4CJ5A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj5A00
3AVLA 4FM0A 4BE2A 3PV8A 2B4JA 3DOLA 3AO3A 3WNEA 3VQCA 2F8TA 2YHBA 3HP9A 2G8IA 4ID5A 5C24A 1L3UA 1VSEA 2FC0A 5FRMA 3OYFA 4PWDA 1BQNA 3P83D 1QSSA 4DG1A 2G8HA 2YNHA 3OYLA 1KFSA 3EY1A 3ZSWA 5JS1A 4WE1A 1BHLA 1SV5A 4CHQA 1LWCA 4KHQA 3TABA 3K5OA 4DSIA 1NK6A 4BDZA 5J2MA 3VQBA 3ITHA 3SUQA 3HL8A 4OGCA 4CGGA 1NK8A 2HHVA 1WSGA 3OS2A 4DTXA 4RW4A 2IS3A 4FJIA 1NJWA 1WSIA 2YNIA 1TL1A 3RRHA 4CERA 4DQRA 3HK2A 3FFIA 4CEQA 5FRNA 1L3SA 2GUIA 3KD5E 4DF8A 3SPZA 3TAGA 5JS2A 3HP6A 1BIUA 3LP3A 4FJ9A 4PQUA 4FW2A 2I5JA 3S3NA 3BDPA 2YKNA 4CEAA 1RT3A 3I8DA 2HHUA 3QIPA 1D9FA 3ZT3A 1RBSA 4NYNA 1X9MA 4CHNA 4CEBA 3OJSA 1XHZA 1BGXT 1JLCA 3O3HA 1RT2A 2X6SA 3PX6A 3H08A 4KTQA 1T7PA 2B5JA 4B3OA 2Y1JA 3JSMA 2Z1GA 4KI6A 3PO5A 3S9HA 3S3OA 1T03A 2BDPA 4IG3A 4IBNA 4ZTJA 1B9DA 1YT3A 3ULDA 3PX0A 3QINA 3LDSA 4F3TA 3VQ9A 4KAZA 2HHWA 3AVMA 1NJXA 3F73A 4ELTA 1WNSA 3E01A 3TAQA 4CGFA 1QS4A 1VSDA 1WN7A 2KFNA 1S1TA 2XY5A 4N41A 2HMIA 4JRPA 3QNNA 4LSLA 4BDYA 4J2AA 1WLJA 4O4GA 1SL0A 1GOAA 2E4LA 3DLGA 4M3TA 4Z0UA 3ALYA 3DLKA 3F9KA 4DFKA 4AHSA 3NHGA 1BQMA 3K2PA 1RDAA 4YNQA 1JLEA 4E3SA 1U48A 1VSJA 1YTUA 4DTJA 4CJ3A 5J1EA 5CZ2A 5EU7A 3QNOA 3P1GA 4NCGA 2RPIA 3VQ4A 3SQ0A 4LSNA 3CQ8A 4HCCA 4LY7A 4BACA 4I9QA 3K5MA 1KVCA 4JRQA 2IC3A 4DTPA 2F8SA 4CGIA 4M3UA 2VG5A 3DLEA 1RT1A 4AHCA 3L2QA 3IRXA 1SKRA 1L3VA 1EX4A 4DQIA 4NCBA 2DY4A 2XO7A 3SV4A 4OKEA 5CZ1A 1HJRA 3I0RA 1NK9A 4IDKA 2RN2A 4DSFA 4K8XA 2DFFA 4TSXA 4CF0A 2XY6A 1A5VA 3M8RA 3OYMA 5HLFA 3SYZA 3NGYA 1S6QA 3NF8A 3VQQA 1JLAA 1VRTA 1J5OA 3OJUA 5HP1A 4E7JA 3NFAA 1TV6A 3TAFA 1CLQA 1VSMA 4K8ZA 3ZT4A 3OS0A 3JYTA 3QEIA 3ZSOA 4CIGA 3WNHA 4FJJA 4KHYA 1LWFA 2OPSA 3ZT1A 4C8MA 4E1NA 4HUFA 3A2FA 3AVIA 4CGHA 4PUOA 4DQSA 1X9WA 2BGGA 1W9HA 4KKOA 4HTUA 4EZ6A 4FM2A 1CZ9A 1C0UA 1I3AA 2QXFA 2GV9A 2ZQBA 5I3UA 3O4QA 4CFDA 4CJRA 3DLHA 1DTTA 1LAWA 3VQ8A 4UQGA 2HHXA 5SWMA 1FKPA 4FLVA 4W5TA 3V81A 4ZHRA 3MEGA 5T7BA 3K58A 2HVIA 3NAEA 2YHAA 1BI4B 5HRRA 1LWEA 1HNVA 3G10A 1U4BA 2G8KA 2G8WA 4F2SA 3LPTA 3P5JA 4LH5A 4CF1A 1JKHA 3NDKA 1TGOA 2OZMA 3KLEA 1RT5A 4FYDA 3CYMA 4B9MA 4JLHA 1KTQA 1RILA 3U3YA 3AVJA 4NCAA 1KCFA 5KRTA 1N5YA 1HNIA 3L2VA 1EP4A 1NJZA 3MEDA 1WSEA 4AHTA 3AVAA 4GMJB 1D8YA 1Y97A 1JL2A 3DLRA 5HRPA 4KO0A 5HRNA 5K14A 4FW1A 4G1QA 2OYQA 3OYEA 3QO9A 1X9SA 4N5SA 4J2EA 3LANA 3M8SA 1S1XA 4I9LA 1IKXA 1BL3A 1KLNA 3HT3A 3ZSVA 2FBTA 3HXMA 1RDDA 1IO2A 1NJYA 3TI0A 4GW6A 4M3RA 4M41A 3CM6A 4KHSA 4CEOA 3TAPA 4B8CA 4FLZA 4PA1A 3RMAA 4DSLA 3TWHA 4DS5A 4B9SA 3V1QA 4B9VA 2XY8A 1NK4A 1IKYA 1HYVA 4CF2A 4Y1DA 1CXQA 1QSLA 5KI6A 2HHSA 3V1OA 3MXJA 3QLHA 4MQ3A 3ZSZA 3NH2A 4C8KA 4CFBA 3KLIA 4CF8A 5KGWA 3OYAA 4CK3A 1S1WA 1CXUA 1S6PA 3C95A 3ZT0A 3PO4A 5DK5A 1HPZA 3B6PA 2Z1IA 2YKMA 4OKKA 3OYCA 1QQCA 3NCIA 2P1JA 3LWMA 2P5OA 3KK2A 1RT4A 4RW9A 5DMRA 4FZZA 3G0ZA 4LD0A 4CESA 3C94A 2HNDA 1REVA 4FCYA 1QTMA 4IFYA 3VQ5A 4ELUA 4DTNA 2OPRA 1TAQA 1ZBFA 3AA3A 2YNGA 3O3FA 4O0JA 3TARA 4KB0A 4CGDA 4CJKA 2W42A 2DFHA 2KFZA 3L3UA 3THVA 1TKDA 1HYSA 3ZCMA 3M8PA 1RDBA 1KFDA 4YFUA 3EYZA 2O4IA 1GOCA 4BE1A 1RT6A 5SZTA 1ZBUA 3T19A 3KIOA 3AA4A 3RMCA 3UIQA 4F8RA 2DTUA 4N47A 3DM2A 1XC9A 3LAKA 4DSJA 4M3WA 4H4OA 4M3ZA 3NH0A 4HHTA 5HBMA 4DTMA 5FROA 3NGIA 4E7KA 2R7YA 2QK9A 3U6FA 4R5PA 2WOMA 4CK1A 4KRFA 1RTDA 4JS4A 4FJMA 3DRSA 1DLOA 1C0MA 1WAFA 1SKWA 1U04A 4O55A 1VRUA 4QOZB 3VQ7A 2JGUA 1D5AA 4FM1A 3M8QA 3QEXA 4C8LA 2AJQA 4HUGA 5HRSA 3HPOA 4CJWA 1NK7A 2Z1JA 3RWUA 4DU1A 1VSFA 2IDOA 4EP4A 3RMDA 4M3YA 5CY4A 2IGIA 4DFJA 4KHUA 2QKKA 4CJTA 3HPHA 3RRGA 3VQDA 4J2DA 5KRSA 1U49A 4CJEA 1ZYQA 3LAMA 2A1SA 2PY5A 3TANA 2F96A 1XHXA 3IAYA 3KD1E 1MU2A 1J54A 4HVJA 4GVMA 4FJXA 3AV9A 3DOKA 1EETA 2EX3A 3QETA 2Q3SA 4DTSA 1BI4A 1L3TA 1NOYA 2KZZA 3TAEA 3AA5X 4CJLA 4FVMA 2FBXA 1XI1A 1DTQA 3LP0A 4B8AB 3QERA 4KHNA 1RBUA 2P5GA 3SUPA 1VSHA 4ZTFA 1R0AA 4M42A 1LAVA 1UWBA 4FJGA 3LWLA 4KPYA 4CJFA 3HO1A 4B9LA 3HJFA 4OJRA 3NBPA 1D9DA 3VQPA 2LSNA 1UA0A 4E1MA 3MEEA 1WSJA 1T8EA 2PYLA 4HCBA 3SV3A 3DYAA 4CGJA 1UOCA 3RTVA 3SQ2A 4IG0A 4FJ8A 1VSLA 4CJVA 4W5QA 1UA1A 4ELVA 4F4KA 1U45A 3QIOA 2DFEA 1IKVA 3OYBA 2OZSA 1BCMA 2GBZA 3SNNA 1C1CA 1KVAA 4DQPA 2D0CA 2G8FA 4C8NA 2VG6A 3V9XA 4CJUA 1RTJA 1FKOA 3RMBA 4FJ7A 1JXBA 3DI6A 1NK0A 3ISNC 3CFPA 1VSKA 3MECA 1A5XA 2X74A 1ASVA 4CEEA 3K59A 4DQQA 2BE2A 2FBVA 1BCOA 1RDCA 4ID1A 3LZIA 1Q9XA 1QSYA 4C8OA 3DRRA 3BGRA 3PX4A 1KVBA 3VN5A 1NKBA 4O44A 1Z25A 1YTAA 4KTZA 1TKXA 4O5BA 2HNZA 4DTRA 2Y1IA 1FXXA 3LPUA 3HVTA 3KKSA 1ASWA 1WSHA 4E89A 3SCXA 4BWJA 3OYGA 1RBVA 2PYJA 3VQAA 3AVCA 1JLBA 4I2PA 3WNFA 2X78A 4JS5A 4OKJA 2NUBA 3T1AA 3OYKA 2E6LA 3HM9A 4IKFA 3SUOA 4DFMA 4BDPA 3SQ4A 2HHTA 2HB5A 1RCHA 1T05A 4CEZA 4RW8A 2RF2A 4AHUA 3QESA 4KHWA 3SUNA 4KI4A 3L3VA 4LH4A 3OYIA 2ZE2A 3B6OA 1HQEA 1A5WA 4FLYA 4B9NA 3SPYA 1BISA 1EKEA 1JLFA 3KJVA 2O4GA 2B6AA 1HQUA 3LZJA 4DLEA 3O3GA 1VK0A 1UAXA 4BE0A 1J53A 4FJ5A 3VQEA 3L8BA 1KRPA 1RBTA 2OA8A 3K5LA 1G15A 5I42A 1TAUA 1TVRA 3D45A 1QHTA 3TAMA 3CFOA 4Z4GA 4DTOA 3ZSXA 2IOCA 4AILC 1I39A 3LP1A 4AHRA 4CJ4A 4CJPA 3OS1A 4FLXA 3KLGA 4FLUA 1CZBA 4CFAA 1B9FA 3NE6A 3MAQA 4E7LA 1ZBLA 4QCLA 3V9SA 3OYNA 3S3MA 4EZ9A 5C42A 1NK5A 1LW2A 5KGXA 1L5UA 3HVRA 3AVKA 4NYFA 4AHVA 1IH7A 4OPKA 3SI6A 2D0BA 5HROA 4CECA 1SKSA 2HW3A 3AO1A 1S9GA 4Z4CA 4FK2A 4CIFA 3V9ZA 3DMJA 4DSKA 1JL1A 2ITGA 3AO4A 3SZ2A 4AH9A 1B92A 4Z4FA 3AA2A 3VQ6A 1JXEA 1LV5A 5KTQA 3C6TA 4OPJA 3V9WA 4DU4A 5C25A 3KK3A 2XHBA 1RT7A 3MXIA 4H4MA 4I7FA 3OVNA 4CJQA 4RG8A 3IG1A 3LP2A 1HYZA 2D0AA 2G8UA 3QEPA 4RW6A 4OLBA 2XY7A 2QKBA 2E6MA 4CCHA 4FXDA 4Q5VA 4PY5A 1C1BA 1NOZA 3AVFA 4W5OA 3VA3A 3V4IA 1U47A 3D0PA 4W5RA 4W5NA 2VWKA 1C0TA 4FK4A 4ICLA 4EP5A 3K57A 1ZBHA 3DLBA 4CEDA 1YVUA 3OYHA 3T3FA 1Z26A 2YV0X 1ZBIA 4F3OA 3SJJA 4N76A 5D3GA 3AO2A 1S1UA 3NH1A 4FLWA 3QEWA 2ATQA 3MXMA 4CE9A 3NF9A 4M45A 2KTQA 1HRHA 3L2UA 2Z1HA 3NGZA 4FZYA 1S1VA 1O1WA 4BWMA 3ZSRA 3CM5A 3ZSYA 4CIEA 4CEFA 4DLGA 4M3XA 1Q9YA 1W0HA 4KTWA 1HMVA 4CHYA 3CFRA 4E0DA 3LALA 3QEVA 3KK1A 2VG7A 4DS4A 3HSTB 4FLTA 3I0SA 1BIZA 2YNFA 1K6YA 1RBRA 4DMNA 4XIUA 1EXQA 5J2NA 2PZSA 2OPQA 2ZD1A 1XWLA 4RW7A 4CHOA 2HHQA 3VA0A 4FJLA 2HVHA 1TKZA 2IAJA 3KKRA 5J2PA 2A1RA 1NKEA 3HPGA 2BANA 3KLFA 5CYMA 4FJNA 3TR8A 4O0IA 4Z4IA 3RR8A 4Q0BA 4CK2A 3AVHA 4CF9A 4HUEA 1RNHA 1X1PA 2XRIA 3SQ1A 2KW4A 4DF4A 1C6VA 4QAGA 1WSFA 3AO5A 4H8KA 5FDLA 4CHPA 4DTUA 4E19A 3ZT2A 2KZMA 2EHGA 4FK0A 4CJ5A 2WONA 3CG7A 3DRPA 1WAJA 4DSEA 4OGEA 4DFPA 2RKIA 3IS9A 4OLAA 4E7IA 1Q8IA 4KREA 2JLEA 1JLQA 5J2QA 3RR7A 3OY9A 3KTQA 4B08A 3KLHA 4Z4HA 3V6DA 4FJHA 1KLMA 4J2BA 4CHZA 1SUQA 2X6NA 1C1AA 4B9UA 4IFVA 1IG9A 1TK5A 3NF7A 3ZSQA 3PUFA 4KB1A 4KFBA 4Y1CA 3ASMA 2OPPA 1FK9A 2KQ2A 3AVBA 3V1RA 1ITGA 1LW0A 2D5RA 1RTHA 3PY8A 1S9EA 3WNGA 3K5NA 1ASUA 1SL1A 1N6QA 4FZXC 1JLGA 1NKCA 1TK8A 1QE1A 4OVLA 1SL2A 4KV8A 4Z4EA 1TKTA 3C6UA 1RTIA 4N56A 3AVNA 3OYDA 1F21A 5CYQA 3V9UA 3HYFA 2FBYA 1S5JA 3AVGA 1TK0A 3OYJA 4B9TA 1VSIA 1KSPA 3EZ5A 4I2QA 4E7HA 3L2RA 3L2WA 4F2RA 4DWIA 4MFBA 3U3GA 2P51A 4CFCA 2HNYA 1IKWA 4FJKA 4DU3A 2G8VA 4CJSA 2ETJA 5E41A 2VWJA 4L8RB 1TL3A 1GOBA 3NF6A 3O4NA 1J9AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVLA 3IMXA 5AQSA 4KBOA 3R3LA 2YHYA 4DR4K 1L3UA 1VSEA 5FRMA 1BQNA 3M1FA 4BRMA 2P9SB 2QWQA 1HNZK 3OW2M 4FVUA 3ZSWA 2HF3A 1BHLA 3ENOA 4KHQA 3K5OA 1EO1A 1NK6A 4DV5K 3VQBA 3P39A 3SUQA 3SBTA 3HL8A 1NK8A 3WEEA 2HHVA 4MLEA 1WSGA 4DTXA 4RW4A 1XC3A 5F2RA 4DQRA 4JD2B 1NGFA 3QBWA 3SPZA 3HP6A 3H45C 4FWQA 4PQUA 3BDPA 4GVEA 3EN9A 1RBSA 4CEBA 1BGXT 3H08A 1S72N 2Y1JA 3JSMA 4BROA 3CJCA 4FWSA 3S9HA 1HKGA 1WUAA 4IOXA 4FWPA 5EX5A 4L3QA 4IBNA 3G4SN 4YOWA 3WEEB 4CVNE 2HHWA 4B3RK 1QS4A 1WN7A 4DQ8A 2XY5A 2HMIA 1OVQA 5FPDA 5AQVA 3I55N 1HPMA 1WLJA 2HSTA 2E4LA 4DR1K 3NHGA 4O8UA 1BQMA 4E3SA 5DM7L 4DTJA 3O5BA 5EU7A 3P1GA 4NCGA 2RPIA 3SQ0A 4HCCA 3CQ8A 1VAZA 3C0BA 2IC3A 4M3UA 3IRXA 4YORA 1EX4A 2DY4A 3C6AA 4BR9A 3BUZB 4A2AA 1NK9A 2RN2A 1NGEA 1Q18A 2XY6A 5TKYA 1S6QA 2HOEA 1JLAA 4WFNL 3NFAA 3TAFA 4KHYA 4E1NA 3A2FA 3AVIA 2WUSA 2NRZA 4KKOA 3FZKA 1SS6A 1C0UA 3L0QA 3M3ZA 3DLHA 4JAXA 4WQ4C 3VQ8A 4W5TA 3CC4N 1Q7YO 3MEGA 1VQ6N 2HVIA 2F9TA 2YHAA 2G8WA 3G10A 3VEZA 3OHRA 4BRQA 3CF5L 4DR6K 3P5JA 4LH5A 4H5TA 2KLAA 5KRTA 4B1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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