4CHPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO1 (108-110)TI2 (78-81)TI1 (57-60)S1 (60-68)TIV1 (67-70)S2 (71-78)S3 (84-89)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)TI3 (79-82)TIV2 (89-92)AH3 (124-133)AH1 (94-106)S4 (112-114)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chpA00
3OYMA 1BQMA 3PY8A 3KK2A 1IKYA 2E6MA 3VQ8A 4FJIA 4DTRA 1SL1A 1TGOA 3AA3A 3HP9A 3KLIA 4CFBA 4DSJA 2OA8A 1HRHA 3OYLA 3OYCA 3KJVA 1U4BA 3DLHA 1UAXA 4MFBA 2R7YA 2YNIA 2PY5A 1B9FA 3NF8A 2F8SA 1RCHA 4UQGA 2Y1JA 3V1RA 1SL2A 4HCBA 1BL3A 2OZSA 4KKOA 2XY5A 1W0HA 4DQSA 2KFZA 1KVAA 3AV9A 1Q9YA 1BQNA 2F96A 1RILA 4DG1A 4CK3A 3M8RA 1UWBA 4HUEA 4F2RA 1FK9A 4LD0A 1I3AA 2YKNA 3KLHA 3KIOA 3RMAA 3IS9A 1WN7A 4DQRA 2ZE2A 2GUIA 4B9UA 3NBPA 1RBSA 1RT2A 3KD1E 1DTQA 2Z1HA 3HXMA 4FW1A 4FCYA 1NOYA 3OYJA 3TAGA 3TAEA 3G0ZA 1TL3A 4W5NA 1EKEA 1Z25A 2Z1JA 2HHUA 4KTZA 4QCLA 4JS5A 4HHTA 4FZXC 2FBXA 2NUBA 3MEEA 4FJ8A 1RNHA 2XO7A 1X9MA 3MXMA 4CF0A 3KK3A 4CE9A 1N6QA 1QSLA 4TSXA 4W5OA 4HUFA 2D5RA 4HCCA 4B9MA 2WOMA 3AO3A 1IH7A 4M3YA 3V9XA 3DLGA 4LH4A 3VN5A 2W42A 4CF1A 1WSIA 4GVMA 4KHNA 4ICLA 4E7HA 3BDPA 2RN2A 4I2QA 2VWJA 3NDKA 5HRSA 5CYMA 3V9SA 4IFYA 5KRSA 1S6QA 1IG9A 4F3OA 3LP2A 1VK0A 2B6AA 2YHBA 4NCBA 4CJSA 2QKKA 4ZTJA 3OYEA 3T1AA 1CZBA 3CQ8A 4CHPA 3IG1A 1NKEA 3P83D 1QE1A 1X1PA 1RT1A 3M8QA 4OJRA 3K5LA 5J2MA 4RW9A 4CF2A 4B8AB 1BI4A 1NK6A 3VQCA 4CJPA 4CHQA 4C8NA 3VA0A 4E7JA 3S9HA 4CJ4A 3VA3A 1TAQA 1EXQA 2DY4A 4FK2A 4OPKA 1C1BA 4H4MA 4CF9A 2RF2A 5CZ2A 4BDZA 2G8HA 4CEOA 2HMIA 3RRHA 4WE1A 4J2AA 1LW2A 3U6FA 2Z1GA 3HPHA 4ID5A 3RWUA 1JLCA 1L3TA 4O44A 5T7BA 4RW6A 1LAVA 5DK5A 4M41A 3T3FA 1SL0A 2HNDA 4MQ3A 3HP6A 1GOBA 1NK9A 4DSEA 2PZSA 3LWLA 4CJQA 3D0PA 3OJSA 4Q0BA 5SZTA 3MAQA 3VQ7A 4FLZA 3V9ZA 1Q8IA 2IC3A 1DTTA 1RTIA 3WNHA 4OVLA 1KLNA 2D0BA 1VSFA 1XWLA 3CFRA 4KO0A 4HVJA 2P51A 1L3VA 4KB1A 2OZMA 3ZT0A 1A5VA 2IOCA 4AHTA 3OYBA 4R5PA 1T05A 1WSGA 1S1XA 4FVMA 2XHBA 3NAEA 1TK5A 3O4QA 5K14A 3QESA 1R0AA 1QSYA 4EZ6A 1X9SA 4KRFA 3KK1A 4CHYA 4DF4A 2G8VA 4M3UA 3I0SA 1WSFA 4KAZA 3G10A 1TKDA 4H8KA 4M3WA 3B6PA 1J54A 1I39A 3O3HA 3NH0A 5J2PA 3SZ2A 3MXIA 1U45A 3HYFA 1HQEA 1RDDA 4B8CA 3ISNC 2VG6A 2BE2A 3C6UA 3K57A 4PUOA 2X74A 4CEDA 3DMJA 4C8KA 4CERA 4CEBA 4CJLA 4KHWA 4FJLA 4BE2A 3AVKA 4Z4FA 1NK8A 2A1RA 3V81A 2G8UA 4O5BA 1S9EA 1LV5A 2GBZA 2OPSA 3AVGA 2IAJA 3TABA 3SNNA 3S3MA 3B6OA 5HRRA 4DTMA 2RKIA 5FRMA 4Z4GA 4CK2A 1HYSA 3PX4A 3QO9A 3HVRA 1QS4A 4CHZA 2QXFA 3PX0A 4KTWA 3SUPA 2FBYA 3DLRA 1U48A 2BANA 3ZSRA 3C6TA 3TAQA 2F8TA 1C0UA 3KLFA 3LZJA 1KRPA 2HW3A 2HNYA 2DFFA 4CIEA 4EP5A 3HPOA 3AVBA 1JLBA 1KFDA 4LSNA 2KW4A 4E7IA 3HK2A 4RW8A 1HQUA 1BCOA 1WLJA 4GMJB 3ZCMA 1BISA 2IDOA 4CJEA 4FLXA 3L8BA 1U47A 1TKZA 1KFSA 1G15A 4CJ3A 1VSIA 4DTNA 4M42A 1MU2A 4RW7A 4N47A 1CXQA 4M45A 3DRSA 3VQBA 1LWEA 1RBTA 4C8MA 3SJJA 4JRQA 1L5UA 4Y1CA 1JLEA 4CGJA 1TL1A 2GV9A 2P5GA 1S1UA 1XHZA 4N76A 2G8KA 3V9WA 1NJXA 4CEZA 1SKSA 1UA0A 3NF9A 1XHXA 1K6YA 1S1VA 2XRIA 3L2VA 2OYQA 4ELUA 3ALYA 3KTQA 1RTJA 3CG7A 5HROA 3EY1A 4CEEA 4DTOA 3SQ0A 1ZBUA 4AHRA 1EP4A 4DU3A 5HP1A 1Z26A 5C42A 4ZTFA 1NKBA 4KTQA 4M3TA 3LP1A 3HSTB 4F4KA 1JL1A 1VSEA 3M8SA 1VRUA 2I5JA 1FKPA 4E89A 4DSLA 1J53A 3VQ6A 4F3TA 1VSLA 2HVIA 4DFMA 4CJFA 3ZT4A 4O0IA 4XIUA 1FXXA 3ZSZA 4N56A 2HHVA 4FLYA 3K5NA 4N5SA 3SPZA 3ULDA 5D3GA 3ZT3A 5J1EA 1CXUA 2FBTA 4KHYA 2HHWA 2O4IA 1RDCA 4BE1A 1BCMA 1YT3A 3LPTA 3TAMA 1VSHA 3VQEA 4FJ9A 4FJKA 3NGZA 4PQUA 3LPUA 3NGIA 4CGDA 1KSPA 4F8RA 2KZZA 4O4GA 4F2SA 4CECA 4B9NA 1HNIA 3VQDA 2HHXA 4JLHA 1KVCA 3JYTA 1ASWA 2HHSA 4O0JA 3SI6A 3OYNA 3QEIA 3S3OA 4B9VA 4HTUA 1QSSA 2ZD1A 1LAWA 4CK1A 4IDKA 1LW0A 4E19A 3SPYA 4E1NA 1RT5A 1RDBA 3KD5E 3AVMA 4DTJA 3VQQA 3SQ4A 1VSJA 2Z1IA 4I9QA 4FJHA 1B9DA 3T19A 3NE6A 5KRTA 2IGIA 3KKSA 3SV3A 2ETJA 3HPGA 4FXDA 3NH1A 3O4NA 2O4GA 4KPYA 3LAKA 3TAFA 4E1MA 4CJRA 1NK0A 4E0DA 4B9LA 4FJJA 2B4JA 2XY7A 4E7LA 4CJWA 1ZYQA 1TK0A 3VQAA 5KI6A 2WONA 3TI0A 4DTUA 4CGIA 2FBVA 1ZBLA 1T03A 4I2PA 2XY6A 2YKMA 3OS0A 3NCIA 3MEGA 5CYQA 1BGXT 4DFPA 3TARA 4IG3A 3RR7A 4KREA 4KFBA 2D0AA 1ZBFA 5JS2A 3EYZA 3LZIA 1RTHA 3AVLA 4OLBA 4DLGA 1HYZA 1HJRA 4KV8A 4DLEA 3PUFA 4FM2A 1RT3A 2E4LA 2VG7A 3U3GA 3DRPA 2YNFA 4FLTA 3PO5A 3D45A 1KTQA 4M3XA 4DTPA 4FJNA 3DOKA 3I0RA 3AA2A 3NHGA 2Y1IA 4B9TA 4CJ5A 4ID1A 3QINA 3TWHA 4AILC 2OPRA 1NK4A 3ZSYA 1A5WA 1JXBA 1FKOA 3C94A 4LY7A 3VQPA 1HNVA 3LDSA 1HYVA 1RBUA 2X78A 1S9GA 3WNFA 4AHSA 4NYNA 3HVTA 3K5MA 4FLVA 2G8WA 4CJTA 4K8ZA 2KZMA 3AA4A 3QLHA 4DSFA 1UA1A 4OGEA 2X6NA 4L8RB 3DI6A 4N41A 1S5JA 3AO1A 4J2EA 4FK0A 3DLBA 4FM0A 4FM1A 1RBRA 4BWJA 1REVA 3ZSQA 3SYZA 3SCXA 1C1AA 2OPQA 3AVFA 3NF7A 3HT3A 3CFPA 1NK5A 1VRTA 4CIGA 3RMBA 4DTSA 4JRPA 2OPPA 5C25A 3A2FA 2P1JA 1BIUA 4IFVA 4NCGA 1NJYA 2EHGA 1C1CA 4IG0A 2JLEA 3LAMA 4FZYA 3CFOA 1TV6A 3AVHA 4B08A 1CZ9A 1EETA 4Y1DA 4QOZB 3LANA 4CESA 2VWKA 3C95A 1JLFA 3QEXA 1TKTA 1VSMA 4K8XA 4ZHRA 1WAFA 4DSIA 1C6VA 3QEPA 4PA1A 4J2BA 3V6DA 2YNHA 4DQPA 1QQCA 4DF8A 1A5XA 4IBNA 4GW6A 4NYFA 2KQ2A 3VQ9A 1O1WA 1ASVA 4CHNA 3SQ2A 1IO2A 5I3UA 5J2QA 3QIOA 3WNGA 3KLEA 3THVA 1D9FA 2G8IA 3QIPA 1KLMA 2KFNA 1TK8A 4DSKA 2HB5A 1DLOA 1UOCA 3AVIA 4CHOA 4CFCA 5HLFA 3RR8A 4C8LA 1WAJA 1S1WA 1RBVA 2HHQA 1W9HA 2HNZA 4PY5A 1BHLA 4ELVA 3P5JA 4CJUA 1ZBIA 3NF6A 3SUOA 4IKFA 1RT6A 3O3FA 1C0TA 4FYDA 3RMCA 1N5YA 3L3UA 4CGFA 3OS2A 1ITGA 3DLKA 4DU1A 4NCAA 3V1QA 4DS4A 3TR8A 3OVNA 5KTQA 2IS3A 3NH2A 4FJGA 3UIQA 3OYKA 3S3NA 5E41A 1RTDA 4EZ9A 2QKBA 2XY8A 2B5JA 3QEVA 5HRNA 4DWIA 2X6SA 2D0CA 4DS5A 3LP3A 2FC0A 3WNEA 4Q5VA 4HUGA 4BDPA 1KCFA 1YTUA 4FW2A 2ITGA 4OLAA 1X9WA 3QEWA 1RT7A 4I7FA 3ZSVA 3O3GA 1TVRA 2DTUA 4AHCA 4J2DA 4KHSA 3V1OA 3V4IA 3DYAA 4W5TA 3SV4A 4O55A 1IKXA 1NOZA 2Q3SA 3F73A 5KGWA 2BGGA 3E01A 4CFDA 1YVUA 5SWMA 3L2RA 3K59A 1NJZA 2DFEA 3H08A 1VSDA 3V9UA 2KTQA 1D9DA 4CEFA 1JL2A 4M3RA 5CZ1A 1HMVA 3OJUA 2EX3A 3MECA 3RMDA 1J9AA 2PYJA 3OYIA 2P5OA 1D8YA 4ELTA 4CJKA 3U3YA 4KB0A 4PWDA 1L3SA 4Z4HA 2YV0X 3ZT2A 4B9SA 3IAYA 3TAPA 4FLWA 1LWCA 5FROA 1D5AA 1C0MA 3EZ5A 3TANA 1T8EA 4LH5A 4CJVA 4CIFA 3AO5A 1QHTA 3AVNA 1L3UA 1U49A 4DMNA 5EU7A 1SUQA 1Y97A 3RRGA 4H4OA 4OKJA 3OYFA 4W5QA 1NKCA 4KHQA 2RPIA 4OKKA 1JLAA 2BDPA 4AH9A 4JS4A 4BE0A 3QETA 3SUNA 4C8OA 4KHUA 3QERA 4FK4A 1Q9XA 3HL8A 1XI1A 4G1QA 5CY4A 1IKVA 4CGHA 4E7KA 3OYHA 3NGYA 1IKWA 1WSJA 3ITHA 4Z0UA 2JGUA 3LP0A 4DFKA 4KI4A 1TKXA 2QK9A 2YHAA 1SKWA 3IRXA 4AHUA 1HPZA 3ZSWA 1ASUA 4CGGA 3K2PA 1KVBA 4CF8A 3OS1A 1BI4B 3SQ1A 4OKEA 4YFUA 3AA5X 3RTVA 2E6LA 3CYMA 4Z4CA 3QNNA 2ZQBA 1XC9A 4E3SA 4FJMA 3HO1A 1NJWA 1WNSA 3L2QA 2DFHA 1SV5A 3AVCA 4QAGA 3OYDA 3L2UA 1TAUA 4W5RA 4BACA 2HHTA 4AHVA 4CEQA 1WSEA 3ZSOA 3L3VA 1T7PA 3LWMA 2HVHA 1RDAA 1JLQA 3CM6A 1VSKA 3OYAA 3AVJA 2AJQA 4DTXA 3HM9A 1J5OA 1GOAA 4Z4IA 1GOCA 4FJ5A 3HJFA 3PO4A 4FLUA 4BDYA 2G8FA 2VG5A 1S6PA 5DMRA 3OY9A 3F9KA 3QNOA 4DQQA 3K5OA 3AO2A 3ASMA 2PYLA 1ZBHA 3M8PA 1JLGA 1B92A 1U04A 3ZSXA 4DU4A 3SUQA 4EP4A 4FZZA 3DLEA 1RT4A 3DRRA 4RW4A 3JSMA 1SKRA 4CFAA 5I42A 3CM5A 5HRPA 3NFAA 3I8DA 3ZT1A 5JS1A 3KKRA 4B3OA 1WSHA 3MEDA 1JKHA 5FDLA 3AVAA 4Z4EA 1F21A 3LALA 5FRNA 3FFIA 4KI6A 4I9LA 3PV8A 2LSNA 1LWFA 3AO4A 4LSLA 3VQ4A 1NK7A 1QTMA 1BIZA 4M3ZA 3OYGA 5HBMA 4RG8A 4OGCA 3L2WA 4DFJA 3PX6A 4CCHA 1CLQA 3K58A 4FJ7A 4DQIA 3KLGA 5KGXA 3MXJA 2YNGA 3DOLA 5J2NA 4FJXA 4OPJA 2ATQA 3DM2A 1JXEA 3BGRA 3P1GA 1S1TA 5C24A 3VQ5A 4CEAA 1EX4A 2A1SA 1YTAA 4YNQA 4BWMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F4VK 1DEJA 3KK2A 1V4SA 2E6MA 4IO8A 3O80A 4X62K 3KLIA 2Q2RA 3ZYYX 2PY5A 2BUPA 2Y1JA 1SL2A 3MK6A 2XY5A 3AV9A 2P9UB 3KLHA 2YKNA 4IWVA 3RMAA 3KIOA 3IS9A 4B9UA 3NBPA 1RBSA 1VQMN 1RT2A 5AQUA 1DTQA 4H5NA 1TUYA 2HBLA 4FCYA 1NOYA 4W5NA 1Z25A 2HHUA 3MDQA 3F9MA 4QCLA 4DKWA 3CJCA 3KWGA 1RNHA 2XO7A 1QSLA 4TSXA 4HUFA 2WOMA 4H5TA 4BRGA 3MX5A 1IH7A 4CD1A 3DXKB 5M1QA 1BOTO 3DLGA 3V9XA 4KHNA 2O8BA 4GVMA 2E2NA 5LY3A 4B3SK 3BDPA 2RN2A 2J4RA 4H0OA 3EEQA 3V9SA 3FFKB 2HBMA 4F3OA 3M1FA 4NCBA 5MLCQ 4JKCA 1CZBA 4JKFA 1NKEA 4ILJA 1X1PA 1BI4A 3VA0A 1C1BA 2KLAA 2YHWA 4CEOA 3P31A 2HMIA 3DJCA 4J2AA 2Z1GA 5EVZA 4ID5A 3RVCA 1NJIO 5DK5A 1NK9A 5C10A 4MQ3A 3HP6A 3CERA 4Q0BA 4FOIA 3CJ7A 4FLZA 2IC3A 4BRFA 4OVLA 1VSFA 1WOQA 1NGHA 4HVJA 5GIPA 3IDHA 3ZT0A 1A5VA 1Q82O 4CJ7A 3THWA 4X66K 4B1YB 3NAEA 1TK5A 3O4QA 1QSYA 3P4IA 3KK1A 4CHYA 2V7ZA 2G8VA 4M3UA 3G6EN 3I0SA 1WSFA 5AQKA 1KD1O 2DPNA 3O3HA 3NH0A 3SZ2A 5B8HA 5BR9A 1V4TA 3IUCA 1RDDA 4B8CA 2V7YA 5CE3A 3K57A 2X74A 4CEDA 3DMJA 4JK9A 1NU0A 4CEBA 4KHWA 3SLCA 3E66A 2G8UA 2GBZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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