4CJ3A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj3A00
2W42A 3PX0A 4CJTA 1I39A 3WNGA 1CLQA 3MEGA 2G8WA 2XHBA 4HVJA 4W5OA 3OJUA 3I8DA 3EZ5A 4DSKA 1W0HA 5CY4A 2HHUA 2HHWA 3NH0A 1A5VA 2GUIA 4ID1A 4Q0BA 2EHGA 1TAQA 3V1QA 1SL1A 4CHZA 4DTJA 4FLZA 1BISA 4KHSA 1RBUA 2HHVA 1RDBA 4OLAA 3LPTA 5DMRA 3RMAA 4C8OA 4CEAA 3L2VA 3RR7A 1DTTA 2OPQA 3ALYA 4CHPA 4L8RB 4KHQA 3S3NA 1IKWA 4E0DA 1LAWA 4B9SA 3NF6A 3KK1A 2KTQA 4M3RA 1K6YA 1HNVA 2QXFA 2Y1IA 3QLHA 2OPSA 3LAMA 4KHYA 3ZSWA 1J9AA 4ZHRA 1C6VA 3D45A 4KRFA 1NK7A 4F2RA 2DTUA 1N5YA 4KV8A 4FLWA 3ZSXA 1VSLA 1G15A 4CJ4A 3OJSA 4H4OA 2FC0A 1IKXA 3U6FA 1R0AA 3HXMA 1SL0A 1C0UA 2HNZA 3O4NA 1NJYA 1DLOA 4ELUA 4M3WA 2ETJA 4DU4A 4FM2A 2ZD1A 1TKTA 2YKMA 4KHWA 3VN5A 2XY5A 2KQ2A 1TV6A 3O4QA 3DRSA 4Z4IA 4FJ7A 1Q8IA 3DMJA 2GV9A 1L3VA 4DSLA 2I5JA 4W5TA 1BCMA 3SUNA 1S1TA 2Z1JA 4I9LA 3SPZA 1SKSA 3HYFA 3SNNA 3QEWA 1S6QA 5C24A 4N5SA 4CJPA 3U3YA 1JL1A 3WNHA 3SI6A 4CGFA 3P5JA 3L3VA 3SUOA 2IAJA 4FLTA 3A2FA 4DFJA 3M8RA 3VQBA 3AO4A 3AO2A 1B92A 1XWLA 1QSLA 3QEVA 1S1XA 4FYDA 1D5AA 4B9LA 3HP6A 3AA4A 5J2PA 1RT6A 5HP1A 4FJLA 4FK0A 1WSIA 3DM2A 4MQ3A 1J53A 4BE1A 4HTUA 1VSHA 1F21A 3HJFA 4M3YA 3AVHA 2ZE2A 3HPGA 3DOLA 1UA0A 1KLNA 4F4KA 2YKNA 3HO1A 4CIGA 3PX4A 4ZTJA 4FZXC 2XO7A 1FKOA 3VQ9A 1TKXA 3OS1A 1WSEA 3V1OA 4NCGA 4CEDA 4TSXA 2OYQA 1TAUA 4DTOA 3QEXA 3HK2A 3ZSVA 1D9FA 3DLRA 2VWKA 3NDKA 4CJWA 4EZ6A 2X74A 1KFSA 1KVCA 2OPPA 2A1RA 1S1UA 3BDPA 4PUOA 4FZYA 1CXQA 1VSEA 1LV5A 3PUFA 4KHUA 3LZIA 1IO2A 1TL1A 4CGIA 4CF9A 3SQ4A 2P51A 3P1GA 5KI6A 1ASUA 4CFCA 1C1CA 4KTZA 4XIUA 3DLEA 4CJLA 4OPKA 3VQ4A 3SQ0A 1LWCA 2B6AA 3OYLA 2E4LA 4Z4FA 3CFOA 3CG7A 4CEQA 1RTHA 2A1SA 2OPRA 4CHOA 1KVAA 2O4GA 3EYZA 5D3GA 3LAKA 1RT2A 2YHAA 5FROA 4CJRA 5HRSA 4DU3A 3DLHA 4QCLA 1KRPA 5C25A 1HJRA 3AA2A 4DF8A 2PY5A 1BIUA 5KTQA 3G0ZA 1HNIA 4C8MA 3F9KA 3L8BA 3UIQA 1U48A 3NFAA 1KTQA 4DF4A 1SL2A 3V9ZA 1A5WA 4YFUA 3RTVA 4JRPA 3PO4A 4GVMA 4O4GA 5J2QA 1QTMA 5KGXA 2IDOA 4B9NA 1D9DA 1EP4A 4B3OA 2DFHA 4CF1A 3DI6A 1S5JA 2KZZA 4KI4A 3AA3A 2HMIA 3O3GA 1TL3A 1KVBA 5HROA 4BWJA 4CK1A 1VRUA 3T19A 4BACA 1BIZA 3SZ2A 1CXUA 1RT7A 2E6MA 1S9GA 2YV0X 1BCOA 3ZSRA 3DLKA 4OGCA 3HM9A 3PO5A 2R7YA 5C42A 4C8LA 4CHNA 4CECA 1LAVA 1JLAA 1VRTA 3NE6A 3DLBA 3OYIA 3QIOA 4M3TA 4DQQA 3SV4A 3ZSYA 3ZT1A 2B4JA 4HUGA 3S3OA 1TGOA 2WOMA 3HVTA 2BE2A 2FBYA 4CIEA 4DSEA 4FJ5A 4M3XA 2HNDA 4CHYA 1NK8A 3AVLA 2ATQA 3KLHA 2DFEA 4I2QA 4LY7A 3SCXA 4B08A 1TKZA 3LALA 3D0PA 3TARA 5J2NA 4FJKA 3MXJA 3DOKA 3VQ5A 4JRQA 3RMCA 5CYMA 3OS2A 2P1JA 3SQ1A 4DTRA 1VSDA 4Y1CA 4CEZA 4I2PA 1KCFA 4O44A 4QOZB 3CYMA 4N47A 4FJIA 1XI1A 3O3FA 1XHZA 4CJUA 3V81A 2EX3A 4O5BA 3LP3A 1BQMA 4CF8A 4CJKA 3AVJA 1TK8A 2VWJA 1YVUA 1HQUA 3QO9A 3V1RA 1SKWA 2Q3SA 1WSHA 1RT1A 1QS4A 2D0CA 4CGDA 4Z4HA 3RWUA 2XRIA 1IH7A 4CESA 1S1WA 3PV8A 4CJSA 1X9SA 4AHUA 3KJVA 1WNSA 3JSMA 4RW9A 3AVMA 1WSFA 1WN7A 2HNYA 4O0JA 4WE1A 3OYNA 1SKRA 1IKYA 1WAFA 4W5QA 2QK9A 4E89A 1VK0A 2YNFA 4CE9A 1JXEA 4B9TA 4PQUA 1UOCA 3LPUA 3VQEA 3M8QA 4MFBA 1X1PA 1J5OA 4K8XA 3NGYA 3ZT4A 3VQQA 3RR8A 3MECA 3QEPA 1C0MA 4AILC 3AVAA 3L2WA 3S9HA 3G10A 3OVNA 3LDSA 1BHLA 4DTMA 3K57A 4CGGA 3SUQA 3SV3A 3WNFA 3OY9A 3OYBA 1RTDA 4IDKA 1NOYA 3V4IA 4FLXA 1C0TA 4OKJA 1UA1A 5JS2A 2JLEA 2LSNA 1HRHA 3VA3A 5DK5A 3KK2A 4B9VA 3KD1E 4KPYA 2F8SA 3WNEA 3LP2A 4KREA 4CFAA 2OZSA 4NCBA 4E7KA 3FFIA 1RDDA 4R5PA 5HRRA 4BE0A 4DQRA 3TAPA 1RT4A 1ZYQA 1U49A 4AHCA 1JLGA 4EZ9A 2HVHA 4NYFA 4CIFA 4FXDA 1Z25A 3F73A 5CZ1A 4DTNA 1WLJA 1VSMA 4N56A 3SYZA 1DTQA 4B9UA 4M42A 1VSIA 1TK0A 1TK5A 3S3MA 4B8AB 4CF2A 4KI6A 3AVKA 3LWMA 3T3FA 4AH9A 3EY1A 2AJQA 2VG6A 4O55A 3TR8A 4UQGA 3V6DA 5FRNA 4DFMA 1CZBA 4E7LA 4EP4A 4O0IA 1BQNA 3NH2A 3ASMA 3BGRA 2X6NA 3HPHA 1VSJA 3KLIA 1HQEA 3AVNA 5HRPA 3L2RA 1GOAA 4M45A 3TAQA 1YT3A 1U45A 1T03A 1NK6A 1LWEA 1T7PA 1HYZA 3C6TA 1HPZA 4FJXA 1MU2A 1EX4A 1RT3A 3SJJA 4BDZA 4CERA 4Z4EA 4DLGA 4FJ9A 3KD5E 3OS0A 3AV9A 1TKDA 3ZT3A 2G8IA 4I9QA 4KTWA 3VQ7A 5FRMA 1WAJA 3NGZA 4JLHA 4PWDA 2HB5A 3SQ2A 4HCCA 1QQCA 1WSGA 4C8KA 4K8ZA 3QETA 1KLMA 2G8HA 4J2EA 3OYMA 4N41A 4CF0A 4J2DA 4KHNA 4DU1A 3C6UA 3ZSQA 3CFRA 3L2UA 3K59A 4DTSA 2VG5A 1GOBA 3HSTB 1Q9XA 3OYFA 2HHXA 1NOZA 3QINA 4AHVA 3ZCMA 2F8TA 2YNHA 1CZ9A 4CFBA 5HRNA 4DTPA 1ITGA 3HPOA 3KLGA 1X9MA 4IKFA 3QNNA 3B6OA 1NJWA 2HHTA 1JLFA 3QIPA 4KKOA 4DMNA 1ZBHA 1NK5A 4DSIA 4BWMA 3NH1A 4FJGA 4DLEA 4FJMA 3IRXA 4OKKA 4Q5VA 4ID5A 4H8KA 2ZQBA 5CZ2A 4DFKA 1JLBA 2IS3A 4GMJB 4ICLA 4B8CA 3NAEA 3QERA 3TANA 4F3OA 3MEEA 3SUPA 4PA1A 2NUBA 3TAGA 2KZMA 1XHXA 3HP9A 3M8PA 3AO3A 2KW4A 2YHBA 3KKRA 4FCYA 4NCAA 1RBTA 3IS9A 1IG9A 3VA0A 1L3UA 3OYCA 2FBTA 4DG1A 2G8VA 1JLCA 3OYAA 1B9FA 4KFBA 3QESA 2O4IA 5T7BA 5E41A 3THVA 4CJQA 1NJXA 2OZMA 4M41A 1N6QA 1S9EA 1RNHA 3DRPA 1QSYA 4E19A 3P83D 3M8SA 3TABA 4QAGA 4OGEA 3DLGA 4RW7A 3K5OA 1KSPA 1EXQA 3TAEA 5KGWA 4CHQA 2X6SA 3DRRA 4IG0A 4E7HA 4J2AA 3RRHA 3LZJA 2PYJA 2BANA 1JLQA 2F96A 2D0BA 3ITHA 4OVLA 3ZT0A 4IFVA 1J54A 5FDLA 5J1EA 3V9UA 3AA5X 1HMVA 2DFFA 3KLEA 4Z4GA 2HHSA 1UAXA 3ZT2A 4I7FA 3CM5A 2Z1HA 4FLUA 2RPIA 1QHTA 4F2SA 1TVRA 2BDPA 3NHGA 4NYNA 4FJJA 1SUQA 2E6LA 1RDAA 1FXXA 4C8NA 4FJNA 1NK4A 1ZBLA 4KTQA 1U04A 4CGJA 4ZTFA 1NK0A 1QSSA 3MXMA 4DQPA 1D8YA 4YNQA 3HVRA 4IBNA 2ITGA 4ELTA 4DWIA 4DFPA 2XY8A 4W5RA 3PX6A 3RMDA 1BGXT 1BL3A 4IG3A 2FBVA 3OYGA 3K5LA 3K58A 4HUFA 3V9WA 4E7IA 1SV5A 3OYEA 4DS4A 2OA8A 2PZSA 4KB0A 4FLYA 1ZBIA 4RW8A 1T8EA 1W9HA 1HYVA 2Z1IA 3MXIA 4DS5A 1Z26A 1IKVA 4CJ5A 1VSKA 3KKSA 1RBSA 4JS5A 2KFZA 3KK3A 1REVA 4FK2A 5K14A 1FK9A 1UWBA 5EU7A 3VQPA 4KAZA 4CCHA 1EKEA 3HT3A 4OKEA 2RKIA 1RDCA 1Q9YA 4EP5A 2FBXA 3NF7A 3VQDA 4OPJA 1L3SA 1L3TA 4DQIA 1RBRA 4G1QA 2IGIA 3RMBA 1B9DA 3C94A 4M3ZA 4GW6A 4F3TA 3LP1A 3VQCA 2IC3A 3OYHA 2X78A 3TWHA 3AVFA 1U47A 1X9WA 5HBMA 1LW2A 3VQ8A 3ZSZA 1JXBA 4CEOA 5I42A 3KTQA 3VQ6A 4F8RA 3MAQA 4J2BA 4FVMA 4RG8A 2HHQA 2JGUA 3H08A 4FW2A 5J2MA 5I3UA 3TI0A 2PYLA 2D5RA 4Z4CA 1S1VA 1ASVA 4CEBA 4CJEA 4E7JA 4H4MA 3NGIA 1XC9A 3NBPA 1U4BA 4OLBA 4E3SA 1RILA 1HYSA 3QNOA 3DYAA 5KRTA 4LD0A 4RW4A 1ASWA 4IFYA 3T1AA 1RT5A 5KRSA 2DY4A 2RN2A 3AVIA 2G8KA 1NKCA 4CK3A 4FZZA 1RBVA 3IG1A 2QKBA 4OJRA 4CJVA 4DTXA 3K2PA 4B9MA 2D0AA 3CM6A 4PY5A 1JKHA 1RCHA 3RRGA 4E1NA 1RTIA 3ULDA 1C1BA 4LH5A 3LP0A 3NCIA 1NKBA 3I0SA 1YTUA 2GBZA 4CEEA 3K5NA 3HL8A 3V9SA 3QEIA 3SPYA 1KFDA 4Z0UA 3TAMA 3K5MA 1NJZA 5JS1A 3LANA 4DTUA 4CFDA 1YTAA 4FW1A 2YNGA 5SZTA 3LWLA 3B6PA 4CGHA 2HW3A 4BDPA 4FM1A 4DQSA 1Y97A 1FKPA 1ZBFA 1QE1A 3KIOA 1NKEA 4W5NA 4DSFA 2RF2A 2G8FA 1WSJA 4CK2A 3OYKA 2G8UA 3CFPA 4AHSA 2P5GA 4FK4A 3NF9A 3MEDA 4HHTA 1JLEA 3TAFA 4BE2A 1T05A 3U3GA 4CEFA 4BDYA 2WONA 4CJ3A 1NK9A 3O3HA 2Z1GA 1L5UA 3C95A 1A5XA 1GOCA 3OYJA 3AVCA 3JYTA 3VQAA 3ISNC 2P5OA 4LH4A 3AVGA 2QKKA 3IAYA 1JL2A 1BI4A 3ZSOA 2YNIA 4M3UA 4AHTA 1LW0A 3AO1A 4FJ8A 3L2QA 4JS4A 2IOCA 1BI4B 5HLFA 4KB1A 2HVIA 4FLVA 3I0RA 4LSNA 4RW6A 5CYQA 3CQ8A 3AVBA 3L3UA 2XY7A 4ELVA 3E01A 3V9XA 3PY8A 4FJHA 3KLFA 4HUEA 1EETA 4Y1DA 4N76A 3NF8A 2BGGA 4DSJA 1S6PA 1C1AA 2KFNA 1VSFA 1ZBUA 3OYDA 4CJFA 2XY6A 4KO0A 2Y1JA 3AO5A 1LWFA 1O1WA 4AHRA 4E1MA 5SWMA 1RTJA 2B5JA 4FM0A 1I3AA 4HCBA 2VG7A 4LSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O8UA 3PX0A 2G8WA 3IDHA 4HVJA 4W5OA 3OJUA 3EZ5A 1VQ8N 1W0HA 2HHWA 2HHUA 1EWQA 3NH0A 2GUIA 5AQOA 2EHGA 1TAQA 2HHVA 3ZYYX 4CEAA 3TTFA 3RR7A 2OPQA 3ALYA 1IKWA 2VGMA 4C1NK 1Y64A 4CZMA 4JKGA 3ULEA 2QXFA 3R1XA 5GAGP 4BRMA 3SK3A 4DR2K 3T1YK 1NGHA 3QLHA 5M1PA 1J9AA 5C15A 4KRFA 1C6VA 3D45A 4WQ5A 3MCAB 1NK7A 1S3XA 3U6FA 1VSLA 4CJ4A 3OJSA 4H4OA 2FC0A 4H0XB 3VERA 4KHPK 1SL0A 1C0UA 3DXMA 3O4NA 4B1UB 2O8EA 2ZD1A 1TKTA 2YKMA 1BWFO 1TV6A 4Z94A 3FE1A 4FJ7A 4CI6A 2Q36A 2YX6A 1S1TA 4I9LA 3L6QA 1SKSA 5AQYA 3ZEUB 1XNRK 3EE9A 4BC2A 3U3YA 4A5BA 3L3VA 1QQOA 1TYQA 5GIPA 3QEVA 4B9LA 1N8RO 1RT6A 2P9IB 3EKUA 4BE1A 3VEVA 2FLOA 4YOYA 3DOLA 5AZIA 3MX2A 4GKKK 3OS1A 3FFKB 4NCGA 3CJCA 2OYQA 3QEXA 3ZSVA 1D9FA 5KPTA 1HKGA 2I7NA 3J81O 1KVCA 2A1RA 4PUOA 4ISGA 1CXQA 1VSEA 3PUFA 3LZIA 2WBNA 2VQEK 2P51A 3P1GA 4XH1A 3S41A 3THYA 4KTZA 2NNWA 4FWQA 3PSFA 5D3GA 1V4SA 2O4GA 4YY3K 1GLAG 3WT0A 4QCLA 3JXUA 3UKUA 2W40A 4H0TB 4DF8A 2E5LK 1BIUA 1JCEA 3G0ZA 5AQPA 5AQJA 3D2FA 3CHWA 3J7ZO 1BU6O 3NFAA 1U48A 1KTQA 4DF4A 2QWQA 4JAXA 3V9ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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