4CJKA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 53
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjkA00
1MU2A 3TAQA 5FRNA 3ZSOA 4CGIA 3NE6A 2JGUA 3OS2A 1BHLA 2G8WA 3AO1A 4LY7A 1L3UA 2X6NA 3QINA 4OGEA 3OYKA 2G8UA 5HBMA 2DFFA 1HYSA 1EX4A 3CYMA 3NGIA 1BQNA 4FJLA 1RBVA 1U45A 3HK2A 4BE1A 4EZ9A 1U48A 1U04A 5T7BA 3UIQA 3BDPA 2HHUA 4FLZA 2ZE2A 4LSNA 5KI6A 2EX3A 2XY5A 1J5OA 1HNVA 3LP2A 4JS5A 3QIOA 5J2NA 3HM9A 2VWJA 1NJZA 4TSXA 1YT3A 4CEZA 4FLTA 4B9TA 2D5RA 5CY4A 4H8KA 1RT2A 5CZ2A 4AHSA 4B8AB 3SZ2A 3TR8A 2E4LA 3CM5A 1XHZA 4DSEA 4KAZA 1GOAA 1RT7A 5KRSA 4PUOA 4W5OA 1XC9A 4CJ5A 3DM2A 4DTSA 2GV9A 3TAFA 4ID5A 4CIGA 3V6DA 1RT1A 3DRRA 4R5PA 3RMCA 2HHSA 2IGIA 4CESA 3LZJA 1NKCA 2OZMA 2HW3A 1TV6A 1B9DA 3L2WA 2B6AA 3LANA 1JXEA 3ASMA 1CZ9A 4CHPA 4AHUA 2X78A 4FW2A 3ZT1A 4E7IA 3QEXA 4FLYA 2RN2A 4J2EA 3O4QA 1BCMA 3S3MA 3OJUA 3ZSZA 5KRTA 1KLNA 2YNHA 5SZTA 1RTHA 1JLFA 1LWFA 3QEIA 4CJRA 4KPYA 4FM0A 1KTQA 4MFBA 3TAGA 2ETJA 4CJPA 5JS2A 4CJQA 4N76A 1RT5A 1S1TA 3KLIA 3QERA 3ITHA 1KSPA 4OJRA 2QKKA 4K8XA 1VSJA 4O5BA 1LAWA 3ZSWA 3AVAA 2HHQA 3K5NA 4KI6A 2OPRA 4BWMA 1SKSA 3P1GA 4KHQA 4DU4A 3K5LA 3VQEA 3HO1A 4HUFA 4IFYA 1ZBFA 1JLQA 1UAXA 3JYTA 3SV3A 1ZBLA 4FZXC 1EETA 1LW0A 3SQ2A 1I3AA 3DLRA 1TAQA 1TKXA 4Z4HA 3OYIA 1NK0A 2FBYA 1Q8IA 1QHTA 3B6PA 3THVA 4F4KA 1TKDA 1ZYQA 5SWMA 1A5VA 1JLAA 3AVHA 4FW1A 1RBUA 4LD0A 1JLEA 2IAJA 1UOCA 1WSIA 3QLHA 4C8NA 2PZSA 4B3OA 3MEEA 2HMIA 1HYZA 4B8CA 4E7KA 4I2PA 1U4BA 2G8IA 4FJHA 4DTXA 2B4JA 3KK3A 4W5QA 1NKBA 2YNFA 3H08A 4IKFA 4BACA 3DRPA 3VA3A 1W9HA 3KTQA 3NGYA 1SV5A 3NHGA 1GOBA 4DTJA 3SV4A 4CE9A 4B9LA 3NF8A 2R7YA 3QEVA 4CF9A 2BGGA 3SYZA 4LH4A 3QNOA 1U47A 4E89A 3KK2A 4KTZA 4HVJA 3VA0A 3D45A 1Z25A 4DF8A 4M3YA 3LWLA 4AH9A 4EZ6A 1KCFA 4ZTJA 4ELTA 1RBRA 1Q9YA 3LP0A 3G10A 4LSLA 3PO5A 3NH2A 1S9GA 2NUBA 4CFBA 3L2QA 3EYZA 1QQCA 3CM6A 3DOKA 3L2VA 3ULDA 2GBZA 2IOCA 2G8HA 2OZSA 3OYNA 1RTIA 3HP6A 1NK7A 2P5GA 1VSLA 3TI0A 4AILC 4CF0A 3M8RA 1RNHA 4DQSA 4OGCA 4CFCA 4DU3A 2X74A 4FJGA 2P5OA 5DK5A 4K8ZA 1L3SA 1A5XA 1S1UA 5EU7A 3I8DA 2VG7A 4DFPA 4CIFA 4JRPA 3MEGA 1UA1A 1NK5A 4FJMA 2PYLA 2E6MA 1K6YA 5HRPA 4CGJA 4W5RA 4CEFA 1BQMA 5HRRA 1DTQA 3PY8A 2HHXA 4QOZB 2Z1JA 2DY4A 3OJSA 3AVCA 4GMJB 1L3VA 4ZHRA 4E1NA 4HCCA 1ASUA 3IG1A 1VSDA 1FKPA 3SQ0A 1JL1A 1HYVA 1NJYA 1A5WA 1UWBA 1KVBA 3MAQA 1Y97A 2F8SA 4CJFA 4CCHA 1C0MA 2D0BA 4Z4CA 4E19A 3RR7A 3O3HA 4DQRA 2OYQA 4C8LA 1B9FA 1KVAA 3SQ1A 2HVHA 4Z4FA 4FJ8A 4DSLA 4F3OA 5FROA 5J2MA 3QESA 3V9UA 4DTRA 3SI6A 4E0DA 4BWJA 4O0JA 3E01A 3V9SA 3SPZA 4DQIA 1BIUA 1BI4A 3IAYA 2VG6A 3NGZA 4DFKA 1T8EA 2RF2A 1C1AA 2LSNA 3P83D 1W0HA 1RCHA 5KGXA 1KFSA 3HPGA 3AVMA 4IFVA 4CK2A 4CGGA 1ASWA 3NFAA 3DOLA 2ZQBA 1WN7A 5E41A 3NDKA 4KB1A 3RRGA 1WSFA 3DMJA 4E3SA 3T3FA 4FXDA 1TGOA 4FM2A 3O3GA 3RTVA 3QIPA 2GUIA 2P1JA 1QS4A 1JLGA 3CG7A 4FK0A 1KRPA 3AVNA 1LW2A 3DLGA 1VSKA 1WSEA 4KTWA 3L2RA 1NK8A 1X9SA 4B9VA 4ELUA 1BIZA 4GVMA 3VQPA 3HVRA 1RILA 4WE1A 2EHGA 4O55A 3EY1A 3MXIA 2YV0X 4FLVA 3T1AA 3AVFA 4CFDA 4I9QA 3M8QA 3OYFA 1HRHA 2KQ2A 3OYLA 1ZBUA 4J2DA 3AVGA 1HQUA 4FVMA 3VQ9A 4RW8A 2Z1GA 1C6VA 4MQ3A 3WNGA 5JS1A 4M45A 3VQCA 2G8VA 4CFAA 3OY9A 5J2PA 3LALA 3V1QA 3ZSXA 1YVUA 3KLFA 1L3TA 3VQAA 3KKSA 3K5OA 4LH5A 4O44A 4DQPA 1RBSA 3HP9A 3M8PA 3HVTA 3ZT0A 4M42A 4DG1A 2KFZA 1SL0A 3RMDA 4DU1A 1HQEA 2HHWA 3VQ5A 3OYCA 2WONA 3OS1A 2X6SA 3VN5A 4F2SA 1EXQA 3QO9A 4YFUA 1HJRA 1IO2A 3IS9A 4EP5A 5J2QA 1LV5A 1IH7A 3CFRA 4ICLA 4B9NA 1GOCA 4B9SA 3HJFA 1X1PA 4FJKA 3NCIA 1XHXA 4DLEA 4KO0A 3I0SA 4N5SA 3TWHA 4DTMA 3D0PA 4J2AA 1S5JA 4J2BA 3CFPA 4I7FA 1D5AA 4B08A 3FFIA 4CERA 3L2UA 3SCXA 4JLHA 4L8RB 4DSIA 5D3GA 5J1EA 4N56A 3KJVA 4C8OA 1NOZA 3DRSA 2XY6A 2IDOA 3V9WA 3KLGA 2FBXA 3LAKA 3VQQA 1BL3A 4AHRA 3LWMA 3LPTA 4CHOA 4DLGA 3C94A 1N5YA 4ID1A 4N47A 3ZT2A 4YNQA 3V9ZA 3SPYA 4PQUA 4FZYA 4FJ9A 3AV9A 4CHQA 5C24A 2OPQA 3OYBA 4CF8A 1SL1A 3HXMA 1VRUA 2DFEA 2P51A 3HPHA 3RR8A 1BGXT 3IRXA 4KKOA 4DMNA 2RKIA 1J54A 2BANA 4I9LA 2Y1JA 2O4GA 1HMVA 2YHAA 4Y1CA 4JRQA 1F21A 1S6PA 5FDLA 2ZD1A 3DYAA 4Q0BA 5C42A 3CFOA 4NYNA 2KTQA 5HLFA 4DFMA 3NBPA 1L5UA 4H4MA 3AVBA 2IC3A 5DMRA 5I42A 4FCYA 3G0ZA 4KHWA 4OKJA 2W42A 2PYJA 4Y1DA 4KRFA 2XHBA 3NF9A 5HROA 4FJIA 3KKRA 2VWKA 5HRNA 4FLXA 4ZTFA 2F8TA 1RT6A 1FXXA 4CHNA 1CZBA 1R0AA 1RT4A 2KW4A 2YNGA 1NOYA 1QSSA 1VSEA 4I2QA 1TL3A 2OA8A 2VG5A 3L3VA 2HNYA 2IS3A 3I0RA 4M3RA 3KD5E 4CJ4A 1IKXA 4XIUA 3PV8A 3SJJA 3ZCMA 3AA4A 2HB5A 4Q5VA 1S6QA 1RTDA 3V81A 2FC0A 3AO3A 1WNSA 1QE1A 1S9EA 1S1XA 3U3YA 1KVCA 4E1MA 4FJ5A 3CQ8A 3LPUA 4NYFA 4BE2A 4NCBA 3C95A 3O4NA 4RW6A 4AHVA 1RBTA 1WLJA 2XRIA 1QSLA 4KV8A 1RDDA 4FZZA 3LAMA 1C1BA 1JLBA 4RG8A 3JSMA 4FM1A 3WNEA 4BDYA 1C0TA 1NK4A 1HNIA 3OYDA 4NCAA 3C6UA 3NH0A 1S1WA 3K58A 1EP4A 4FJJA 2OPSA 3NF6A 4FK2A 1IKVA 2YHBA 3U3GA 4M3TA 1RTJA 1RT3A 3PX4A 3V4IA 3MEDA 1EKEA 3AA5X 3LZIA 3HYFA 4CEAA 3VQ6A 1ASVA 3NH1A 1VSIA 3TAMA 1IKYA 4CHYA 3MXJA 4DSFA 2E6LA 4KHNA 4OPJA 1WAJA 2XY8A 3LP3A 2RPIA 4G1QA 3RRHA 4DQQA 3K57A 1X9WA 4M3XA 4DS5A 3ZSYA 4CF2A 2D0CA 1O1WA 4RW7A 3SUPA 4GW6A 4FLUA 3V9XA 1TL1A 3NF7A 4N41A 1RDBA 2YKMA 2Q3SA 1B92A 4CEQA 4C8MA 3V1RA 3OYAA 1KFDA 4CJSA 3QEWA 3QETA 2FBVA 3AVIA 4DTPA 3KD1E 4FYDA 3VQ4A 1ZBHA 4F3TA 1SL2A 4CIEA 3TARA 5C25A 2FBTA 3KLEA 2HVIA 3KIOA 3AVJA 3VQDA 3DLBA 4KHYA 1JL2A 1S1VA 3ALYA 4OKEA 1LAVA 1VK0A 3VQ7A 4CJLA 4CJTA 3SUNA 4CGFA 4QCLA 2WOMA 1WSJA 3P5JA 1YTAA 4KB0A 4CEOA 4IBNA 1D8YA 4CJWA 2D0AA 3DLKA 3KLHA 4Z4GA 2QKBA 4CEEA 4KI4A 2B5JA 3WNFA 4OLBA 4OKKA 2DFHA 3VQBA 3AVLA 4CK1A 4W5TA 2BE2A 1YTUA 2OPPA 2DTUA 4DSKA 5HP1A 2HNDA 5CYQA 1TK5A 1JLCA 1FK9A 2ITGA 4M41A 2F96A 3L8BA 1VSHA 3HL8A 3ZT3A 5KTQA 1JKHA 4OVLA 4DS4A 3QNNA 1X9MA 1IG9A 2G8FA 1T7PA 4CEBA 1G15A 4HTUA 1BISA 1WSGA 2Z1HA 3V1OA 4OPKA 1SKWA 1J53A 4CGHA 1WSHA 1QSYA 2G8KA 1DLOA 4ELVA 3L3UA 3RMBA 1RDAA 1FKOA 3OYEA 3F73A 3K59A 3OYMA 4HCBA 1CXUA 1SKRA 4RW4A 2JLEA 3AO5A 1JXBA 4HUGA 1TKZA 3OVNA 4DTUA 4KHUA 2BDPA 2HHVA 1J9AA 4PWDA 1QTMA 3VQ8A 2O4IA 1CLQA 5K14A 1WAFA 3BGRA 1RDCA 4CJEA 4CJUA 4DTNA 3TABA 1NJWA 4E7LA 1TVRA 3S3OA 2HHTA 4QAGA 2KFNA 5I3UA 4M3WA 4O0IA 4CF1A 4CJVA 4DF4A 1Q9XA 2XY7A 3S3NA 1NK6A 4B9UA 3PUFA 4B9MA 4M3ZA 4HUEA 4FJ7A 3LDSA 1XWLA 1D9DA 3ZSVA 1U49A 3K2PA 5HRSA 1NKEA 2AJQA 4CJKA 1REVA 1NK9A 4KHSA 2A1RA 4NCGA 4DTOA 3OS0A 1HPZA 3SUQA 4AHCA 3TAPA 4UQGA 1LWCA 1TKTA 4AHTA 2HNZA 4CGDA 3U6FA 2XO7A 3HT3A 3K5MA 4CECA 3WNHA 3QEPA 1LWEA 1TK8A 4OLAA 2YKNA 1BI4B 1ITGA 4BDZA 3SQ4A 3NAEA 4W5NA 3OYJA 4JS4A 3M8SA 1C1CA 3PX6A 2QXFA 2QK9A 1KLMA 1CXQA 1I39A 1VSFA 4CK3A 1XI1A 3B6OA 3AO2A 4IG3A 4Z0UA 4CHZA 4E7JA 4BDPA 3OYHA 4FJXA 4HHTA 4CJ3A 4CEDA 4O4GA 1C0UA 4IG0A 1DTTA 4EP4A 3RMAA 1TK0A 4PA1A 5KGWA 4Z4EA 1NJXA 2Z1IA 3T19A 2KZMA 2I5JA 2Y1IA 3KK1A 3PX0A 4BE0A 2PY5A 4KTQA 1ZBIA 3DLHA 4M3UA 3S9HA 4F8RA 5CYMA 4KREA 5FRMA 2KZZA 4E7HA 3SUOA 3MXMA 1UA0A 3SNNA 4IDKA 3RWUA 4FJNA 3A2FA 3AA2A 4DWIA 3LP1A 1N6QA 4Z4IA 3DLEA 5CZ1A 1VRTA 4PY5A 4RW9A 3O3FA 3HPOA 4C8KA 1Z26A 1VSMA 3ZT4A 3F9KA 2YNIA 3TANA 3MECA 1D9FA 1IKWA 1TAUA 3AO4A 3ZSRA 3AVKA 3C6TA 1T05A 4FK4A 4H4OA 2ATQA 3PO4A 4F2RA 3OYGA 3HSTB 3TAEA 1BCOA 3EZ5A 3ISNC 4DFJA 3AA3A 4DSJA 1T03A 4KFBA 4FLWA 1SUQA 3DI6A 3ZSQA 2A1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BF1A 1K9MO 3F5TA 3TAQA 4CZEA 3NE6A 2JGUA 3M5RA 3OS2A 4K43A 2X6NA 3QINA 3VESA 4OX9K 3HM8A 1HYSA 1U45A 3HK2A 3CMAN 3BDPA 4ISFA 4LSNA 3RVCA 1HPMA 2XY5A 1J5OA 4JS5A 2VWJA 4TSXA 1EWRA 1YT3A 5M1OA 4B9TA 5CY4A 1RT2A 1QQNA 2E4LA 1HNWK 1OKJA 1XHZA 3FE1A 4PUOA 1GLFO 4YOTA 2CGKA 3V6DA 1BO5O 2HHSA 3J7AP 3LDPA 3L2WA 2P9PB 1JXEA 4E7IA 3ZX0A 3DJCA 3S3MA 3ZSZA 1KLNA 2YNHA 3O9QA 4H0VB 4CJRA 4KPYA 3TAGA 4FWRA 4CJQA 2CGLA 4A5AA 5C2DA 1KSPA 4OJRA 4K8XA 3O08A 4O5BA 4BR7A 4CI6A 4B3MK 4FWNA 3P1GA 4DU4A 3VQEA 2WC9A 1ZBFA 3JYTA 4FWSA 3SQ2A 3DLRA 1YJ9N 4F4KA 1Q8IA 1QHTA 4B1UB 3TTFA 1ZYQA 4MDBA 3AVHA 5JLHA 2IAJA 4B3OA 2PZSA 4WQ4C 4LF5K 5FPNA 3SAGA 5EOYA 3LM9A 4DTXA 4IDHA 3KK3A 3H08A 5AQZA 4BACA 4O8UA 1GOBA 4FWOA 4DTJA 4CE9A 2R7YA 3SYZA 1S3XA 3EEQA 4LH4A 4E89A 3KK2A 4LF4K 1NGBA 4AH9A 1QZ5A 4ISGA 2P9PA 1VQLN 1ZBSA 2NUBA 3BEXA 3L2QA 2CH6A 5AFUH 2W6LA 2Q97A 3TSQA 2GBZA 4MDAA 2I7NA 1XC3A 4K25A 4OGCA 4CFCA 2X74A 2P5OA 4K42A 2ZJQL 3QBWA 1GLDG 3GOIA 1M1KO 2E6MA 1EWQA 4X66K 2DY4A 4GNIA 3CPWM 1QVFM 1L3VA 3IG1A 1FKPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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