4CHYA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chyA00
5KTQA 1ASVA 3SUQA 3DLBA 3RR8A 3O4QA 4M3UA 1I3AA 1YT3A 1LW2A 1KTQA 4AILC 1NOZA 3AVGA 2HB5A 3L2UA 1L3UA 4M42A 3AVKA 4FW1A 3RRGA 1UWBA 3TI0A 2DFFA 3VQ9A 4LH4A 4FK0A 2YKNA 4IFYA 4FLUA 1NK6A 3K59A 3OYCA 1XWLA 4CF8A 1J5OA 1TK8A 3AA2A 3D0PA 4BDPA 5KRTA 1JLEA 1UOCA 3ALYA 3LALA 3M8RA 1UA0A 3V1OA 3VQ7A 4FK4A 5DK5A 4FYDA 1Z25A 3L3UA 2P1JA 3HP9A 1WAJA 4KI6A 1DTQA 3AVIA 4DTJA 5FRMA 3I8DA 3HSTB 1ZBFA 4ELVA 3HJFA 1GOBA 1S1WA 4FJMA 2YNFA 3ZSQA 1L3SA 2YNIA 4W5TA 1VSKA 3RWUA 1K6YA 1CLQA 3QIPA 4KHSA 4IKFA 2KQ2A 4ELTA 4FLVA 1HMVA 4KPYA 3AO5A 2ATQA 3TARA 4C8KA 4W5OA 1IH7A 3T19A 3NGIA 1Y97A 3M8SA 1NK7A 3LAMA 4AH9A 4E3SA 3E01A 1T7PA 4AHRA 3WNFA 1RDCA 3RR7A 4Z4FA 1TL1A 1RTHA 3CFRA 4FJJA 4CGJA 3SQ1A 1XC9A 1HYSA 1LWEA 1U48A 2QXFA 5C25A 3IAYA 4B9VA 1DTTA 3TAQA 3U3GA 2OPSA 1RT2A 4JRPA 2Y1JA 1VSHA 4AHCA 2KFZA 4E7KA 4I2PA 3WNEA 1XHXA 4XIUA 1JLFA 3VA0A 4DTXA 3K58A 4LD0A 3S3MA 1T8EA 4KHYA 1J54A 3NF8A 4CJ3A 1XHZA 2ZD1A 1IO2A 3ZCMA 4DSLA 1I39A 4PY5A 4GMJB 4H4OA 4KFBA 4JRQA 3QEVA 2PYLA 4MQ3A 4AHVA 4FM0A 3IRXA 1HNIA 5FRNA 1B92A 3F9KA 4CFAA 4EZ6A 3WNGA 1JL2A 1MU2A 1S1TA 4CFDA 1C1CA 1HYVA 3AO2A 3C94A 3QEWA 1C0MA 2Z1IA 1WSJA 2AJQA 3C6TA 3SJJA 4DSJA 2E6LA 4CEZA 2OPQA 4RW4A 3T1AA 3OYFA 4FZYA 4CJTA 3NF6A 3AA3A 1NJYA 3EYZA 1BI4A 2IGIA 3QETA 4FXDA 4FJKA 3KLIA 4GW6A 3M8QA 4HUFA 4DTRA 2D0CA 4B9TA 5K14A 3HPGA 5HLFA 4DU1A 4IBNA 4ZTJA 3F73A 3OS0A 3VQ5A 4FLXA 1ZBLA 4HCBA 2PY5A 3AO4A 3V9XA 3V81A 3PV8A 2IC3A 4CF2A 3VA3A 3HM9A 3WNHA 1EXQA 1RDDA 1LWFA 4CF9A 3PO4A 1D5AA 5C24A 4KV8A 4CEOA 1ZYQA 1ASWA 3NFAA 4DTSA 1CXQA 1VK0A 3H08A 1B9DA 2FBYA 3AA5X 4O5BA 3CFPA 1GOCA 3OYLA 4E1NA 2YHAA 1FKPA 1BHLA 1JLGA 1VSJA 2B6AA 2O4GA 1WAFA 3DLGA 5JS2A 4DFKA 1Q9YA 3TR8A 3MEDA 2E6MA 3MEGA 3AV9A 4CEQA 4CE9A 4I7FA 1KRPA 1F21A 4OKKA 4WE1A 5SZTA 3K5MA 1N5YA 4MFBA 3OJUA 4CGIA 3TAEA 4CJ5A 3KLFA 2HHVA 1TAUA 3ZSZA 3TAFA 3SQ4A 4C8NA 3RMAA 4KTQA 3SNNA 4BDYA 3KKSA 1JLAA 3ITHA 1N6QA 3NF7A 1NK5A 2HW3A 4M3WA 1KCFA 2IAJA 4KO0A 4J2EA 4FJ8A 2KFNA 1JLCA 4FLTA 1SUQA 1VSEA 4DWIA 1S1UA 4DQPA 2IDOA 3HPOA 4M3XA 1CZBA 2HMIA 2Z1JA 4KB0A 1HQEA 3K5NA 1RDAA 3HVTA 3VQAA 4O44A 3KLGA 4M41A 5T7BA 2PYJA 4HTUA 3QNOA 2HHWA 3S3NA 2HNYA 1RT6A 4BWMA 4E0DA 1NK9A 2OPRA 4C8LA 5KGXA 2Y1IA 4CF1A 3AO1A 3KKRA 4CHYA 2G8VA 1KLMA 4CJVA 4UQGA 4CEEA 4O55A 3V9WA 3NGZA 4CF0A 3O3HA 1IKWA 1RILA 4LH5A 2KZZA 1X9MA 1C0TA 3K2PA 1KFSA 4DS5A 3SQ2A 3VQEA 3G0ZA 3VQBA 3OYJA 5EU7A 3NE6A 2XY6A 3DMJA 4F8RA 4CEFA 1IG9A 1A5WA 4N76A 3QINA 1KVCA 3L3VA 4EP4A 1Z26A 4CHZA 3V9ZA 2FBXA 2P5OA 4QAGA 2X78A 4DLEA 2G8FA 1HJRA 1CXUA 3OYHA 3QNNA 2G8KA 4C8OA 4OJRA 4FJ5A 4CK1A 3ISNC 5CYQA 4M3YA 1RNHA 1LW0A 2HHXA 4K8ZA 1KLNA 3ZT0A 1HQUA 4FVMA 3OS1A 3VN5A 2OYQA 4F4KA 2HHQA 1J53A 4F2RA 1B9FA 4NCGA 2HNDA 3EY1A 4CIGA 4DFMA 4FJ9A 1KVBA 3L2WA 2KW4A 1IKYA 2VG7A 4CJ4A 4DSFA 2PZSA 4AHSA 4NCAA 5HRNA 3MXMA 1JL1A 3ZSXA 4FLZA 1S5JA 3TANA 1REVA 3HP6A 2XRIA 5J2MA 3AVBA 3SPYA 1TL3A 3TAPA 4IDKA 3KTQA 2KTQA 1RTDA 2B5JA 4YNQA 4AHUA 5CYMA 3L8BA 4DTOA 2ITGA 2YNGA 3AVLA 4OLAA 1X9WA 3ZSWA 2F96A 2G8IA 1RBVA 4RW6A 3AVJA 3VQDA 3OJSA 3VQ6A 3HVRA 3K57A 1RBRA 3V6DA 3DRPA 5I3UA 4B9SA 3IG1A 1VSFA 2KZMA 4Q5VA 3LP2A 3TAGA 4KTWA 5CY4A 3AVAA 3B6OA 4E7IA 1NK8A 1NOYA 4Z4EA 4Z4HA 1WSIA 1U04A 3CM5A 3DOLA 2BE2A 1QSLA 5FROA 1RTJA 3ZSOA 1TKTA 1S6QA 3AO3A 3AVMA 3ULDA 4Z0UA 3SZ2A 3KD1E 1VSMA 1NKEA 3OYAA 1IKVA 1WSEA 3ZT1A 3RRHA 5FDLA 4M3RA 2YHBA 3V9SA 2XY5A 1C1BA 2FBTA 3OY9A 5JS1A 4LSNA 4B8CA 3SCXA 4ID5A 2IS3A 4DTPA 2RKIA 3P1GA 2WOMA 4KI4A 1NK0A 4ZTFA 2Q3SA 4FJ7A 2A1RA 2WONA 4DG1A 3OYKA 4R5PA 3CG7A 3OVNA 3DYAA 4E1MA 4QCLA 1YVUA 4FZXC 1T03A 1A5VA 3C6UA 2Z1HA 4IG0A 4CIFA 4FLYA 4LSLA 2LSNA 3TWHA 2QKBA 4BE0A 4O0JA 4NYNA 1DLOA 3CQ8A 5D3GA 4CEDA 3PY8A 3DLHA 3L2VA 4DQSA 4CGGA 4IFVA 4PWDA 5J2QA 3SI6A 3NDKA 4FJIA 4BACA 4Q0BA 3CFOA 4CJEA 2P51A 3CM6A 2EX3A 4CGFA 3VQ8A 3KJVA 4CIEA 4KRFA 5SWMA 2D0AA 3TABA 3P83D 2O4IA 3LWLA 3QEPA 3OYNA 2OZSA 4F3OA 4CJUA 4KHUA 1VRUA 3L2QA 1SV5A 4DU4A 1LAVA 4JS4A 2VWJA 1RDBA 3NH2A 1GOAA 3V1RA 4W5QA 4B9LA 3JSMA 4DTUA 1KFDA 2ZQBA 4CJLA 3LAKA 4CJPA 4CK3A 1ZBUA 3DOKA 1QQCA 3VQ4A 3QLHA 3LZIA 1C1AA 4FM2A 1BCMA 4CJSA 4DFPA 3K5OA 4CECA 1FXXA 2HHUA 4CK2A 1JXBA 3BGRA 1FKOA 4KTZA 3O3GA 4CHQA 4I9LA 3LZJA 3AA4A 3KIOA 1XI1A 5KRSA 2F8TA 3RTVA 2OPPA 3HPHA 3RMBA 3KK1A 3DLKA 2YKMA 4DLGA 4BE2A 2R7YA 4KB1A 4KHWA 4N47A 4E89A 1TKZA 3LDSA 1O1WA 3DLEA 2ETJA 1T05A 4FZZA 3S9HA 1WSHA 3SUOA 4I2QA 4FLWA 4DSIA 3SV3A 2OA8A 4B9MA 4HUGA 1RTIA 3OYBA 2BDPA 1U45A 2G8HA 4DTMA 1RT4A 2D5RA 3A2FA 2IOCA 3MECA 4BWJA 3MXIA 3AVFA 1VSIA 4TSXA 1UA1A 1EETA 1L5UA 2OZMA 1RBSA 2GV9A 3SV4A 2HVIA 1RT5A 3C95A 1HRHA 3JYTA 1JLQA 3THVA 1BQNA 4LY7A 1KVAA 3DM2A 2BGGA 5HRPA 1ASUA 4DQRA 2DY4A 2B4JA 5C42A 2RF2A 3RMCA 1LAWA 3CYMA 4Z4CA 4FM1A 1IKXA 1ZBHA 2G8UA 4DSEA 4KHNA 3SPZA 4QOZB 4OPKA 3OS2A 4CHOA 1NJZA 4RW7A 3G10A 3KLEA 2E4LA 5HROA 1JXEA 3MXJA 3ZT4A 2GUIA 1SKRA 4KREA 4OKJA 4CJKA 1QS4A 3OYMA 5I42A 1X9SA 1NJWA 1NKBA 2G8WA 1RT3A 4Z4GA 5CZ2A 5DMRA 3K5LA 4OLBA 3IS9A 4EZ9A 3NF9A 4B8AB 1L3VA 4Y1CA 5HRRA 4YFUA 1EX4A 1LV5A 1SL2A 2QKKA 1VSDA 1SL1A 1RCHA 4CFBA 3V4IA 3NH1A 3S3OA 4HUEA 4E7HA 3MEEA 4M3ZA 3HYFA 5J2NA 3KLHA 1TK0A 1BISA 4CEAA 2VG5A 4E19A 3NCIA 4BDZA 3KK2A 1QHTA 3KK3A 3SYZA 1HYZA 4FK2A 2F8SA 5KGWA 3V9UA 1C6VA 4OPJA 4J2AA 4M3TA 2FBVA 1BIZA 4G1QA 3U6FA 2QK9A 4NYFA 3ZSRA 4CGHA 4JS5A 1NK4A 2VWKA 1CZ9A 4CHNA 5CZ1A 1RT7A 1TVRA 1SKSA 3O3FA 4FJHA 3HO1A 4RG8A 4H4MA 4Z4IA 1QSSA 4W5NA 1BIUA 3VQCA 3PUFA 3B6PA 2X74A 3NBPA 3P5JA 1BI4B 4PQUA 2NUBA 4OGCA 2JGUA 3LP1A 4HVJA 1TKDA 2BANA 1BQMA 2X6NA 1BCOA 2EHGA 4GVMA 1ITGA 3I0SA 4CERA 1W9HA 5E41A 3DRRA 2X6SA 2XHBA 3QERA 2HVHA 2RPIA 4DTNA 4DF8A 3LPUA 1BL3A 1YTAA 4L8RB 4OKEA 1S9GA 3FFIA 4F3TA 2DFEA 3PX0A 4W5RA 3OYDA 3LANA 2DFHA 3DI6A 4HHTA 4ZHRA 3EZ5A 1WN7A 4C8MA 1NKCA 4CCHA 3LP0A 4H8KA 4I9QA 3O4NA 1D8YA 3HL8A 1L3TA 3HK2A 1TV6A 3M8PA 1D9DA 4DS4A 1FK9A 4EP5A 3NHGA 3SQ0A 1TAQA 2GBZA 1R0AA 4CESA 4NCBA 3AVHA 5HRSA 4CJWA 1HNVA 3D45A 3HT3A 3SUPA 1U47A 1SKWA 3ASMA 1VRTA 3LWMA 4FJNA 4B3OA 1LWCA 2XO7A 4KKOA 4CGDA 1HPZA 2I5JA 2Z1GA 4FJXA 3KD5E 4FJLA 1U49A 3DLRA 3DRSA 1BGXT 4K8XA 3NAEA 4DU3A 1WLJA 4KHQA 2RN2A 3LPTA 4F2SA 4FJGA 4DQQA 1Q9XA 3ZSYA 4B9UA 5KI6A 3OYGA 2VG6A 4J2DA 1TKXA 4E7LA 1Q8IA 4O4GA 2P5GA 1TK5A 3OYEA 3QEIA 2DTUA 3U3YA 3ZT2A 3TAMA 4CJQA 3LP3A 4DQIA 4AHTA 2A1SA 4ID1A 4DMNA 2W42A 4CJFA 4CHPA 1C0UA 3I0RA 3OYIA 4DFJA 4RW9A 3QESA 3PX4A 4HCCA 4RW8A 4PUOA 4O0IA 3VQPA 3ZSVA 3RMDA 3BDPA 2HNZA 4OVLA 1QE1A 1ZBIA 4OGEA 1U4BA 3QIOA 1RBUA 4CFCA 3NH0A 1QSYA 1JKHA 1EP4A 1W0HA 4JLHA 3QO9A 3VQQA 1S1XA 1J9AA 4B08A 1SL0A 2HHSA 1A5XA 4IG3A 4B9NA 1RBTA 1G15A 1S9EA 2YNHA 3ZT3A 2FC0A 4FCYA 2YV0X 4ICLA 4Y1DA 1S1VA 3MAQA 3HXMA 4BE1A 1S6PA 3AVNA 1VSLA 4CEBA 4KAZA 3PX6A 4M45A 3T3FA 4E7JA 3NGYA 5HBMA 1WNSA 4N5SA 1EKEA 3PO5A 4PA1A 4CJRA 1YTUA 5J1EA 3QEXA 1JLBA 3L2RA 3AVCA 2D0BA 4N41A 4DSKA 1D9FA 4J2BA 1X1PA 1UAXA 1NJXA 2JLEA 4DF4A 1QTMA 1TGOA 2XY7A 1KSPA 1RT1A 2XY8A 3V1QA 4ELUA 2ZE2A 3UIQA 1WSGA 4N56A 5J2PA 5HP1A 3SUNA 4FW2A 1WSFA 2HHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KTQA 1KXPA 2V52B 3ATUA 3TSQA 2NRVA 1JCGA 2HBJA 2VGMA 1NOZA 5I9EB 5C12A 5AFUH 1QQOA 5FLXO 2YKNA 4IFYA 4FLUA 3WUHA 3OYCA 2UUCK 5JMVA 5E84A 4CF8A 5KRTA 1JLEA 1UOCA 1NM1A 3V1OA 2QI2A 5DK5A 4V19S 1Z25A 3L3UA 4M7XA 4KI6A 5FRMA 3AVIA 3VEZA 3HJFA 1GOBA 1VSKA 1CLQA 4CZMA 2PAVA 3R8EA 3C7NB 3ENOA 1HMVA 3AO5A 1C0FA 2ATQA 3TARA 4W5OA 3H1VX 1XQSC 5AQGA 2GTDA 3NGIA 2ZJQL 4IWVA 4E3SA 4AHRA 4B1VA 1RDCA 3RR7A 4FJJA 4IEIA 2QXFA 4CW7B 2GWJA 3TAQA 3U3GA 4LFAK 3HTVA 4JRPA 3B8AX 4JKAA 1VSHA 2P9PA 3CMEN 4I2PA 3WNEA 4XIUA 4LF8K 4DTXA 4EHUA 4CJ3A 1XHZA 4DSLA 4FM0A 4NLCA 5FRNA 4EZ6A 1NBWA 1HKCA 1JL2A 4BR0A 4CFDA 3C94A 2YI1A 3WQTA 1WSJA 2OPQA 4CJTA 4FXDA 4FVUA 4GW6A 3M8QA 1MWMA 4B9TA 3HPGA 4DU1A 3FR0A 4H5TA 5B8HA 3VQ5A 1ZBLA 4KHPK 3AO4A 3V9XA 4B1XB 3BY5A 4H03B 3PO4A 3D2EB 1DT9A 4JI0K 1YJWN 3CI5A 4XH1A 3CFPA 4XH5A 3OYLA 4IKFA 4A2AA 3TR8A 3O6WA 2E6MA 1KRPA 1F21A 3K5MA 4A5AA 1YIJN 1NNEA 3MN7A 4BRFA 5LJVA 1NGHA 3KLFA 1VQLN 3PLAA 3TAFA 2E5LK 1Q82O 3SQ4A 5EVZA 2FSKA 3KKSA 1J5EK 2HW3A 3NVKA 1KCFA 2IAJA 1YHQN 2E8AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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