4CJQA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 56
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjqA00
1S6QA 3OYJA 3VA3A 3VQCA 3ZT0A 1S1XA 3AVIA 3HYFA 4ID1A 3NF8A 3K5NA 3WNGA 2WONA 3T3FA 2OA8A 3TABA 1DLOA 1WN7A 2WOMA 2YHAA 1JXEA 1RTJA 3V9UA 4PQUA 3PV8A 2HHWA 1JLBA 2XY7A 1KSPA 3AVLA 4CF1A 3QEIA 2BANA 3MXMA 1NKEA 1MU2A 1SL2A 1SKSA 4RW9A 4CJRA 4R5PA 2OPQA 5C24A 3VQ6A 1WAJA 1IH7A 2HNDA 5J2PA 1A5XA 2F96A 1G15A 3OJUA 4PY5A 3CFPA 3BDPA 4B9SA 4DU3A 3NF7A 5EU7A 1N5YA 3DRSA 1FKPA 4CK1A 1IKXA 2D0CA 4CJTA 1IKVA 1GOBA 4CHZA 3TAEA 3SQ2A 2GBZA 3ZT2A 3AVBA 3V1OA 4FJLA 4DFJA 2HNZA 3C94A 3M8QA 3QIPA 3OYDA 3K57A 4DWIA 2QK9A 4KB1A 4BE2A 1LWFA 1Q8IA 1Q9XA 2B4JA 4M3WA 3ZSYA 3MXIA 4JRQA 1QE1A 3OS0A 4JS4A 3HO1A 3O3GA 4IFVA 3KK1A 3OYGA 1X9WA 4CIEA 1HMVA 4E1NA 4RW4A 3CG7A 4KTQA 3LWMA 1KTQA 1FKOA 2XY8A 4BWJA 2HHQA 1S6PA 1NJXA 5J2MA 4KO0A 2X6NA 4DTJA 2G8IA 3NH0A 1VK0A 3T19A 1XC9A 2YKMA 5C25A 3KIOA 4QOZB 2W42A 1HPZA 1EKEA 4OVLA 2JLEA 3QERA 1SL1A 5FRMA 3HVRA 1RTIA 2OYQA 1A5VA 2RPIA 4CJ3A 1SKWA 1TL1A 3AVKA 3VQ7A 3ZSZA 3WNEA 4CHNA 4RW8A 3S3OA 3D45A 3C6UA 1EX4A 1VSHA 2D0BA 1WSEA 1KLNA 2QKKA 4CGGA 3AVCA 4KHSA 2KFNA 3QEPA 3V9XA 3IAYA 3KKRA 1RDBA 4E7LA 4EZ9A 4Y1CA 1J53A 2Z1IA 4WE1A 3NH1A 3WNHA 3O3FA 4HUGA 4FLXA 5C42A 3K5MA 1JLGA 3TAPA 1WSGA 1NK7A 3M8SA 4FLZA 2KFZA 4CFDA 2P1JA 1EP4A 1T03A 3LP3A 4KHQA 3SV4A 4CIFA 3RWUA 1CLQA 3AA5X 3B6OA 4W5QA 1JLQA 4FK2A 4NYNA 4W5TA 3P83D 4ICLA 2PY5A 2D5RA 1UA1A 1ASWA 3SYZA 4KI4A 3SQ1A 3DLRA 4CHOA 3MEGA 4F3OA 3PY8A 5JS1A 3LAMA 2RKIA 3V9WA 2ITGA 3LWLA 2O4GA 3L2UA 3DM2A 2PZSA 4M3TA 3ISNC 3DLHA 4ID5A 1TAUA 1C1AA 1RT1A 2X74A 2XY5A 1NK8A 3P5JA 3NGIA 4GVMA 4FZZA 1TAQA 3ULDA 4FK0A 4AILC 4O44A 4Z4CA 3TANA 3HK2A 1NOYA 3VQ9A 4CJPA 4FZYA 3B6PA 4YFUA 3L3VA 4E1MA 2F8SA 1JLFA 1TK0A 3K59A 3LP2A 4B9LA 3QEVA 4C8NA 3TR8A 4CF0A 4E7IA 4Z4FA 4CK3A 2P51A 3ZSOA 2R7YA 4DSFA 1BI4B 5HROA 2HVHA 5HP1A 1T7PA 3ALYA 3SCXA 1BQMA 3MXJA 4DTUA 1ZYQA 4CJWA 3OYHA 3KLHA 2VWJA 4CJVA 4F3TA 1RNHA 1DTTA 1KFDA 4N41A 2E6LA 2G8KA 3NGZA 2Y1IA 1NK6A 2KZMA 3A2FA 1TKXA 5HRSA 4FW2A 3V6DA 2B6AA 4CJLA 3QIOA 3OYAA 1RT4A 5CYMA 1TK8A 3PO4A 4KREA 5E41A 3OYMA 5CYQA 3K2PA 4HVJA 2BGGA 4I2QA 4FJIA 5HRPA 1LV5A 1RTDA 3M8RA 3THVA 1ZBHA 3OYCA 3CFRA 2G8UA 1YTAA 1HYSA 3LP0A 4PWDA 2XRIA 3I8DA 1TK5A 1NK4A 3HL8A 3QNOA 1VSMA 1TV6A 1RBTA 3JSMA 3PX0A 3AA3A 3OS1A 2ZD1A 1QSLA 4B9UA 1IKYA 3NF6A 3RMAA 1YTUA 1TGOA 2IC3A 3DI6A 2OPRA 3K5LA 4FCYA 3V9SA 3V4IA 3SQ0A 2IDOA 4FJGA 4O4GA 4FW1A 3KLEA 3KK2A 4KKOA 1NK0A 2HW3A 1BI4A 1GOCA 5SWMA 4CEZA 2VG5A 3E01A 3IRXA 1VSIA 3DLEA 3OVNA 1F21A 4FJ7A 4BWMA 4CJ5A 4FK4A 4M42A 3ZT4A 4M3XA 4KFBA 2FBTA 4EP4A 1RDDA 3WNFA 1NJYA 5J1EA 1WNSA 2G8VA 3SQ4A 3OYNA 4DFPA 3TI0A 1U47A 4KPYA 1BGXT 4AHSA 2P5GA 4E7KA 4AHTA 3EYZA 1C0UA 3AO1A 4LH4A 4F2SA 1W0HA 3AA2A 3AVFA 4NCBA 4RW6A 4E7HA 4LH5A 1HQUA 3O4QA 3VQQA 3KJVA 3KD5E 3UIQA 4GMJB 3ZSQA 3VQEA 1SL0A 4KB0A 2FBXA 3HSTB 5DK5A 5I42A 1JLCA 3SI6A 3SZ2A 2XO7A 3L8BA 1C0TA 4FYDA 4DQSA 1ZBFA 1GOAA 3OS2A 3L3UA 4FJHA 1QSYA 4FJMA 3HPGA 2QXFA 2QKBA 3DLBA 1KFSA 1ASVA 4DTPA 1XI1A 4I7FA 2O4IA 4CF8A 3OJSA 1FK9A 3L2VA 3RRHA 2PYJA 4N47A 3CM6A 3RR8A 4MQ3A 1JLAA 1KLMA 1HYVA 2EX3A 2Q3SA 4LSNA 4CEBA 4UQGA 1HRHA 1U49A 2Y1JA 1Y97A 4N5SA 1W9HA 3QLHA 4RW7A 3OY9A 4DQQA 1NJZA 1BL3A 1CZBA 2GV9A 1BQNA 3S9HA 3RR7A 4KV8A 4CGDA 4KTWA 2FBVA 3V9ZA 3F73A 2YV0X 4CFCA 4FLWA 1NOZA 4DQPA 4CEDA 4CJUA 1RTHA 4FXDA 4FJXA 1I3AA 1VSDA 4B8CA 4F8RA 2KZZA 5CY4A 4DMNA 4HHTA 3AO5A 3DLGA 1KVBA 4TSXA 5DMRA 4HCBA 5FRNA 2DTUA 1ZBLA 4K8XA 4CEOA 1IG9A 1RILA 3KTQA 4CCHA 2VWKA 3SPZA 5HLFA 3PO5A 3ZCMA 3VQBA 1FXXA 3OYIA 1NJWA 3LAKA 2G8FA 3ZT3A 4C8MA 3RMBA 3G0ZA 1UAXA 1BISA 2EHGA 1Q9YA 1EETA 2IAJA 3DOKA 1D8YA 2HHTA 3DYAA 4Z4IA 1K6YA 4CFBA 1NKCA 4QCLA 3FFIA 2A1RA 3HT3A 2HHXA 4BDPA 4KHYA 3NFAA 4OPKA 3KD1E 4M3RA 1BIZA 2AJQA 1RDCA 3AVMA 5KTQA 4OLBA 2X78A 1VSLA 4Z4GA 4I9LA 4QAGA 1B9FA 4KRFA 4DU4A 4AHCA 1HJRA 1ZBIA 1HNVA 4OPJA 1S9EA 1KRPA 1X9MA 4JRPA 3S3MA 1RT5A 4EZ6A 3HPOA 4CERA 4XIUA 4CHQA 1X9SA 2VG6A 1QSSA 4DSLA 1WSIA 1JXBA 3I0RA 1RT6A 4CFAA 5FDLA 2ATQA 3AO3A 3MECA 4CGJA 1R0AA 1S1TA 2Z1GA 4RG8A 4CEQA 3PUFA 4NCGA 3TARA 1B9DA 4AHRA 3VQ5A 3OYEA 4KHWA 1D9FA 3SUPA 1RCHA 1UWBA 4Z4EA 5CZ2A 3ZSVA 3TAQA 3MEEA 2IS3A 3M8PA 4CEEA 4HCCA 4CJFA 3AVNA 1S1UA 1S1WA 3LPUA 1IO2A 1YVUA 3KLGA 3NDKA 1LW2A 1U04A 4Z4HA 3ASMA 1WLJA 3NGYA 4DS4A 1SKRA 4C8OA 2DFEA 3JYTA 3V1QA 4OKKA 4CHYA 5I3UA 4C8LA 2HHUA 1CXUA 2E4LA 4CJKA 3LZJA 1U48A 4AH9A 4OGEA 4H4OA 2Z1JA 2YNFA 4E19A 4PUOA 4DLGA 2YNIA 4DG1A 4CGFA 1NKBA 4CK2A 4Q5VA 2XHBA 4ELVA 4FVMA 1KVAA 1RT7A 1VRTA 2E6MA 3NF9A 4ZTJA 4NCAA 1C1CA 4IDKA 4OGCA 3SPYA 3U3YA 3HJFA 1LW0A 3T1AA 1N6QA 3DOLA 4OJRA 5KI6A 1QTMA 2BDPA 3HVTA 4DQRA 1C6VA 4FLYA 4FJJA 4IG0A 3L2QA 3DLKA 3IS9A 3OYKA 1XWLA 1SV5A 5KRSA 3QO9A 4PA1A 3L2WA 3RTVA 3K58A 4I2PA 3DMJA 4CGHA 1NK9A 5KRTA 1WAFA 3EY1A 1RBUA 1RDAA 5HRRA 1L3VA 4DSEA 4NYFA 3PX4A 1TL3A 4KTZA 3QINA 1UOCA 4O5BA 4N56A 4DFKA 1IKWA 4LD0A 1J54A 1KCFA 1S5JA 2IGIA 2VG7A 3EZ5A 4DFMA 4OKJA 4Z0UA 4CIGA 3MAQA 4DTOA 1LWEA 1EXQA 4B08A 4DSJA 2HVIA 4E3SA 1HNIA 3CFOA 2PYLA 3ZSWA 4DS5A 3OYBA 3SJJA 2X6SA 1XHXA 4DF8A 1S1VA 1L5UA 4W5OA 3VQPA 1VRUA 2P5OA 1LWCA 3AA4A 1D5AA 3MEDA 3HPHA 1WSJA 1S9GA 4BE0A 4N76A 4MFBA 4M45A 4FZXC 3CM5A 3AVHA 1T8EA 2YKNA 3C6TA 4BDZA 1KVCA 5CZ1A 3SV3A 4DQIA 1U4BA 3ITHA 3RMCA 4JS5A 2I5JA 3KK3A 2NUBA 4BACA 5J2QA 4J2BA 4B9VA 3P1GA 4BDYA 3KKSA 4OKEA 4HTUA 4BE1A 1TVRA 2DFHA 3TWHA 1HQEA 4DTNA 1X1PA 3PX6A 2OZSA 2DY4A 1WSFA 4W5RA 3LZIA 1L3UA 4KHNA 3C95A 3AO4A 3L2RA 5KGXA 4HUFA 2DFFA 4L8RB 1RBVA 3ZT1A 1NK5A 4FM2A 4CJ4A 4M41A 2RN2A 4J2AA 4FM0A 3HP6A 4FLTA 4DU1A 3HP9A 5T7BA 2KTQA 4YNQA 1BCMA 4AHUA 4CF2A 1TKDA 1TKTA 4CJEA 4G1QA 3AO2A 1ASUA 2OPSA 5FROA 4F2RA 1RBRA 4CE9A 4CEFA 3I0SA 4IG3A 2IOCA 3G10A 1QQCA 3OYLA 4OLAA 4J2EA 3K5OA 4CESA 1LAWA 4CECA 4CJQA 2OZMA 4W5NA 3VQAA 4ZHRA 4DTXA 3QNNA 3RMDA 1VSEA 4ZTFA 4ELUA 3BGRA 4B9NA 3AVJA 2B5JA 2KQ2A 4E89A 4O0IA 4DSKA 3VQDA 4FJKA 2LSNA 3U3GA 4O55A 1RBSA 3NHGA 2JGUA 1JLEA 4CGIA 4E0DA 1L3SA 4DF4A 3RRGA 1BHLA 3NBPA 2RF2A 4LSLA 5JS2A 1UA0A 4FJ5A 3AVAA 3VQ8A 4M3ZA 2G8WA 3V81A 2ZE2A 2YHBA 2HMIA 3SUNA 1QHTA 4FLUA 3SNNA 1VSFA 2BE2A 4Y1DA 4M3UA 4IKFA 1JL2A 4FLVA 2XY6A 4H8KA 1CXQA 3KLIA 3S3NA 1BIUA 3QEXA 3TAGA 1VSKA 4DSIA 2KW4A 3H08A 3NE6A 2YNGA 5D3GA 1Z26A 2FC0A 4JLHA 1J9AA 2ZQBA 2A1SA 4GW6A 3U6FA 1ITGA 4K8ZA 2D0AA 1LAVA 1JL1A 1SUQA 3DRRA 5K14A 3V1RA 4B3OA 2Z1HA 2GUIA 3SUOA 3CYMA 4IFYA 3ZSRA 1DTQA 4EP5A 4B8AB 4CF9A 4FM1A 4F4KA 3HXMA 3NCIA 2HNYA 3LDSA 3IG1A 1TKZA 1HYZA 1T05A 4CEAA 4FJ8A 3QEWA 2HB5A 4B9TA 1YT3A 4IBNA 5SZTA 2G8HA 3VA0A 4DTRA 4B9MA 3LANA 3AV9A 3O3HA 4HUEA 1D9DA 1O1WA 4Q0BA 3NH2A 1Z25A 1B92A 4M3YA 3DRPA 1REVA 4KI6A 5J2NA 1J5OA 1RT3A 4E7JA 1QS4A 4LY7A 4H4MA 3TAFA 1A5WA 3QETA 2HHSA 4DLEA 4I9QA 4CHPA 3HM9A 2YNHA 3SUQA 1VSJA 4O0JA 4DTMA 1ZBUA 5KGWA 4AHVA 4DTSA 3NAEA 1WSHA 1BCOA 4FJNA 3KLFA 4J2DA 1I39A 2OPPA 3LALA 3CQ8A 1L3TA 4KHUA 2HHVA 1U45A 3D0PA 3ZSXA 3QESA 4CJSA 3OYFA 3VN5A 1CZ9A 4C8KA 1C1BA 1JKHA 3LPTA 4ELTA 4KAZA 3O4NA 2ETJA 4FJ9A 3AVGA 3VQ4A 5HRNA 2FBYA 1XHZA 3F9KA 1C0MA 3LP1A 5HBMA 3TAMA 1RT2A 2F8TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1S6QA 2H3GX 3VA3A 2O8DB 1H1VA 2OA8A 2A40A 2WONA 4IDHA 2HBJA 4A62A 4CD3A 4CF1A 3O4WA 3TTCA 4BRGA 1GLLO 4A59A 2IIRA 1NKEA 1MU2A 1X9JA 1SL2A 2OPQA 2QWNA 4JAXA 4BROA 3CPEA 2Q1NA 3WT0A 1FKPA 4B3MK 1GOBA 2GBZA 5I9EB 2HNZA 3C94A 3K57A 2QK9A 1RDWX 5EX5A 1LWFA 1Q8IA 1Q9XA 2B4JA 3A5OC 3UE5A 4M3WA 4JRQA 1QE1A 3P39A 3O3GA 1KAYA 3BY5A 4RCHA 5C12A 1NJXA 2QW9A 4M7XA 3T1HK 2G8IA 3T19A 1RTIA 5LL6Z 5AQKA 4H03B 4CJ3A 1NWKA 1SKWA 3CJ9A 3AVKA 4Y0WA 3S3OA 4RW8A 3BP8A 2QKKA 2KFNA 5M1NA 3V9XA 3LM2A 3QB0A 3IAYA 2YHXA 4WE1A 3NH1A 3WNHA 4HUGA 4FLXA 3K5MA 1WSGA 4GVEA 4FLZA 2P1JA 3FFKB 5M1OA 1T03A 3LP3A 3TSUA 4KHQA 4CIFA 3PSIA 4NYNA 3SYZA 3IUCA 3AARA 2XY5A 3P5JA 3ULDA 4FK0A 1SZ2A 4Z4CA 2ZGYA 3VF6A 4YFUA 3L3VA 2P9PB 1JLFA 3K59A 3LP2A 1YF5L 4CF0A 4ISGA 3SJHA 2P51A 1VQ7N 2R7YA 3ALYA 4FWSA 3DAWA 3MXJA 4DTUA 4CJWA 2VWJA 1YJ9N 2CH6A 3G25A 2ASMA 4N41A 5GAGP 3NGZA 2KZMA 1YAGA 2HOEA 3O1BA 3V6DA 2B6AA 1RT4A 1HKBA 4F9OA 4OPHA 3ZYYX 4DV2K 2E2OA 4GV6A 4FJIA 2YHWA 5GAHP 3CFRA 2GTDA 1YTAA 3ENBA 3LP0A 4MO4A 3I8DA 4JI3K 1NK4A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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