4CJEA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjeA00
1KRPA 3KK1A 3ZSYA 4PY5A 4FJHA 3OYHA 1NKCA 5DMRA 1UOCA 3ZSZA 5HROA 3NF8A 4CJQA 3S3MA 5C25A 3SV4A 3KD1E 1YTUA 4IBNA 1L3UA 1YTAA 4N41A 3HK2A 4DU1A 3L8BA 4CJWA 4H4OA 4N56A 4CF0A 3O3HA 4JRQA 1EP4A 3MEDA 3MXMA 3V9UA 2IAJA 3SCXA 4CK1A 3SI6A 5CZ1A 4M45A 1K6YA 1RBVA 3OYMA 3L2VA 4B9VA 4F3OA 4FJ8A 2HHWA 1U47A 2IS3A 1Q8IA 1IKVA 4DQIA 4K8XA 2A1RA 4OKEA 1ZYQA 4Y1CA 4O55A 4AHCA 1KFDA 1NKEA 2G8KA 2OA8A 1N6QA 5J2MA 1CXQA 3C6TA 1DLOA 3OYKA 4I9QA 4RW7A 3RMDA 1QTMA 4DSKA 1EKEA 4EP4A 3G0ZA 4C8LA 3ZCMA 4Z4HA 4FCYA 3LP3A 2OPSA 1LW0A 3CM6A 4OGCA 4DTXA 1X9MA 3LP0A 4E7IA 3SUQA 1KFSA 3ZSQA 3HP9A 3C95A 1KCFA 3RRGA 2F8SA 3KIOA 1I39A 1RT4A 2HB5A 3MAQA 3U3YA 3SPYA 1RBTA 1VSDA 4CF8A 3VQ4A 4CJKA 2XY5A 4B9NA 4CJTA 1VSFA 4G1QA 2IC3A 3ZSVA 1RBRA 4LH4A 2PY5A 5FRMA 2YNFA 2Z1GA 4OPJA 1S6QA 2FBTA 3OYIA 4DS4A 1RT6A 3SQ2A 1BI4B 2LSNA 1KLNA 3VN5A 3ZT2A 2Z1HA 3DM2A 1VSMA 2ATQA 3ZT3A 3DLGA 4OGEA 4FLXA 3V9XA 4Q5VA 4ELUA 4EZ9A 4FJGA 1SL1A 1NJZA 4CEEA 4CFDA 4KTQA 1Z25A 4I2PA 4M3XA 3VQQA 3CG7A 3V1RA 4J2DA 4EP5A 2QK9A 4F3TA 4I7FA 3C6UA 3HPHA 3M8SA 1J5OA 3L2RA 2F8TA 4QCLA 1D8YA 2HW3A 4W5NA 3TARA 1B9FA 4M3TA 3NH1A 2AJQA 3SV3A 2HVHA 3LAMA 1UWBA 1NK9A 3DYAA 3UIQA 4F8RA 4CHPA 1SKRA 3K2PA 1VSIA 4IFYA 5D3GA 1B9DA 4XIUA 4DSEA 1RT1A 1C0MA 3NGIA 2XRIA 3OY9A 1WNSA 4JLHA 1ITGA 1TVRA 5C24A 4CJUA 2D0BA 3DLBA 4FJNA 2I5JA 3VQ9A 2HHQA 1RBSA 1L3TA 2XO7A 1NOYA 1JL2A 2ITGA 3O4QA 4ID5A 4E1MA 3V6DA 1IKYA 1WSIA 3RR8A 3KLGA 2G8HA 2A1SA 4HTUA 1ASUA 3P1GA 3ZT4A 1S5JA 3ZSOA 3ZT0A 2O4GA 1BCOA 1QHTA 3OVNA 4ID1A 4CJPA 1RT5A 4BDYA 3TAPA 2HNDA 3HVRA 1WAJA 2BGGA 4CEOA 4FLWA 1JLAA 4FLVA 4DTUA 3I8DA 1LAWA 4N5SA 1VSLA 3L2WA 3RMCA 2BDPA 3DMJA 1D9DA 3OS2A 3KKRA 4OVLA 2GBZA 1C1CA 3PO4A 1JXEA 4CCHA 1BIZA 3K57A 3QERA 3OYJA 4E89A 1U04A 4YNQA 2VG6A 1D9FA 4DS5A 2RN2A 1NOZA 3O3FA 3DRRA 5DK5A 4KHQA 3L3VA 4KAZA 1O1WA 4E7JA 3OS0A 4W5RA 3AO1A 1CLQA 3QLHA 4RW9A 1C1AA 2JLEA 4DG1A 2PYLA 3VQ7A 4FJ7A 5JS2A 4PUOA 1WSGA 1SV5A 4F4KA 2O4IA 3QEVA 5HRNA 5I3UA 4KKOA 2P51A 3MECA 3NFAA 3NF9A 3VQ6A 1D5AA 1QS4A 3HT3A 4CJVA 4DU3A 4DFPA 4CGJA 3A2FA 3K59A 3EYZA 1ZBUA 4M41A 1X9WA 1RBUA 4CGHA 4FLUA 4BWJA 3LWMA 2D5RA 1IO2A 3ISNC 1A5VA 3QIPA 3PX4A 1BQMA 4NCGA 4PQUA 2HMIA 3H08A 1NK6A 4B9MA 3TAMA 1J54A 3LALA 4Z4CA 1S1UA 4FM2A 1WSHA 3LP1A 3AA5X 5EU7A 4CHYA 2P5OA 4KB1A 4FXDA 3AVNA 5HBMA 3NBPA 4KO0A 2X6SA 4DQQA 2X74A 4CEZA 3MXIA 4J2BA 4FK0A 1GOCA 4IFVA 3OYAA 4FM1A 2FC0A 4BE1A 1N5YA 4RW8A 4LY7A 1UAXA 4AILC 4FLYA 2XY6A 3TAEA 5HP1A 4KI6A 1RT3A 3SUPA 2G8FA 4J2EA 4B8CA 2E6MA 1WSFA 4KRFA 2B4JA 2VWJA 4FK2A 1C0TA 4OKKA 3B6OA 3QEXA 4KPYA 4KB0A 4FK4A 4IDKA 3AVGA 3OYFA 1U4BA 1Q9YA 1WN7A 1FK9A 2GV9A 4ZTFA 5T7BA 1NJWA 2X6NA 1S1TA 1VK0A 4CEQA 4MQ3A 5SWMA 1JKHA 1TV6A 3KK3A 4FJXA 2VG5A 1EXQA 4W5QA 2E4LA 4DTMA 3VQAA 3P83D 2HHVA 4Z4EA 1BHLA 3D45A 3S3NA 4CFAA 1I3AA 3TAFA 1S1VA 4CESA 4BWMA 3L2QA 4ELTA 3SQ0A 3P5JA 3MEEA 3IS9A 1UA1A 5C42A 4E1NA 4CEDA 1T05A 1JL1A 3HYFA 4DQRA 3S3OA 2G8UA 3SQ4A 2P1JA 4IG3A 2Z1IA 3NF6A 4DSFA 2P5GA 3I0SA 4C8NA 4GVMA 4LH5A 3SJJA 2HHSA 1S1WA 4CHNA 2Z1JA 3AO4A 1JLBA 3NDKA 3CQ8A 4J2AA 2YNGA 1G15A 4IG0A 4AHSA 3K5MA 1U49A 1HYSA 2NUBA 3HO1A 1JLQA 2F96A 3ZSWA 1HMVA 1XHZA 1HQUA 4WE1A 3SNNA 3HPOA 2DY4A 3AVKA 3K5NA 1TL1A 1X9SA 4NCAA 1T7PA 4B9SA 2OZMA 3VQPA 2GUIA 4DTOA 5JS1A 4CHQA 3I0RA 3VA0A 4CEAA 4FJJA 1DTQA 3AVCA 3VQBA 2HHXA 2KZZA 4KTWA 3KLEA 2RKIA 3V1OA 4DQPA 4CE9A 4RW4A 3AVMA 5HRRA 3LZJA 3VQ8A 3DRPA 4E7LA 4AHRA 3OYNA 3HXMA 4Z4FA 4FVMA 3U6FA 3TR8A 2YNHA 4BE2A 4FM0A 1NK0A 2G8VA 3QEIA 1TKZA 3WNEA 1RDBA 1SUQA 3NF7A 5HLFA 1FXXA 4CEBA 2B5JA 3AVBA 3CFOA 1JLCA 3F9KA 4CJ4A 1IH7A 5J2QA 3PX6A 4KV8A 3ZSXA 4LD0A 4B08A 4CGIA 2Q3SA 3PUFA 3VQCA 3WNHA 3C94A 3NCIA 5CZ2A 4M3UA 4HHTA 4YFUA 4KI4A 3SPZA 4NYFA 1XWLA 1JXBA 4CJFA 4KTZA 3V9SA 2VWKA 3T1AA 3FFIA 3VQ5A 2HHTA 4Z4IA 4DF4A 1LV5A 1L5UA 4M3WA 3NAEA 4B9TA 4DQSA 3B6PA 3T19A 4CHOA 1C6VA 2E6LA 2FBVA 3DOLA 3TAQA 3KJVA 1TAQA 3QESA 3E01A 1QSSA 3RRHA 3OYDA 4E0DA 1B92A 4ZHRA 3RR7A 3IG1A 4QAGA 1VSHA 3DLEA 2XHBA 3LWLA 4FZXC 1BI4A 3SZ2A 1R0AA 5HRPA 5SZTA 4KHNA 1KVBA 1CZ9A 2BANA 4DTNA 1TK5A 4O5BA 5KGWA 1Z26A 4H8KA 4AHTA 3ZSRA 1SKSA 1HYVA 4BDZA 4K8ZA 4OLAA 2QKBA 4CFCA 3AA3A 1X1PA 4NYNA 1KLMA 5E41A 1J9AA 1A5XA 4DSIA 3O4NA 3OJSA 1CZBA 3AVIA 5CYMA 3V1QA 1BQNA 3HP6A 2BE2A 1Q9XA 5KTQA 2XY7A 3T3FA 3AVHA 4CJLA 4C8KA 4DTRA 2ZD1A 1YVUA 2DFHA 3KTQA 4M3ZA 1RDCA 4DF8A 3LDSA 1ASWA 3TABA 2R7YA 3QNOA 3VQDA 2QKKA 2KFNA 4E7HA 4FW1A 1HNIA 2KW4A 4R5PA 1RTIA 3HVTA 4CGFA 4PA1A 1YT3A 2RPIA 4KREA 4DTSA 4DSJA 2YHBA 2YV0X 4HCCA 4FJKA 1LWCA 4ZTJA 3NGZA 3DLHA 1JLEA 3V81A 1HRHA 5CYQA 4BE0A 1W0HA 1RNHA 4CECA 2IGIA 3AVAA 1F21A 1JLFA 1LWFA 1RT7A 3TWHA 2IDOA 4DMNA 2Y1IA 1L3SA 1XHXA 5K14A 3RWUA 4PWDA 2HVIA 4CJ5A 4CGDA 1GOBA 3CFPA 1TK8A 2FBYA 2ETJA 3AV9A 3AVJA 1Y97A 2DFFA 1EX4A 3OYEA 3TAGA 3AA4A 3ITHA 5J2NA 4KHUA 4Z4GA 1HQEA 1ZBHA 3DRSA 4AHUA 1HYZA 2KTQA 4CJEA 2W42A 3JYTA 4GMJB 1T03A 2HNZA 3KKSA 1ZBIA 2OPQA 3HL8A 4I2QA 4CFBA 3NGYA 3PX0A 3L2UA 3KD5E 2IOCA 1REVA 4N76A 1WSEA 2D0AA 2ZQBA 3PO5A 4L8RB 1A5WA 4CHZA 1BL3A 5FDLA 3OYBA 1BGXT 4JS5A 2KZMA 2RF2A 3AVFA 2PYJA 4DWIA 4QOZB 4AH9A 1U45A 1IKWA 2EX3A 4B3OA 4RG8A 3EZ5A 3LPTA 3MEGA 3MXJA 2YHAA 4FJ5A 1NKBA 1BIUA 3LAKA 1EETA 3TANA 3OYGA 3QNNA 3PV8A 4M42A 3ASMA 4O44A 1C1BA 5KRSA 4KHYA 3OYLA 3O3GA 2DTUA 3LPUA 4CF2A 3LZIA 3KLIA 1QSLA 3M8PA 4CGGA 3OJUA 4LSLA 4CEFA 1J53A 3DI6A 4JS4A 4FJMA 1QSYA 4FYDA 4CK2A 1TAUA 1TL3A 1HPZA 2YKNA 1TGOA 3IRXA 1RILA 2DFEA 4BACA 4CJ3A 1BISA 1KVCA 3K5OA 3OS1A 1TKTA 2G8IA 4OKJA 4I9LA 4KHWA 3THVA 4IKFA 2ZE2A 4FLZA 3V4IA 4CERA 1JLGA 4FJLA 2PZSA 5HRSA 1LW2A 2HHUA 4DLGA 4E19A 2XY8A 2X78A 3HPGA 4DSLA 1NJXA 4FZYA 2KQ2A 3AO5A 5KRTA 2OPRA 3BGRA 3ULDA 3RMAA 3NH2A 1TKXA 4FZZA 3QO9A 4M3RA 5J2PA 4CK3A 3AO3A 4E7KA 2OZSA 3D0PA 4KFBA 4ICLA 4GW6A 3U3GA 3JSMA 3QEPA 1L3VA 1KTQA 2QXFA 2HNYA 1DTTA 1HJRA 4B9LA 4W5TA 4CJSA 5KGXA 4DU4A 4O4GA 1W9HA 1IKXA 4CF9A 2JGUA 1UA0A 3EY1A 4E3SA 1CXUA 4CIFA 4DFJA 1VSJA 4HVJA 3NE6A 4HUEA 4FJ9A 1RTHA 4JRPA 5CY4A 1IG9A 4F2SA 1XI1A 1LAVA 3VQEA 2YKMA 3M8QA 4BDPA 3G10A 1WSJA 3TI0A 1VSEA 1S9EA 1WAFA 4OPKA 3SUOA 1RCHA 5J1EA 2G8WA 4OJRA 4B8AB 2KFZA 3DLRA 1S6PA 4AHVA 3K58A 4NCBA 2WOMA 4OLBA 4HUFA 3AA2A 3WNFA 3WNGA 4DTJA 1SL0A 4DTPA 3F73A 3L3UA 1RT2A 3QIOA 3ZT1A 3LANA 1TK0A 3K5LA 1NK7A 4O0IA 4B9UA 3QEWA 4C8OA 4FW2A 3NHGA 1VSKA 1C0UA 2Y1JA 4Z0UA 1SKWA 4O0JA 4TSXA 3KLFA 3CFRA 1VRUA 1NJYA 4MFBA 4DFMA 1NK4A 3DOKA 4H4MA 4HCBA 1KVAA 1WLJA 1T8EA 4EZ6A 4LSNA 3KLHA 2B6AA 3QINA 5FRNA 1TKDA 4CIEA 3CYMA 4F2RA 4N47A 1GOAA 4CF1A 4FJIA 3VA3A 1VRTA 1S9GA 2YNIA 4C8MA 1BCMA 1XC9A 1MU2A 3BDPA 1QE1A 5FROA 1NK8A 3ALYA 3KK2A 4HUGA 3DLKA 4FLTA 2D0CA 1KSPA 3S9HA 3OYCA 1ZBLA 1QQCA 4CIGA 1RTJA 4KHSA 3SUNA 1FKPA 3LP2A 2VG7A 1FKOA 4RW6A 4Y1DA 3V9WA 4ELVA 3AVLA 3NH0A 1RDAA 2FBXA 1LWEA 4DLEA 1U48A 2WONA 3RMBA 2OYQA 3IAYA 4UQGA 1NK5A 4Q0BA 1S1XA 4W5OA 3M8RA 4CJRA 3V9ZA 3PY8A 5KI6A 3CM5A 1ASVA 3RTVA 3SQ1A 1SL2A 3HM9A 3HJFA 1RDDA 1HNVA 2EHGA 4M3YA 2OPPA 5I42A 3SYZA 3QETA 4DFKA 3AO2A 1ZBFA 3HSTB 1RTDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXMB 5HROA 3WXJA 2UU9K 3S3MA 2WFBA 4IBNA 4CJWA 4H4OA 4JKDA 4JRQA 2P9KB 3MEDA 3MXMA 2P9IA 3V9UA 3SI6A 5CZ1A 3CQXA 3AAQA 3L2VA 4A5BA 4XH5A 4AHCA 4FPBA 1N6QA 1CXQA 1V4TA 3O9TA 2V51B 4FCYA 3LP3A 1LW0A 4OGCA 1BG3A 3LP0A 3SUQA 4JHDB 2F4VK 1MA9B 1KCFA 4F3OA 2HB5A 3SPYA 4CF8A 3VQ4A 4CJTA 4YHHK 4G1QA 4EIAA 2PY5A 2YNFA 4OPJA 1BWFO 2FF3B 3DXMA 4KBOA 3QFUA 2ATQA 3DLGA 3UKUB 4Q5VA 1NJZA 3QMLA 3THXB 1Z25A 2FF6A 1Q82O 4M3XA 4CZKA 4EP5A 4I7FA 2F8TA 3EZWA 1YI2N 3A5LC 3LAMA 2W6KA 3CI5A 4CHPA 2FSKA 4IOCL 4IFYA 5D3GA 5AQYA 2V7YA 3PSFA 4K41A 2E20A 1SZ2A 4FJNA 3EN9A 2HHQA 1L3TA 1JL2A 3A5OC 4ID5A 1S3XA 2IVPA 1K8AO 3KLGA 2QW9A 1NGIA 3ZT4A 3ZT0A 4BDYA 1QHTA 3OVNA 1YF5L 3J8AA 1WAJA 4CEOA 1NMNA 3O9UA 4FLVA 2NRHA 3I8DA 1LAWA 4N5SA 2Q0UA 4BRGA 3HM8A 1D9DA 3OS2A 1C1CA 1VQ4N 5HOOA 4DS5A 3CCVN 4KHQA 3AO1A 3QLHA 2NNWA 3U4LA 4DG1A 4DR4K 4CJ7A 3O6WA 1GLEG 4KKOA 1VQMN 3MECA 3NFAA 3NF9A 4DU3A 4CJVA 1DEJA 1ZBUA 1X9WA 4RWTA 4BWJA 2EWSA 3CJCA 3TTCA 1IO2A 1BQMA 3D2FA 4YOXA 4JD2B 1NK6A 2I7NA 3UE5A 4B1WB 4JN4A 4Z4CA 5JVGL 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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