4CJLA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
154
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjlA00
2PYJA 1B92A 4FJXA 3OYBA 3RMBA 1DLOA 1F21A 4AHVA 3MXMA 2HMIA 1GOCA 3OYAA 4B9VA 1GOAA 3B6PA 3OYCA 4O0JA 1VSMA 2NUBA 4DU1A 4FM1A 5J2PA 4ELVA 2YHBA 2HHXA 4TSXA 4CERA 3SCXA 3K57A 3TAFA 4M42A 4DSKA 1VSHA 3NH0A 4W5NA 4FK4A 4N5SA 2YKNA 1VSEA 3LALA 3AVIA 5SZTA 4DU4A 5J2MA 1QSSA 2PYLA 4JS5A 1LAVA 1RT4A 3TANA 4FJNA 3PO5A 4FJJA 3SUQA 1VSJA 4CJ3A 3C95A 3AA3A 2DY4A 1TKZA 4L8RB 1RTDA 4IBNA 4EP5A 1L3SA 3TABA 1LAWA 3LDSA 4E7JA 4CGHA 1DTTA 2OPRA 2HHVA 2YV0X 1IKVA 1RT1A 1Q9XA 3WNHA 1Y97A 2Z1JA 4EZ9A 1VSKA 4IKFA 1JL2A 3O4QA 4E3SA 3OJSA 4M3UA 1ZBIA 4CJ5A 2KZMA 4ID5A 4M41A 1B9DA 3RMAA 1WAJA 2WOMA 1BHLA 1ZBLA 4O55A 2P5OA 4KAZA 5JS1A 4BDZA 4CF9A 2I5JA 2PY5A 2HVIA 4JRQA 1JXBA 3NGIA 1LV5A 3KK2A 2IAJA 3RMDA 1LWCA 3DLRA 2ETJA 2KQ2A 3QIOA 2G8HA 4AH9A 4M3WA 1NK7A 2ZQBA 1N6QA 3SV3A 1CZ9A 4DQPA 4O5BA 4CEQA 4GW6A 3U3YA 1FK9A 4CEDA 5C25A 1U45A 1SKWA 1KLMA 2O4GA 2XO7A 3RWUA 1ASUA 1EETA 1LW2A 4CHNA 3OYLA 3I8DA 3K58A 3SPZA 3HPHA 4W5OA 1ITGA 4E1NA 4DS5A 3S3OA 5D3GA 4DFMA 4DTMA 3ZSRA 3SQ1A 4CJUA 1SL2A 2JGUA 4DTPA 2FBTA 4CESA 4FJLA 1N5YA 4B9SA 1JLQA 2OPSA 1KRPA 1JL1A 3ZSYA 4IDKA 3OY9A 1TAUA 3KLGA 4CFAA 3DLKA 4FLXA 4DG1A 4CGIA 5J2NA 2ZD1A 4LD0A 1CLQA 3PY8A 2KTQA 3L3UA 5T7BA 2F8TA 4KFBA 5I3UA 4B9NA 4PWDA 4KHWA 3P83D 1RT7A 3HP9A 3IS9A 3NH1A 3O3FA 3RR8A 4EZ6A 4KHYA 5DMRA 4CIEA 1QHTA 4FVMA 5FDLA 4BWMA 4AHCA 3T19A 1KVAA 2RPIA 3VQBA 4HVJA 3SPYA 3DOKA 4CJQA 3HSTB 4CJPA 3QESA 4FZYA 2EX3A 3AA2A 4KB0A 1JLCA 3VQAA 3QINA 4CEAA 3T3FA 3SJJA 4DQIA 4FK2A 2G8WA 4I2PA 1BGXT 5J1EA 4MQ3A 5E41A 3K5MA 3SZ2A 2DFFA 4J2EA 1RTIA 3MEGA 5CZ1A 4CCHA 4B8AB 4DTUA 3V9ZA 3TAPA 4BE2A 4I9LA 4FJ5A 1XHZA 4CJEA 3KKSA 4KTZA 3L2WA 1NK8A 3HT3A 3PX6A 1X9WA 3ZSOA 3THVA 2RF2A 3TARA 3OYEA 3AA4A 4C8KA 2Z1IA 3AVCA 3TAGA 3NCIA 1RDBA 4CIFA 4RG8A 4DS4A 4FCYA 2EHGA 4AHSA 4H4OA 3CM5A 1KTQA 3ZSZA 2BGGA 1UA1A 2IOCA 3BDPA 1RBSA 4B9LA 3B6OA 1C0TA 4OPJA 1S9GA 4IG3A 4FJHA 2OPPA 1HPZA 1C1BA 3OS1A 3KLFA 3M8SA 1NOYA 1BCOA 1HJRA 3VQCA 1QE1A 3P5JA 1R0AA 1SL0A 3KD1E 3VQQA 2KFNA 4LH4A 4OKJA 4ELTA 4F8RA 3PUFA 3KIOA 4M3YA 5KI6A 3ISNC 3NF7A 1NKEA 1WSHA 1LWEA 2P51A 5CYQA 4FJMA 3ZSWA 2X74A 3AVKA 3AVNA 1RBUA 4OJRA 1X1PA 3KK1A 4FK0A 5KTQA 4I2QA 1ZYQA 4LY7A 1YTUA 2A1SA 4QOZB 3NGZA 3OVNA 4OKEA 2G8FA 4ZTFA 3DM2A 2Z1GA 5HRRA 4DFJA 3WNEA 2YNGA 3PO4A 1T05A 3HPGA 1RT2A 3VQEA 4CF1A 1BIZA 1YTAA 4Y1DA 4FW1A 3UIQA 3LP1A 4M45A 3V81A 4FJ8A 4GMJB 2D0AA 3CFOA 1BQMA 4NCBA 4LSNA 1U47A 4N76A 4AHTA 3AVJA 4CHQA 4C8MA 4FLUA 1RBRA 1SKSA 2OA8A 1NOZA 4C8NA 3VQ5A 3KJVA 2VG6A 2W42A 2DFEA 1O1WA 4KPYA 4DTSA 3V1OA 2Y1IA 1HNIA 2D0CA 1JKHA 4CF0A 1HQEA 1J5OA 1A5VA 4KTWA 3KLHA 3K2PA 4CHOA 2E4LA 4RW4A 3VA0A 3SQ4A 1MU2A 3OS0A 1FXXA 4CHYA 4J2AA 3OYIA 4FZZA 1T7PA 3KD5E 4J2DA 1VSFA 4CHZA 3MXIA 4HUEA 4E89A 1ZBFA 3V9UA 1D5AA 4FJGA 1RT3A 1JLAA 4FLTA 3P1GA 3G10A 3NF6A 1RBVA 3C94A 4E7HA 3LP2A 4CEFA 4Z4GA 3TWHA 4DLEA 4CF8A 4C8LA 2HNDA 1BI4B 2BE2A 3TR8A 3JSMA 4J2BA 2FBXA 4PUOA 4RW8A 3ASMA 4OGCA 3L2QA 1ASVA 1JLGA 2HNYA 4AHRA 3A2FA 4PQUA 4M3TA 4ZTJA 2JLEA 3LP0A 2YNHA 1VRUA 1BL3A 4FLYA 3V4IA 3HJFA 4OKKA 3K5NA 4Y1CA 1VSIA 3S3NA 2QK9A 1VSLA 4B08A 1RNHA 2VG7A 3D0PA 4W5QA 3EYZA 1YT3A 3NFAA 3ZSVA 4DSJA 4E19A 2HNZA 3KKRA 1DTQA 3K5OA 4W5TA 3JYTA 1NK5A 2GBZA 2IDOA 2VWKA 3H08A 3TAMA 4F3OA 4KHSA 1CZBA 1U04A 3BGRA 4DTRA 5HBMA 4Z0UA 4DF8A 1BISA 3QEIA 3I0SA 4Z4FA 3ALYA 3L2VA 4OPKA 1U4BA 3QNNA 1HNVA 1L3VA 1C1AA 3D45A 3SUOA 4CHPA 1FKOA 4KTQA 1WLJA 4OGEA 1TGOA 3OYFA 2X6SA 3AVBA 4I9QA 1TKXA 1Q8IA 1A5WA 3LWMA 4DQRA 4ICLA 3SI6A 4E0DA 2D0BA 3NBPA 1TAQA 1UAXA 3AVFA 3DRPA 4DLGA 3MECA 3AO3A 4ID1A 3V6DA 4FLZA 4E7LA 3DOLA 1WSGA 3ZCMA 4NYFA 4KI6A 1IKWA 5KGWA 1IO2A 1VK0A 1X9SA 2OPQA 1S9EA 4DFKA 4DMNA 3LZJA 4CEOA 3L2RA 4B9MA 4M3ZA 4Q5VA 4F2RA 2YKMA 3RTVA 4HCCA 3OJUA 1Z26A 3M8PA 4AHUA 3SQ0A 3CFRA 4PA1A 4HUFA 3KLEA 1S1UA 3NGYA 3TAEA 4NCAA 1HYSA 4CJWA 3ZT2A 4CFCA 1IH7A 3SUNA 4O44A 3VQ9A 2XY5A 2E6LA 4NYNA 3T1AA 4M3XA 4QCLA 2P1JA 3ZSXA 4JRPA 4RW7A 2HW3A 4NCGA 4CGGA 1GOBA 3RRHA 2GV9A 4FLVA 1KSPA 1JLBA 1NK6A 2HHQA 4H4MA 1RBTA 3QLHA 3CQ8A 3QEPA 4K8XA 1JLFA 4CGJA 4CE9A 1LW0A 1C1CA 2B5JA 2XHBA 4IG0A 1B9FA 3ZT4A 4CK1A 3L3VA 4RW6A 1WN7A 1ZBUA 4DSLA 1IKXA 3OS2A 3C6TA 5HP1A 1L3UA 4HUGA 2IS3A 2RKIA 2E6MA 2DFHA 4KO0A 1QSLA 4R5PA 4FJ7A 3AO5A 3EY1A 1U48A 3O3HA 1TK0A 4BE0A 3MXJA 3QERA 1BIUA 2QXFA 1NJXA 3DLGA 1TV6A 2VWJA 3KTQA 2F8SA 3AVLA 2FBYA 3AVAA 1SV5A 4GVMA 4FW2A 2G8UA 3OYMA 3QETA 1S6PA 3PV8A 3TI0A 1D8YA 5J2QA 2BDPA 1TVRA 4I7FA 3M8QA 5DK5A 1EKEA 1I3AA 4CJLA 1D9FA 2HHWA 5HROA 4HTUA 3ZT0A 4BDPA 4Z4EA 4Z4IA 3V9WA 3CM6A 2YNIA 3IAYA 1LWFA 5FROA 4FM0A 1QSYA 4K8ZA 2KFZA 2ZE2A 3OYKA 4KB1A 3MEDA 5HLFA 3V1QA 4MFBA 3DMJA 3QNOA 4N41A 1BI4A 2FC0A 3C6UA 1L5UA 1RILA 4OVLA 1KFDA 4O0IA 1KVBA 3OYJA 3RR7A 2IGIA 1RDAA 2X78A 2O4IA 5JS2A 1UWBA 1HRHA 4YFUA 4PY5A 2ATQA 5FRMA 1XC9A 1WSJA 2WONA 1JLEA 3I0RA 5EU7A 5HRPA 3EZ5A 4F4KA 3HO1A 1C0MA 1WSEA 3AV9A 4CEEA 5CYMA 4CJRA 4BDYA 1RDDA 4N47A 1ASWA 3WNFA 1RCHA 4FJKA 4AILC 5KRTA 3DLBA 4OLAA 4CF2A 1VRTA 1KCFA 3ZT3A 4CJTA 1T03A 2OYQA 3QIPA 1S1XA 4FJIA 4DSEA 4KHUA 3K5LA 4DTJA 4CEBA 2G8KA 3LANA 1KFSA 3NF8A 4KKOA 2KZZA 4FLWA 2OZMA 4OLBA 1S1VA 1K6YA 3OYDA 3FFIA 4LSLA 3U3GA 2OZSA 2HVHA 4C8OA 3QO9A 1S6QA 4CEZA 4DSFA 4KHNA 3MAQA 5CY4A 3S3MA 4JS4A 1NJYA 4YNQA 3CG7A 4CK2A 3LWLA 3NDKA 4BE1A 2A1RA 4CJ4A 3SYZA 1Z25A 4CJFA 3NH2A 4FZXC 4DFPA 3LAKA 4WE1A 4DTNA 3VA3A 2LSNA 5SWMA 2Z1HA 1SUQA 3SQ2A 5CZ2A 4N56A 3ULDA 3KLIA 4JLHA 4Z4HA 4E7IA 5HRNA 1NK9A 4FYDA 3HVTA 3VQDA 4XIUA 3SNNA 3SV4A 4QAGA 1TK8A 4EP4A 4LH5A 2X6NA 2B6AA 2DTUA 1SL1A 1RTJA 4FXDA 2HB5A 1A5XA 4H8KA 3F73A 3HPOA 1CXQA 1NKCA 1WAFA 1IKYA 1WSIA 3DI6A 3G0ZA 4DWIA 2D5RA 3QEWA 3PX4A 3AO2A 3DYAA 1XHXA 3M8RA 4HHTA 4DQQA 3LP3A 3NE6A 1S5JA 2XRIA 1QTMA 2QKBA 2QKKA 4DF4A 3NF9A 4DSIA 4BWJA 1C0UA 3AVMA 2YHAA 1J53A 2ITGA 1NKBA 1TKTA 3DRRA 4BACA 2PZSA 4RW9A 3SUPA 4KHQA 3O3GA 3HXMA 1REVA 3AVHA 1W0HA 5KGXA 3ITHA 1VSDA 1TL3A 2R7YA 5I42A 1ZBHA 4W5RA 3MEEA 3V1RA 4FM2A 3PX0A 1L3TA 4F3TA 4KREA 2AJQA 4CJVA 2G8IA 3U6FA 1NJWA 1FKPA 1KVCA 1UA0A 3NAEA 4CJSA 1D9DA 1CXUA 1G15A 1J9AA 3E01A 3O4NA 1BCMA 2Q3SA 4ZHRA 4E1MA 4CIGA 4ELUA 1J54A 3NHGA 1RT6A 3LAMA 4CFDA 2VG5A 3TAQA 3WNGA 3K59A 3S9HA 2G8VA 2HHSA 3QEVA 3VQ8A 1QQCA 1S1WA 3HL8A 4Z4CA 1C6VA 1WSFA 2BANA 4CGFA 3OYGA 4KI4A 3VQ6A 3CFPA 2IC3A 3IRXA 1EXQA 3KK3A 3L8BA 4KV8A 1TKDA 1Q9YA 4F2SA 4B9TA 4KRFA 4B3OA 1TK5A 3LPTA 2P5GA 4O4GA 3V9XA 3V9SA 3AVGA 2GUIA 3VQ4A 3VQPA 1YVUA 4CJKA 3RMCA 1NK4A 1X9MA 2XY8A 4CECA 1IG9A 4B8CA 1BQNA 4DTXA 1XI1A 2Y1JA 3ZSQA 2XY6A 4B9UA 3VN5A 3DLEA 3IG1A 2YNFA 3OYNA 5FRNA 3AO1A 3HM9A 3ZT1A 3L2UA 1WNSA 2HHUA 1EP4A 2FBVA 3CYMA 3LZIA 3AA5X 4CK3A 2F96A 1HYVA 1KLNA 3RRGA 4CFBA 1I39A 4IFYA 5KRSA 4M3RA 4G1QA 5C42A 1HYZA 1QS4A 1RTHA 4DQSA 4DTOA 4CGDA 3HVRA 1T8EA 1HQUA 4DU3A 1UOCA 3DRSA 5C24A 2RN2A 4FJ9A 4UQGA 1JXEA 1TL1A 2XY7A 1RDCA 1XWLA 5HRSA 1RT5A 3LPUA 1HMVA 1W9HA 1S1TA 5K14A 1U49A 4HCBA 3HK2A 1EX4A 3QEXA 3DLHA 2B4JA 1SKRA 4E7KA 3AO4A 4Q0BA 1NK0A 3HYFA 3OYHA 2HHTA 2KW4A 4IFVA 3HP6A 3F9KA 3VQ7A 1NJZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PYJA 3WQUA 1ZC6A 1DLOA 1GLJO 1GOAA 2D4WA 4BC2A 5LL6Z 4CERA 4EHTA 5CR4A 3DAWA 4N5SA 1VSEA 4DU4A 2IVPA 3WXIA 1W7AA 2QA4N 1VSJA 4CJ3A 1TKZA 1T44A 4L8RB 3ENOA 2NLXA 3TABA 3VGKA 3ZX0A 4CGHA 1XMOK 2WFBA 1HUXA 5BRDA 2OPRA 2YV0X 4BRGA 5FLXO 4E3SA 3CCJN 3AGKA 4ID5A 3BF1A 3ID8A 2IIRA 4JN4A 2I5JA 2O8DB 1JXBA 1IBKK 2QWQA 2GTDA 1MWMA 2KQ2A 2G8HA 4AH9A 1NK7A 4BGBA 1N6QA 4O5BA 3U3YA 1FK9A 5C25A 3MCPA 4CBUA 1ZBSA 5EOYA 2XO7A 1W2BM 1RDUA 5F1XA 3RWUA 3MN7A 1EETA 1LW2A 4QS8A 4DHYA 3K58A 3CC4N 3CJ9A 3ZSRA 1N5YA 4BC3A 5C12A 4IDKA 4FOEA 5C2FA 5AQXA 3L3UA 4JI4K 2F8TA 4KFBA 3TTDA 3HM8A 3P83D 4KHWA 3IS9A 3KZBA 4NO7A 3EE8A 1GLEG 4EZ6A 4CIEA 1QHTA 3T19A 3VQBA 3DOKA 4CJQA 3HSTB 2D0OA 3FE1A 2G8WA 4I2PA 1BGXT 5AQZA 5ADXA 5E41A 2P9KA 4BRCA 4DTUA 3V9ZA 1GLLO 3NMUA 3KKSA 3Q7CA 3MCAB 3PX6A 2CH5A 5EY4A 2FSKA 3TARA 2Z1IA 5E84A 2O8BA 1RDBA 5AQTA 2Q0UA 2YHYA 4YOTA 4GKKK 1QVFM 2QWLA 5GIOA 1NM1A 3B6OA 3O5BA 5BRFA 4B9LA 3OS1A 1HPZA 1C1BA 2HBKA 1BCOA 3VQCA 1QE1A 3P5JA 3KD1E 2FSNA 2HMPA 2ZF5O 3PUFA 3JS6A 3M5RA 1KC8O 4JI5K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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