4CJFA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjfA00
4KPYA 3ZSWA 4KFBA 3OS1A 1D9DA 3F73A 3U6FA 1IH7A 3ZT4A 4OGEA 1U48A 1YTUA 3OYKA 4DF8A 3IAYA 3SQ4A 4CHZA 1IKWA 3ZSQA 2ZE2A 1EX4A 5K14A 1L5UA 3ZCMA 1JLFA 3AO4A 4LH4A 4JRPA 4CEQA 2P5GA 4FLWA 1B92A 3SUOA 2OZSA 3VN5A 4FZXC 3P83D 2DTUA 3M8SA 3HP6A 1BCOA 1HNVA 3BGRA 5DK5A 4WE1A 1UA0A 5KGWA 2QKBA 2ZQBA 3NGIA 3V9ZA 5J2MA 3LP1A 3QEPA 1NK7A 1HQUA 2P5OA 3NCIA 2P51A 5C24A 3KLHA 1EETA 1S9GA 3LWMA 4ZHRA 2G8HA 2ZD1A 3PO4A 2YKNA 2OYQA 4FJXA 4Z0UA 4L8RB 1IKXA 4E1NA 4M3RA 5T7BA 5HROA 1BI4B 3LPUA 4GW6A 3VQ5A 2HVHA 3RRGA 3OS2A 3SV3A 2ETJA 3NBPA 3NAEA 1QS4A 4DSKA 3NF6A 4LSLA 2EHGA 1KRPA 5EU7A 2JLEA 2G8IA 4CIFA 3RMDA 1VSEA 4CJLA 1T03A 1J53A 3TR8A 2G8WA 5J2NA 1RBRA 2E6LA 2HHUA 1NOZA 4Z4FA 3DOKA 4BWMA 1BISA 3QETA 2IS3A 3MEGA 1Q9XA 2IC3A 1S1TA 3CM6A 3QO9A 3L2RA 1NJWA 1BHLA 3CFPA 1RT2A 3VA3A 1VRUA 4CK1A 3DLEA 4AHUA 3AVCA 1S1XA 1JLGA 3C6TA 5JS2A 3SCXA 2DY4A 1X1PA 1T8EA 3TWHA 2LSNA 3RMCA 4AHRA 1L3UA 4KTQA 1BCMA 1S1WA 2YHAA 4FM2A 4CJ5A 3ZSOA 4I2QA 1TKTA 5HBMA 3LPTA 3O4QA 1GOAA 2Z1IA 4BDYA 4CEDA 3V9UA 3NFAA 4CEAA 4CEEA 3WNEA 4XIUA 3D45A 3OYNA 3SZ2A 4N47A 3QEXA 1Z25A 3AA2A 4K8ZA 4LD0A 3DLKA 4F2RA 1CZBA 3TAMA 4E7HA 4RW8A 4OPKA 2XRIA 1N6QA 1XI1A 2GBZA 3TAGA 3O3HA 3OYMA 4NCGA 5CZ1A 3VQEA 2F8SA 3O4NA 1RDBA 1S1VA 1KTQA 1DTTA 4CJ4A 3SUQA 1HYSA 3V4IA 3AVFA 2HHXA 4FK2A 4DS5A 1KFSA 4FJGA 3OYJA 3ZSVA 4W5RA 3PUFA 1WSGA 1W9HA 2OPPA 4BE0A 3LALA 2IOCA 1TVRA 1C0MA 4H4MA 5KI6A 4GMJB 4CGHA 2YNFA 2D0AA 3C6UA 4AH9A 5HRSA 3SQ0A 4NCAA 1RT7A 3ASMA 3S3MA 1MU2A 2KQ2A 1C6VA 3HVTA 4CHYA 1YTAA 2RPIA 1XHXA 2EX3A 3L2VA 3OYCA 1NKCA 3OYIA 3TI0A 4CF9A 3AO2A 4OVLA 4I7FA 2D5RA 4CJPA 3OJSA 4HUGA 4KTWA 1NKBA 3C94A 3S9HA 4B3OA 1WN7A 3QERA 3F9KA 4M45A 1QSYA 1KVAA 4CCHA 1ZBLA 3ZSZA 4EP4A 3K57A 4H8KA 3DLGA 4CFDA 1UA1A 5J2PA 4H4OA 1Q8IA 2R7YA 3DRRA 4FM0A 3HJFA 4FJ5A 3SI6A 4CJTA 2F8TA 1C1AA 1JLEA 3QLHA 1TK0A 3VQ6A 5FDLA 1J5OA 4CJEA 3LDSA 1BI4A 3SYZA 2HB5A 5FRNA 3K5MA 2X78A 3P1GA 4B8CA 4CGIA 4M3WA 3RMAA 4B9UA 4W5NA 1NKEA 3V1OA 4KHYA 4DU3A 1ASWA 3VQ9A 4EZ9A 2A1SA 4E19A 3AVMA 2Z1HA 4QOZB 2HVIA 1RTDA 2YKMA 3PO5A 1ITGA 3HPOA 3QIOA 2XHBA 1SKWA 4B9LA 3KKRA 1VSIA 4ELUA 4KHUA 4PY5A 3NGZA 3KK3A 4O5BA 1RBSA 4W5OA 1RT5A 1ZBHA 4C8NA 1LWFA 3AVAA 1BQMA 2BANA 3L3VA 3U3YA 2G8UA 1RT6A 4Z4HA 1NOYA 1QQCA 3DLBA 1KVBA 1WSFA 3S3NA 3RR8A 2Z1JA 5I3UA 4CE9A 3HXMA 1T05A 3QEVA 4M41A 4E7IA 4CHNA 2B6AA 3NF8A 1ASVA 3VQ4A 3LWLA 4FJ8A 2XY7A 3H08A 4DQSA 4Q0BA 3MAQA 1FXXA 2HNDA 4CEFA 4ZTJA 5C42A 4OKEA 3U3GA 1TAQA 3VA0A 4B8AB 4F3OA 4CEBA 1QSLA 5SZTA 1VRTA 1TKZA 4JRQA 2IAJA 3ZT2A 2DFHA 4CHQA 4IBNA 3CQ8A 4FLVA 1NK9A 3AVBA 4GVMA 4E7LA 2X74A 1KLMA 1NJYA 4IKFA 1TL3A 4I9LA 2XY8A 3SQ1A 3RRHA 4EP5A 3JSMA 2VG6A 4RW6A 3M8PA 3K58A 1TV6A 3VQCA 1N5YA 4BE1A 3MXIA 4DU1A 3SJJA 4YFUA 1S1UA 3E01A 3FFIA 4LH5A 3VQDA 3NH0A 3D0PA 3OS0A 3UIQA 1L3SA 1ZBUA 4LY7A 1RCHA 3SUPA 1BIUA 3AVKA 3ITHA 4G1QA 3ZT0A 4E1MA 4CHOA 3OYDA 4K8XA 4CJWA 4CFAA 2KZZA 1TKXA 3KLEA 3V9WA 1TL1A 3EY1A 4B9MA 1I3AA 2P1JA 1KVCA 4CESA 4F4KA 4OLBA 3K5OA 3CM5A 5KRSA 4FJHA 1WSIA 4CF0A 3DLHA 1F21A 1HRHA 5HRNA 2O4GA 4CERA 2OPSA 3B6PA 4HCBA 4R5PA 1WLJA 1TK8A 4M42A 3WNFA 2HHTA 4FLUA 2NUBA 1WSEA 4CGJA 1SL1A 3CFRA 1C1BA 1X9MA 1TK5A 1VSJA 1JKHA 1RDDA 4OJRA 5CY4A 4AHVA 1LWCA 4DG1A 3OJUA 3V9XA 1D5AA 1WSJA 2OZMA 3AVNA 3KIOA 1RDCA 5CYQA 4IG0A 1UAXA 3CYMA 1EXQA 1LWEA 2JGUA 4MQ3A 1L3VA 1RILA 4B9SA 3O3GA 3OYAA 3K2PA 4FJ7A 1RT4A 1B9FA 1RTIA 1SV5A 1JXBA 4FLTA 3NH2A 4F8RA 1NK5A 4DWIA 2FBYA 4E7KA 3HL8A 4QCLA 1WAFA 3LANA 2I5JA 3NF7A 4FM1A 4DFMA 1RT3A 3DI6A 1HNIA 3M8RA 4ELTA 1S9EA 4QAGA 3T3FA 1QTMA 4I9QA 3WNGA 4CJ3A 5CYMA 5J2QA 4PWDA 3C95A 2ATQA 4CJRA 2RKIA 4DQRA 1SL2A 4DTMA 3IRXA 4N41A 4DTOA 1CXUA 1FKPA 1XWLA 3I8DA 2F96A 4C8KA 4DTJA 4FJMA 4BWJA 3L3UA 3L2WA 2YNGA 3ZT1A 4OGCA 3RR7A 3HPHA 3TAFA 3AVLA 3DYAA 2HNYA 1JLAA 5HRPA 3HVRA 4CECA 1NJXA 3NE6A 1L3TA 3AA3A 2VG5A 4FLXA 4DF4A 2PYLA 4CIGA 4DFKA 5KRTA 1GOBA 1JL2A 1IO2A 3NGYA 1D9FA 4FW2A 4Z4EA 2BGGA 5E41A 3ISNC 4PQUA 1G15A 1FK9A 1RDAA 2KTQA 3LZJA 2XY6A 2FBTA 2VWKA 4FJIA 5FROA 4KI4A 3TAPA 1I39A 4O44A 4W5TA 2G8FA 4Y1CA 4HVJA 3MXMA 3MECA 2YHBA 3L8BA 1IKVA 3KK2A 3AVJA 3HPGA 3K5LA 2YV0X 1VSHA 4IFYA 4PA1A 1A5WA 5J1EA 3NH1A 4DLEA 4DQPA 4N5SA 2BE2A 4BDZA 4DTSA 4HCCA 4DQIA 4CGGA 2FBVA 1ZYQA 1RTHA 1EKEA 3VQQA 2DFEA 3LZIA 4B9TA 4KI6A 1BQNA 3S3OA 3QESA 3TABA 1NK4A 3KD1E 3QEIA 1TKDA 2B5JA 4FVMA 2YNIA 1J9AA 3I0RA 4I2PA 3WNHA 5HLFA 4KTZA 3T1AA 4BE2A 3V1QA 3OYGA 3NF9A 1IG9A 1TGOA 1Y97A 4DS4A 4ELVA 3HM9A 4N56A 2DFFA 3T19A 3ZSRA 4CEOA 3HO1A 1S5JA 4CJSA 2OPQA 3QINA 5CZ2A 2W42A 2XY5A 2HHWA 4Y1DA 4AHTA 4CK3A 3SQ2A 4IG3A 4ZTFA 4F3TA 1REVA 3P5JA 1A5XA 3JYTA 1KSPA 3THVA 1W0HA 3IG1A 3AO3A 3SPZA 5JS1A 4OKJA 4OPJA 4AHSA 3MXJA 4CK2A 4J2EA 4CJUA 1WSHA 1RBVA 3KLGA 3SUNA 2X6SA 3ZSXA 1ZBFA 5KGXA 4W5QA 1U4BA 1LV5A 4ICLA 4C8OA 1NK0A 3PY8A 3OYEA 3OY9A 1NJZA 3BDPA 3RTVA 3DRSA 4FJNA 4CJVA 1SL0A 3VQ8A 4MFBA 4AILC 4FJKA 3TAQA 4BDPA 5HRRA 2FC0A 2KZMA 1UOCA 3LP2A 1O1WA 2IDOA 1CLQA 2Q3SA 2WONA 3OYHA 3HT3A 2OA8A 4C8LA 2B4JA 4E3SA 4J2DA 5KTQA 2D0BA 1B9DA 3AO5A 4HUEA 3SV4A 1RBTA 4KV8A 2RF2A 4NYNA 4CHPA 3RWUA 2RN2A 3CG7A 1JXEA 4E0DA 1U47A 4JS5A 4DTUA 2KFZA 1J54A 3AVIA 4CJFA 4CJKA 4YNQA 1XHZA 1UWBA 4DSFA 1IKYA 4KO0A 3QNOA 2Y1IA 4Z4IA 3V1RA 2XO7A 1U04A 4HTUA 4NYFA 4UQGA 5SWMA 3V81A 3TANA 1QHTA 3NHGA 4DTNA 4E89A 3DRPA 3I0SA 4DMNA 2PZSA 1DTQA 2KW4A 3OVNA 2E6MA 4CF1A 4DFPA 1VK0A 1JLCA 1C0UA 1VSMA 1NK6A 1HMVA 3DM2A 1KLNA 3AVGA 4CJQA 4CF8A 3L2UA 2X6NA 2QK9A 3ZSYA 2HNZA 1SKSA 1LAWA 1YT3A 4LSNA 4IFVA 3KK1A 3ZT3A 1HPZA 1RBUA 2IGIA 3MEEA 3PX0A 2PYJA 4KB0A 1JL1A 2AJQA 3A2FA 1JLQA 2E4LA 3CFOA 4JLHA 1U45A 4KAZA 4KHQA 1TAUA 5FRMA 1C1CA 1YVUA 4CEZA 3TAEA 4KHWA 3EZ5A 4DFJA 4B9NA 3G0ZA 2QXFA 3QEWA 3SNNA 1R0AA 1T7PA 2G8VA 2ITGA 1HYVA 4DSEA 2Y1JA 4Q5VA 4O0JA 1SKRA 2G8KA 3OYFA 4CGFA 3K59A 4KB1A 3AA4A 3PX4A 1A5VA 3DOLA 3G10A 1XC9A 4CF2A 3ULDA 2D0CA 3DMJA 4DTPA 3KD5E 4CFBA 4ID1A 4OKKA 4J2BA 1EP4A 1K6YA 4FLZA 4FLYA 4F2SA 2HHSA 1LW2A 3VQPA 4CIEA 3QIPA 1LAVA 2A1RA 1D8YA 2GV9A 4Z4GA 3M8QA 4FW1A 1ZBIA 4DQQA 2HMIA 3PX6A 4DTXA 1KFDA 3RMBA 1JLBA 3LP3A 3LAKA 4NCBA 3OYLA 4FK4A 4FXDA 3EYZA 3HYFA 1CZ9A 4M3YA 3O3FA 2YNHA 3OYBA 1Z26A 3QNNA 4KHNA 4DLGA 3LP0A 4FZZA 1WAJA 3PV8A 4M3XA 5D3GA 3HK2A 4O0IA 1KCFA 3MEDA 4HUFA 1RTJA 1HQEA 3DLRA 3IS9A 4O55A 4PUOA 1HJRA 1C0TA 1HYZA 2OPRA 2HHVA 4ID5A 4DSJA 3TARA 4M3TA 4FYDA 4EZ6A 2QKKA 2PY5A 2Z1GA 4RW9A 5HP1A 2HHQA 4IDKA 3ALYA 3HSTB 4DTRA 5DMRA 1VSKA 1BL3A 1FKOA 4RW7A 4CGDA 4KRFA 1WNSA 4N76A 5I42A 4FJJA 2GUIA 1QSSA 1BIZA 1VSDA 4J2AA 1VSFA 1QE1A 2VG7A 3VQ7A 3HP9A 4RG8A 3SPYA 4FJLA 4OLAA 1SUQA 3AVHA 1U49A 1RT1A 4DSIA 2VWJA 1VSLA 3KLFA 4E7JA 4KHSA 4FCYA 1X9SA 3KTQA 4DSLA 4TSXA 2O4IA 3NDKA 5C25A 1S6QA 4B08A 4B9VA 2KFNA 4FJ9A 4KREA 1S6PA 3B6OA 1RNHA 4C8MA 1CXQA 2HW3A 4Z4CA 3AA5X 4KKOA 3KKSA 1GOCA 4RW4A 3LAMA 4BACA 4DU4A 2BDPA 4FK0A 4JS4A 3AV9A 3V9SA 4FZYA 2FBXA 3VQAA 1ASUA 1BGXT 1LW0A 3K5NA 1NK8A 1DLOA 3L2QA 4HHTA 4M3UA 3AO1A 4AHCA 1Q9YA 4CFCA 3V6DA 2WOMA 4O4GA 3VQBA 3KJVA 1X9WA 4M3ZA 3KLIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KPYA 3ZSWA 3ID6A 3VPZA 1YTUA 4DF8A 3SQ4A 1IKWA 4MLEA 5KPRA 1EX4A 2YJEA 2P5GA 4LH4A 3SUOA 1B92A 3MN5A 2OZSA 2IVPA 4A57A 3BGRA 4WE1A 3FZLA 2QKBA 2ZQBA 3O9QA 3KLHA 1S9GA 3UE5A 5FLXO 1GLBG 3VETA 4Z0UA 2A41A 4E1NA 4BC5A 4IEIA 2RHKA 3LPUA 4GW6A 4FWMA 1NGDA 4BR4A 2ASOA 2O8DB 2QWLA 3OS2A 3SV3A 1MA9B 4LSLA 2P9LA 1QZ6A 5EU7A 3IKMA 3RMDA 1VSEA 5J2NA 3CCLN 3AY9A 1ESVA 2F9TA 4WYBA 3C6HA 3QO9A 1HLUA 2ZGYA 2AP1A 3VA3A 4CK1A 1VQON 4AHUA 1JLGA 5JS2A 2HBJA 3TWHA 2LSNA 2E8AA 3EKSA 4BRIA 4JI2K 3MX2A 4CJ5A 5AQTA 4FOEA 2VQEK 4I2QA 5HBMA 1GOAA 5BRHA 3RSEA 3WQTA 3T7ZA 1W7AA 2E2NA 4IO8A 3ZLJA 4N47A 4B1YB 4OPKA 2XRIA 4Y0WA 1XI1A 5CZ1A 2HBKA 1Q18A 1RDBA 3EE9A 4IOAL 3T1YK 1HPMA 3OYJA 1XMQK 3EL2A 4LFCK 3CJ7A 2HHHK 3KWGA 3VENA 5KI6A 4RTFD 4CGHA 3SQ0A 2D0AA 2YI1A 1Q82O 3ASMA 3S3MA 4C1NK 1BWFO 1C6VA 1KXPA 2NZTA 3OYCA 1L3UA 3TI0A 4FWLA 2HHVA 3AO2A 4CJPA 3NVKA 4JKCA 4KTWA 4AM6A 4B3OA 1JCGA 3FE1A 4MLHA 3SJHA 4DCHA 3FR0A 4H4OA 4ILGB 3I8BA 5BR9A 5F1XA 4FJ5A 3ZETA 3QLHA 2OCEA 4MDBA 3LDSA 1SQKA 2KHOA 3K5MA 4KHYA 3KWIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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