4CJ4A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj4A00
2QK9A 2R7YA 4DTMA 3LP0A 4GW6A 4KO0A 4I9LA 1ASWA 4QAGA 4DMNA 3V1QA 3U6FA 3V6DA 1EXQA 2X6SA 1L5UA 4FVMA 3QEXA 1O1WA 5FRMA 2HHSA 4M3WA 4W5OA 1TKTA 3S3OA 1NK4A 2IS3A 4Z4GA 1FKPA 4DSFA 4HUFA 1EP4A 3IS9A 3OYGA 1JXEA 2FBYA 1QSSA 4KTQA 4M41A 4FJMA 3TABA 4M42A 3NDKA 4PWDA 1NK0A 1U04A 4AHRA 4C8OA 4BE0A 4DU3A 1LV5A 4HVJA 3DYAA 4CEFA 4IFVA 3S3MA 1L3VA 4DWIA 2PZSA 3DM2A 5HRRA 3AO5A 2G8HA 4OGCA 2RPIA 3K5OA 4GMJB 4E0DA 1LW2A 1TVRA 3RRHA 3ZSRA 3NH0A 1NK8A 2HVHA 2Z1GA 3AVMA 4CGIA 3S3NA 1X9MA 4CGJA 1S1UA 1C1AA 3AO1A 4W5RA 3OYIA 4EZ9A 1YTUA 1LAWA 2G8FA 4BWMA 3NF6A 1U4BA 4J2BA 4KREA 3C6TA 1U47A 3HYFA 2FBXA 3HPHA 4CJLA 2QKKA 3AVCA 5KGXA 1C1BA 2KFZA 3O3GA 5DMRA 4DQPA 2HHVA 1C0MA 2GV9A 1HYSA 5SWMA 3L2RA 1NK5A 1DLOA 2A1SA 4EP4A 4JRQA 4CF8A 1CXQA 3I0SA 3V9SA 5K14A 3I8DA 2DFHA 2JLEA 3VQ7A 3ZCMA 4FK2A 2E6MA 4AHTA 4DS5A 4Q5VA 3VQ8A 4FJLA 3ASMA 4CF9A 3OYFA 3DMJA 1QE1A 2X78A 1IO2A 3AVKA 2RKIA 2WONA 3O4QA 3F73A 1WSFA 3HT3A 1RT7A 3K5NA 5HRPA 4BE2A 3K59A 1HQUA 1NKEA 1CLQA 5CZ1A 5HP1A 5C42A 4KKOA 3MAQA 1KLNA 3ZT3A 2E6LA 4QCLA 3ALYA 1D5AA 2P51A 1W9HA 4F2SA 5KRSA 3L2UA 1A5WA 4DSJA 2D0CA 1N5YA 4E3SA 3S9HA 4Z4CA 3T3FA 1X9SA 1ASVA 1L3UA 1JLGA 3NCIA 2VWJA 3KLFA 1HYZA 3QETA 2I5JA 1SL0A 1XHXA 2DTUA 4R5PA 3DLBA 4ELUA 4KB1A 1RCHA 3QNOA 3LWMA 4NYFA 1X1PA 2FC0A 3ZT2A 2Q3SA 4H4OA 3DRRA 3ZT1A 4DLEA 1ZYQA 4B8CA 3SI6A 2G8WA 5D3GA 1HNVA 3AVBA 1S9EA 2NUBA 4IBNA 3NF8A 4GVMA 3KD1E 2D0AA 4FJKA 1X9WA 1R0AA 4M3ZA 3KD5E 1A5XA 1NKCA 3LAKA 4DS4A 3O3FA 4KHQA 1UAXA 3VN5A 4KHYA 3QNNA 3L3VA 2P1JA 1VSIA 3CM6A 4O4GA 3ZT4A 2FBTA 3NH1A 4CHYA 1C0TA 3LZIA 4CIGA 1BQMA 1QQCA 1S9GA 5I3UA 3QESA 4DTUA 3CYMA 3MEEA 3TARA 4FZZA 1ZBIA 2O4IA 2PYLA 4FJ9A 1HMVA 4M3TA 2IOCA 1VRTA 1NK6A 1JLCA 3OS1A 1WSJA 1Q9YA 2D5RA 3T19A 3HP6A 4W5TA 4KTWA 2BE2A 2BGGA 4CJUA 3SPYA 4HCCA 3RR7A 3V1OA 4OPKA 3MXJA 3AVIA 4LD0A 2XY7A 1WN7A 2KZMA 2IAJA 1SKWA 3C6UA 4CCHA 2IGIA 4DQQA 3DOKA 4DF8A 3CFOA 3KTQA 3L3UA 4FJ8A 1KFSA 3G0ZA 4RW8A 2Y1JA 3C95A 4M3UA 1IG9A 1RBUA 4Q0BA 3CFPA 4BDYA 1IKWA 1SL1A 3VQ6A 1XI1A 3RWUA 1RTDA 4MQ3A 1UA0A 2HHTA 1NJXA 3HVTA 4AH9A 1RDBA 4G1QA 4OPJA 4CGDA 2G8VA 2HHWA 2G8IA 4TSXA 1Z26A 4CEEA 4CJFA 3KLEA 4BACA 3OS0A 1EX4A 3DLHA 1T8EA 1B92A 4YFUA 1KFDA 3LDSA 1SV5A 4DTRA 1JLQA 2YHAA 3VQBA 4CGFA 1KTQA 1HRHA 1RDCA 1Y97A 2YNGA 3LPUA 3WNFA 4DFKA 4DFPA 4Z4EA 4I7FA 4HTUA 4CJPA 4DSEA 3QERA 3SUPA 3LWLA 3JYTA 4F8RA 4JRPA 2A1RA 3DLGA 4CF1A 2XO7A 3TANA 3F9KA 1S6PA 3QIPA 5J1EA 4AHSA 4KTZA 3CFRA 3MEGA 1VSDA 3KKRA 2E4LA 4CIEA 3PY8A 4FJXA 4CGGA 1IKYA 4W5NA 4KRFA 1NK7A 2XY8A 3WNHA 1JKHA 3HPGA 4DFJA 3I0RA 1QTMA 1KRPA 4CJSA 4C8MA 4KHWA 1DTTA 4O0JA 3SNNA 1SKSA 3AA5X 3P1GA 4KHNA 4B9LA 4BWJA 1T03A 2B4JA 2DFEA 4E7LA 3P83D 2JGUA 3ZSZA 3TAFA 3D45A 3AO3A 4K8XA 2HVIA 4LH5A 1LWEA 1UA1A 1G15A 4QOZB 3PV8A 3TR8A 4CK1A 4JLHA 4O5BA 5HBMA 4ELVA 3ZSQA 4CK3A 4O44A 4CHQA 3AA2A 2XY5A 3KJVA 1C6VA 4RG8A 3EZ5A 4KPYA 4OKKA 4ZTFA 4F3OA 3LANA 3L8BA 3DI6A 5JS2A 4KAZA 2HMIA 1VK0A 3AVGA 4BDZA 2VG6A 4M3YA 2F8SA 2HHUA 1VSMA 1B9DA 2RN2A 4PUOA 1BCMA 1J54A 3CG7A 4LY7A 5KGWA 4CJRA 4FK4A 4DSKA 1FXXA 4LH4A 4DTPA 1LWCA 4OKJA 3NAEA 3V9UA 1VSKA 1B9FA 1VSEA 3ZSWA 4JS4A 5J2MA 4Z4FA 3U3GA 1JLAA 3HVRA 4KI6A 4I2QA 4IFYA 1ZBUA 3LPTA 3HK2A 4E1NA 4CHPA 1QSYA 1RNHA 4NCBA 1S5JA 4B9MA 4DQIA 4AHCA 3V9ZA 5CYQA 4DU4A 3OJSA 3L2WA 3AVNA 1WAJA 3HPOA 2G8UA 2OPPA 3NFAA 3VQEA 2BANA 1HYVA 3IAYA 4FJ7A 1FKOA 1SL2A 2IDOA 1QHTA 1KVBA 1JLBA 5C24A 4N47A 1A5VA 1L3SA 4CHNA 4FJIA 1NK9A 2HNYA 3QLHA 4CFCA 3O3HA 5J2NA 3ZSYA 3ZSOA 4Y1DA 3TI0A 3VQ9A 1BI4B 3DLRA 3VQ4A 4CFBA 3NE6A 4FJJA 1VSLA 2YNFA 1J9AA 4IG0A 4E19A 1WLJA 3L2QA 4E7JA 4L8RB 5FROA 3MECA 1LW0A 3AVAA 4DTNA 2Y1IA 1TKZA 3ITHA 4LSLA 3AO4A 1TV6A 1RTHA 4Z4HA 3MXIA 3IG1A 3QINA 3O4NA 4N41A 4CE9A 4FM0A 4AILC 1MU2A 3OS2A 1ZBLA 4FK0A 3VQCA 4PY5A 1CZ9A 1J53A 4B8AB 3SJJA 3OYNA 4FM1A 3NGZA 4CEQA 4FM2A 3OYDA 4FZYA 1RDDA 2KZZA 1S1XA 1XC9A 5JS1A 2OPSA 4MFBA 2HNDA 1TKDA 4CHZA 3LZJA 4E7HA 3UIQA 1ITGA 1TAQA 1Z25A 2B6AA 3WNGA 3K58A 3DRSA 2AJQA 3M8RA 2DY4A 1LWFA 4B9VA 4RW6A 2ZE2A 5T7BA 3DLKA 3OYCA 4FXDA 4W5QA 5E41A 1TK5A 2VWKA 1GOBA 5DK5A 3HM9A 5KRTA 4DQRA 1WAFA 1EKEA 4OLAA 4ELTA 4DQSA 2D0BA 4J2DA 2Z1HA 1RBTA 1RT3A 3SUQA 2BDPA 3NGIA 1UOCA 3PO5A 3KK2A 1RILA 4RW4A 3BDPA 4B9SA 1BISA 1CZBA 3KIOA 2DFFA 3NF7A 2XRIA 2F8TA 4DG1A 3SQ2A 5HROA 5FRNA 3C94A 1F21A 3LP3A 4OKEA 4HHTA 3OY9A 3SQ0A 1QSLA 3G10A 1NJZA 3AVFA 1DTQA 1RTJA 3CM5A 2X74A 1S1TA 4CF2A 2QXFA 5EU7A 1T05A 4C8KA 2RF2A 4KHSA 2YKMA 1ASUA 3AA3A 3KKSA 3LP2A 4I2PA 4CJVA 3EY1A 3LP1A 1C1CA 4FW1A 3DRPA 4CJTA 1ZBHA 4PQUA 1BIUA 4J2EA 1KLMA 3B6PA 2OZSA 4KFBA 4DF4A 3QEPA 4FJHA 4OGEA 4E1MA 1RTIA 3OYAA 3ULDA 4BE1A 1KCFA 3RTVA 3QEIA 3TAQA 1RT4A 3M8PA 4JS5A 4FLUA 3TAEA 1YTAA 4CJWA 3KLHA 2P5GA 1K6YA 3A2FA 1S1WA 2ETJA 3OYJA 2ITGA 4F3TA 1QS4A 1W0HA 2WOMA 1I3AA 1LAVA 1TL1A 5CYMA 3OYKA 4B3OA 1JLEA 1RDAA 3OVNA 4OVLA 3QEVA 1WSEA 2OPQA 1BL3A 4H8KA 3K57A 3SQ1A 5HLFA 4M45A 1D9FA 4E89A 4B9UA 3KK1A 2YNIA 2EHGA 4CJKA 3PX4A 4M3RA 1IKXA 4O55A 2X6NA 5C25A 4KV8A 3VQPA 4O0IA 4FLYA 5CZ2A 3QEWA 3OJUA 2XY6A 2P5OA 4CEOA 3SUNA 4OLBA 4CK2A 2B5JA 4B9TA 2QKBA 1NOZA 2KTQA 4NCGA 1U45A 3V81A 4RW7A 4DTOA 3DLEA 4FCYA 1REVA 3K5MA 1WSIA 4FLTA 3SCXA 1GOAA 1I39A 3HL8A 1VSFA 4YNQA 3RMCA 4KB0A 1VRUA 2HW3A 4DSIA 4J2AA 3VQDA 2O4GA 4CJEA 4FYDA 1XWLA 5J2QA 3AVLA 3NGYA 3NH2A 2OA8A 1ZBFA 3SV4A 4CFAA 1WSHA 1D8YA 2YKNA 2KFNA 3B6OA 4H4MA 4CEDA 3ISNC 1RT1A 1U48A 4XIUA 4FJGA 4FJNA 4F2RA 3V9WA 1TK0A 4BDPA 4FZXC 1RBRA 5HRSA 3PUFA 2YHBA 2Z1IA 1T7PA 3HJFA 1CXUA 4IKFA 3HXMA 3K2PA 3KLIA 4KHUA 1VSHA 4HUGA 4NCAA 1HNIA 1EETA 2VG5A 3TAMA 3QIOA 1TL3A 1GOCA 1YVUA 2OZMA 1S1VA 1HJRA 2ZD1A 3VQAA 1D9DA 3AA4A 3PO4A 1C0UA 1J5OA 3OYMA 4UQGA 1RT6A 4N56A 1BCOA 3THVA 1SKRA 3LAMA 4DLGA 1TAUA 3KK3A 2ATQA 3AVJA 3SQ4A 4C8LA 2Z1JA 3BGRA 4ID1A 4OJRA 1FK9A 4ICLA 4DFMA 1RBSA 3PX0A 1WSGA 2ZQBA 1Q8IA 3RMAA 3AO2A 1JL1A 3SPZA 3MXMA 3NHGA 2FBVA 1BGXT 2HB5A 4Y1CA 3V4IA 3RRGA 3DOLA 4N76A 4CECA 4DTSA 4CJ5A 3OYEA 3SZ2A 3SUOA 1VSJA 1N6QA 3L2VA 3RR8A 2LSNA 1HQEA 2HNZA 1SUQA 3M8SA 3CQ8A 3VQ5A 3AV9A 1RT5A 1TGOA 1UWBA 3H08A 3MEDA 4FLVA 1TK8A 3VA0A 3HO1A 1JLFA 1BIZA 1JXBA 1S6QA 4CJ4A 5HRNA 2YNHA 3ZSVA 1IH7A 4CEZA 4CIFA 3SYZA 4CHOA 3QO9A 3EYZA 3E01A 3WNEA 1XHZA 4CGHA 3P5JA 1U49A 5FDLA 4C8NA 4DSLA 4N5SA 3PX6A 4HCBA 2HHQA 4B08A 3RMBA 1YT3A 4DTXA 3OYBA 2W42A 4E7KA 2GUIA 4IG3A 4IDKA 1BHLA 4ID5A 4CESA 4PA1A 3ZSXA 3D0PA 4K8ZA 1KSPA 4CEBA 2HHXA 1NOYA 1WNSA 4KI4A 2VG7A 1IKVA 1NJWA 4FLWA 4CF0A 4CJQA 3KLGA 5CY4A 2XHBA 3ZT0A 4M3XA 4NYNA 2EX3A 1BI4A 1JL2A 1KVAA 4DU1A 1KVCA 4FLXA 1NJYA 1L3TA 2G8KA 2PY5A 4Z4IA 2OPRA 3SV3A 4DTJA 4HUEA 3VA3A 3TAPA 4EZ6A 3JSMA 4E7IA 3HP9A 1BQNA 3TAGA 3RMDA 3M8QA 4ZTJA 1Q9XA 4FJ5A 1HPZA 3OYHA 3FFIA 4F4KA 4I9QA 2KQ2A 2OYQA 3T1AA 3NF9A 4CERA 4WE1A 4B9NA 3LALA 4ZHRA 2KW4A 3K5LA 1NKBA 4AHVA 2GBZA 3V1RA 3HSTB 4FLZA 3VQQA 1RBVA 5KI6A 4CJ3A 1TKXA 3V9XA 2PYJA 4Z0UA 5SZTA 2F96A 3IRXA 4CFDA 4LSNA 5J2PA 1RT2A 2YV0X 3AVHA 4AHUA 3OYLA 3U3YA 4EP5A 4CEAA 5I42A 2IC3A 5KTQA 4FW2A 3NBPA 3TWHA 4RW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LP0A 4ILHA 4I9LA 1QVGM 2FSNA 4FVMA 4M3WA 1TKTA 3S3OA 2VYPA 4Z4GA 4XEIA 4HUFA 3IS9A 1QSSA 2OANA 3NDKA 2IIRA 2AA4A 3BZCA 2Q31A 1L3VA 4DWIA 2E20A 3CJ7A 5AZIA 4DB3A 1N8RO 4IO9L 1LCUA 3T7ZA 4WQ4C 3T1HK 4B9QA 4W5RA 4YOXA 1LAWA 1U4BA 4J2BA 5FLXO 3CCSN 2HF4A 1RDWX 2KFZA 3O3GA 5DMRA 2GV9A 2P9LA 2ASMA 4JN4A 4QS7A 4JRQA 1CXQA 4YOUA 5K14A 1SAZA 4AM7A 4BREA 3VQ7A 3EO3A 4FK2A 5AQTA 4YOYA 4CF9A 3DMJA 2X78A 1IO2A 5AQGA 4IXCA 4CZIA 1YJ9N 1NGCA 2DPNA 3CIPA 3ZT3A 4QCLA 4RWTA 2IVOA 1J6ZA 4FOIA 4E3SA 4Z4CA 3T3FA 1L3UA 4BQLA 1JLGA 3NCIA 4NXNK 1HYZA 2E1YA 4R5PA 4ELUA 4NYFA 4H4OA 1ZYQA 3K9JA 4DLEA 5D3GA 3NF8A 2D0AA 1X9WA 3FZKA 1R0AA 1S72N 4KHQA 1DEJA 4KHYA 1W2BM 5MLCQ 3LZIA 2GUPA 5BN8A 1QQCA 1ZBIA 2PYLA 5LMNK 3T19A 2Q97A 4FWLA 3MX2A 3V1OA 4OPKA 3RR7A 1P90A 3MXJA 4B1ZA 5KPRA 5GINA 1WN7A 1NG9A 4FJ8A 5AQPA 1KFSA 2QWQA 1RBUA 3CFPA 4NLBA 3A5LC 4V19S 1T6DA 1UA0A 2HHTA 1NJXA 3HVTA 4AH9A 4OPJA 5AZJB 3R8EA 3FZLA 4CGDA 3ZEUA 3KLEA 1T8EA 3WXJA 4FWNA 5LY3A 3LDSA 3KWIA 3VQBA 1KTQA 1HRHA 1RDCA 1Y97A 3WNFA 4Z4EA 3SLCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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