4CJ3A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj3A00
1RTDA 1Z25A 1JL1A 2Z1HA 1VSDA 4CFCA 3T19A 4CEOA 4N41A 1ZBLA 4FM1A 1TK8A 1BISA 3QERA 4Z4GA 3RRHA 4E19A 4I7FA 2XO7A 4DQPA 3QLHA 3PX0A 2KZZA 5HLFA 2O4IA 2XY8A 3KLFA 4ZTJA 3RR8A 3HP6A 4UQGA 3LANA 3MXIA 3AO2A 4KHSA 3SPYA 4MQ3A 2VG5A 4CEQA 4CHQA 1RCHA 4FLUA 4DF8A 3PV8A 2XY7A 1BHLA 3KD1E 3AA3A 3LP0A 4ICLA 4DFJA 1JXEA 3NF9A 1LWFA 4FJMA 1TV6A 1L3UA 1QSLA 1NJXA 2HHXA 1JKHA 4B9TA 2G8IA 3V9XA 1D8YA 3HJFA 2X74A 3HK2A 2P5GA 4DFKA 2KZMA 3MXMA 3I0RA 1U04A 4CF2A 2Z1JA 4CJSA 1B9FA 1CXQA 1RT1A 1SUQA 1UWBA 2FBVA 1BQNA 2ZD1A 3LAKA 3NH0A 1TVRA 4BE2A 1L3TA 4ZHRA 1EX4A 3L2WA 3ZT3A 4B9NA 3B6PA 2OPQA 4FLXA 3SCXA 3C6UA 4Z4EA 2D0BA 1A5XA 1U49A 4W5TA 3SV4A 4DG1A 3CFRA 3HVRA 2BGGA 2DTUA 4DSJA 3OYBA 4M41A 4YFUA 2VWJA 2P5OA 3OYIA 3DLKA 3SQ4A 1U45A 1BIUA 4CK1A 4W5QA 4OLBA 3S3OA 5HRNA 3L3VA 3SYZA 4Z4CA 3DI6A 4FW2A 3PX6A 1CXUA 5K14A 4I2PA 3I8DA 1J53A 4CJRA 1S9EA 1VSKA 5T7BA 4DSEA 2G8KA 1QQCA 3A2FA 4KTZA 4Y1CA 2Z1GA 1C1BA 2P51A 1RT2A 1VSFA 4CHPA 4OKKA 1VSJA 3VQDA 1TK5A 1SKWA 3TAPA 4AHRA 3BDPA 4F3OA 3PO5A 2XY6A 4M45A 5JS1A 4FLZA 3MXJA 1X1PA 1WSHA 4HUGA 4FCYA 1L3VA 2HVIA 3KJVA 3KIOA 1SL1A 3OYFA 5HROA 5C42A 4W5NA 3OYLA 3MECA 1J5OA 3S3MA 5J1EA 3SQ1A 4EP4A 4DLEA 3I0SA 4CEEA 1LV5A 1FKOA 1TKXA 4CGHA 1G15A 3JYTA 4TSXA 1J9AA 2IC3A 2KW4A 4F2SA 3LPUA 4KHWA 3KK3A 1NKEA 4CGJA 1X9MA 1RBUA 4EZ9A 2I5JA 4CHZA 3ULDA 1XC9A 3ZSXA 2W42A 4F3TA 3QNNA 3DLHA 1NOZA 4C8OA 4IDKA 3QIOA 3BGRA 4J2AA 4DFPA 1XWLA 3DMJA 4WE1A 2BANA 3DM2A 2ATQA 3MEEA 2ZE2A 1JLGA 3QO9A 4CIGA 5HRSA 3K5NA 4FJ8A 3VQPA 1NK7A 3DLBA 4FZZA 1VSEA 2HHSA 2AJQA 1KTQA 1LAVA 1WAFA 1GOBA 4KB0A 2IDOA 4LD0A 4FJJA 4FK0A 2XRIA 5I42A 1RDBA 1U4BA 1LWCA 5SWMA 2PZSA 1C6VA 4AHTA 1RDAA 2IAJA 2YNFA 3SUNA 4CEAA 3AO1A 5CY4A 3HSTB 1L3SA 3K57A 3LWLA 3F73A 1S1UA 2E6MA 3FFIA 4N5SA 4C8LA 4ELUA 4EZ6A 2D0CA 3WNHA 3WNGA 3VQAA 3O4QA 2G8FA 3V9WA 1JXBA 4QAGA 3U6FA 4B9MA 4FVMA 2EX3A 3VQ6A 3PY8A 1NKCA 2G8VA 4N56A 3AA5X 4ID5A 4CCHA 1I3AA 1WLJA 3NAEA 4FJXA 1K6YA 1RNHA 3TAQA 4N76A 1S1WA 4FJ9A 3HM9A 1C0MA 2G8HA 1WN7A 2EHGA 2ZQBA 3SQ0A 4CFBA 4DTRA 5E41A 1IKYA 2ETJA 3OYEA 4DU1A 3NCIA 2GUIA 1NOYA 4NYFA 3QETA 1JL2A 4DWIA 3V9SA 1SL2A 1CLQA 4I2QA 3EYZA 3SUQA 4KREA 5KGXA 5CYQA 4DSLA 2ITGA 1KRPA 4J2DA 4RW9A 1NK9A 4OGEA 4JS5A 2XY5A 1XI1A 3ZT0A 2Y1JA 1U47A 1I39A 4CJ5A 5DK5A 3RTVA 5J2QA 2OZSA 4BE0A 4M3YA 4FK2A 1HYVA 3AVFA 3NGYA 4E1NA 1O1WA 3M8PA 1EETA 1KVCA 2PYJA 3K2PA 3VQQA 4CHOA 1JLFA 4E1MA 3HYFA 2Z1IA 3L2QA 1C1AA 1RILA 4CF1A 3RRGA 3NBPA 3AVHA 3RMDA 4F8RA 1DTTA 4AH9A 3PO4A 1SKRA 4DTOA 3AVMA 3KK2A 3CG7A 3F9KA 3HP9A 4GVMA 1S1TA 4JS4A 4RG8A 4RW4A 4CF9A 3AO3A 1VSIA 3V9UA 1S6QA 1YTAA 1T7PA 1RT3A 3VQ8A 4Y1DA 3LZJA 4CGGA 3AO4A 2QK9A 4XIUA 4DF4A 3DLEA 4DSIA 2HHTA 2RKIA 4CK2A 4J2BA 1JLEA 4FXDA 4KRFA 2QKBA 4HUFA 3VQ7A 1HNVA 2YNIA 4CHNA 4FJ5A 2HNDA 4I9LA 4O0JA 4RW8A 4B08A 3L2RA 4FJGA 2P1JA 3M8QA 1S6PA 1ZBHA 2HNYA 4KO0A 2OPPA 3TWHA 2KTQA 1UA1A 3ZSRA 2F96A 5FRMA 3HL8A 4DTUA 1NJZA 1UAXA 1HRHA 3CQ8A 3V1QA 4AILC 4B9LA 5I3UA 2VWKA 1KFSA 1WSFA 3D0PA 1W9HA 1ITGA 4OVLA 4E7HA 3NF7A 1LW2A 4KHNA 4DTMA 4O4GA 3VQ4A 4B8AB 4AHSA 1ZBUA 1SL0A 4B9SA 1REVA 3T1AA 4Z4FA 4PQUA 2DFHA 3LAMA 1DLOA 1RDCA 2HHWA 3T3FA 4IFVA 4B8CA 3AVAA 2HVHA 1F21A 4QCLA 5CYMA 4NCBA 1JLBA 4FLYA 4PUOA 3K5MA 1YT3A 1RT7A 3OYNA 3AVBA 3QEPA 4FJIA 1KLNA 4C8NA 1HYZA 2YHBA 2IGIA 4IG0A 1KLMA 2GBZA 1JLAA 2A1SA 3L2UA 3QEIA 3OJUA 4K8XA 3U3GA 3IS9A 3ZCMA 1L5UA 4FZXC 4CJPA 3IAYA 4GMJB 4CJUA 3QEVA 3NE6A 2VG6A 3LDSA 1KCFA 4J2EA 3DLRA 4CFAA 2QXFA 1S5JA 3C94A 4Q5VA 3AVLA 5J2PA 3TI0A 5C24A 3NDKA 1NK5A 4FJNA 3DLGA 4MFBA 5C25A 3KKSA 4O5BA 4BE1A 1TK0A 1FK9A 3OYDA 2WONA 4OPJA 4CK3A 2D0AA 2GV9A 5JS2A 3C6TA 1TKDA 3ZSWA 4CF0A 3ZSZA 4CEZA 3ZSYA 2DY4A 3PX4A 3QEXA 3NF6A 4CJ3A 1CZBA 4FW1A 1RDDA 2X6SA 3K5OA 3V9ZA 4CJFA 3NGIA 1S1XA 3L2VA 1Q9XA 4O55A 4C8KA 1QS4A 4O44A 1BCMA 3AVJA 4BACA 3E01A 1W0HA 1VSMA 4FJHA 4DTJA 3QEWA 4CESA 4Z0UA 4ELTA 4OJRA 1WSEA 1WAJA 1GOCA 3KK1A 3VQCA 3B6OA 3L3UA 3OS1A 4CHYA 1IH7A 4DU4A 4F4KA 2F8TA 1TL3A 3KTQA 3M8RA 1SV5A 2FC0A 1YVUA 4I9QA 2JGUA 1TAUA 4R5PA 2VG7A 1QE1A 4DTXA 1VSHA 2XHBA 3AA4A 3ZSQA 4HHTA 3CM6A 2D5RA 4LH5A 4CECA 4CF8A 1BQMA 1C0UA 2RF2A 4CJLA 3HPOA 4DQSA 1J54A 1RT5A 3TAFA 2X6NA 3AV9A 2A1RA 4KHQA 1BGXT 1JLCA 4ELVA 3NH1A 1X9WA 3NHGA 3OY9A 4M3XA 5KRTA 3DRPA 3CFOA 3NH2A 4KFBA 3S3NA 1KVAA 2O4GA 3VN5A 4E7IA 4DFMA 4FK4A 3AVKA 1QSSA 1T03A 1S1VA 3DOLA 1VRTA 2DFEA 3OJSA 3TAMA 3WNEA 1ZBFA 5J2MA 3SPZA 4DTNA 1NK4A 1X9SA 4ZTFA 3KLIA 3AVGA 4M3RA 4DS5A 3ALYA 4OLAA 1B92A 3NF8A 3AA2A 3HPHA 3ZT1A 4AHCA 1KSPA 3O3FA 2QKKA 1LAWA 3S9HA 3ISNC 3HXMA 4M3ZA 3ASMA 4HCCA 4Q0BA 4B9UA 3G0ZA 3SNNA 2HNZA 2DFFA 1QTMA 5FRNA 2OPRA 2YHAA 1IKXA 1NK8A 1D5AA 3P5JA 5HRPA 3OYKA 3U3YA 3CFPA 3KLGA 3CYMA 3LWMA 1JLQA 4CJWA 4DS4A 3QIPA 1RBVA 4FM2A 4CGFA 3OYAA 2Q3SA 4M3UA 1BIZA 2IS3A 4CEDA 4NYNA 4E7LA 3ITHA 2X78A 4EP5A 1HMVA 1UOCA 2E6LA 1EKEA 3OVNA 3RMAA 4CJVA 1D9DA 4DQIA 4BWJA 3ZSVA 3O3GA 4BDPA 1RBTA 3VA0A 3V81A 1ASVA 2KFNA 1CZ9A 3AVCA 4CEFA 4O0IA 4M3WA 4DSKA 4KHYA 3SUOA 4BDZA 3DRRA 4DTPA 1T05A 2FBTA 4CGDA 2YNHA 5D3GA 4PA1A 5EU7A 5J2NA 1N6QA 2OYQA 3UIQA 4L8RB 4KI6A 1UA0A 4E7KA 1R0AA 4KTQA 3LALA 4OGCA 3CM5A 5HBMA 2B4JA 4HUEA 4OKEA 5CZ2A 4CEBA 1A5VA 4CJQA 4OPKA 3V1OA 3DOKA 2G8WA 3C95A 1YTUA 1B9DA 3M8SA 5CZ1A 1N5YA 3SZ2A 1IKWA 4CERA 3TABA 4B9VA 1TKTA 3V4IA 4FJKA 4E89A 1NKBA 1VK0A 3AVIA 3KKRA 4H4OA 3ZT2A 1NJWA 1A5WA 3OYCA 2F8SA 3K58A 4CJEA 1KVBA 3OYHA 4AHVA 3IRXA 2OPSA 3AO5A 1U48A 4FLWA 3QNOA 4Z4IA 1XHXA 1RTIA 1S9GA 5KRSA 5HRRA 3EY1A 4JRPA 2HW3A 3O3HA 4DQRA 1MU2A 2YKMA 1TGOA 4E7JA 3VQ9A 1HJRA 5KTQA 4BDYA 3L8BA 1Y97A 4HCBA 2BE2A 4LSNA 3KLHA 1IKVA 3OS2A 3VQBA 1C0TA 4E0DA 1HQUA 4C8MA 4PWDA 1WSJA 1LWEA 1VSLA 2RPIA 2NUBA 2HMIA 1HNIA 1RT6A 4DMNA 2YKNA 1ASWA 3G10A 3LP1A 4FLVA 3RMCA 4KHUA 3HPGA 2FBXA 3KLEA 4E3SA 2PY5A 4KB1A 4JLHA 3O4NA 1RTHA 2JLEA 5FROA 3SUPA 1IG9A 4KAZA 4OKJA 4KKOA 2HHVA 4H4MA 1EXQA 3HT3A 2E4LA 4M3TA 3PUFA 1TAQA 3OYMA 5DMRA 2OA8A 2HHQA 3P83D 2B5JA 4Z4HA 4YNQA 4B3OA 3OS0A 5KI6A 4CJKA 4FJLA 1XHZA 3IG1A 1HYSA 4LSLA 2IOCA 2HB5A 3OYGA 4FLTA 3TAGA 4IKFA 2OZMA 1NK6A 2R7YA 1RBSA 3RR7A 1BI4A 3EZ5A 3ZT4A 4JRQA 1WNSA 4KPYA 4FM0A 4RW7A 1D9FA 2RN2A 1BL3A 3AVNA 2YV0X 4FJ7A 1RTJA 3HO1A 2KFZA 1Q8IA 1TKZA 4DLGA 4QOZB 4NCGA 3VQ5A 1ASUA 1BCOA 3SI6A 3THVA 4CIEA 1WSGA 3K5LA 3TANA 2KQ2A 1QSYA 1TL1A 3MAQA 3LP2A 1KFDA 4ID1A 4N47A 3RMBA 1NK0A 3P1GA 4CE9A 4DU3A 2Y1IA 3V1RA 2G8UA 5KGWA 4FYDA 1HPZA 3MEGA 4KV8A 4HVJA 1T8EA 4KI4A 1VRUA 2HHUA 3DRSA 4W5RA 1BI4B 3NGZA 2YNGA 5SZTA 1DTQA 4F2RA 4NCAA 1FKPA 1SKSA 1LW0A 3SJJA 4DTSA 4BWMA 1IO2A 4CGIA 1QHTA 1EP4A 3ZSOA 3SQ2A 4PY5A 1Q9YA 3H08A 1NJYA 1HQEA 4LY7A 2PYLA 3SV3A 3WNFA 3MEDA 2WOMA 1Z26A 4M42A 4G1QA 3LZIA 4AHUA 4LH4A 1WSIA 4FZYA 4K8ZA 3NFAA 4CJTA 2B6AA 1ZBIA 3D45A 3QINA 2BDPA 3QESA 4IFYA 4H8KA 1C1CA 1FXXA 1GOAA 4RW6A 5FDLA 1RT4A 4DQQA 3V6DA 4CIFA 3RWUA 3OYJA 3VQEA 4CJ4A 4DSFA 3LPTA 3KD5E 3VA3A 2FBYA 4GW6A 4CFDA 4W5OA 3JSMA 2LSNA 3TAEA 5HP1A 3TR8A 3HVTA 4KTWA 4IBNA 4HTUA 3K59A 3LP3A 1RBRA 1ZYQA 3TARA 4IG3A 3DYAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZETB 1JL1A 1VSDA 4CEOA 3UKRA 4MDAA 4B1UB 4WQ5A 4NO7A 3PX0A 3VTHA 2A40A 3KLFA 4EHUA 3SJHA 3AGKA 4ZTJA 3LANA 5IWAK 4MQ3A 3U9DA 2Q2RA 2XY7A 3KD1E 3LP0A 4DFJA 4FJMA 1L3UA 3U9ZA 3RVCA 1JKHA 1NJXA 4B9TA 1Q86O 4DFKA 4JKDA 4CF2A 2Z1JA 3MCPA 1CXQA 1RT1A 3NH0A 1UWBA 3QEIA 2CGLA 3LAKA 4ZHRA 3O80A 4B9NA 3M3ZA 4Z4EA 1U49A 5E84A 1EWRA 5AQLA 2HHHK 4DG1A 4AF1A 4CZIA 3THYA 4M41A 2RHKA 2P5OA 1YJ9N 5BRDA 5MLCQ 3SYZA 4Z4CA 4FW2A 4PKIA 3FZHA 3VF6A 4I2PA 1S9EA 2G8KA 2P51A 3U4LA 2CGKA 5AQPA 3TAPA 3VEYA 3BDPA 2XY6A 5TKWA 4HWIA 4HUGA 4FCYA 4Y0WA 5C42A 1HR0K 4DKWA 4DV4K 4BR9A 5J1EA 1T44A 3R6MA 3I0SA 4CEEA 1LV5A 2PAVA 4TSXA 3CJ9A 3LPUA 3BF1A 1X9MA 4EZ9A 1XC9A 3ZSXA 4F3TA 4C8OA 1NOZA 4O8UA 3DM2A 2ATQA 3MEEA 1JLGA 3O8MA 3DLBA 1KC8O 1NGDA 2IDOA 1NGGA 4CBUA 1U4BA 1J5EK 3M1FA 5LJVA 1K8KA 3LWLA 4WQ5C 4EZ6A 2E6MA 3FFIA 2D0CA 3WNHA 3WNGA 4BRQA 3O4QA 1VAZA 1C0GA 4YOWA 4B9MA 4FVMA 2G8VA 4N56A 3AA5X 1YUWA 4FJXA 1K6YA 2O8DA 3TAQA 1S1WA 1V4SA 4FJ9A 4CI6A 2EHGA 4H5VA 3SQ0A 4CFBA 2ZWHA 1HKBA 3NCIA 1NMNA 2GUIA 4NYFA 2OTLN 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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