4CJRA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Interrogating HIV Integrase for Compounds that Bind- a Sampl Challenge.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4cjrA00
1C1BA 4OKKA 3OY9A 4L8RB 4PY5A 3KK3A 2FBVA 3OYJA 4JRPA 3AA2A 4IKFA 3MXMA 4KHQA 1BIUA 3RWUA 1S6PA 3AVMA 1DTTA 4B8AB 1NJXA 2I5JA 1S9GA 3OYGA 4FZZA 1XI1A 1UOCA 1B92A 3NDKA 2YHAA 4FLVA 3KK2A 4CE9A 1UA0A 1QSSA 2OPRA 1N5YA 1C0UA 4CJLA 4Z0UA 2PZSA 2YNGA 4CJVA 3V1OA 3EZ5A 4DSKA 3AVIA 2G8IA 3H08A 4RW4A 5HRRA 3RMCA 2FBTA 3O4QA 3S3NA 1TK8A 1KTQA 3AVAA 3LPUA 1HYVA 1KLMA 1VRTA 5DK5A 2XHBA 3OS2A 3ZT2A 1JLEA 3QEIA 4CF9A 3MEDA 1X1PA 1L3UA 2DTUA 4H4MA 1VSDA 4FM1A 1QTMA 2BGGA 1HQUA 4CHOA 1Q9YA 4RW8A 5FRNA 4DQPA 3B6PA 1JL2A 4LH5A 1ZBUA 3LWMA 3NF9A 3CM5A 4CJPA 5EU7A 2IGIA 4C8OA 3M8SA 3C6UA 4JRQA 3V9WA 3QNNA 3U6FA 4M3ZA 4CJFA 3DMJA 3VQ8A 4HUGA 4BWMA 2VWJA 3RTVA 2BE2A 4Z4HA 2Z1GA 1CZ9A 4I7FA 1JLCA 5HRSA 4M3YA 1N6QA 1BISA 3KLFA 1C0MA 3KLEA 3V9ZA 2O4GA 2OA8A 5C25A 2ETJA 4DTRA 3QEVA 3BGRA 3AVHA 4GMJB 2G8HA 3D45A 5CZ2A 4KHUA 3DLEA 4WE1A 2P5GA 4E0DA 3CFOA 3C94A 3LANA 3SNNA 1I3AA 1JLFA 3HSTB 3LPTA 4E7HA 4CGGA 4W5TA 4FJXA 4FLTA 4FW1A 1S1XA 1TKDA 4BDPA 4MFBA 4H8KA 4BE2A 4OLBA 3L2QA 1RT7A 3QETA 1U49A 1T7PA 4ELVA 2D5RA 1BL3A 3LDSA 3PX0A 5I3UA 5CYQA 1D5AA 3KIOA 3HVRA 2BDPA 4IDKA 2P1JA 2Z1JA 4W5QA 3AO3A 1GOBA 3ZSQA 2F8TA 1FKPA 1QHTA 2ZQBA 2YKMA 4KTWA 4E7JA 4KFBA 1XHXA 5JS2A 3OJUA 4DQSA 4CJUA 1IKVA 1CXUA 2VG7A 4CERA 4DTXA 5D3GA 4ELTA 3OJSA 3OYDA 3V6DA 5SZTA 1D8YA 1WN7A 4AHVA 3NH1A 4UQGA 1XWLA 2XY8A 4DTUA 3ITHA 1YT3A 3O3FA 3OYLA 4DTNA 3S9HA 1VSKA 3MEGA 4OKJA 1HNVA 4M45A 3EY1A 3PX4A 4I2QA 1NJYA 3S3OA 4FLUA 4OPKA 4DQIA 3AVNA 3LP0A 2LSNA 4O5BA 4Z4CA 2GV9A 1RTJA 1TL1A 4ID5A 1BCOA 3OYFA 4JS4A 1IG9A 1BI4B 1S1VA 4BACA 3M8PA 1VSMA 4Z4FA 4I2PA 3VA0A 3TABA 3SQ0A 4E89A 1JLBA 4AHUA 2IOCA 3P1GA 1JKHA 3QO9A 4W5RA 2HVHA 3NGZA 2A1SA 5KGWA 3O3GA 4DTOA 1RTHA 4N41A 4Z4IA 4CEQA 1RT5A 1BHLA 2E6MA 3U3GA 4AHRA 3KK1A 3DLGA 3IRXA 1W0HA 1WSIA 1X9SA 1S6QA 3OYAA 4PA1A 1Z26A 2ZE2A 4OGEA 1RT2A 4F4KA 4BE0A 3AA5X 5E41A 5J2MA 1U48A 3HK2A 3V1QA 3SQ1A 2ZD1A 1CLQA 4J2AA 1LAVA 1BQNA 4XIUA 1NK5A 1KCFA 1BQMA 2KTQA 4BDYA 4GW6A 1IH7A 3D0PA 4QCLA 4CEAA 3HP6A 1WAJA 2D0BA 3L2VA 4FCYA 5FDLA 4FLXA 4FJLA 1L3VA 4FXDA 1FXXA 3NGIA 3HO1A 3K5LA 4LH4A 1VK0A 2P51A 4JLHA 2QKBA 2DY4A 3SUPA 2O4IA 4CFAA 4HUFA 4EZ6A 1VSJA 4CK2A 1DLOA 4HCCA 1J54A 4FJ7A 3I0RA 2HNDA 4DU3A 2IDOA 3RMDA 2G8KA 4CEEA 4FM0A 3EYZA 1LV5A 3M8RA 4C8MA 3S3MA 1ZBIA 3ZSVA 1ZBHA 1FK9A 4CFBA 3T3FA 4H4OA 3ZSXA 3NH2A 4ZHRA 4CK1A 5J1EA 1WNSA 4Q5VA 3VQ5A 4RW6A 1X9WA 4N47A 1RTDA 5J2QA 3C6TA 3NGYA 1RDDA 4B08A 3ASMA 1BGXT 1HPZA 3SQ4A 4Z4GA 1C6VA 5KGXA 1JLGA 2RKIA 4BE1A 4HCBA 3AO2A 2HVIA 1B9DA 3NHGA 4LD0A 4CF2A 4CEFA 5T7BA 1ZBFA 3HT3A 3V9SA 2D0CA 2E4LA 3AO5A 3LP1A 1A5VA 5KTQA 4RG8A 1D9FA 3LP3A 2HHSA 4BDZA 5C42A 4FZYA 3I0SA 3KKSA 1ZYQA 4NYNA 4LSNA 4CJEA 3CQ8A 1HYSA 1SKRA 4KHNA 2HHTA 4FLZA 3PY8A 3T1AA 1IKYA 3QERA 1KVCA 1GOCA 1S1TA 1SKSA 4M3XA 1UAXA 4CK3A 4W5OA 3AA4A 4DMNA 2B6AA 1RDBA 3DOLA 2G8FA 3PO4A 1LW2A 3ZT0A 4F8RA 2OPSA 1KSPA 1KLNA 3CYMA 4I9LA 1RBVA 1W9HA 4CEDA 4O4GA 4CGJA 4NYFA 4E1MA 5JS1A 4KI6A 4TSXA 3TAGA 3VQQA 3OYCA 4O55A 3ZSRA 4FJJA 1RBTA 3VQ9A 1U4BA 1YVUA 3M8QA 3PX6A 4FJ8A 2HHUA 1RDCA 1RTIA 1QE1A 3DRRA 3MXIA 4FK0A 3HL8A 4FW2A 1F21A 4ID1A 2X6SA 1IKWA 3SQ2A 1HMVA 3HM9A 1HQEA 4KTQA 3KTQA 3O4NA 3SUNA 4DTPA 1I39A 3C95A 3TR8A 4CIGA 3DRPA 3AA3A 3OYHA 4B9TA 2XY6A 4CJTA 3V9XA 3O3HA 3HJFA 1B9FA 4FLWA 3ZSOA 4EP4A 3KLHA 1SL1A 4IBNA 4KHYA 2AJQA 1IKXA 1BIZA 3I8DA 2YKNA 3SUQA 2YHBA 1X9MA 4KB1A 2KFZA 3VQCA 4CJQA 1JXEA 1S9EA 4DU1A 4QAGA 4Y1DA 3SV4A 3WNEA 3ZT4A 3MECA 3VQBA 3QESA 1VRUA 3KD5E 2YV0X 4M41A 4CF0A 2E6LA 1QSLA 4B9LA 3L2WA 3ALYA 3V9UA 4CIFA 4F3TA 4J2BA 3OYIA 4HVJA 3NF6A 3HXMA 4ZTFA 2QKKA 2XRIA 4FZXC 4CESA 1J9AA 1ASUA 1NJWA 3JYTA 3HP9A 1YTAA 1KFSA 2DFHA 4YNQA 4DTMA 4DQQA 1DTQA 4E7IA 1TAQA 1S5JA 1TL3A 3TARA 1L3SA 2P5OA 4J2EA 3THVA 3SCXA 4Y1CA 4C8NA 4B9NA 4DU4A 3AVJA 3NCIA 2KFNA 3AVFA 3TWHA 3SPYA 1VSHA 3HVTA 2XO7A 1YTUA 4JS5A 2YNHA 3SPZA 1HJRA 2HNZA 3TAEA 2PYLA 4M3RA 4E19A 2PYJA 3V4IA 4CECA 2NUBA 4OGCA 1MU2A 3QIPA 2GUIA 1RNHA 4DSLA 4E3SA 4FJKA 4KAZA 4M3TA 2DFFA 3TAFA 2XY5A 4B9MA 1CXQA 1TKXA 4DQRA 4M42A 4CCHA 4ZTJA 3MXJA 2OZMA 2EX3A 3LALA 3ZCMA 3SJJA 3RRGA 4EZ9A 3UIQA 4CHZA 1TAUA 1EETA 4FJGA 3ZSYA 4PWDA 2WONA 3QLHA 3TAQA 3FFIA 2IS3A 1NK0A 3VA3A 1WSGA 1EKEA 2KQ2A 2RF2A 3NF8A 1QQCA 3OVNA 3F73A 5J2NA 4B3OA 4CFCA 1WSHA 1G15A 4CGFA 4OPJA 1ZBLA 3BDPA 1RT3A 5FRMA 1LWFA 4CJ3A 3NBPA 1NKEA 3ZT1A 3QNOA 3K59A 3SZ2A 4KO0A 4MQ3A 1C1AA 1JLQA 1HYZA 1SV5A 1S1UA 1TKZA 3K5OA 4IG0A 4CJSA 3OYMA 1SL0A 3DI6A 3LWLA 1NKBA 3ISNC 4GVMA 4RW9A 4NCBA 1WSEA 2JGUA 3DOKA 4ICLA 2BANA 4CJ5A 4DLEA 4DS4A 3WNGA 3K2PA 1U47A 1SL2A 2OZSA 3V81A 1WSFA 1Q9XA 4F2SA 1C0TA 1RBUA 3NAEA 3AVLA 4DWIA 3VQ6A 3OS0A 5KRSA 3NH0A 3DLRA 3QIOA 4M3UA 1RT4A 1WAFA 1A5XA 3PUFA 1T8EA 1EX4A 3QEPA 5C24A 2ITGA 2Z1IA 2Z1HA 4DLGA 4I9QA 1IO2A 3MAQA 4O0IA 3QEWA 5K14A 4CF1A 1D9DA 1RBSA 3KD1E 3LP2A 4PUOA 4CEZA 4KPYA 1S1WA 3KKRA 1A5WA 2D0AA 2EHGA 3L3UA 1NOYA 3SYZA 1L5UA 4CFDA 4DF8A 4IG3A 2KW4A 3RMBA 4FJMA 3E01A 3RMAA 1BCMA 4E1NA 1O1WA 3K5NA 1LW0A 2A1RA 4FK4A 5HRNA 3KJVA 1ASWA 3QINA 4CJ4A 1EP4A 4CEOA 4C8KA 4RW7A 2X6NA 2QXFA 3DYAA 3WNFA 3RRHA 3TAPA 4DG1A 1ITGA 2GBZA 4OVLA 2Y1JA 1VSFA 4K8ZA 4FJ9A 4KKOA 3U3YA 3G0ZA 1U45A 1U04A 4J2DA 4ELUA 1NJZA 4N56A 2W42A 1HRHA 3DRSA 1QS4A 3K57A 2DFEA 4B9UA 4FJIA 1TGOA 5KI6A 1SKWA 4HUEA 3DLHA 2G8VA 4B8CA 1NK4A 3OYEA 4FYDA 1FKOA 4O44A 3G10A 4N76A 4CGDA 3VQPA 4KI4A 4CHPA 3CFRA 1TK0A 5FROA 3AV9A 4E7LA 4AHTA 4DFJA 1Q8IA 1NKCA 2KZMA 4CF8A 4CJWA 1JXBA 4F3OA 4FJ5A 3L8BA 3TI0A 2XY7A 2HHVA 2WOMA 4CGIA 3AVCA 3IG1A 2HW3A 5SWMA 1LAWA 3NFAA 4LSLA 2VG5A 3OS1A 4KHSA 3VN5A 4DS5A 4C8LA 2PY5A 4FK2A 4DF4A 3HPHA 3AO4A 2RPIA 3QEXA 1NK7A 1NK6A 1Y97A 3MEEA 4DSJA 3IAYA 5HRPA 1WLJA 2KZZA 3LAMA 2B4JA 1RT6A 2VG6A 4CHQA 3F9KA 3SUOA 2HB5A 3SI6A 1T03A 3CM6A 4Q0BA 1SUQA 3IS9A 1LWCA 4HHTA 4FLYA 4DFMA 3NE6A 2B5JA 2Q3SA 3LZIA 3VQEA 4DSFA 4CHNA 4Z4EA 4E7KA 3HYFA 3V1RA 2YNFA 3VQDA 5KRTA 3HPOA 4KREA 4KRFA 1GOAA 1VSIA 2HNYA 3L3VA 5HBMA 3AVBA 4AHCA 5CY4A 3ZSWA 1KVAA 4CEBA 3L2RA 3K58A 4DTSA 4NCGA 4AILC 3PO5A 3TAMA 2X74A 3P83D 2OPQA 5HLFA 4N5SA 1XC9A 4CJRA 4EP5A 4AHSA 2G8UA 1EXQA 1HNIA 3OYKA 4O0JA 3TANA 4FJHA 3WNHA 5I42A 1L3TA 2OYQA 1NK8A 1T05A 2QK9A 4QOZB 1LWEA 2VWKA 4DFPA 1NOZA 2RN2A 3B6OA 3VQ7A 1UA1A 1ASVA 2YNIA 2IAJA 1REVA 3ZSZA 3DLKA 3SV3A 1JLAA 2HHXA 4FVMA 1KFDA 3HPGA 4G1QA 3ZT3A 3NF7A 1RDAA 1WSJA 1TK5A 3RR7A 1K6YA 1TKTA 3A2FA 3P5JA 2FC0A 3ULDA 4DSIA 4PQUA 4DTJA 1JL1A 4YFUA 2F96A 3K5MA 4CGHA 4IFVA 1RT1A 2FBYA 5CYMA 5HP1A 1NK9A 5DMRA 4CHYA 1TV6A 4AH9A 2F8SA 1QSYA 4OLAA 4IFYA 3LZJA 3OYNA 1RBRA 4KB0A 3KLIA 5J2PA 4B9VA 3AVKA 3L2UA 2HHQA 1RCHA 4OKEA 1VSEA 5HROA 2G8WA 3CG7A 4LY7A 3JSMA 4K8XA 3KLGA 4OJRA 4FJNA 2ATQA 4KTZA 4NCAA 3DLBA 3PV8A 4HTUA 2JLEA 4W5NA 1KRPA 3VQ4A 5CZ1A 1TVRA 1UWBA 3CFPA 1VSLA 2Y1IA 4DFKA 2IC3A 4KV8A 3AO1A 4CIEA 3DM2A 4CJKA 2OPPA 4BWJA 4DSEA 1Z25A 3OYBA 2HHWA 1KVBA 2R7YA 1RILA 1J5OA 3VQAA 2HMIA 2X78A 4B9SA 3LAKA 1C1CA 4KHWA 3T19A 1BI4A 4FM2A 1R0AA 1XHZA 3RR8A 4M3WA 4F2RA 4R5PA 1CZBA 3AVGA 1J53A 2FBXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OY9A 3DXKA 4X65K 1LCUA 3KK3A 2Q97A 3OYJA 1YJWN 3MXMA 5AQUA 3H1QA 3AVMA 1DTTA 4DV6K 3JS6A 3NDKA 4FLVA 3KK2A 2PZSA 3QBWA 3R3LA 3KWIA 4H5VA 4JI1K 3RMCA 3O4QA 4O8KA 3LPUA 2XHBA 3J7ZO 4IO8A 4YORA 4FM1A 1Q9YA 5GAEP 2ASOA 3B6PA 4LH5A 3LWMA 1NGBA 3O5BA 1Q86O 4JI4K 4CJPA 4C8OA 2IGIA 3VEVA 2O8EB 3QNNA 2VQEK 5M1OA 3DMJA 1KAZA 2VWJA 4Z4HA 2Z1GA 1JLCA 1LOTB 1Q7YO 1C0MA 3T69A 3V9ZA 2O4GA 4DTRA 4ILGB 3AVHA 2YCHA 3DLEA 2P5GA 3CFOA 2OCEA 4MLHA 4XH4A 3I33A 1I3AA 3FZLA 4K41A 3IUCA 4E7HA 3F5TA 4DR2K 4W5TA 1HKBA 4FLTA 1S1XA 4BE2A 3L2QA 3QETA 3D2EA 3I8BA 1U49A 3CCVN 3TTFA 4CBUA 5CYQA 3L6QA 4B3TK 1D5AA 3KIOA 1XC3A 4CZLA 2CH5A 1E4FT 2P1JA 5AZJA 4W5QA 3AO3A 3M5RA 3ZSQA 2YJEA 1NGHA 3CCRN 4E7JA 3U4LA 4DQSA 3THYA 4CJUA 1IKVA 1CXUA 2VG7A 5AZIA 4DTXA 3OJSA 3V6DA 4LC9B 1WN7A 4AHVA 1IBLK 4AM7A 3O3FA 2KTQA 4DSKA 4M45A 1HNVA 4IOAL 4JK9A 4JI7K 4FLUA 2LSNA 3CJ7A 3CCLN 4CI6A 4DQ8A 1XNQK 4BRFA 2FSNA 1VSMA 3VA0A 3SQ0A 3UB5A 2HF4A 2QEXN 1WB9A 1RT5A 3DLGA 4R79A 1WSIA 3KK7A 4H0PA 3SK3A 1RT2A 2RE2A 2E2QA 3J8AA 4NB4A 1ATSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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