4CIEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 146
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cieA00
5JS2A 4KHQA 1VSJA 1NK7A 4CJPA 2GUIA 1WSJA 3TANA 1D9FA 3LZIA 3V1OA 3NGZA 3QNNA 4MFBA 3KK3A 3S9HA 3HYFA 1Q8IA 3AV9A 3DLHA 3RWUA 2LSNA 4CHQA 3SQ4A 4CFCA 3QEXA 1A5VA 4N5SA 4RW6A 4LH5A 3RR7A 1BQMA 1RT6A 1ZBFA 3QEIA 3SV4A 5FRNA 3QIOA 2WONA 1VSIA 3M8RA 4BWJA 1IKWA 1GOAA 1X1PA 3NGIA 1T7PA 1VSHA 2YKNA 4PWDA 3SI6A 4N47A 5HROA 4R5PA 4J2AA 4Z4IA 2BGGA 1VSFA 1S6QA 2HNZA 2QK9A 2GBZA 4F2RA 5HRSA 3RMBA 4Z4FA 4ZHRA 1UAXA 4C8NA 3WNGA 4CEDA 2G8VA 3HO1A 3AVGA 2JLEA 1T03A 1IG9A 4M3XA 4DQSA 4FJ5A 3OYAA 4ID5A 4CF9A 4F4KA 1B9DA 1NK5A 3FFIA 4M41A 3TAPA 3CG7A 2RPIA 3K5LA 3PX0A 1T8EA 4KI6A 3HPHA 3PO4A 4OGEA 3LP1A 2QXFA 4FM1A 3V9WA 1NK4A 4ID1A 3SUOA 4AHSA 4KREA 3OYMA 3QEWA 4H4MA 1JLQA 4K8XA 1ZBIA 2R7YA 1K6YA 1RNHA 1S1VA 1C0UA 3AVIA 3SCXA 1SL0A 3U6FA 3M8SA 1ZBHA 1WN7A 3I0SA 4DWIA 1X9MA 2XY5A 4N41A 4FXDA 1BQNA 1JLBA 4B8AB 4C8KA 3VQEA 3K59A 4BDZA 4DU1A 1MU2A 1KVBA 4AHRA 5FDLA 4NYNA 4OKJA 5C25A 4W5NA 4KTWA 4JS4A 2OPRA 1RILA 3P83D 2X74A 4FM0A 4M3UA 3S3OA 1EXQA 1JXEA 4M45A 4QOZB 4G1QA 1WSIA 5JS1A 4KI4A 3CQ8A 2DY4A 1KFSA 4M42A 3AO2A 4B9NA 4OLBA 3ITHA 1HJRA 2BANA 4ZTFA 3VQAA 1GOCA 1JXBA 3T3FA 3AVMA 1NJZA 1BI4A 1C1AA 4CGJA 5HRRA 4DG1A 3QLHA 3QEVA 3PX4A 5HP1A 4FZZA 4QCLA 1QS4A 1TL3A 1L5UA 3CM5A 2WOMA 4OPKA 3HP6A 1CZBA 5KI6A 1W0HA 4DTNA 4CJ4A 2Y1JA 2ZQBA 1KRPA 5FRMA 4H4OA 3KJVA 3KD1E 2OYQA 3L2UA 3K5MA 1BIZA 4E7HA 1D8YA 4CK1A 3SQ2A 1NOYA 1S1WA 1TGOA 2X78A 3AA5X 2OPSA 4FLYA 2RF2A 3AA2A 1T05A 1SKRA 3U3YA 1A5XA 3TAFA 1RBUA 1IKYA 3DRPA 2VWKA 4KTZA 3T19A 3QNOA 1S6PA 3VQBA 1FK9A 4JLHA 4CJ3A 1SUQA 4CF2A 1RDBA 4FW1A 4OLAA 3C6UA 3LP3A 4CJRA 3TI0A 3DLEA 4HTUA 4AH9A 1QHTA 1X9SA 1J53A 3NF8A 3ULDA 3VA0A 4CHYA 3IS9A 1LW0A 2KQ2A 4O0IA 4IBNA 2YNGA 4O44A 4E7LA 1U48A 4CK2A 1R0AA 1HNIA 1RBRA 1S5JA 4E7IA 1FXXA 4Z4HA 1HYZA 3NF9A 4GVMA 3KK2A 4DFMA 4Z0UA 4B9TA 4ELVA 4CHPA 3V6DA 5I42A 4I2PA 4CF0A 3L2RA 1HNVA 1L3SA 3L2WA 4DLGA 1JLFA 4DU4A 2XY8A 5T7BA 4CGHA 3DOKA 4OKEA 1UA0A 4NCGA 1RCHA 3OJUA 3D0PA 1HQEA 2D5RA 2ZD1A 3P5JA 3KKSA 4RW8A 4CERA 4CJKA 2X6NA 3RMDA 4PY5A 2HHQA 3DLBA 1U49A 1NK9A 4KTQA 4FJKA 1TAQA 4EP5A 1O1WA 3L3VA 3TAQA 4E19A 1N5YA 4FJXA 1LWEA 4HUGA 4CJEA 3M8PA 3NHGA 4CCHA 4LSNA 3H08A 4Y1DA 4OGCA 1SL2A 3HJFA 4E1MA 4LH4A 1XI1A 1F21A 1NJYA 4C8LA 4F3TA 3SPZA 3OYFA 1FKOA 3AVHA 1LAWA 1CZ9A 3ZT3A 3HSTB 4JRQA 4DS4A 1C1CA 5C24A 3O4NA 4AHCA 4W5OA 3ZSVA 4HUFA 2PYLA 2FBXA 4DSIA 1CLQA 5KTQA 4DFPA 4CJLA 1WSGA 4EP4A 1SV5A 3DRRA 2VG5A 3KLFA 1QSYA 3K2PA 3LP2A 1Q9YA 2FBVA 4CGIA 3RR8A 2RKIA 3LDSA 1WNSA 4O0JA 2G8FA 1TK5A 2VG6A 1Z26A 2EX3A 3VQ6A 3EYZA 5HBMA 3V9ZA 2ATQA 3QEPA 3KTQA 3VQCA 4DTJA 3C94A 3V9XA 4KHSA 3NCIA 3NAEA 1NOZA 1I3AA 1XHXA 2DFFA 1DTTA 2YHAA 4FLWA 3DI6A 3SZ2A 3RTVA 3PV8A 1ZBLA 2G8WA 2G8UA 5SZTA 4GMJB 3WNEA 4DSFA 4TSXA 2B5JA 3LANA 4CEAA 3UIQA 3TR8A 4BWMA 1VSDA 4Z4EA 1C6VA 3L2QA 3VQQA 3OY9A 1I39A 1EX4A 4OKKA 5EU7A 4ZTJA 1ZYQA 2OZMA 3B6PA 4FLXA 4KB0A 2DFEA 3AA4A 5KRSA 4Q5VA 4DFJA 1JL1A 3V9UA 1LW2A 2HHVA 5J1EA 3IAYA 1B9FA 4CJQA 2KZMA 1ZBUA 3CFRA 4AILC 4CIEA 3MXIA 1WSFA 4Y1CA 4FZYA 4FJNA 1WLJA 1WSHA 1CXQA 4FJ8A 4BDPA 3DOLA 1TKDA 2HB5A 3AO4A 2NUBA 3G10A 2JGUA 4LY7A 3OYBA 3KLEA 3K58A 3BGRA 4FW2A 3LPUA 3T1AA 1JL2A 4CJFA 4PUOA 1DTQA 4RW7A 3ZSZA 3LALA 3M8QA 5FROA 4FLVA 3QINA 3DM2A 4CJTA 2PYJA 2F96A 4FJ7A 4Z4CA 1QSSA 4CEZA 2OPPA 3VN5A 3LWLA 4CESA 2Z1GA 5K14A 3NE6A 4FK4A 3CFOA 3DLRA 1ASUA 4CJWA 1NKEA 1N6QA 4B8CA 2AJQA 2B6AA 2FBYA 1RTHA 4IFVA 1TVRA 3RMAA 3DMJA 3WNHA 2RN2A 1RDDA 1RTDA 4C8MA 3TABA 4O55A 3VQ9A 4AHUA 1YT3A 4J2DA 1NKBA 3L2VA 1RT7A 1S9EA 4I2QA 1RT4A 2VWJA 3MAQA 4B9MA 1A5WA 1BCMA 3SYZA 4CIFA 2KFNA 1BHLA 1IKXA 4EZ9A 3ALYA 1C0TA 4HCCA 4CGDA 3AO3A 3K5OA 4DTMA 3MXJA 4Z4GA 4H8KA 2HVHA 4KHYA 2XO7A 4FLUA 4CE9A 4UQGA 3NH1A 1VSMA 5CYQA 3OS0A 2VG7A 1YVUA 2OA8A 3K57A 2BE2A 3L3UA 1BISA 4CEOA 3NH2A 1NK6A 3NH0A 3V1QA 1JLCA 4KB1A 4IDKA 4B9VA 1ASVA 1KCFA 3D45A 4CFAA 1SKWA 4M3YA 2F8SA 4IG3A 3VQ4A 2P1JA 4RW4A 1CXUA 4CF1A 1VK0A 4E3SA 3PX6A 1L3VA 2E6MA 4KO0A 2HHWA 4DQPA 1NJXA 1YTUA 1BL3A 1IH7A 3BDPA 1RT5A 4M3RA 3ZSXA 4CEFA 4CGGA 3EY1A 5CZ2A 2O4IA 3O3GA 1J5OA 1LWFA 1VSKA 5DMRA 4BE0A 1U47A 3OS1A 2DTUA 4ICLA 4RG8A 3QESA 2KFZA 2IOCA 2D0CA 4FLTA 4CK3A 4W5RA 4DTOA 4FJMA 4J2EA 1RBSA 3KKRA 4NCBA 3MEGA 3RMCA 3F9KA 3C6TA 3A2FA 1HRHA 1TKZA 2B4JA 3OYLA 1U45A 1UWBA 1QTMA 1WAFA 2YNIA 4QAGA 3I8DA 5E41A 3NFAA 4FLZA 4DTXA 1VSLA 1RTIA 3OVNA 4IKFA 3WNFA 3SPYA 1RT2A 1QSLA 3RRHA 5KGXA 2A1SA 3E01A 5DK5A 3ZT0A 3OYGA 4HUEA 4WE1A 3V1RA 1BIUA 1XWLA 4MQ3A 1EKEA 4E89A 3K5NA 4DSLA 4FVMA 5KRTA 3QIPA 4LSLA 4NCAA 1WSEA 4CHZA 4YFUA 3OYHA 1XHZA 2YKMA 3OYJA 3HXMA 4F3OA 4I7FA 3ZSOA 3ZT1A 4GW6A 3PO5A 3AVLA 4FJGA 4Q0BA 4FM2A 1SKSA 1ASWA 1VSEA 3EZ5A 3TAEA 3VQ7A 3QERA 4ELTA 4ELUA 4IFYA 3HT3A 2YNFA 4B08A 2HNDA 3VQPA 2YNHA 1NJWA 2KTQA 2Z1HA 3NBPA 3TAMA 3G0ZA 4KHWA 4CEQA 3CYMA 1TV6A 3LAMA 1D9DA 4O4GA 1TKXA 2XY7A 1ITGA 2G8HA 4KHUA 3VQ8A 4K8ZA 1HQUA 1RT1A 3CM6A 1REVA 4KRFA 3ZSQA 3B6OA 4DS5A 3ZT2A 1VRUA 4AHTA 1Q9XA 1HYSA 1L3UA 2QKKA 4HVJA 3OS2A 2KW4A 2A1RA 1JLGA 4CEBA 4E7JA 3TAGA 1L3TA 3VA3A 2E4LA 2YV0X 2Y1IA 1NK8A 3LPTA 2D0AA 5CYMA 2HMIA 3OYIA 4N56A 3JYTA 4DU3A 3ISNC 1RBVA 2XY6A 1GOBA 1TK8A 4CF8A 3ZCMA 1Z25A 2HHSA 3AVNA 1U04A 2OPQA 2ITGA 1UOCA 3DLKA 3AVCA 1X9WA 3O3FA 1NKCA 1LAVA 4C8OA 4KAZA 1J54A 2QKBA 3VQ5A 3QO9A 4DQRA 4CJSA 4BACA 3ZSRA 2I5JA 3HK2A 5CZ1A 4B3OA 1RBTA 4O5BA 4CHOA 3HM9A 4FJLA 2FC0A 5I3UA 4B9UA 4CJUA 2ETJA 3LP0A 3V4IA 2ZE2A 3SV3A 1S1TA 2X6SA 1BCOA 3OJSA 2GV9A 4PA1A 4JRPA 2FBTA 3SQ0A 4PQUA 1WAJA 4DSJA 4RW9A 4KKOA 4CECA 2IS3A 4DTSA 3V9SA 4CJVA 1S9GA 4BE1A 4NYFA 2HNYA 1RDAA 3KIOA 5HRPA 2IDOA 3MEDA 1TKTA 3TARA 4DTRA 1KSPA 1W9HA 4DMNA 4DQIA 3HL8A 4OVLA 3NDKA 1C0MA 1Y97A 1KVAA 3DYAA 4DQQA 4E0DA 2HHXA 3MECA 1RDCA 3NF6A 3DRSA 1HMVA 2G8KA 4XIUA 3S3MA 4KV8A 4DSEA 3SUPA 4W5TA 1QE1A 2IAJA 4OJRA 1BGXT 4DFKA 3AO5A 2IC3A 5J2QA 4DF4A 4KHNA 2PY5A 4FJIA 4FK2A 1VRTA 1KTQA 1IKVA 2O4GA 3HPGA 4JS5A 2PZSA 3AVJA 3SNNA 4FZXC 3OYNA 2P51A 4DTUA 3JSMA 1KVCA 1S1UA 1TL1A 3LAKA 3PUFA 2OZSA 3DLGA 4F2SA 3NF7A 4CGFA 2BDPA 4CFDA 3ZT4A 2XRIA 1FKPA 1IO2A 3ZSWA 3KLGA 4E7KA 4IG0A 3KK1A 1U4BA 3AVFA 3O4QA 1SL1A 3AVBA 4I9LA 1D5AA 4F8RA 2DFHA 1QQCA 1UA1A 4FK0A 1S1XA 1LV5A 3CFPA 3HPOA 2Z1IA 1RT3A 3TWHA 4BE2A 3SUNA 1HYVA 4DSKA 5J2MA 3MXMA 4DF8A 4LD0A 3IRXA 4HHTA 3SUQA 3OYDA 3C95A 2W42A 4CFBA 1YTAA 3AA3A 4L8RB 2HVIA 5J2PA 3THVA 3VQDA 3KD5E 1TK0A 2XHBA 3LWMA 1HPZA 4W5QA 5J2NA 4FYDA 3AO1A 1JLEA 4CEEA 4YNQA 2G8IA 3F73A 5HRNA 3NGYA 2KZZA 4KPYA 3KLIA 2YHBA 5CY4A 3LZJA 5SWMA 3ASMA 3P1GA 2EHGA 5KGWA 4CJ5A 4DLEA 1KLNA 1LWCA 3SQ1A 3V81A 2D0BA 4DTPA 1EETA 1KFDA 4FCYA 4M3ZA 3KLHA 2E6LA 4N76A 5HLFA 4M3TA 2HHTA 3OYKA 1TAUA 4I9QA 1XC9A 2Q3SA 4KFBA 3SJJA 4HCBA 1BI4B 1JLAA 4E1NA 2P5OA 4B9LA 4EZ6A 1C1BA 3QETA 4M3WA 3AVAA 4CIGA 3U3GA 1NK0A 4J2BA 3HP9A 3RRGA 2IGIA 1JKHA 2F8TA 4B9SA 4AHVA 3PY8A 1EP4A 5C42A 4OPJA 4FJHA 3IG1A 1RTJA 3I0RA 2HHUA 3OYEA 3O3HA 3L8BA 2HW3A 1KLMA 3HVTA 3MEEA 1G15A 3AVKA 4CHNA 2P5GA 1B92A 1DLOA 4BDYA 5D3GA 1J9AA 3HVRA 3OYCA 3S3NA 2Z1JA 4FJ9A 3ZSYA 4FJJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JS2A 1NK7A 3O9QA 3QFPA 3TANA 3QNNA 4OPAA 3S9HA 2O8FA 4DR3K 3ULEB 4N5SA 1RT6A 3QEIA 4E1JA 3M8RA 4BWJA 3D2FB 1HUXA 3VMFB 4FWKA 4PWDA 4IOAL 1MWMA 2E88A 3MN7A 4C8NA 2G8VA 3WNGA 4LF9K 4JNEA 2YJFA 4CF9A 4M41A 3AARA 4OGEA 2QXFA 2VQFK 4JK9A 3SUOA 3GOIA 4ILHA 4I6MA 4K42A 3HOTA 3DJCA 5IT9O 5JLFA 3TTDA 3M8SA 1JCGA 4FXDA 4BRHA 1BQNA 1QQNA 3ZX2A 4B1VA 3CJCA 2ZM6K 1KVBA 4AHRA 4OKJA 1U2VA 1RILA 2X74A 4CBUA 1J5EK 2F9TA 4QOZB 4G1QA 2YI1A 3HTVA 2DY4A 4M42A 3AO2A 3ITHA 4CZLA 1YF5L 3VQAA 3T3FA 4GKJK 4CGJA 4DG1A 3PX4A 4QCLA 5HP1A 3ZEUA 1CZBA 1W0HA 3E9PA 1GLJO 4MO5A 1KRPA 3KD1E 4BGBA 2OYQA 5GINA 3C0BA 3SK3A 4FLYA 2OPSA 3U3YA 1A5XA 3TAFA 1RBUA 1IKYA 4IXCA 5ADXH 1S6PA 3VQBA 1FK9A 5AQHA 4CF2A 4AM7A 4CJRA 5LJVA 4AH9A 1QHTA 1DGKN 4CHYA 3IS9A 4DV5K 1IBMK 4IBNA 4BRNA 5BN9A 4H0VB 4GVMA 4B9TA 1YJNN 2UUAK 3D2EB 3JS6A 3V6DA 5M1QA 1JJ2M 4DLGA 2HF3A 2P9SB 5TKYA 4NLBA 5T7BA 4CGHA 1QVFM 5GADP 2F4VK 3D0PA 1HQEA 2D5RA 4CERA 2A40A 3DLBA 4KTQA 4FJKA 4EP5A 4E19A 3W3DA 1LWEA 3GE1A 3M8PA 4CJEA 4OGCA 1SL2A 3UKUA 4E1MA 1XI1A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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