4CJPA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (60-68)TI2 (78-81)TI1 (57-60)TIV1 (67-70)S2 (71-78)S3 (84-89)AH1 (94-106)AH3 (124-133)AH2 (118-122)S5 (136-138)TVIII2 (142-145)AH4 (145-165)TI3 (79-82)S4 (112-114)TVIII1 (89-92)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjpA00
1B92A 3OYFA 4DS4A 3M8QA 3AVMA 4E19A 4DU4A 5K14A 3AO4A 4R5PA 3MXMA 1BI4B 4CCHA 3THVA 3KKSA 4KFBA 1ASWA 1JXBA 3VQ9A 1ZBIA 4HCBA 3SUQA 1IKWA 4CK1A 1T7PA 5C25A 1D8YA 2HMIA 3KLIA 1QSSA 4I7FA 2G8FA 4MFBA 3RR7A 4CEQA 4OPKA 4CJRA 4CGJA 3L2WA 1XC9A 1UA1A 3LPUA 2HHVA 1KLNA 4B9SA 2HNZA 1KTQA 2HHUA 4DQSA 3V9XA 4E1NA 4LY7A 4DTMA 4NCAA 3OYMA 2HB5A 5I3UA 2HNYA 4H8KA 3DRSA 4OKJA 3G0ZA 4KO0A 1IO2A 4DFKA 1HRHA 2ATQA 3CFOA 3SV3A 3HYFA 1LW0A 4DTXA 1WNSA 3K5NA 3V9ZA 4OGCA 1ZBHA 4CF0A 2KFZA 4Q5VA 3JYTA 3IS9A 4G1QA 3SQ4A 2HW3A 5HLFA 3AO1A 3K57A 1JLFA 1ZBLA 3RRHA 2F8TA 1LWEA 4DSIA 1NK0A 3RWUA 3QNNA 3RTVA 4DF8A 1RT1A 1NOYA 4J2DA 3LAKA 1A5XA 4DU3A 4FZXC 3VQ6A 1BGXT 3OYKA 5CZ2A 1RBSA 3LP1A 3SJJA 4CFAA 4B3OA 4FXDA 4ICLA 2YNGA 4BWMA 4W5RA 1JL2A 2D0CA 1WSJA 3CYMA 1C0UA 3DLGA 4B9NA 3NF9A 4KHYA 3TAFA 4F3TA 3KK1A 4E7KA 2GBZA 3AO3A 5HP1A 4CGFA 4FJ8A 4H4OA 4LSLA 5CZ1A 4AHRA 4FLZA 4CFDA 4FJJA 2FBYA 1GOAA 1UOCA 1EX4A 4E7HA 2HHSA 4DU1A 3ALYA 3OJSA 3C94A 1NKBA 1C1CA 1VSHA 3A2FA 4O0JA 3ZSQA 5KRSA 3BGRA 4FZZA 2YHAA 1TL1A 1WLJA 4CIGA 2G8KA 1JLGA 4KAZA 5SWMA 4DSKA 4MQ3A 1SV5A 4CE9A 1L3UA 3CM6A 4CJVA 4O0IA 3VQPA 3OVNA 4UQGA 1BCOA 4CGDA 5HRPA 3AVLA 1KLMA 3MEGA 3OS0A 2OPPA 4JS5A 3TABA 1QSLA 1K6YA 3PX6A 4DG1A 4FJHA 1IH7A 1RCHA 5FRNA 3HO1A 5D3GA 4F8RA 4Z4GA 3SI6A 3V1QA 2GUIA 3MECA 4DTOA 1TAUA 3O3GA 3D0PA 3ZT2A 4KB0A 3ITHA 3EYZA 4FJNA 4KI4A 2AJQA 2FBVA 3IRXA 1IKYA 1RTHA 4DFJA 4NYNA 1GOCA 1UAXA 1BQMA 4CGHA 4KB1A 1EXQA 2KTQA 1VRTA 2D5RA 4EP4A 2GV9A 1RDCA 3KIOA 4XIUA 2I5JA 1U47A 4FJ9A 3LDSA 4I9QA 3D45A 4PY5A 4CESA 3DRPA 1XHZA 4E3SA 1CXUA 4CJKA 2OZMA 2PZSA 2QK9A 3AA5X 3HL8A 3V1OA 1U4BA 4GW6A 3S3MA 1FKPA 4M3UA 3NCIA 5DK5A 3C95A 2IS3A 4CEAA 2E6LA 4CJUA 4L8RB 4FYDA 1TKTA 4CHOA 3TARA 4YFUA 4IBNA 4FJ5A 3VQAA 1RBVA 3VQ7A 4OGEA 4AHCA 4CJ3A 2VG7A 2OYQA 4BACA 3V9WA 3AVBA 1U49A 3AVFA 1S1WA 4FZYA 3VQ4A 3HPHA 3OYIA 3RMBA 3RMDA 1C0TA 3CFPA 3WNGA 3QESA 1LW2A 4KI6A 4KKOA 3QEXA 2XY7A 2VWKA 1B9DA 1A5WA 3NE6A 2RF2A 3TWHA 1NK9A 4FLYA 3RMCA 1S1XA 2FBXA 3LP2A 4KTZA 4FLUA 4CJSA 1YTUA 1NK7A 4RW9A 1KVCA 4NYFA 3NF8A 3F9KA 3QERA 3KKRA 5FROA 1C6VA 3L3VA 3IG1A 4E7LA 4CHQA 4OKKA 3T19A 4JRQA 3ISNC 4DTNA 4DQIA 5I42A 4W5OA 3ASMA 4DLGA 1HNVA 4KRFA 3OYNA 2OPSA 3LP0A 1KCFA 4CJFA 4DF4A 1CLQA 4C8OA 2KZMA 2VG6A 3DM2A 4M3RA 3VQQA 4CIFA 3EY1A 1TL3A 1WSIA 2ZE2A 4DQRA 1J5OA 3O4QA 2QKKA 1REVA 4O55A 3VQ5A 5KGWA 1J53A 1L3VA 1QS4A 1CXQA 4BDZA 3TI0A 4CEZA 1DLOA 1KVBA 1JLEA 1YT3A 4FM0A 1SKRA 4FJGA 1TGOA 1RTJA 1RBRA 3DYAA 4HTUA 4N41A 3KD1E 2Z1HA 2BDPA 5CYQA 2F96A 5FRMA 3AVAA 3U6FA 3ZT1A 3MEDA 4CHNA 3S3OA 3CFRA 3V6DA 3NBPA 1UWBA 3V1RA 4DMNA 2IGIA 4CEOA 3HXMA 2A1SA 1KRPA 3EZ5A 4B8AB 1RTIA 3O4NA 1BIZA 1RT3A 3SCXA 3LP3A 3ZSRA 3JSMA 4KV8A 2D0BA 3KD5E 4FJKA 4M3ZA 1U04A 1NK4A 1IG9A 1S1TA 3TANA 4FLTA 1RNHA 4CHPA 3PX0A 4FJ7A 3SQ2A 4J2EA 1JKHA 4CFBA 1RBTA 2LSNA 3OYAA 2B4JA 1S1UA 1WSGA 3HP9A 4CJEA 2EX3A 2KW4A 3VA3A 1X9WA 4KPYA 1RILA 4EZ9A 3HK2A 4M45A 3O3HA 1A5VA 1BL3A 1I39A 4M3WA 3U3GA 4CGIA 3K5LA 3NGYA 3CM5A 4FK0A 3VQBA 2IOCA 1LAWA 3V9SA 3HM9A 4ELVA 4HVJA 3TAPA 4H4MA 5J1EA 1BISA 1VSEA 4AHTA 3SQ0A 5CYMA 3HJFA 2O4IA 3AVIA 4I2PA 5JS2A 4DTSA 4N56A 1RBUA 1QE1A 2YNHA 3NHGA 2G8VA 3NAEA 3ZSYA 3OYBA 2ZQBA 1X1PA 1Y97A 2OPQA 4OKEA 5HBMA 4CF8A 3KTQA 4QAGA 3SPZA 2Z1GA 5J2QA 4E7JA 3K5OA 4DSJA 4FJMA 3VQDA 1U45A 1VSIA 4F2RA 3L2RA 1SL0A 4HUGA 4PWDA 3WNHA 4CJPA 4Z4FA 2DY4A 4FLXA 3K58A 1BIUA 2VWJA 1NJYA 4E0DA 3OJUA 3SV4A 1HQEA 3L2QA 2NUBA 4Y1CA 1HPZA 3LWLA 3QNOA 3LZIA 2DTUA 1SL2A 4HHTA 2IDOA 4BE2A 3DLKA 3OYEA 3V9UA 3OYLA 3G10A 4O44A 4OLAA 1JLCA 4KTWA 3WNFA 4LD0A 4CHZA 4HUEA 2G8UA 2Z1IA 4DFPA 1NOZA 1KFSA 4Z4CA 3ZCMA 1MU2A 3PX4A 1L3TA 2G8IA 4WE1A 2YNFA 5FDLA 1B9FA 4GVMA 3DLHA 4ELTA 4HUFA 1WSHA 3TAEA 5DMRA 1VSFA 1F21A 3QO9A 1T03A 3HT3A 1C0MA 4FLWA 3QIPA 3NDKA 3AVCA 1FXXA 1Q9XA 4IKFA 3AO2A 2RN2A 4FJLA 4E89A 3ZSWA 5HROA 2HVHA 1WAJA 3L2VA 2XY6A 3LZJA 4N76A 4DTPA 3ZT0A 3CQ8A 4F2SA 1TV6A 1Z26A 2XRIA 1C1AA 3QLHA 4ID5A 3HPOA 1LV5A 3F73A 4BE1A 3PO5A 2JGUA 4ZHRA 3V4IA 1QQCA 4DTJA 4KTQA 2BGGA 4CECA 5C42A 1XI1A 4CK3A 3CG7A 3AVNA 3C6TA 4DSLA 1U48A 1QTMA 4Z4IA 4I2QA 3K2PA 3OYGA 1VSMA 3KK3A 3QEPA 3T3FA 4F3OA 1BHLA 4C8MA 3LANA 1VSKA 4LH4A 3TAMA 2E6MA 5EU7A 3PV8A 4DTRA 1SKWA 4LSNA 4CJWA 4M42A 3DI6A 4I9LA 2OA8A 4FJXA 3PY8A 3KLFA 4M3XA 4B9VA 4NCBA 3DLBA 2OPRA 3DRRA 1ZBFA 4FVMA 5SZTA 3I8DA 4JRPA 3ZSVA 1L3SA 2P51A 3AA2A 3SNNA 4K8XA 4W5QA 1SUQA 4OPJA 3NGZA 4KHSA 3M8RA 1S9GA 4YNQA 3KLHA 3VA0A 2PYLA 2HHTA 1EETA 1TKZA 3LALA 1NK5A 1RTDA 1D9FA 4B08A 4B9MA 4O4GA 1O1WA 1UA0A 4DTUA 3MEEA 4E1MA 1NK8A 1YTAA 2DFEA 4JS4A 4BE0A 1G15A 1Z25A 3QINA 4N5SA 1S1VA 2YV0X 3SPYA 4PQUA 4AHSA 4QOZB 3OYCA 1HNIA 3NFAA 3VQEA 1HJRA 2WOMA 4ZTJA 1VSJA 4NCGA 1RDDA 3O3FA 4IG3A 4FLVA 1JLBA 3VN5A 3NGIA 1J54A 3AVGA 1VSDA 3K5MA 4FK4A 3AA3A 2Z1JA 4ZTFA 3DLEA 1HYSA 3KK2A 3S3NA 3AVJA 3IAYA 2BE2A 2X78A 2B6AA 2XY8A 1LWCA 4CF2A 3K59A 4FW1A 2XHBA 2IC3A 4AH9A 4CGGA 1TK0A 4KHQA 5E41A 2IAJA 4DQQA 5J2NA 4CJ5A 3QEIA 3VQ8A 3H08A 1DTTA 2KQ2A 4AHUA 4W5NA 2FBTA 1VK0A 4JLHA 3HVRA 1DTQA 3V81A 4Z4HA 3LAMA 1SL1A 3ZSXA 2EHGA 1RDBA 2WONA 5KTQA 4IFYA 1HYZA 1YVUA 4B9UA 3WNEA 2PYJA 4Z0UA 1GOBA 3AA4A 4CFCA 1IKXA 4B8CA 4CEEA 2X6NA 5HRSA 4PUOA 2P5OA 2F8SA 1JLAA 2DFFA 1LAVA 4F4KA 3OY9A 4DS5A 4CEDA 3DMJA 4CERA 1RDAA 4KHNA 1JLQA 1ASUA 1QHTA 1XWLA 2P1JA 3B6OA 3HP6A 2QKBA 4IFVA 3ZSZA 4OLBA 1TKDA 4RW4A 2HHWA 1Q9YA 1D5AA 4RW7A 3HVTA 2G8WA 3MXIA 1NJXA 3UIQA 1KFDA 4N47A 2HNDA 1XHXA 3VQCA 4CJ4A 3E01A 3T1AA 1SKSA 4M3YA 4Z4EA 2HVIA 3TR8A 2XY5A 3NF6A 4GMJB 1X9MA 3RR8A 4RG8A 2P5GA 4FW2A 1J9AA 3KLGA 4PA1A 1TVRA 3SQ1A 1NKEA 3PO4A 2YNIA 4KHUA 3B6PA 3RRGA 1IKVA 3SYZA 3NH1A 3TAQA 4RW6A 3RMAA 2X6SA 3LWMA 3I0RA 1TK5A 1R0AA 4C8KA 1RT2A 3SUNA 3DOKA 1CZBA 3OYHA 1LWFA 5CY4A 3QIOA 4CJQA 2JLEA 4RW8A 4EP5A 3C6UA 1KVAA 5KGXA 4KHWA 3FFIA 4DWIA 1HMVA 4FM2A 2Y1JA 4Q0BA 1NKCA 1EP4A 4OJRA 1WSFA 5T7BA 2QXFA 1CZ9A 4FK2A 1NJWA 2VG5A 4DSFA 2BANA 2YKNA 3OYJA 3L8BA 1S6QA 1C1BA 3P1GA 1ZYQA 3MXJA 3ZT3A 1KSPA 3ZT4A 2G8HA 2OZSA 2RPIA 5HRNA 1WN7A 4AHVA 2HHXA 4M41A 1RT4A 4EZ6A 3AO5A 4FJIA 3MAQA 2ITGA 1T8EA 2ETJA 3HPGA 3PUFA 5KI6A 4BDPA 1WSEA 1JL1A 4BWJA 2XO7A 3NF7A 4AILC 3QETA 3HSTB 4CEFA 3QEWA 1T05A 4BDYA 5J2MA 1NJZA 1BI4A 4IG0A 3L3UA 3OS1A 1ZBUA 2R7YA 1NK6A 2Q3SA 4M3TA 3P83D 1HQUA 2W42A 2YHBA 1I3AA 1JXEA 1TKXA 3NH0A 4CJLA 4ID1A 3BDPA 2KZZA 2ZD1A 2PY5A 1W9HA 1HYVA 1VSLA 2B5JA 3SUPA 1RT7A 3I0SA 2A1RA 4J2AA 4CIEA 4DLEA 2X74A 1RT6A 1W0HA 3LPTA 2YKMA 1EKEA 3SZ2A 4DSEA 3KLEA 1FK9A 4CEBA 3S9HA 4LH5A 4FCYA 2DFHA 3QEVA 1BQNA 1X9SA 2D0AA 1D9DA 3AVHA 2RKIA 5J2PA 1S5JA 4QCLA 3AVKA 1ASVA 1S9EA 3DLRA 1S6PA 4B9TA 4KREA 4C8LA 1N6QA 4B9LA 4IDKA 4CHYA 5KRTA 2HHQA 4CF1A 1TK8A 1ITGA 3OS2A 4TSXA 5HRRA 2FC0A 3NH2A 1L5UA 2KFNA 1TAQA 5C24A 4W5TA 4K8ZA 2E4LA 1RT5A 3ZSOA 3M8SA 1FKOA 3AV9A 1BCMA 4OVLA 4C8NA 1VRUA 4FM1A 4E7IA 3U3YA 4HCCA 1QSYA 2Y1IA 4J2BA 4DFMA 4ELUA 3OYDA 3DOLA 4CF9A 3ULDA 3SUOA 3TAGA 1N5YA 4DQPA 3P5JA 3KJVA 1WAFA 3M8PA 4Y1DA 5JS1A 4CK2A 3L2UA 4O5BA 1Q8IA 4CJTA 2O4GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVMA 3AO4A 5F1XA 3SUQA 4CK1A 4KH5A 5C25A 4QS7A 3KLIA 1IV0A 4I7FA 4CEQA 4CJRA 2E8AA 5GIPA 2YHWA 4LY7A 2A41A 4DV3K 2HNYA 4OKJA 3G0ZA 3O80A 4DFKA 3CFOA 2ATQA 4WYBA 1HKBA 4JI7K 4IZ9A 3K5NA 2IVNA 1ZBHA 3AY9A 4CF0A 2KFZA 4FWKA 5HLFA 3AO1A 4GKKK 4DSIA 1T3VA 3RWUA 3RTVA 4DF8A 1RT1A 1EO1A 4DU3A 4B3MK 4FZXC 1RBSA 2NLXA 4CD3A 4XEIA 1KXPA 3DLGA 3HOTA 3KK1A 2GBZA 2O8BB 5CZ1A 4BRCA 2P9KB 2Q0UA 2FBYA 1UOCA 1V4SA 2HHSA 3PSIA 1NGFA 1NKBA 3VF6A 4O0JA 3BGRA 2YHAA 4JAXA 4DSKA 1KQSM 4KAZA 4ISEA 4O0IA 3O9UA 4UQGA 5LMUK 1BCOA 2GX9A 4JS5A 3AVLA 3MEGA 1XNRK 1QSLA 1SZ2A 5FRNA 3CC7N 3MCAB 3MECA 4DTOA 1VQKN 3ZT2A 3ITHA 4FJNA 2V7ZA 1ILYA 3IRXA 3PLAA 4KB1A 4B3SK 3LDQA 2E5LK 2GV9A 1RDCA 2I5JA 1U47A 3LM9A 4IDHA 4CJKA 2UUAK 1KAZA 4YHHK 4CZHA 1ATNA 4M3UA 1FKPA 2UXBK 4ILJA 4CW7B 1VQ4N 4LF4K 4JKAA 3VQAA 4OGEA 3V9WA 1VQ9N 1U49A 4CZEA 3VQ4A 3CFPA 3R6MA 3WNGA 3QESA 2O8EA 2XY7A 3QEXA 2UXCK 2VWKA 1IBLK 4CBXA 4I6MA 4DUZK 1S1XA 2VQFK 4FLUA 4CJSA 3EKSA 3HTVA 5A2QO 3NF8A 2HBKA 3ENHA 3F9KA 3KKRA 5FROA 4DR1K 3A0IX 2A5XA 2OCEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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