4CGJA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cgjA00
1BCOA 2FC0A 1JLGA 1S1WA 3PX6A 1CZBA 2HHUA 4F2RA 5HP1A 1HYSA 2W42A 4DFKA 4GVMA 1QQCA 3AVFA 1O1WA 1SL2A 1RDCA 3KD5E 3TAGA 4IDKA 4FJ7A 2IC3A 3WNGA 3ISNC 4M3RA 4CK2A 3QERA 4KB1A 4CJ4A 2RF2A 3C94A 2ZE2A 1CXUA 2JLEA 3AO4A 3VA0A 3SZ2A 2D0AA 1B92A 1RDBA 1SV5A 1BHLA 5K14A 4HUFA 1NK9A 2HHTA 3BDPA 3BGRA 1LWEA 1IKYA 4LSNA 1RNHA 3ZT1A 2QXFA 5CYMA 3ZSZA 4W5OA 3CFOA 4CEAA 3NGYA 3OYMA 4FLVA 3V4IA 3OYGA 4E0DA 2OA8A 1VSKA 3KLEA 1JLAA 4J2AA 4DLEA 1TL3A 4DTOA 1QSSA 2KTQA 5HRSA 4CJ3A 4OLBA 1HYZA 4W5TA 3SV3A 3DMJA 1HMVA 4O0IA 4CF2A 3OYAA 2WOMA 3C6UA 4LY7A 1JL1A 4E7LA 4FJ5A 1YTUA 2JGUA 2OPPA 4G1QA 4PA1A 4DQQA 4DQIA 4O0JA 1L5UA 3HXMA 2BGGA 2FBYA 1WAFA 3VQEA 5CZ2A 4DTRA 4CECA 2E4LA 3HP6A 3DLKA 1VRTA 3EZ5A 1Q9YA 4EZ6A 3I0RA 2IDOA 2X74A 3QIPA 4KV8A 4LSLA 2OPRA 3ZT4A 4CJWA 1HPZA 4B9NA 2WONA 1EX4A 4M3UA 2P5OA 3DLBA 4B9SA 3OS1A 2FBVA 5J1EA 4Z4IA 1EP4A 1WLJA 1QE1A 3AVNA 3ZT0A 3LDSA 4FJNA 2HVIA 4PUOA 1J54A 3L2QA 2VWKA 3V9ZA 4CIFA 3L3UA 4FLYA 4DFJA 1K6YA 1RTJA 1KVCA 4GW6A 2B5JA 4B9MA 4FJIA 1VSFA 1S9EA 3ZSWA 4DTXA 4AHTA 1I39A 3AVAA 3A2FA 3DYAA 4CF8A 3SUQA 1SL1A 4DWIA 1VSLA 1WSJA 4FJKA 3O3FA 3HSTB 4E19A 5I42A 3OYCA 4DTSA 2OPSA 1KFSA 2F8TA 1J9AA 2DY4A 3AA2A 3AVBA 3AVMA 4CERA 2FBTA 3ZT3A 3D45A 3AV9A 3THVA 4E1MA 1DTTA 3OYBA 2RKIA 1KTQA 1KLNA 3OVNA 3VQPA 1T05A 4FLUA 3LPUA 3VQDA 2HHQA 4DF8A 1YTAA 1TKXA 3L2UA 2O4IA 4IFVA 1WAJA 4W5NA 3SUNA 1I3AA 4MQ3A 4FXDA 5HLFA 3C6TA 1YT3A 1X9MA 2OZSA 4E89A 3AA4A 3NE6A 1R0AA 3SYZA 4BDYA 3NGIA 4FW2A 4HTUA 2PZSA 1LAVA 4QOZB 2D0CA 4KFBA 2Q3SA 3NFAA 3ZT2A 1TK0A 2B6AA 3V9UA 2A1RA 1NK7A 1BQMA 1VSJA 3G0ZA 4DTPA 3WNFA 1C0UA 3P1GA 4LH4A 3MEDA 4YNQA 1JXBA 3M8RA 4I9QA 1KVBA 1RDAA 4N41A 4EP5A 4CF0A 2YNHA 3U6FA 3S3MA 1QSYA 2KZZA 1UOCA 1RCHA 3F9KA 4CHNA 4RG8A 3SQ0A 3NGZA 1SL0A 2G8VA 4CJSA 2IOCA 4BACA 4FJXA 4CESA 3PX4A 3OJSA 2PY5A 3QLHA 1QHTA 2B4JA 1S5JA 4OKKA 4CE9A 3NH2A 3TANA 2X6NA 1IKWA 2OYQA 4CFAA 1C1AA 1WSHA 4HHTA 3QEIA 4Z4GA 1YVUA 1RBRA 4H8KA 1RT1A 3P5JA 3ZSRA 3VQCA 3O3HA 4M3TA 3VQ4A 3KD1E 1QS4A 4CHQA 3DRPA 1NJXA 1RT3A 3TAPA 1VSHA 1U45A 1JLBA 5KRSA 3D0PA 3RMCA 4ZTFA 4HCCA 4KB0A 4DSFA 1X1PA 3S3OA 3V9XA 1NJYA 4IKFA 2F96A 1XWLA 3M8PA 4CJEA 1XHZA 5EU7A 1QSLA 1RBSA 2EX3A 3QIOA 4IG0A 4CGIA 1HQEA 4FLZA 2G8FA 3ZCMA 2YHBA 1S1UA 1BQNA 4Z4FA 2VWJA 3T3FA 2XY8A 3OS0A 3ALYA 4FLXA 2KFZA 1TKZA 4E3SA 4CCHA 3RTVA 1U49A 3WNHA 2IGIA 5KGWA 3LWMA 4RW7A 2Z1JA 3TARA 5C42A 3CQ8A 3LALA 4CGGA 3OYKA 4I9LA 4AHCA 3AVHA 3HT3A 4N76A 1MU2A 4HUGA 4M3YA 4O55A 3SQ1A 1WSIA 2ITGA 3HPHA 4N47A 4UQGA 3CFRA 1ZYQA 3VQAA 5J2QA 2G8KA 1KVAA 4CJLA 3K59A 4KHSA 3NCIA 1RT5A 3CYMA 2OPQA 1NK5A 3QNNA 1D9FA 4DSLA 3KLGA 1W0HA 4K8XA 2E6LA 3M8SA 3DLGA 3P83D 3DOKA 2HHWA 1S1VA 4OLAA 4CJFA 5HRPA 4DG1A 1C0TA 3MAQA 1NOZA 4CEEA 4CGFA 5J2PA 3HK2A 3B6OA 4KHWA 4FW1A 3CM6A 1KFDA 5JS2A 4M42A 4PWDA 4QAGA 1U4BA 4FK0A 4Z4CA 4N56A 4FM1A 4FK4A 1VSDA 1KRPA 4B9TA 3AVJA 1RTHA 5HRNA 5HROA 1NK4A 4BDPA 4FZZA 2OZMA 3HVRA 3MXJA 3QNOA 3V1RA 3QEXA 3SNNA 4B8AB 1S1XA 1RT7A 3L3VA 4B9UA 4KTQA 1ASVA 1FXXA 4FLTA 4W5QA 1U48A 5KI6A 1SKWA 1RT4A 1JLEA 2DFHA 2BE2A 1L3UA 4ZHRA 2HNZA 3KK2A 3VQBA 3VQ5A 3TAFA 5I3UA 3PO5A 4Z0UA 3DLEA 4OGCA 3I8DA 5C25A 4CHPA 2HB5A 1W9HA 1RT6A 4F2SA 4AHRA 1S9GA 1IKXA 3OYHA 3QESA 4OJRA 3HO1A 2GUIA 1WSGA 3RR8A 2ZD1A 3K2PA 2IS3A 4QCLA 3MXIA 3NHGA 3HVTA 3QEWA 4F3TA 2AJQA 3NH1A 2RN2A 1FKPA 1KLMA 4I2PA 1ZBUA 2Z1HA 4YFUA 3RMBA 3QEVA 4DTNA 1WSFA 1NOYA 3QO9A 1JL2A 3E01A 4OPJA 2QKKA 2FBXA 2XHBA 3SUOA 1SKSA 5CY4A 1X9WA 4BE2A 3V1QA 2YHAA 2P1JA 1Y97A 3IS9A 1GOCA 3WNEA 3IAYA 1VRUA 4KPYA 2HW3A 4E7IA 4JLHA 5CZ1A 3PX0A 3ZSVA 4C8KA 1T8EA 4Z4EA 1TAUA 2R7YA 3AO3A 4KTZA 1J53A 3LANA 4ICLA 2KFNA 4J2BA 1Q8IA 1A5VA 4AHUA 1NKCA 4CK1A 1RBVA 1JXEA 1BI4A 3RMAA 3K5NA 4B3OA 1X9SA 2ATQA 4EZ9A 1S6QA 1RBTA 4B9VA 1BIUA 3I0SA 2G8HA 3C95A 4FJJA 4FCYA 1BGXT 2VG7A 3T1AA 4CEBA 2G8UA 4OKJA 3NBPA 1NKEA 4E7JA 4J2DA 1RILA 1RT2A 3CFPA 3HPGA 1CZ9A 4DQPA 1TK5A 4J2EA 1D5AA 4FYDA 3LZJA 3EYZA 4BE1A 4ZTJA 4N5SA 1L3SA 3ZSQA 3DLRA 3FFIA 4EP4A 4GMJB 4CJ5A 4I7FA 1WNSA 1DTQA 2DFFA 4AILC 2HHSA 3ITHA 1UA0A 2HNYA 1BI4B 1RTIA 2E6MA 1TK8A 2GBZA 1C6VA 4ELUA 3OYFA 3O4QA 3KKSA 1S6PA 3HP9A 4CFCA 2P5GA 1BL3A 4NYFA 2YKMA 4LD0A 3OYLA 1JKHA 5CYQA 4DU1A 2Y1IA 4B9LA 4KHNA 4C8LA 4C8NA 3O3GA 4DU3A 2PYLA 4Z4HA 4Y1DA 3SQ4A 3AVLA 4BDZA 1ITGA 5J2MA 3U3YA 1T7PA 4KHQA 3NF9A 1C0MA 1GOBA 4CEQA 5JS1A 4CJKA 4CGHA 2GV9A 3TI0A 3K58A 2DTUA 4M3WA 3LPTA 3CM5A 3PY8A 4KHUA 1BISA 4FK2A 3MEGA 3KKRA 3EY1A 3PV8A 1S1TA 2A1SA 4CEDA 1QTMA 1NJWA 3IRXA 1XC9A 1TKDA 1HQUA 5C24A 4JS4A 4F4KA 3LP1A 4RW6A 4M45A 2Z1GA 1C1BA 1HRHA 1U04A 3B6PA 4B8CA 4CF9A 5T7BA 3ULDA 4HCBA 1ZBFA 3OYNA 3QINA 1VSIA 3AO2A 4Y1CA 3NAEA 2HHXA 3QETA 3DLHA 4NCGA 4DMNA 4O4GA 3K5OA 3V1OA 3QEPA 1SKRA 1IH7A 1LWCA 4DTJA 3OS2A 4CK3A 4FM0A 4R5PA 4Q5VA 3KK1A 1DLOA 1Z25A 3HM9A 3NDKA 4DS4A 1ZBIA 5SWMA 1HYVA 1D8YA 4WE1A 1ZBHA 1NJZA 1IG9A 4XIUA 2HNDA 2XO7A 4CJQA 3DI6A 1GOAA 4DU4A 3SI6A 1Z26A 3LP0A 4O44A 4DSIA 4RW4A 5J2NA 3SJJA 3HL8A 4KI4A 3TR8A 3VN5A 3SV4A 1B9FA 3DRRA 4DFPA 1NK6A 4ELVA 4M3XA 5HRRA 4KREA 4FJHA 3TWHA 3NF7A 3SPYA 2YNFA 5E41A 2PYJA 3ZSYA 4BWJA 1RDDA 4W5RA 3AA3A 1TKTA 1A5XA 1G15A 3AVKA 1TAQA 3SQ2A 1NK8A 1LWFA 4C8MA 4OVLA 4DSJA 1RBUA 2I5JA 1ASWA 3LAKA 4H4OA 1EETA 2XY5A 1WSEA 4FZXC 4CFDA 3F73A 4ELTA 3AVGA 1FKOA 2YKNA 1HJRA 3LP3A 3L2VA 3RMDA 3LAMA 5SZTA 2QK9A 3NH0A 4LH5A 2HHVA 4RW8A 4I2QA 3RWUA 2O4GA 2X6SA 3KJVA 4OGEA 4CEZA 3OYJA 4FJMA 3HYFA 1C1CA 2D0BA 2G8IA 4CGDA 4DS5A 1UAXA 1LW2A 3ZSOA 1TV6A 4KI6A 2XY6A 2D5RA 3K5MA 4KHYA 2XRIA 4IFYA 4K8ZA 4L8RB 1TVRA 3AO5A 1BIZA 2VG6A 4CFBA 2QKBA 3V81A 3TAMA 3HPOA 4DQSA 3KLFA 4CHOA 1J5OA 4E1NA 4FM2A 1KCFA 3AVCA 4CHZA 1VSMA 2IAJA 1LAWA 1BCMA 4IBNA 1ASUA 2Y1JA 1T03A 4OKEA 1B9DA 1TGOA 3ZSXA 1CXQA 2P51A 4CGJA 4CJTA 1NKBA 3G10A 4NCAA 1REVA 4CHYA 3VA3A 1ZBLA 1FK9A 3V6DA 4DFMA 4MFBA 1D9DA 4OPKA 3KTQA 4H4MA 3U3GA 3KLIA 4ID1A 3S9HA 3L2WA 4JS5A 3PUFA 4CJPA 3OJUA 4FJ8A 2HVHA 5FRMA 4KTWA 3V9SA 1JLQA 1N5YA 4M3ZA 4CIEA 3AO1A 1U47A 3AVIA 1NK0A 5KGXA 4Q0BA 1XHXA 3T19A 5DK5A 4CF1A 5KRTA 3VQ6A 3LZIA 4BE0A 4F8RA 4KKOA 3LP2A 3UIQA 2ZQBA 2F8SA 2VG5A 4DTMA 4C8OA 4FVMA 4FJGA 2XY7A 1F21A 4CJUA 3SUPA 2NUBA 2HMIA 1WN7A 4RW9A 3OYDA 4CJRA 4E7HA 2G8WA 3HJFA 1VK0A 4CEFA 1L3TA 2ETJA 4F3OA 3NF6A 3TABA 1UA1A 4DSKA 3NF8A 3DRSA 4CJVA 3OY9A 5D3GA 1IO2A 5FRNA 2YV0X 2BANA 2EHGA 4CEOA 4DSEA 3O4NA 1VSEA 1EXQA 2Z1IA 4AH9A 4B08A 1EKEA 5KTQA 1L3VA 4IG3A 4HUEA 3IG1A 3VQ7A 4ID5A 1IKVA 1TL1A 3KIOA 4CIGA 4HVJA 5FDLA 1RTDA 3K5LA 3DOLA 3H08A 4NYNA 2KQ2A 5FROA 2KW4A 3VQ8A 3JSMA 4E7KA 4DF4A 3TAEA 1HNIA 3MEEA 4NCBA 4PQUA 4KRFA 4BWMA 4M41A 3AA5X 3RRHA 4AHVA 4O5BA 1UWBA 1XI1A 4KAZA 1N6QA 1Q9XA 3K57A 3MXMA 2RPIA 3VQ9A 3OYEA 2DFEA 3KLHA 3RRGA 1A5WA 4DQRA 4TSXA 3JYTA 3L8BA 1JLCA 1JLFA 4FJLA 4FJ9A 4PY5A 3CG7A 5HBMA 2YNGA 1KSPA 2LSNA 1CLQA 4AHSA 4DTUA 2YNIA 1LW0A 3L2RA 3KK3A 3DM2A 3VQQA 3V9WA 3TAQA 3SPZA 5DMRA 4JRPA 4FLWA 3S3NA 3ASMA 3SCXA 2X78A 3PO4A 1LV5A 2BDPA 3M8QA 4JRQA 1HNVA 4KO0A 4FZYA 2KZMA 3MECA 4DLGA 3OYIA 1SUQA 3RR7A 3LWLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YJWN 4F2RA 4CBUA 5HP1A 4JI3K 3KHYA 3O6WA 2D4WA 4FWOA 1GLEG 4BRMA 3KD5E 2P9SA 3ISNC 4M3RA 3QERA 2BH1A 2ZE2A 3AO4A 3M1FA 4H5TA 3VA0A 5JLFA 3H3NO 3SZ2A 5K14A 1SV5A 3SAGA 2HBKA 3L0QA 2P9NA 3PIPL 4FLVA 3NGYA 3V4IA 2QWOA 3OYGA 3DLLL 3KLEA 3EEQA 1NGGA 2KTQA 4CJ3A 4OLBA 4KH5A 3EKUA 4BVOA 4C1NI 2WOMA 3C6UA 2P9SB 4E7LA 1Q18A 3UB5A 3DWLA 4O0JA 2BGGA 3VQEA 2P9NB 3CXCM 3TU5A 3LDOA 4CECA 2E4LA 3AGKA 3H1VX 4LSLA 2NRXA 4B9NA 2WONA 1NMNA 2FBVA 4Z4IA 1QE1A 3CJCA 2FSNA 4B1VA 1KVCA 2B5JA 4B9MA 3CERA 5AFUH 1SAZA 4BRDA 3O3FA 1OH5A 4JI1K 2W41A 4DQ8A 3I55N 3ZT3A 3TTCA 4IEEA 2NRTA 2ZWHA 1KTQA 4FL9A 1T05A 3VQPA 1XMOK 4FLUA 4LFCK 2NNWA 4B3TK 3T1HK 2AP1A 1WAJA 4JI5K 1VQNN 4W5NA 1SZ2A 3SUNA 3QFPA 5HLFA 1YT3A 1R0AA 3SYZA 1LAVA 4DLGA 3D7EO 3NFAA 3ZT2A 5KQ8A 4A62A 1NK7A 2FSJA 1C0UA 3P1GA 3MEDA 1J5EK 1KVBA 3U9DA 1QSYA 1QQNA 3NGZA 1VQON 4BACA 4CESA 1YVNA 3BF1A 4JV5K 4CE9A 3TANA 1RBRA 3I56N 3ZSRA 3VQCA 3CCVN 1MWMA 3LDPA 1HR0K 4CHQA 3E9LA 3KZBA 3TAPA 4KB0A 1GLJO 3W0LA 3J8AA 4B3SK 4IKFA 3BP8A 2F96A 1XWLA 5AQZA 1XHZA 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3SMPA 1HQUA 4FWRA 3HOSA 1U04A 3OTOK 5T7BA 4HCBA 1LOTB 3OYNA 3QINA 4Y1CA 4DMNA 3QEPA 1LWCA 4DTJA 1IJJA 4CK3A 4FM0A 3MN7A 4Q5VA 1DLOA 3CCMN 1KQSM 2O8EA 1DGKN 4OO1J 4XIUA 2HNDA 1Z26A 4WCEL 2Q0UA 5BR8K 4DB3A 3HL8A 5GIPA 4M3XA 4DFPA 5BN9A 5AZIB 3NF7A 2PYJA 5GIOA 3L6QA 4W5RA 1TKTA 1A5XA 3M5RA 4C8MA 3VERA 3CI5A 2NRWA 1NBWA 1NGCA 1WSEA 3CD6N 4FZXC 1SS6A 2UUBK 3ENHA 1HJRA 3RMDA 3LAMA 4RWTA 5SZTA 4JHDA 4LH5A 2HHVA 2O4GA 3KJVA 4CEZA 1C1CA 3HM8A 1TV6A 3K9JA 4B1UB 4KI6A 3ZX0A 5F1XA 4DR6K 2QW9A 1X9JA 3O8MA 2VG6A 2YCHA 3WXIA 3V81A 3LDNA 1OH7A 1J5OA 4FM2A 3EE9A 4XH4A 3MX2A 1VSMA 1LAWA 1BCMA 4JHDB 3QDKA 1ASUA 4YDUC 4DV1K 4OKEA 3L4IA 3ZSXA 1NKBA 4CGJA 1J6ZA 4DFMA 4MFBA 4AQYK 1E4FT 2QTDA 1HKCA 4CZMA 2HVHA 4CJPA 5FRMA 4DUYK 3EKSA 3T19A 4V19S 4BR5A 3LP2A 4DTMA 4FVMA 1F21A 3SUPA 4G9ZA 2NUBA 4CEFA 3A5MC 1VQLN 3NF8A 3DRSA 1IO2A 5FRNA 2BANA 2EHGA 4CEOA 1EXQA 4NLCA 4B08A 3MX5A 1L3VA 3IMXA 4HUEA 3IG1A 1G99A 5EXWA 2GTDA 3KIOA 1RTDA 2Q0RA 3FZMA 3H08A 2KQ2A 4K43A 4B1XB 2NZTA 3TAEA 3MEEA 4BC5A 4NCBA 1MDUB 4KRFA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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