4CHPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chpA00
1VSDA 3OYMA 2IDOA 3AA2A 1LWEA 1U04A 2RPIA 1LWFA 3OJUA 1DTQA 5DK5A 5JS1A 3K2PA 4CF2A 3HVRA 3SUPA 4DSFA 2FC0A 3NH1A 1QTMA 4RW9A 1S5JA 5FROA 3ZT4A 4CECA 1VRUA 4BE1A 1RNHA 2A1RA 3LAMA 3DLBA 3DLGA 4FJIA 5CZ1A 4CGGA 2RN2A 3K5OA 4DQQA 3KLHA 2XRIA 3KLGA 3V1RA 4FVMA 3HP9A 3RRHA 3LWMA 1R0AA 2KFZA 1GOAA 1D8YA 3DLKA 4B9VA 2HB5A 4AILC 4HCCA 1FKOA 3ZSVA 2Z1HA 2LSNA 2X6SA 3SYZA 2BANA 2D0CA 4CJFA 4XIUA 1J53A 3NHGA 1U4BA 2KZZA 1F21A 1HNVA 4IFVA 4K8ZA 4O5BA 4BWJA 3TAGA 4YFUA 4F3TA 4CFAA 3NH0A 3DMJA 2DFFA 1YT3A 4J2DA 1J54A 1TVRA 2FBVA 4KKOA 4YNQA 3MEEA 3P5JA 3RTVA 5I42A 1J5OA 3DLHA 4W5OA 3LZIA 3HL8A 3VQ6A 2OPQA 4CERA 1BQNA 4FLUA 1BGXT 5SZTA 2QK9A 3M8QA 5HBMA 4CJRA 1TAQA 1DLOA 5DMRA 1NKBA 3KLFA 5D3GA 3QINA 3V9WA 1NK5A 2YHBA 4PA1A 1NJZA 4OLAA 4Y1CA 5J2QA 3SQ1A 4KHYA 3QEWA 3AVCA 4B9TA 4FJXA 3T19A 3PX6A 2P5GA 3OYCA 5KGWA 4M3YA 4DQIA 2P5OA 4AHSA 1UWBA 3HPHA 4CJ5A 3S3OA 2PYJA 2F8SA 3U3GA 1HPZA 3C6UA 4JS4A 4KRFA 3AO2A 4KTZA 3L2VA 3KK1A 4FZYA 1C0TA 1RT5A 4KB1A 4RW4A 1WAJA 1WSJA 2IGIA 4IDKA 3AO3A 3ZT0A 4CJTA 2B4JA 4DTUA 2RF2A 4F2RA 3OYHA 4ZHRA 3TARA 3SV3A 1NKCA 3O4QA 2DFEA 1EETA 3NFAA 4CJLA 4DMNA 1S1UA 3AVAA 3OYNA 4WE1A 4E1MA 1N6QA 4L8RB 1XI1A 4DTSA 1TAUA 4CFBA 3VQ4A 4KB0A 4FW1A 4M3UA 3QIPA 1TKTA 1N5YA 4PUOA 4N41A 3LP0A 5JS2A 4KO0A 2B5JA 4AHCA 4CJQA 1HYZA 2GUIA 1BHLA 3TANA 1U49A 4DWIA 2A1SA 5FRNA 1WSIA 2PZSA 4CEEA 1YTUA 4OVLA 3NF6A 4CJEA 3MAQA 1W0HA 2HHWA 1ZBUA 4AHRA 3QESA 4H8KA 3RMCA 2HNDA 2KQ2A 4M3RA 3C6TA 3I0RA 1U47A 5EU7A 4IG3A 3VA0A 1BIZA 2EHGA 1BCOA 3S3NA 3F73A 4E3SA 4GMJB 2X6NA 3V81A 1RBTA 3T1AA 2YNGA 1LV5A 3TABA 4O44A 4FK4A 3QNNA 3M8PA 2Z1GA 5K14A 4FLXA 1NJWA 1YTAA 4KHQA 1IO2A 3QLHA 3M8SA 3TWHA 4CHYA 1XC9A 3V9ZA 4DFKA 3ZT2A 3VQPA 2HHSA 3HM9A 3O3HA 1FKPA 4KHNA 3HK2A 1RDCA 1CZBA 1KVBA 4KTWA 3EYZA 3IAYA 4FJ8A 3OYEA 1U45A 4CEDA 4W5QA 4B9LA 2W42A 4RG8A 3MXMA 2HW3A 4FJNA 3AVBA 2FBXA 1EP4A 4JRQA 2I5JA 1SL0A 2DY4A 1D5AA 3WNFA 5C24A 3TAMA 1ZYQA 2KTQA 3A2FA 2VG5A 4FZZA 1RT2A 4R5PA 3OS2A 4F4KA 1B9FA 3DRPA 3VQQA 3WNEA 1TKXA 3C94A 1JXBA 3C95A 4CGDA 3LDSA 3AVKA 1QSYA 3O3GA 2YKMA 2ATQA 1CLQA 3K59A 3RMAA 1LW2A 3AVFA 3VQ7A 3SV4A 1IKYA 3VA3A 4DU1A 3PY8A 4KV8A 1IH7A 2HHVA 3CYMA 3ZSZA 2ZQBA 1SKRA 1IG9A 3BDPA 4B08A 1NJYA 4DG1A 5KTQA 5HRRA 3S3MA 5FRMA 3AA4A 3HPGA 4E7LA 3ZSOA 4OJRA 1UOCA 3SPZA 4FJ5A 1SV5A 3AVGA 3HSTB 3QIOA 3OYKA 4IKFA 3NGYA 4HHTA 1FXXA 4MQ3A 4FW2A 4E7IA 4KI4A 3HO1A 2ETJA 4M3WA 4E89A 1NK9A 1ZBIA 1S6PA 4GW6A 5HRSA 4DTMA 1EXQA 2X74A 1C0UA 4CEBA 3G0ZA 3K5MA 4DU3A 3LPTA 2ZE2A 4NYFA 2E6MA 3VQAA 2KFNA 3AA3A 1BL3A 3SUQA 4FJLA 4M41A 3L2WA 4DFJA 4OLBA 1TK8A 1SKSA 2Z1IA 2HNZA 3I8DA 1EKEA 4KREA 2Y1IA 4HVJA 3L3UA 3TR8A 3RR7A 3CFPA 1IKXA 2OZSA 2O4IA 4DSKA 1RT7A 3LP3A 3MEGA 1C1AA 4E19A 4C8NA 3OYFA 4ZTJA 1NK0A 1RTJA 3DRSA 5CYQA 4FJ7A 5FDLA 4J2BA 3NE6A 2XY8A 3OY9A 5J2NA 2HVIA 4DTNA 3ISNC 4J2EA 5C25A 1BCMA 4RW6A 2B6AA 3DI6A 4KAZA 4Z4GA 2YNIA 4FLTA 4JRPA 3NDKA 3AA5X 2VG6A 1ITGA 4FLVA 3OS1A 1NOZA 3VQ5A 2YHAA 3TAFA 2VG7A 4FM1A 4C8KA 4DSIA 4OKJA 1NOYA 2HHUA 5C42A 4CK1A 1NK4A 1ASVA 2G8IA 3CQ8A 1ZBHA 3S9HA 3LALA 4DF4A 4O55A 4B9UA 1S1XA 2QXFA 1BQMA 4E7KA 3PV8A 3AVMA 3PX0A 4M42A 4FYDA 3ZSYA 1SKWA 4BWMA 5J2PA 2Y1JA 3HVTA 4I2QA 3V1OA 4FLZA 1NJXA 2JLEA 3DRRA 3ZT3A 1CXUA 3RRGA 4HCBA 4LD0A 4DQPA 4KPYA 1KLMA 2FBYA 1KVCA 1LWCA 1DTTA 4AHUA 1G15A 2HMIA 1T03A 4BACA 4DSLA 1UAXA 4GVMA 2IOCA 3T3FA 4IG0A 3HP6A 3TAEA 3NBPA 4I2PA 4ID1A 3OJSA 3AVHA 2OYQA 4CIFA 1XHXA 3DYAA 2HNYA 1GOBA 4BDZA 4KHWA 4BDPA 3MECA 1J9AA 3LAKA 1VSJA 4Y1DA 4BE2A 1B92A 1QE1A 3PUFA 1Q9XA 3OS0A 3B6PA 1NK7A 4G1QA 2HHQA 1O1WA 4Z4FA 4AH9A 3K5NA 1NKEA 1QSSA 2KW4A 3JSMA 3CFRA 3ITHA 1KCFA 3PO5A 4PWDA 4B9MA 1HYSA 3KD1E 1X1PA 3RMDA 3VQEA 3V9XA 1TKDA 2G8FA 2QKKA 3QERA 4ELUA 2JGUA 1Z26A 4FJGA 4AHTA 4Q5VA 3LP2A 1JLGA 4FZXC 3D0PA 4HUGA 1VSHA 3O3FA 4CEZA 4CJKA 1VSFA 3P1GA 4CFCA 4PQUA 4M3XA 4E7HA 4DLEA 1CXQA 4NCAA 1NK6A 4LSNA 1TGOA 3CM5A 4KFBA 5CZ2A 3SQ4A 3K5LA 1D9FA 1VSLA 1A5VA 4FLYA 3D45A 1QQCA 3QO9A 4O0JA 4FM2A 1I39A 3KIOA 4ICLA 3TAPA 3AVJA 4CJ4A 1HYVA 4CE9A 3ULDA 4CHZA 2VWKA 3OYJA 3SZ2A 1SL1A 2WONA 1C0MA 4DSJA 4DTOA 3ZCMA 1VSIA 3MXIA 3SQ2A 1TL1A 3VQCA 5HRNA 1YVUA 1RCHA 1Z25A 4NYNA 3VQ9A 1WLJA 2YV0X 3NF7A 3ZSQA 3HT3A 4EZ9A 1JL2A 1WNSA 4B9SA 1RT3A 5KI6A 3DLRA 3ZSRA 4QCLA 4CJPA 1T8EA 3QEXA 1JLQA 1RDDA 4CJ3A 1KVAA 1RT4A 2YNHA 2D0BA 3M8RA 1QHTA 4DF8A 2G8VA 2BDPA 4FJHA 2G8UA 4RW7A 2BE2A 1RDAA 1ASWA 1RBUA 1S9EA 4CJSA 4DTJA 4DFPA 3FFIA 4NCBA 3SPYA 1VSEA 4W5NA 3L2RA 4N5SA 2HHXA 1WSFA 1HQEA 3OYIA 1BISA 3L2QA 1S6QA 3L8BA 1SUQA 1VK0A 2OPSA 3OYGA 1T7PA 1RT6A 2EX3A 1TK5A 2OA8A 1SL2A 3IRXA 1BIUA 4DQSA 3PO4A 1LW0A 4CF8A 1ZBFA 4CGFA 1HQUA 4OKKA 1Q8IA 4CGJA 2HHTA 3KJVA 4CIGA 4B8AB 4CFDA 4FLWA 4CCHA 2E6LA 4DTPA 3CG7A 4EP4A 3K58A 4Z4CA 4JS5A 3V6DA 3TAQA 1JLCA 3EZ5A 2YKNA 4CGHA 1QS4A 3SNNA 1HRHA 4E0DA 4N56A 4CJVA 3DOLA 4BE0A 2G8HA 1WN7A 5HLFA 4LY7A 2G8KA 2QKBA 3LWLA 4DFMA 2ITGA 4ZTFA 1MU2A 3CFOA 3VN5A 4O0IA 1S1VA 3E01A 4DTXA 3HPOA 4FJJA 3V1QA 3OYDA 3B6OA 4N76A 1S9GA 2G8WA 3OVNA 4FK2A 3KK3A 4ELVA 1VRTA 4H4OA 3I0SA 3KKSA 4CEQA 3WNGA 4CHPA 4M3TA 1WSHA 3P83D 2AJQA 3SUNA 2E4LA 4K8XA 1JLEA 4AHVA 2XO7A 3KLEA 1VSMA 1UA0A 3QNOA 1HNIA 3IS9A 5SWMA 4FJKA 3AO5A 3HXMA 4DTRA 1JLBA 1RT1A 4FCYA 3JYTA 1JLFA 3ZSXA 3ZT1A 5I3UA 4QAGA 1L3SA 1RBSA 3ZSWA 5E41A 3WNHA 4EZ6A 3LP1A 1I3AA 4JLHA 3KKRA 3KLIA 5HP1A 2D5RA 5CY4A 1VSKA 4B9NA 4C8OA 3AO1A 1LAVA 1WSGA 3CM6A 2DTUA 4PY5A 4I7FA 5KRTA 4HTUA 2IS3A 4TSXA 4DQRA 3HJFA 1C1CA 3AVIA 1TK0A 3MXJA 3KD5E 1X9SA 4I9QA 2P51A 1BI4A 3U6FA 1BI4B 1XHZA 3H08A 4M45A 3DM2A 2GBZA 4KI6A 2OPPA 4MFBA 4CK2A 2HVHA 1K6YA 1LAWA 4N47A 3IG1A 1L3VA 4CHNA 3RWUA 1FK9A 1JLAA 1KRPA 1X9WA 1KFDA 4E7JA 3MEDA 4Z4EA 4QOZB 3V4IA 2F8TA 1TL3A 4EP5A 2P1JA 5CYMA 4B3OA 4Z4HA 2X78A 1L5UA 4IFYA 1Q9YA 3KTQA 4W5TA 2YNFA 1KTQA 1CZ9A 1HJRA 3ASMA 4CF9A 4CHOA 4FJMA 4CEOA 4KHSA 1RBVA 5J1EA 5HROA 3AVLA 2IC3A 4M3ZA 4KHUA 3NGIA 3AO4A 1JKHA 3VQDA 1WSEA 4ELTA 1JXEA 1TV6A 3U3YA 1UA1A 3OYAA 3UIQA 1GOCA 1C6VA 1Y97A 4OKEA 3VQBA 2R7YA 1RILA 3PX4A 4CK3A 3G10A 4FK0A 2OZMA 4OPKA 3QEPA 1KSPA 4OGCA 1EX4A 4UQGA 2IAJA 4DSEA 2D0AA 3O4NA 4H4MA 4LSLA 1A5WA 4Z0UA 2XY7A 3AVNA 4E1NA 2PYLA 4KTQA 3HYFA 2RKIA 1XWLA 3THVA 1REVA 3DLEA 1C1BA 3AV9A 1L3UA 1W9HA 3RMBA 4F8RA 1B9DA 1RTHA 5HRPA 3SQ0A 2DFHA 2O4GA 4CIEA 2NUBA 3K57A 3F9KA 3TI0A 2XY5A 2XY6A 2Q3SA 1NK8A 3NF9A 4HUEA 1QSLA 4C8LA 2WOMA 1HMVA 3VQ8A 4BDYA 4Z4IA 4LH5A 3EY1A 4DS4A 4FM0A 4CEAA 2OPRA 4DU4A 4OGEA 1WAFA 3LANA 3LZJA 3SCXA 2Z1JA 4C8MA 1D9DA 1IKVA 1RDBA 4LH4A 4RW8A 1A5XA 4FXDA 3V9SA 2KZMA 1RTIA 3BGRA 2VWJA 1U48A 4OPJA 4DS5A 3NF8A 4CESA 5KGXA 1ZBLA 3L2UA 2F96A 3ALYA 1JL1A 1S1TA 4IBNA 3OYBA 3SI6A 2XHBA 1L3TA 3SUOA 1KLNA 4CGIA 2GV9A 5J2MA 4B8CA 4DLGA 3V9UA 2BGGA 3NAEA 1S1WA 4CF1A 2PY5A 3L3VA 4I9LA 3KK2A 2ZD1A 4FJ9A 1RBRA 3LPUA 3RR8A 1T05A 3QEIA 4CHQA 3NCIA 4CEFA 3QETA 3OYLA 3NH2A 4CJUA 3DOKA 2FBTA 1RTDA 1ASUA 3QEVA 3SJJA 1KFSA 5KRSA 1TKZA 4CJWA 3NGZA 4HUFA 4F3OA 4J2AA 4O4GA 4ID5A 4W5RA 1X9MA 4Q0BA 4CF0A 5T7BA 1IKWA 4NCGA 4F2SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AA2A 3THWA 4MDBA 4EAHD 3ZT4A 4JAXA 5FROA 5DM6L 1RNHA 3LAMA 3DLGA 5CZ1A 2WTUA 4JKBA 2RN2A 3RRHA 1IV0A 1R0AA 3VMFB 4HCCA 5AQSA 3ZSVA 1GLDG 1U4BA 4BREA 3F9MA 3L6QA 4IFVA 4BWJA 3TAGA 3NH0A 4HTLA 5AQGA 1YT3A 4OLAA 5I42A 3ZETB 3HL8A 2OPQA 4CZFA 2E8AA 5DMRA 1NJZA 2V7ZA 4Y1CA 5J2QA 3AVCA 1Q86O 3T19A 2P9IA 5E26A 4DQIA 3HPHA 5M1KA 3C6UA 4LF4K 4KRFA 1SS6A 3L2VA 4KB1A 1OH5A 4RW4A 1WSJA 1VQON 2B4JA 4DTUA 2O8DB 4M63C 4F2RA 4ZHRA 3ZLJA 4IZ9A 3A0IX 1BWFO 4DV4K 2DFEA 3AVAA 4AF1A 4DTSA 3VQ4A 3R1XA 3QIPA 4PUOA 3LP0A 2B5JA 1VQPN 1ILYA 4H0OA 2NNWA 1HYZA 4DWIA 4IOXA 2A1SA 2PZSA 3NF6A 4Z94A 1ZBUA 5AQRA 1U47A 2KQ2A 4IG3A 2EHGA 1BCOA 4YOYA 2A40A 3S3NA 5AQIA 3V81A 1RBTA 3T1AA 3TABA 4ISGA 4O44A 4FK4A 4L3QA 3O08A 4KHQA 1YUWA 2V7YA 1NGDA 3ZT2A 4JYAK 5AQOA 4H5VA 3W0LA 3HM9A 1CZBA 5AQVA 3IAYA 2ZJQL 1Q7YO 1U45A 4B9LA 5MLCQ 1K8AO 1SL0A 2I5JA 1Q18A 3WNFA 3TAMA 2KTQA 3A2FA 3LDPA 5TKYA 5JLFA 1M1KO 3OS2A 2CGLA 1B9FA 3C94A 3C95A 3CI5A 5F1XA 1QSYA 3O3GA 2YKMA 3VQ7A 3O9TA 5KPTA 4DU1A 3PY8A 2ZQBA 2OTJN 1NJYA 4DG1A 2F7TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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