4CIEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
152
structure length
146
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 146
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cieA00
3LZIA 1XI1A 4TSXA 4FJ8A 5CZ2A 2HVIA 2OA8A 2D0CA 3V9ZA 3VQQA 3I8DA 4FJIA 4FLUA 4FYDA 2DFFA 4R5PA 3K2PA 2G8UA 3HVTA 1C1AA 3AVHA 2ITGA 3IS9A 2PZSA 4DU4A 1S1WA 1VSLA 3P1GA 4W5NA 1VSIA 3SNNA 4I9LA 4O44A 1Q8IA 1TKXA 4HCBA 3L2UA 1SL2A 4Z4GA 1S1VA 4KHNA 4DQQA 5FRMA 1D9DA 4DQPA 2I5JA 2D5RA 4NYFA 5HLFA 2NUBA 3K59A 4G1QA 4CF9A 4B3OA 4FLYA 5C24A 5C42A 4RW8A 4H4MA 1U49A 3WNEA 4E7IA 4CHPA 4ZHRA 4CF2A 3NF6A 4FM0A 2OPPA 4I7FA 2HHUA 3WNFA 1NOZA 3QIOA 5I42A 4EP4A 3C94A 1RNHA 3V9SA 2QKBA 3PO4A 3KD5E 1HRHA 1RT3A 1C0MA 4AHRA 2YNFA 1TKDA 3AA2A 4O0JA 4DTMA 3JSMA 4CK3A 2YNHA 2QKKA 1LWEA 1TL1A 4C8MA 3K5NA 4PUOA 4DFMA 4OKJA 1QSYA 1X9WA 2QXFA 1I39A 4CJKA 1ZBIA 3SPYA 4KFBA 4BDYA 4CJWA 3AVIA 1BQNA 2E4LA 1WSHA 3NDKA 4DSEA 2KZMA 3NHGA 2XY8A 4DS4A 1QHTA 4LH4A 3KIOA 4CFAA 2PYJA 3VQ7A 2OPQA 3WNHA 1BGXT 4B9VA 1NK5A 1VSFA 3B6PA 5EU7A 4CGJA 4FW1A 1UA0A 4B8AB 3DLEA 1IG9A 4QOZB 2F8TA 1RBSA 4DG1A 4BE1A 4OJRA 3VA3A 4M3WA 3V1QA 3VQEA 2F8SA 3CYMA 3SUPA 4ELTA 4M42A 2Y1JA 3TARA 2P1JA 1VK0A 2P5OA 1SUQA 3ZSRA 1KLMA 1JLCA 4CFDA 1C0UA 1KVCA 3AA5X 3AVCA 3G0ZA 4KTQA 4M3XA 4BDPA 3ZSWA 3HPHA 4CHYA 3S9HA 2HHXA 3KK1A 4ZTJA 3L2VA 1X1PA 2GUIA 4J2EA 4CEQA 1ZBLA 4C8LA 4CF1A 4B9UA 3HXMA 3MECA 1RTJA 3B6OA 1ASWA 2HW3A 3HK2A 4NYNA 1KRPA 1C6VA 2VWKA 4IG0A 4CHOA 4KRFA 2IC3A 1JLEA 1JLQA 3AO4A 1IO2A 4KKOA 1HPZA 2FBYA 4O4GA 2XRIA 5HROA 4C8OA 3IG1A 4GVMA 3VQ9A 3K5MA 1NKEA 1RTDA 4FLWA 1JXBA 3O4NA 3MEEA 1W9HA 4IDKA 3LPTA 1EETA 2XHBA 2XY6A 4CJEA 4J2AA 2VWJA 3QLHA 1S1UA 4CJFA 1WSGA 1YTUA 3WNGA 2OPRA 5KTQA 4CESA 3HPOA 1VSEA 4OPKA 4UQGA 1N5YA 3AVAA 2OZMA 2HHVA 1ASUA 3VQ6A 3NF8A 4CJRA 2Z1IA 3DLGA 4CK2A 3ZSYA 4E7JA 2EX3A 2HHTA 4H4OA 5KGXA 3DMJA 4E0DA 4OGEA 4B9LA 1RT2A 2B6AA 3BDPA 3ITHA 2EHGA 4O0IA 3OYNA 2G8WA 1ITGA 1F21A 4BACA 1JLGA 4EZ6A 2HHWA 3KD1E 3U3GA 3NE6A 5KGWA 3LP3A 4E7LA 3QNOA 1S9EA 2A1RA 1L3VA 3V9XA 4M3RA 4CFCA 2Q3SA 4DF4A 1QTMA 4F3TA 2IDOA 4RW9A 3LANA 3OYFA 3CFRA 5CZ1A 4FJGA 4E3SA 2XY5A 3HP6A 1X9SA 3NF7A 1VSJA 4KHQA 4EP5A 4W5TA 4DTNA 2KZZA 3AA4A 4IKFA 1T03A 4E7HA 2KFNA 2DFHA 3JYTA 4XIUA 2G8HA 1T8EA 4O5BA 3CFOA 1RT4A 4CE9A 1FXXA 4CF0A 1L3TA 1EX4A 3DRSA 2XO7A 4DLGA 2KQ2A 1TKTA 3T3FA 3SJJA 4F3OA 1SV5A 3OJSA 1U47A 4FXDA 2IOCA 3ZT1A 5DMRA 4LSLA 3ZSXA 3RMBA 1L3UA 4H8KA 3ULDA 4FJMA 1TAQA 2AJQA 4KI6A 4JRQA 4KI4A 1S1XA 1CXUA 5KRSA 3M8RA 4FLXA 3RMCA 5HBMA 5J1EA 1O1WA 1BI4A 1TVRA 2ETJA 1DTQA 3H08A 4KV8A 1XHZA 4FJ5A 4CEOA 5J2QA 4FK4A 4FK2A 1QS4A 3LAKA 1BIUA 1RDDA 4F4KA 4OLAA 4NCBA 3TAEA 4W5QA 2F96A 4OGCA 4W5OA 3K57A 1J5OA 3KTQA 3QERA 1IKXA 1UWBA 3K5OA 2IAJA 4DQSA 3C6UA 4Z0UA 2G8KA 3QO9A 2B4JA 4ID1A 4ZTFA 1LW2A 1NJYA 1JXEA 3HP9A 3HJFA 3NBPA 3LAMA 4PWDA 3HSTB 1I3AA 1ZYQA 3LALA 2OYQA 3EYZA 1GOCA 4KB1A 4J2BA 1RTHA 1VSMA 3OYKA 4M3ZA 3DOLA 3AVLA 4BWMA 3CM6A 3TANA 3OY9A 3ZT0A 3TAFA 1L5UA 1CZ9A 3L3UA 4CEEA 4HHTA 1UA1A 3M8QA 1TK8A 4Y1CA 1JL2A 4CFBA 1NKBA 3V9WA 5J2PA 5FROA 4B9SA 2YNGA 3S3MA 1MU2A 1C1CA 4KTWA 3RR7A 4E1NA 1WNSA 3SYZA 4DFKA 4KREA 1RBUA 1NJXA 4Z4CA 1SL1A 4DSKA 4KHWA 1RILA 3ISNC 4DQIA 3AVJA 2Z1GA 3KLHA 1IKVA 1HNIA 2BANA 3OYAA 2G8FA 1U04A 4DWIA 2G8IA 2FBVA 4DTSA 1D5AA 1JL1A 1JLAA 2X6SA 1JLBA 1RTIA 3ZSOA 4CEFA 4N47A 4HCCA 3AVGA 3M8SA 3TAQA 2D0AA 4IFYA 4AHTA 1VSHA 4CEDA 3M8PA 4DQRA 2E6LA 2BDPA 4B08A 4CECA 3SQ4A 4CK1A 4NCAA 4LSNA 4FJ7A 1EKEA 5HP1A 3OVNA 2HNDA 3SQ1A 2O4GA 3RTVA 1KLNA 3DLBA 3KLFA 1Z26A 4CIGA 3U3YA 3HT3A 5J2MA 2YHAA 3EY1A 5K14A 1A5VA 3DLRA 4CEAA 3QEXA 4LD0A 3L2WA 1HYZA 1QSLA 4AHVA 2FBTA 5JS1A 4CCHA 3KKRA 4FLVA 4C8KA 3OYMA 2HNZA 4CHNA 4CJLA 3HPGA 4WE1A 3OYCA 1Q9XA 1IH7A 4BDZA 5C25A 1J53A 1GOBA 4O55A 3K5LA 4FCYA 4M45A 3F73A 1RBVA 3NGZA 4B9TA 4BE2A 4B9MA 4AHCA 4N5SA 4OLBA 4CIEA 1RT6A 1A5XA 2G8VA 1LAVA 2DY4A 1WSJA 4C8NA 2PYLA 1KFSA 4HUFA 3A2FA 5FRNA 1ZBHA 4DMNA 1VRTA 5JS2A 4KO0A 5KRTA 1ASVA 1L3SA 4IG3A 3KK2A 2P5GA 4FJKA 4FZZA 1C1BA 2VG6A 4M3TA 4JRPA 1KSPA 4B9NA 1EXQA 3AO3A 1K6YA 2HB5A 3VQ8A 4CEBA 1HJRA 4W5RA 4JS4A 1U4BA 4DFPA 4EZ9A 4KAZA 2P51A 4CGGA 3NGIA 4FVMA 4FJJA 1RT5A 5FDLA 5SZTA 2FC0A 2KW4A 1TV6A 1WAFA 2HHSA 2VG7A 3OS0A 1G15A 3V6DA 2E6MA 2FBXA 3RR8A 1JLFA 2A1SA 3L8BA 4KB0A 3CG7A 3OS1A 3K58A 4CJUA 4CGDA 4IFVA 4LH5A 3ZSZA 3AVFA 4CGHA 2YKMA 5HRPA 3PY8A 3AV9A 1TGOA 3KKSA 2Z1JA 3L2QA 3THVA 4F2SA 4CJVA 3RMAA 3S3OA 2BE2A 1NK6A 3AO5A 4KHSA 4FW2A 5J2NA 3VQPA 5HRNA 1TK5A 4HVJA 1HQUA 3SZ2A 3LPUA 4Q5VA 3O4QA 3PX4A 4ID5A 1B9DA 3OYDA 1NJZA 1NK9A 1YVUA 1FK9A 2ATQA 4M41A 1A5WA 3MEGA 3OYIA 3QEIA 3SV4A 1YT3A 1ZBUA 4HUGA 3SUOA 1QSSA 3PX6A 5DK5A 3VQ5A 4AHSA 4CGIA 1WSEA 1IKWA 4E1MA 5HRSA 1LV5A 1R0AA 4FJHA 4KHUA 3DRRA 3NCIA 3LWLA 1Q9YA 2ZE2A 2JLEA 4Z4IA 3LP1A 3LP0A 1RT1A 4AH9A 2HNYA 4DU1A 2DFEA 4NCGA 4CJQA 4CHQA 3C6TA 4M3YA 4PQUA 1SKRA 2YNIA 3PV8A 3OYJA 3SCXA 3PO5A 4HTUA 3QNNA 1TK0A 3CQ8A 3QEPA 3OS2A 1BL3A 1SKSA 1TKZA 3SUNA 1BI4B 4RW4A 2IGIA 4E7KA 5CYMA 2RKIA 3ASMA 4CERA 3HVRA 3V9UA 3MXJA 4FJLA 4AHUA 1LWFA 3OYHA 2IS3A 1KVAA 3F9KA 1BIZA 1N6QA 2OPSA 3E01A 3I0RA 4CJ4A 1LW0A 4FZXC 3TABA 1FKPA 4I9QA 4K8XA 4DTJA 4DSIA 1X9MA 2Z1HA 3D45A 3VQCA 1VSDA 4Z4EA 4N41A 2ZQBA 4I2QA 3IAYA 2QK9A 3DYAA 1BCOA 2OZSA 3DI6A 4PA1A 4CJTA 3TI0A 1NK4A 1S1TA 4FJNA 1Y97A 1YTAA 4IBNA 4N76A 4CGFA 1HYVA 1ZBFA 3DLHA 4CJ5A 3SPZA 3ZCMA 1QE1A 4FJXA 1XHXA 4N56A 3HM9A 3RMDA 2YV0X 4M3UA 3VN5A 3MAQA 3QETA 3PX0A 3P83D 4AILC 1S9GA 4YFUA 3VA0A 1QQCA 3T19A 2W42A 3FFIA 4FM1A 3OJUA 1FKOA 1NK0A 3L3VA 3AVKA 4BWJA 1S6PA 3AVMA 3OYLA 4K8ZA 1T05A 4CJPA 1TAUA 1U45A 1B9FA 1RDAA 1RBRA 1BCMA 1WLJA 2X78A 3AVBA 3DM2A 4RW6A 5HRRA 3VQ4A 1NJWA 4L8RB 1Z25A 3C95A 4DTRA 1BHLA 3QEVA 4RW7A 2Y1IA 3DOKA 1UAXA 3AA3A 2YKNA 4OVLA 1EP4A 3L2RA 4DTXA 3TAPA 4FLTA 1RDCA 2HMIA 5T7BA 5D3GA 1XWLA 4CJSA 3HYFA 3SI6A 4J2DA 4F8RA 2HHQA 1LWCA 3P5JA 1CZBA 3TWHA 3IRXA 3DRPA 2PY5A 2HVHA 1W0HA 3QEWA 1RCHA 4F2RA 3PUFA 2KFZA 4DSFA 1WSIA 2DTUA 4DLEA 3KLGA 3CM5A 2WOMA 3NH1A 1KVBA 3S3NA 2O4IA 4ICLA 4QAGA 1GOAA 4DU3A 3V1RA 1NK8A 2X74A 5CY4A 1NOYA 3NAEA 1HYSA 2RF2A 3SQ0A 1VRUA 2JGUA 1KFDA 3CFPA 4JS5A 1DTTA 4HUEA 3VQAA 1SKWA 3SQ2A 4Z4HA 1WN7A 1RT7A 3MEDA 4FZYA 1HNVA 4DTUA 1VSKA 4Y1DA 3OYGA 3LDSA 3HO1A 1KTQA 3KJVA 3LWMA 4QCLA 1UOCA 1WSFA 1BQMA 3V1OA 4GMJB 4OPJA 1T7PA 3KLIA 3AO2A 4E19A 3I0SA 3D0PA 3AO1A 4KPYA 4YNQA 2X6NA 3G10A 3BGRA 3EZ5A 1HQEA 1J9AA 4KTZA 4LY7A 3ZT3A 3O3FA 4FLZA 4FM2A 3SV3A 2GBZA 1CLQA 1DLOA 3O3HA 3V81A 3ZT4A 5SWMA 2GV9A 1B92A 4DTOA 2RN2A 1S6QA 2KTQA 3QIPA 3HL8A 4JLHA 3ALYA 1S5JA 3KK3A 3OYEA 4GW6A 1XC9A 1REVA 4CEZA 4PY5A 2WONA 4E89A 2R7YA 3TAGA 3MXIA 3NFAA 1IKYA 4CJ3A 5I3UA 3MXMA 3V4IA 3NF9A 2LSNA 3UIQA 4OKKA 1U48A 1BISA 4CF8A 1JKHA 4B8CA 1HMVA 3T1AA 1TL3A 3VQDA 4DS5A 1LAWA 2B5JA 2XY7A 4KHYA 1C0TA 4FJ9A 4MFBA 4MQ3A 3TAMA 3KLEA 3NH0A 3OYBA 1NKCA 4OKEA 3U6FA 2YHBA 2D0BA 4ELUA 2RPIA 3O3GA 4DFJA 3RRGA 3RWUA 4I2PA 4FK0A 5CYQA 2BGGA 1WAJA 5KI6A 3ZSQA 3SUQA 1SL0A 1D9FA 4CIFA 3LZJA 3AVNA 3DLKA 1KCFA 2ZD1A 3ZSVA 3RRHA 5E41A 4DTPA 4ELVA 4CHZA 4DSJA 1RBTA 1NK7A 1CXQA 4Z4FA 3QINA 3QESA 4DF8A 1D8YA 3VQBA 3TR8A 3ZT2A 2VG5A 1J54A 1RDBA 3NGYA 4DSLA 4BE0A 3LP2A 3NH2A 4RG8A 4Q0BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZIA 1XI1A 4TSXA 4X64K 2DFFA 4MLHA 2F7TA 3HVTA 3H1QA 2PZSA 4DU4A 4W5NA 4YOVA 4WQ4A 1TKXA 1VAZA 3L2UA 5FRMA 1YXQA 1JCGA 3TTCA 3JS6A 4NYFA 3T69A 3J80O 2NUBA 3K59A 4CF9A 1C0FA 3O1WA 1U49A 4ZHRA 1SS6A 4JI8K 1HNWK 2OPPA 4I7FA 4CZJA 4MDAA 4DQ8A 5M1PA 3C94A 2P9PB 3KD5E 1C0MA 3MN5A 3AA2A 4BC4A 1MWMA 4FO0A 1HKGA 4PUOA 1OH7A 3CJAA 4KFBA 4QS7A 4BDYA 4CJWA 4GY2B 4DSEA 1D4XA 1WSHA 4CW7B 2OPQA 3CJBA 3FZKA 1BGXT 1VQ8N 2O8DB 5EU7A 5H1SQ 3J81O 2F8TA 2ZJQL 3V1QA 2Y1JA 3ZSRA 4CFDA 1XMQK 3AA5X 3BF3A 4M3XA 4BDPA 3I55N 4XH4A 4JI6K 4CF1A 2WFBA 3MECA 2QWPA 1BA1A 4NYNA 1KRPA 1C6VA 1JLEA 4F9OA 4DR2K 4CZGA 5LJWA 5HROA 3VQ9A 3K5MA 3QFUA 1NKEA 4PL7A 2KKZA 4FLWA 4J2AA 5AZJA 4Y0WA 1WSGA 2OPRA 4OPKA 3AVAA 5ADXH 2HHTA 4DR6K 2UXBK 4OGEA 4B9LA 2B6AA 2EHGA 4CZIA 1JLGA 3NE6A 3LP3A 4NO7A 4A62A 1P8ZA 4E7LA 3QNOA 2A1RA 2Q3SA 1QTMA 4RW9A 1NGEA 4FJGA 3HP6A 3VEWA 4KHQA 1J6ZA 3EN9A 3VGKA 3AA4A 1T03A 3VEVA 5CE3A 1S3XA 2Q2RA 4O5BA 5AQMA 4I6MA 4CF0A 1E4FT 4H0XB 2XO7A 3DAWA 4F3OA 1TKTA 3SJJA 3OJSA 3CF5L 3BZCA 3BZKA 3RSEB 3ZSXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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