4CHNA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chnA00
4CJLA 4E3SA 2G8FA 3KLIA 3V9XA 1JXEA 4CERA 4XIUA 3EY1A 1SUQA 3BDPA 3KLHA 4E7JA 4FK2A 4FVMA 4CEBA 1T7PA 4KREA 1RBTA 2FBTA 4GMJB 1I3AA 3AVLA 4IG3A 3VQEA 1NJZA 4KI6A 3S3OA 2HHXA 4B8CA 1O1WA 4JS5A 1BCOA 4M3YA 3OYNA 4FXDA 1S6PA 1VRUA 3E01A 1NK9A 4LY7A 1KSPA 4DTUA 4CEFA 3S3MA 1SL0A 1ZBIA 3O4QA 2HNDA 3FFIA 3DRPA 1EX4A 2X78A 3ZT3A 5HRSA 2G8IA 1QQCA 1R0AA 3LAMA 1SL1A 1XC9A 5FDLA 1U04A 1C0TA 3L2QA 1X9MA 1LAVA 3HJFA 3PX0A 3F73A 3SUNA 3NBPA 4Q5VA 3VQDA 3ZSOA 1J9AA 4OKEA 3VQAA 4CFCA 4CGIA 3L2RA 3KLFA 1DLOA 3HPGA 4BACA 3SJJA 1FKPA 4DQSA 2GBZA 1VRTA 3DLEA 3KLGA 1YTUA 4FJHA 2DY4A 3RR7A 2PZSA 3DYAA 4EZ6A 3LANA 2RF2A 4NCGA 1Z25A 5CYQA 4CHOA 3K59A 4DTOA 3F9KA 4FCYA 2QKKA 1WLJA 2DFEA 2VG7A 3AO4A 5FRMA 3RTVA 3M8RA 3DLRA 4CJWA 4ELVA 3QINA 4CK3A 4E7IA 4CFDA 4FJXA 3NE6A 4B9TA 3WNHA 2XY5A 3CFRA 1JLGA 2YNIA 2B5JA 4E7LA 3I0RA 3DM2A 4E89A 3OVNA 2R7YA 3LWMA 1CXQA 1I39A 3HT3A 3SPZA 1IKXA 5KTQA 4Z4EA 2HNZA 1LW0A 4MFBA 2RN2A 4DSFA 4OLAA 1Z26A 3AVKA 3DLGA 4AHVA 1TVRA 3V81A 1NOZA 4CEOA 3OYDA 3S3NA 3SQ2A 2EX3A 2BGGA 1VSKA 1HYSA 4CJFA 3TR8A 3QETA 1Q9YA 2Z1IA 5FRNA 4CEQA 3ASMA 2QXFA 3ZCMA 3U3YA 3MECA 4FJ7A 4BE0A 3IAYA 3NH0A 1SKWA 2GV9A 4G1QA 1LV5A 4FYDA 2A1SA 4CJ3A 4BE2A 1NK7A 1QSSA 2KW4A 1Q9XA 4B9LA 1SKSA 3SQ4A 2LSNA 1SV5A 4E1MA 3NHGA 1NK5A 1Y97A 4CHNA 2XY7A 4OKJA 2GUIA 2X6SA 1UA1A 4I7FA 4DTRA 1SL2A 3LP2A 1HRHA 4DSLA 1LWCA 4B08A 3SUOA 4FW2A 3V4IA 1DTQA 3NGYA 1S6QA 1YVUA 4FW1A 1TKZA 1RT4A 4RW9A 3A2FA 3AVBA 4CHZA 4CJPA 5HRPA 1BL3A 5J2NA 4FJ5A 4R5PA 4DSEA 4FJKA 5HBMA 4FLZA 4CJ4A 3QESA 2HHWA 2JGUA 3WNGA 1NK6A 3SI6A 2RKIA 3VN5A 2KZZA 1VK0A 2HHVA 5JS1A 1T05A 4AILC 4CECA 1C1BA 2FBVA 2HB5A 2RPIA 4KV8A 1EETA 4PUOA 1LAWA 4DTJA 4M3TA 2E4LA 3NF8A 3L3UA 1EKEA 4FLWA 2E6MA 4ZTFA 4JLHA 4NCBA 5D3GA 4DSIA 4K8XA 2P5OA 4B9UA 2NUBA 2Z1JA 1UAXA 4DFJA 1RT5A 3VQ8A 5KRSA 1CZ9A 1HJRA 3G0ZA 4BWMA 2P1JA 1VSMA 3MEGA 4FLUA 1QE1A 3TAMA 3HP9A 1LW2A 3SQ0A 4B9SA 4M42A 4KHYA 3VA0A 4CJKA 3MXJA 2A1RA 3TANA 1K6YA 4CF9A 1L3VA 4KAZA 2AJQA 3MAQA 3QEWA 1KFSA 4AHRA 1S1VA 3SPYA 3CQ8A 1JKHA 3I0SA 2HNYA 3NGIA 3ZSWA 3SV3A 3QIOA 4KTZA 3QEIA 1WAFA 3RRGA 2QK9A 1F21A 1QS4A 5HRRA 4DMNA 3LPTA 2IOCA 1XI1A 4QCLA 4CJUA 3G10A 2IAJA 4FLTA 1TL3A 5EU7A 4F8RA 4CHYA 3PY8A 3K5MA 3AVGA 4B3OA 4PQUA 3HM9A 1VSHA 2PYLA 4CGGA 3LZIA 2HMIA 4ELTA 4CE9A 4C8LA 1B9DA 2IDOA 1N5YA 4FJJA 1DTTA 2G8VA 1GOAA 1KVCA 5HRNA 2YNFA 1RBRA 4LSLA 3V1RA 5C42A 3L2WA 1HQUA 2G8WA 4KHWA 4UQGA 4LSNA 4RW6A 4Y1DA 2E6LA 2D0CA 3NF7A 3P5JA 4FJGA 3LP1A 3SCXA 1ITGA 3OYKA 4K8ZA 4C8KA 1JL1A 3I8DA 1J53A 3KKRA 4J2AA 1RTDA 3V9WA 3P1GA 3ZSZA 1BQMA 2BANA 1A5XA 1WSJA 4MQ3A 4F2SA 5I42A 3K2PA 1ASVA 5JS2A 1XHZA 1TAQA 2HHSA 1C0MA 3K5OA 4CJVA 3SNNA 1WSIA 3OS2A 4CF0A 3ZT4A 3AVMA 3C6TA 5KGXA 1BCMA 5SZTA 4YNQA 4DTSA 3PO4A 1JLCA 1W9HA 2D0BA 4CJSA 3NDKA 1VSLA 1WAJA 4CJQA 3QEVA 1QTMA 3OS1A 2XY6A 4DS5A 1RT1A 2I5JA 3K58A 3MXIA 3RR8A 4M3UA 3WNFA 1TK5A 1FXXA 1RDDA 4DLEA 3OYBA 4JRPA 4CGDA 3ALYA 1WSEA 4W5TA 1WN7A 2IGIA 3CG7A 4H8KA 3EZ5A 3CFPA 3OYJA 1VSJA 3T3FA 4CIGA 3THVA 4CJRA 1TK0A 4W5NA 4IFYA 1QHTA 4QAGA 4CJ5A 3CFOA 3L8BA 4FK4A 5J1EA 1B9FA 1IH7A 4Q0BA 4IDKA 3ZSQA 4DS4A 1BHLA 2WONA 3DI6A 1YTAA 1NK0A 5J2QA 1RTJA 3D45A 3T19A 1KVAA 4EZ9A 1VSDA 2Z1GA 4LH4A 2KFZA 3VQ7A 3OYAA 5C25A 3OYGA 1L3SA 3QIPA 4OJRA 3V9SA 3L3VA 3DLKA 2HHUA 3TABA 3TAPA 4CF8A 3V9UA 3OYLA 4DWIA 3V1OA 4CK1A 4FJIA 4KTQA 1JLAA 4CIFA 2YNHA 1T03A 2HHQA 4CCHA 4EP5A 1NJYA 4C8OA 4FJLA 2FBYA 3NH1A 1JLEA 4DSKA 1S1UA 4DFPA 1BI4A 1NK8A 3QO9A 1REVA 1S9EA 1RT3A 5C24A 1QSLA 2F8TA 1LWEA 4IFVA 3VQCA 3IRXA 1D8YA 2KZMA 4E7HA 1VSIA 4KHNA 1KLMA 4C8NA 1RT2A 3O4NA 5CZ2A 3SV4A 4GW6A 3KLEA 3B6PA 1UA0A 4FZXC 4M3RA 4L8RB 3VQ4A 1U48A 3AA2A 3PV8A 1ZYQA 1RDBA 4CFBA 4N76A 3V1QA 3HK2A 1RDAA 2QKBA 3NH2A 4CF2A 4CEEA 1TGOA 5DMRA 3LDSA 4HCBA 1B92A 4CGFA 3RMAA 1BIZA 2ZD1A 3OS0A 3AA3A 3OJSA 4DF8A 3QERA 3ZSYA 4B8AB 4LD0A 3HXMA 2F8SA 3KK3A 2VWKA 2XRIA 3NCIA 3V6DA 3ZT0A 4CF1A 3ZT2A 3M8SA 3QNOA 3JSMA 3LAKA 3TWHA 4FLVA 3OYIA 4ZTJA 5KRTA 1QSYA 3KTQA 4Z4CA 4PY5A 1KTQA 2ZQBA 1A5VA 3AO5A 4BDYA 2Y1JA 4ICLA 4CEDA 1JL2A 1JLQA 2YNGA 3HVRA 1GOCA 4DTMA 2ATQA 1NKCA 3C95A 1LWFA 3DRRA 4J2EA 1KCFA 3AVIA 4AHUA 4PWDA 1WNSA 1NJWA 4OLBA 4FZZA 3DOKA 4M41A 2VG6A 4N41A 3VQ9A 5SWMA 3TARA 5KI6A 1TKDA 2X74A 5I3UA 1C0UA 1IKWA 4ID5A 1EXQA 3NFAA 4FJ9A 3O3HA 1TKTA 4Z4GA 1CZBA 3NF9A 4DQIA 3VQ6A 1RILA 2FC0A 1HPZA 4HUEA 1ZBFA 2D0AA 3AVJA 3KK1A 4DQQA 4KB0A 1RT6A 4M3ZA 3VQBA 4CGHA 5HLFA 1D9DA 4O55A 1S9GA 2DFHA 4CGJA 4O44A 1CLQA 1GOBA 1C1AA 4DG1A 1MU2A 4TSXA 3K5NA 2VWJA 1EP4A 1YT3A 2WOMA 3AO1A 3AO3A 1U4BA 1J5OA 1KRPA 3JYTA 3HPHA 1NK4A 2HVIA 4FK0A 2G8HA 5T7BA 3SQ1A 4HUFA 1C1CA 1TAUA 1RTHA 2Z1HA 4CK2A 3AVFA 3OYHA 4FM1A 3HP6A 2PYJA 4J2DA 1ZBHA 1S1WA 3L2UA 1T8EA 4O0JA 2YHAA 4CJTA 3LP0A 1RT7A 3M8QA 1A5WA 3LALA 1JLBA 2XHBA 4FJMA 1N6QA 3AVHA 4OPJA 4AHSA 4M45A 3QEXA 3OYEA 3LWLA 4OGEA 2VG5A 4HHTA 1HQEA 1C6VA 3MEEA 1ASWA 2YHBA 4NYFA 1U49A 2OA8A 2DTUA 1FKOA 1U45A 3QNNA 3AO2A 4W5OA 2X6NA 5J2MA 4J2BA 4RG8A 4DU4A 4FJ8A 4KPYA 4H4MA 4QOZB 3DMJA 3NF6A 3K57A 5CZ1A 4M3WA 1JXBA 3AA5X 4FLXA 1IG9A 4FZYA 5HROA 1XWLA 4B9VA 5FROA 4KHQA 2BE2A 1RNHA 4FM0A 1RBSA 1CXUA 4OPKA 4O0IA 3OYCA 4KTWA 2XO7A 4HTUA 5HP1A 3KD1E 4F4KA 3B6OA 1Q8IA 2PY5A 1TK8A 1KFDA 4AHTA 3IG1A 3O3FA 4I9QA 1TV6A 3VA3A 3SUPA 4WE1A 3ZSVA 4DQPA 4KFBA 3CYMA 3L2VA 4FJNA 3RWUA 1D5AA 4CFAA 1FK9A 3ISNC 4KO0A 4N5SA 4E0DA 3HO1A 3TI0A 3DLHA 2F96A 4DSJA 2IS3A 4NYNA 1SKRA 2G8KA 3CM6A 1NJXA 4I9LA 1IKVA 3LPUA 1X9SA 4HCCA 2JLEA 4M3XA 4F3TA 3BGRA 2YV0X 4DLGA 4FLYA 3RMCA 1RBVA 5DK5A 1J54A 4ZHRA 4E7KA 1L5UA 4KKOA 2ZE2A 4E1NA 3VQQA 2YKNA 4I2QA 5KGWA 1KVBA 1RBUA 4CEAA 3SYZA 4DU1A 3TAFA 3DLBA 4CHPA 4DQRA 2D5RA 1IO2A 2OPRA 3KJVA 4DF4A 3U6FA 3UIQA 3VQPA 3ZT1A 4B9NA 3HSTB 3RRHA 2Y1IA 3PX6A 3AVNA 2KQ2A 1RCHA 3DRSA 3HL8A 3H08A 4C8MA 4CHQA 4RW7A 4BE1A 3KD5E 3V9ZA 3ZSXA 3QEPA 3ITHA 4H4OA 4JS4A 3P83D 1ASUA 4IG0A 1BIUA 2OZMA 4N47A 2DFFA 4E19A 2B4JA 4RW8A 3TAQA 4DTXA 1NOYA 2W42A 4FM2A 4DTPA 2ITGA 3OJUA 2OPQA 2G8UA 5J2PA 4OVLA 1WSGA 1BISA 4RW4A 3S9HA 4KB1A 4KI4A 4BDPA 1VSEA 3PUFA 4Z4FA 3KIOA 1L3TA 2EHGA 3HYFA 3QLHA 4OGCA 4AHCA 2OPPA 2XY8A 3OY9A 1RDCA 2Q3SA 4DFMA 4DFKA 3NAEA 1UWBA 4AH9A 4CESA 3AA4A 1UOCA 3KKSA 2OPSA 1NKBA 4CEZA 1S5JA 4HUGA 2BDPA 3ZSRA 4ID1A 3M8PA 3HPOA 4ELUA 1BI4B 2P51A 3LZJA 1HMVA 4KHUA 1HYZA 1W0HA 4GVMA 3WNEA 3ULDA 4F3OA 4Z0UA 1HNVA 1G15A 3U3GA 3O3GA 4KRFA 1U47A 1HYVA 3MXMA 3C6UA 3CM5A 4JRQA 1JLFA 2P5GA 3C94A 1D9FA 4F2RA 2HHTA 1BQNA 2ETJA 4HVJA 1L3UA 1NKEA 1X9WA 3TAEA 4O4GA 3DOLA 4DU3A 3OYFA 4CIEA 3IS9A 5E41A 5CY4A 2O4IA 1WSFA 3TAGA 1WSHA 4BWJA 4W5QA 4DTNA 2OZSA 1X1PA 4N56A 1KLNA 3D0PA 2KTQA 1S1TA 3AVAA 4I2PA 4OKKA 3PO5A 2HVHA 1ZBUA 4IKFA 1S1XA 4W5RA 4B9MA 1BGXT 1XHXA 4IBNA 3LP3A 4YFUA 3OYMA 4NCAA 1VSFA 3SZ2A 4EP4A 4PA1A 3NGZA 3SUQA 3EYZA 4KHSA 2HW3A 1IKYA 2YKMA 5CYMA 3T1AA 2IC3A 2KFNA 5K14A 3K5LA 1TKXA 3AV9A 3HVTA 2B6AA 1TL1A 3MEDA 1RTIA 4O5BA 3KK2A 3RMBA 4LH5A 1HNIA 4Z4HA 2OYQA 2O4GA 3VQ5A 3PX4A 3RMDA 3AVCA 1ZBLA 4BDZA 2FBXA 4CJEA 4Z4IA 4Y1CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E3SA 3CERA 4JD2B 1BWFO 5AQTA 4E7JA 1T7PA 3H46O 4FWOA 1NJZA 2KHOA 4M3YA 4FXDA 1VRUA 3E01A 3MX2A 4DTUA 4BRPA 2NRHA 2HNDA 1IBKK 3DRPA 2X78A 4GKKK 2G8IA 2E88A 5C12A 1C0TA 3L2QA 1X9MA 1LAVA 3HJFA 3RVCA 3PX0A 1BO5O 3ZSOA 3SAHA 1FKPA 4DQSA 1HLUA 3KLGA 1BUPA 2RHKA 3LANA 3VEVA 4CHOA 3K59A 4DTOA 3F9KA 2QKKA 1WLJA 3UB5A 3AO4A 3P4IA 3ULEA 1XNQK 3QINA 5BN9A 4B9TA 4FJXA 3DAWA 3O9QA 1CXQA 1I39A 1IKXA 4Z4EA 2RN2A 4DSFA 4OLAA 1HKBA 2I7PA 3DLGA 3W3DA 1EWQA 4JEPA 2BGGA 3HBTA 3L4IA 3O4WA 3QMLA 1LCUA 2P9PB 4BE0A 3PIPL 4B9QA 1DEJA 1SKWA 2GV9A 1KXPA 4YOXA 1LV5A 1NGFA 1GLJO 3FFKB 4BE2A 1QSSA 4FYDA 3WXMB 3FE1A 1Y97A 3JAMO 2XY7A 3O8MA 4I7FA 1P8ZA 4DSLA 1LWCA 5EOYA 1U48A 1YVUA 4XH5A 4CHZA 1RT4A 4X66K 3AVBA 3H1VX 3ID8A 5AQRA 4CJ4A 3AGKA 2RKIA 2KZZA 1T05A 2FBVA 2HB5A 4KV8A 1EETA 4PUOA 4FWMA 4FPAA 1EKEA 4ZTFA 2E6MA 4NCBA 4DV6K 4B9UA 5BRHA 1UAXA 4H0PA 1CZ9A 1HJRA 1IJJA 2P9SB 1NGJA 3G0ZA 3IKMA 4BWMA 3D2EA 3SMSA 3H6EA 4FOIA 4BRCA 1XMQK 2A1RA 3TANA 4ISFA 3BP8A 3SPYA 3A0IX 4K41A 1K8KA 1JKHA 3I0SA 3SV3A 3VEYA 3QIOA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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