4CJR | Genus

Total Genus 54

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	54
sequence length	153
structure length	148
Chain Sequence	SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__075875536754877__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__075875536754877__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4CJR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__075875536754877__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"075875536754877","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4CJR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__075875536754877__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INTEGRASE
total genus	54
structure length	148
sequence length	153
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2013-12-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4cjrA00

1JXBA 4M3YA 3ZT0A 5HLFA 4B9LA 3HJFA 1D9DA 3AVIA 4CGGA 2PYLA 3PV8A 2ATQA 4DU3A 1XC9A 4DTMA 4GW6A 1Q8IA 2F96A 1T05A 3OS0A 1TGOA 4DSEA 2DY4A 3MXIA 2YHAA 3VQAA 1RT6A 1ITGA 2B4JA 1SL1A 3NF7A 2DTUA 1X9SA 1NJYA 3TAEA 5FRNA 4CGDA 4DFKA 1NK9A 4IG3A 3P5JA 4HVJA 1RTIA 4CF1A 3WNGA 1R0AA 3SPZA 1L3UA 2Y1IA 1SL0A 4CJQA 2D5RA 4C8MA 3O3FA 2RF2A 4DSFA 1L3VA 3OY9A 2HW3A 2HHVA 1S1TA 2DFEA 3VQ8A 4M3XA 4NCBA 3HL8A 4ELUA 4N5SA 1NJXA 2D0BA 4KAZA 2D0CA 3ASMA 2GUIA 3HPOA 2XHBA 3HSTB 5CZ2A 1C1CA 5J1EA 3V9WA 1ASWA 3V9ZA 5HRSA 2G8IA 1RT2A 4NYNA 4OGCA 4NYFA 4N56A 3K2PA 2X6NA 2FBXA 4IFVA 1L3TA 4KHUA 2RN2A 4DTSA 1TKZA 4E1MA 2X6SA 3AV9A 1J54A 4KHNA 1JL1A 3V9UA 4FJ7A 4PUOA 4M3UA 1LW2A 4HUGA 4E0DA 2EX3A 4CHPA 3QO9A 3D0PA 4FLXA 4DS4A 1X1PA 5FDLA 2NUBA 3OVNA 5KGWA 1C0MA 1S9EA 4CJRA 3QNNA 4PQUA 3TWHA 4I9QA 4AHSA 3LDSA 2W42A 4FM1A 4CJPA 1RT1A 3RMBA 4DFJA 4J2BA 4CJFA 4JS4A 4E1NA 2HNZA 4W5OA 4BE0A 4CK2A 4DLGA 2IC3A 3EYZA 2HMIA 3AVJA 4FK4A 1BQNA 4KHYA 3DMJA 1C1BA 4I2QA 1RDAA 1UWBA 2F8SA 1EXQA 4KHWA 2R7YA 4F3TA 3MECA 2VG7A 4DTRA 4DU1A 2XY5A 3DLKA 3TR8A 3ZCMA 4CK1A 1U48A 4FJGA 4CEBA 4B9SA 3LZIA 4K8ZA 3CFRA 2RKIA 2KQ2A 4LY7A 4PY5A 4FJIA 1BIUA 3KK2A 1F21A 1JLBA 1S6PA 1ZBIA 1SKRA 3NF6A 3OYDA 2YNIA 3VQDA 1BHLA 4W5QA 1VSMA 3PX0A 1IG9A 4OKEA 3L8BA 4B9UA 3QEWA 4FJJA 4E7JA 3IG1A 1VSKA 2JLEA 1KCFA 1BI4B 1FK9A 4CJKA 3PUFA 3FFIA 3KJVA 3KLHA 4KO0A 2Q3SA 1HYVA 2KW4A 3PY8A 3ZT1A 2HVHA 3LP2A 3AO1A 3ZSWA 1S1XA 2HNDA 3SNNA 4FYDA 2B6AA 5J2NA 4KHSA 4CF2A 4ZTJA 2Z1IA 3DYAA 4FJ9A 3HVTA 4H4OA 4Z4CA 1VRUA 3ZSOA 3TAQA 4DQIA 4IFYA 4JLHA 3K57A 2WONA 3LAKA 3WNEA 3OYMA 1EETA 1GOCA 2XY7A 4Z4FA 1IKYA 3AA4A 3OS1A 2OA8A 3DLEA 4FLWA 4JS5A 1KLNA 3SQ1A 4B3OA 4YFUA 5J2MA 2IAJA 3U6FA 3HPGA 3AVHA 1RDCA 4HTUA 2BE2A 1U04A 2OPSA 1NJZA 1NKEA 4TSXA 4PA1A 4Q5VA 1NK4A 3VA0A 3AA3A 1T8EA 4M3ZA 1SUQA 4CJVA 1FXXA 1Z25A 2Z1JA 4RG8A 4QOZB 3ZSXA 3LWLA 1J5OA 2YV0X 4C8NA 4WE1A 2XY6A 3AVNA 3QEIA 4AHTA 5HRPA 2O4IA 2HHTA 3WNFA 3EZ5A 1SKWA 3BDPA 4C8OA 2IGIA 1XWLA 1CXUA 4FK0A 4NCAA 4E7KA 4CIFA 3M8SA 2KZZA 4AILC 3VQPA 1EX4A 1VSHA 2QK9A 1HQUA 2EHGA 4R5PA 1ZBHA 3SI6A 3DLBA 2QXFA 4CHQA 4KTQA 1VSJA 4ELTA 1UAXA 4Y1CA 3NH2A 3NCIA 4CIGA 3KD1E 1S1WA 4CEZA 5FROA 3L3UA 2E4LA 2OPRA 3S3OA 4B9MA 4DQQA 1RTJA 1BISA 4M45A 3UIQA 3SUPA 3QESA 1JL2A 1RT5A 1IO2A 3NF8A 3U3GA 1RDDA 1WSIA 3M8QA 2D0AA 4I2PA 4CEEA 3SV4A 3QEVA 5KRTA 3O3GA 3LANA 4FJ5A 1HRHA 3C94A 3LP3A 4YNQA 3H08A 2VG6A 4RW9A 3OYAA 3OYIA 3K58A 4FZXC 4Z4IA 4W5NA 3ZT3A 4OKJA 1JLCA 4DTJA 1SKSA 1YTUA 3P83D 5K14A 1D5AA 5J2PA 3LPUA 5CYQA 3L2QA 3KLEA 1BIZA 4KB1A 4C8KA 1RDBA 2G8UA 2GBZA 4DU4A 1IKXA 4CHZA 3ZSVA 3KD5E 4FJNA 1HYSA 2OPQA 1LW0A 3SJJA 4Z4HA 4O4GA 4CGIA 4DTUA 2KZMA 4DF8A 4BWJA 5J2QA 2KTQA 1VSFA 3OYEA 1G15A 5CZ1A 4AHUA 3PX6A 4KPYA 1C0UA 4KKOA 4BACA 3RMCA 3MXJA 4CHOA 3K59A 1U49A 1QQCA 2WOMA 3DOLA 1A5WA 1ZBFA 2A1RA 1GOAA 3LPTA 2PZSA 3S9HA 4FZZA 1VSEA 1KRPA 2HB5A 4GMJB 1JLEA 3DLGA 3LWMA 3SUOA 3DRRA 2AJQA 1EKEA 3SPYA 4O44A 4BDYA 1RNHA 4KTZA 4LH5A 3OYCA 3QERA 1NJWA 2A1SA 3VQ6A 2IDOA 4JRQA 4FLYA 4J2DA 3QEPA 4DWIA 4EP4A 4CHYA 4CFDA 3VQ7A 4DSJA 4AHCA 4AHRA 3V9XA 4IDKA 5CY4A 4DQPA 2XRIA 2HHSA 3DRPA 4I7FA 4MQ3A 2FBVA 3L2RA 1BQMA 3JSMA 3LAMA 4E89A 3NFAA 4RW6A 3CG7A 2VG5A 4LSLA 2G8HA 3V1QA 4DS5A 5JS1A 3TAPA 4CF8A 3I0RA 4L8RB 4Q0BA 1TK5A 1XHXA 4FW2A 2O4GA 2G8KA 1NK8A 1I39A 1HYZA 1REVA 1HQEA 2G8FA 2HHQA 3MEGA 1NKCA 3DRSA 4CF0A 4ELVA 4F2RA 4N76A 3SQ4A 4FJKA 4LH4A 1ZYQA 1W9HA 4AH9A 4EP5A 1RCHA 1TVRA 2VWKA 1NKBA 3VQBA 4CJEA 1RT3A 1VSDA 3KLIA 2OZMA 4CEFA 3ISNC 1B9DA 4FJLA 4KI6A 3RMAA 2I5JA 3RR7A 4Z4GA 4FLTA 1CLQA 2Z1GA 3AA5X 4LD0A 1Q9YA 1JLAA 1UOCA 3KKRA 1LWFA 2YKNA 1GOBA 3AVAA 3ZT2A 3AVGA 3M8PA 3OYLA 2X74A 1S5JA 3RTVA 4B9TA 2ETJA 1I3AA 4OPJA 1K6YA 4OLBA 4FLZA 1KVCA 2YNFA 4H4MA 2X78A 3WNHA 1BCOA 3OYBA 2IOCA 3K5MA 1KVAA 3NH1A 4DQRA 3QEXA 3OYFA 1T03A 3AVLA 4GVMA 3OYKA 1QTMA 1BGXT 1LAWA 2GV9A 4HUEA 4KHQA 4QCLA 4DFPA 4H8KA 4FM2A 3MXMA 1C6VA 3HXMA 1RTDA 4ZHRA 3RR8A 4CJLA 3SYZA 4F2SA 5I42A 2ZD1A 3OYNA 3F73A 2VWJA 2G8VA 1WAFA 3LALA 2XO7A 3CM5A 4XIUA 1DTTA 1LWCA 2FBYA 4FLUA 3D45A 4Z0UA 3TARA 1YVUA 3DI6A 2B5JA 3MEDA 3O4QA 4DMNA 4E7LA 2F8TA 5HP1A 1N5YA 4CJWA 1NK5A 4KI4A 3RWUA 1RBUA 3C95A 5JS2A 3MAQA 3CFPA 3C6TA 3SUNA 3HVRA 2XY8A 3CM6A 3F9KA 3O4NA 3TAFA 2OPPA 1Y97A 2Z1HA 3B6PA 5KI6A 1BI4A 3IRXA 4CFAA 1N6QA 3A2FA 1IKVA 1A5XA 3V1RA 4CEDA 3VQEA 4AHVA 4FXDA 1TL1A 4E7IA 4E7HA 3HYFA 2KFNA 3OJUA 4IKFA 4FJHA 4CJUA 2YNHA 1RBVA 3NAEA 2DFHA 1WSFA 4RW7A 1ZBUA 3ZT4A 2ZQBA 1VRTA 3L2WA 3O3HA 4FCYA 1D8YA 3HK2A 4CERA 3NGIA 3I8DA 3NE6A 3QETA 1KSPA 1TKTA 4PWDA 3P1GA 1CZ9A 2YNGA 3JYTA 3NF9A 3AVCA 2YHBA 3QIPA 4FW1A 4OGEA 4CEQA 3RMDA 2PY5A 4FK2A 2QKKA 4CJ3A 1TAQA 4F8RA 4DTPA 5E41A 4CIEA 3PX4A 4CK3A 1L3SA 4OKKA 1BCMA 3QLHA 2FC0A 3KLFA 1HPZA 1QHTA 3K5NA 4CEOA 3VQ4A 3T1AA 4CJSA 1DTQA 4DTOA 4O0JA 4E3SA 2KFZA 3QIOA 4DF4A 1U45A 3TANA 1D9FA 4DQSA 1TKDA 1Z26A 5DK5A 4B9NA 4O0IA 1DLOA 4Z4EA 3TABA 3VQCA 5HBMA 3E01A 1JLFA 1ZBLA 4DTXA 1TKXA 4DFMA 3VQ9A 1LV5A 1JLGA 3K5LA 3KTQA 4OPKA 4OJRA 3ZSQA 1NK0A 4BDZA 3NGYA 1MU2A 1WAJA 1NOZA 4CHNA 1XHZA 2P5OA 3G0ZA 1RT4A 1RBRA 3V6DA 4CESA 1JLQA 4FVMA 3LZJA 1B92A 1HMVA 3QNOA 3ZSYA 1QSSA 3RRGA 2HNYA 4MFBA 2ITGA 1O1WA 3S3NA 4FJXA 1KFSA 3ALYA 1FKPA 1KTQA 4CCHA 3TAMA 2P1JA 1KVBA 2BDPA 2HHUA 4M41A 3HP9A 1IH7A 4K8XA 3NDKA 2FBTA 5HRNA 5I3UA 1S1VA 3LP1A 3PO5A 4BDPA 1UA0A 4JRPA 4KFBA 1BL3A 3AVKA 1X9MA 3B6OA 4CF9A 4CE9A 1T7PA 4ID5A 4IBNA 2PYJA 4CGHA 3IAYA 4BWMA 5SZTA 3V9SA 1VSIA 4CEAA 4FJ8A 3KK1A 4OVLA 1JXEA 4B08A 4ID1A 3RRHA 3SZ2A 3HO1A 3KLGA 3OYJA 4EZ6A 4CJ4A 2G8WA 4KREA 4CJTA 1KFDA 1J53A 3AO2A 3OJSA 3NGZA 4I9LA 1WSGA 4B8CA 3MEEA 4C8LA 4KB0A 4J2EA 1S1UA 2LSNA 3DLRA 4ICLA 4DSLA 3HM9A 3T19A 4CECA 3SV3A 1QSYA 1QE1A 2P5GA 1VSLA 4QAGA 5FRMA 3IS9A 4DSKA 4E19A 5KTQA 3C6UA 5SWMA 4FM0A 1ASVA 3HPHA 1U47A 4W5RA 2IS3A 3EY1A 3VQQA 4N41A 3LP0A 4BE2A 5HROA 3AO5A 3I0SA 5EU7A 3OYHA 3TI0A 1CZBA 2JGUA 1TAUA 2HHXA 3KKSA 3SCXA 2OZSA 4O55A 3V1OA 4CFBA 1UA1A 3BGRA 4FJMA 3AA2A 4B8AB 2P51A 2RPIA 4CFCA 3L2VA 3CYMA 2HVIA 1WSJA 1SV5A 2BANA 4J2AA 2QKBA 3VN5A 1A5VA 1S9GA 3QINA 3L2UA 1WSHA 4HCBA 1IKWA 4FZYA 2OYQA 1HNIA 3AO3A 4IG0A 3ZSRA 3NHGA 1QSLA 4M3WA 1YTAA 3G10A 5DMRA 4ZTFA 1RILA 4F3OA 1X9WA 5C24A 4KTWA 3CFOA 4RW4A 4KRFA 3KK3A 1CXQA 4FLVA 2BGGA 1NK7A 1FKOA 3AO4A 1C1AA 3KIOA 4W5TA 1WSEA 1U4BA 3CQ8A 4O5BA 5KGXA 3HT3A 1NOYA 3NBPA 2Y1JA 4DLEA 5D3GA 3AVBA 3HP6A 1EP4A 3VQ5A 5T7BA 3SQ0A 3ITHA 4OLAA 1RTHA 4M3TA 4HUFA 1NK6A 1QS4A 1XI1A 2E6LA 4NCGA 4KV8A 3ULDA 1LAVA 3M8RA 1W0HA 4M3RA 5C25A 1KLMA 4G1QA 4F4KA 4CGFA 4RW8A 5HRRA 3OS2A 3U3YA 3PO4A 3V81A 1JKHA 3THVA 1TK0A 1S6QA 1TK8A 5KRSA 3L3VA 3S3MA 3DLHA 3SQ2A 4DTNA 1WN7A 3NH0A 1C0TA 1RBTA 4BE1A 4M42A 3VA3A 3SUQA 4B9VA 2HHWA 3ZSZA 1Q9XA 4HHTA 1RT7A 4EZ9A 4DSIA 1HJRA 1B9FA 4HCCA 3K5OA 4DG1A 1LWEA 2DFFA 1J9AA 5C42A 3OYGA 1SL2A 4LSNA 1WNSA 4N47A 3V4IA 3DM2A 2YKMA 3TAGA 5CYMA 1YT3A 4CJ5A 2ZE2A 4Y1DA 3T3FA 1VK0A 4UQGA 1WLJA 2E6MA 1HNVA 4CGJA 1ASUA 3DOKA 3AVMA 1L5UA 1TL3A 1RBSA 1TV6A 3AVFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4M3Y A;  3ZT0 A;  5HLF A;  3PSF A;  2Q97 A;  5FLX O;  3THX B;  3PV8 A;  2ATQ A;  2O8D A;  1XC9 A;  4GW6 A;  4BVO A;  3MXI A;  4EFH A;  3VQA A;  1E3M A;  4X64 K;  3NF7 A;  3BZK A;  1K8A O;  5FRN A;  4JKG A;  4A2A A;  4CF1 A;  5TKY A;  1SL0 A;  4CJQ A;  2D5R A;  2EWS A;  4C8M A;  2HW3 A;  2HHV A;  3CCJ N;  4LF5 K;  3QFP A;  3CER A;  1YVN A;  2CH6 A;  3ASM A;  2GUI A;  1ASW A;  2UXD K;  4N56 A;  4FWN A;  2RN2 A;  4DTS A;  2X6S A;  3AV9 A;  5BRH A;  2NRT A;  3T7Z A;  3QO9 A;  3LDL A;  2NUB A;  4K41 A;  5KGW A;  3O9S A;  4B1Y B;  4FM1 A;  3S41 A;  4CJP A;  3RMB A;  1QVF M;  4J2B A;  2O8B B;  2HNZ A;  2HMI A;  2IC3 A;  3EYZ A;  2BH1 A;  4KHY A;  5BRF A;  3ZET A;  3U9D A;  4HWI A;  1P90 A;  1SZ2 A;  2R7Y A;  4F3T A;  5AQG A;  1XNQ K;  3TR8 A;  3LZI A;  2KQ2 A;  1NLV A;  1QZ5 A;  2YHX A;  1JLB A;  3OYD A;  3VQD A;  4M63 C;  1IG9 A;  5C0Y A;  3O9Q A;  4WFA L;  1VSK A;  1VAZ A;  1BI4 B;  4CJK A;  3O9T A;  2ZJQ L;  1HYV A;  3ENO A;  3WXK A;  5AQT A;  3AO1 A;  1GLA G;  2HND A;  1D4X A;  5AQK A;  4FYD A; 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4CJRA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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