4CJ3A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj3A00
4CGHA 3ZT0A 3TANA 1HQEA 3AVKA 4KKOA 4CGGA 4I9LA 3K5MA 1BI4A 3L2RA 3HXMA 3TAQA 4PQUA 3OYFA 3V1RA 1HPZA 1T03A 4OJRA 4CEQA 2OYQA 3AVCA 1QSSA 4J2AA 4HHTA 4BE0A 4ELTA 4R5PA 2PZSA 1LWCA 4F2SA 4RW9A 3NGIA 2OZSA 2Q3SA 1NK5A 4DQRA 3TABA 4RW4A 4PWDA 3EZ5A 2YKNA 1XWLA 4E7HA 3RR7A 4KHQA 4O55A 3ZSZA 3MXJA 3RMDA 2RKIA 2KFZA 3OYNA 4LY7A 4GW6A 2O4GA 1D9DA 4I2QA 4CEOA 3OYCA 4HUFA 3DOKA 3NF6A 3LPTA 1KSPA 1XI1A 1T7PA 4E0DA 2Z1JA 1REVA 3K57A 4KHSA 5JS2A 1TVRA 1VRTA 3SZ2A 2B5JA 1S1TA 1KCFA 3V9UA 1Z25A 2G8HA 2OPPA 3KTQA 4KTQA 5J1EA 1B9DA 1C1BA 1ASUA 3L2WA 4F3TA 5C24A 4H4MA 4CJFA 4DTUA 3NDKA 1JL2A 3WNEA 3MECA 3T1AA 3OYHA 1QSYA 1WLJA 2IAJA 2YHAA 4E1MA 3VN5A 4HVJA 3RMAA 1RT7A 4RW8A 3BDPA 2PYLA 1JLGA 1C0MA 4FJKA 3ULDA 4LSLA 1QS4A 1RT6A 3VQCA 3VQBA 4BE2A 1VSDA 1EETA 1A5WA 3LAKA 4CJWA 1JLFA 1RDAA 4OGCA 3VQ8A 4W5OA 1WAFA 4C8LA 3CM5A 4DTJA 1TK8A 4CJPA 4ZTJA 1IKVA 1L3VA 1YT3A 4DSLA 3AO5A 3QETA 2LSNA 4PY5A 5CZ1A 4CHOA 2XY6A 4Z4GA 1B9FA 3DLRA 3E01A 2BANA 5SZTA 3PV8A 4FVMA 1C6VA 1Y97A 5HBMA 4L8RB 4B9SA 2HHQA 3M8QA 2E6LA 3OYEA 1WNSA 3OYMA 3OYLA 1LWFA 1J54A 1KFSA 4QOZB 3KLIA 1T05A 1RBVA 3I0SA 3AVMA 1SV5A 4MQ3A 4B3OA 1YTUA 4NYNA 4EZ9A 1WSFA 1RT5A 2D0BA 3OYBA 1BISA 3S3NA 1XHXA 1N6QA 2RF2A 3C6UA 4TSXA 1O1WA 1ZYQA 4KTWA 2X74A 4DFMA 3ZSYA 4DSIA 4KRFA 2YHBA 4CHYA 3NGYA 3ZSRA 1NK9A 4BWMA 2YNHA 4AILC 2O4IA 4DS5A 3SUOA 1WSGA 2Z1HA 1CZ9A 2DY4A 1JLEA 4Y1DA 4AHVA 4F2RA 4DTNA 3G0ZA 1HNVA 2Z1GA 3A2FA 4FLVA 3ZSOA 3T3FA 1XC9A 1L3TA 3M8PA 3DLEA 3ZT2A 2X6NA 3QLHA 1RT3A 2VWJA 2YNFA 3TAMA 3S3OA 2HHVA 3HPHA 4FLYA 1A5XA 2VWKA 1K6YA 5K14A 4M3RA 4M3TA 4FK0A 2YNGA 1YTAA 4JLHA 4LD0A 3VQ4A 1D9FA 4CF0A 4FZZA 1ZBHA 3VQ5A 1J9AA 1TAQA 5HLFA 1RTIA 1KVCA 3CFRA 1JLBA 1SKWA 4M3UA 4J2EA 1L3SA 1BQMA 2A1RA 4E7LA 3HPGA 1NKEA 4E89A 3QESA 5FRNA 4CJUA 3L2QA 1SL1A 3CFOA 1IG9A 1W0HA 4DU3A 2PY5A 4AHCA 1JLQA 3SI6A 3LWLA 2X78A 3U3GA 5KGWA 4CIEA 4N5SA 3SCXA 1U4BA 4BDPA 3KJVA 3IRXA 2DFEA 2YV0X 3O3GA 4GVMA 3PX6A 1N5YA 4FJ7A 4KB1A 2HHUA 3KK2A 1T8EA 4NYFA 3HP6A 3K58A 4CFDA 1ITGA 1ASVA 4CJRA 2XO7A 2IDOA 3HSTB 3RRGA 3AV9A 1S5JA 4IG0A 4O0IA 1ASWA 4Z4EA 1HRHA 3VQDA 3OYGA 5I3UA 1SKSA 4KV8A 3NF7A 3OYAA 4K8XA 4N76A 3VQAA 1S1WA 4KB0A 4FLUA 3V9XA 1QE1A 3ITHA 3KKSA 2P51A 5EU7A 4IKFA 3HL8A 4FM2A 4CF1A 1IKXA 2B4JA 3LANA 3KLEA 1LW0A 3HK2A 3RWUA 2HVHA 3F9KA 1RT2A 3QEXA 4BDZA 1BCMA 4RW6A 1BI4B 3K5OA 3CQ8A 4FJJA 3TAFA 3TARA 4FJNA 3HO1A 2HHSA 3ZSVA 1BCOA 4AHRA 4YNQA 3V9SA 1RCHA 3VQPA 3MAQA 1TK0A 4PUOA 1CLQA 3VQEA 4CJQA 3KK3A 5I42A 3JYTA 3U3YA 1TKZA 3SQ0A 1JXBA 2AJQA 1IKWA 1LAWA 1S6PA 4ID5A 4CHPA 4ZTFA 4DWIA 3DRPA 1NK6A 1RDBA 3QIPA 3LZJA 3AO1A 4OLAA 1I3AA 4FZXC 1WSEA 1BIUA 1UA1A 4KTZA 1DTQA 3VA0A 1TKTA 1NOZA 2D0CA 1W9HA 3SV4A 4ZHRA 1TGOA 4KHYA 3HT3A 4FK2A 4CJLA 4PA1A 4Z4CA 4Q5VA 4LH5A 4CIFA 3DRSA 3K59A 4DF4A 1KVBA 2QKKA 3ZSWA 4IDKA 4CGJA 4E7KA 4E7IA 4LSNA 4CIGA 3NBPA 2OPQA 3HVRA 3NHGA 3SUPA 4AH9A 2R7YA 3AO2A 3BGRA 4FXDA 1VSMA 3VQ9A 3L3UA 3MEEA 3WNHA 1CXUA 4M41A 4FJGA 3D0PA 4Z4HA 2KQ2A 3HP9A 3ZT4A 4ID1A 3ZSXA 4O4GA 1QSLA 2GV9A 5CY4A 1C0UA 3NH1A 1RDCA 1IO2A 1KLMA 1CZBA 3DM2A 3LWMA 3TAPA 1J5OA 3NAEA 3P83D 4I9QA 4HUEA 4JS4A 2FBVA 2BDPA 3V1QA 4CK1A 3KLHA 3IAYA 4DSKA 5HRRA 2OZMA 1GOCA 2F8TA 1RBUA 4RW7A 4AHTA 3MXIA 3QIOA 1FXXA 1UAXA 2DFHA 3NCIA 1D8YA 4M3ZA 4FYDA 1VSKA 2E6MA 1U45A 3PX0A 4BWJA 4E19A 3OY9A 1RBRA 1L3UA 4DLGA 5J2NA 1QTMA 4OPKA 5CYQA 3AVJA 4CJVA 4H4OA 4B8AB 4DTSA 3LP0A 2W42A 3B6OA 1BQNA 2ETJA 3K5NA 3SV3A 4M3XA 4MFBA 4K8ZA 2EX3A 4N41A 3ZSQA 4B9VA 4FCYA 1HNIA 3NH2A 2G8FA 3H08A 4W5TA 3HPOA 3G10A 2KW4A 3QO9A 3OS2A 2ZE2A 4CF2A 1B92A 2HB5A 2F8SA 4WE1A 1NJWA 2P5OA 1JXEA 4NCGA 3TAEA 1LW2A 3PO4A 2OPSA 4UQGA 4DTMA 3SUQA 1ZBLA 2OPRA 4IFVA 4OGEA 4KHUA 4E7JA 4DSFA 4FJMA 1HMVA 3AVAA 4BDYA 2Z1IA 4FM0A 1ZBUA 2IS3A 1SL2A 3SJJA 4FJ8A 4CEZA 1Q8IA 1SL0A 5FROA 3B6PA 3L3VA 1X9MA 1IKYA 5KTQA 2HNDA 4CJ3A 4DFJA 3AVFA 2IOCA 2XY8A 4OLBA 4CFBA 3QNNA 4B08A 1LWEA 4DF8A 3K5LA 3SUNA 4B9MA 2HW3A 3AVBA 3AVHA 3RMCA 2HHXA 3TI0A 1U04A 3AVNA 5J2PA 2HHTA 1JLCA 1RBSA 2RPIA 5JS1A 1GOAA 3NFAA 3AO3A 3P5JA 3ZT1A 1TL3A 1D5AA 4CEAA 1X9WA 4FLTA 4IFYA 4FZYA 5C25A 5HRNA 4FJ5A 3HJFA 3S9HA 1QQCA 3QINA 3TAGA 3SQ2A 4DU1A 2EHGA 4BACA 4KHWA 2YKMA 3O4NA 5E41A 4W5QA 1YVUA 3HM9A 4FM1A 4B8CA 5J2MA 3SPZA 4CFAA 3QEIA 1SUQA 3MEGA 4E3SA 4CJEA 3DLHA 2IC3A 3DI6A 3IS9A 3I8DA 3M8RA 4M3WA 1KTQA 1HYVA 4CECA 3SQ1A 2GBZA 3LAMA 4CERA 4CJSA 3LALA 1VSHA 3PX4A 2HMIA 4FK4A 2G8WA 1UA0A 4QAGA 3V9ZA 1TKDA 2KZZA 3DLGA 1WSIA 4CJ5A 4KHNA 1X9SA 3CG7A 1JLAA 3QEPA 1L5UA 2BGGA 2P5GA 2KTQA 4DFPA 1UOCA 2ITGA 1C1CA 1KFDA 1VSJA 4G1QA 1F21A 4EP4A 3JSMA 4O44A 4FJXA 5SWMA 2Y1IA 4I2PA 4ICLA 3RTVA 3O3HA 4DFKA 3SYZA 2HNYA 4OKEA 1WSJA 4E1NA 4DQSA 4Z4FA 4LH4A 3V9WA 1HQUA 3AA5X 3ALYA 3CYMA 3RR8A 4DLEA 3M8SA 4BE1A 1S1VA 1LAVA 1QHTA 3CM6A 4AHUA 3VA3A 4CEFA 4DTXA 4Q0BA 2I5JA 2FBYA 1VK0A 3VQ7A 3HYFA 5CYMA 3ISNC 3K2PA 1A5VA 1CXQA 4HCCA 3WNFA 4DSJA 1NJZA 1FK9A 3KK1A 3OS1A 3NGZA 4C8KA 1TKXA 1VSFA 1ZBFA 2FC0A 4JRPA 1RDDA 1S6QA 3L2UA 2VG7A 1S1XA 1Z26A 3VQQA 2BE2A 4RG8A 2D5RA 3O3FA 1BL3A 1U49A 1RILA 4HCBA 3TWHA 1FKOA 2VG6A 2XY5A 1NK4A 1NKCA 5DK5A 4H8KA 2YNIA 3RRHA 4DSEA 3RMBA 1LV5A 4GMJB 4J2BA 3DOLA 3MXMA 4M3YA 4IG3A 4CHNA 3OYKA 4HUGA 4KI6A 2ZD1A 4OPJA 3EYZA 2DTUA 1FKPA 2NUBA 2XRIA 4CGIA 3NE6A 4DTOA 1BIZA 1EX4A 1MU2A 4DS4A 3OYJA 2QK9A 3AA3A 1G15A 3KLFA 4DMNA 3QEVA 2FBTA 2XY7A 5KRSA 3V4IA 1RTHA 2ATQA 3FFIA 4Z4IA 4M42A 1VRUA 1Q9XA 1S9GA 2FBXA 3ZT3A 4KFBA 1RBTA 1HYZA 3I0RA 3V1OA 4CE9A 4CK3A 4FLZA 1ZBIA 3P1GA 2E4LA 1TAUA 1U47A 2G8IA 4CJ4A 3EY1A 1UWBA 3KKRA 3KD1E 1JKHA 4FJ9A 4FJLA 2Y1JA 3C6TA 4FJIA 2VG5A 4DTPA 4I7FA 4CJKA 3LDSA 4B9LA 2A1SA 4Z0UA 1BGXT 3AO4A 4FLWA 4CEEA 3O4QA 5FDLA 4CK2A 3V81A 1RNHA 3THVA 4Y1CA 3DLBA 2HVIA 1JL1A 4FLXA 2G8KA 1RTJA 4IBNA 5KGXA 1NK7A 3DMJA 4DQIA 5D3GA 1DLOA 2WOMA 5HROA 1DTTA 3QEWA 4KI4A 4OKKA 3D45A 3PO5A 1EXQA 2RN2A 4OVLA 2WONA 2KFNA 3ZCMA 2G8VA 2HHWA 1VSIA 3IG1A 4C8OA 3KIOA 1KLNA 4XIUA 2IGIA 4N47A 4NCBA 4AHSA 3QERA 3ASMA 3VQ6A 5HRSA 1NJYA 4CFCA 5KRTA 3KD5E 4CF9A 3SQ4A 3T19A 1R0AA 3OVNA 2JLEA 3HVTA 1RTDA 3NH0A 4OKJA 3L2VA 4JRQA 1C0TA 1WSHA 1X1PA 2JGUA 1VSLA 4CGDA 3SPYA 4C8MA 5FRMA 1NK8A 1S9EA 2P1JA 5DMRA 1KRPA 4FW1A 5KI6A 4CESA 1SKRA 1IH7A 3MEDA 4CEBA 3OYIA 5HRPA 3S3MA 4KAZA 1U48A 4KPYA 3LPUA 1NK0A 4CF8A 3F73A 1I39A 3L8BA 2D0AA 3DRRA 3KLGA 2KZMA 3OJUA 1GOBA 4CEDA 4N56A 4DQPA 3NF8A 1RT1A 4ELUA 4CGFA 4W5RA 3AVIA 4F3OA 1BHLA 4EP5A 4KREA 4B9TA 4FW2A 4YFUA 3QNOA 4F4KA 3AVLA 5C42A 1TK5A 2B6AA 3PY8A 4DU4A 4CCHA 1TL1A 1NOYA 4O0JA 3AVGA 4QCLA 1RT4A 4FJHA 1HJRA 1TV6A 3C94A 2OA8A 1KVAA 2HNZA 4M45A 3OS0A 3TR8A 1J53A 4O5BA 4CHZA 2X6SA 2G8UA 3PUFA 4NCAA 1WAJA 4JS5A 4CJTA 1S1UA 4DG1A 3DLKA 4KO0A 1XHZA 1Q9YA 5HP1A 4F8RA 3AA4A 2XHBA 3AA2A 3U6FA 4HTUA 1C1AA 3CFPA 4B9UA 3C95A 3SNNA 5T7BA 4B9NA 4W5NA 4DTRA 2QKBA 3LZIA 4J2DA 3LP2A 3NF9A 2GUIA 3LP1A 4CHQA 3UIQA 5CZ2A 3DYAA 4C8NA 4ELVA 2QXFA 3OJSA 2DFFA 5J2QA 1HYSA 3WNGA 2F96A 2PYJA 1NKBA 1WN7A 1EKEA 3LP3A 2ZQBA 1NJXA 1VSEA 4DQQA 3V6DA 3OYDA 1EP4A 4EZ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ID8A 3AVKA 3A5LC 3H45C 4I9LA 3ENBA 3OYFA 4CZFA 4JI7K 3A5NC 1QSSA 4J2AA 4ISFA 3CCJN 4F2SA 4DHYA 2Q3SA 2FF3B 3QFPA 3TABA 4E7HA 3RR7A 1FJGK 4O55A 3R1XA 3ZSZA 3WQTA 3OYNA 2O4GA 3VTHA 3OYCA 2E2NA 3LPTA 5BREA 1T7PA 3K57A 4KHSA 4A5AA 3SZ2A 1N33K 3V9UA 2CH5A 3ZEUA 5J1EA 4F3TA 3FZMA 1T3VA 4CJFA 2FF6A 3WNEA 3MECA 3BF1A 1NJIO 3LL3A 5M1QA 2ZGZA 4HVJA 2QWLA 4X64K 4RW8A 2Q2RA 4FJKA 1U6ZA 3J8AA 3U9DA 3VQCA 4BE2A 1VSDA 1A5WA 4OGCA 3VQ8A 3CM5A 4DTJA 3GG4A 4YDUA 1L3VA 2LSNA 1DKGD 5CZ1A 4CHOA 3T69A 1BO5O 1Y97A 2HHQA 3OYEA 3OYLA 1Q82O 1J54A 4QOZB 4B9QA 4AM6A 3CJAA 2Q0RA 3AVMA 1SV5A 4EZ9A 2I7NA 1WSFA 2D0BA 2UU9K 3U4LA 3M5RA 2RF2A 3GOIA 2NRRA 3KWIA 4FWOA 4KTWA 1ZYQA 1VQ5N 3VERA 4WYBA 1WSGA 4FWSA 3O9RA 5LJWA 4DTNA 2FLOA 2HSTA 1XC9A 3ZT2A 4U7BA 1MWMA 2YNFA 3LDLA 3TAMA 3S3OA 3HPHA 1A5XA 4DR1K 5LL6Z 4LD0A 4CF0A 5HLFA 4EHTA 1M90O 1KVCA 2UXCK 1SKWA 4M3UA 2A1RA 4E7LA 3MCAB 1IG9A 4FO0A 3O80A 4DU3A 1QVFM 2OCEA 2X78A 4N5SA 4GKKK 2DFEA 3PX6A 4NLCA 4KB1A 3KK2A 4NYFA 3K9KA 4CFDA 3RRGA 3AV9A 4WF9L 4K8XA 3WXKA 3ITHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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