4CHQ | Genus

Total Genus 52

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	52
sequence length	153
structure length	148
Chain Sequence	SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__888086318022545__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__888086318022545__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4CHQ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__888086318022545__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"888086318022545","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4CHQ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__888086318022545__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INTEGRASE
total genus	52
structure length	148
sequence length	153
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2013-12-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4chqA00

1IG9A 2HNZA 1Y97A 2LSNA 5K14A 1NJXA 3E01A 3HPGA 2D5RA 4LH5A 1FK9A 1VRUA 4GW6A 1U4BA 3V9XA 3DOKA 2DY4A 3VQBA 2F96A 4DS5A 4M45A 4CFCA 4B9VA 2Y1IA 1FKPA 3KIOA 4ELUA 3V1OA 1KVAA 4B9TA 3OYLA 4FLYA 2QKBA 4FM1A 3NE6A 2G8IA 1TK0A 4N56A 1UWBA 4FJIA 1S1TA 5HROA 3NAEA 4EP5A 1NK0A 1NJYA 2G8VA 5C42A 4DTXA 4LSLA 4CEOA 2ZD1A 4RW7A 4CJQA 3HYFA 2HW3A 1I3AA 4BWJA 4CF0A 3CFRA 2QK9A 2YHAA 5HRSA 4DSEA 3D45A 4AHSA 3LZIA 3ASMA 3QLHA 3KJVA 4RG8A 4DTRA 3TARA 3KTQA 4DQPA 4OLAA 2EHGA 3OYMA 4ID5A 1FXXA 1XHZA 1JXEA 3O4QA 4DFJA 2B5JA 3T1AA 1NJZA 1IH7A 2VG5A 1L3VA 1W0HA 1VSEA 3K5MA 1L3UA 2EX3A 3P5JA 1RBRA 4Z4CA 4F2SA 1JLFA 3QEXA 2OPSA 2HHXA 4CHOA 2HHUA 4DG1A 4IKFA 4CK1A 5EU7A 4KREA 4N5SA 3K2PA 3HJFA 4BE1A 4M3YA 4FJKA 4CGGA 4JLHA 1MU2A 3LP0A 1D8YA 3MXIA 4CGFA 1BHLA 1VRTA 4CF1A 3O3HA 1RT7A 1WLJA 3NF8A 3L3VA 4IBNA 1BQNA 4C8MA 4CEDA 1SL1A 4Z4IA 3IS9A 4I7FA 4AHRA 4DTMA 4DFKA 3VQ6A 3ZSWA 3V1RA 4AHCA 3DOLA 3KLEA 3VQ7A 3TAMA 3G10A 2WOMA 4I2PA 1FKOA 2YNFA 3ZT4A 4DS4A 1S6QA 4N41A 1ITGA 2G8FA 1BI4A 1TKZA 5KRSA 3SQ0A 1BI4B 1RBSA 1WSGA 4JS5A 3RR8A 1NKBA 2OYQA 3AVBA 3ISNC 1KCFA 3HSTB 3M8SA 3ZSZA 4KKOA 3K5NA 2A1RA 3CM6A 2RN2A 2IS3A 4CF9A 1NKCA 2D0CA 3AO3A 3EYZA 2E4LA 3OYAA 4BDZA 4CERA 3MEDA 4B8AB 4BWMA 3B6OA 3DMJA 5CY4A 3SNNA 3HXMA 1D9FA 1BCMA 2YHBA 3HL8A 1RT3A 1QE1A 3THVA 1ASWA 1BIZA 1NJWA 3QO9A 4E89A 4OLBA 1RBUA 1X9MA 4AHTA 2Z1IA 2RPIA 3QEPA 3VQEA 1L3TA 3KKRA 3K58A 4M42A 2PYJA 4FK2A 2YNIA 3LAKA 4CF2A 2YNHA 4J2DA 3VQ8A 4CIGA 2F8TA 2IGIA 1KVCA 4CFBA 4DF4A 3SQ2A 3EY1A 1TKTA 1T8EA 1TL3A 4RW4A 5CZ1A 2Q3SA 1UA0A 1QTMA 3C6UA 3M8QA 4CK3A 1D5AA 1EX4A 3NH2A 3T19A 1C6VA 5HRNA 4JS4A 2OZSA 2DFFA 3DLBA 4CE9A 1IKXA 4EP4A 4DU4A 4FJHA 4B8CA 4BACA 4CJRA 2XY8A 3LP3A 3MEEA 3OS2A 4K8XA 4CHQA 5J1EA 1YTUA 1LWEA 3IG1A 3KK3A 3DLKA 4KB1A 3B6PA 5KI6A 4KB0A 3NFAA 1WSHA 4DQQA 4BDYA 3T3FA 3M8RA 1ZBIA 2VWJA 1EKEA 3AA3A 2VG6A 4WE1A 1Z26A 1QQCA 4CGIA 3QEIA 3V4IA 3SQ4A 4DSIA 4KAZA 3ZSYA 1SKRA 1WSJA 5CYQA 4CEBA 3K59A 2XHBA 4FM0A 2OPPA 3NF6A 3TI0A 4FJGA 2FBYA 1RT5A 4MFBA 2GUIA 3SUNA 3AO2A 1R0AA 3O4NA 4HUEA 4F3OA 1TVRA 4DU1A 1LWFA 2X74A 4O55A 5KGXA 4CCHA 1YVUA 3V6DA 2O4IA 1VSKA 3ZT3A 4FJ7A 3OYFA 3VQCA 4ZHRA 3VA0A 4ICLA 1NK6A 2RF2A 4IFVA 3SUPA 4QOZB 3VA3A 5SZTA 1ZBLA 4CGJA 4I9QA 4I9LA 1Q9YA 1HMVA 4OKJA 1JLGA 1A5WA 1JLCA 4E1MA 2PY5A 4IG3A 5C24A 3C6TA 2HNDA 3IRXA 2XY7A 3AVGA 1BCOA 1YT3A 4M3UA 3RMDA 1B9FA 1VSDA 3MAQA 2OA8A 4FLZA 1LV5A 4HCBA 1ZBHA 3HPOA 1CXUA 1CZ9A 1VK0A 4FJ9A 2KTQA 2HHQA 1T7PA 2HVHA 1BGXT 4E7JA 1C1AA 2ETJA 1LAVA 4BE2A 2G8UA 3QETA 4E7KA 2HMIA 3PO5A 1WNSA 4PQUA 4CJUA 1U45A 4CHNA 4HUFA 3OYHA 1J53A 4Q0BA 3LP1A 2KZMA 1JLBA 3AVMA 1RCHA 1SUQA 3LZJA 4B3OA 2X78A 1K6YA 3QINA 3TAEA 3JSMA 1HNIA 4CIEA 2R7YA 3SUOA 4FW1A 4HCCA 1HJRA 5SWMA 1S1WA 3C94A 3AVNA 3CM5A 4IFYA 1CXQA 3WNFA 3ZSQA 3ZSVA 4CEQA 3HVRA 4DFMA 3MXJA 4R5PA 4EZ6A 3V9UA 1KFSA 1U49A 3QNNA 3RRGA 3OYKA 1C0UA 3ZT0A 4KRFA 3ZSOA 3DRSA 1JLQA 3DRPA 1GOAA 1S1XA 3LP2A 3VQQA 1HYSA 1WN7A 2YKNA 4CJTA 4DFPA 4W5TA 4FJJA 1BQMA 1C0MA 4F8RA 4E3SA 2IOCA 1HYZA 4BDPA 5FRNA 3CG7A 2KW4A 1EP4A 3ZCMA 1S5JA 2ITGA 3LALA 4O0IA 1REVA 3VQ5A 2JLEA 4LSNA 5J2MA 3H08A 2HNYA 3AO5A 4DTOA 1KFDA 1S6PA 4CJ5A 3TAQA 3SUQA 1NK7A 1KLMA 1UA1A 3OYNA 5KGWA 3NH1A 4AHUA 3KLHA 4KTWA 3QNOA 2XO7A 1X9WA 1U48A 3JYTA 4C8KA 4M3TA 4HUGA 3MECA 3ZT2A 3AO1A 1CLQA 4PY5A 1RT2A 3FFIA 2HHWA 5HLFA 3KK1A 1EXQA 1IKYA 4KHQA 4B08A 1KLNA 1RTDA 3KLIA 3V9ZA 3QERA 1DLOA 4I2QA 4NYNA 1GOBA 4KO0A 3ALYA 3HP9A 1SL2A 4FK4A 3AV9A 4W5NA 3PO4A 3L2UA 1GOCA 4FZYA 3MEGA 3QIOA 4FJ8A 2P51A 4QAGA 1T03A 2B4JA 1RBVA 2QXFA 3OYDA 4CIFA 4UQGA 2XY6A 1HNVA 4CF8A 3NCIA 4FLWA 1RT1A 2DFEA 2OZMA 5CZ2A 1QSSA 4KHUA 4Z0UA 4M41A 2G8KA 5J2QA 4FJXA 5JS1A 3QESA 2KFNA 3L3UA 3AA4A 1IO2A 4F3TA 4ELVA 4IDKA 3DI6A 4E19A 2VG7A 4JRPA 4FW2A 1I39A 3NBPA 3U3GA 4CEFA 1TKDA 3LPUA 3LDSA 3NF7A 4TSXA 3CYMA 3NF9A 4M3XA 1ASUA 3HO1A 3C95A 4KI6A 1ZBUA 3I8DA 4B9LA 3K5LA 2QKKA 3K57A 1XHXA 1RILA 3K5OA 1JLAA 4OPJA 4E7IA 1D9DA 1J9AA 2NUBA 4EZ9A 4H4OA 3ULDA 4FYDA 4J2EA 1KTQA 2A1SA 1RTJA 1HPZA 4FLXA 4H8KA 4XIUA 5C25A 2PZSA 1WAJA 2KQ2A 3UIQA 3P83D 1LW2A 2P5OA 1RDAA 4K8ZA 3OS0A 4Z4GA 1SKSA 1C0TA 3AO4A 3O3FA 3QEVA 3AVAA 4CFDA 2WONA 1A5XA 2GV9A 4DF8A 2O4GA 4OGCA 1JL1A 4CK2A 4DU3A 4Q5VA 1UAXA 4CJSA 1N5YA 1ZYQA 1QSYA 5I42A 1VSMA 4GMJB 4PWDA 3O3GA 5CYMA 3SPYA 1WAFA 3BDPA 4FJLA 2IDOA 1F21A 5HRRA 4CHPA 3RTVA 3AVLA 3WNGA 3L2WA 3VQDA 2YNGA 1C1BA 2AJQA 4DSJA 4J2AA 4CHZA 1JL2A 2D0AA 4KHNA 4M3ZA 1QSLA 3OVNA 4FLTA 3SV4A 3G0ZA 1J54A 4DTSA 4O4GA 1NK4A 2BE2A 2Z1JA 4CJ4A 3VQ9A 2I5JA 1HYVA 3AVHA 4FZXC 4W5QA 1C1CA 3KK2A 1JLEA 1RT6A 4J2BA 4FCYA 3ZSRA 3VQAA 1DTTA 2Z1GA 3NGYA 1UOCA 4BE0A 2KFZA 4CJFA 2XY5A 1WSIA 3DYAA 3I0RA 3NH0A 2Z1HA 4H4MA 1J5OA 4NCAA 1ZBFA 1XI1A 4KI4A 4KHYA 2YV0X 4RW9A 2BANA 1CZBA 3AVKA 3LANA 4OPKA 4KTQA 2HHVA 3HT3A 1XWLA 4QCLA 4CJPA 4O5BA 4OJRA 4G1QA 3TAGA 5FRMA 4RW6A 4DSFA 3M8PA 1BISA 4NCGA 1ASVA 3NGIA 3AVIA 4F4KA 3NGZA 3VQPA 4OVLA 4NYFA 1S1VA 3DLEA 3L2RA 3NHGA 2G8HA 2HVIA 4N76A 1RDBA 5D3GA 4L8RB 5T7BA 3L2QA 4AILC 3HP6A 4E7HA 5J2NA 4FM2A 4DTPA 1L5UA 4DWIA 1RTIA 4DSLA 1KVBA 2DTUA 4KFBA 4N47A 3OYEA 1A5VA 1KSPA 4YFUA 3BGRA 4LD0A 3F73A 3S3NA 3ITHA 2X6SA 1QS4A 2FBVA 4LY7A 4C8LA 3SJJA 4MQ3A 4E0DA 2F8SA 4KHWA 1IKWA 4KTZA 4ID1A 3V81A 4LH4A 3L8BA 4Y1DA 5HBMA 1LAWA 3SYZA 4DTJA 1X1PA 3KKSA 3ZSXA 3PX6A 1Q8IA 5KRTA 3TANA 3AVJA 4B9NA 1WSFA 4CEAA 4C8OA 1HQUA 1S9GA 3OS1A 4YNQA 2JGUA 3ZT1A 2XRIA 3RMBA 3TABA 3OYCA 3A2FA 3QEWA 3KD5E 3D0PA 2Y1JA 2YKMA 3IAYA 4GVMA 3OY9A 4PA1A 3KLFA 5KTQA 4CJKA 4JRQA 1RDCA 2BGGA 1TK8A 1YTAA 2D0BA 3LPTA 4CJLA 2HHTA 1RT4A 3S3OA 1TKXA 2FBXA 4O0JA 4CJEA 1B9DA 4HVJA 4DTUA 4ZTJA 3RR7A 1NOZA 1QHTA 4IG0A 4CJ3A 2FBTA 2W42A 4Z4FA 3AVCA 1JKHA 4CGHA 1NKEA 2E6MA 2OPRA 4OKEA 2HHSA 5FDLA 3RRHA 3S9HA 4Y1CA 2IAJA 1NK5A 2VWKA 3DLRA 3SZ2A 4AHVA 1Q9XA 4CECA 1VSIA 4DTNA 3SI6A 2E6LA 4DMNA 1WSEA 4CGDA 4CJWA 3VN5A 1N6QA 1RTHA 5I3UA 3OYIA 3TAPA 1XC9A 4B9SA 1JXBA 2P5GA 4C8NA 1BIUA 5E41A 4DQIA 3QIPA 2HB5A 1SKWA 3SCXA 3AA5X 3U6FA 2OPQA 1B92A 1W9HA 3L2VA 4PUOA 3V9SA 1RNHA 4B9UA 3TR8A 4FLUA 4FJNA 4FZZA 4M3RA 3OYGA 3WNHA 4ELTA 3OYJA 3CQ8A 1IKVA 2P1JA 1T05A 3HPHA 4RW8A 4OKKA 4KHSA 1LW0A 3I0SA 4FJ5A 4Z4EA 3V1QA 1TL1A 4CEEA 3CFPA 3KLGA 3DLGA 1VSFA 5JS2A 3RMCA 4FJMA 4CEZA 4FLVA 3S3MA 2IC3A 2ZE2A 3WNEA 4DLEA 3P1GA 3OJUA 1VSHA 3F9KA 1DTQA 4ZTFA 1G15A 1VSJA 3DLHA 1X9SA 2FC0A 1TAQA 2GBZA 4W5RA 3AVFA 3SV3A 4DLGA 3U3YA 4CESA 1RDDA 1RBTA 3DRRA 3LWMA 1U47A 3KD1E 4NCBA 2PYLA 3HVTA 4DQRA 1U04A 3DM2A 4FK0A 3EZ5A 3LWLA 3HM9A 4B9MA 3TWHA 4CJVA 4FXDA 4CHYA 3PUFA 4CFAA 3OYBA 5DK5A 3OJSA 4KV8A 4DSKA 4W5OA 1HRHA 3LAMA 4HHTA 4E7LA 2G8WA 2ZQBA 3PX0A 2BDPA 1TGOA 1EETA 2KZZA 4F2RA 3TAFA 4AH9A 1HQEA 3RMAA 1NK8A 3PV8A 4DQSA 1Z25A 2ATQA 4O44A 4Z4HA 3V9WA 1S1UA 2RKIA 4FVMA 1KRPA 3RWUA 5J2PA 1TAUA 1VSLA 2B6AA 3CFOA 3SPZA 1L3SA 4OGEA 5FROA 1O1WA 4KPYA 3AA2A 4E1NA 1NK9A 1TK5A 4M3WA 1BL3A 1TV6A 1SL0A 1S9EA 5HP1A 3PY8A 3PX4A 2X6NA 3SQ1A 4HTUA 1LWCA 5HRPA 3NDKA 1NOYA 3VQ4A 3HK2A 1SV5A 3MXMA 2DFHA 5DMRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1N32 K;  2VWB A;  5TKY A;  1NJX A;  2UUC K;  4JYA K;  2D5R A;  2NRV A;  1VRU A;  3DOK A;  4DS5 A;  3LDL A;  2P9L B;  1YJN N;  4B9T A;  5AQN A;  3E9L A;  4FJI A;  5HRO A;  3NAE A;  4MLH A;  5AQT A;  2ZD1 A;  4RW7 A;  3UKU A;  3HYF A;  1I3A A;  3ZX0 A;  3CFR A;  1GLD G;  2D4W A;  2QK9 A;  4E3S A;  5HRS A;  3D45 A;  3QLH A;  4CJ7 A;  4RG8 A;  4DTR A;  3TAR A;  2P9K B;  4CD1 A;  1XHZ A;  3EN9 A;  3K0S A;  1JXE A;  1NJZ A;  2W40 A;  3CD6 N;  3ULE B;  1JLF A;  2HHU A;  4IKF A;  2A41 A;  5EU7 A;  4BE1 A;  4BRA A;  4M3Y A;  3AAQ A;  3MXI A;  1G99 A;  4CF1 A;  1RT7 A;  1WLJ A;  3NF8 A;  3CQY A;  3ZSW A;  3V1R A;  3RSE B;  2CGJ A;  3KLE A;  1IBK K;  3CQX A;  3DXK B;  3G10 A;  3ZT4 A;  1S6Q A;  1XMO K;  1BI4 A;  1TKZ A;  2QWM A;  1KD1 O;  2QEX N;  3CCS N;  3MN6 A;  1HKC A;  3AVB A;  3ISN C;  1KCF A;  2V7Y A;  2HBK A;  3M3Z A;  4FWL A;  2IS3 A;  1TYQ B;  5AQX A;  2P5G A;  5H1S Q;  3F9M A;  1SAZ A;  4H0T B;  1BCM A;  3THV A;  1NJW A;  4OLB A;  3QO9 A;  1RBU A;  2YI1 A;  3QEP A;  3VQE A;  1L3T A;  2CH6 A; 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4CHQA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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