4CHPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chpA00
1T8EA 4AHTA 3AO4A 2Y1IA 4Y1CA 4I9QA 2HHVA 4F2RA 3AO5A 3QEXA 1S1UA 1X1PA 4CGJA 4BACA 2GBZA 4KREA 1ZBUA 3HJFA 5EU7A 2P5OA 4CCHA 4J2EA 1RCHA 3LWLA 2KFZA 4CJEA 3QEIA 4CFAA 1BIZA 4W5OA 4KHSA 1B9DA 1I39A 4CJUA 5J1EA 2DFHA 1RTIA 4TSXA 4DMNA 3O3FA 3KK3A 1FK9A 1QSYA 4M41A 2HMIA 4FZXC 4RW4A 3RRGA 3KLIA 3A2FA 4H4MA 3ZT0A 2IGIA 4OKEA 3SYZA 3AVIA 3SPZA 3TARA 4FJXA 3WNGA 4CJPA 5HRNA 3MEDA 4CEZA 1WSHA 3LP2A 3AVKA 3V1RA 4Z0UA 4DF8A 4CJ5A 1NJYA 2P5GA 5C24A 1W9HA 4HUEA 2E6MA 3WNEA 4YNQA 4N5SA 5CY4A 1WSIA 2P51A 5CYQA 4AHRA 2A1RA 3M8QA 1XHZA 3VQQA 4NCAA 2HW3A 2FBVA 1FKPA 3V1QA 1WAFA 1JLCA 2Z1JA 3OVNA 4DQRA 2G8WA 1SL0A 3CFPA 2Y1JA 1RT3A 3KTQA 3KK2A 3SCXA 3DRRA 4E7JA 1XC9A 3NF9A 4E7HA 3MXJA 4B8AB 3HPOA 4MFBA 1BGXT 3WNFA 4DSEA 2OA8A 3OS2A 1KVBA 1VK0A 1HNIA 1HQEA 2E6LA 3HP9A 4AILC 2FBTA 3U3YA 2GUIA 2YNFA 4BE1A 3HVTA 1IKVA 3DRSA 3SQ1A 5E41A 4C8LA 1NKCA 1RT1A 3CM6A 3TAFA 3HSTB 3VQ4A 3AVCA 4CJLA 4IBNA 3OJSA 4KI6A 4PY5A 3OYLA 1C1AA 1TKXA 3LZJA 4FK4A 5KTQA 4YFUA 4KRFA 3VQ7A 3TAEA 4F3OA 1XHXA 1ZYQA 4NYNA 3VQPA 3MXMA 4KHWA 4B9NA 2KFNA 1ASVA 1JLEA 1WSGA 4DTUA 1QSSA 4J2AA 4DLEA 4ZTFA 3QERA 4PWDA 1Z25A 3ZT2A 1S1TA 4CJFA 2RF2A 4B9UA 2EX3A 1CLQA 1LWEA 4QOZB 2XY7A 1UOCA 4E89A 4F3TA 1HQUA 4CGHA 4M45A 3DLGA 3PUFA 1BI4B 1RBTA 4W5QA 4E1MA 3ALYA 3NBPA 4GVMA 3LP0A 3L2VA 1RDAA 4DG1A 4LY7A 3V9SA 2RN2A 3CM5A 1JL1A 4E3SA 3AA5X 1BL3A 2PY5A 2G8VA 4JRQA 4FJ9A 1C6VA 4KFBA 3D0PA 3SUQA 1YTAA 1SV5A 2IS3A 2RPIA 1WNSA 3OYIA 2XY8A 4KTZA 3SI6A 4IG3A 4B08A 4E19A 1YTUA 3LPTA 3AVGA 2IAJA 2YNGA 4F4KA 4RG8A 5KGWA 3I0RA 1SUQA 3RRHA 4N41A 2B4JA 1S1WA 3IG1A 4FW1A 4EP4A 1NK9A 5FRMA 4M3XA 1CXUA 4M3UA 3ZT3A 4HCCA 1RT7A 3VQ8A 3SNNA 1JLQA 4KB1A 2YKNA 3CYMA 1DTTA 3QEVA 3O4QA 3VQCA 1BHLA 1N5YA 4FJJA 4KTQA 4JS5A 4DS5A 4M3YA 4PQUA 3B6OA 2G8UA 4CEAA 3NCIA 3SV4A 4LH4A 3K5OA 1U4BA 3TWHA 1JL2A 3HYFA 4DTJA 3AA4A 2QKBA 3SUPA 4CIEA 2DFFA 4FLXA 1J5OA 3K5MA 2D0BA 4CHOA 1WN7A 2VG5A 4FJ8A 2XRIA 4FXDA 2VG6A 4O55A 3AVFA 3EYZA 4BWJA 2PZSA 3KJVA 3AVLA 4AHUA 1QE1A 4CHPA 3OYNA 1TL1A 1VRUA 2VWJA 3QESA 2XHBA 4IG0A 3VQ9A 4CEBA 2D0CA 4RW8A 2FBXA 3DLHA 1KLNA 4IDKA 4DU1A 1ZBIA 2P1JA 3HPHA 4I2PA 3ZT1A 3OYAA 2QKKA 1IO2A 5I42A 1W0HA 4CGDA 3SZ2A 3DLKA 3M8RA 3K59A 1VSMA 2DFEA 2I5JA 2X74A 3AA2A 1CZBA 1Z26A 4CIFA 1LW0A 3PV8A 1SKRA 1RTDA 4Z4HA 3PO4A 4LSNA 1A5WA 4M42A 3ZSQA 1RT6A 3RMBA 4CJQA 2OZMA 4M3RA 2ZE2A 3K2PA 1T7PA 3L8BA 4KHUA 1U47A 3KLGA 4CGIA 4JS4A 1EKEA 2ATQA 1KRPA 1YVUA 1L3SA 3KD5E 3DLEA 4H8KA 2VG7A 2X78A 5J2NA 4FW2A 4DTNA 3PY8A 1K6YA 3OYJA 3O4NA 3KLEA 1VSLA 5KI6A 5J2QA 3QEPA 1RT2A 3VN5A 3P1GA 4OKJA 2HHTA 2HHQA 4N47A 1VSHA 1G15A 2FBYA 1X9SA 4MQ3A 4FYDA 3DOKA 1C0TA 2JLEA 4KI4A 3D45A 1BCOA 1TV6A 2BE2A 3VQ6A 4DTXA 4Z4EA 4NCGA 4E7IA 3ZSXA 2Z1HA 4CHZA 5T7BA 1SKSA 1EETA 3L2UA 3NGYA 4DTSA 4CEQA 2XY6A 3P5JA 3TR8A 3OYBA 1UAXA 4FK0A 3CFRA 1SKWA 2KQ2A 3OYHA 1RBRA 3P83D 4BDYA 3QO9A 4E7KA 4N76A 4DS4A 1VSJA 3SUNA 3I0SA 4BE0A 4FJHA 3LALA 3OYDA 3SQ0A 4L8RB 5DMRA 3NF8A 3DM2A 4OJRA 1GOCA 4NYFA 1UA0A 4J2BA 2F8SA 1C0MA 3SQ2A 5JS1A 3T1AA 1T03A 2A1SA 1RDDA 3HVRA 1JXBA 1SL2A 4CFDA 4DQSA 3HPGA 4DF4A 3O3HA 4E0DA 2Q3SA 4PA1A 3AVJA 4Y1DA 3BDPA 4FCYA 2QXFA 4B9SA 1J54A 1KFSA 4HTUA 2DY4A 1JKHA 3OYMA 3U6FA 4CFCA 2HHSA 3THVA 1RTJA 4GMJB 3L3UA 1NJXA 2ZQBA 1NKEA 4R5PA 3PX6A 2F96A 1WSFA 4RW6A 2NUBA 3LZIA 4FLTA 1X9MA 1WSJA 3DI6A 4C8NA 3C6TA 4DWIA 4CJSA 3S3MA 3C6UA 4FLZA 3V9ZA 1RT4A 3V9WA 4ICLA 4DU3A 1TAQA 4CJVA 2RKIA 5CYMA 2ZD1A 3VA0A 4PUOA 4ID5A 3C95A 3H08A 1NJZA 3ISNC 1HPZA 1ASWA 1N6QA 1B92A 1Q8IA 3ZSVA 1TVRA 4DTMA 3AO3A 2WONA 4KKOA 1I3AA 4CGFA 3OJUA 3LP1A 3S3NA 1UWBA 3ULDA 5HRPA 1NK6A 2VWKA 4OLAA 1HYZA 3V4IA 4FZYA 4OVLA 4KTWA 3SUOA 2GV9A 1BCMA 1XWLA 1R0AA 3U3GA 1A5XA 4FM0A 4AHVA 4IFYA 5HBMA 3KLFA 1D8YA 3HP6A 4CEFA 5KRSA 1XI1A 2KZZA 3QIOA 4EP5A 4OPJA 3AVHA 1D9FA 4M3ZA 2DTUA 1D9DA 2XY5A 3DOLA 3QLHA 3KKSA 4B3OA 5KGXA 4DSJA 3KIOA 4I7FA 4O0IA 3HO1A 2ETJA 2Z1GA 4KHNA 1HJRA 3VQDA 2OPSA 3TI0A 3ITHA 3JSMA 1Q9XA 4CHQA 1WAJA 5HP1A 4ZTJA 1JLAA 1JLBA 1GOAA 4CF1A 1QTMA 3IAYA 4FJLA 3I8DA 1Y97A 3OYKA 4QAGA 4NCBA 1HYVA 4I2QA 3NH1A 1REVA 4ELUA 3F73A 4E7LA 3PX0A 1TAUA 1NKBA 1KCFA 4CF8A 5FROA 3E01A 2JGUA 4CF0A 3RTVA 3RMDA 4AHSA 1U49A 1WSEA 4OKKA 4B9VA 3WNHA 3V9XA 3AO1A 3S3OA 4Z4CA 4HUGA 2KZMA 4DSIA 4JRPA 3DYAA 1O1WA 5C42A 2G8IA 1UA1A 3NE6A 4WE1A 3NGZA 1JLGA 4RW7A 1MU2A 2HNZA 3ZSWA 3KD1E 3ASMA 3QEWA 1QSLA 2QK9A 1U04A 1BQNA 3LP3A 2X6SA 4CJTA 4F2SA 4W5TA 1VSFA 1QS4A 4Z4FA 2IOCA 1D5AA 4I9LA 1TL3A 1HRHA 5CZ2A 4CK2A 5HROA 5SZTA 4FLYA 1TK8A 1BQMA 1CZ9A 1EX4A 3T19A 4CESA 3OY9A 4M3TA 3TABA 2YNIA 4GW6A 1HMVA 3M8PA 4FJGA 3ZCMA 4OLBA 1C1CA 2W42A 4EZ9A 5DK5A 4BE2A 4Q5VA 1FXXA 1BIUA 4O4GA 4UQGA 4E1NA 3K5LA 4DQPA 1U45A 1VSKA 1FKOA 3AVBA 3VQBA 4FZZA 2R7YA 4DSFA 1BISA 3L3VA 1J53A 3C94A 4LH5A 4FM1A 4O44A 3CQ8A 1TKDA 3KKRA 3SJJA 4C8KA 4DU4A 3K58A 4CGGA 4CK3A 4DLGA 1LWFA 2BDPA 4M3WA 2G8FA 2AJQA 1NK8A 4HCBA 1L5UA 4DQQA 1IKWA 3ZT4A 3HK2A 4CERA 4JLHA 4KHQA 3ZSYA 4EZ6A 1TK5A 4K8XA 4QCLA 2HHUA 1HNVA 1RTHA 3QNNA 3QNOA 3UIQA 1RT5A 1DTQA 2WOMA 3LAMA 3FFIA 4H4OA 3VQ5A 2XO7A 4DFPA 4CECA 3NHGA 4Q0BA 1LV5A 3NF7A 4CJKA 3LWMA 1JLFA 1L3VA 3ZSZA 1IKYA 4B9TA 2LSNA 4AHCA 3AV9A 5C25A 3L2RA 1F21A 2O4GA 5SWMA 3TAGA 4B8CA 4LD0A 3VA3A 3F9KA 1DLOA 4BWMA 3NH0A 3NGIA 3SV3A 5J2PA 1ITGA 4DFMA 4KPYA 3MEEA 3SQ4A 2HNYA 3HT3A 2EHGA 4DSLA 3QINA 2PYLA 3TAMA 3OYCA 3CFOA 4CJRA 4OPKA 2G8KA 4HVJA 3AVMA 4IFVA 3SPYA 1RBUA 2HB5A 1S1XA 4KB0A 4K8ZA 2OPRA 3AVNA 3LAKA 2B5JA 4G1QA 1KFDA 3RR7A 3OS1A 5CZ1A 1B9FA 2E4LA 3ZSOA 4CE9A 3TAPA 1S6PA 4FLUA 3HL8A 1KLMA 1LW2A 4B9MA 4O0JA 1TKZA 1A5VA 2PYJA 5J2MA 4BDZA 1S9EA 3V1OA 3KK1A 3L2QA 3RMCA 3VQAA 1YT3A 5JS2A 4ZHRA 1TK0A 3BGRA 3HM9A 3EZ5A 5HRRA 3O3GA 1RBSA 1KSPA 4OGCA 1KVAA 2HNDA 3IS9A 4CF9A 1LWCA 3ZSRA 3OS0A 1RDBA 2IDOA 3V81A 3DLBA 4FJIA 3AO2A 1T05A 1C1BA 2ITGA 2B6AA 2X6NA 2HHWA 3TANA 1L3UA 3K57A 4KAZA 3AA3A 4KO0A 2FC0A 4HHTA 1NK5A 3KLHA 4OGEA 4CEEA 1KVCA 5KRTA 4CEDA 3VQEA 2Z1IA 3DRPA 1ZBLA 3RWUA 2KTQA 1S9GA 1S1VA 1HYSA 3G0ZA 1JXEA 2YHBA 1NOZA 4BDPA 4CJ3A 3NFAA 3T3FA 3OYFA 3NDKA 1S6QA 3V6DA 3CG7A 1VSEA 1LAVA 3LPUA 3MAQA 1S5JA 2D5RA 4CHYA 3HXMA 4DTRA 4FK2A 3OYGA 3JYTA 5I3UA 1TKTA 2YHAA 1SL1A 1NJWA 1IH7A 4CHNA 4FVMA 1TGOA 4FLWA 3IRXA 4FJ5A 3QETA 2KW4A 1RDCA 2HVHA 3AVAA 1ASUA 3NF6A 3RR8A 3LANA 4CF2A 4DFKA 4KHYA 1GOBA 1RILA 4DTOA 2O4IA 2F8TA 4FJ7A 3DLRA 2HVIA 4C8OA 2OZSA 4ID1A 2G8HA 4ELVA 3PO5A 3NAEA 4W5RA 4CJWA 4FLVA 3MXIA 1QHTA 2D0AA 4F8RA 4FJNA 3L2WA 4W5NA 1QQCA 4C8MA 2BGGA 1NK7A 1ZBHA 5K14A 4FJMA 5HLFA 1NK4A 4CK1A 4Z4IA 1Q9YA 4IKFA 2HHXA 1RNHA 3PX4A 4J2DA 1C0UA 5HRSA 1NK0A 3OYEA 2OYQA 4FM2A 4DTPA 1ZBFA 2YV0X 4KV8A 4DQIA 4Z4GA 4CFBA 1WLJA 5FDLA 4XIUA 3V9UA 1NOYA 4N56A 4CJ4A 2BANA 3LDSA 2IC3A 5D3GA 4O5BA 1J9AA 3NH2A 3DMJA 1VSIA 4DFJA 4ELTA 2OPQA 3MEGA 4DSKA 4FJKA 4AH9A 1LAWA 3MECA 3EY1A 4LSLA 1BI4A 1VRTA 1VSDA 4CEOA 2YKMA 1CXQA 3M8SA 3S9HA 1IKXA 3B6PA 3G10A 4B9LA 4CIGA 1EP4A 1EXQA 3QIPA 1IG9A 1KTQA 4HUFA 1U48A 1RBVA 2YNHA 3RMAA 1L3TA 1X9WA 3TAQA 2OPPA 5FRNA 3K5NA 4RW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZM6K 1NGGA 5FPEA 2HHVA 3ZETB 4F2RA 4BREA 4A2BA 4YOVA 1ZBUA 2O8BB 3QEIA 1BIZA 5AQTA 4CJUA 5J1EA 1GLBG 2KHOA 3MCPA 2HMIA 3AGKA 3CJCA 4M41A 4FZXC 2UXBK 4H4MA 3HZ6A 4KHQA 4CJPA 4CEZA 3V1RA 4YNQA 4B1UB 2P51A 4X64K 1HLUA 2G8WA 4ILJA 2WC9A 1OKJA 4E7JA 1XC9A 3FZLA 3NF9A 1DEJA 3O9QA 4M7YA 3ZYYX 4B8AB 3WNFA 1K8KA 1BGXT 4MFBA 3OS2A 1VK0A 2W6LA 2P9PA 3UKUB 4BE1A 3LL3A 2ZJPL 4CD3A 3SQ1A 1NKCA 2OANA 3ENBA 3O5BA 3KHYA 3O1BA 3OJSA 5EY4A 5KTQA 4YFUA 1ZYQA 2E1ZA 4DKWA 4B9NA 2KFNA 1ASVA 1JLEA 1WSGA 3H6EA 4FWKA 4L3QA 3W3DA 4DLEA 4ZTFA 1S1TA 4CJFA 1WBBA 1CLQA 1HJOA 2NRVA 3VOVA 1BI4B 1RBTA 4W5QA 4QS8A 2F4VK 4IWVA 1VAZA 1T44A 2IVOA 5AQXA 2PAVA 3LDNA 4BC3A 1BL3A 2G8VA 4FJ9A 1C6VA 4FOIA 1VQ6N 3SUQA 1QQMA 2FSNA 2IS3A 2RPIA 3SI6A 4KTZA 4IG3A 5IWAK 3LPTA 1V4SA 5M1QA 2IAJA 4JKBA 4RG8A 5KGWA 1SUQA 2NRXA 1S1WA 1HX1A 3ZT3A 1RT7A 4HCCA 4BRNA 4BRFA 2O8EB 4IFEA 4JS5A 4YOYA 4XH5A 5AZIB 3HI0A 3ZEUB 4IOXA 3NCIA 1JL2A 3HYFA 5ADXA 2QKBA 4FWMA 3SUPA 4FLXA 3K5MA 3VERA 2D0BA 1WN7A 4FJ8A 4GKJK 4FXDA 3BEXA 4O55A 3E1YA 3OBYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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