4CJ4A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj4A00
2YNHA 2Z1IA 3ZT1A 4CESA 4CEOA 4FLTA 3QESA 3VQ7A 4FCYA 4C8MA 3M8SA 4CJKA 1Q9YA 5HRNA 3AVBA 1UOCA 3LPTA 1U48A 2KZZA 4DSLA 4IBNA 1S6PA 1TL1A 3V4IA 1GOCA 4FJ7A 4F4KA 4FJLA 1W0HA 2G8HA 1U4BA 5CZ2A 3VQPA 5KI6A 2IAJA 5T7BA 3HPOA 4C8NA 1ASWA 5KTQA 4KKOA 4LY7A 3HK2A 5CY4A 3VQBA 4OGEA 1K6YA 1ASVA 1FK9A 1HQEA 3LAMA 5FDLA 2Q3SA 1C0TA 3OYEA 1SL2A 1KRPA 3OYNA 3OY9A 4JS4A 4O0JA 4E7IA 2OYQA 4M42A 3ZSWA 3D45A 3KTQA 1RT1A 1S9GA 2YHAA 3LP1A 2HHXA 4FK2A 4QCLA 3ULDA 1RT6A 3K2PA 1TAQA 4IFVA 4PA1A 3LPUA 4B9VA 2X74A 3QINA 1CXQA 4CGHA 4BWMA 5DMRA 3KLHA 3LZIA 2IC3A 5HLFA 1NK7A 3TABA 3PY8A 4F8RA 2ZE2A 4FZXC 1KFSA 4FW2A 4FM0A 3OYJA 4DF4A 1HRHA 4CCHA 4L8RB 2OZSA 1A5XA 3TANA 4OLAA 1KVBA 1VSMA 3NF7A 4FK0A 4DLEA 2HHTA 2OPPA 1IKVA 3C6TA 1LAVA 4CJUA 1CZBA 1LWEA 4E1NA 4DTXA 1HNIA 3O3GA 1CXUA 4Z4EA 2B6AA 4KRFA 1GOAA 3O3HA 3NGIA 2A1RA 1QSSA 2XO7A 4B3OA 4N76A 4KHUA 4CJEA 4ELVA 4CJ4A 3CYMA 3DLEA 2KQ2A 1KCFA 3OYIA 3RTVA 4FJJA 4CFDA 4N41A 1WLJA 5EU7A 1L3SA 3U6FA 3ZT2A 1J9AA 5KRSA 2VG6A 4CK2A 3OJSA 4FYDA 1IO2A 2IS3A 1IG9A 3KLIA 5C24A 2HNYA 1WAFA 4CF2A 1LW0A 2YKMA 3NAEA 4Z0UA 4RW9A 3DRRA 3T19A 4BDYA 1MU2A 5J2PA 3RMAA 1JLEA 1VRUA 4AHTA 3MXJA 4I2QA 1TKTA 1U45A 2ITGA 3RRHA 4KTZA 4HHTA 1BGXT 1HYZA 3AVHA 4CEEA 1NJYA 1HPZA 4CJ3A 4O0IA 3NBPA 3DOKA 1VRTA 4O44A 3OYFA 2YKNA 4HCBA 5HBMA 4KI4A 3K5OA 1RDAA 3ZSXA 3HT3A 3I8DA 4Z4GA 1D5AA 1VK0A 4OKEA 3VQ4A 4CJRA 4FLXA 3SPZA 4Z4CA 3L2RA 2HHVA 1JLAA 3DOLA 4DG1A 1X9MA 2RKIA 1Q9XA 3SCXA 4KHSA 1ZBIA 4B9LA 4FLVA 4Q0BA 3HP9A 2Z1HA 1WSHA 3ZCMA 1BL3A 4CHYA 2P51A 3DLGA 5J1EA 3PX4A 4CJSA 2KTQA 4AILC 2AJQA 1EP4A 2HNDA 1CLQA 3DI6A 4W5RA 2D5RA 4W5TA 2P5GA 5J2QA 2VWJA 1JLBA 3TAMA 4I9LA 4CJPA 3VQ8A 3V1RA 1BI4B 4KTWA 4FZYA 1BQMA 3CM6A 4CE9A 3ZSVA 3D0PA 3CFRA 1VSLA 3M8RA 3SUNA 4BE1A 2Y1IA 2QKBA 2OPSA 4OKJA 3L2QA 3VQ5A 4ELUA 4FK4A 4CIEA 1RDDA 4LH4A 3L8BA 1C1BA 4IKFA 5J2NA 3LP0A 4FLYA 3HPGA 5HRRA 4DQSA 3SJJA 1L5UA 3AO1A 5I3UA 2O4IA 4E7LA 4FJ8A 1C1CA 3L2UA 4Z4IA 3P1GA 5KGWA 1SL0A 4JRPA 1NOYA 4B9SA 1X9WA 4DU1A 1T05A 4FM2A 4DQPA 2RN2A 4RW8A 1HJRA 2VG5A 4E1MA 3OYLA 4FXDA 2ETJA 4FLWA 3QEWA 3S3OA 1BISA 1NKCA 1RBRA 4RW6A 2P5OA 3KKSA 4MFBA 2F8SA 4KPYA 3DLRA 4M3YA 4N5SA 3THVA 1XC9A 4BE0A 4J2AA 2YNIA 1JL1A 3C94A 1VSJA 3UIQA 4KHQA 4CEAA 3V9XA 3KD5E 2Z1JA 3U3YA 3TAPA 3F73A 3B6PA 3OJUA 2PY5A 4JLHA 3AV9A 3B6OA 3QO9A 2ATQA 2B4JA 3LP2A 3WNEA 3VQDA 1CZ9A 4LD0A 4R5PA 3CFPA 4DFMA 1KTQA 4Y1DA 4E7HA 4HCCA 4M45A 4KHNA 3AVIA 4RG8A 4Z4HA 3HL8A 3HJFA 4PY5A 4FJ9A 1TAUA 3V9SA 1YT3A 4CFCA 1LWCA 4J2EA 2IOCA 3HXMA 3ZSRA 4KFBA 2X6SA 3I0RA 1S6QA 4KHYA 3TARA 4NYNA 4LSNA 3MEGA 1D9FA 1IKYA 1Y97A 5FROA 4FJ5A 1EETA 2G8FA 1C6VA 1HQUA 4DU4A 1X1PA 4XIUA 2HHUA 3K5LA 3MXIA 1KSPA 3CG7A 1TKXA 4RW7A 3K5NA 3AA3A 4B9TA 3OS1A 4I9QA 3L2WA 4E0DA 1R0AA 1C0UA 4FJKA 4CGJA 4JRQA 4CK1A 1XHZA 3T1AA 3NFAA 4CF9A 3HPHA 3AVCA 3JYTA 5JS1A 4CJFA 3OYDA 1U04A 1T7PA 2FBYA 1UA0A 4LH5A 3KKRA 1TV6A 5CZ1A 4Q5VA 4DTUA 1ZBHA 2KFZA 1FKPA 4CFBA 3SUPA 3DLHA 5SZTA 3LANA 3AO3A 3OYMA 1L3VA 2DTUA 2O4GA 4E3SA 3VN5A 1NK4A 5HP1A 1JLFA 2E4LA 3ZSOA 4AHCA 1VSEA 3AVFA 3OYGA 3DLKA 4NCBA 2XRIA 1WN7A 5FRMA 3NE6A 3VQ6A 3QERA 2OPQA 1DTQA 5C25A 1JLGA 2ZD1A 1SUQA 2Z1GA 4NYFA 3K58A 1J54A 3OYBA 2E6LA 3L3UA 1RBVA 4M41A 1NOZA 3AA4A 4CF0A 3NGYA 3M8QA 1JXEA 3G10A 3VA0A 4QOZB 4W5QA 5C42A 2DFHA 2EHGA 4CGFA 3EZ5A 1BCMA 4DTJA 2E6MA 1J5OA 4CEQA 3KJVA 4OKKA 1ZBFA 1A5VA 3S3NA 1J53A 3NF6A 1XHXA 3V1OA 4CF1A 4DS4A 1U49A 1ZBUA 2HHQA 1EXQA 1WSIA 2A1SA 4CJQA 3WNHA 3NH0A 1S9EA 4O4GA 1EKEA 1NKEA 3V1QA 4FVMA 4ID1A 4BACA 2G8KA 4J2BA 1XI1A 3DRSA 1QQCA 5D3GA 3QEPA 2EX3A 3VQEA 5SWMA 3MEEA 4GVMA 1ITGA 1QE1A 1WSGA 2DFEA 2LSNA 4CFAA 1B92A 3AVNA 3HSTB 2FBXA 4FJGA 1ASUA 4PWDA 3NGZA 1BQNA 1WNSA 3ALYA 2KFNA 4W5OA 4ELTA 1S1TA 4DMNA 4B9MA 1HNVA 2D0BA 2DFFA 3MECA 1VSKA 1YTAA 3QEXA 3NH1A 3HP6A 3C6UA 1Z26A 3K57A 1EX4A 4K8ZA 3TR8A 3ITHA 3K5MA 2IGIA 1GOBA 1KVAA 3CM5A 3VQ9A 4AHVA 4JS5A 3TWHA 4FJNA 1BCOA 4CHZA 1RT7A 3NH2A 3NCIA 4CIGA 1Q8IA 1B9DA 2OPRA 3AVJA 3KK2A 4OPJA 3KD1E 3LDSA 2BGGA 4CJLA 4IG3A 1HYVA 1REVA 1I3AA 4NCGA 4CEDA 1SKWA 3NHGA 1KLMA 1HMVA 1TKZA 2P1JA 3SPYA 1LV5A 1C0MA 2RPIA 5CYQA 4NCAA 4AHSA 3AO4A 4H8KA 4CEFA 1UAXA 1TK8A 4DTNA 1BI4A 3ZT0A 2WOMA 4IFYA 1S1XA 4CGGA 1QTMA 3NF9A 4I7FA 1RT4A 4N56A 1NKBA 1UA1A 2X6NA 3DM2A 4WE1A 4H4MA 4GW6A 1SKRA 1DTTA 3AVAA 4C8KA 5I42A 1S5JA 1D9DA 2PZSA 4J2DA 5HRPA 2G8VA 4CERA 4OLBA 1RCHA 3ISNC 5E41A 1I39A 3AO5A 3SQ4A 1O1WA 4KV8A 3QIOA 4B8AB 3OYAA 3IG1A 2D0AA 1NJZA 3BDPA 4N47A 3QETA 2XY5A 3KLGA 2HHWA 1JKHA 3A2FA 2FC0A 1LW2A 4F3TA 3LWMA 4HVJA 1WSFA 4FJHA 3PX6A 1WAJA 2RF2A 5K14A 3M8PA 3QEIA 3TAGA 4BDPA 3G0ZA 4EP4A 2WONA 4KHWA 4OPKA 4DTOA 4DSJA 4DLGA 3U3GA 2G8WA 4O5BA 4DSKA 3HVRA 4MQ3A 3PO5A 3OS2A 2HVIA 4YFUA 1T8EA 2JGUA 2KW4A 4CK3A 2GBZA 4OVLA 4DTSA 1D8YA 4BWJA 3C95A 3WNFA 4CJ5A 3SQ0A 1X9SA 2QKKA 1YTUA 3H08A 4CJWA 1RILA 2PYJA 4F2SA 2FBTA 4DFJA 1RDCA 4DSFA 5HRSA 3KIOA 4KREA 3QIPA 3JSMA 1G15A 1NK6A 2GV9A 4KB1A 2R7YA 2HVHA 3RMBA 1RTHA 4EP5A 1SL1A 4OGCA 3SNNA 1T03A 4DWIA 2BE2A 4DTRA 2F96A 3LALA 4DTPA 5KRTA 1QHTA 1F21A 3SUOA 1ZYQA 1BHLA 1NJWA 3S9HA 2DY4A 3V81A 2JLEA 1VSFA 4ZTFA 4I2PA 3MAQA 3QEVA 1WSJA 2YNFA 4ID5A 4C8OA 1XWLA 1RBTA 3SZ2A 4DFKA 3SUQA 1NK0A 2QK9A 5FRNA 4B08A 4CJTA 4O55A 3K59A 3V6DA 4E19A 4CGDA 1UWBA 1LAWA 3TAFA 2G8UA 3WNGA 2BDPA 4E89A 2IDOA 3TI0A 1JLQA 2XHBA 2F8TA 1RT5A 3ZT4A 4BDZA 4F2RA 4Y1CA 5KGXA 3EYZA 3VA3A 1S1VA 1RTIA 3HO1A 3AA2A 4OJRA 2B5JA 3IAYA 4KB0A 3PUFA 1JLCA 4ZTJA 1KFDA 3EY1A 3OS0A 4HUGA 4EZ6A 3TAEA 4ZHRA 1YVUA 2NUBA 3HVTA 1TGOA 3KLEA 2BANA 4FM1A 1BIZA 4CGIA 4PQUA 3RMDA 3MXMA 2X78A 4HUFA 2I5JA 4FZZA 5JS2A 1N5YA 2PYLA 1KLNA 3LAKA 1NK5A 4KTQA 1N6QA 3O4QA 4LSLA 3KLFA 3AVKA 3KK3A 3V9ZA 4E7KA 2Y1JA 3AA5X 4GMJB 1RT2A 4CHNA 4M3TA 2D0CA 1NK9A 2XY8A 4IDKA 4KI6A 1QS4A 4TSXA 3VQQA 3OVNA 4M3UA 5J2MA 1RTJA 3AO2A 4CEZA 3QNOA 3ASMA 3CFOA 2HB5A 1TK5A 3FFIA 3ZSQA 3PV8A 2XY7A 3AVLA 3IRXA 2G8IA 4FJMA 4HUEA 3DMJA 4DQRA 3SYZA 4B9UA 4RW4A 3HYFA 3TAQA 3NDKA 2XY6A 4DTMA 3IS9A 4CHOA 4FJXA 1VSIA 3NF8A 3RWUA 1W9HA 1RBUA 4DU3A 2QXFA 1FKOA 1RBSA 3I0SA 4AH9A 1RDBA 4G1QA 1RT3A 2HHSA 1SV5A 2W42A 2FBVA 3RRGA 1U47A 3QLHA 3SQ2A 1FXXA 4DSIA 1IH7A 2YNGA 4QAGA 4HTUA 3ZSYA 2ZQBA 4CECA 3L3VA 3LP3A 4B9NA 1TVRA 3PO4A 4EZ9A 1LWFA 4UQGA 3ZT3A 1L3TA 3CQ8A 4K8XA 5CYMA 3OYKA 1HYSA 1L3UA 5HROA 4DF8A 1QSYA 2VG7A 1JXBA 3DLBA 3OYHA 1SKSA 3RR7A 3T3FA 3QNNA 4FJIA 4KO0A 1TK0A 1IKWA 1Z25A 3DRPA 3PX0A 4F3OA 4YNQA 2KZMA 4CHPA 3KK1A 4DQQA 3L2VA 2YV0X 3AVGA 1QSLA 1JL2A 3OYCA 4M3WA 1IKXA 1BIUA 3P5JA 3S3MA 1ZBLA 4IG0A 4DS5A 3BGRA 4PUOA 3O4NA 1S1UA 4AHUA 4CJVA 4CF8A 3HM9A 3RR8A 4KAZA 1NJXA 1KVCA 1C1AA 3SV4A 2OZMA 3LWLA 1RNHA 3E01A 3VQCA 4DSEA 4W5NA 1RTDA 3V9WA 4M3ZA 2HW3A 4CEBA 3AVMA 5DK5A 2VWKA 3LZJA 4E7JA 4AHRA 4BE2A 3SI6A 4DQIA 3ZSZA 3VQAA 1A5WA 1S1WA 4CIFA 4M3RA 3F9KA 4DFPA 1VSHA 2HMIA 4M3XA 4ICLA 1TKDA 2GUIA 3SQ1A 2HNZA 1B9FA 1WSEA 2YHBA 3DYAA 4FW1A 4B8CA 3SV3A 4H4OA 1NK8A 3RMCA 4FLUA 1VSDA 4FLZA 4Z4FA 2OA8A 4CHQA 3O3FA 1TL3A 4C8LA 1DLOA 3V9UA 3P83D 3MEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QS7A 1N8RO 4FLTA 3D2EA 2OTJN 3FZKA 3AVBA 1HKCA 4IBNA 3SAGA 1GOCA 1U4BA 2E2OA 4EAHD 4CD1A 4CI6A 5KTQA 4YDUA 1U2VA 4A61A 4JKGB 5FPMA 3OYEA 1SL2A 3AAQA 5AQXA 4JS4A 4JKCA 4O0JA 2OYQA 5AZJB 4M42A 3LDPA 3ZSWA 1I94K 1EO1A 3EKSA 3FE1A 4LC9B 3NMUA 1RGIA 3CMAN 4CZKA 2O8BB 3LZIA 2IC3A 1NK7A 3TABA 3O4WA 4F8RA 3W3DA 4FZXC 1KFSA 1NWKA 4FM0A 4BRPA 2OZSA 3TANA 2O8FA 3NF7A 4CJUA 5LMUK 3EEQA 3R1XA 4E1NA 4WQ4C 4DTXA 4DCHA 1HNIA 3O3GA 2IVNA 4Z4EA 4IO8A 1QSSA 4KHUA 3DLEA 1KCFA 2ZWHA 3EO3A 4FJJA 5IT9O 2NRWA 1WLJA 5EU7A 1CZAN 5KRSA 1IO2A 2IS3A 3CCMN 1NLVA 3J8AA 4CF2A 3THXA 2YKMA 3VEWA 4RW9A 3T19A 1MU2A 5AZIB 1J6ZA 1VRUA 3O9SA 4AHTA 5LL6Z 2ITGA 3RRHA 4HHTA 1BGXT 1NJYA 1HPZA 3DXMB 3NBPA 4FO0A 4O44A 3BZKA 3I8DA 2YHXA 4IOXA 1D5AA 4OKEA 2JWLA 3KWGA 4H5TA 3SPZA 2ZJPL 2HHVA 5JVHL 4DUYK 3CCVN 1ZBIA 5AQZA 1WSHA 3PX4A 1BL3A 4FPBA 3SLCA 2AJQA 4O8KA 4AILC 2HNDA 2P5GA 2D5RA 4W5TA 3MWPA 2CH5A 2VWJA 5J2QA 1JLBA 2P9PA 3TAMA 3VQ8A 1Q7YO 3FGUA 4CE9A 3D0PA 3CFRA 3M8RA 3LDQA 2QKBA 5AQGA 4LH4A 3GE1A 4HWIA 4DQSA 4LF5K 4YOVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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