4CJFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjfA00
3TAFA 4YNQA 3V81A 4CHPA 1RT1A 1EX4A 3O4QA 3SUOA 3SCXA 1LAWA 2QKKA 4AH9A 3VQ9A 3SQ0A 3TI0A 3AO3A 4DLEA 4FM2A 4Z0UA 3HL8A 3LPTA 5KGWA 3OYFA 4B8CA 3F9KA 3NCIA 4FJNA 2B5JA 3PX4A 3MXMA 3MEDA 2G8UA 3KTQA 4FZZA 1DTTA 2XRIA 3VQDA 4ZHRA 5HRRA 4FK4A 2P1JA 5I42A 3C6TA 1S5JA 3IRXA 4DSEA 1VSKA 4ZTJA 1KCFA 4CGFA 1NKEA 4MQ3A 3ALYA 3VQ8A 4CF0A 5HROA 1VSFA 3OYBA 1JL1A 3S3NA 5HRPA 3DYAA 3UIQA 1B92A 4M3XA 3TWHA 4Z4FA 3NF6A 1S1TA 1C0MA 3L2UA 4KFBA 3ZT3A 3C6UA 3QIOA 4CFBA 3SQ2A 4CGGA 1NK9A 1LW2A 4ID1A 4DF8A 4MFBA 4PUOA 3KD1E 2EX3A 4CJWA 1U04A 1C1CA 4CEBA 3KLHA 4DQSA 5J2PA 3SUPA 1CZ9A 4E3SA 4I9LA 1JLAA 5E41A 1D9DA 2I5JA 4CGIA 2OZMA 3P5JA 3ZT0A 1HNVA 2O4IA 1G15A 3LZIA 3BGRA 4C8MA 3ZT2A 1TK8A 1X1PA 4BDYA 3QETA 1LWEA 2O4GA 4KREA 1WSHA 3TARA 1S9GA 1YTAA 1K6YA 2NUBA 1TKZA 5D3GA 4FXDA 1QQCA 2HHWA 3ZSYA 4O4GA 3AVBA 3SQ1A 3NAEA 3OYCA 4B9LA 4CEOA 1TK0A 4CJ3A 4FLYA 4KB1A 1VSMA 4NCBA 4AILC 4LH4A 1NJZA 2JGUA 4DSIA 2G8WA 1GOCA 4C8LA 2PYJA 3DLRA 4CFDA 1JKHA 1ITGA 3NF8A 2XY8A 3OYEA 1RILA 2GUIA 2B6AA 1HNIA 4IFYA 4CF2A 1RT4A 3RRHA 3L2VA 4KKOA 3RMDA 3DLBA 1TAQA 1HQUA 2HVIA 3VA0A 1RBTA 4FVMA 3A2FA 1EP4A 1CLQA 2BANA 1S1XA 4DSLA 1EXQA 1O1WA 1D5AA 1C1AA 4I2PA 5C42A 1ZBUA 3OJUA 2HHQA 1KVAA 4C8NA 1ZBFA 1S1UA 4B9TA 1B9FA 2RKIA 2WOMA 1X9WA 1JLFA 3DLKA 3OYAA 4CEZA 3I8DA 1DTQA 4OKKA 3I0SA 1HMVA 4BACA 3SUQA 3DMJA 3KD5E 3AA3A 3CM6A 3U3GA 3CFRA 1X9MA 4EZ6A 3QESA 4DS5A 4DSJA 3V9SA 2FC0A 3RMBA 3H08A 4PA1A 4PY5A 1LW0A 1VK0A 3HPGA 1L3TA 4KHNA 4FLZA 1HJRA 2E4LA 1U45A 1VRTA 4RG8A 1DLOA 4CHNA 3M8RA 3LAKA 3AA5X 2A1SA 2FBTA 4RW6A 5HRSA 4O0IA 4K8XA 4B3OA 3TAMA 3RMCA 3EZ5A 2G8HA 1TKTA 3QO9A 1VSDA 2IGIA 3SJJA 4IKFA 4KHSA 2KFNA 2G8FA 4KHQA 1KFDA 1UWBA 1SKRA 1LV5A 1QSYA 2F96A 1LAVA 1SKSA 3DOLA 4Z4IA 4DFKA 2DY4A 5CY4A 3NF7A 4H8KA 3O3GA 4FJ7A 3M8QA 1RT6A 4J2AA 4Y1DA 3MEEA 3NBPA 2OPSA 3G0ZA 1TAUA 3M8PA 3QLHA 4FLXA 1KLMA 2HMIA 5HP1A 4CGJA 1GOAA 3HT3A 3NGIA 3HK2A 3KK2A 1XHXA 1VSIA 3CYMA 1HYZA 3ZSZA 1BI4A 4KTQA 2ZD1A 2YHAA 4IG3A 4CK1A 4DS4A 1RTIA 3SPZA 1QTMA 2AJQA 3AVGA 3PX0A 1NK8A 3LP1A 4CIEA 4E7LA 1J5OA 1QE1A 3AVKA 1TGOA 4J2EA 3KLIA 4FZYA 4OKEA 4DF4A 3D45A 4KO0A 1REVA 1LWFA 1LWCA 1RDDA 4KPYA 3LALA 3AVAA 3ZSOA 1RBUA 2X78A 4FJ8A 1IKVA 4IG0A 2E6MA 2VWKA 1FK9A 4IFVA 3OYGA 3MAQA 4CCHA 4UQGA 3K5NA 3MEGA 4DTRA 4FJLA 4E7JA 3LP0A 4C8OA 4AHUA 4B9SA 2RPIA 4Q0BA 1RT7A 1EKEA 3QNOA 4JS4A 4N56A 3JYTA 1BL3A 4IBNA 4CFAA 1MU2A 4CK2A 3PO4A 2FBXA 2D5RA 1C6VA 4OVLA 2Y1IA 2KZMA 4KRFA 4M3UA 3K5MA 4B8AB 3LWMA 3RRGA 2Q3SA 3LZJA 3U6FA 4TSXA 5K14A 3HP9A 1Q9YA 4CF1A 2D0BA 4N5SA 5EU7A 2G8IA 2YKNA 3WNEA 1NK7A 4F8RA 4FJ5A 4GW6A 3VQQA 2XHBA 3AVJA 3DOKA 4KAZA 1R0AA 3WNHA 4H4MA 4EZ9A 4BE1A 3ITHA 1IKXA 1S9EA 4B08A 3K5LA 5HBMA 4RW8A 5JS1A 3TANA 4CJPA 4OGCA 3K5OA 3OS1A 3QIPA 3QEXA 2G8KA 3K57A 4FYDA 4BWMA 4N76A 3KIOA 1WSEA 3QERA 4KTWA 1RT2A 1FXXA 3O3HA 3LWLA 4I9QA 2YNFA 4DTJA 4B9MA 4KHWA 1BIUA 1ZBHA 1JLCA 1RT5A 3V1QA 4BDZA 3K2PA 2JLEA 4DTNA 3SUNA 4J2DA 4LH5A 5HLFA 3FFIA 3RWUA 4KHYA 3CFOA 1JLQA 1BHLA 4OLAA 3LAMA 4OPKA 2A1RA 3SV4A 4FW2A 4FJJA 2F8SA 3EYZA 4M3YA 3HVTA 4FM0A 4F2SA 1BIZA 4LSNA 4DQQA 4DTSA 3QEIA 3SV3A 3PV8A 3SNNA 2VG7A 2VG5A 1D9FA 1QHTA 3RTVA 4DWIA 4JRPA 1L3SA 3F73A 2XY5A 4N41A 1HQEA 3AO1A 1KVBA 2HW3A 3OYHA 3DLHA 2IDOA 2W42A 4FJKA 3AO2A 1IO2A 4BE2A 1T8EA 3VN5A 3KLEA 2Y1JA 1C1BA 3HVRA 2PYLA 1WSIA 2E6LA 2VWJA 3V9UA 3AO5A 3TAGA 1TKXA 1KSPA 3PY8A 2OPQA 2YNIA 4O44A 5KI6A 3V9XA 4ZTFA 4FK2A 1QSSA 3ZSRA 4M3TA 2RN2A 1J53A 1U49A 4GVMA 4AHRA 4ELTA 4AHCA 1BI4B 4CK3A 2DFFA 2Z1GA 4DU3A 1JL2A 4FK0A 1TVRA 2ETJA 3OYKA 1Y97A 2ZE2A 4G1QA 1TL1A 4EP4A 5J2QA 4M42A 3EY1A 4RW4A 3LANA 1RBVA 2QK9A 4NYNA 4E1NA 4N47A 1BISA 2IAJA 1NK4A 5KGXA 4FJGA 4FJMA 3PX6A 4E7IA 5C25A 5C24A 2HHTA 2GBZA 1L3UA 2DFEA 1JXEA 3TABA 1NK6A 4CIFA 3NH0A 4CJ4A 4QCLA 4CJRA 5CZ1A 1XHZA 4NYFA 1NJYA 1QSLA 4O0JA 2BGGA 1Z26A 2ITGA 1RDCA 3LP3A 4BDPA 4DU1A 4HCBA 1BCOA 4CJKA 4FJ9A 3HJFA 1W9HA 4OJRA 4M3RA 1WLJA 3L8BA 3V4IA 2KZZA 3VQCA 4M41A 4IDKA 1N5YA 1KFSA 4DQIA 4W5OA 3OYIA 3SYZA 4FLWA 3P1GA 1T7PA 1J54A 1BQNA 2ATQA 2D0CA 4RW7A 4R5PA 3DLGA 5J2NA 3SI6A 4DTPA 3ZSVA 4DTXA 1U47A 3IAYA 2HB5A 3VQBA 3NGZA 2D0AA 4DFPA 4B9NA 1HYVA 1WN7A 4M45A 1CXQA 3DM2A 3B6OA 3AV9A 4O5BA 2ZQBA 3JSMA 1U48A 3KJVA 4YFUA 1ASVA 3NH1A 4OPJA 1A5XA 1GOBA 3NFAA 4ELVA 2WONA 1BQMA 5KRTA 3S9HA 2GV9A 4CGHA 1NK5A 2P5GA 3SQ4A 1TK5A 1VSEA 1RTDA 4CEFA 4CHZA 3S3OA 5DMRA 3AVNA 3QINA 4Z4CA 1JLBA 3AVFA 4HUFA 3LPUA 1IG9A 4ELUA 3VQAA 3P83D 2RF2A 3KLFA 2OA8A 1UA0A 3C94A 3THVA 2OZSA 3QEPA 3T3FA 4AHTA 5FRNA 3B6PA 1CZBA 4OGEA 1Q9XA 3NF9A 4F2RA 1ZYQA 4CGDA 3OY9A 3E01A 1L5UA 4KHUA 4AHSA 4W5TA 3L2RA 2QXFA 1J9AA 2HHVA 4JS5A 4LD0A 3I0RA 4GMJB 1C0UA 4CIGA 3TAEA 1W0HA 3ZSQA 1TL3A 3HSTB 3O4NA 4PWDA 4M3ZA 1BGXT 3NH2A 3KK1A 4W5NA 4K8ZA 4CESA 2BDPA 1RTJA 3VQPA 1CXUA 3ZT1A 3RMAA 3QEWA 3K58A 1JXBA 2FBYA 1Q8IA 1A5VA 1SUQA 4LY7A 4W5RA 2KW4A 3TR8A 3K59A 4NCAA 4KI6A 4F3TA 5FROA 2LSNA 4FLTA 4NCGA 2KQ2A 4Q5VA 1T05A 4WE1A 3WNGA 4CHOA 3C95A 4DTOA 1B9DA 3AVLA 1ASWA 3HXMA 1NKCA 2G8VA 4DQPA 1HYSA 2KFZA 1WSGA 4CJ5A 4DLGA 1KTQA 2Z1JA 3L3UA 3KLGA 1ZBLA 5DK5A 1S6PA 1D8YA 2HNZA 1SV5A 4CHYA 3OS2A 3D0PA 3AA4A 1NJXA 3OYMA 4CECA 3LDSA 4E7KA 1NJWA 4FJHA 1IH7A 4JLHA 3VQ6A 4CJTA 5SZTA 3OYJA 5FDLA 1IKWA 4J2BA 4CF9A 4EP5A 3DRSA 4FCYA 1YTUA 4M3WA 3AA2A 3HO1A 2YV0X 2X74A 1A5WA 1NK0A 3ISNC 1NOYA 2HHUA 2PZSA 4PQUA 5FRMA 1RBRA 4E89A 1RTHA 3IG1A 3CFPA 1ZBIA 3OJSA 4LSLA 3VQ5A 2YKMA 1HRHA 2R7YA 5I3UA 4E1MA 3M8SA 1SL0A 1TV6A 3V1RA 4CJUA 1JLEA 4E0DA 3NDKA 2VG6A 2X6NA 4CEQA 2OPPA 5KTQA 5T7BA 4FLVA 1IKYA 4DFJA 1XC9A 4CEDA 2YNHA 3VQ7A 3L2QA 4C8KA 2HHSA 5CYMA 1U4BA 1UAXA 1JLGA 2Z1HA 1ASUA 1HPZA 3ULDA 3AVHA 2P51A 3NE6A 2YNGA 3AO4A 4H4OA 3HPOA 1SL2A 4CF8A 1SL1A 1F21A 2YHBA 3ZSXA 3AVCA 2DFHA 4QAGA 4CHQA 4FLUA 3HM9A 1VSLA 1X9SA 4CEEA 4XIUA 3OYDA 4DQRA 4HUEA 5J1EA 3SPYA 3KKSA 2IOCA 3WNFA 5J2MA 3U3YA 1UOCA 3NHGA 3ZT4A 1RDAA 3SZ2A 2DTUA 3CQ8A 3V9WA 1QS4A 2IC3A 1S1VA 4I2QA 3VQ4A 4CJVA 1KLNA 1Z25A 4KB0A 2IS3A 4DTUA 2B4JA 1KVCA 4CJQA 4DTMA 1I3AA 3DLEA 4CJFA 4DSKA 4Z4EA 2HVHA 4DFMA 4F4KA 2P5OA 4DU4A 3O3FA 4FJIA 3ZSWA 3ASMA 1WSJA 4AHVA 1SKWA 3TAQA 1UA1A 4HTUA 4DG1A 2HHXA 1WAJA 3HPHA 1VSHA 1WNSA 3LP2A 4FM1A 4FW1A 3QEVA 3PUFA 4KV8A 4CE9A 4HUGA 3MECA 3V9ZA 3IS9A 3HP6A 1TKDA 4QOZB 1N6QA 3V6DA 2X6SA 4E19A 4CERA 4CEAA 2PY5A 5JS2A 5CYQA 1I39A 4E7HA 3QNNA 4I7FA 3HYFA 3VA3A 4W5QA 3MXIA 1XWLA 4Z4GA 1RDBA 3AVIA 3NGYA 3DI6A 3OYLA 3VQEA 1KRPA 4B9UA 3RR8A 3L2WA 4ID5A 1RT3A 1NOZA 1YVUA 4Z4HA 3V1OA 3OS0A 1S6QA 1WSFA 3L3VA 3OVNA 1FKOA 2HNDA 2FBVA 4F3OA 2XO7A 3PO5A 4HVJA 4CJSA 2F8TA 5KRSA 3CM5A 4Y1CA 3RR7A 5SWMA 3G10A 3OYNA 4HCCA 3DRRA 1FKPA 3TAPA 1C0TA 1VSJA 4RW9A 4CFCA 1RCHA 1WAFA 1RBSA 4KTZA 4O55A 4BWJA 4DSFA 4BE0A 1XI1A 2OYQA 2KTQA 3ZCMA 1YT3A 4KI4A 5CZ2A 4B9VA 4CJEA 4FJXA 2XY6A 3KKRA 4ICLA 4OKJA 4CJLA 1RNHA 3S3MA 1BCMA 1L3VA 2BE2A 2EHGA 1S1WA 3T1AA 2OPRA 4HHTA 2XY7A 1T03A 3BDPA 2HNYA 4FZXC 3DRPA 1EETA 3MXJA 3CG7A 3T19A 1VRUA 4JRQA 3KK3A 1NKBA 2QKBA 4OLBA 4L8RB 2Z1IA 3AVMA 4DMNA 5HRNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TAFA 4BC5A 3SUOA 5F2RA 3P39A 4CI6A 3CJBA 3VGMA 4JKFA 5KGWA 3NCIA 2B5JA 3PX4A 3MEDA 4FZZA 1DTTA 1W7AA 1ZXOA 5HRRA 4NLCA 5I42A 4ZTJA 3C6TA 3PLAA 4MQ3A 4CF0A 5HROA 4BC4A 3THWA 4BRGA 4QS8A 3VF2A 1B92A 3UIQA 4JYAK 3TWHA 4KFBA 3C6UA 4CZKA 4OPHA 4KHPK 4LFAK 1NK9A 4ID1A 4MFBA 2EX3A 4A2AA 1EWRA 1U04A 4DQSA 3SUPA 1CZ9A 5E41A 4YDUC 3P5JA 3DLLL 1HNVA 2O4IA 3LZIA 3BGRA 4AF1A 3ZT2A 1TK8A 4KREA 1WSHA 3CJ7A 1OH7A 1K6YA 5D3GA 2HHWA 5HOOA 4FXDA 3OA9A 4BR5A 4AILC 4YOWA 3WEEA 3BUZB 4X62K 5CE3A 4A61A 4CFDA 3NF8A 2XY8A 3AARA 3O9QA 3SBTA 2GUIA 1VQMN 3DLBA 4CF2A 4BG8A 4KKOA 3VA0A 1RBTA 4FVMA 4BC3A 1CLQA 4CZHA 3THXB 2GELA 2BANA 1S1XA 5JLHA 4IO9L 4I2PA 1YF5L 4BGBA 3VPZA 1B9FA 2WOMA 1JLFA 4BACA 1KQSM 5LJVA 3HOSA 2NRZA 3T7ZA 5ELZA 1YUWA 3RMBA 2P9PB 4PHTX 2E4LA 1VRTA 1DKGD 1DLOA 4RG8A 2WFBA 4RW6A 4O0IA 4B3OA 1OH6A 3L4IA 4AM6A 4KHSA 2NRWA 4JI6K 5M1KA 1SKRA 1QSYA 3O3GA 4FJ7A 3J7YP 1YJ9N 3FFKB 5I9EB 3G0ZA 3PIPL 2VQEK 3QLHA 4FLXA 1KLMA 4XEIA 1GOAA 3NGIA 3KK2A 3IKMA 2YHAA 1N8RO 4CK1A 1RTIA 3TSQA 3AVGA 1ESVA 2Q97A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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