4CJLA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjlA00
5CYMA 4CGDA 1W9HA 4FLTA 1RTJA 1RT2A 4KKOA 4FCYA 1QTMA 3CG7A 1C1CA 3HL8A 3SPYA 1NK7A 3SYZA 4QAGA 2X6NA 3ZSZA 3ITHA 3OYMA 1HYSA 4Z4HA 1JXBA 4F2SA 3S3NA 5CZ2A 4DS5A 2A1RA 1LAVA 1TK8A 3LWMA 4W5RA 1X9SA 1GOBA 2D5RA 3QEXA 4HCCA 4ELVA 3QEVA 4B9TA 1W0HA 2QKKA 2F8SA 3K58A 4ZTJA 4CF2A 4Z0UA 3K5LA 4FJGA 1RTDA 4KRFA 1I39A 1XC9A 1QQCA 2BANA 4C8KA 3DM2A 2O4GA 2RF2A 2RPIA 1EKEA 1JXEA 4N47A 4CHQA 5HRPA 2QXFA 3M8QA 1HRHA 1RCHA 2YHAA 3ISNC 5SZTA 4BE1A 3RMDA 3UIQA 4KREA 1VRTA 3P83D 4DSEA 2G8KA 3LPUA 2X74A 3THVA 4AHVA 2R7YA 4O55A 3SJJA 3O4NA 4JS4A 4KTWA 2BDPA 3V9WA 4AILC 2P5OA 4IBNA 1SKSA 4DTSA 1KFDA 4I9LA 4J2BA 3P1GA 3C6TA 1F21A 3HPOA 1NK9A 1YVUA 4LH4A 2PZSA 2QK9A 3NDKA 1UA0A 3LANA 4FK2A 1A5WA 4DU3A 4IFYA 3AVGA 1BCMA 3L2VA 1ZBIA 3G10A 4OJRA 3NE6A 1BIUA 1S1XA 4H8KA 1UOCA 2OPSA 3DLRA 3U6FA 1S6QA 1L3SA 4B8CA 2FBXA 3HSTB 4KHWA 5T7BA 1S5JA 1VSKA 1J53A 4OLBA 2QKBA 4Z4GA 5HRSA 4HHTA 2OPRA 4E1NA 2OYQA 4CEZA 2XO7A 1HYZA 4AHCA 3MEEA 3VQDA 3O3FA 4C8NA 1IKYA 1NK0A 1C1AA 1QSYA 3OYDA 3ZT2A 2XRIA 5SWMA 3O3HA 3V9UA 3MECA 3TAPA 4E7IA 1SL2A 4OGCA 4FJMA 1NJYA 2Z1JA 1CLQA 3OJUA 2HHUA 5FRNA 1IO2A 4KFBA 4PA1A 4ZHRA 3V9SA 4CFDA 3VA3A 1HNVA 3L2QA 3NAEA 1TL3A 3V4IA 3KLHA 1NK5A 4FJ5A 1DTQA 4K8XA 1WNSA 2OZSA 3O3GA 4CK2A 3KKSA 4CJ5A 4GW6A 4FM1A 1XI1A 5HBMA 4DF4A 4FK4A 3LPTA 5E41A 1CXUA 1TK0A 1EX4A 1LW0A 3RMAA 1IG9A 3TAQA 4FJ7A 2WONA 3KIOA 4CHYA 1RT5A 4GVMA 3VQ6A 1WSJA 3NFAA 4KO0A 4CGFA 3LAKA 3S3MA 3ZSOA 5KTQA 2G8FA 4CJRA 4DQIA 4FJNA 3NBPA 4BWJA 4FM0A 4DWIA 5C24A 3U3YA 4FJJA 1BHLA 1ZBUA 2FBVA 4BDZA 4RW6A 4NYNA 4ELTA 4IFVA 1D8YA 1NK4A 1RT7A 1KTQA 3K5MA 4N76A 4KB1A 4O0JA 3WNEA 3O4QA 1KCFA 3KD5E 1A5VA 4FW2A 3ZT3A 3SQ4A 3DOKA 4DS4A 4M3YA 1U48A 3AVLA 3V6DA 2B4JA 4KHYA 4YFUA 4CGIA 3VQ4A 5CY4A 1U47A 3OVNA 3QEWA 5EU7A 4K8ZA 3EY1A 1QSLA 4KAZA 2VWJA 3HK2A 4CECA 4Z4FA 4NCGA 4N56A 2G8WA 4OKKA 4CEFA 4CHPA 1U49A 4DQRA 2OPPA 2Z1GA 3QNOA 1KRPA 4JRPA 1T05A 4FJLA 5DK5A 1LW2A 4CFBA 1WN7A 5J2PA 3HYFA 3KTQA 5JS1A 1XWLA 2HW3A 2IOCA 2GUIA 4CF9A 1S1WA 1EETA 3IG1A 1RTHA 1ASUA 2BE2A 4BE2A 1WSIA 1VSEA 1TKZA 2VG7A 2ZE2A 3L3UA 3KJVA 5I42A 2KFNA 3QO9A 1VSHA 4E1MA 4EP5A 2XHBA 4B9LA 2KTQA 3ZSXA 4PWDA 2HNZA 3DMJA 4M45A 2P51A 3LDSA 4RW4A 3RRHA 4F8RA 4J2AA 1TAUA 1O1WA 4Y1DA 1RT4A 4DTXA 4FK0A 4RW7A 3ULDA 1JL1A 2HB5A 3P5JA 3ASMA 4B9NA 1KSPA 1QE1A 2AJQA 4CJFA 3HT3A 4CCHA 1HMVA 1TAQA 1WSHA 4TSXA 3VQ7A 4ZTFA 4OPJA 1L3TA 4LH5A 1HJRA 1Y97A 2VWKA 4WE1A 4O44A 3I8DA 4NYFA 4B3OA 3TARA 4E7KA 3WNFA 3AVNA 1G15A 1GOCA 1QHTA 3EYZA 3HO1A 1NKEA 2I5JA 3I0SA 3T3FA 3V9ZA 2D0BA 3AVIA 4ID1A 4DFKA 3TANA 2G8VA 3SQ1A 1ZYQA 4LY7A 3G0ZA 1LWEA 2HVHA 2KW4A 4I9QA 3ZCMA 1N5YA 1WLJA 3DI6A 1BGXT 1BIZA 1CXQA 1TKDA 4FJXA 3K59A 4M3TA 1VSJA 3QESA 3HP6A 3H08A 4BDPA 5HROA 4QOZB 4DTUA 3SQ0A 2HHQA 2E6MA 3CYMA 3KK1A 4FJHA 3PX0A 1RNHA 3D0PA 1B9DA 3AVAA 1JLAA 3NGYA 1LV5A 4G1QA 3SZ2A 2DFHA 1KLMA 2ETJA 1C0UA 4CEAA 1D5AA 4I7FA 4H4OA 3K2PA 4KHUA 3OYNA 4E0DA 1UAXA 2JGUA 2XY8A 1FK9A 1C0TA 3LP2A 4DTMA 1Q9XA 1QS4A 1QSSA 4E7HA 1NKBA 1IH7A 4FW1A 4HVJA 4AHSA 5J2NA 2G8HA 4CGJA 1J54A 4DSLA 4CF1A 4MQ3A 4C8OA 4Z4EA 4O0IA 4DTRA 3MXJA 3KK3A 4DSIA 3IS9A 4LSLA 4RG8A 1KVBA 1VSDA 4FJKA 1RBSA 4CESA 4FLWA 1XHZA 4CEOA 4B9VA 4NCAA 3F9KA 3OS1A 5I3UA 4FLZA 4FLYA 3QNNA 1SKWA 4CK3A 4KV8A 1S1VA 3KLFA 4N5SA 1XHXA 3WNHA 3KK2A 4Q0BA 1TL1A 3B6PA 2P5GA 3NH2A 3AA5X 3SUNA 4CK1A 3NHGA 3NGIA 4B9SA 2IC3A 3C95A 3DRRA 3TR8A 4BDYA 4J2EA 4AHRA 3VQ8A 2IAJA 3PX6A 4B9MA 4MFBA 1N6QA 1RBUA 3PY8A 2HHWA 3TAFA 5KGWA 4W5OA 4AH9A 1WSEA 4DTPA 1R0AA 1S1UA 3RWUA 3AA4A 2Y1IA 2YV0X 3LP0A 1RDAA 3HXMA 3CFRA 3NH1A 2G8UA 1MU2A 5K14A 2HHTA 2DTUA 3OY9A 4QCLA 4AHTA 1JKHA 3AVJA 4CFAA 1UWBA 1T8EA 3AO4A 4FLXA 4KB0A 4OPKA 2FC0A 3TWHA 3SQ2A 3JYTA 4HTUA 1VSIA 3SCXA 3KD1E 2B5JA 2X78A 1I3AA 2DY4A 4DU1A 5HP1A 4CJVA 4IG3A 1BISA 3VQCA 1NK6A 4DSKA 4Q5VA 3V1RA 4OGEA 3FFIA 1JLQA 1VK0A 4HUEA 3M8SA 4FLVA 2OA8A 1WSGA 3MXMA 5FRMA 2HVIA 3DYAA 2Z1IA 1S9GA 5KGXA 4I2QA 3RR7A 4O5BA 3AV9A 4DTJA 2GBZA 2EHGA 2X6SA 3AO5A 1ASWA 3QLHA 3LALA 3PO5A 2DFFA 4Z4CA 1Z26A 3D45A 5KI6A 1WAFA 3DRSA 1WAJA 3QETA 3KLGA 3CM6A 1U4BA 2OZMA 4CHZA 4KI6A 5D3GA 4F2RA 1U04A 4H4MA 3PV8A 4E19A 4FJ8A 3ALYA 4JLHA 3VQEA 1VSMA 3B6OA 3TAMA 3SUPA 4CEQA 4CHOA 3QERA 3K5NA 1JLEA 4OKJA 3AA2A 3TAEA 1KVCA 4EZ6A 4FJIA 3ZT1A 3AA3A 4IDKA 3SV4A 3MXIA 1TK5A 1L3UA 1HQUA 3QIPA 2HNDA 4KTZA 4RW8A 4ID5A 3SV3A 1L3VA 1X1PA 4C8LA 4F3OA 4KHNA 1RBVA 2JLEA 3MEDA 4CF8A 4DFPA 4B9UA 4M41A 1C1BA 1TV6A 4CHNA 2FBYA 3L3VA 4E7LA 1RT3A 3HP9A 1SKRA 3MEGA 1VSFA 4DFJA 3HPHA 3ZSVA 4CJWA 3NF9A 3C94A 5FROA 3F73A 4FM2A 4PUOA 3DOLA 3KLEA 4CGHA 1JLGA 4W5NA 3OYBA 1ZBLA 1Q8IA 1A5XA 4DF8A 3JSMA 1WSFA 2P1JA 3ZSYA 3LP3A 1NOZA 5HLFA 2HMIA 3AO3A 4KHQA 3I0RA 4OLAA 4FZZA 4IKFA 4FVMA 1HNIA 3U3GA 1NJXA 2D0AA 3PX4A 4Y1CA 3DLGA 4CIEA 2HNYA 4HUGA 2PY5A 1ZBHA 2Q3SA 2IDOA 1JLCA 4DQSA 2Y1JA 3LAMA 1YTUA 1S1TA 1EXQA 1IKXA 4I2PA 4CJUA 4Z4IA 3CM5A 2Z1HA 1BI4A 3E01A 1BI4B 4CJSA 3OYHA 3LZIA 2YHBA 1FKOA 4CJKA 2WOMA 3OS0A 4IG0A 1IKWA 3OS2A 2W42A 1HPZA 2KFZA 2RKIA 5FDLA 4O4GA 4E3SA 4CJEA 4CIGA 4CJPA 4RW9A 2ZQBA 4AHUA 1IKVA 1K6YA 5C25A 4E89A 1S9EA 2HHSA 2ITGA 4DQPA 2F96A 1RDBA 4KHSA 1LWFA 2HHVA 3HM9A 1KVAA 4CJ4A 4CJLA 2DFEA 3SUQA 5HRNA 1U45A 4M3WA 4CGGA 2XY6A 4KI4A 2GV9A 3HVRA 2YNFA 1J5OA 4FXDA 3NCIA 5CYQA 1REVA 4EZ9A 4B8AB 3NF6A 3OYJA 4PY5A 3AVBA 4FYDA 3OYGA 4FZXC 5HRRA 3V9XA 5CZ1A 1SV5A 3VA0A 4CJ3A 4FLUA 1ITGA 3DLHA 3QIOA 4CF0A 3RTVA 3SNNA 1Z25A 1RTIA 3PUFA 3LZJA 5DMRA 3C6UA 4DSFA 4DMNA 4FZYA 1TKTA 4DTOA 3LP1A 3CFPA 1BCOA 5J1EA 4JS5A 2B6AA 3QINA 4C8MA 1NJWA 4N41A 1RDDA 2RN2A 3LWLA 3AVCA 4YNQA 1SUQA 5J2MA 4B08A 4HCBA 2KZZA 3SUOA 4PQUA 4E7JA 3V81A 4CJQA 3K57A 3VQBA 2FBTA 3OYEA 4CFCA 4DFMA 1SL1A 3AVMA 4UQGA 4ICLA 5KRSA 3CFOA 2PYJA 3OYCA 2BGGA 1JL2A 1JLBA 2PYLA 1ZBFA 1NOYA 2EX3A 4BWMA 3RRGA 3RMBA 4CEEA 3ZSWA 3CQ8A 1ASVA 1C0MA 3T1AA 4CERA 3PO4A 2IGIA 3S3OA 3NGZA 5JS2A 4F4KA 4KTQA 5J2QA 1GOAA 1L5UA 2YNHA 4BE0A 1D9DA 2KZMA 3HVTA 3OYLA 3VQ5A 3SPZA 4M3XA 1TGOA 1NJZA 3QEPA 3M8PA 1RT6A 1LWCA 2VG5A 4DLGA 2O4IA 1BL3A 3TI0A 2YNGA 3SI6A 3VN5A 4M42A 3S9HA 4CE9A 3ZSQA 2KQ2A 2F8TA 1Q9YA 1B92A 4M3RA 3HJFA 2XY5A 3MAQA 2G8IA 3OYFA 1CZ9A 4XIUA 3DLBA 3NF7A 3BDPA 1RT1A 1BQMA 2E4LA 3V1OA 1KLNA 2IS3A 4OVLA 3DRPA 4W5TA 4OKEA 4CEBA 1TVRA 2LSNA 4FJ9A 1T03A 3A2FA 1VRUA 3VQAA 3VQPA 4DLEA 1NKCA 1TKXA 4CJTA 4DSJA 1T7PA 3OYAA 1SL0A 2YKNA 4EP4A 4DU4A 1VSLA 2XY7A 3AO2A 3ZSRA 3M8RA 4LSNA 4DG1A 4HUFA 1DTTA 3L2RA 3AVHA 1X9MA 3L2UA 1S6PA 4L8RB 3BGRA 1DLOA 4DQQA 3NF8A 3OJSA 4M3ZA 2D0CA 1CZBA 1D9FA 3NH0A 1KFSA 1JLFA 3K5OA 4NCBA 3WNGA 4CEDA 4F3TA 1HYVA 3L8BA 3RR8A 4KPYA 1J9AA 3AVFA 4CIFA 4J2DA 2VG6A 4ELUA 3OYIA 1YTAA 4GMJB 4W5QA 3AO1A 3TAGA 3KLIA 5KRTA 4DTNA 3V1QA 1RBRA 3VQ9A 2YKMA 3IRXA 4LD0A 3IAYA 2OPQA 1B9FA 3AVKA 1BQNA 3ZT4A 1YT3A 1C6VA 4R5PA 2NUBA 1X9WA 4M3UA 3L2WA 3OYKA 1FKPA 2A1SA 3T19A 3DLKA 3RMCA 3VQQA 3QEIA 5C42A 2YNIA 3DLEA 3EZ5A 1RILA 4JRQA 2ATQA 2ZD1A 4BACA 1LAWA 3KKRA 3ZT0A 3TABA 1UA1A 2E6LA 2HHXA 1EP4A 1NK8A 1RDCA 1FXXA 3HPGA 1HQEA 1RBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RT2A 3DXMB 4DR7K 1C1CA 3HL8A 4H0PA 3AGKA 4QAGA 2GELA 1IBKK 3W3DA 4F2SA 5BPNA 3S3NA 3LWMA 3QEXA 1GLAG 2PFUA 2Q0RA 3HSCA 2E8AA 4B9TA 5ADXA 3QICA 4Z0UA 2P9SA 3MX2A 4KRFA 1NMDA 2E5LK 3FZLA 2RF2A 2RPIA 1EKEA 3RMDA 3ISNC 4KREA 3EE8A 1EQYA 4MLHA 3GL1A 2A3ZA 2G8KA 3PSFA 1OH8A 2A5XA 3THVA 3CCLN 4O55A 4QS9A 3V9WA 2QK9A 3P31A 1UA0A 3AVGA 1EO1A 1S3XA 2NNWA 2KHOA 5AQYA 3ZX3A 4DV3K 2VCPA 1UOCA 2OPSA 4H8KA 4B8CA 3UKUA 3VGKA 5HRSA 4HHTA 4BC5A 3RVCA 4GKJK 4AHCA 3MEEA 3VQDA 5IWAK 3OYDA 3L0QA 3O3HA 4LF7K 5FPMA 3O08A 1VQNN 1NGIA 4B9QA 1XNRK 4KFBA 3DXKA 4CFDA 2D0OA 1NBWA 3KLHA 3MWTA 3SJHA 2OZSA 4ILJA 3KKSA 4CJ5A 4FM1A 4FK4A 4WYBA 4K41A 2ZJRL 4LFAK 1NGEA 1DEJA 1LW0A 4FJ7A 3TAQA 4CD1A 4RWTA 3CMAN 4DR1K 3ZETA 3VQ6A 4KO0A 3LAKA 2G8FA 3U3YA 5LY3A 2FBVA 4BDZA 1U2VB 2PBDA 4PKHA 3DOKA 4M3YA 2QWNA 2UXCK 4KHYA 3QEWA 4JI6K 1QSLA 2VWJA 3CMEN 4RCHA 4CHPA 4JRPA 1LCUA 3NVMA 5JS1A 3OTOK 1RTHA 2BE2A 3ID8A 1TKZA 5I42A 4NB4A 1BA0A 3ULEB 3LDSA 4F8RA 2E2NA 4J2AA 1O1WA 5DM6L 3ASMA 2VGNA 4MO5A 3DWLA 3VQ7A 4ZTFA 4CZIA 3H3NO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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