4CHPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chpA00
1S1WA 1TAUA 3M8RA 2G8KA 4BWMA 2FBVA 2E6LA 3OVNA 2ZQBA 1ASUA 5CZ1A 1SL0A 2AJQA 3TR8A 1U48A 3TI0A 4BWJA 1S9GA 1WAFA 3KD5E 1WLJA 3NFAA 3LZJA 3KKSA 4OJRA 2YHAA 1WSFA 1HPZA 1UOCA 3K58A 4ELTA 4DFJA 1UAXA 2VWJA 4M3WA 4RW6A 3NF6A 3SYZA 4M3RA 1ZYQA 4CEDA 3LP0A 4DF4A 3AA5X 1BI4B 3WNEA 1ASVA 2DFFA 1D8YA 2QK9A 4E7KA 4FLXA 3KK1A 1YT3A 3FFIA 5K14A 4RG8A 4CFBA 3K5MA 3SV4A 4FJHA 1U49A 1BQMA 3VQ4A 3NGYA 1SV5A 3V1QA 3PO5A 3SUQA 4CCHA 4QAGA 1GOCA 3ZSRA 1QQCA 4E89A 2YV0X 1TKXA 1J53A 2A1SA 2EHGA 3V6DA 3QNOA 1JLAA 2X78A 4CHOA 3M8QA 3WNHA 1D5AA 3ZT0A 1C1BA 3A2FA 4KHWA 5J2NA 2A1RA 3CM6A 1J54A 5HRPA 3U3YA 3IRXA 1YTAA 3ZT1A 3RMAA 4KTZA 1RNHA 4DFKA 3RMCA 4KTWA 4O4GA 1VSDA 1NOYA 4FW2A 1IKYA 5HRRA 3QERA 2B4JA 4B9SA 5C42A 5J2PA 1HNIA 4DU4A 5KGWA 1HQEA 3OYGA 5HBMA 1BHLA 2YNGA 3L2WA 4JRQA 4BE2A 4E3SA 4FVMA 3K5LA 4J2DA 4NYFA 5KI6A 3T3FA 4LD0A 4CJLA 2DY4A 3DYAA 4HUFA 4C8NA 4DF8A 2I5JA 2WONA 3AVAA 2DTUA 3MXMA 1LWCA 4K8XA 3SQ4A 1TV6A 3ZT3A 5DMRA 3DOKA 4EP4A 2FBTA 3L3UA 1S6PA 2B6AA 3OYKA 1U04A 1LW2A 2DFHA 4C8KA 3VQDA 3PUFA 4KAZA 4J2AA 3SPZA 5SZTA 5JS2A 3PO4A 3E01A 4O0IA 4N5SA 3HVTA 1BGXT 3O3FA 3HM9A 3RMBA 4M3ZA 2Z1HA 5DK5A 3AVMA 3O4QA 3LPUA 3NF7A 1VSFA 2KZZA 4KI6A 1SKRA 5JS1A 3L3VA 4CECA 4L8RB 4DTSA 2QKKA 3S3MA 1JKHA 4Z0UA 1WSGA 3V1OA 1A5XA 1ZBLA 3AO5A 3OYHA 4HVJA 3KTQA 1T7PA 4I9QA 4M42A 4TSXA 4KV8A 4FLUA 3K5NA 4KHUA 3HXMA 2BGGA 4NCGA 4CK1A 1WAJA 3ZT4A 4PQUA 1JLBA 4GW6A 4F3OA 3NDKA 4RW7A 4DQQA 4ZTFA 3M8SA 4FJ5A 3CYMA 2NUBA 1U47A 4KO0A 5CZ2A 1X9WA 4LH5A 5HLFA 3BDPA 3NGIA 3QIOA 3MEGA 3DLBA 3O4NA 2OZMA 4O0JA 4O5BA 3MXIA 1NJZA 4CJEA 1RT2A 3LDSA 3QESA 2P5GA 2KFNA 4OVLA 4CGFA 4JRPA 4F3TA 4H4OA 2HVHA 3F73A 1RDBA 3KLIA 1NK7A 4EZ9A 3DRRA 4DTXA 3EY1A 3K57A 4DFMA 2HMIA 4DLGA 3LAKA 3AO1A 2XY6A 3NBPA 1JL1A 4B8AB 5KRSA 4KRFA 3DLGA 4B9MA 4HUEA 4E0DA 3D45A 5FRNA 3UIQA 2VWKA 4B08A 4J2BA 4F4KA 4BDYA 3OY9A 4DWIA 4Q5VA 4FM0A 1NJWA 1GOBA 3DM2A 4IDKA 4Y1CA 3SQ0A 4N41A 4CJSA 3K59A 3CM5A 1NK8A 2OPPA 1J9AA 3K2PA 4M3YA 1WSHA 3BGRA 1XWLA 2PYJA 3PX0A 4M3TA 4OKJA 1NK6A 4CJTA 3QEPA 2JGUA 4R5PA 3WNGA 1ITGA 1QTMA 1S1XA 4IFYA 1U4BA 2IDOA 3I0RA 3LP3A 5HRSA 3KKRA 3HVRA 4CE9A 2GBZA 1SKSA 3VQAA 2BDPA 1VSIA 3AVFA 1BL3A 1VSHA 4FK0A 1VSEA 3EZ5A 3SUOA 4DTPA 1EETA 4UQGA 1VRTA 1KLMA 3RR8A 4FJGA 3S3OA 3OS2A 1KVBA 3KLGA 1JXEA 1JLEA 1BQNA 3HJFA 1SUQA 4CIEA 3ZT2A 1VRUA 4IBNA 2HVIA 1SL1A 1BCMA 4PWDA 1HYZA 3AA4A 3DRPA 3O3HA 3EYZA 4DSEA 4Z4IA 1IH7A 1RCHA 1TL3A 3L2VA 1U45A 5C25A 1VSMA 2XO7A 3KJVA 3QEIA 3HSTB 2D5RA 2P1JA 4BDPA 3AVHA 3U3GA 2RPIA 3OYMA 1DTTA 1LWFA 2E4LA 4CJUA 2IAJA 1BCOA 1S5JA 2VG6A 2HHQA 1KVCA 3KLHA 2YHBA 4CGDA 3IS9A 2OZSA 1TVRA 2KZMA 3LANA 4DQRA 2HNZA 1TKDA 1W9HA 3NF8A 4FLVA 3TAGA 3V81A 1RBTA 4H4MA 4FLWA 2G8UA 4CF2A 4ID1A 3HP9A 4FJ7A 1FK9A 4FJIA 3NHGA 3VN5A 3LALA 1HYVA 5C24A 1LAWA 3NH2A 1RTIA 3T19A 1C6VA 3G10A 3ITHA 4W5TA 3SV3A 3TWHA 3V9UA 4FZYA 4DQIA 3KIOA 3LZIA 1I3AA 2OPRA 4DS5A 1VSJA 1RDDA 4J2EA 1TKTA 1KRPA 4FJXA 1SKWA 4HTUA 3HL8A 3CFPA 4FJJA 1RBUA 4CESA 2P51A 4ZTJA 1L3VA 1D9DA 4B9TA 3O3GA 1EXQA 4CGHA 3QEVA 4C8LA 3QO9A 1R0AA 1KTQA 3DMJA 4DTOA 3C6UA 5KTQA 2HNYA 4OGCA 4CHYA 3RMDA 4CF0A 1Q9XA 4F8RA 3CFRA 3LWMA 3CFOA 3VA0A 1VK0A 1Z25A 4CK2A 3QINA 4E1MA 1RTDA 2D0BA 4CEFA 2HHSA 4FM2A 4I2QA 2Z1IA 1RTJA 2HNDA 4ZHRA 4FCYA 3DLKA 3AVKA 4KFBA 4KTQA 3AVLA 2XY5A 1IKXA 4DTJA 1NK4A 4DU1A 2IC3A 2BE2A 4KB1A 4DSLA 5CY4A 4CEAA 4FK4A 1VSLA 1Q8IA 4CJWA 1A5WA 3HPOA 5I42A 4O44A 3QLHA 4DSKA 3ZSVA 5CYQA 1EKEA 4CJFA 2KTQA 3AVBA 5E41A 3MXJA 2EX3A 3V1RA 2RF2A 3V9XA 4RW4A 3VQ9A 4CF8A 3ZSYA 4OLAA 3RR7A 1L3SA 1RT1A 3SNNA 2OA8A 1LW0A 3QNNA 1HNVA 3PX6A 5HROA 4K8ZA 4AHRA 3PX4A 1JLQA 4M3UA 4OGEA 4ICLA 4Y1DA 3VQ5A 2PYLA 3VQQA 4HCBA 3VQCA 1L5UA 2LSNA 5FROA 3SPYA 1RT3A 4OPKA 4CF1A 4E19A 1TAQA 4CGGA 4ELVA 4KB0A 1RBRA 1NKBA 4Z4HA 4EZ6A 1C0MA 3DRSA 4B8CA 1C0UA 4FLZA 1EX4A 2IGIA 4KHSA 4B9LA 1YTUA 1JLFA 3ZSWA 3AVIA 1JL2A 4M3XA 2VG7A 4DU3A 1NK5A 1FKPA 4OPJA 3QETA 4MQ3A 4ELUA 2Z1JA 3RRGA 1TGOA 4CEQA 1HJRA 2X74A 3LP2A 2KQ2A 1XHXA 4FJ8A 1K6YA 2KW4A 3DLEA 4I9LA 5CYMA 1QSYA 3LP1A 3V9SA 4HCCA 1TK0A 5J2MA 3ZCMA 2VG5A 1DLOA 1NKEA 2G8IA 4DTRA 4B3OA 1MU2A 4G1QA 1I39A 4IKFA 1XI1A 3L2QA 3TAEA 3TANA 3WNFA 1T05A 1TK8A 4FJLA 2F8SA 1VSKA 3AVCA 4E7JA 2IOCA 3OYFA 4N76A 2YNHA 4GVMA 3NH0A 2BANA 3HK2A 2HHWA 3H08A 3ZSZA 3AA3A 1EP4A 3SZ2A 4DSFA 1J5OA 1QHTA 2ATQA 4LSLA 4N47A 3NCIA 2B5JA 1NK9A 2XY8A 4KHQA 1WSEA 3RTVA 4FJMA 4Z4GA 1ZBIA 3L2RA 1RT4A 1QSLA 4CEBA 3AVNA 4CGIA 5T7BA 1B9FA 3OYEA 4NCBA 3VQ7A 3VQ6A 3L8BA 4OKEA 3I8DA 3SQ1A 3OYJA 2FBXA 3TARA 4W5RA 3RRHA 3PV8A 1XC9A 2OYQA 1KFDA 4CJ5A 1RT5A 4WE1A 3OYBA 2IS3A 3MECA 4DTNA 4CK3A 2Y1JA 3SJJA 4NCAA 4FM1A 3RWUA 4H8KA 3OS1A 1QE1A 1IKWA 2WOMA 3I0SA 4ID5A 4HHTA 4DLEA 1NJXA 3AO2A 1C1AA 1REVA 4LY7A 5EU7A 3CQ8A 4CHPA 4CJKA 2GUIA 4FLTA 4W5QA 3ZSQA 3JSMA 1FKOA 4KHNA 3SUNA 1CXQA 3P83D 4OLBA 4M41A 4CEOA 1Q9YA 3DOLA 1O1WA 1KLNA 3VQPA 2XY7A 1KFSA 3OYAA 4AHUA 4BDZA 1CLQA 4FZXC 2FC0A 1UWBA 1Z26A 1JLGA 3SUPA 1LV5A 4KREA 1NKCA 4C8OA 4KI4A 4CIGA 4JS5A 4Z4FA 3S3NA 4NYNA 4B9UA 3MEDA 1N6QA 3HT3A 3QEXA 3HO1A 1Y97A 4AHTA 1CXUA 3TAMA 3ZSOA 1HMVA 3VQBA 2DFEA 2XHBA 1UA0A 2G8HA 3JYTA 1ZBUA 3C95A 2D0AA 2YKNA 4AHVA 4PY5A 2XRIA 3HPGA 1NJYA 4B9VA 1XHZA 4CEZA 5KRTA 1KSPA 1BISA 4DQPA 3LAMA 3SCXA 3G0ZA 4PUOA 3OYCA 2PZSA 1YVUA 1FXXA 4CHZA 4AHCA 4HUGA 2RN2A 2KFZA 1RDCA 3NF9A 4PA1A 1LWEA 4JLHA 4CHNA 1S1TA 2ZE2A 1B9DA 4E7HA 1T03A 4O55A 3SI6A 2HB5A 1B92A 1D9FA 5FRMA 3LPTA 4DMNA 2R7YA 4CIFA 3HYFA 4LSNA 1X9MA 3HPHA 3NH1A 4FJNA 3VA3A 3QEWA 1X9SA 1ZBFA 3ALYA 3M8PA 4XIUA 3KLFA 2W42A 4F2SA 5HRNA 4BE1A 3AVGA 3LWLA 3C6TA 1QS4A 2ZD1A 3B6OA 2ITGA 3P5JA 3KK2A 1RDAA 1RT6A 1C0TA 2RKIA 1RILA 1G15A 2E6MA 4DS4A 4CEEA 2GV9A 4KPYA 3OYDA 4FZZA 4I2PA 1JXBA 5J1EA 3V9WA 3SQ2A 4FJ9A 1CZBA 4CJ3A 4CFCA 5HP1A 2O4IA 5J2QA 3OJSA 3C94A 1ASWA 3U6FA 3T1AA 2YNFA 3CG7A 4FW1A 4Z4CA 3AO4A 1BIZA 1KCFA 5D3GA 4I7FA 4DG1A 1BI4A 2OPQA 4RW9A 4BE0A 4Q0BA 2X6NA 3KK3A 1WSIA 1WN7A 2OPSA 4YFUA 2G8VA 2ETJA 4QCLA 3DLRA 2O4GA 4FK2A 1HQUA 3OYNA 1IKVA 2Q3SA 4CJRA 3OYIA 3KD1E 4F2RA 4FXDA 5KGXA 4N56A 1IG9A 1RTHA 4Z4EA 3AA2A 1LAVA 4DTUA 3S9HA 4CJ4A 2HHXA 3AVJA 3TAQA 2HHTA 1NOZA 1TL1A 4GMJB 4CHQA 1JLCA 3HP6A 4OKKA 3NE6A 1S9EA 2D0CA 2FBYA 4FLYA 3OS0A 2HW3A 3OJUA 3IAYA 4MFBA 2QKBA 4JS4A 1QSSA 1WNSA 3MAQA 1N5YA 3PY8A 4CF9A 4KKOA 3F9KA 3NGZA 4KHYA 1ZBHA 3IG1A 4B9NA 4CFAA 3KLEA 2P5OA 4IFVA 2Z1GA 4RW8A 1W0HA 3NAEA 2YNIA 4CJPA 3VQEA 3ISNC 4W5OA 3THVA 4AH9A 2HHUA 4IG0A 3ULDA 1KVAA 1A5VA 2F96A 2QXFA 4C8MA 1HRHA 4CGJA 3TAFA 1HYSA 2HHVA 4W5NA 3DI6A 1RBSA 3MEEA 3P1GA 3VQ8A 4EP5A 4BACA 3AV9A 4AHSA 4E7LA 4E1NA 4DFPA 4E7IA 1DTQA 1WSJA 3TABA 5I3UA 3AO3A 2PY5A 4CJVA 5FDLA 4M45A 1C1CA 1T8EA 1S1UA 3D0PA 4AILC 3TAPA 3ASMA 3B6PA 3V9ZA 3QIPA 4CJQA 1UA1A 2YKMA 1GOAA 3ZSXA 1L3TA 1RT7A 2G8WA 4QOZB 1CZ9A 1NK0A 4DSIA 4YNQA 4IG3A 4CERA 1SL2A 4LH4A 2F8TA 1IO2A 5SWMA 1L3UA 1TKZA 2X6SA 4CFDA 2Y1IA 2JLEA 3DLHA 1S1VA 4DQSA 3K5OA 1X1PA 1BIUA 1S6QA 3OYLA 4DTMA 1TK5A 2G8FA 1RBVA 3V4IA 4DSJA 4FJKA 4FYDA 1F21A 3L2UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S1WA 1TAUA 3M8RA 3E9LA 2ZF5O 2FBVA 3CQXA 3OVNA 1QZ6A 2YCHA 2UXDK 3OBWA 5GAGP 1WAFA 2ASPA 3NFAA 3KKSA 2YHAA 1HPZA 3MMVA 4JI1K 3HRGA 1GLJO 1DEJA 3NF6A 4B1XB 3LP0A 4DF4A 3AA5X 4H5NA 1BI4B 3WNEA 1ASVA 3LDQA 4A5BA 2QK9A 3T7ZA 3FFIA 2E2NA 1YI2N 4JI3K 3SV4A 4FJHA 3ZX2A 3VQ4A 2HF3A 4IO8A 4EHTA 4CCHA 2YV0X 1TKXA 4WQ5C 1JLAA 5B8HA 1C1BA 3A2FA 4GV6A 4JN4A 1H1VA 1J54A 3TSUA 5I9EB 3WXIA 3EZWA 3IRXA 1YTAA 3ZT1A 1OH6A 4DFKA 4O4GA 1NOYA 3G25A 1IKYA 5AQNA 4B9SA 3VPZA 3PSFA 5J2PA 5AQGA 3RVCA 3CCRN 4AM7A 3J81O 4YOWA 1BHLA 4J2DA 3L2WA 3MK6A 2DY4A 4CJLA 4DF8A 2YI1A 3AVAA 4K8XA 2CH6A 4CI6A 3WQTA 1U04A 4J2AA 2D0OA 3VQDA 4MDAA 3VEZA 4LF7K 4O0IA 3O3FA 4DHYA 3MWPA 5DK5A 3E66A 4JKDA 4BRMA 1WB9A 3DAWA 3ZEUB 4DTSA 1WSGA 4L8RB 1A5XA 1ZBLA 4TSXA 4KV8A 1ZC6A 3K5NA 3LM9A 4LC9B 2BUPA 3CPWM 4C23A 4JV5K 4FJ5A 3THWA 5CZ2A 1X9WA 3GG4A 4DQ8A 3J80O 5HLFA 2OTJN 3MEGA 3DLBA 4BC3A 1MDUB 4BG9A 2OTLN 3MN7A 3F73A 3KLIA 3CCVN 1NK7A 3QICA 4DTXA 4EZ9A 2HMIA 2BTFA 1T44A 4BY9C 1S22A 3AO1A 4BR4A 3NBPA 1JL1A 1DT9A 1GLFO 4B8AB 3DLGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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