 4BE2A 2F8SA 4FCYA 2G8WA 1KTQA 3HPOA 1XHXA 3HVTA 3VQ8A 1VSKA 1WSJA 3L2RA 1L3SA 4FK0A 3ITHA 4QAGA 1HMVA 3C95A 1WAFA 4Z4HA 4BACA 2VG6A 3CQ8A 4PQUA 3MEDA 1SKSA 3SUNA 2A1SA 3KLGA 1RBTA 5J2NA 4FXDA 1HRHA 3O4QA 2E6LA 1A5WA 2FBVA 4DF4A 2Q3SA 3AVIA 3IAYA 4DWIA 2VG7A 4E0DA 4CEOA 3AVFA 1JXEA 4BDPA 4DFJA 3M8PA 3ZSRA 3QO9A 1T05A 4O4GA 4B3OA 1RT2A 1QQCA 2D0CA 2YNFA 4CEAA 4HTUA 2IOCA 3O4NA 1NKBA 1Q9XA 2ETJA 1S1WA 3AVKA 5SWMA 2O4GA 3DLKA 4GW6A 4PA1A 1HNVA 3IG1A 1XC9A 1QS4A 4M3XA 4OLBA 2VWKA 2F8TA 2IC3A 1LAVA 3VQ4A 4B08A 5FROA 3HO1A 4F3OA 4M3ZA 4NCGA 4BE0A 4DLGA 5J2PA 3TAEA 1J5OA 4KTZA 3QNOA 3ZSZA 3KLIA 1D9DA 3G0ZA 2IDOA 1VSLA 4CEQA 4CJLA 3I0RA 4FLTA 3SV4A 1RNHA 1BIUA 1J54A 3DOLA 3FFIA 1RBUA 4DG1A 3AVAA 1DLOA 1B9FA 1TV6A 4RW8A 4FJGA 5HRSA 3V9SA 4FJMA 1FK9A 5HRRA 4Z4IA 4CJEA 1NK9A 1WSEA 3QETA 1EXQA 3L2VA 3V9UA 3RMAA 1JLAA 3K58A 3SI6A 4E1NA 3KD1E 3TWHA 4DSLA 1RDBA 3WNEA 4CESA 3MEEA 3SPYA 2G8UA 1NK4A 3QEXA 3OYNA 1ASUA 3NDKA 4KTQA 5J2MA 4HVJA 3SV3A 5JS1A 3DLBA 3VN5A 4YNQA 3OYJA 4CE9A 3VA3A 4DU1A 4KPYA 4AILC 4KHWA 3L2UA 1NK7A 1UOCA 5DMRA 4FJNA 4DTJA 1RILA 3AA3A 2HVHA 3OYGA 1UWBA 3OYDA 1D9FA 2PY5A 1CXQA 4HCCA 3SQ0A 3S9HA 4QCLA 1JL2A 4KO0A 3VQCA 2AJQA 2Y1JA 1ZBUA 2FBYA 1NK0A 4B9MA 3ZSOA 3AO5A 4OKEA 3QEVA 1C1CA 4LH4A 2HNDA 1VSIA 4LY7A 4KI4A 3OYLA 3CG7A 3B6OA 2HHQA 3LPTA 2KFNA 3VQ9A 1TVRA 1C0MA 3QEWA 4KHQA 4F2SA 2XY5A 2JLEA 3P5JA 1BQMA 4J2DA 4IDKA 1HNIA 4M3UA 3HXMA 2YNHA 1T8EA 3A2FA 5FRMA 4DTXA 4B9TA 4AHTA 1JLCA 3HK2A 4DFMA 4JLHA 3T1AA 4MQ3A 1BIZA 4R5PA 1HYVA 2BGGA 2HHWA 4ELUA 4KTWA 1VSFA 1HQEA 4CFAA 3QESA 2BDPA 4M3RA 2OZSA 4FLZA 1U48A 2B5JA 2OA8A 3ZT0A 2A1RA 5HRPA 4FLUA 1TKTA 3S3MA 1EP4A 3KKRA 4BE1A 4DTMA 4Z4CA 3SJJA 4DS5A 1UA1A 3PX0A 3OYEA 2EX3A 4IG3A 1WLJA 5K14A 2OYQA 4PUOA 2DFFA 2WONA 2QXFA 1ITGA 2YHAA 3LP0A 4LSNA 3T19A 3LP2A 4AHRA 5C42A 3NH1A 5HP1A 3SNNA 1U49A 4B9SA 4FYDA 5HROA 4Z0UA 3LDSA 2XY8A 3CYMA 4EP4A 1X9SA 4K8ZA 2B4JA 1LW0A 3HPGA 4DS4A 1JLEA 1J53A 1I3AA 4FZZA 1RT5A 2YNGA 4JRPA 3AA2A 3KLHA 3KK3A 2Y1IA 4FJ7A 2OPPA 4AHVA 4FLVA 1FKOA 1LV5A 3BDPA 4DTSA 1A5VA 1C6VA 4E3SA 3VQ5A 4AH9A 3CM6A 4NCAA 1LWCA 4CHQA 3VQ6A 4DFKA 2EHGA 1QE1A 1JLGA 2KZZA 1W9HA 3TANA 2B6AA 4CJ3A 3L8BA 4DQSA 3DYAA 4AHUA 3NBPA 4IBNA 1TK5A 2YNIA 3TAGA 1KSPA 4ZHRA 3HT3A 3ZSWA 3S3OA 4F2RA 3LWMA 4FJKA 1KLMA 1HPZA 3DOKA 3HVRA 2XHBA 4FM0A 3QERA 1ZBHA 3ZT4A 3RR7A 3D45A 4BWJA 3ZSQA 1N6QA 4KFBA 3U3GA 4DSKA 2OPSA 4L8RB 1U04A 1WNSA 4AHCA 3DLHA 5CZ2A 1JXBA 1S6QA 1ASVA 4GVMA 1S5JA 4CJ4A 1DTQA 4ID1A 4O0JA 3NF6A 1RTHA 4CFBA 4I2QA 2GBZA 3OYMA 3RMBA 3QLHA 4J2AA 4LH5A 2G8VA 1VSMA 2BANA 5HRNA 4FM1A 3SYZA 4FK4A 2RN2A 1WN7A 3V6DA 1A5XA 5KTQA 4EZ6A 1IKWA 3NF9A 4JRQA 4DTUA 2PYJA 1S1TA 3MXIA 3F73A 1QTMA 4IFYA 1T7PA 4KB1A 1TL3A 3AVCA 4LD0A 4BDYA 3K5LA 1JLQA 3LPUA 3ULDA 2ZQBA 4CJUA 2Z1IA 1TL1A 1YTUA 1YVUA 3NF7A 5C25A 3M8RA 1GOCA 3KKSA 3OYCA 4HUFA 4W5NA 3K59A 4DTPA 1JKHA 3QNNA 4C8MA 2R7YA 1TKDA 1F21A 2GUIA 2BE2A 4E7HA 1BI4B 2G8KA 1UA0A 1RDDA 2X74A 1VK0A 3LZIA 3LAKA 2W42A 1RT1A 2IAJA 2E4LA 2DFHA 3AO1A 4FVMA 5J2QA 4M3WA 1IKXA 2DY4A 1ZBIA 3VQEA 1Z25A 1LW2A 3IS9A 3C6UA 3QINA 3L2WA 3LP1A 2XO7A 1SL0A 1JLFA 1CZBA 1TGOA 4KV8A 4B9LA 1KVCA 3EYZA 2GV9A 3WNHA 1QSYA 4B9NA 3ZCMA 4EZ9A 4CJPA 2G8HA 1IKYA 4CIGA 1NJXA 3AVBA 3LANA 4O5BA 4CGFA 3DLRA 1B9DA 1BGXT 3HYFA 1EKEA 2P1JA 4HHTA 3PX6A 1T03A 3TR8A 4M42A 3AVJA 4CFDA 4MFBA 4CGIA 4E89A 4KKOA 3OYIA 3OS0A 1RBSA 1WSIA 4DF8A 3QEPA 4Z4FA 3DM2A 3P1GA 3V9ZA 1S1VA 3MXJA 5CYQA 5JS2A 2HHSA 1Q8IA 2P5OA 4Y1CA 4FJ9A 2E6MA 4KREA 4CF9A 3SUQA 3WNFA 1NKCA 3ZT3A 3NH0A 2OPQA 1TK8A 4FZYA 4CK2A 3OYBA 4J2BA 1RT6A 3B6PA 3DLGA 3KJVA 5HBMA 4IFVA 2G8IA 1REVA 1ASWA 3PX4A 2RPIA 2OPRA 4CF1A 4E1MA 3WNGA 3NGYA 1LWEA 4DSEA 3TARA 1TKXA 4B8AB 4OKKA 1LAWA 2YKMA 3TABA 2Z1GA 5KI6A 1IG9A 3AO4A 1KFSA 2VWJA 4CGJA 4CHNA 4O44A 3ZSXA 2RF2A 4E7LA 1NJZA 4F8RA 3MECA 1LWFA 4CHZA 4JS4A 3VA0A 3V9WA 2FBTA 2D5RA 3THVA 1NK6A 3PO4A 2X78A 3AVHA 5KGWA 1WSHA 3OYAA 3JSMA 3K57A 4FJ8A 4I7FA 1X9MA 1KFDA 1BISA 3LALA 1WAJA 1C1AA 3O3HA 3NAEA 4ELTA 1TK0A 4C8NA 1S9EA 4RW6A 2VG5A 2XY7A 5HLFA 3IRXA 1YTAA 3O3GA 1R0AA 4HUEA 3EY1A 3PO5A 3I0SA 1SL1A 3S3NA 1QHTA 3TAMA 3SQ1A 1UAXA 3CM5A 4NYFA 1I39A 4WE1A 4FJIA 4FJXA 2XRIA 4F4KA 4BWMA 4KI6A 4M41A 1L3UA 2HVIA 4KHYA 4KHUA 5SZTA 2ZD1A 4CGGA 1S1XA 2KQ2A 3DRSA 3ISNC 4OPKA 3KK2A 4DTNA 1NJWA 1XI1A 2F96A 3ASMA 4N47A 4DSIA 3OVNA 1TAUA 3AA5X 4KRFA 4B9UA 3HP9A 2KZMA 4OVLA 4FLYA 4CF2A 4HCBA 4N76A 4ID5A 4W5OA 3KLFA 2G8FA 3NFAA 4K8XA 3I8DA 4CF0A 3LZJA 1J9AA 3UIQA 1N5YA 4ZTJA 4C8LA 1BQNA 1Y97A 4LSLA 2HW3A 2NUBA 3QEIA 3RR8A 1VSHA 4CGHA 3F9KA 3HM9A 4M3TA 2ZE2A 4NYNA 4CK1A 4B9VA 1IKVA 5EU7A 3D0PA 5FRNA 3SZ2A 4DQQA 3VQPA 1S9GA 3U6FA 4CEBA 1U47A 3RWUA 3HP6A 1HYSA 3V81A 1D5AA 1RT4A 4OJRA 4FM2A 1B92A 4FJHA 4CHOA 1WSGA 2JGUA 1GOBA 3OYHA 3BGRA 3TAQA 3DMJA 4FZXC 2HNZA 1Z26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW4A 1NOYA 5C10A 3CCMN 1U4BA 1XHZA 2NRXA 3ID8A 3LWLA 1K6YA 3LP3A 1Z05A 4FWLA 5I42A 4FSVA 4BG9A 4DUYK 3EO3A 1T6DA 1RTJA 3VGMA 3OJUA 1RFQA 1FXXA 3NE6A 4PL7A 4NO7A 3KLEA 4CFCA 4E7KA 5C24A 4CBUA 4BRCA 3CPWM 5AQJA 3OYFA 4GV3A 4FO0A 2JWKA 1KVBA 1Y64A 1GOAA 3CFRA 4TSXA 4Y1DA 3M8SA 3TSUA 2D4WA 3CFPA 4JS5A 3TSPA 1KRPA 4Q0BA 3ALYA 3TSQA 2D0BA 2LSNA 3AVNA 1NGAA 4IDHA 3SQ2A 2ZWHA 3MCAB 3CMEN 2WOMA 1RTDA 1KAYA 4CGDA 4CCHA 4IXCA 5ADXH 3BF1A 5AQIA 1ATNA 4I6MB 4GVEA 3DJCA 4JNEA 3O9UA 4DTRA 1VSJA 1TAQA 3N4PA 3OJSA 4WFAL 4DSFA 5KPTA 3QIOA 3C94A 5CYMA 1BG3A 3V1RA 5AQWA 4CJQA 2V52B 1QSLA 3O3FA 2QKKA 3WXLA 4PUOA 3T3FA 3E01A 3HL8A 3I33A 5C2DA 1TYQB 4DR6K 4CJFA 4NCBA 4C23A 3M8QA 2FBXA 4CZHA 4X64K 1BCOA 1XMOK 1KD1O 4ZTFA 1SQKA 1YITN 3KIOA 3SUPA 4GKKK 1QQMA 4BRFA 3OS1A 4FJ5A 2WFBA 2FSJA 1G15A 2KW4A 2RKIA 4JAXA 3TI0A 5AQRA 5D3GA 1JJ2M 4W5QA 2FXUA 3QIPA 4H0OA 2I7PA 2ASPA 1S1UA 4I9LA 4RW7A 3KTQA 2D0AA 4B8CA 1NGEA 4YORA 1VHXA 1Q9YA 4FK2A 3MDQA 5J1EA 1KLNA 2A6AA 2P5GA 1C0UA 4G1QA 4CIFA 2YV0X 4NXMK 1KTQA 4DQ8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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