4CHZA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
155
structure length
151
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 57
structure length 151
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4chzA00
1TVRA 2G8VA 1ASWA 1JXEA 3MEGA 2VWKA 4DU4A 3NE6A 3SZ2A 4C8MA 1JLQA 3ZSVA 3LWLA 4J2DA 1ITGA 4B9VA 3ZCMA 4I7FA 4KTWA 1B9DA 3DLGA 3SUOA 1KLMA 3KKSA 4IKFA 1XI1A 4KHWA 4M3TA 4OLAA 3A2FA 5J2MA 1RT2A 3F73A 2XRIA 1C6VA 2YKNA 1NK8A 3SYZA 3OYEA 3L2RA 4F8RA 3AA4A 1UAXA 1VRTA 3MXIA 3HO1A 1Q9XA 4BWMA 4B9NA 1EETA 4W5RA 2FBXA 1NKEA 4B9LA 1CXUA 2RKIA 1XWLA 1U48A 2IOCA 4CK3A 4FLUA 4C8LA 3WNEA 2IAJA 3NGIA 4CK1A 2OYQA 4K8ZA 1UA1A 3ITHA 4QAGA 5FROA 4M3YA 4FCYA 2YNGA 1BIZA 4HCBA 1TKDA 4KTQA 3P83D 2PYLA 4CJ5A 1QS4A 1NOYA 1HYZA 1RDBA 4IG3A 5D3GA 4CJVA 4RW6A 5C25A 2YHAA 1S1WA 4E7LA 1VSHA 1GOCA 1TAUA 4DTRA 3WNGA 3PV8A 1JLBA 4CF2A 3ALYA 4RW8A 2B6AA 4BE0A 1J5OA 4EZ6A 3TAEA 1U45A 3THVA 1IKYA 3KLEA 4BDZA 2PY5A 1I39A 5KRSA 1B9FA 3DRPA 1O1WA 1TKZA 3OYKA 4KI6A 1RBTA 4CHOA 1SKRA 1N5YA 4N47A 4HVJA 3DYAA 4OGEA 3KK3A 3JSMA 3QNNA 2DFHA 3AVHA 4Q5VA 2I5JA 4HUFA 1D8YA 2A1RA 4CIEA 3V1RA 4KHUA 1UOCA 4E7HA 4F4KA 2KZMA 4Y1DA 3EZ5A 4E0DA 2OPPA 4AILC 4DTXA 3O3GA 3HK2A 3E01A 1SL2A 3TR8A 1RBRA 3QESA 1SKSA 4MQ3A 3SNNA 4FZYA 1RT3A 3VQQA 4RG8A 1Y97A 4FK4A 1BIUA 3ZSZA 4CEOA 3KJVA 3HL8A 3O4QA 3WNFA 4AHUA 4CF0A 4B9MA 1YTUA 3V9WA 2ZE2A 4GVMA 4M41A 5CYQA 3KD1E 3UIQA 2QK9A 3OS2A 2KW4A 4DMNA 4KAZA 3VA3A 4DTJA 2HHUA 4DQQA 2HHWA 3TARA 3L2WA 4Z4HA 1UA0A 4LH5A 1KVCA 3G0ZA 3SJJA 1L3UA 4FJKA 1RTIA 2P5GA 4KHQA 3ZSOA 2XY7A 3HM9A 1U47A 2B5JA 1C0TA 4C8OA 4AHTA 2KZZA 4O4GA 2YHBA 3AA3A 5HBMA 4KI4A 1BI4B 3OYIA 5J1EA 5HRRA 4ZTFA 4M3RA 3LP0A 4FJ7A 4E1NA 3I0RA 3L8BA 2DFEA 1T8EA 1LW0A 1G15A 1IH7A 4OKJA 4YNQA 4BE2A 3RTVA 2X74A 4OGCA 4DSJA 4I9QA 4FJHA 5C24A 3K59A 1HQUA 3AO1A 3HSTB 3RMAA 2Z1HA 4N56A 1VSDA 3SV3A 3QIOA 3C95A 1S6PA 4IG0A 1CZ9A 3LDSA 3LP3A 4KKOA 1ZYQA 1XHXA 3BGRA 1JLEA 1TL3A 2VG7A 1LV5A 3K2PA 4CJLA 1S1TA 5FRMA 5C42A 4DLGA 1KCFA 1NK9A 3SUNA 4FK2A 1HNIA 1VSKA 3QO9A 4CEBA 1BI4A 4CGDA 3SCXA 4DSFA 3NH2A 1RNHA 3OS1A 2FC0A 2OPQA 3TAMA 3LPUA 2YNFA 4E1MA 4PUOA 1HNVA 3SQ1A 2ETJA 3K58A 4IFYA 3KD5E 4J2EA 5DMRA 3WNHA 3TAFA 4CF8A 1FK9A 4DLEA 4NCBA 3VQ5A 5FRNA 3HVTA 4JS4A 3OY9A 5JS2A 1YVUA 1LWEA 1CXQA 1RT4A 3OYFA 1NJWA 3DLEA 4DSKA 1VSMA 1RT5A 4CF1A 1HRHA 3NFAA 1WSIA 4IDKA 1SUQA 1NKCA 4CCHA 3RMDA 3KK2A 2HNDA 3CYMA 1CLQA 1NOZA 3V1OA 3MXMA 4FM1A 1YTAA 3CM6A 4AH9A 1L3SA 1IKWA 4M3ZA 4DFKA 2HB5A 1WN7A 3V9XA 2G8WA 3RMBA 4DU1A 4FLZA 4HUEA 4DS5A 1WNSA 1NKBA 2R7YA 3HPOA 2Z1IA 3P1GA 1VK0A 3L3VA 5T7BA 4FLWA 4W5OA 1WAFA 3K5NA 3TWHA 1S5JA 3OJUA 1DTTA 4OLBA 2X6NA 4CEQA 1L3TA 4DFMA 5J2QA 1JL2A 4H4OA 3AVAA 3QEVA 2FBVA 3M8SA 5HROA 2VG5A 4YFUA 2P5OA 4AHVA 2PYJA 3VQBA 4E19A 4KTZA 3S3MA 3NCIA 1ZBIA 5CYMA 3VA0A 4KRFA 1Z26A 4CJPA 2F8SA 4BDYA 3IAYA 4FJNA 1HPZA 2HHXA 1C0UA 4FW1A 4CIFA 3V6DA 3DLKA 4WE1A 4DQIA 4FZXC 3SQ4A 4CHNA 4FZZA 3DRSA 4UQGA 4CHQA 4CJSA 4DQRA 2YNIA 3I0SA 1U49A 3SV4A 3ZSXA 4CFDA 4W5QA 4Z4EA 2AJQA 4CJRA 1BCMA 3AO5A 3OYNA 3KK1A 1RBVA 1RT6A 1J53A 1HJRA 4FLTA 3OJSA 4E3SA 4TSXA 1KFDA 4RW9A 1TL1A 1VSJA 4O0JA 3VQ9A 4CEZA 3QEXA 3TAGA 1XC9A 2KTQA 3D45A 2HVIA 4CERA 4CF9A 1T7PA 3AA2A 2D0CA 4CE9A 3MECA 4F2SA 3HPHA 3K5LA 1KTQA 2F96A 3B6OA 1S1VA 3OS0A 4ZTJA 4M3UA 2KFNA 4B9SA 3DLHA 2XO7A 3AA5X 3LZJA 4J2AA 2VWJA 4NCGA 3T3FA 1QHTA 4KHYA 3AVCA 2BGGA 4I9LA 4CFBA 4O55A 1UWBA 3DLBA 1EP4A 1TAQA 1A5VA 4OKEA 3ZSQA 2DY4A 3KLHA 3MEEA 3ZT3A 4CGIA 1BGXT 4KO0A 4CJ3A 3TABA 1D9FA 4R5PA 4KV8A 5KGWA 4FJ8A 1FKPA 3HXMA 4O5BA 1VRUA 1I3AA 4KB0A 2NUBA 2XHBA 4C8KA 4C8NA 1BQMA 3OYGA 1MU2A 4B9UA 5HP1A 2Y1JA 4CHPA 4IFVA 4HCCA 3DMJA 4LSNA 1IO2A 1ASVA 4CGJA 3CQ8A 5J2PA 3AVGA 1X9WA 4FLYA 3QIPA 3KIOA 1Q9YA 4B08A 3FFIA 1T05A 3PO5A 4BWJA 4L8RB 3SPYA 1VSIA 2OA8A 2HHSA 1VSLA 3RR7A 4CIGA 4FXDA 4FJJA 5DK5A 4QCLA 1RDCA 4OVLA 3D0PA 3U3YA 5HRPA 4ID5A 4CJUA 5HRNA 3NDKA 3NBPA 4HHTA 1EKEA 4OJRA 5E41A 2HHQA 4HUGA 3CFPA 4DG1A 1HYVA 1XHZA 4CHYA 3SUPA 5I42A 1KLNA 3RRGA 2A1SA 2RN2A 1K6YA 3C6TA 1Z25A 2Z1JA 4CHZA 1JXBA 3L2VA 1TK0A 1QTMA 4FLXA 5EU7A 3ZT1A 4EZ9A 1ASUA 4JS5A 1B92A 1SV5A 4F2RA 3HJFA 1WSFA 3OYMA 4CFCA 3OYHA 4N5SA 3QEWA 2Q3SA 1TKXA 1WSJA 1NJYA 4XIUA 3PX6A 3VQ8A 4LH4A 4H8KA 4CJKA 2B4JA 3ZT2A 1TK5A 2DFFA 4ICLA 2E6LA 4IBNA 3M8RA 4Z4GA 1ZBHA 3MAQA 5J2NA 4CJTA 3AV9A 4DTSA 3F9KA 3SQ2A 4GW6A 1J54A 1EXQA 4LSLA 4KHNA 1NK7A 4M42A 3NGYA 3OVNA 3KLFA 1HMVA 2GBZA 4FM0A 1SKWA 2HNZA 4KPYA 3C94A 2WOMA 3VQAA 4JLHA 4BACA 4E7JA 4DSEA 3ZT4A 4Z4FA 4I2PA 3QINA 4RW4A 1KSPA 4B3OA 2G8IA 3QEIA 4FJ9A 3NH1A 2X78A 1A5WA 1VSEA 4CJ4A 4DTNA 3VQ4A 3OYLA 2GUIA 1C1CA 1LWFA 2QKBA 2Y1IA 3NF8A 5CZ2A 3HYFA 2ZD1A 3AVKA 4FK0A 1U04A 1X1PA 4DTMA 3LWMA 3ZSYA 3HVRA 4NCAA 2G8KA 1FXXA 4Y1CA 3NGZA 4KHSA 3NAEA 1C1BA 2KFZA 1D5AA 3VQ7A 3AVNA 4CGGA 4CJFA 2F8TA 4CEAA 3L3UA 3EY1A 1BCOA 3B6PA 3IG1A 3O4NA 3C6UA 2DTUA 4CGFA 1FKOA 3MEDA 4ZHRA 4DFPA 2FBTA 3DOLA 2EHGA 3NF6A 1S1UA 3IS9A 3L2QA 4LD0A 3OYCA 2HW3A 1REVA 1VSFA 3AVFA 3IRXA 1JLCA 4O44A 3KTQA 1KRPA 4BDPA 3PUFA 5CY4A 3ZSRA 3HP6A 4MFBA 4CEFA 1QSLA 4Z0UA 4W5TA 3AVLA 2YV0X 1C0MA 3KKRA 3PO4A 2Z1GA 1C1AA 3NH0A 3AVIA 4E7IA 2HMIA 4FM2A 2ZQBA 1BQNA 4ELUA 4F3OA 1WAJA 2O4IA 2LSNA 4DTUA 1GOAA 3CG7A 1Q8IA 2GV9A 3AO3A 4OPJA 1LAWA 4PA1A 4DTPA 3SI6A 3U3GA 2G8UA 3LAKA 1WLJA 3VQ6A 4OPKA 4AHSA 1T03A 1NJZA 2OPSA 3SPZA 2VG6A 1RTDA 3RRHA 4F3TA 3LZIA 1TKTA 1S1XA 3H08A 4OKKA 4I2QA 3KLGA 1QE1A 4KREA 4LY7A 3ULDA 4ELVA 4B8AB 3V81A 3MXJA 2HHTA 4CECA 1TV6A 3VN5A 3ASMA 5KGXA 4CEEA 2XY5A 4M3WA 2HHVA 2YKMA 2IDOA 3K57A 3PY8A 4K8XA 4PQUA 4DQSA 3QEPA 2RF2A 5SWMA 2XY8A 3QETA 1J9AA 1ZBUA 1QSYA 3LAMA 2OPRA 1QSSA 1RTHA 5FDLA 3VQPA 3V9UA 3T19A 2JGUA 3S3NA 4KB1A 2IS3A 1BISA 3RR8A 3S9HA 1L3VA 2G8HA 1WSGA 3LALA 3V9ZA 1RCHA 3OYBA 2QXFA 4RW7A 3ISNC 1NK0A 3TAPA 2D0BA 1GOBA 3M8QA 3ZSWA 4E7KA 1CZBA 4FW2A 3BDPA 3SQ0A 4CJEA 4JRPA 4ELTA 3PX0A 3L2UA 4FJ5A 3I8DA 1KFSA 2OZSA 4FJMA 4FJXA 2E4LA 5CZ1A 1JLFA 3OYAA 4N76A 4H4MA 2FBYA 3V4IA 1QQCA 1JLAA 3AVJA 1LWCA 3RWUA 3V9SA 1HQEA 1TGOA 3VQDA 3VQEA 1ZBLA 4CJWA 3K5MA 4Q0BA 3LP1A 1BHLA 4CGHA 2D5RA 1RT7A 1LW2A 4CEDA 4CFAA 4KFBA 3U6FA 3NF9A 2ITGA 4CJQA 2QKKA 2OZMA 5HLFA 4W5NA 4Z4IA 4ID1A 1U4BA 5KRTA 1IKVA 2ATQA 3SUQA 4CESA 1LAVA 1NK5A 1JL1A 3HP9A 1RT1A 5KTQA 2X6SA 4G1QA 3PX4A 2YNHA 4O0IA 2BE2A 1TK8A 4HTUA 3HT3A 4M3XA 3VQCA 4PWDA 2KQ2A 3RMCA 4DWIA 4DF8A 3TANA 4M45A 4N41A 3DLRA 4FLVA 2E6MA 2WONA 4AHRA 3LPTA 4J2BA 4AHCA 5HRSA 1JLGA 3QNOA 4DF4A 3OYJA 2XY6A 3LANA 2HNYA 5JS1A 3NHGA 3DI6A 3LP2A 3CFRA 3T1AA 1RILA 3K5OA 4BE1A 1NK6A 1X9MA 3S3OA 2RPIA 2JLEA 1RBUA 1S9GA 1KVAA 1RDDA 2EX3A 1IKXA 1RTJA 2P51A 3DOKA 4EP5A 1X9SA 1L5UA 3G10A 1RBSA 3KLIA 4GMJB 2W42A 1DLOA 2IC3A 2P1JA 4DS4A 4Z4CA 4DQPA 2HVHA 1NJXA 3NF7A 5K14A 3OYDA 3JYTA 1DTQA 2BANA 3QERA 3EYZA 4DSLA 4QOZB 1A5XA 1D9DA 3QLHA 4CK2A 1W0HA 4FVMA 1SL0A 4DSIA 1WSEA 1IG9A 1EX4A 1F21A 4EP4A 3AO2A 1R0AA 4FJIA 3O3FA 1KVBA 1HYSA 3TAQA 2D0AA 3CFOA 3M8PA 4NYNA 4FJLA 3DRRA 3DM2A 3P5JA 2BDPA 4DFJA 3HPGA 4FJGA 5SZTA 3AO4A 1S9EA 1YT3A 4FYDA 4JRQA 2PZSA 1S6QA 1NK4A 1W9HA 3O3HA 4DTOA 2O4GA 1BL3A 3V1QA 2G8FA 3AVBA 4B9TA 2IGIA 3ZT0A 4NYFA 1N6QA 1SL1A 3TI0A 4B8CA 1JKHA 5KI6A 5I3UA 4PY5A 1WSHA 4E89A 1RDAA 3AVMA 4DU3A 1ZBFA 3CM5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VGNA 4BRCA 4U67L 3G71N 2G8VA 1IG8A 2VWKA 1YUWA 4C8MA 1ITGA 4IKFA 1B9DA 4BRQA 1XI1A 3A2FA 3ZYYX 5BRHA 3PLAA 3OYEA 3AA4A 5AQRA 1Q9XA 2FBXA 4ILGB 2RKIA 4C8LA 1WUAA 5AQFA 2W41A 4YORA 2VQEK 2ZJPL 1P90A 2OYQA 3HTVA 2CH5A 4QAGA 3FLCO 2ASMA 3CQXA 1NLVA 2IVPA 3H45C 3VETA 2YNGA 1HKCA 3WEEB 2NZTA 4JI4K 5AJ3K 4JN4A 3SMPA 3EKUA 4E7LA 4DR1K 1NG9A 4CF2A 4RW8A 3MN9A 4BE0A 4EZ6A 4M63C 3THVA 1IKYA 3KLEA 2WFBA 1TKZA 3OYKA 4CHOA 3ULEB 1NGCA 4CZMA 3FFKB 3CCEN 1TYQA 2QA4N 4A59A 4Q5VA 2I5JA 3VTHA 1GLBG 1QQMA 3AY9A 3QB0A 3HK2A 3QICA 1QVFM 4FZYA 3M1FA 4RG8A 3ZSZA 3HL8A 4AHUA 4CF0A 1Z05A 1JCGA 3A8YA 2UUAK 4DQQA 4BGAA 4PKHA 1RTIA 2XY7A 2B5JA 5AZIB 4AHTA 1RFQA 4IJNA 4KI4A 4B1YB 3OYIA 4ZTFA 1Q81O 4M3RA 1HNXK 3L8BA 2ASOA 4OKJA 4I6MB 5ADXH 4BE2A 1HQUA 1MWMA 3O9RA 4DV7K 3I33A 4ILHA 1ZYQA 3CCLN 3BGRA 5M1QA 3FZLA 1LV5A 1M90O 3VERA 5FRMA 5C42A 1RGIA 3R1XA 4FWOA 3I56N 3SUNA 4BRKA 4CGDA 3SCXA 1RNHA 2J4RA 3CJ1A 2OPQA 3K58A 5GAGP 3SBTA 3TAFA 1FJGK 4CZGA 4DLEA 5M1NA 4NCBA 4WQ4A 3VQ5A 4RCHA 5JS2A 4DSKA 1LWEA 1RT4A 4IO8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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