4CJ5A

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cj5A00
3DRRA 1NK5A 1VRTA 1IKXA 4WE1A 3EY1A 4DSEA 3AA2A 3TR8A 3WNGA 4ELUA 1TVRA 2IC3A 1RDAA 4LY7A 4GVMA 4CJPA 3MXJA 4B8CA 3IAYA 3QNNA 3HSTB 5E41A 3CM5A 5EU7A 2QK9A 4BDPA 1VSKA 4CHYA 1BCMA 4NCAA 2YKNA 1RBRA 4NYFA 3AVJA 2O4IA 1U47A 3NF8A 4CEEA 3HPGA 4KHQA 1WN7A 1TL3A 1QQCA 1WSIA 4B9VA 4LH4A 3TAGA 1KLNA 4QCLA 1C0MA 1CZBA 2OPQA 4E19A 3E01A 2RKIA 5HRSA 2VWJA 4E7IA 4HCBA 4F2SA 1XHXA 3HVTA 1VRUA 1RBVA 3HVRA 4DFPA 1KVBA 3KJVA 4I2QA 3HP6A 4CK1A 1G15A 3O4QA 4LD0A 3L8BA 3CFRA 2HMIA 3PO5A 3SPYA 3BDPA 3OS2A 1A5XA 4KKOA 2XO7A 3VA0A 3HJFA 4Y1DA 4J2BA 1K6YA 3PY8A 4FK4A 2XY8A 3HO1A 3DLRA 3KK2A 4CEQA 4Q5VA 3TAPA 1TKZA 4CGFA 4DLGA 5KRTA 1BCOA 4DSKA 5J2PA 4FJJA 1WSJA 3NE6A 3OYJA 1FXXA 1RTIA 1S1XA 5CZ1A 2E6LA 4N56A 4FLUA 1VSFA 3DLGA 4AHUA 5C42A 1D9DA 2YNIA 3A2FA 3L2VA 4DTNA 3KLIA 2VG7A 3NF6A 3NH1A 1F21A 1REVA 3RRGA 3QERA 3OYCA 2P1JA 2VG5A 4IFVA 4Z4IA 3S3MA 2OZSA 5JS2A 4E7JA 3DI6A 4QOZB 3OS0A 1BISA 4CEOA 1N5YA 4M3TA 1XHZA 1RBSA 3AO3A 3C94A 3NH0A 1U4BA 4FJ5A 1LW2A 1TKXA 3VQ8A 2HHUA 4CECA 4W5OA 2RPIA 3M8RA 1LV5A 1I3AA 4LSNA 4DFMA 5HP1A 2YHBA 4FJKA 1C0UA 2BANA 1C0TA 1VSJA 3EZ5A 1VSLA 2FBXA 4FZXC 2P5GA 4CJTA 1W0HA 3P5JA 1CXQA 3QINA 2YHAA 3F9KA 1DTQA 4GMJB 4H4OA 4DMNA 3QEPA 1L3VA 4W5QA 1WNSA 4I2PA 2VWKA 1BI4B 2D0BA 1MU2A 1Y97A 4CGDA 1JXBA 5J2MA 1NK6A 4CF1A 4CHPA 3U3YA 3KKSA 2XY7A 3V9ZA 1N6QA 2W42A 4Z4EA 1QSLA 1TAQA 3HK2A 2D0AA 4HHTA 3NCIA 3ZCMA 1S9GA 2YNGA 1NOYA 1U49A 1ZBIA 4CIGA 3QLHA 4RW9A 4CJ5A 1RBTA 2E6MA 4FLYA 2G8IA 1RDDA 1RTDA 4DS4A 3NGYA 4PY5A 1VSDA 3DLEA 3IS9A 3AVHA 5HRPA 4DTXA 4L8RB 1C6VA 1ZBFA 4DTOA 1S6QA 2XY6A 1TK8A 4E1MA 2F8TA 4B9TA 4BDZA 3OYEA 3RMCA 1RT3A 4F2RA 4Q0BA 1EXQA 3K2PA 5C25A 1L3SA 1J5OA 1HRHA 1TL1A 4DS5A 1KFDA 3NBPA 1EX4A 3LZJA 3V9SA 5JS1A 1GOBA 3ITHA 2JGUA 4KO0A 3SI6A 3TARA 4J2DA 4I7FA 3V1OA 4FJ9A 2AJQA 4PUOA 3L2QA 4DTJA 3PX6A 3LPUA 4DG1A 1JKHA 2HB5A 3VQCA 4BE1A 1RDBA 4DFKA 3PX4A 4Z4HA 2WOMA 2KFNA 2IOCA 1SL1A 2BGGA 4QAGA 4CHQA 1YVUA 1NKEA 1UA1A 1T03A 1WLJA 2FBVA 4DU1A 4CHNA 4M42A 4Z0UA 3OYGA 4M3UA 1RNHA 4W5RA 4RG8A 1VSEA 1LAVA 3QEIA 1RT6A 4FJXA 4E3SA 4B9MA 2Z1GA 4FW2A 4LH5A 4CFBA 3AA3A 3AO2A 3OJUA 4ZTJA 3I0SA 3NF7A 2X6SA 1JXEA 4RW8A 4O44A 2HHTA 3CFPA 4O0IA 3AVGA 4CF9A 4B08A 4OKJA 1T7PA 1S1WA 1VSHA 4M45A 3OYLA 2KTQA 1NKBA 1BGXT 1Z25A 2G8UA 4DTSA 1LAWA 2ETJA 1T8EA 4EZ9A 1ASVA 2BE2A 2EHGA 3SQ1A 4FJGA 4OGEA 2FBTA 4ELVA 5FROA 3T3FA 5CZ2A 4DF4A 1RT1A 4AHVA 3ZT0A 2HNDA 2OPSA 3TAFA 3V81A 1TV6A 3OYKA 4FLTA 1ZBUA 5HROA 4CEAA 4KPYA 3O4NA 2Y1IA 2Z1HA 4BWJA 4FZYA 4CIFA 4HTUA 1S1UA 3QIPA 4TSXA 3TAQA 4FJ7A 4XIUA 4M3YA 1FKPA 2YV0X 3ZSOA 1ASWA 1WSEA 1Z26A 4KAZA 4KB1A 1RCHA 3ZT2A 1S9EA 3HT3A 1B9DA 2DFHA 1KLMA 4C8MA 2G8HA 5J2NA 3DLKA 4B9NA 4ELTA 4F3OA 4FK2A 4OGCA 2PZSA 4CJVA 3KD1E 1EP4A 2ZD1A 1RT2A 3NFAA 2XHBA 3HXMA 4E89A 3SJJA 4FJMA 1RBUA 2HNYA 3L3UA 1SV5A 1NK0A 4KHNA 1FKOA 3LP1A 4DWIA 4KTZA 1U48A 2FC0A 3OYHA 3K5MA 1B92A 1C1CA 4DSJA 4BE0A 4GW6A 3AO5A 3VQBA 1RT7A 4IDKA 4CEBA 3AVAA 1J9AA 4N5SA 3SV4A 3OYMA 3MXIA 1KVAA 2P5OA 1SL0A 3AA5X 4FZZA 2OZMA 1U04A 4DU4A 3NAEA 3O3HA 4CF0A 3C6UA 2YNFA 4N41A 3QEVA 4CJ3A 1S6PA 3VQEA 1HQUA 3LAMA 4OLBA 4FLWA 1B9FA 4H8KA 1X9WA 2Y1JA 3VQPA 3LDSA 3ZT1A 2FBYA 4CJUA 1FK9A 4C8LA 4CK3A 3KLHA 2G8KA 4KHWA 3TANA 3KLFA 1J54A 3S9HA 1WSHA 2X6NA 1QTMA 1RTJA 3BGRA 4MFBA 4Z4CA 4OPKA 4YFUA 3CQ8A 3SQ4A 3DLBA 1D9FA 3KTQA 4OLAA 1QSYA 4M41A 4FYDA 3C6TA 1JL2A 3DMJA 5CY4A 3AO4A 2DTUA 3I8DA 4B9LA 3KLGA 1IKVA 3EYZA 3LANA 1RTHA 3KLEA 1HYZA 1HJRA 4O0JA 4CEZA 1IO2A 4CJRA 3AO1A 3OYDA 3SUNA 1J53A 3D0PA 4CGGA 1NK4A 1L5UA 1BQNA 2D5RA 3NGIA 3TWHA 4DQIA 2ITGA 3VQAA 4KTWA 1RDCA 2HVIA 3HPOA 4CIEA 4W5NA 1HYSA 4OJRA 1L3TA 4FK0A 2KW4A 1NJZA 4B3OA 3IRXA 4UQGA 1I39A 3QETA 1JLAA 3L2UA 4M3XA 4CFCA 4CJ4A 3WNFA 1LWEA 3V9WA 3KD5E 4LSLA 4IKFA 1IKYA 2RF2A 4OPJA 2IDOA 2G8WA 1BIZA 3LWMA 3NHGA 4DLEA 1NJYA 1C1BA 2XRIA 2JLEA 2OPPA 4IFYA 5K14A 3NH2A 4BDYA 2IAJA 1BHLA 3ZSYA 4E7KA 1CXUA 3L3VA 5J1EA 3LWLA 1SKWA 4KRFA 1QS4A 3O3FA 3HM9A 1WSGA 2HHWA 3JSMA 1R0AA 4CJSA 2E4LA 3AVFA 1YTUA 2HHQA 4RW4A 1KCFA 2DFEA 3DRSA 4DTRA 2PYJA 1HNIA 4B8AB 4NCGA 4CJLA 4N76A 4M3WA 5FRMA 5HRNA 4FJHA 1TK5A 2A1RA 1A5VA 4IBNA 3C95A 4K8ZA 3V9UA 3MECA 2QXFA 3ZSXA 3VQ6A 3ISNC 1NK7A 3RTVA 3ASMA 4FM1A 4C8OA 4F3TA 2WONA 2D0CA 3T19A 3NGZA 3O3GA 4JS4A 3RR7A 3KKRA 2R7YA 3SUOA 1X9MA 4CHZA 2G8VA 4CESA 2F8SA 3OYBA 1O1WA 1JLEA 2Z1IA 3VQ9A 4EP5A 5KRSA 3OS1A 4FCYA 4AILC 3QEWA 1NK8A 3DM2A 1SKSA 4CFAA 3TABA 4CJQA 3AVBA 4ZTFA 3AVCA 4AHCA 2HHSA 1D8YA 3LP0A 3LP3A 5DMRA 4HUFA 1LWFA 3WNHA 1WSFA 3QO9A 3RMDA 4DQPA 4ICLA 3HYFA 4R5PA 4CJEA 3RMBA 3OY9A 4CEFA 2DY4A 3SUPA 3LAKA 4DTMA 4OKKA 3VQ7A 5KTQA 2X74A 1S1VA 3CFOA 2EX3A 3IG1A 1L3UA 1GOCA 3UIQA 3P83D 4W5TA 4FJ8A 4PQUA 3G0ZA 3QNOA 5HRRA 1JLGA 3PX0A 4FJIA 3DYAA 5FRNA 1RT5A 4O4GA 5SWMA 3S3OA 1UWBA 4IG3A 4PA1A 1JLFA 3PV8A 2Q3SA 4FLVA 3MAQA 4M3RA 3RRHA 4M3ZA 1BI4A 3MXMA 2HHXA 2OA8A 4CK2A 3SZ2A 1RT4A 1ZBLA 5CYQA 3T1AA 2HHVA 4CGJA 3NDKA 1TAUA 3F73A 3VQ5A 2Z1JA 4RW6A 3VN5A 3LALA 4DQQA 3VQ4A 3JYTA 4KTQA 3SQ2A 2B6AA 2B5JA 4J2AA 4CE9A 4DTUA 3K57A 1U45A 4EP4A 1VSMA 4BACA 4HCCA 3CG7A 2O4GA 4RW7A 1NJWA 4E7HA 1KFSA 4KB0A 4FM0A 3VA3A 3CYMA 3K5LA 1UAXA 5T7BA 4I9QA 3MEEA 4ID1A 4NYNA 3OJSA 4DSLA 4BWMA 3THVA 1SKRA 1IKWA 3VQQA 4KI4A 4DU3A 3SUQA 1NK9A 4HUGA 2KFZA 3PUFA 1TK0A 3NF9A 1QHTA 4FXDA 4F8RA 1NJXA 3AVIA 3AA4A 4O55A 3K5NA 3I0RA 1LW0A 3SYZA 3M8PA 4IG0A 2OYQA 4CJKA 2VG6A 3V1RA 3ULDA 1T05A 2QKBA 4DSFA 3TAMA 3P1GA 3V6DA 1EKEA 4FLZA 1A5WA 1Q9YA 1IG9A 1ZYQA 3V9XA 4DQRA 4E0DA 3M8QA 1S1TA 4CFDA 4FLXA 3AVNA 4HUEA 3PO4A 2LSNA 1HMVA 2OPRA 3ALYA 1Q9XA 2GUIA 1IH7A 4NCBA 3DLHA 2NUBA 3AVLA 1HNVA 3U3GA 3V1QA 3WNEA 2I5JA 4AHRA 4CF8A 3ZSRA 3OYNA 1RILA 2GBZA 4FJNA 2RN2A 5HLFA 5KGXA 2ZQBA 4PWDA 2ZE2A 3HP9A 3ZSVA 1WAJA 3OYFA 2IGIA 3TI0A 1JLCA 1X1PA 2KQ2A 4MQ3A 3DOLA 3TAEA 4DQSA 4AHSA 4B9SA 4AHTA 3S3NA 3V4IA 4Z4FA 4JLHA 2KZMA 4C8NA 3ZSZA 3VQDA 1TKTA 2BDPA 3SCXA 2PYLA 5D3GA 1KSPA 3MEDA 4OVLA 3SQ0A 4O5BA 1QE1A 1XC9A 1VK0A 2PY5A 4KREA 1YTAA 1JLQA 3SNNA 3L2RA 3DRPA 4DTPA 1Q8IA 2HVHA 3H08A 3L2WA 1D5AA 4Y1CA 4FM2A 3SPZA 4FVMA 1NKCA 4KFBA 4ID5A 5I42A 4E1NA 1HQEA 4CF2A 5SZTA 4DF8A 3RMAA 4FJLA 1DLOA 3LPTA 1CLQA 4JRQA 5HBMA 5J2QA 1XWLA 1UA0A 5I3UA 4CHOA 3KK1A 4BE2A 5CYMA 1ZBHA 2F96A 3KIOA 5DK5A 4N47A 2ATQA 4J2EA 3LP2A 5KI6A 2YNHA 4CCHA 1WAFA 2DFFA 4JS5A 2QKKA 1BL3A 1HPZA 3MEGA 1S5JA 4KHYA 1KTQA 2GV9A 2B4JA 3AVKA 4CEDA 3LZIA 2G8FA 3OYIA 1VSIA 4CJWA 1TGOA 1W9HA 3OYAA 4DFJA 2XY5A 4CJFA 1CZ9A 3HL8A 3RWUA 3K59A 5C24A 4E7LA 4G1QA 5KGWA 2HW3A 4OKEA 1JLBA 1ITGA 3K5OA 1BQMA 3FFIA 1QSSA 3RR8A 3SV3A 3ZT4A 5FDLA 2YKMA 2P51A 4KI6A 4Z4GA 3G10A 1ASUA 1GOAA 1SL2A 2KZZA 1KVCA 1SUQA 3ZSQA 3B6PA 2X78A 1C1AA 3OVNA 3ZSWA 1UOCA 2A1SA 3ZT3A 4B9UA 4C8KA 4CGHA 3QEXA 1XI1A 3B6OA 1JL1A 4KHSA 3KK3A 1NOZA 2IS3A 3AV9A 3M8SA 4KV8A 4F4KA 3DOKA 4YNQA 4DSIA 3CM6A 3K58A 4I9LA 1DTTA 1X9SA 4JRPA 4ZHRA 3HPHA 3QIOA 4CERA 3AVMA 1TKDA 4KHUA 1BIUA 4FW1A 4H4MA 4K8XA 1EETA 1LWCA 4HVJA 1KRPA 3U6FA 1YT3A 4CGIA 3QESA 4EZ6A 2HNZA 3D45A 1HYVA 4AH9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NK5A 1IKXA 3AA2A 5AZJB 3CJCA 4LY7A 5AFUH 4CJPA 3L0QA 5EU7A 4CJ7A 5JMVA 1BCMA 2YKNA 1Q81O 3SMSA 3EE8A 2O4IA 3ID8A 4QCLA 4B9VA 4LH4A 5IWAK 1CZBA 2OPQA 1VQNN 1BOTO 1NMDA 4FPBA 3HVRA 4DFPA 2VGNA 3L8BA 4BRKA 3SBGA 3BDPA 3KK7A 3OS2A 2XO7A 2HOEA 4JKCA 4J2BA 2XY8A 3TTCA 3RSEB 3O8MA 1HR0K 3TAPA 1NJIO 4CGFA 3UKUB 3H6EA 1RTIA 3QBWA 4AHUA 2VG7A 3CCQN 2P1JA 4Z4IA 4E7JA 4QOZB 1NGIA 4CEOA 2NRRA 1RBSA 1U4BA 4FJ5A 4M7XA 1TKXA 1VAZA 4LSNA 3C6HA 2QWPA 5LJWA 2BANA 3CCMN 1VSJA 4NXNK 4HTLA 2Q0RA 4FZXC 3MDQA 2NZTA 3P5JA 3UIQA 3G6EN 3E9OA 4I2PA 1NG9A 4BR5A 1BI4B 2D0BA 5J2MA 4OPAA 1NK6A 4CF1A 3KKSA 2XY7A 3CCJN 3PSIA 1OH5A 2FSKA 3I8BA 2VWBA 4DV6K 5BRHA 1ZXOA 2W41A 4HHTA 3ZCMA 1S9GA 1U49A 3QLHA 4C1NI 4FLYA 2G8IA 4JD2B 3LDPA 3NGYA 4KH6A 4UY8O 4JI8K 4PY5A 4WYBA 1NGCA 3OA9A 1C6VA 4DR5K 3K9KA 1TK8A 4B9TA 2QWMA 2UYTA 3V9SA 1EX4A 3LZJA 3QFUA 3CI5A 2UUBK 4I7FA 4PUOA 1XC3A 4DG1A 3BZCA 2HB5A 2F9TA 2KFNA 3C65A 3H3OB 1OVQA 2ASMA 5LL6Z 4WCEL 2FBVA 4DU1A 3VTIA 4M3UA 3LDQA 4LC9B 4RG8A 2CGJA 1RT6A 1T6CA 4LH5A 2P9NA 3OJUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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