4CIGA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
152
structure length
147
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDI
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYO1 (108-110)TI2 (78-81)TI1 (57-60)S1 (60-68)TIV1 (67-70)S2 (71-78)S3 (84-89)AH1 (94-106)AH3 (124-133)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII1 (142-145)AH4 (145-165)TI3 (79-82)TIV2 (89-92)S4 (112-114)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 56
structure length 147
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cigA00
4JS5A 3I8DA 1TGOA 3SQ4A 4I2PA 2OPSA 4CJKA 5SZTA 1XI1A 2PZSA 4KO0A 1SKWA 2F8TA 3AVFA 4FXDA 4CJ4A 3QESA 4FLVA 3K5NA 3SZ2A 1EX4A 1U48A 3QO9A 3NGZA 1K6YA 1ASVA 3TAGA 1SKRA 1S9GA 3AA4A 4CHQA 3SPYA 4HCCA 3RRGA 3V1OA 2P51A 1FKPA 4E7JA 1D9DA 3IRXA 3DLKA 1B9FA 3JSMA 4QOZB 1W0HA 3TAEA 4AHCA 4DTPA 4FLUA 3OYCA 2IS3A 1WSEA 4B08A 4CEAA 1S1UA 5K14A 2Z1JA 4B9TA 3MEEA 2KW4A 4CCHA 2A1RA 1ZBUA 3ALYA 2F8SA 3NAEA 1T03A 3RWUA 2HVHA 2DY4A 1JL1A 2RKIA 4BACA 4Z4FA 3QEIA 4E1MA 4CJRA 3K5OA 2YKNA 1A5VA 1FXXA 2VG6A 3NF6A 5CY4A 4DQSA 2Q3SA 5I3UA 1S6PA 3QNOA 2O4IA 4JRQA 3RTVA 1ZBHA 1ZYQA 3NDKA 2B4JA 3L3UA 2KTQA 1C1AA 1QHTA 4FJNA 4QAGA 2Z1GA 4CK3A 3RMBA 1BQMA 1VSEA 3AVJA 3ZT3A 1YTAA 4FM1A 4M3RA 4KAZA 3K57A 3VQQA 5SWMA 3B6OA 4BDPA 1KLMA 3I0RA 4FM0A 4DU3A 5HROA 4FJKA 3BDPA 3HJFA 1UAXA 4CIGA 1BISA 4E7HA 3AVNA 4OKJA 3O3GA 4CEDA 4I2QA 1WSJA 3NGIA 1D9FA 4FJMA 1XWLA 1HJRA 3SNNA 3VQ8A 1WN7A 3SV4A 4C8OA 4F3TA 4K8XA 1ZBIA 1HNVA 4KREA 5HRRA 5DK5A 3L2UA 2G8FA 4DS5A 1TL3A 4KPYA 1JLFA 4CJ5A 3WNFA 3NH1A 2QKKA 3HP9A 4FLZA 4O4GA 3ZT2A 1HRHA 2HB5A 4W5RA 4PQUA 1RT4A 5T7BA 3K2PA 1ZBLA 1VRTA 1ASWA 3HYFA 1QS4A 4J2DA 3HM9A 3C94A 3SUOA 4OPJA 3OVNA 3RMCA 3QEPA 2P5GA 4OGCA 1KRPA 1FKOA 2IGIA 1BI4B 4FW2A 4N41A 3QERA 5FRNA 1RBVA 3HT3A 3QEWA 4CEFA 3F73A 2ATQA 2ZD1A 3V6DA 3ZSZA 3V1RA 3SYZA 3SCXA 1QSSA 4I9QA 4J2AA 1LAWA 4G1QA 4N47A 4CHOA 3PX6A 1IH7A 4F2SA 3CFRA 4IKFA 1IKYA 5CZ2A 4JRPA 4KI6A 2X6SA 3U3GA 3SQ2A 3OYLA 4BDZA 4Z0UA 4CJUA 3V9WA 3ZT1A 1CZBA 3NH0A 3AVIA 1SKSA 1CXQA 4NYNA 4RG8A 3VQBA 1B9DA 4DTMA 3SQ0A 3H08A 3QEXA 1BHLA 4I7FA 4B9UA 3VA3A 2W42A 3DOLA 3E01A 4DMNA 3TI0A 4Z4IA 1EKEA 2ZQBA 2B6AA 4DFKA 4CHYA 3AO3A 2OPRA 5HRSA 4W5OA 4CGHA 1HYZA 5C24A 2YHBA 4CJVA 3TR8A 4KRFA 1G15A 2R7YA 3S3MA 2I5JA 2XY8A 4E7LA 2RN2A 2E4LA 3V9SA 2KQ2A 4Y1CA 4CJWA 3OY9A 4DSIA 1UOCA 4LD0A 2P1JA 3PUFA 4CFCA 2IOCA 4CF1A 3AA3A 3L2QA 2D0BA 3LANA 4LY7A 3P1GA 4ZTJA 5KGWA 4CIEA 4HUEA 3MXJA 1KTQA 3NFAA 4ZTFA 4FJ8A 2QKBA 2AJQA 3LPTA 3MECA 1WSGA 1T7PA 2PYLA 1HPZA 1JLBA 2YNIA 5FRMA 5DMRA 1DTTA 1RT2A 3OYFA 4O0IA 2HHSA 2OZMA 4HTUA 2WOMA 4RW9A 4CEQA 3M8QA 3HPOA 4KB0A 3VQ5A 4FJIA 4FLYA 3OYNA 4JS4A 4KHSA 4M41A 3CG7A 1X1PA 3KD5E 4L8RB 1DLOA 2WONA 4GW6A 1L3TA 3K5LA 1NJYA 3OYMA 4UQGA 4LH4A 1VSFA 5CYMA 4CGIA 2NUBA 4IFYA 5E41A 1N5YA 3AVLA 1Q9YA 4B3OA 1D8YA 1GOBA 2HNDA 2LSNA 4BWJA 4DSKA 3KIOA 3AA2A 3T19A 3CM6A 3OJSA 3QEVA 4FJJA 2HHTA 1RDDA 4CFAA 2XRIA 4H8KA 4CJFA 1X9WA 1NK6A 4FK0A 4IBNA 1WNSA 4ZHRA 1GOAA 3TABA 1BGXT 3MXIA 2VWKA 3F9KA 4HUGA 4FJXA 5HBMA 3ZSOA 3LZJA 4FCYA 1Z26A 1ASUA 4CF0A 3TAQA 3EY1A 4CJTA 1T8EA 3V81A 4CFBA 1BCMA 3A2FA 2D5RA 3ZSWA 2HHUA 3HVTA 3LWMA 4DLEA 4N56A 1T05A 1RT3A 1LW2A 3NF9A 4ELUA 3OS0A 4KI4A 4ID5A 4B9SA 5CYQA 3DRPA 2B5JA 4AHTA 1MU2A 1RT5A 1IKWA 2YHAA 1BIUA 3ZT4A 3LWLA 3RRHA 4N76A 3OYIA 1TKDA 4B9NA 4AH9A 1SL2A 4CFDA 3PY8A 1NOZA 2YKMA 4DQPA 1VSHA 5CZ1A 3CFPA 1RNHA 1TVRA 3P5JA 3MXMA 1QSYA 2FBTA 2JGUA 3VQPA 3OS1A 3T1AA 3RMAA 1VSIA 3ZSVA 3DI6A 2Z1IA 1JLAA 2IC3A 1RILA 5FDLA 4Y1DA 3M8SA 4DU1A 1RCHA 1RBUA 1NKEA 2BGGA 3T3FA 3KK1A 1A5XA 3P83D 2HNYA 1TV6A 1C1BA 1REVA 4LSNA 1S9EA 4F4KA 2G8KA 4CK1A 3I0SA 5J2PA 4DWIA 4LH5A 4DLGA 1Q9XA 4KB1A 1JXBA 4CJLA 5HRPA 3QNNA 1Z25A 4EP4A 1HNIA 4KTWA 3ZT0A 4DTNA 4DFJA 3VQAA 1KFSA 3O4QA 4PWDA 1IKXA 2Z1HA 1F21A 4RW7A 1NJZA 1W9HA 3DMJA 4E3SA 1DTQA 1KFDA 3JYTA 1TK8A 2JLEA 4B9MA 1Y97A 2QXFA 3S3OA 3KK3A 4B8CA 3KLEA 1QSLA 3AVHA 1KSPA 4DG1A 2D0CA 4DTRA 2XY5A 3M8PA 4W5NA 3ULDA 3PO5A 4CJPA 2HHXA 3OJUA 4W5QA 4OVLA 4OLBA 4GMJB 2OZSA 4E19A 4EZ6A 5J2QA 4KV8A 1SL0A 4M3YA 2YNHA 3AVBA 4H4MA 4ID1A 1S1XA 4IFVA 3TAMA 4AHRA 5KTQA 3V9ZA 3SPZA 1L3VA 4KFBA 4H4OA 4OGEA 3BGRA 4FJHA 3ZSRA 1S1VA 3AVAA 1LWFA 4AILC 3SV3A 1VRUA 3VQ9A 2A1SA 4DSJA 2Y1JA 1VSJA 1VSLA 1KLNA 3QIPA 1KVBA 1XHXA 4IG3A 3M8RA 3DYAA 4TSXA 2VWJA 2YNFA 1WSHA 4EP5A 2XO7A 4BE2A 1L5UA 4KHQA 3LAKA 3AO5A 5KRTA 2IAJA 4KHWA 3UIQA 3V4IA 1TAUA 1CXUA 4RW4A 1JXEA 5C42A 3VA0A 2BANA 2DFFA 2OA8A 3RR7A 1TL1A 4CK2A 4DSEA 1U47A 1TK0A 4KHUA 3DLHA 1LAVA 3C6TA 1YTUA 2HW3A 4Z4GA 4CIFA 1Q8IA 3G0ZA 3LPUA 4CESA 3OYHA 1YT3A 4Z4HA 1NJXA 1C6VA 1TKTA 3AO2A 4B9VA 5KI6A 2PYJA 3AVCA 3TWHA 3O3FA 4E7IA 3ZCMA 4M45A 1NK7A 4FVMA 3NH2A 2D0AA 4CEOA 3ITHA 4DTXA 2XY7A 1FK9A 3L3VA 4OJRA 1VSKA 3AVMA 4CGDA 4BE0A 1NK8A 4BDYA 4BE1A 1WSIA 1HQEA 2PY5A 4DS4A 4FJ5A 4NCBA 3PX4A 4FK4A 4F3OA 4CJSA 2EX3A 1HYVA 3VQDA 2G8HA 4E0DA 4C8MA 5C25A 1U49A 3LZIA 1TK5A 3DLRA 4Z4CA 4CHPA 1NK9A 3QLHA 4CECA 2E6LA 3LAMA 3LDSA 1A5WA 1YVUA 5FROA 1NKBA 4GVMA 3WNGA 2P5OA 4O44A 2YNGA 3S3NA 4ELVA 4CJ3A 4DU4A 2KZZA 4FJ9A 1BI4A 3NCIA 1RTDA 4PUOA 1R0AA 4DTJA 3TAFA 4Q0BA 4AHSA 4FK2A 1NKCA 4CEZA 1IKVA 3KLHA 3V9UA 2X74A 1U4BA 4I9LA 4E1NA 1EXQA 2RF2A 1CLQA 4XIUA 1JKHA 2ETJA 3PX0A 1LV5A 3WNHA 2VG7A 2FBYA 4F8RA 4DQRA 4PY5A 1RT6A 3ZSXA 1BQNA 2X6NA 4KHNA 4FW1A 3LP0A 4CJQA 2GUIA 1JL2A 2Y1IA 3LP3A 2EHGA 4OKKA 3DLEA 2VG5A 4DSLA 1L3SA 3K59A 3LP1A 4DTUA 1J54A 1RTHA 4O55A 1HMVA 4O0JA 3HSTB 1UA0A 2ITGA 3RMDA 3LALA 4FLWA 3TARA 4M3WA 3LP2A 2G8UA 5KRSA 2DFHA 1UA1A 1SV5A 1RBRA 3QINA 3ASMA 4JLHA 3K58A 4F2RA 3OYEA 2RPIA 1JLEA 3VN5A 3U6FA 1X9MA 3ISNC 3KLFA 2HHQA 1RTJA 2GV9A 4DQQA 3KD1E 3PV8A 4M3ZA 1LWCA 1TAQA 3HP6A 3MEGA 1U45A 4RW6A 4MFBA 4NYFA 3KLGA 3THVA 3NE6A 1JLQA 2OYQA 3KKSA 1RT7A 4CGJA 4DQIA 1C0UA 3OYGA 5JS2A 5HP1A 3KLIA 1S1TA 3L2WA 4BWMA 3NGYA 4FZXC 4KTQA 2BE2A 3HO1A 3D0PA 4DFMA 1RT1A 1WSFA 4CEEA 2XHBA 3V9XA 3AO4A 3CQ8A 2DFEA 2FC0A 4O5BA 1IG9A 3RR8A 1RDCA 3C95A 5JS1A 1NK0A 1UWBA 2E6MA 4R5PA 1XC9A 4N5SA 1TKZA 4MQ3A 1QQCA 1JLGA 3DLGA 3HPGA 3SQ1A 3L2RA 3HXMA 1ITGA 2F96A 3IS9A 4HUFA 1RTIA 3NF7A 3HVRA 4FLXA 4FJGA 4FYDA 3SI6A 1N6QA 4CGGA 1J5OA 2KFNA 1C1CA 2GBZA 4CF2A 1SL1A 4M42A 3OYAA 1BIZA 4FLTA 3OYKA 4CEBA 1IO2A 4B8AB 1S5JA 3HL8A 3IAYA 5HLFA 1X9SA 1VSMA 4W5TA 4E7KA 4RW8A 2O4GA 1B92A 4CE9A 3OYJA 1S6QA 2IDOA 3C6UA 4AHUA 2XY6A 2OPPA 3VQCA 3SUQA 4K8ZA 4HVJA 4M3TA 4FJLA 3KKRA 1BL3A 4DFPA 2HMIA 3AVKA 3KTQA 4FJ7A 5J2MA 4Z4EA 2FBXA 4NCGA 4CF8A 4CHNA 3CM5A 4M3UA 3G10A 1RDAA 4KTZA 4J2EA 5D3GA 2G8VA 2KZMA 2QK9A 1BCOA 1KCFA 3PO4A 2ZE2A 3AO1A 4CERA 2BDPA 4FZZA 1C0TA 1L3UA 3SUNA 1I39A 3AA5X 4FM2A 2HHVA 4E89A 3NBPA 1RBSA 2X78A 3QIOA 1LWEA 2HNZA 4IDKA 4KKOA 4CJEA 4YNQA 1NOYA 3L8BA 1KVAA 3B6PA 3O3HA 3CFOA 1NK4A 4B9LA 1J53A 3CYMA 1NJWA 1O1WA 4C8NA 1NK5A 4CHZA 2HHWA 4YFUA 4DSFA 3U3YA 3TANA 4HCBA 1JLCA 4J2BA 3K5MA 4DTOA 1EETA 3AVGA 3QETA 1ZBFA 1WAFA 1HYSA 1I3AA 3L2VA 3OYDA 3ZSYA 2G8WA 5KGXA 3KK2A 3SJJA 1S1WA 4CF9A 2HVIA 1EP4A 3ZSQA 2G8IA 4QCLA 5I42A 3VQEA 3NHGA 4DF8A 1LW0A 1WLJA 4AHVA 1XHZA 2DTUA 3KJVA 1KVCA 5J1EA 3VQ4A 3AV9A 4OPKA 3MAQA 1GOCA 1QE1A 4WE1A 5EU7A 1CZ9A 1HQUA 3TAPA 3HPHA 1RDBA 3VQ6A 3DOKA 1WAJA 4OKEA 3SUPA 2FBVA 4EZ9A 1VK0A 4KHYA 3DRRA 5HRNA 3NF8A 3HK2A 1RBTA 4ICLA 3OYBA 3DLBA 4FZYA 4DF4A 3DM2A 4HHTA 4Q5VA 1C0MA 4LSLA 3EYZA 3OS2A 3O4NA 1TKXA 4C8KA 1VSDA 2OPQA 3V1QA 4ELTA 4M3XA 2YV0X 3DRSA 5J2NA 4OLAA 1SUQA 4IG0A 4CGFA 4DTSA 1J9AA 1U04A 4PA1A 3S9HA 1QTMA 3MEDA 3VQ7A 2KFZA 4C8LA 3D45A 1D5AA 4NCAA 3IG1A 3WNEA 3EZ5A 3FFIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B9LA 3SQ4A 4I2PA 2F9TA 4B1ZA 2HMPA 1GLCG 4FWSA 4C23A 1S9GA 5M1OA 4E7JA 1Q82O 1B9FA 3OTOK 2IS3A 4LF6K 4BR4A 1HJOA 1RGIA 3MEEA 3SJHA 2A1RA 4WQ4C 3MN6A 4JKBA 2HVHA 5C2FA 1JL1A 3H6EA 1NGGA 1A5VA 2W6KA 1S6PA 2GUPA 5AZJB 3VOVA 3WT0A 4JRQA 1ZYQA 3L3UA 4X62K 2BTFA 3K57A 3A0IX 1P90A 4BDPA 3DXKB 4FM0A 3HJFA 1TUUA 3D2EB 4JD2A 1WSJA 4FJMA 2A3ZA 2QWLA 3VQ8A 3SNNA 1T6DA 2G8FA 4LF9K 1TL3A 3THWB 4WQ5C 4KPYA 3NH1A 3HP9A 1W7AA 1W97L 2HB5A 4GKKK 4H5RA 3AGRA 3HYFA 3HM9A 3SUOA 3OVNA 4OGCA 4FW2A 4N41A 5FRNA 1RBVA 3QEWA 3K9KA 4I6MB 2HF3A 4WF9L 5KPTA 1LAWA 1T6CA 2GEMA 4JKGA 3PX6A 1IKYA 1NGEA 5CZ2A 4JRPA 2QXLA 4KI6A 3U3GA 4BRCA 3V9WA 4RG8A 1VHXA 3VQBA 4DTMA 1B9DA 3ID8A 5IWAK 3FZKA 3E01A 1EKEA 5E84A 4DFKA 2OPRA 2O8CA 1XQSC 4KRFA 1G15A 4E7LA 2RN2A 1HKBA 3CERA 1JCEA 3LDQA 4CF1A 3P31A 3AA3A 4O8UA 2D0BA 5BRHA 2V52B 3P1GA 2FLOA 4CIEA 1KTQA 2OCEA 1WSGA 1G99A 1JLBA 4O0IA 4HWIA 5FLXO 4CEQA 1ATNA 4FLYA 2YCHA 3KD5E 3ENHA 1DLOA 3N4PA 1OH5A 1L3TA 3K5LA 3CXCM 1NJYA 4IFYA 4B3OA 1D8YA 2V51B 3T19A 4CZMA 1X3NA 2HHTA 4ISEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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